沈悅,談美霞,范姝姝,高浩竣,武文娟,王敏,杜維俊,趙晉忠,岳愛琴*
(1.山西農業(yè)大學 農學院,山西 太谷 030801;2.山西農業(yè)大學 基礎部,山西 太谷 030801)
大豆皂苷是大豆生長發(fā)育過程中形成的一類重要次生代謝產物,根、莖、葉和種子等中均有分布。國內外研究表明,大豆皂苷不僅在植物中可引起植物自身的防御反應,使植物體具有抗菌、抗病毒和抗蟲等抗性[1-3];而且具有抑癌[4]、抗氧化[5]等多種對人體有益的生理功能,可開發(fā)成藥品或保健品。
大豆皂苷屬于三萜類齊墩果酸型皂苷,由2 種皂苷元(大豆皂醇A 和大豆皂醇B)和β-D-葡萄糖、β-D-半乳糖等6 種糖基以及其乙?;腔冉M成[6]。大豆皂苷根據(jù)其苷元不同分為A 類、DD?MP 類、B 類和E 類4 類[7-8]。其中A 類具有苦澀味,而且其生理活性低于DDMP 類、B 類和E 類皂苷[9-10]。因此,進一步解析A 類皂苷的代謝機制有利于改進大豆食品的口感和提高皂苷生物活性。大豆皂苷通過異戊二烯途徑合成[11],首先通過甲羥戊酸途徑合成大豆皂苷的結構單元異戊烯二磷酸(isopentenyl pyrophosphate,IPP),然后在環(huán)化酶、細胞色素P450、尿苷二磷酸糖基轉移酶的催化作用下生成大豆皂苷[12]。其中細胞色素P450 多催化羥化反應,大豆皂苷元骨架β-香樹脂醇在細胞色素P450 家族成員CYP72A61 和CYP93E1 的催化下,分別將β-香樹脂醇C-22、C-24 位羥基化,形成大豆皂醇B[13-14]。大豆皂醇B 進一步在GmSg-5基因編碼的CYP72A69 酶的催化作用下將C-21位羥基化從而形成大豆皂醇A[15]。因此,對大豆皂醇A 合成的關鍵酶基因GmSg-5的啟動子序列和表達模式進行研究,可以為今后有目的改變大豆皂苷的組成提供理論基礎。
目前對于大豆GmSg-5基因在大豆A 類皂苷合成途徑中的序列分析及表達模式研究較少,因此,本文以晉遺30 為試驗材料,利用生物信息學手段對大豆GmSg-5基因蛋白理化性質和啟動子序列進行分析;采用熒光定量PCR 方法對GmSg-5基因組織表達模式、激素和脅迫誘導表達模式進行分析,為今后深入研究A 類大豆皂苷的合成及大豆品質改良提供參考。
由山西農業(yè)大學大豆遺傳育種課題組提供的大豆材料晉遺30 為研究對象。
2018 年種植大豆材料晉遺30 于山西農業(yè)大學農作站,開花期開花時間相同且在同一部位的花進行掛牌標記,分別取開花后25、32、40、50、60、70 d 籽粒,立即置于液氮,?80 ℃保存?zhèn)溆谩?/p>
在25 ℃恒溫培養(yǎng)箱中(光照16 h,黑暗8 h)水培養(yǎng)大豆材料15 d 至三葉完全展開,分別取根、莖、葉各2 份,1 份迅速置于液氮,?80 ℃保存用于組織表達分析,另1 份冷凍干燥用于測定A 類皂苷含量。
選取生長狀態(tài)一致的大豆幼苗進行茉莉酸甲酯(MeJA)(450 μmol·L-1)、ABA(200 μmol·L-1)、NaCl(150 mmol·L-1)、H2O2(330 mmol·L-1)、PEG-6000(100 mmol·L-1)脅迫處理,同時以相同培養(yǎng)條件不進行脅迫處理的幼苗作為對照。MJ、ABA、H2O2、PEG 分別在處理后0、3、6、9、12、24、36、48 h取幼苗根、葉;NaCl 處理參照孫雪麗等[16]方法在0、4、8、12、24、48、72 h 取根、葉。每個樣品3 次生物學重復。取樣后立即置于液氮速凍,?80 ℃保存?zhèn)溆谩?/p>
1.2.1GmSg-5基因克隆
采用TRIzol 法提取總RNA,參照TransS?cript?One-Step gDNA Removal and cDNA 試劑盒進行反轉錄獲得cDNA,參照NCBI 公布的GmSg-5基因序列(Glyma15g243300),利用Primer Pre?mier 5 設 計 引 物(GmSg-5-F1:5′-ATG?GAAGCAGCATGGGTCA-3′,GmSg-5-R1:5′-TTATTCATATTTCT-CCACCTTATGTAGA-3′)。以合成的cDNA 為模板,PCR 反應體系為總體積為15 μL,其 中2.1 μL cDNA 模 板(20 ng·μL-1),3 μL 5×buffer,引物各0.3 μL(10 μmol·L-1)、0.4 μL dNTP(10 μmol·L-1),0.3 μLTransStart FastP?fu(5 U),8.6 μL ddH2O。PCR 程 序 為95 ℃5 min;95 ℃1 min,52 ℃45 s,72 ℃2 min,32 次 循環(huán);72 ℃10 min,15 ℃保存。在1.2%瓊脂糖凝膠中檢測擴增產物,回收目標片段,連接pEASYBlunt 載體并送生工測序。
1.2.2GmSg-5基因生物信息學分析
利 用GenBank Blast(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)進行基因序列檢索;利用Ex?PASy-Protparam(https://web.expasy.org/cgibin/protparam/protparam)分析GmSg-5 蛋白質理化性質;利用SOPMA(http://bip.weizmann.ac.il/bio tools/faq.html)進行蛋白質二級結構分析;利 用Phyre2(http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2/html)進行三級結構分析;利用Clustalw 軟件對GmSg-5基因編碼蛋白的氨基酸序列進行多序列比對;利用MG2C2.0(http://mg2c.iask.in/mg 2c_v2.0/)進行染色體定位;利用NetPhos3.1(http://www.cbs.dtu.dk/services/NetPhos/)進行蛋白質磷酸位點預測分析;利用在線軟件Plant?CARE(http://bioinformatics.psb.ugent.be/webt?ools/plantcare/html/)預測啟動子的順式作用元件。
1.2.3 A 類皂苷的提取及測定
參考岳愛琴等[17]測定大豆皂苷的方法,采用HPLC-ESI-MS/MS 測定A 類皂苷各組分含量,樣品中A 類皂苷含量為Aa、Au、Ax、Ay、Ae、Ag、Ab、Ac、Ad、Az、Af、Ah、A0-αg、A0-βg、A0-αa、A0-βa、A0-γg、A0-γa 各組分含量之和。
1.2.4GmSg-5基因表達分析
利用Bio-Rad CFX96 實時熒光定量PCR 儀,采 用 全 式 金TransStart?Tip Green qPCR Super?Mix 試劑盒進行熒光定量PCR。根據(jù)GmSg-5基因的序列,利用Primer Premier 6 軟件設計實時熒光 定 量 PCR 引 物(GmSg-5-qF2:5′-TGCT?GATACTGATACTGGCTCT-3′,GmSg-5-qR2:5′-AATGTCTCC-TTCGTGTCCC-3′),Tubulin為 內參 基 因(GmTubulin-qF:5′-AACCTCCTCCT?CATCGTA-CT-3′,GmTubulin-qR:5′-GACAG?CATCAGCCATGTTCA-3′)。qRT-PCR 反應總體積為20 μL,含10 μL 2×Tip Green qPCR Super?Mix,0.4 μL dNTPs(2.5 mmol·L-1),引 物 各0.4 μL(10 μmol·L-1),ddH2O 6.8 μL,2 μL cDNA 模板。qRT-PCR 程 序 為94 ℃30 s;94 ℃5 s,60 ℃15 s,72 ℃10 s,45 次循環(huán),3 次重復。采用2-△△CT法計算GmSg-5的相對表達量。
利用GmSg-5-F1/GmSg-5-R1 引物對GmSg-5基因進行擴增,電泳檢測結果在1200~2000 bp之間有1 條清晰明亮的條帶(圖1)。序列分析結果顯示,目的基因序列長度為1787 bp,包括107 bp 5′-UTR、1536 bp CDS 序列和144 bp 3′-UTR,編碼511 個氨基酸,具有ECKLFY、WQAR、EVLR和PERF 基序(圖2)。根據(jù)GmSg-5基因在染色體上的位置信息,繪制GmSg-5基因染色體分布圖(圖3),GmSg-5基因位于15 號染色體上。
圖1 大豆GmSg-5 基因的克隆Fig.1 Amplified fragment of GmSg-5 gene in soybean
圖2 大豆GmSg-5 蛋白與其他植物氨基酸序列的多序列比對Fig.2 Multiple alignment results of GmSg-5 proteins from different plant
圖3 GmSg-5 基因的染色體定位分析Fig.3 Chromosome localization analysis of GmSg-5 gene
蛋白基本理化性質分析結果顯示,GmSg-5基因編碼蛋白質相對分子量為58.6 kD,理論等電點(pI)為8.95,不穩(wěn)定指數(shù)為39.97,屬于穩(wěn)定蛋白。平均親水性系數(shù)為?0.219,推測為親水性蛋白。
GmSg-5 蛋白質二級結構預測結果顯示,α-螺旋占得比例最大為52.25%,無規(guī)則卷曲占30.53%,延伸鏈和β-折疊分別占11.94% 和5.28%(圖4)。三級結構分析結果顯示GmSg-5蛋白質主要由HEME 和CPR 兩個結構域構成(圖5),CPR 結構域催化NAD(P)H 與H+反應失去電子生成NAD(P)+,HEME 結構域催化大豆皂醇B的C21 位R-H 與O2反應,將大豆皂醇B 的C21 位羥基化從而生成大豆皂醇B。磷酸化位點預測結果顯示,該蛋白質含有22 個絲氨酸,11 個蘇氨酸,5個酪氨酸磷酸位點(圖6)。
圖4 GmSg-5 蛋白的二級結構Fig.4 Prediction of secondary structure of GmSg-5
圖5 GmSg-5 蛋白的三級結構Fig.5 Predicted tertiary structure of GmSg-5
圖6 GmSg-5 磷酸化位點預測Fig.6 Pridiction of phosphorylation sites in GmSg-5
對GmSg-5基因起始位點ATG 上游2 000 bp的啟動子序列進行了順式作用元件的預測和分析,結果顯示GmSg-5基因啟動子有ARE、MYB、WUN-motif 等 逆 境 響 應 元 件,CGTCA-motif、TGA-element、TGACG-motif 等 激 素 響 應 元件(表1)。
表1 GmSg-5 啟動子中的順式作用元件Table 1 Cis-acting elements in GmSg-5 promoter
2.4.1GmSg-5基因不同組織表達模式分析
采用HPLC-ESI-MS/MS 法對根、莖、葉不同組織A 類皂苷含量進行測定。結果顯示根中A 類皂苷含量最高為19.4 mg·g-1,顯著高于莖中A 類皂苷含量(圖7)。
圖7 不同組織中A 類皂苷含量Fig.7 The content of group A saponins in different organs
GmSg-5基因的組織表達模式結果表明GmSg-5基因在根、莖、葉中均有表達,其中根中相對表達量最高,葉次之,莖最低(圖8),與根、莖、葉中A 類皂苷含量趨勢一致。
2.4.2GmSg-5基因籽粒發(fā)育過程表達模式分析
采用HPLC-ESI-MS/MS 法對不同發(fā)育時期大豆籽粒A 類皂苷含量進行測定。結果顯示A 類皂苷含量呈先增高后降低的趨勢,開花后40 d 和50 d 籽粒中A 類皂苷含量最高(圖9)。
圖9 不同時期大豆籽粒中A 類皂苷含量Fig.9 The content of group A saponins in different periods
對GmSg-5基因在晉遺30 不同發(fā)育時期籽粒中的表達進行分析(圖10)。GmSg-5基因在籽粒不同發(fā)育時期的表達呈現(xiàn)先增高后降低的趨勢,在開花后50 d 籽粒中GmSg-5基因表達量最高。不同發(fā)育時期GmSg-5基因表達差異與A 類皂苷含量差異趨勢一致。
圖10 GmSg-5 在籽粒不同發(fā)育時期的表達分析Fig.10 Expression analysis of GmSg-5 in seeds at different devel?opmental stages
2.4.3GmSg-5基因對脅迫的響應分析
為探究GmSg-5是否與激素和逆境響應相關,對大豆幼苗進行MJ、ABA、H2O2、PEG 和NaCl 脅迫處理,檢測處理不同時間該基因的表達情況。
MJ 處理后,根中GmSg-5基因相對表達量呈持續(xù)上調趨勢,處理3 h 和6 h 時表達量顯著高于對照,3 h 上調最顯著,6 h 達到峰值,約為對照的2.4 倍(圖11A)。葉中GmSg-5基因相對表達量呈先升后降的趨勢,3 h 顯著高于對照,6 h 和9 h 顯著低于對照(圖11B)。
ABA 激素處理條件下,根中GmSg-5基因呈持續(xù)上調趨勢,36 h 達峰值,約為對照的225.4 倍(圖11C);而葉中相對表達量受到顯著抑制(P<0.05),48 h 達最 低值,約為對照的0.05 倍(圖11D)。
H2O2處理下,根和葉中GmSg-5基因相對表達量均呈先抑制后上調的趨勢。其中根中脅迫3 h時GmSg-5基因表達顯著下調,24 h 開始顯著上調,48 h 達到峰值,約為對照的5.7 倍;葉中H2O2脅迫呈持續(xù)上調的趨勢,24 h 達到峰值,約為對照的36.5 倍(圖11E,圖11F)。
PEG 處理下,脅迫3、12 h 時根中GmSg-5基因表達顯著下調,6 h 后相對表達量無明顯的變化趨勢(圖11G);葉中相對表達量呈持續(xù)上調的趨勢,12 h 顯著上調(P<0.05)并達到峰值,約為對照組的228.6 倍(圖11H)。
NaCl 處理下該基因相對表達情況顯示,根中GmSg-5基因相對表達量呈持續(xù)顯著上調趨勢,24 h 最大約為對照組的41.5 倍(圖11I);葉中相對表達量呈先下調后上調趨勢,48 h 達最大值,約為對照組的15.4 倍(圖11J)。
圖11 激素及非生物脅迫處理下GmSg?5 基因表達分析Fig.11 Relative expression of GmSg-5 gene under hormone treatment and abiotic stress
GmSg-5基因是大豆A 類皂苷合成的關鍵酶,Yano 等[15]通 過 遺 傳 定 位 分 析 發(fā) 現(xiàn) 大 豆15 號 染 色體上的GmSg-5基因編碼的細胞色素蛋白CYP72A69,可以將大豆皂醇B 的C21 位羥基化,合成大豆皂醇A,但未對GmSg-5基因蛋白質結構進行分析。本研究對GmSg-5基因蛋白質結構分析發(fā)現(xiàn)其二級結構主要由α-螺旋和無規(guī)則卷曲構成,三級結構主要由HEME 和CPR 兩個結構域構成。張玲玲等[18]通過研究細胞色素P450 脂肪酸單加氧酶P450BM3 結構與功能的關系,也發(fā)現(xiàn)真核細胞中的細胞色素蛋白大多含有HEME 和CPR兩個結構域。GmSg-5基因蛋白質磷酸位點預測結果顯示含有38 個磷酸位點,推測該基因可能在這些磷酸化位點處發(fā)生磷酸化,從而調節(jié)該蛋白質的活性。
通過qRT-PCR 分析GmSg-5基因組織差異模式,結果顯示該基因在根中相對表達量最高,其次是葉、莖,這結果與前人的研究結果相符[19]。Rehman 等[19]分 析 了 來 自 大 豆 中 的11 個CYP72A基因在花、莖頂端分生組織、葉、根、根毛、豆莢和結節(jié)中的相對表達情況,發(fā)現(xiàn)這些基因在根中的表達量最高,在花、葉、莖頂端分生組織中的表達量最低。對GmSg-5基因籽粒不同發(fā)育時期的表達進行分析,結果顯示GmSg-5基因的表達呈現(xiàn)先增高后降低的趨勢,在開花后50 d 籽粒中GmSg-5基因表達量達到最大。籽粒不同發(fā)育時期GmSg-5基因的表達與A 類皂苷的積累基本一致,本研究進一步說明GmSg-5基因在A 類皂苷代謝中起著關鍵作用。
研究發(fā)現(xiàn)植物中皂苷含量水平受外界因素影響顯著,如溫度,光照,水等[20]。Mao 等[21]在研究擬南芥中細胞色素CYP709B亞族中的CYP709B 1、CYP709B2和CYP709B3的突變體對鹽脅迫的響應時,發(fā)現(xiàn)鹽脅迫誘導了CYP709B3基因的表達。Koo 等[22]研究發(fā)現(xiàn)CYP94B 和CYP94C 可被干旱、鹽脅迫等脅迫誘導。但目前還沒有關于大豆A 類皂苷合成的關鍵酶基因GmSg-5應對非生物脅迫及激素誘導下響應情況的相關研究。本研究對GmSg-5基因的啟動子序列進行了順式作用元件的預測和分析發(fā)現(xiàn)該基因的啟動子含有脅迫響應、傷害響應、激素響應等多種順式作用元件,表明GmSg-5基因可能參與調控復雜的非生物脅迫響應。進一步利用qRT-PCR 方法分析激素和脅迫誘導表達模式分析發(fā)現(xiàn)H2O2、PEG 和NaCl 脅迫處理均誘導了根和葉中GmSg-5基因的表達;激素MJ、ABA 處理誘導根中GmSg-5基因的表達,且抑制葉中該基因的表達。本研究結果表明GmSg-5基因在逆境脅迫及激素誘導中起正調節(jié)因子的作用。
GmSg-5基因編碼蛋白主要由HEME 和CPR兩個結構域構成,共檢測到38 個磷酸位點。GmSg-5基因啟動子有ARE、MYB、CGTCA-mo?tif 等逆境響應和激素響應元件。GmSg-5基因在苗期不同組織和籽粒不同發(fā)育時期均有表達,其表達與A 類皂苷含量基本一致。GmSg-5基因參與 響 應H2O2、PEG 和NaCl 非 生 物 脅 迫 及MJ、ABA 激素誘導。