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miR-296-5p在糖尿病腎病db/db小鼠血漿外泌體中的表達及功能

2022-01-28 06:30:26徐巍龍周靜波葉麗芳
關(guān)鍵詞:外泌體腎小管熒光素酶

劉 蘇,徐巍龍,查 敏,李 楠,周靜波,葉麗芳

南京中醫(yī)藥大學(xué)附屬醫(yī)院內(nèi)分泌科,江蘇 南京 210029

腎間質(zhì)纖維化是糖尿病腎病(diabetic nephropathy,DN)進展至終末期腎病的主要病理途徑,轉(zhuǎn)錄因子Snail1介導(dǎo)的腎小管上皮細胞-間充質(zhì)轉(zhuǎn)化(epithelial-mesenchymal transition,EMT)通過旁分泌等作用,促進肌成纖維細胞的募集或增殖,是加速腎間質(zhì)纖維化的重要環(huán)節(jié)之一[1]。Snail1 受到多種微小核糖核酸(miRNA,miR)的調(diào)控[2],血漿/血清外泌體包裹的miRNA 具有高穩(wěn)定性、源細胞特征及靶向功能性[3],是體內(nèi)各組織/器官間細胞通訊的新途徑[4],血漿外泌體miR-296-5p 與腫瘤細胞的EMT相關(guān)[5],目前尚無miR-296-5p在DN血漿外泌體中表達及對腎小管上皮細胞EMT 影響的相關(guān)研究,因此,本研究擬通過DN小鼠模型,利用外泌體RNA測序及生物信息學(xué)分析等手段,明確miR-296-5p 在DN 小鼠血漿外泌體中的表達變化,并進一步探索其參與糖尿病腎病EMT進程的可能機制。

1 材料和方法

1.1 材料

動物:10周齡SPF級健康雄性db/db小鼠12只,雄性db/m小鼠12只,體重20~45 g,由南京大學(xué)實驗動物中心提供[動物許可證號:SCXK(蘇):2018-0008]。

主要試劑:exoRNeasy Midi Kit(Qiagen 公司,美國);miRNA 1st Strand cDNA Synthesis Kit(by stemloop)、miRNA Universal SYBR qPCR Master Mix(南京諾唯贊生物);Snail1 野生型雙熒光素酶報告質(zhì)粒、Snail1突變型雙熒光素酶報告質(zhì)粒(安徽通用生物);miR-296 mimics、NC(蘇州吉瑪基因);293T 細胞(ATCC,美國);LipofectamineTM2000(Invitrogen 公司,美國);DMEM 高糖、FBS(Hyclone 公司,美國);青鏈雙抗(上海生工生物);雙熒光檢測試劑盒(Promega公司,美國);蘇木素-伊紅染液試劑盒(南京凱基生物)。

主要儀器:熒光定量PCR儀(ABI7300)、細胞培養(yǎng)箱(Thermo)、熒光倒置顯微鏡(OLYMPUS,IX71)、超凈工作臺(蘇州安泰科技有限公司)、低溫冷凍離心機(Sigma 3K15)、脫色搖床(海門市其林貝爾TS200A)、發(fā)光檢測儀(Molecular Devices SpectraMax?i3)、超速離心機(Himac CP80WX)、透視電子顯微鏡(Tecnai)、ZetaView Particle Metrix(Particle Metrix)。

1.2 方法

1.2.1 分組及取樣

首先選取6只10周齡db/db小鼠為模型組,6只10周齡db/m小鼠為對照組,在南京醫(yī)科大學(xué)實驗動物中心適應(yīng)性喂養(yǎng)2 周,麻醉后對小鼠行眼眶采血致死,血漿混樣后行外泌體RNA 測序及生化檢測。完成差異miRNA 篩選后,再次選取6 只10 周齡db/db 小鼠為模型組,6 只10 周齡db/m 小鼠為對照組,重復(fù)上述飼養(yǎng)及處死流程,血漿混樣后行外泌體鑒定及外泌體miRNA 驗證。24 h 尿液標(biāo)本利用代謝籠收集。腎組織標(biāo)本部分凍存于液氮中,用于RNA和蛋白提取;部分保存于多聚甲醛,包埋后用于Masson 染色及免疫組化。動物實驗按照南京醫(yī)科大學(xué)實驗動物福利倫理委員會規(guī)定進行操作,倫理批件編號:IACUC-2103058。

1.2.2 小鼠生化指標(biāo)檢測

血、尿標(biāo)本送南京潤太醫(yī)學(xué)檢驗有限公司實驗室,測定血尿素(BUN)、血肌酐(Scr)、血胱抑素C(Cys-C)、空腹血糖(FBG)、24 h尿蛋白定量(Upro)。

1.2.3 小鼠血漿外泌體miRNA測序

分別取2 mL db/m 組和db/db 組小鼠血漿,送上海其明生物技術(shù)有限公司進行血漿外泌體miRNA測序,并利用生物信息學(xué)軟件進行分析。按|log2FC|值由高到低進行驗證。

1.2.4 血漿外泌體提取

分別取2 mL db/m 組和db/db 組小鼠血漿,采用差速超速離心法,予300g,4 ℃離心10 min;取上清液,2 000g4 ℃離心10 min,12 000g4 ℃離心30 min;120 000g4 ℃離心70 min,取透明沉淀重懸于PBS,所得即為外泌體溶液;取其中20 μL,加入PBS后再次120 000g4 ℃離心70 min,取透明沉淀重懸于PBS,所得即為電鏡使用。

1.2.5 透視電子顯微鏡及納米顆粒跟蹤分析(nanoparticle tracking analyze,NTA)鑒定外泌體

外泌體樣本靜置于銅網(wǎng)上1 min,2%醋酸雙氧鈾染色液室溫染色1 min,將染色完成的樣本放于燈下烤10 min,透射電鏡觀察拍照,保存圖片。外泌體樣本以1×PBS buffer 稀釋,使用ZetaView PMX110進行NTA,結(jié)合Stockes-Einstein 方程式計算外泌體粒徑和濃度。

1.2.6 小鼠血漿外泌體RNA提取

使用QIAGEN exoRNeasy Midi Kit 試劑盒直接提取血漿外泌體RNA,步驟為:加等體積Buffer XBP到樣品中,500g離心1 min;5 000g離心1 min,將離心柱轉(zhuǎn)移到新的收集管中,加700 μL QIAzol 到膜上,5 000g離心5 min,收集裂解液,室溫孵育5 min;加入90 μL 氯仿,震蕩15 s,室溫孵育2~3 min,4 ℃12 000g離心15 min;轉(zhuǎn)移上層水相到新的離心管中,加入2倍體積的無水乙醇,顛倒混勻;轉(zhuǎn)移混合樣品到離心柱中,放入2 mL收集管中,室溫,>8 000g離心15 s;加700 μL Buffer RWT到離心柱中,>8 000g離心15 s;加500 μL Buffer RPE到離心柱中,>8 000g離心15 s,重復(fù)這一步驟;將離心柱轉(zhuǎn)移到新的收集管中,開蓋全速離心5 min使膜晾干;將離心柱放入新的1.5 mL離心管中,加14 μL水到膜中央,室溫放置1 min,全速離心1 min,獲得的RNA放-80 ℃冰箱備用,行血漿外泌體miRNA驗證。

1.2.7 實時定量qPCR(RT-qPCR)檢測

外泌體RNA 提取、逆轉(zhuǎn)錄及熒光定量PCR 反應(yīng)體系及程序參照試劑說明書,miR-296-5p 和Snail1 mRNA 的表達情況用2-ΔΔCt方法進行相對定量分析,分別以U6 和GAPDH 為內(nèi)參,引物序列見表1。

表1 用于RT-qPCR的引物序列Table 1 Primer sequences for RT-qPCR

1.2.8 生物信息學(xué)分析

利用TargetScan、miRanda軟件,預(yù)測靶向Snail1的miRNA,取兩種軟件預(yù)測結(jié)果的并集。mmu-miR-296-5p成熟體序列來自miRBase 數(shù)據(jù)庫。利用TargetScan 軟件預(yù)測mmu-miR-296-5p 與Snail1 的結(jié)合位點,根據(jù)結(jié)合位點堿基序列設(shè)計突變型載體序列,突變序列為:5′-ACATGTCCAGGTGCCCCTGGGCCTGGGCAACTGTTTCAGCCCCCGCCCCCAT -TTGTCCTGGTGACACCTGTTTCACAGCAGTTTAACTGTCTCAGAAGGGACCATGAATAATGGCCATCACTTGTTAGGGGCCAAGTGGGGTGCTTCAGCCTGGC -CAATGTGTCTCCCAGAACTATTTTCCCCGGGTACAGGTGGCCCCGGGAGAAAGATGTTTACATTTTAAAGGTATTTATATTGTAAGCAGCATTTTGTATAGTTAATATGTACAGT T T ATTGATATTCAATAAAATGGTTAATTTATATACTAAAAA-3′(下劃線部分為結(jié)合位點突變后的基因序列)。

1.2.9 雙熒光素酶實驗

構(gòu)建野生型和突變型的Snail1-UTR 雙熒光報告質(zhì)粒(Snail1-WT,Snail1-MUT)。將對數(shù)生長期的293T 細胞以1×105個/mL 接種至24 孔培養(yǎng)板,每孔500 μL。將Snail1-WT、Snail1-MUT 與miR-296-5p mimics 和mimics NC 按照LipofectamineTM2000 說明書步驟轉(zhuǎn)染至293T 細胞,每組實驗設(shè)置3 個重復(fù)。培養(yǎng)箱內(nèi)培養(yǎng)48 h后,參照雙熒光素酶報告基因檢測試劑盒步驟檢測熒光素酶活性。

1.2.10 小鼠腎組織病理學(xué)檢查

腎組織用4%多聚甲醛固定,梯度乙醇脫水,二甲苯透明,浸蠟包埋,4 μm 切片,Masson、HE染色后光鏡下觀察腎組織病理學(xué)變化。免疫組化分析小鼠腎組織E-cadherin、α-SMA及Snail1蛋白表達。定量方法為將每個指標(biāo)db/m 組小鼠的染色面積作為1,db/db組小鼠的染色面積與db/m組小鼠的染色面積的比值即為該指標(biāo)的相對表達量。

1.3 統(tǒng)計學(xué)方法

數(shù)據(jù)分析采用GraphPad Prism 5 軟件,計量資料采用均數(shù)±標(biāo)準(zhǔn)差()表示,兩組間比較采用student-t檢驗;計數(shù)資料采用頻數(shù)和百分比(%)表示,兩組間比較采用χ2檢驗。P<0.05 為差異有統(tǒng)計學(xué)意義。

2 結(jié)果

2.1 小鼠代謝及生化指標(biāo)比較

與db/m組比較,db/db組小鼠24 h尿蛋白定量、血尿素、血肌酐、血胱抑素C、空腹血糖、體重均升高,其中Upro、FBG、體重升高顯著(P=0.003,P<0.001,P=0.020),符合2 型糖尿病腎病小鼠臨床表現(xiàn)(表2)。

表2 小鼠尿蛋白、腎功能、血糖及體重比較Table 2 Comparison of urine protein,renal function,blood glucose and weight in mice (,n=6)

表2 小鼠尿蛋白、腎功能、血糖及體重比較Table 2 Comparison of urine protein,renal function,blood glucose and weight in mice (,n=6)

2.2 小鼠血漿外泌體鑒定

電鏡視野下,兩組小鼠血漿均可見少量外泌體樣結(jié)構(gòu)(圖1)。NTA 結(jié)果顯示,db/m 組小鼠血漿外泌體的顆粒檢測濃度為6.4×107個/mL,平均粒徑132.1 nm;db/db組小鼠血漿外泌體的顆粒檢測濃度7.7×107個/mL,平均粒徑126.8 nm,均符合外泌體分布范圍,兩組血漿外泌體粒徑比較,差異無統(tǒng)計學(xué)意義(P=0.890)。

圖1 透視電鏡及NTA技術(shù)鑒定小鼠血漿外泌體Figure 1 Characterization of mouse plasma exosomes by transmission electron microscope and NTA

2.3 小鼠血漿外泌體miRNA測序分析及驗證

db/m 組、db/db 組小鼠血漿外泌體行miRNA 測序,通過TargetScan、MiRanda軟件,并集篩選出32個靶向Snail1的差異miRNA,其中17個miRNA表達上調(diào),15個miRNA表達下調(diào)(表3)。

表3 靶向Snail1的小鼠血漿外泌體差異miRNATable 3 Sequencing results of different plasma exosomal miRNA targeting Snail1

按照|log2FC|值由高到低順序,利用小鼠腎組織行RT-qPCR 驗證,優(yōu)先檢測TargetScan、MiRanda 軟件中重復(fù)的miRNA。結(jié)果顯示,與db/m 組相比,db/db 組小鼠腎組織mmu-miR-296-5p 降低,mmu-miR-34a-5p 升高(P=0.001,P=0.011),差異有統(tǒng)計學(xué)意義(圖2)。進一步利用小鼠血漿外泌體行RT-qPCR 驗證,發(fā)現(xiàn)db/db 組小鼠血漿外泌體中mmu-miR-296-5p 表達下降,mmu-miR-34a-5p 表達升高(P=0.011,P=0.013),差異有統(tǒng)計學(xué)意義(圖3)。結(jié)合|log2FC|值,選取miR-296-5p為本研究目標(biāo)miRNA。

圖2 RT-qPCR驗證小鼠腎組織miRNA表達Figure 2 Verification of miRNAs in mouse kidneys by RT-qPCR

圖3 RT-qPCR驗證小鼠血漿外泌體miRNA表達Figure 3 Verification of miRNAs in mouse plasma exsomes by RT-qPCR

2.4 雙熒光素酶實驗檢測mmu-miR-296-5p與Mus-Snail1的靶向關(guān)系

TargetScan 軟件預(yù)測mmu-miR-296-5p 與Snail1 3′UTR 的結(jié)合位點位于Snail1 3′UTR 區(qū)596~603 位置(圖4)。雙熒光素酶報告基因檢測實驗結(jié)果顯示:與miR-296-5p mimics NC組相比,miR-296-5p mimics組Snail1-WT 細胞的熒光素酶活性強度明顯降低(P<0.001);Snail1-MUT 細胞的熒光素酶活性強度無明顯變化(P=0.060);Snail1-WT 細胞miR-296-5p mimics 組與Snail1-MUT 細胞miR-296-5p mimics組比較,熒光素酶活性強度差異有統(tǒng)計學(xué)意義(P=0.003,圖5),證明miR-296-5p靶向結(jié)合Snail1。

圖4 Snail1與miR-296-5p的結(jié)合位點序列圖Figure 4 Sequence of the binding sites of Snail1 and miR-296-5p

圖5 雙熒光素酶檢測結(jié)果Figure 5 Results of dual luciferase assay

2.5 RT-qPCR檢測小鼠腎組織EMT相關(guān)基因表達水平

與db/m 組相比,db/db 組小鼠腎組織中E-cadherin mRNA 表達下調(diào)(P=0.012),α-SMA mRNA 表達上調(diào)(P=0.042),差異有統(tǒng)計學(xué)意義;Snail1 mRNA表達極度上調(diào)(P<0.001,圖6),提示db/db 小鼠腎組織存在α-SMA陽性肌成纖維細胞增殖及Snail1介導(dǎo)的EMT。

圖6 RT-qPCR 檢測小鼠腎組織中E-cadherin、α-SMA 及Snail1 mRNA表達Figure 6 The mRNA expression of E-cadherin,α-SMA and Snail1 in mouse kidney by RT-qPCR

2.6 小鼠腎組織病理切片的觀察

Masson染色見db/m組小鼠腎小球大小正常,無腎小管擴張、萎縮,細胞外Masson 染色陽性面積小于視野面積的10%。db/db 組小鼠腎小球、腎間質(zhì)均見Masson 陽性染色,腎小管擴張明顯,細胞外Masson 染色陽性面積占視野面積的50%左右。HE染色見db/m 組小鼠系膜基質(zhì)無增多,腎小管上皮細胞形態(tài)正常;db/db 組小鼠腎小球中性粒細胞浸潤,系膜基質(zhì)增多,間質(zhì)見炎癥細胞、漿細胞浸潤(圖7)。db/db小鼠腎組織呈現(xiàn)間質(zhì)炎癥、纖維化的病理表現(xiàn)。

圖7 Masson、HE染色觀察小鼠腎組織形態(tài)學(xué)(×100)Figure 7 The morphology of mouse kidney by Masson and HE staining(×100)

2.7 免疫組化染色觀察小鼠腎組織中E-cadherin、α-SMA、Snail1蛋白表達水平

與db/m組相比,db/db組小鼠E-cadherin蛋白表達量下降,差異具有統(tǒng)計學(xué)意義(P=0.020);α-SMA蛋白表達量有上升趨勢(P=0.152),但無統(tǒng)計學(xué)差異;Snail1蛋白表達量明顯增加(P=0.005,圖8)。

圖8 免疫組化染色觀察小鼠腎組織E-cadherin、α-SMA、Snail1的表達(×100)Figure 8 The expression of E-cadherin,α-SMA and Snail1 in mouse kidney by immunohistochemical staining(×100)

3 討論

腎間質(zhì)纖維化的主要特征是α-SMA 陽性肌成纖維細胞增殖和細胞外基質(zhì)過度沉積,是DN 腎功能進行性下降的主要原因之一。目前研究顯示,腎小管上皮細胞EMT 不是肌成纖維細胞的主要來源[6],而是通過誘導(dǎo)上皮細胞周期阻滯[7]、促進肌成纖維細胞分化及維持間質(zhì)炎癥等方式[8],加速腎間質(zhì)纖維化。因此,明確EMT 的調(diào)控機制,對防治糖尿病腎病至關(guān)重要。

EMT 的本質(zhì)是上皮細胞向間充質(zhì)細胞表型轉(zhuǎn)化的過程,在糖尿病背景下,損傷的腎小管上皮細胞E-cadherin表達下調(diào),細胞喪失黏附特性,逐漸從基底膜上脫落,表達α-SMA 間充質(zhì)細胞表型,并通過斷裂的腎小管基底膜移行到腎間質(zhì)中。本研究中,12 周齡db/db 小鼠腎組織病理見間質(zhì)炎癥細胞浸潤,Masson 染色陽性;腎組織α-SMA 基因表達增加,蛋白表達有上升趨勢,符合早期DN腎小管間質(zhì)纖維化改變。與此同時,腎組織E-cadherin 基因和蛋白下調(diào)顯著,提示在DN 腎小管間質(zhì)病變早期即存在上皮細胞EMT,EMT與間質(zhì)炎癥及肌成纖維細胞增殖相關(guān)。本研究免疫組化檢測未見α-SMA 蛋白顯著上升,可能和造模時間短、腎間質(zhì)病變早期纖維化程度不嚴(yán)重有關(guān)。

E-cadherin 表達減少或缺失是EMT 的標(biāo)志,受到轉(zhuǎn)錄因子Snail1的調(diào)節(jié)[9]。在腎臟上皮細胞正常分化過程中,低表達的Snail1 可維持腎組織結(jié)構(gòu)及內(nèi)環(huán)境穩(wěn)態(tài);而病理狀態(tài)下,升高的Snail1與E-cadherin 啟動子的E2-box 特異性結(jié)合,抑制E-cadherin基因的轉(zhuǎn)錄,下調(diào)E-cadherin 表達,觸發(fā)上皮細胞EMT[10]。既往文獻報道,Snail1 在糖尿病腎病、IgA腎病、微小病變腎病等多種腎臟疾病中均可升高,而在DN時升高顯著[11]。腎纖維化小鼠模型[12]及腎小管上皮細胞EMT 模型[13]進一步證實,升高的Snail1 可誘導(dǎo)腎小管上皮細胞EMT。本研究db/db小鼠腎組織Snail1 基因及蛋白表達顯著增加,而E-cadherin 降低明顯,結(jié)合文獻資料,本研究提出,DN 時,腎組織局部Snail1 表達增加,通過下調(diào)E-cadherin,誘導(dǎo)了腎小管上皮細胞EMT。

Snail1又受到多種miRNA的靶向調(diào)控[2,14],而血漿或血清中的miRNA 發(fā)揮調(diào)控功能需要外泌體介導(dǎo)。首先,外泌體是循環(huán)miRNA 的主要存在形式,其特殊的脂質(zhì)雙層膜結(jié)構(gòu)將miRNA 與外界核酸酶相隔絕,相比血循環(huán)中游離的miRNA,外泌體中的miRNA具有良好的生物穩(wěn)定性。其次,外泌體由來源細胞主動胞吐釋放到細胞外,其包裹的miRNA能夠直接反映機體的生理病理狀態(tài),在癌癥[15]、脂肪營養(yǎng)不良[16]、心血管疾?。?7]等疾病中,循環(huán)外泌體miRNA表達譜呈特異性改變,是疾病診斷的新型標(biāo)志物。本研究通過小鼠血漿外泌體miRNA 測序及RT-qPCR 驗證,發(fā)現(xiàn)db/db 小鼠miRNA 在血漿外泌體中呈差異表達,其中miR-296-5p 顯著下調(diào),可能是DN潛在的生物標(biāo)志物。本研究認為,miR-296-5p在db/db 小鼠血漿外泌體表達下降,是在糖尿病背景下,腎臟及腎外組織功能障礙的共同結(jié)果。首先,腎臟作為DN的主要病變器官,可能釋放富集差異表達miRNA 的外泌體[18];其次,脂肪細胞被認為是循環(huán)外泌體miRNA 的主要來源[16],在高糖背景下,包括腎臟、脂肪在內(nèi)的胰島素敏感組織均可出現(xiàn)功能障礙,血漿外泌體miR-296-5p的來源細胞有待后續(xù)研究進一步明確。

目前血漿外泌體miRNA 的研究多圍繞疾病診斷及病情評估,其靶向調(diào)節(jié)功能的相關(guān)研究甚少,血漿外泌體可通過直接融合胞膜或內(nèi)陷胞吞、水平轉(zhuǎn)移miRNA 等進入靶細胞,調(diào)控靶細胞基因。本研究miR-296-5p 在db/db 小鼠腎組織中表達下調(diào),與血漿外泌體中表達一致,雙熒光素酶檢測提示,miR-296-5p與Snail1存在靶向關(guān)系,因此,本研究提出,表達下調(diào)的miR-296-5p可能通過血漿外泌體遞送,靶向上調(diào)腎小管上皮細胞Snail1,誘導(dǎo)腎小管上皮細胞EMT,加速DN腎間質(zhì)纖維化。

綜上所述,miR-296-5p在DN db/db 小鼠血漿外泌體中表達顯著下降,是DN 的潛在生物標(biāo)志物之一。同時,本研究在動物實驗水平提出,表達下調(diào)的miR-296-5p可能通過血漿外泌體遞送,靶向上調(diào)腎小管上皮細胞Snail1,誘導(dǎo)腎小管上皮細胞EMT,加速DN 腎間質(zhì)纖維化,但仍需通過細胞實驗及藥物干預(yù)實驗等進一步驗證。

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