李勇瑜,宋 健
(海南醫(yī)學(xué)院:1臨床醫(yī)學(xué)專業(yè);2附屬腫瘤醫(yī)院消化內(nèi)科,海南???570312)
胃癌是消化道惡性腫瘤的常見病,具有早期易漏診,中、晚期預(yù)后不良的特點。盡管目前內(nèi)鏡下活檢仍是胃癌確診的主要手段,但是其價格貴、耐受性差,患者普遍接受度不高,且癌胚抗原(CEA)、糖抗原199(CA19-9)等特異性、敏感度低的非特異性腫瘤相關(guān)抗原對胃癌更不具有針對性提示意義。近年隨著RNA 測序技術(shù)的不斷進(jìn)步,越來越多的cir?cRNA在胃癌患者中被檢測出來,其在胃癌組織及其癌旁組織與血漿中的表達(dá)差異性與胃癌的發(fā)生發(fā)展、診斷及其預(yù)后關(guān)系不斷被深入發(fā)掘,使circRNA成為胃癌診斷及其預(yù)后的新型生物標(biāo)志物奠定了一定的基礎(chǔ)。
circRNA首次被發(fā)現(xiàn)存在于RNA植物病毒中[1]。隨后發(fā)現(xiàn)少部分的真核生物中也存在相關(guān)的cir?cRNA,但相關(guān)文獻(xiàn)報道較少,學(xué)術(shù)界普遍認(rèn)為其是DNA 轉(zhuǎn)錄過程中錯誤剪接的產(chǎn)物[2]。隨著RNA 測序技術(shù)的深入研究,circRNA 被發(fā)現(xiàn)廣泛存在于人體組織細(xì)胞、血液中[3-4]。與線性RNA(linearRNA)相比,circRNA 具有以下特征[3-6]:①穩(wěn)定性:由于circRNA反向首尾連接形成封閉環(huán)狀結(jié)構(gòu),無游離5′帽和3′尾,有抗RNase 及RNA 外切酶的特性,使其具有高度保守性、穩(wěn)定性以及長半衰期(>48 h)。②分布特異性:通過異常剪接外顯子或內(nèi)含子序列來源的前體mRNA 可產(chǎn)生不同的circRNA,前者主要定位于細(xì)胞質(zhì),后者則定位于細(xì)胞核。③表達(dá)差異性:在人體不同組織或體液中差異表達(dá),對腫瘤、疾病的發(fā)生發(fā)展具有重要意義。④數(shù)量多:多種蛋白基因編碼可共同轉(zhuǎn)錄產(chǎn)生數(shù)量豐富的circRNA。
產(chǎn)生circRNA 的供體種類繁多,但形成的cir?cRNA 主要分成四類[3-6]:純外顯子的circRNA(ecir?cRNA)、純內(nèi)含子的circRNA(ciRNA)、外顯子-內(nèi)含子的circRNA(eiciRNA)以及前體tRNA 形成的cir?cRNA(tricRNA)。另有研究表明染色體易位畸形[7]和環(huán)形DNA病毒[8]也可形成circRNA。不同于線性RNA傳統(tǒng)的剪切方式,circRNA的產(chǎn)生機(jī)制可能包括:①直接反向剪接、外顯子跳躍和RBP抖動:直接反向剪接是ecircRNA 和eiciRNA 最常見的環(huán)化方式,含有ALU重復(fù)序列的特殊前體mRNA通過反向堿基互補(bǔ)配對后剪切形成ecircRNA[3]。外顯子跳躍是通過剪接體提供的供、受體位點連接兩端外顯子構(gòu)成套索選擇性剪接產(chǎn)生ecircRNA[3]。RNA 結(jié)合蛋白(RNA-binding proteins,RBPs)通過識別兩側(cè)內(nèi)含子位點促進(jìn)外顯子反向剪接形成ecircRNA 即RBP 抖動[9]。三種機(jī)制過程中若保留內(nèi)含子則可形成eiciR?NA。②內(nèi)含子套鎖驅(qū)動環(huán)化:富含GU 堿基和(或)C堿基保守序列的前體mRNA 促進(jìn)內(nèi)含子反向互補(bǔ),剪接3′末端驅(qū)動套索環(huán)化形成ciRNA[3]。③tricRNA是前體tRNA 內(nèi)含子經(jīng)剪接環(huán)化形成[10]。④其他:sn?RNP(小核核糖核蛋白)結(jié)合前體mRNA可促進(jìn)環(huán)化形成[11]。
1.3.1 充當(dāng)微小RNA(microRNA,miRNA)海綿 充當(dāng)miRNA 海綿是circRNA 最突出的功能。circRNA作為miRNA的內(nèi)源性抑制劑,通過競爭性抑制miR?NA結(jié)合目標(biāo)mRNA基因,從而影響蛋白質(zhì)翻譯和基因調(diào)控。有研究表明,源于HIPK3 基因Exon2 的circHIPK3 可結(jié)合9 種miRNA 與有18 個結(jié)合位點,競爭性結(jié)合miR-124 產(chǎn)生負(fù)調(diào)節(jié)作用,促進(jìn)腫瘤細(xì)胞生長增殖[4]。ciRS-7是miR-7的典型海綿,含74個靶位點,高效結(jié)合miR-7并促進(jìn)其靶基因表達(dá),增加肝癌、結(jié)腸癌等腫瘤的發(fā)展風(fēng)險[12]。然而,有研究證實circRNA并非有多miRNA靶點才具有調(diào)控基因的能力,如circTP63 可作為miR-873-3p 海綿,特異性結(jié)合后可正調(diào)控miR-873-3p 靶基因FOXM1 表達(dá),促進(jìn)肺鱗狀細(xì)胞癌的進(jìn)展[13]。circTGFBR2 能夠與miR-107 相互作用,抑制miR-107 表達(dá)同時促進(jìn)該靶點基因TGFBR2 表達(dá)上調(diào),抑制鼻咽癌細(xì)胞增殖和侵襲[14]。
1.3.2 調(diào)控基因表達(dá) 不同的circRNA 有不同的調(diào)控親本基因表達(dá)的方式。已有研究表明,ciRNA 與eiciRNA主要定位于細(xì)胞核中,可通過順式調(diào)節(jié)方式參與RNA 聚合酶II 復(fù)合物促進(jìn)親本基因轉(zhuǎn)錄。例如,Li 等[15]證明circEIF3J、circPAIP2 與其親本基因EIF3J和PAIP2的表達(dá)成正相關(guān)。Lai等[16]認(rèn)為來源于SERPINB5 和GDA mRNA 編碼基因的hsa_circ_0047905 和hsa_circ_0138960 與對其親本基因有正調(diào)控作用。Zeng等[17]研究表明circSIRT7與PolⅡ結(jié)合作為其親本基因SIRT7 的順式因子。ecircRNA 主要定位于細(xì)胞質(zhì)中,可與RBPs 結(jié)合調(diào)控mRNA 表達(dá)。另外,eiciRNA 可充當(dāng)RBPs 海綿,具有類似ecir?cRNA 的作用。例如,Du 等[18]研究發(fā)現(xiàn),circFoxo3 與FAK 和HIF1α蛋白相互結(jié)合,可調(diào)節(jié)衰老和應(yīng)激抗性。
1.3.3 翻譯蛋白質(zhì)功能 circRNA 非絕對意義上的非編碼RNA,少部分circRNA 可與核糖體結(jié)合進(jìn)而參與翻譯過程。Yin等[19]在證實circFAM188B具有促進(jìn)雞骨骼肌衛(wèi)星細(xì)胞增殖能力的基礎(chǔ)上,進(jìn)一步發(fā)現(xiàn)其具有編碼多肽circFAM188B-103aa 的潛力,且后者與其親本轉(zhuǎn)錄物circFAM188B 的作用一致。此外,在人體腦細(xì)胞中,來源于SHPRH基因和FBXW7基因的circSHPRH和circFBXW7可分別編碼多肽和蛋白質(zhì),抑制膠質(zhì)瘤的發(fā)生發(fā)展[20-21]。有研究證實,circErbin 可吸附miR-125a-5p 和miR-138-5p,協(xié)同靶向真核細(xì)胞翻譯起始因子4E結(jié)合蛋白1(4EBP-1),從而介導(dǎo)cap 非依賴性HIF-1α蛋白翻譯,促進(jìn)結(jié)直腸癌的生長及轉(zhuǎn)移[22]。然而,Wu等[23]卻研究發(fā)現(xiàn)cir?cYap有負(fù)調(diào)控作用,通過結(jié)合eIF4G和PABP阻止起始翻譯。
綜上所述,circRNA 不僅可以充當(dāng)miRNA 和RBPs海綿對mRNA發(fā)揮調(diào)控作用,還可以調(diào)控蛋白質(zhì)翻譯影響疾病的發(fā)生發(fā)展。此外,研究表明紅景天苷可通過上調(diào)hsa_circ_0000064 水平來減弱缺血再灌注損傷心肌細(xì)胞的自噬和凋亡,有效改善心功能,縮小心肌梗死面積[24]。然而,circRNA 的研究絕非止步于此,更多的生物學(xué)功能有待進(jìn)一步發(fā)掘。
胃癌是消化道惡性腫瘤中的常見病,其預(yù)后與腫瘤的侵襲、轉(zhuǎn)移有關(guān)。雖然目前胃癌的治療手段有很大的提升,但患者的預(yù)后、生存情況并未有效改善,其根本原因在于不能及時進(jìn)行早期診斷。隨著研究深入,發(fā)現(xiàn)circRNA與胃癌的發(fā)生發(fā)展密切相關(guān),使其作為胃癌診斷、預(yù)后評價的生物標(biāo)志物存在著巨大潛力。
circRNA 通常在轉(zhuǎn)錄或轉(zhuǎn)錄后水平調(diào)控基因表達(dá),其中主要以充當(dāng)miRNA海綿、circRNA表達(dá)失調(diào)以及circRNA 作為上皮細(xì)胞-間質(zhì)轉(zhuǎn)化(epitheli?al-mesenchymal transition,EMT)過程中重要組分參與胃癌的進(jìn)展過程。Niu 等[25]首次發(fā)現(xiàn)hsa_circ_0001829 作為miR-155-5p 的分子海綿,調(diào)節(jié)其靶基因SMAD2表達(dá),并通過影響細(xì)胞周期進(jìn)程及凋亡率來促進(jìn)胃癌細(xì)胞增殖、遷移和侵襲。Pu等[26]研究發(fā)現(xiàn)cirCUL3通過激活miR-515-5p促進(jìn)信號轉(zhuǎn)導(dǎo)和轉(zhuǎn)錄活化因子3(STAT3)的表達(dá),從而提高己糖激酶2(HK2)的轉(zhuǎn)錄水平導(dǎo)致胃癌細(xì)胞的增殖和葡萄糖消耗加快。有研究表明,circMTO1 通過競爭性抑制miR-199a-3p 活性,上調(diào)miR-199a-3p 下游靶基因PAWR表達(dá)水平,可提高胃癌細(xì)胞凋亡率,減少細(xì)胞侵襲和遷移[27]。此外,Ma 等[28]研究表明,hsa_circ_0004872 能通過海綿化miR-224 促進(jìn)其下游靶點p21和Smad4表達(dá)上調(diào),并通過Smad4反向抑制RNA編輯酶ADAR1 形成負(fù)調(diào)控環(huán)來影響hsa_circ_0004872的降解,從而抑制胃癌細(xì)胞增殖、遷移和侵襲。Guo等[29]發(fā)現(xiàn)circREPS2充當(dāng)miR-558海綿,可上調(diào)RUNX3的表達(dá),使胃癌細(xì)胞中的β-連環(huán)蛋白信號失活發(fā)揮腫瘤抑制作用。
circRNA 表達(dá)失調(diào)也可調(diào)控胃癌的發(fā)生、發(fā)展。有部分研究發(fā)現(xiàn),如hsa_circ_0001829[25]、circCUL3[26]在胃癌組織和細(xì)胞系中顯著上調(diào),皆有促進(jìn)胃癌細(xì)胞增殖的作用。circMTO1 在胃癌細(xì)胞系和組織中表達(dá)明顯下調(diào),其低表達(dá)水平與預(yù)后不良呈正相關(guān),上調(diào)circMTO1可抑制腫瘤生長[27]。此外,在胃癌組織中hsa_circ_0004872[28]、circREPS2[29]低表達(dá)與TNM分期與腫瘤大小有關(guān),上調(diào)表達(dá)時顯著抑制胃癌細(xì)胞的增殖、遷移、侵襲及體內(nèi)腫瘤的發(fā)生。
EMT過程影響癌細(xì)胞的侵襲、轉(zhuǎn)移,主要是由于上皮細(xì)胞過渡成間充質(zhì)細(xì)胞,后者具有遷移能力可侵襲機(jī)體的各個部位。有研究發(fā)現(xiàn),circREPS2 表達(dá)升高可負(fù)調(diào)控EMT,抑制細(xì)胞增殖、侵襲。hsa_circ_101882通過影響E-cadherin、N-cadherin、vimentin和Snail的表達(dá)水平正調(diào)控EMT過程[29-30]。
circRNA 與腫瘤的關(guān)系是近年的研究熱點,其中circRNA 在胃癌組織及其癌旁組織,甚至是血漿中的表達(dá)差異更是為胃癌的診斷提供有力的依據(jù)。ROC 曲線的AUC 是描述診斷試驗真實程度的常用方法?;趒RT-PCR 擴(kuò)增技術(shù),Lu 等[31]發(fā)現(xiàn)在胃癌組織中hsa_circ_0067582 和hsa_circ_0005758 表達(dá)均顯著降低,其中hsa_circ_0067582 與CEA 水平和臨床分期呈正相關(guān),而hsa_circ_0005758 與CEA 水平和神經(jīng)周圍浸潤呈正相關(guān),兩者ROC曲線下面積AUC 分別為0.671 和0.721,敏感性為55.2%和75%以及特異性為75%和67.7%,具有成為胃癌診斷的潛在標(biāo)志物可能。Kong 等[32]通過采用高通量測序法在胃癌組織及癌旁組織中進(jìn)行大規(guī)模基因篩選,共鑒定出25303 個circRNAs,其中2007 個circRNAs 具有差異表達(dá),并進(jìn)一步驗證hsa_circ_0001821在胃癌患者的組織及全血標(biāo)本中表達(dá)降低,經(jīng)AUC分析顯示全血中的hsa_circ_0001821 對胃癌患者的診斷效率不僅優(yōu)于胃癌組織(0.872,95%CI:0.767~0.977 vs 0.792,95%CI:0.723~0.861),且敏感性和特異性更高于CEA、CA199、CA125 傳統(tǒng)的標(biāo)志物(0.872,95%CI:0.767~0.977 vs 0.839,95%CI:0.740~0.937;0.771,95%CI:0.649~0.893;0.742,95%CI:0.613~0.871),更甚者兩者聯(lián)合可使AUC 高達(dá)0.933,有效提高診斷胃癌的準(zhǔn)確度。同年,研究cir?RNA作為胃癌診斷的新型標(biāo)志物的隊伍逐漸擴(kuò)大。有研究顯示,hsa_circ_0006848 在早期胃癌患者的胃癌組織和血漿中均呈低表達(dá),通過血漿樣品構(gòu)建ROC 曲線的AUC 為0.733,聯(lián)合CEA、CA19-9 及CA72-4 可 使AUC 升 高 至0.825,表 明 了 血 漿hsa_circ_0006848 有望能作為一種新的無創(chuàng)性診斷早期胃癌的生物標(biāo)志物[33]。還有一部分circRNA具有成為診斷胃癌的生物標(biāo)志物潛能,如Xie 等[34]發(fā)現(xiàn)hsa_circ_074362 在胃癌、胃炎組織及胃癌細(xì)胞系中表達(dá)水平均顯著下調(diào),其胃癌組織的AUC 為0.630。Tang等[35]證實了circKIAA1244在胃癌患者的病變組織及血漿樣品中的表達(dá)低于正常對照組,其血漿樣品的AUC 為0.748,且外泌體中circKIAA1244 表達(dá)與血漿水平無差異,進(jìn)一步擴(kuò)大了胃癌診斷載體的范圍。以上研究表明了circRNA 在診斷胃癌方面有重要意義,然而目前大多數(shù)circRNA 的檢測皆在活檢組織中進(jìn)行,只有少部分circRNA可在血漿、外秘體中被發(fā)現(xiàn),并且通過circRNA 檢測來早期診斷胃癌的相關(guān)報道仍較少。因此,circRNA從研究過渡到臨床應(yīng)用的道路還很漫長。
circRNA 與胃癌臨床病理特征的關(guān)聯(lián)性,使其具有評價胃癌預(yù)后的潛力。通常來說,circRNA在胃癌中低表達(dá)可能與患者的預(yù)后成正比,而高表達(dá)則呈反比。有研究顯示,hsa_circ_0000419 在胃癌細(xì)胞系、癌組織和胃癌患者血漿中的表達(dá)水平顯著降低,其中胃癌組織hsa_circ_0000419 水平與細(xì)胞分化、Borrmann 型、總生存率和無病生存率相關(guān),而血漿hsa_circ_0000419水平與腫瘤分期、淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移和遠(yuǎn)端轉(zhuǎn)移、靜脈和神經(jīng)周侵襲呈正相關(guān),可導(dǎo)致患者預(yù)后不良[36]。Deng 等[37]研究發(fā)現(xiàn),circRHOBTB3 在胃癌細(xì)胞系和胃癌組織中表達(dá)下調(diào),其低表達(dá)與腫瘤分期顯著相關(guān),而與其他臨床病理參數(shù)無顯著相關(guān)性,且對比circRHOBTB3 低表達(dá)組,circRHOBTB3 高表達(dá)組患者的整體生存期明顯延長。還有研究表明,circCUL3[26]、hsa_circ_101882[30]在胃癌組織中高表達(dá)與患者的臨床分期密切相關(guān),一定程度上可降低患者的總生存率。在胃癌患者樣本中,hsa_circ_0004872[28]、circREPS2[29]、hsa_circ_0006848[33]低表達(dá)與腫瘤體積大小相關(guān),hsa_circ_0004872[28]、hsa_circ_0001821[32]、hsa_circ_0074362[34]、circKIAA1244[35]低表達(dá)與淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移相關(guān),而circREPS2[29]、hsa_circ_0006848[33]、circKIAA1244[35]低表達(dá)與TNM 分期、病理分化程度顯著相關(guān)。以上研究表明,circRNA的表達(dá)失調(diào)對評估胃癌的預(yù)后有一定的應(yīng)用價值,但目前在血漿等體液中檢測circRNA表達(dá)水平的技術(shù)仍不成熟,其與組織表達(dá)水平是否具有一致性尚未有定論,且其對胃癌評估預(yù)后的可靠性、真實性還有待研究。
circRNA 是一類特殊的非編碼RNA,其閉合環(huán)形結(jié)構(gòu)使其具有酶抗性,能穩(wěn)定存在于組織細(xì)胞、血漿等中,對診斷胃癌及其預(yù)后評估有潛在意義。然而,關(guān)于circRNA 對于胃癌的應(yīng)用價值方面還存在一些問題:首先,大多數(shù)研究未過渡到臨床應(yīng)用。由于研究的局限性,目前尚未有明確機(jī)制解釋cir?cRNA的表達(dá)差異性,很難準(zhǔn)確地通過血漿中的表達(dá)水平對胃癌進(jìn)行早期診斷和預(yù)后評估。其次,cir?cRNA能否作為干預(yù)胃癌進(jìn)程的新靶點,從而達(dá)到治療目的。此外,目前circRNA與胃癌的相關(guān)研究大多是探討胃癌的發(fā)展進(jìn)程以及在活組織中驗證不同circRNA的存在。因此,未來的研究方向主要是解決circRNA如何在腫瘤中發(fā)揮具體的作用機(jī)制問題以及如何將已有基礎(chǔ)成果向臨床應(yīng)用轉(zhuǎn)化問題。