夏涵涵 雷雪柔 黃臻齊 陳雪燕 杜一鳴 周厚高

摘要：快速發(fā)展的簡(jiǎn)化基因組測(cè)序技術(shù)，適用于非模式植物的測(cè)序，成本較低、測(cè)序性能強(qiáng)，目前被大量應(yīng)用于園藝植物鑒定和基因組輔助育種。而具有母系遺傳特征的葉綠體基因組，具有多拷貝、結(jié)構(gòu)保守等優(yōu)點(diǎn)。將葉綠體基因組與二代測(cè)序技術(shù)結(jié)合應(yīng)用，將成為植物遺傳資源研究的有效手段。本文綜述了二代測(cè)序技術(shù)和葉綠體基因組在包括菊花在內(nèi)的園藝植物種質(zhì)資源研究中的應(yīng)用，以期為菊花分類(lèi)和遺傳資源研究提供理論基礎(chǔ)。

關(guān)鍵詞：簡(jiǎn)化基因組測(cè)序;葉綠體基因組;菊花系統(tǒng)學(xué)分類(lèi);基因組輔助育種;二代測(cè)序技術(shù);遺傳資源

中圖分類(lèi)號(hào)： S682.1+10.1 ?文獻(xiàn)標(biāo)志碼： A ?文章編號(hào)：1002-1302（2021）13-0025-04

菊花（Chrysanthemum×morifolium Ramat.），別稱(chēng)鞠、黃花和秋菊，是菊科多年生草本植物。菊花作為我國(guó)的傳統(tǒng)花卉，同時(shí)又是世界上四大切花之首，品種繁多，有著3 000余年的栽培史[1]。在唐朝，中國(guó)菊花傳到日本，日本人將其與野菊進(jìn)行雜交;明末清初時(shí)期，菊花又經(jīng)荷蘭商人引種至歐洲栽培，形成花色、花型各異的品種[1]。菊花具有極高的藥用和經(jīng)濟(jì)價(jià)值，用途多樣。藥菊如滁菊被研發(fā)成了滁菊蜜、 滁菊口含片等，還可利用其黃酮和揮發(fā)油等制作新產(chǎn)品[2]。又因其品種豐富，被許多藝術(shù)家用于雕塑、插花等藝術(shù)作品的制作。如今菊花在世界各地廣泛栽培，栽培技術(shù)和條件的提高，更是讓菊花的栽培和應(yīng)用具有更廣的前景[3]。

1 菊花分類(lèi)研究進(jìn)展

1.1 傳統(tǒng)分類(lèi)階段

菊花起源于中國(guó)，關(guān)于菊花最早的記載在《周禮》中，此外，周朝至春秋時(shí)期均有關(guān)于菊花的記載，在秦朝時(shí)甚至曾出現(xiàn)菊花銷(xiāo)售市場(chǎng)[4]。菊花具有極高的藥用價(jià)值，古人最早是以食用、藥用的目的來(lái)栽培菊花的，在我國(guó)關(guān)于菊花最早的分類(lèi)在《本草經(jīng)》中，將其分為真菊和苦薏[5-6]。晉朝陶淵明獨(dú)愛(ài)菊，創(chuàng)作了許多贊美菊花的詩(shī)句，菊花被當(dāng)作觀賞植物開(kāi)始廣泛栽培。宋朝是栽培菊花的盛期，隨著栽培技術(shù)的提高，出現(xiàn)了各種不同花色的菊花，人們開(kāi)始以花色來(lái)對(duì)菊花進(jìn)行分類(lèi)[5]，宋朝各菊譜記載的品種也越來(lái)越多。明清時(shí)期還是按照宋朝的方法利用花色來(lái)對(duì)菊花進(jìn)行分類(lèi)[5]。但是，由于古代技術(shù)的缺乏和局限，并未能對(duì)菊花進(jìn)行很詳細(xì)的記載和研究，菊花品種也沒(méi)有被科學(xué)系統(tǒng)地分類(lèi)，僅記載了一些類(lèi)別。

1.2 形態(tài)學(xué)系統(tǒng)分類(lèi)整理階段

我國(guó)第1次對(duì)菊花進(jìn)行系統(tǒng)分類(lèi)的是南京農(nóng)業(yè)大學(xué)李鴻漸教授，他經(jīng)研究整理后發(fā)現(xiàn)我國(guó)擁有 3 000 多個(gè)菊花品種[7]。形態(tài)學(xué)系統(tǒng)分類(lèi)整理階段對(duì)菊花品種進(jìn)行分類(lèi)的依據(jù)主要是花形、花色、瓣型等，各學(xué)者提出了不同的分類(lèi)方案。湯忠皓提出將菊花分為22區(qū)、2花型、7瓣型和30個(gè)花型的四級(jí)方案[8]，張樹(shù)林提出將菊花品種歸為2系、3瓣型、25花型的三級(jí)分類(lèi)方案[9]。李鴻漸教授等發(fā)布了與全國(guó)菊花品種分類(lèi)研討會(huì)相似的分類(lèi)方案，將大菊品種分為5類(lèi)、42型[10]。

1.3 現(xiàn)代綜合分類(lèi)階段

現(xiàn)代的菊花分類(lèi)依據(jù)除了形態(tài)學(xué)性狀之外，還有細(xì)胞學(xué)及分子生物學(xué)等性狀，可以對(duì)菊花進(jìn)行更深入、更細(xì)致的分類(lèi)學(xué)研究。傅玉蘭對(duì)寒菊新品種進(jìn)行花粉形態(tài)研究，證實(shí)菊花外部形態(tài)特征與花粉形態(tài)的遺傳變異具有一定的相關(guān)性[11]。陳發(fā)棣等對(duì)幾種中國(guó)野生菊進(jìn)行減數(shù)分裂研究發(fā)現(xiàn)，野菊為異源四倍體[12]。分子標(biāo)記技術(shù)在菊花種質(zhì)資源研究中的應(yīng)用為菊花的起源、菊屬植物種間的親緣關(guān)系、菊花品種的遺傳多樣性研究及菊花的品種分類(lèi)和鑒定提供了豐富可靠的參考數(shù)據(jù)。不同的分子標(biāo)記技術(shù)[如隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)性DNA標(biāo)記（RAPD）、擴(kuò)增片段長(zhǎng)度多態(tài)性（AFLP）和簡(jiǎn)單重復(fù)序列間區(qū)（ISSR）等]對(duì)菊花品種分類(lèi)均起到了重要作用，如戴思蘭等曾用RAPD技術(shù)對(duì)菊花起源進(jìn)行研究發(fā)現(xiàn)，野菊、毛華菊與栽培菊花的親緣關(guān)系最接近[13]。許多研究提出，瓣型在菊花起源中是一個(gè)重要的性狀，并可作為菊花分類(lèi)的一個(gè)等級(jí)[14]。此外，這些標(biāo)記技術(shù)不僅可以將菊花的原始栽培品種區(qū)分開(kāi)來(lái)，還可以區(qū)分從一個(gè)品種中衍生出來(lái)的突變體，這就為今后菊花品種鑒定和培育工作提供了技術(shù)支持。

1.4 存在的問(wèn)題

前人雖然已經(jīng)在中國(guó)菊花品種形態(tài)分類(lèi)和鑒定方面做了大量工作[15-16]，但是對(duì)于品種數(shù)量眾多的菊花來(lái)說(shuō)，制定全面系統(tǒng)的分類(lèi)鑒定方案非常困難，在品種分類(lèi)和遺傳資源研究方面都存在很大的不足和局限。一是由于菊花品種間差異較小、遺傳復(fù)雜及高度的自交不育性，加大了菊花研究的難度。二是菊花品種收集和保存難度大，菊花品種繁多，易雜交產(chǎn)生新的變異，缺乏直接有利的生物分子信息[17]。三是菊花分類(lèi)體系和鑒定手段不完善，目前主要仍以形態(tài)特征作為分類(lèi)依據(jù)，受自然環(huán)境的影響較大。尋找穩(wěn)定的遺傳標(biāo)記、有效地鑒定菊花品種是今后菊花品種資源研究的重要課題，應(yīng)重視分子生物學(xué)方向的研究，用不同的分子標(biāo)記技術(shù)進(jìn)行菊花品種研究。

2 葉綠體基因研究進(jìn)展

葉綠體是部分藻類(lèi)及高等植物特有的、具有雙層膜結(jié)構(gòu)的半自主性細(xì)胞器，其最重要功能就是通過(guò)光合作用合成重要氨基酸類(lèi)物質(zhì)并產(chǎn)生能量，是植物體重要的能量轉(zhuǎn)換器[18]。葉綠體基因組即葉綠體DNA（cpDNA），包含葉綠體中所有的DNA。自Shinozaki等成功獲取煙草（Nicotiana tabacum）的葉綠體基因組全序列以來(lái)，越來(lái)越多的植物葉綠體基因組序列被測(cè)定[19]。葉綠體基因組庫(kù)中含有同一個(gè)種的不同亞種葉綠體基因組序列，反映了它們之間存在進(jìn)化差異[20]。由于葉綠體基因組具有比較保守的環(huán)狀結(jié)構(gòu)、獨(dú)立的基因組及屬于母系遺傳，使得葉綠體轉(zhuǎn)化技術(shù)成為研究植物進(jìn)化研究的有效手段。

2.1 葉綠體基因組結(jié)構(gòu)

葉綠體基因組序列的基因組大小、結(jié)構(gòu)、種類(lèi)的保守性都很強(qiáng)，絕大部分葉綠體DNA為雙鏈閉合環(huán)狀分子，極少數(shù)是線狀，如傘藻（Acetabularia）和玉米（Zea mays）。葉綠體基因組的大小一般為 120～160 kb，也存在同一物種大小差異過(guò)大的情況，如綠藻的葉綠體DNA的差異很大，小的如某種寄生性綠藻（Simulium jonesii）的DNA大小只有 37 kb，而大的如傘藻的DNA大小則達(dá)2 000 kb[21]。cpDNA有4個(gè)基本組成部分，雖然不同植物的葉綠體DNA長(zhǎng)度各不相同，但大部分植物葉綠體中均有1段大致為10～24 kb且呈反向重復(fù)的DNA序列（IRA、IRB）。除此以外，IRA和IRB之間發(fā)生重組形成了小單拷貝序列（small single copy region，簡(jiǎn)稱(chēng)SSC），剩下的部分就是大單拷貝序列（large single copy region，簡(jiǎn)稱(chēng)LSC）。IRA、IRB大小和方向的不同是造成cpDNA差異的主要原因，如被子植物豌豆（Pisum sativum）甚至已經(jīng)失去IR區(qū)間，而纖細(xì)裸藻（Euglena gracilis）含有3段方向相同的重復(fù)DNA序列，紫紅紫菜（Porphyra purpurea）的IR序列同向重復(fù)[20]。葉綠體基因組編碼的基因可大致分為3類(lèi)，分別是光合系統(tǒng)基因（psaA、psaB、psaC、petA、petB、atpA等）、遺傳系統(tǒng)基因（rrn5、trnH、rpl2等）、生物合成基因（matK、cemA等）。

2.2 葉綠體基因組在園藝作物研究中的應(yīng)用

隨著基因組學(xué)的發(fā)展，葉綠體基因組憑其自身特點(diǎn)和優(yōu)勢(shì)已經(jīng)成為基因組測(cè)序的首要選擇，在植物的系統(tǒng)發(fā)育分析中有巨大優(yōu)勢(shì)。如段義忠等通過(guò)葉綠體基因組對(duì)比分析沙冬青（Ammopiptanthus mongolicus）和小沙冬青（A. nanus）在蝶形花科中的系統(tǒng)進(jìn)化發(fā)育[22]。楊嘉鵬等對(duì)3種石豆蘭屬藥用植物葉綠體基因組進(jìn)行組裝注釋?zhuān)瑸橄到y(tǒng)發(fā)育分析和物種鑒定提供了理論依據(jù)[23]。趙惠恩對(duì)菊花的cpDNA基因序列中的trnT-trnL、trnL-trnF序列進(jìn)行研究，發(fā)現(xiàn)毛華菊（C. vestitum）和栽培菊花的序列差異較大，而栽培菊花和甘菊（C. lavandulifolium）的序列完全相同，由此可見(jiàn)，栽培菊花的母系祖先種可能是甘菊，并非毛華菊[24]。李世茂采用葉綠體基因間隔序列對(duì)比分析法探討研究栽培菊和野生近源種的系統(tǒng)學(xué)，為栽培菊的起源提供了理論依據(jù)[25]。劉錫娟等在試驗(yàn)中通過(guò)用菊花Rubisco小亞基的啟動(dòng)子驅(qū)動(dòng)，在基因的5′端加葉綠體定位信號(hào)肽，構(gòu)建了植物表達(dá)載體并進(jìn)行其他轉(zhuǎn)基因方面的試驗(yàn)，獲得轉(zhuǎn)5-烯醇式丙酮酰莽草酸-3-磷酸合酶（EPSPS）基因抗草甘膦煙草和棉花[26]。何熠將菊屬、亞菊屬葉綠體DNA測(cè)序組裝后，分別進(jìn)行結(jié)構(gòu)分析，發(fā)現(xiàn)菊屬、亞菊屬不同物種之間的差異很小[27]。通過(guò)基因組大小比對(duì)，發(fā)現(xiàn)它們的葉綠體基因組長(zhǎng)度十分相似，都在151 000 bp左右，表明該物種全含有相同的一套編碼基因。

3 基因組測(cè)序技術(shù)方法

3.1 二代測(cè)序技術(shù)

1977年Sanger等發(fā)明的雙脫氧鏈終止法（即第1代DNA測(cè)序技術(shù)）是獲得植物全基因組最傳統(tǒng)的DNA測(cè)序技術(shù)[28]。Sanger測(cè)序法的測(cè)序程序是根據(jù)DNA復(fù)制和RNA反轉(zhuǎn)錄的原理來(lái)設(shè)計(jì)的。人們利用該技術(shù)第1次獲得了擬南芥的全基因序列[29]?；赟anger測(cè)序發(fā)展起來(lái)的二代測(cè)序技術(shù)（next generation sequencing，簡(jiǎn)稱(chēng)NGS）目前已被廣泛應(yīng)用于觀賞植物分子標(biāo)記、圖譜構(gòu)建等[30-31]。二代測(cè)序技術(shù)主要有Illumina公司的Solexa Genome Analyzer測(cè)序平臺(tái)、454測(cè)序技術(shù)、寡聚物連接檢測(cè)（SOLiD）測(cè)序技術(shù)、完整基因DNA測(cè)序方法（complete genomics）測(cè)序方法、半導(dǎo)體測(cè)序技術(shù)等5種測(cè)序技術(shù)。雖然Sanger測(cè)序法能夠高準(zhǔn)確性地完成大量測(cè)序工作，但其存在成本高、速度慢、通量低等不足，而二代測(cè)序技術(shù)則是一種低成本、高通量的測(cè)序技術(shù)，1次可對(duì)成千上百萬(wàn)條DNA分子同時(shí)進(jìn)行快速測(cè)序，故NGS逐漸取代Sanger測(cè)序法而被廣泛應(yīng)用。 如北美云杉（Picea sitchensis）的葉綠體基因組序列就是通過(guò)此方法獲得的[32]，胡志剛利用454測(cè)序技術(shù)結(jié)合標(biāo)簽法獲得了菊科藥用植物的葉綠體基因組全序列[33]。隨著二代測(cè)序的運(yùn)用，發(fā)展出來(lái)的簡(jiǎn)化基因組測(cè)序應(yīng)用更加廣泛，它是通過(guò)選擇一種限制性內(nèi)切酶進(jìn)行酶切，然后進(jìn)行文庫(kù)片段大小選擇，使用一定大小的酶切片段所對(duì)應(yīng)的序列作為整個(gè)基因組序列的部分代表來(lái)降低基因組的復(fù)雜性。對(duì)群體中不同基因型的個(gè)體采用相同的內(nèi)切酶進(jìn)行酶切，回收相同大小范圍的酶切片段建立文庫(kù)，然后進(jìn)行高通量測(cè)序。對(duì)于有參考基因組序列的物種，可進(jìn)行測(cè)序片段的比對(duì);而對(duì)于沒(méi)有參考序列的物種，則先組裝序列然后進(jìn)行序列比對(duì)。通過(guò)簡(jiǎn)化基因組測(cè)序和分析，可以準(zhǔn)確發(fā)現(xiàn)單核苷酸多態(tài)位點(diǎn)（single nucleotide polymorphism，簡(jiǎn)稱(chēng)SNP）。王柏柯等利用簡(jiǎn)化基因組測(cè)序?qū)?60個(gè)特定番茄樣本進(jìn)行測(cè)序和分析，共獲得8個(gè)與目標(biāo)基因相關(guān)的候選區(qū)域，對(duì)番茄雄性不育基因進(jìn)行初步定位，為雄性不育基因的克隆功能提供理論基礎(chǔ)[34]。張珊珊等對(duì)從24個(gè)天然的云南藍(lán)果樹(shù)樣本進(jìn)行基因測(cè)序中獲得6 309 個(gè)有效SNP位點(diǎn)進(jìn)行遺傳分析，得出了現(xiàn)存植株之間親緣關(guān)系較遠(yuǎn)的結(jié)論，認(rèn)為該品種的種質(zhì)資源具有很大的保存價(jià)值和研究?jī)r(jià)值[35]。由于全基因組測(cè)序?qū)τ谙窬栈ㄟ@樣大基因組的物種仍然很困難，而其他的一些遺傳簡(jiǎn)化方法具有很高的偏差和限制[36]，因此對(duì)于很多非模式的物種，簡(jiǎn)化基因組測(cè)序技術(shù)仍然是一種經(jīng)濟(jì)且有效的途徑來(lái)產(chǎn)生高密度的SNP，可以用來(lái)對(duì)園藝作物進(jìn)行鑒定和分類(lèi)，完成基因組輔助育種。周春玲通過(guò)AFLP技術(shù)對(duì)菊屬12個(gè)分類(lèi)群體進(jìn)行分析，結(jié)果表明，滁菊、毫菊2個(gè)品種可歸并為1個(gè)品種，且與毛華菊、野菊、甘菊的親緣關(guān)系較近[37]。洪亞輝等利用RAPD技術(shù)對(duì)5種菊花變異種后代進(jìn)行遺傳差異分析，從中發(fā)現(xiàn)6種引物的多態(tài)差異性明顯，結(jié)果表明，變異菊花在DNA水平上具多態(tài)差異性[38]。葉松選用99種菊花對(duì)其進(jìn)行高通量測(cè)序分析，得到簡(jiǎn)單重復(fù)序列（simple sequence repeat，簡(jiǎn)稱(chēng)SSR）片段 32 863 條，隨機(jī)篩選的100對(duì)SSR引物中有16對(duì)SSR引物具有多態(tài)性，且擴(kuò)增條帶清晰[39]，為分子標(biāo)記輔助育種在菊花的研究上提供了有效的理論依據(jù)。

4 展望

菊花的起源和系統(tǒng)學(xué)的研究已經(jīng)持續(xù)了很多年，但由于菊花品種繁多、品種差異較小和技術(shù)、歷史的局限性，并未能很好地解釋菊花分類(lèi)及系統(tǒng)關(guān)系，存在較大的分歧。雖然前人已經(jīng)有進(jìn)行深入到DNA序列方向的研究，但目前有關(guān)于菊花葉綠體基因組序列的研究仍比較缺乏。葉綠體的基因?qū)儆谀感赃z傳，具有獨(dú)立的遺傳系統(tǒng)。與核基因組相比，其結(jié)構(gòu)和基因組成非常保守，具有多拷貝、進(jìn)化速率適中、在分子水平上具有明顯差異等優(yōu)點(diǎn)[40]。利用cpDNA對(duì)菊花品種的系統(tǒng)進(jìn)化研究具有很大的潛力，近年來(lái)測(cè)定葉綠體基因組序列也成為了系統(tǒng)進(jìn)化和物種分類(lèi)強(qiáng)力有效的手段。但群體間存在雜交現(xiàn)象，而cpDNA屬單親遺傳，故其無(wú)法解釋全部的系統(tǒng)發(fā)育現(xiàn)象，也無(wú)法揭示完整的進(jìn)化過(guò)程。

隨著科技的發(fā)展，NGS憑借其測(cè)序性能強(qiáng)、周期短、無(wú)需參考基因組等優(yōu)點(diǎn)，一躍成為探究植物全基因組序列、遺傳多樣性的有效技術(shù)。因此，結(jié)合簡(jiǎn)化基因組測(cè)序技術(shù)，可獲取更多的遺傳信息和不同水平的區(qū)分特征，葉綠體基因組和簡(jiǎn)化基因組測(cè)序技術(shù)可更廣泛地運(yùn)用在園藝作物鑒定和分類(lèi)上，輔助分子育種，對(duì)園藝作物進(jìn)行種質(zhì)創(chuàng)新和品種改良具有重要意義。

參考文獻(xiàn)：

[1]薛守紀(jì). 菊花栽培[M]. 北京：中國(guó)林業(yè)出版社，2004：3-4.

[2]王世福，龔建國(guó)，王 詔. 滁菊產(chǎn)業(yè)化發(fā)展綜述[J]. 安徽農(nóng)學(xué)通報(bào)，2012，18（17）：10，69-70.

[3]鐵 錚. 菊花起源之爭(zhēng)[N]. 北京日?qǐng)?bào)，2013-10-09（20）.

[4]劉春迎，王蓮英. 菊花品種的數(shù)量分類(lèi)研究（Ⅰ）[J]. 北京林業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào)，1995，17（2）：79-87.

[5]孫文松. 菊花品種起源及形態(tài)學(xué)分類(lèi)研究[J]. 黑龍江農(nóng)業(yè)科學(xué)，2013（9）：58-60.

[6]牟禮忠. 霜寒時(shí)節(jié)話菊花[J]. 廣西林業(yè)，2004（1）：75.

[7]李鴻漸，邵健文. 中國(guó)菊花品種資源的調(diào)查收集與分類(lèi)[J]. 南京農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào)，1990，13（1）：30-36.

[8]湯忠皓. 中國(guó)菊花品種分類(lèi)的探討[J]. 園藝學(xué)報(bào)，1963，2（4）：441-418.

[9]張樹(shù)林. 菊花品種分類(lèi)的研究[J]. 園藝學(xué)報(bào)，1965，4（1）：35-46.

[10]李鴻漸. 中國(guó)菊花[M]. 南京：江蘇科學(xué)技術(shù)出版社，1993.

[11]傅玉蘭. 根據(jù)花粉形態(tài)探討寒菊新品種的遺傳特性[C]//中國(guó)風(fēng)景園林學(xué)會(huì)，北京市園林局，中國(guó)菊花研究會(huì).中國(guó)菊花研究論文集（1997—2001）. 2001：4.

[12]陳發(fā)棣，陳佩度，李鴻漸.幾種中國(guó)野生菊的染色體組分析及親緣關(guān)系初步研究[J]. 園藝學(xué)報(bào)，1996（01）：67-72.

[13]戴思蘭，陳俊愉，李文彬. 菊花起源的RAPD分析[J]. 植物學(xué)報(bào)，1998，40（11）：1053-1059.

[14]吳在生，李海龍，劉建輝，等. 65個(gè)菊花栽培品種遺傳多樣性的AFLP分析[J]. 南京林業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào)（自然科學(xué)版），2007，31（5）：67-70.

[15]白新祥. 菊花花色形成的表型分析[D]. 北京：北京林業(yè)大學(xué)，2007.

[16]雒新艷. 大菊品種資源遺傳多樣性研究[D]. 北京：北京林業(yè)大學(xué)，2009.

[17]張莉俊，戴思蘭. 菊花種質(zhì)資源研究進(jìn)展[J]. 植物學(xué)報(bào)，2009，44（5）：526-535.

[18]Ahlert D，Ruf S，Bock R. Plastid protein synthesis is required for plant development in tobacco[J]. PNAS，2003，100（26）：15730-15735.

[19]Shinozaki K，Ohme M，Tanaka M，et al. The complete nucleotide sequence of the tobacco chloroplast genome：its gene organization and expression[J]. The Embo Journal，1986，5（9）：2043-2049.

[20]邢少辰，Liu C J . 葉綠體基因組研究進(jìn)展[J]. 生物化學(xué)與生物物理進(jìn)展，2008，35（1）：21-28.

[21]Maier R M，Schmitz-Liuneweber C. Plastid genomes[M]//Daniell H，Chase C D. Molecular biology and biotechnology of the plant organelles：chloroplasts and mitochondria. Netherlands：Springer Netherlands，2004：115-150.

[22]段義忠，張 凱. 沙冬青屬植物葉綠體基因組對(duì)比和系統(tǒng)發(fā)育分析[J]. 西北植物學(xué)報(bào)，2020（8）：1323-1332.

[23]楊嘉鵬，朱紫樂(lè)，范雅娟，等. 三種石豆蘭屬藥用植物的葉綠體基因組比較分析及物種鑒定研究[J]. 藥學(xué)學(xué)報(bào)，2020，55（11）：2736-2745.

[24]趙惠恩. 菊屬基因庫(kù)的建立與菊花起源的研究及多功能地被菊育種[D]. 北京：北京林業(yè)大學(xué)，2000.

[25]李世茂. 基于葉綠體DNA基因間隔序列的菊花與近緣種親緣關(guān)系研究[D]. 武漢：華中農(nóng)業(yè)大學(xué)，2010.

[26]劉錫娟，劉昱輝，王志興，等. 轉(zhuǎn)5-烯醇式丙酮酰莽草酸-3-磷酸合酶（EPSPS）基因抗草甘膦煙草和棉花的獲得[J]. 農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報(bào)，2007，15（6）：958-963.

[27]何 熠. 基于二代測(cè)序技術(shù)對(duì)SNP檢測(cè)軟件的比較研究[D]. 石河子：石河子大學(xué)，2019.

[28]Sanger F，Nicklen S，Coulson A R. DNA sequencing with chain-terminating inhibitors[J]. Biotechnology，1977，24（12）：104-108.

[29]Arabidopsis Genome Initiative. Analysis of the genome sequence of the flowering plant Arabidopsis thaliana[J]. Nature，2000，408（6814）：796-815.

[30]熊 燕，張金柱，董 婕，等. 簡(jiǎn)化基因組測(cè)序技術(shù)在觀賞植物中的應(yīng)用研究進(jìn)展[J]. 園藝學(xué)報(bào)，2020，47（6）：1194-1202.

[31]趙 娜，苗艷梅，趙 敏. 未知植物病毒分子生物學(xué)檢測(cè)方法的研究現(xiàn)狀[J]. 江蘇農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào)，2019，35（1）：224-228.

[32]白雪菲. 基于混合樣品高通量測(cè)序數(shù)據(jù)的植物葉綠體基因組拼接和分析[D]. 杭州：浙江大學(xué)，2013.

[33]胡志剛. 菊科藥用植物DNA條形碼及葉綠體基因組研究[D]. 武漢：湖北中醫(yī)藥大學(xué)，2012.

[34]王柏柯，李 寧，唐亞萍，等. 基于簡(jiǎn)化基因組測(cè)序技術(shù)的番茄雄性不育基因定位[J]. 西北農(nóng)林科技大學(xué)學(xué)報(bào)（自然科學(xué)版），2017，45（6）：177-184.

[35]張珊珊，康洪梅，楊文忠. 基于簡(jiǎn)化基因組技術(shù)的云南藍(lán)果樹(shù)群體遺傳分析[J]. 植物研究，2019，39（6）：899-907.

[36]Catchen J M，Hohenlohe P A，Bernatchez L，et al. Unbroken：RADseq remains a powerful tool for understanding the genetics of adaptation in natural populations[J]. Molecular Ecology Resources，2017，17（3）：362-365.

[37]周春玲，戴思蘭. 菊屬部分植物的AFLP分析[J]. 北京林業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào)，2002（增刊1）：72-76.

[38]洪亞輝，朱兆海，張學(xué)文，等. 運(yùn)用RAPD分析菊花輻射變異后代遺傳差異[J]. 湖南農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào)（自然科學(xué)版），2003，29（6）：462-467.

[39]葉 松. 菊花表型性狀與SSR、SCoT分子標(biāo)記的關(guān)聯(lián)分析[D]. 鄭州：河南大學(xué)，2017.

[40]田 欣，李德銖. DNA序列在植物系統(tǒng)學(xué)研究中的應(yīng)用[J]. 云南植物研究，2002，24（2）：170-184.