天津市醫(yī)學(xué)會(huì)醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)分會(huì)，天津市醫(yī)學(xué)會(huì)遺傳咨詢分會(huì)

由于近年來(lái)高通量測(cè)序技術(shù)，尤其是全外顯子組測(cè)序技術(shù)的廣泛應(yīng)用，使得對(duì)海量的基因變異進(jìn)行分析解讀成為可能。美國(guó)醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)與基因組學(xué)學(xué) 會(huì)（American College of Medical Genetics and Genomics，ACMG）發(fā)表了基因變異致病性的分類指南，包括非腫瘤性遺傳病相關(guān)的胚系變異（為主體）的分類指南［1-3］、拷貝數(shù)變異的分類指南［4-7］、線粒體tRNA（mitochondrial tRNA）基因變異的分類建議［8-9］。近年關(guān)于致病性分類方法還在不斷修訂中［10-15］。在臨床實(shí)踐過(guò)程中，對(duì)于遺傳基因檢測(cè)報(bào)告的解讀經(jīng)常會(huì)產(chǎn)生誤解，一方面源自變異水平的致病性分類方法尚不夠完善；另一方面源自臨床醫(yī)生與實(shí)驗(yàn)室人員理解上的偏差。實(shí)驗(yàn)室專家往往強(qiáng)調(diào)基因變異的分類僅僅與變異本身的性質(zhì)相關(guān)，而與具體案例（患者、攜帶者或者胎兒）的表型無(wú)關(guān)，而臨床醫(yī)生則需要直接面對(duì)臨床案例，不僅要考慮變異本身的性質(zhì)，而且要考慮案例的具體情況。

為了彌補(bǔ)實(shí)驗(yàn)室人員與臨床醫(yī)生之間關(guān)注焦點(diǎn)的差異，降低臨床醫(yī)生理解檢測(cè)報(bào)告的難度，本文建議：基因檢測(cè)實(shí)驗(yàn)室不僅要對(duì)變異的致病性進(jìn)行分類，還應(yīng)通過(guò)與臨床科室的密切溝通，對(duì)疑似基因相關(guān)表型譜與具體臨床案例之間的相關(guān)程度進(jìn)行評(píng)估，并在此基礎(chǔ)上對(duì)基因變異進(jìn)行臨床意義的分級(jí)。通過(guò)在檢測(cè)報(bào)告中同時(shí)給出基因變異的致病性分類以及臨床意義的分級(jí)，有助于臨床醫(yī)生準(zhǔn)確地理解檢測(cè)報(bào)告，也有助于下一步準(zhǔn)確地向患者和（或）家屬提供臨床遺傳咨詢服務(wù)。

1 臨床信息采集與疑似致病基因相關(guān)表型的回顧

1.1 詳細(xì)表型和家族史采集的重要性 臨床案例的詳細(xì)表型和家族史對(duì)于后續(xù)基因檢測(cè)結(jié)果的分析與解讀具有極為重要的意義。表型資料與家族史的準(zhǔn)確度和全面性不僅可能影響醫(yī)生能否選擇出最合理的檢測(cè)項(xiàng)目，還可能影響到實(shí)驗(yàn)室在數(shù)據(jù)分析解讀中能否定位到真正需要被關(guān)注的基因，也會(huì)影響到能否準(zhǔn)確地進(jìn)行致病性的評(píng)估。在致病性的評(píng)估過(guò)程中，一些證據(jù)點(diǎn)的評(píng)價(jià)需要考慮到臨床相符的程度，如PP1（符合基因型-臨床表型的共分離）和PP4（臨床表型相符并且高度特異）［1］。因此，臨床表型和家族史的采集是否完整與準(zhǔn)確可能會(huì)影響最終的醫(yī)療實(shí)踐。

在完成了基因檢測(cè)之后，還可以根據(jù)基因檢測(cè)報(bào)告所提示的疑似診斷再次進(jìn)行表型采集，以便發(fā)現(xiàn)較為次要的表型，進(jìn)一步確認(rèn)或者排除診斷。尤其是針對(duì)攜帶可疑基因變異的家庭成員，也應(yīng)盡量采集其表型，幫助對(duì)基因型-表型之間的相關(guān)性進(jìn)行評(píng)估及確認(rèn)。

1.2 輔助進(jìn)行表型描述以及查詢的數(shù)據(jù)庫(kù)和網(wǎng)站

1.2.1 人類表型標(biāo)準(zhǔn)用語(yǔ)聯(lián)盟（Human Phenotype Ontology，HPO）和中文人類表型標(biāo)準(zhǔn)用語(yǔ)聯(lián)盟（CHPO）表型標(biāo)準(zhǔn)化數(shù)據(jù)庫(kù) 隨著對(duì)人類疾病研究的逐漸深入，科研工作者們?cè)絹?lái)越意識(shí)到臨床表型數(shù)據(jù)的重要性，對(duì)基因型與表型數(shù)據(jù)進(jìn)行聯(lián)合分析成為眾多疾病研究的一個(gè)方向。HPO旨在提供人類疾病中用于描述表型異常的標(biāo)準(zhǔn)詞匯，目前包含約11 000個(gè)名詞和超過(guò)115 000條關(guān)于遺傳性疾病的注釋，還提供了一套針對(duì)約4 000種疾病的注釋（https://hpo.jax.org/app）［16-17］。HPO中每個(gè)術(shù)語(yǔ)描述了一種異常表型，如房間隔缺損。HPO建立者從醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)、Orphanet、利用染色體組分資源建立的人類染色體不平衡與表型數(shù)據(jù)庫(kù)（DatabasE of genomiCvarIation and Phenotype in Humans using Ensembl Resources，DECIPHER）和在線人類孟德?tīng)栠z傳（Online Mendelian Inheritance in Man，OMIM）數(shù)據(jù)庫(kù)獲取信息并進(jìn)一步開(kāi)發(fā)，持續(xù)進(jìn)行詞條的維護(hù)和完善。HPO的建立有助于臨床醫(yī)生以標(biāo)準(zhǔn)化的醫(yī)學(xué)術(shù)語(yǔ)來(lái)描述罕見(jiàn)病患者的表型，這樣不僅有利于診斷疾病，確定致病基因，還能幫助研究人員尋找疾病與特定表型之間的關(guān)系。2016年初，國(guó)內(nèi)相關(guān)領(lǐng)域的專家共同成立了CHPO，基于HPO網(wǎng)站進(jìn)行詞匯的中文翻譯和編輯優(yōu)化，并建立了CHPO搜索引擎（http://www.chinahpo.org），提供詞庫(kù)的免費(fèi)下載，獲得了國(guó)內(nèi)同行的廣泛關(guān)注和贊許。

1.2.2 OMIM數(shù)據(jù)庫(kù) OMIM數(shù)據(jù)庫(kù)（http://www.omim.org）是關(guān)于人類基因和遺傳紊亂的數(shù)據(jù)庫(kù)，通過(guò)對(duì)新的病癥分類并命名、收錄表型和相關(guān)致病基因的關(guān)系來(lái)收錄人類孟德?tīng)柤膊⌒畔ⅲ梢酝ㄟ^(guò)臨床特征、表型和基因型來(lái)搜索對(duì)應(yīng)的信息。OMIM數(shù)據(jù)庫(kù)包括大量已知的遺傳病、遺傳決定的性狀及其基因，除了簡(jiǎn)略描述各種疾病的臨床特征、診斷、鑒別診斷、治療與預(yù)防外，還提供已知有關(guān)致病基因的連鎖關(guān)系、染色體定位、組成結(jié)構(gòu)和功能、動(dòng)物模型等資料，并附有經(jīng)縝密篩選的相關(guān)參考文獻(xiàn)。OMIM數(shù)據(jù)庫(kù)持續(xù)更新，是用來(lái)查詢特定致病基因相關(guān)臨床表型的較為可靠的數(shù)據(jù)庫(kù)［18］。

1.2.3 GeneReviews數(shù)據(jù)庫(kù) GeneReviews數(shù)據(jù)庫(kù)（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/-NBK1116）是美國(guó)國(guó)立衛(wèi)生研究院資助，由美國(guó)華盛頓大學(xué)組織編撰并維護(hù)的一系列在線叢書(shū)數(shù)據(jù)庫(kù)。該叢書(shū)的編寫(xiě)目的是為繁忙的一線醫(yī)學(xué)工作者提供可以直接在臨床上應(yīng)用的遺傳病相關(guān)信息。GeneReviews內(nèi)容非常詳實(shí)，并支持遺傳病外顯率的查詢。不僅如此，其還提供包括鑒別診斷、治療方案、風(fēng)險(xiǎn)因素、監(jiān)控方案和遺傳咨詢等信息，適合臨床醫(yī)生和遺傳咨詢師使用。截至2021年4月25日，GeneReviews共收錄了796個(gè)章節(jié)且在不斷增加中。2016年底，國(guó)內(nèi)專家開(kāi)始著手建立中文版GeneReviews（https://genereviews.nrdrs.org.cn/paper/index），翻譯全部現(xiàn)有詞條并根據(jù)英文原版及時(shí)進(jìn)行更新，添加了更多英文版未涵蓋的詞條和中國(guó)人群特有的信息，如中國(guó)人群中的發(fā)病率和變異熱點(diǎn)等。

1.2.4 人類基因突變數(shù)據(jù)庫(kù)（Human Gene Mutation Database，HGMD） HGMD（http://www.hgmd.cf.ac.uk）存儲(chǔ)了與人類疾病相關(guān)的致病變異信息，內(nèi)容動(dòng)態(tài)更新，不斷添加新的數(shù)據(jù)，并且淘汰被認(rèn)為可能存在錯(cuò)誤的信息［19］。該數(shù)據(jù)庫(kù)已經(jīng)覆蓋了超過(guò)1.1萬(wàn)個(gè)可能與人類疾病相關(guān)的基因，以及超過(guò)29萬(wàn)種有關(guān)的變異（以致病性的變異為主），并且注明可能與每個(gè)變異相關(guān)的臨床表型。該數(shù)據(jù)庫(kù)已經(jīng)成為臨床基因測(cè)序結(jié)果的解釋中不可或缺的重要工具之一。

1.2.5 MalaCards數(shù)據(jù)庫(kù) MalaCards數(shù)據(jù)庫(kù)（http://www.malacards.org）是人類疾病及其注釋的綜合匯編［20-21］。當(dāng)前版本包括來(lái)自74個(gè)來(lái)源的21 369種疾病的信息。對(duì)于每一種疾病，數(shù)據(jù)庫(kù)都會(huì)顯示一張帶有關(guān)于該疾病的各種注釋信息的“疾病卡”，匯總了該疾病的各種已知信息。這些信息來(lái)自GeneCards數(shù)據(jù)庫(kù)、文獻(xiàn)檢索和GeneAnalytics基因集分析工具。MalaCards數(shù)據(jù)庫(kù)使用一個(gè)自動(dòng)計(jì)算信息檢索引擎，通過(guò)利用遠(yuǎn)程數(shù)據(jù)以及GeneCards平臺(tái)收集的信息，整理和填充疾病卡。MalaCards數(shù)據(jù)庫(kù)整合了專門(mén)疾病和一般疾病列表，包括罕見(jiàn)疾病、遺傳病和復(fù)雜疾病等。MalaCards中每種疾病的相關(guān)基因的平均數(shù)多于OMIM，其特點(diǎn)是大而全，注解來(lái)源于文獻(xiàn)，但可靠性不易判斷。當(dāng)在OMIM上未發(fā)現(xiàn)與基因?qū)?yīng)的疾病時(shí)，可嘗試該數(shù)據(jù)庫(kù)。

1.2.6 DECIPHER數(shù)據(jù)庫(kù) DECIPHER數(shù)據(jù)庫(kù)（https://decipher.sanger.ac.uk/index）是目前分子遺傳學(xué)中最重要的生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)之一。DECIPHER是一項(xiàng)國(guó)際化的合作項(xiàng)目，截至2021年4月25日，向該數(shù)據(jù)庫(kù)上傳數(shù)據(jù)的研究項(xiàng)目達(dá)到294個(gè)，開(kāi)源的病例記錄超過(guò)3.85萬(wàn)個(gè)。用戶可以通過(guò)檢索數(shù)據(jù)庫(kù)發(fā)現(xiàn)一系列相關(guān)的遺傳疾病信息，包括變異位點(diǎn)和臨床表型等，從而提高臨床診斷效能。

1.2.7 人類基因組結(jié)構(gòu)變異（database of genomic variants,DGV）數(shù)據(jù)庫(kù) DGV數(shù)據(jù)庫(kù)（http://dgv.tcag.ca/dgv/app/home）是正常人群的染色體結(jié)構(gòu)變異數(shù)據(jù)庫(kù)，提供了人類染色體結(jié)構(gòu)變異的概況信息，記錄了一系列基因變異與表型相關(guān)的信息，是目前在結(jié)構(gòu)變異的致病性評(píng)級(jí)中常用的對(duì)照人群數(shù)據(jù)庫(kù)。DGV數(shù)據(jù)庫(kù)收錄了健康人群樣本中大于50 bp的基因組結(jié)構(gòu)變化信息［22］。

1.2.8 MitoMap（人類線粒體基因組）數(shù)據(jù)庫(kù) MitoMap數(shù)據(jù)庫(kù)（https://mitomap.org/MITOMAP）［23-24］收錄了大量人類線粒體的全長(zhǎng)序列數(shù)據(jù)（＞51 800份）以及超過(guò)1.9萬(wàn)個(gè)基因變異位點(diǎn)，并對(duì)其中可能具有致病性的變異位點(diǎn)相關(guān)的臨床表型進(jìn)行了羅列。該數(shù)據(jù)庫(kù)是臨床線粒體病測(cè)序?qū)嶒?yàn)室最常用的數(shù)據(jù)庫(kù)之一。

1.2.9 Phenolyzer工具 Phenolyzer工具（http://phenolyzer.wglab.org）可以十分方便地提供從標(biāo)準(zhǔn)化表型到可能相關(guān)基因的檢索［25］，目前已經(jīng)被廣泛應(yīng)用于遺傳分析工作中。該工具不僅能給出與特定表型（或一組表型）相關(guān)的基因信息，并且給出了按照優(yōu)先級(jí)從高到低的排序。

2 基因變異致病性分類

2.1 基本的五分類 根據(jù)ACMG的相關(guān)指南，不論何種類型的遺傳物質(zhì)變異（點(diǎn)突變/拷貝數(shù)變異/線粒體變異），都可以按照五分類法對(duì)變異的致病性進(jìn)行分類：致病性變異（pathogenic variants）、可疑致病性變異（likely pathogenic variants）、致病性不明確的變異（variants of unknown significance）、可能良性的變異（likely benign variants）、良 性 的 變 異（benign variants）［1］。

2.2 對(duì)致病性變異的細(xì)分 在解讀致病性變異和可疑致病性變異時(shí)，還應(yīng)當(dāng)適時(shí)地考慮到外顯率、表現(xiàn)度，甚至還需要考慮到致病機(jī)制。同一個(gè)致病基因的不同變異可能具有迥異的外顯率和表現(xiàn)度，甚至還可以引起完全不同的表型。這些方面都是在基因檢測(cè)結(jié)果的臨床解釋中要考慮到的。尤其是當(dāng)患者家庭中存在變異攜帶狀態(tài)符合患者的特點(diǎn)而沒(méi)有臨床表型的家庭成員時(shí)，對(duì)于外顯率較低或者是極低的變異，應(yīng)當(dāng)盡量在臨床報(bào)告中給出相關(guān)的信息。即使根據(jù)基因變異分類指南可以將此類變異分類為“致病性變異”，也推薦使用“外顯率較低的致病性變異位點(diǎn)”、“外顯率極低的致病性變異位點(diǎn)”或者“患病風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)的基因變異”對(duì)此類變異進(jìn)行描述。

對(duì)基因變異進(jìn)行致病性分類時(shí)，還常常遇到一種窘境：由于臨床信息可能不全面，或者不能確認(rèn)患者與送檢父母之間是否為親生關(guān)系，使得本來(lái)可以獲得較高級(jí)別的證據(jù)強(qiáng)度卻不得不調(diào)低，僅能將變異分類為“致病性不明確的變異”，而在采集到完整的信息之后，恰好能根據(jù)更新的證據(jù)將致病性分類上升為“可疑致病性變異”。遇到此類情形時(shí)，推薦將此類變異的分類描述為“尚不能肯定具有致病性（variants of unknown significance，VUS），但偏向于具有致病性的變異（VUS-likely pathogenic，VUS-LP）”。

2.3 基因變異分類的擴(kuò)展 針對(duì)可能與臨床相關(guān)的疾病易感性變異位點(diǎn)而言，原則上應(yīng)該綜合是否已有功能學(xué)研究的證據(jù)支持、相關(guān)疾?。ɑ蛱囟ū硇停┑倪z傳度、風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)性的強(qiáng)度等因素。風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)的強(qiáng)度可用比值比（OR值）、相對(duì)危險(xiǎn)度（RR值）、加權(quán)遺傳風(fēng)險(xiǎn)（CGR值）等指標(biāo)來(lái)描述。本文建議，可根據(jù)是否已有功能學(xué)驗(yàn)證的證據(jù)將變異位點(diǎn)分為兩類：一類位點(diǎn)不僅有群體統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)支持，而且所在的基因與所關(guān)注的疾病之間的關(guān)系已經(jīng)有充分的功能研究證據(jù)；另一類位點(diǎn)則僅僅有群體統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)支持，但是尚缺乏可靠的功能研究證據(jù)支持。

尚有一類基因變異，它們可能有較高的人群頻率，通常并不引起疾病，但是有可能會(huì)引起特殊的生化表型或者特殊的體征。此類變異可以劃分為功能多態(tài)性變異的范疇。在特定的情況下，檢測(cè)到此類變異也可能輔助臨床解釋。因此，在基因變異的分類中，除了按是否具有致病性進(jìn)行劃分以外，補(bǔ)充功能多態(tài)性變異也有助于臨床實(shí)踐和遺傳咨詢。見(jiàn)表1。

Tab.1 Pathogenicity classification of human gene variants表1 基因變異的致病性的分類

3 意外發(fā)現(xiàn)

在進(jìn)行高通量測(cè)序，尤其是全外顯子組測(cè)序和全基因組測(cè)序時(shí)，檢測(cè)的范圍不僅覆蓋了與重點(diǎn)關(guān)注的表型相關(guān)的基因，也覆蓋了其他大量的遺傳信息。在對(duì)高通量測(cè)序結(jié)果分析時(shí)，常?？梢砸馔獾匕l(fā)現(xiàn)與重點(diǎn)關(guān)注表型無(wú)關(guān)，但是具有重要的提前診斷意義的基因變異。

ACMG最早在2012年開(kāi)始了關(guān)于意外發(fā)現(xiàn)的討論［27］，并且后續(xù)提出了較為體系化的基本原則以及具體的“最少應(yīng)該報(bào)告的意外發(fā)現(xiàn)的致病基因范圍”［28-30］。作為基本原則，在高通量測(cè)序數(shù)據(jù)的分析和報(bào)告中，至少應(yīng)該報(bào)告外顯率較高、可引起嚴(yán)重?fù)p害、提前診斷可以使得患者獲益的致病性的變異［29］。

4 案例的臨床表型與可疑基因相關(guān)表型譜之間的相符程度

不論是基因變異的致病性分類，還是對(duì)案例的檢測(cè)結(jié)果進(jìn)行解釋，實(shí)際上都需要對(duì)可疑基因相關(guān)表型與具體案例的臨床信息（包括患者及家屬的臨床表型、家族史、變異的傳遞方式等）之間的相符程度進(jìn)行評(píng)價(jià)。本文建議，將臨床符合度劃分為6個(gè)級(jí)別。

1級(jí)，高度特異性相符。第一類：臨床案例具有某些高度特異的表型與疑似基因相關(guān)，僅1～2個(gè)基因與該表型相關(guān)，如有酶活性檢測(cè)結(jié)果支持的、凝血因子Ⅸ/Ⅹ的活性減低的、具有高度特異性的代謝組學(xué)檢測(cè)結(jié)果支持的。第二類：患者具有一系列特殊表型的組合，特殊的發(fā)育里程碑（某些遺傳病的患者在不同的發(fā)育階段表現(xiàn)出不同的特殊表型），僅1～2個(gè)基因與該表型相關(guān)，如符合Prader Willi綜合征的里程碑及系列特征性表型、符合天使綜合征的里程碑及特征性表型。

2級(jí)，具有一定特異性的相符。有部分特征表型，但是有3～5個(gè)相關(guān)基因，如眼皮膚白化病表型；或是有多個(gè)基因，但是其中某個(gè)基因占比超過(guò)50%的，如常染色體隱性遺傳性非綜合征型耳聾患者檢測(cè)出1個(gè)GJB2的可疑變異。

3級(jí)，臨床相符但是沒(méi)有特異性。此類表型具有高度的遺傳異質(zhì)性，缺乏特異性，如智力障礙、自閉癥、癲癇發(fā)作。

4級(jí)，臨床部分相符，同時(shí)存在沖突但不能排除相關(guān)性。臨床表型與疑似基因的相關(guān)表型有矛盾之處，但是可能用不完全外顯、不完全顯性、伴隨其他疾病來(lái)解釋。

5級(jí)，有沖突可排除。有部分表型相似，但是有某些表型完全不符，并且存在根本性的矛盾，不能解釋。如臨床疑似肌營(yíng)養(yǎng)不良，但是免疫組化結(jié)果完全排除了抗肌萎縮蛋白病（DMD）的可能性；臨床疑似糖原累積癥，但是酶學(xué)檢測(cè)酸性麥芽糖苷酶活性完全正常，可排除GAA致病基因的相關(guān)性。

6級(jí)，不相符。臨床表型與疑似病因完全沒(méi)有關(guān)系。

5 臨床意義分級(jí)的辦法

綜合基因變異的致病性分類、臨床相符程度之后，可進(jìn)行臨床意義的分級(jí)。

1級(jí)，很可能解釋臨床信息，或具有極強(qiáng)臨床指導(dǎo)意義的變異。（1）對(duì)于案例的診斷有較為明確指導(dǎo)意義的變異。①顯性遺傳基因，分類為致病性或可疑致病性的變異，雜合子、半合子或純合子（需確認(rèn)半合子、純合狀態(tài)同樣可以致病），外顯率不低，臨床相符度為1～4級(jí)。須注意，對(duì)于既可能顯性遺傳，又可能隱性遺傳的基因，必須在變異水平確認(rèn)遺傳方式；純合子患者的表型可能與雜合子個(gè)體的表型完全不同；個(gè)別顯性遺傳基因的半合子或者純合子狀態(tài)可能是不致病的。②隱性遺傳基因，分類為致病性或可疑致病性的變異，復(fù)合雜合子、純合子或半合子，外顯率不低，臨床相符度1～4級(jí)。③線粒體環(huán)DNA，分類為致病性或可疑致病性的變異，臨床相符度1～4級(jí)。（2）可以完全解釋特定臨床表型的功能多態(tài)性位點(diǎn)。（3）對(duì)于患者的治療或預(yù)后具有明確指導(dǎo)意義的變異。

2級(jí)，可能有助于解釋臨床，或具有潛在臨床指導(dǎo)意義的變異。（1）對(duì)于案例的診斷有潛在指導(dǎo)意義的變異。包括：①顯性遺傳基因，分類為VUS，臨床相符度為1級(jí)；②顯性遺傳基因，分類為VUS-LP，臨床相符度為1～2級(jí)；③顯性遺傳基因，分類為VUSLP，臨床相符度為3～4級(jí)（可能在獲取了充分的表型信息之后將臨床相符度上升為1～2級(jí)，將致病性分類上升為可疑致病變異）；④顯性遺傳基因，分類為VUS-LP，臨床相符度為1級(jí)，遺傳自否認(rèn)表型的父母中某一方，表明該變異存在不完全外顯；⑤隱性遺傳基因，純合子，分類為VUS-LP，臨床相符度為1～2級(jí)；⑥隱性遺傳基因，復(fù)合雜合子，其中1個(gè)分類為致病性或可疑致病性，另一個(gè)分類為VUS，臨床相符度1～3級(jí)；⑦隱性遺傳基因，推測(cè)為復(fù)合雜合子但未經(jīng)證實(shí)，其中1個(gè)分類為致病性或可疑致病性，另一個(gè)分類為VUS，臨床相符度1～3級(jí)；⑧遺傳方式相符，致病性分類為致病性或可疑致病性，但外顯率較低，臨床相符度1～4級(jí)；⑨遺傳方式相符，致病性分類為致病性或可疑致病性，但外顯率極低，臨床相符度1～3級(jí)；⑩患病風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)的變異，已有明確的功能研究的證據(jù)，臨床相符度1～3級(jí)；?疑似的功能多態(tài)性變異，臨床高度相關(guān)；?線粒體環(huán)DNA，分類為致病性或可疑致病性的變異，外顯率較低，臨床相符度3～4級(jí)。（2）可能解釋特定臨床表型的功能多態(tài)性位點(diǎn)。（3）對(duì)于案例的治療或預(yù)后有潛在指導(dǎo)意義的變異。

3級(jí)，臨床指導(dǎo)意義不肯定，且不能排除臨床相關(guān)性的變異。（1）顯性遺傳基因的VUS-LP，臨床高度相符，遺傳自否認(rèn)表型的一方父母，沒(méi)有證據(jù)表明該基因存在不完全外顯，或者沒(méi)有證據(jù)表明外顯率為100%。（2）隱性遺傳基因，復(fù)合雜合子，分類均為VUS，臨床相符度1～4級(jí)。（3）隱性遺傳基因，純合子，分類為VUS，臨床相符度1～4級(jí)。（4）隱性遺傳基因，推測(cè)為復(fù)合雜合子但未經(jīng)證實(shí)，分類為VUS，臨床相符度1～4級(jí)。（5）隱性遺傳基因的一個(gè)雜合致病性/可疑致病性變異，臨床相符。（6）致病性不明確、臨床相關(guān)性亦不明確的拷貝數(shù)變異（Copy number variation，CNV）。

4級(jí)，意外發(fā)現(xiàn)的具有潛在臨床干預(yù)指導(dǎo)意義的變異。（1）符合ACMG意外發(fā)現(xiàn)指南的變異。（2）本實(shí)驗(yàn)室自行定義的具有潛在臨床干預(yù)指導(dǎo)意義的變異。

5級(jí)，與臨床信息無(wú)關(guān)的變異，或者分類為良性或可能良性的基因變異。

6 臨床意義分級(jí)的應(yīng)用

本文所提出的臨床意義分級(jí)，首先需要厘清基因變異水平的致病性評(píng)估與病例的臨床意義的評(píng)估（圖1）。本文建議，在基因檢測(cè)報(bào)告中，不僅描述基因變異的致病性分類，而且應(yīng)描述基因變異的臨床意義分級(jí)，從而提高檢測(cè)報(bào)告的可理解性。以下通過(guò)3個(gè)實(shí)際案例來(lái)闡述如何在臨床檢測(cè)中對(duì)基因變異進(jìn)行臨床意義的分級(jí)。

（1）案例1。女，4歲。因運(yùn)動(dòng)后出現(xiàn)行走姿式異常入院。母親患有“多巴反應(yīng)性肌張力障礙”，目前服用小劑量左旋多巴，可有效控制肌張力障礙發(fā)作。采集患者外周血進(jìn)行全外顯子組測(cè)序，檢測(cè)到1個(gè)雜合變異：GCH1（NM_000161.2）Exon3:c.468T＞A p.Tyr156*；后續(xù)檢測(cè)患兒母親的外周血，同樣檢測(cè)到該變異。

依據(jù)ACMG規(guī)范進(jìn)行致病性證據(jù)描述與分類如下：該變異為無(wú)義變異（編碼蛋白質(zhì)的第156位氨基酸Tyr變?yōu)榻K止密碼子，預(yù)計(jì)可使蛋白質(zhì)翻譯提前終止）；HGMD、ESP6500、千人基因組和dbSNP147數(shù)據(jù)庫(kù)均未見(jiàn)收錄；患兒及母親的臨床表型均與GCH1基因相關(guān)表型相符。綜合考慮，該變異為致病性變異（按照ACMG的相關(guān)證據(jù)縮寫(xiě)為：PVS1、PM2_supporting、PP1）。

依據(jù)本建議進(jìn)行案例水平臨床分級(jí)如下：GCH1基因的雜合性失功能性變異已經(jīng)被反復(fù)報(bào)道可以引起多巴反應(yīng)性肌張力障礙伴或不伴高苯丙氨酸血癥（MIM128230），這可以解釋患兒及其母親的臨床表現(xiàn)。綜合考慮，臨床分組為“1級(jí)，很可能解釋臨床情況，或具有極強(qiáng)臨床指導(dǎo)意義的變異”。

（2）案例2。男，32歲。主因言語(yǔ)欠清1 d入院。近3個(gè)月腦出血2次，發(fā)現(xiàn)高血壓2年，痛風(fēng)5年，目前用4種降壓藥血壓仍控制不佳。采集患者外周血進(jìn)行全外顯子組測(cè)序，檢測(cè)到2個(gè)雜合變異：ABCG2（NM_004827.2）Exon5：c.421C＞A；p.Gln141Lys；KCNH2（NM_000238.3）Exon12：c.2892delC；p.Gly965Glufs*9。

Fig.1 Variant level pathogenicity classification and case level clinical significance grading圖1 基因變異水平的致病性分類與病例水平的臨床意義分級(jí)

依據(jù)ACMG規(guī)范進(jìn)行致病性證據(jù)描述與分類如下：（1）ABCG2基因變異（Gln141Lys）。大量文獻(xiàn)支持該變異與痛風(fēng)的風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)，雜合子變異的個(gè)體患痛風(fēng)風(fēng)險(xiǎn)提高1.74倍［31-33］。綜合考慮，該變異分類為患病風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)的變異。（2）KCNH2基因變異（Gly965Glufs*9）。該變異為框移變異，可引起NMD效應(yīng)（無(wú)義介導(dǎo)的mRNA降解），導(dǎo)致基因功能異常，類似的變異被大量報(bào)道可引起長(zhǎng)QT綜合征；G1000、ESP、ExAC_ALL與gnomAD_genome_ALL數(shù)據(jù)庫(kù)均未見(jiàn)收錄。綜合考慮，分類為致病性變異（按照ACMG的相關(guān)證據(jù)縮寫(xiě)為：PVS1、PM2_supporting、PP4）。

依據(jù)本建議進(jìn)行案例水平臨床分級(jí)如下：（1）ABCG2基因變異（Gln141Lys）。該變異已經(jīng)被明確可以提高痛風(fēng)癥的風(fēng)險(xiǎn)?；颊咄达L(fēng)5年，其他臨床表現(xiàn)可能由痛風(fēng)繼發(fā)（臨床相符但是沒(méi)有特異性）。綜合考慮，臨床分組為“2級(jí)，可能有助于解釋臨床，或具有潛在臨床指導(dǎo)意義的變異”。（2）KCNH2基因變異（Gly965Glufs*9）。該變異有害性明確，攜帶該變異患長(zhǎng)QT綜合征的風(fēng)險(xiǎn)較高，而盡早定期進(jìn)行心電圖等電生理檢查及采取預(yù)防手段，極可能會(huì)減少或推遲發(fā)病，從而防止產(chǎn)生嚴(yán)重后果。綜合考慮，臨床分組為“4級(jí)，意外發(fā)現(xiàn)的具有潛在臨床干預(yù)指導(dǎo)意義的變異”。

（3）案例3。女，2歲，棄嬰。反復(fù)癲癇發(fā)作。采集外周血進(jìn)行全外顯子組測(cè)序，檢測(cè)到SCN3A基因2個(gè)雜合變異：SCN3A（NM_006922.3）Exon8:c.905A＞G p.Asn302Ser和Exon9 c.968G＞T p.Ser323Ile。由于父母樣本不可獲得，故不確認(rèn)2個(gè)變異的相位（incis或者in-trans狀態(tài)）。

依據(jù)ACMG規(guī)范進(jìn)行致病性證據(jù)描述與分類如下：（1）SCN3A基因雜合變異（Asn302Ser）。該變異為錯(cuò)義變異，有文獻(xiàn)報(bào)道該變異可影響電壓門(mén)控鈉通道的功能［34］；dbSNP147、ESP6500siv2_ALL和千人基因組（1000g2015aug_ALL）數(shù)據(jù)庫(kù)均未見(jiàn)收錄；生物信息學(xué)軟件預(yù)測(cè)其有致病可能性。綜合考慮，該變異分類為可疑致病性（按照ACMG的相關(guān)證據(jù)縮寫(xiě)為：PS3_moderate、PP4、PM2_supporting、PP3）。（2）SCN3A基因雜合變異（Ser323Ile）。該變異極為罕見(jiàn)，HGMD、dbSNP147、ESP6500和千人基因組數(shù)據(jù)庫(kù)均未見(jiàn)收錄；生物信息學(xué)軟件預(yù)測(cè)其可能影響mRNA的剪接（dbscSNV_ADA預(yù)測(cè)值是0.962，dbscSNV_RF預(yù)測(cè)值是0.692），且預(yù)測(cè)其有致病可能性。綜合考慮，尚不能確定該變異是否有致病性（按照ACMG的相關(guān)證據(jù)縮寫(xiě)為：PM2_supporting、PP3）。

依據(jù)本建議進(jìn)行案例水平臨床分級(jí)如下：（1）SCN3A基因雜合變異（Asn302Ser）。SCN3A基因與家族局灶性癲癇伴可變病灶4型（MIM617935）及嬰兒早期癲癇性腦病62型（MIM617938）相關(guān)，均為常染色體顯性遺傳，相關(guān)表型有發(fā)育不良、喂養(yǎng)困難、局灶性癲癇、肌張力降低等，與該臨床信息比較來(lái)看，臨床相符但是沒(méi)有特異性，該基因變異顯性遺傳且外顯率不低。綜合考慮，臨床分組為“1級(jí)，很可能解釋臨床情況，或具有極強(qiáng)臨床指導(dǎo)意義的變異”。（2）SCN3A基因雜合變異（Ser323Ile）。與前一個(gè)變異相比，其是否具有致病性尚不能確定，不排除該變異以in-cis或者以in-trans的狀態(tài)與前一個(gè)變異存在協(xié)同作用的可能性。綜合考慮，臨床分組為“2級(jí)，可能有助于解釋臨床，或具有潛在臨床指導(dǎo)意義的變異”。

7 其他

目前，絕大多數(shù)遺傳病尚沒(méi)有或者很少有特異性的治療手段，但對(duì)遺傳性腫瘤已經(jīng)有一些基因變異可以指導(dǎo)此類患者用藥。關(guān)于這部分變異的分類，也已在相應(yīng)的ACMG指南中討論?？紤]到這類情況的存在，本文建議在遺傳病的基因變異分類中，也采用相同的原則對(duì)具有治療指導(dǎo)意義的變異進(jìn)行分級(jí)，這對(duì)于遺傳性腫瘤患兒而言是有價(jià)值的。由于對(duì)非腫瘤遺傳病有治療指導(dǎo)意義的位點(diǎn)為數(shù)不多，本文尚未對(duì)這些變異進(jìn)行展開(kāi)論述。在臨床基因檢測(cè)中如果遇到可指導(dǎo)治療的基因變異，建議參照腫瘤變異分級(jí)指南［35-36］。

目前較為主流的臨床全外顯子組測(cè)序技術(shù)并未特別針對(duì)具有治療指導(dǎo)意義的變異進(jìn)行方法優(yōu)化，這可能使得部分具有明確用藥指導(dǎo)意義的變異位點(diǎn)不在覆蓋范圍內(nèi)。全基因組測(cè)序技術(shù)已經(jīng)在臨床遺傳基因測(cè)序?qū)嶒?yàn)室中有少量的應(yīng)用［37］，主要是針對(duì)比較嚴(yán)重的疑似遺傳病患者進(jìn)行檢測(cè)，如多發(fā)畸形［38］和心臟疾病［39］等多種遺傳病。在全基因組測(cè)序結(jié)果中就包含了較多具有治療指導(dǎo)價(jià)值的遺傳標(biāo)記［40］。針對(duì)全基因組測(cè)序中覆蓋的具有治療指導(dǎo)意義的變異位點(diǎn)的臨床報(bào)告制定相應(yīng)的指南，也有助于推動(dòng)全基因組測(cè)序技術(shù)的臨床應(yīng)用。

如同基因往往具有多效性，基因變異也同樣可以具有多效性。例如，GBA基因的致病變異不僅可能與戈謝?。ㄆ咸悄X苷脂?。┫嚓P(guān)，其雜合子還可能提高患早發(fā)性帕金森病的風(fēng)險(xiǎn)。因此，在具體臨床案例的分析中，從不同的角度看，同一個(gè)基因變異的不同效應(yīng)可能對(duì)應(yīng)不同的臨床分級(jí)。這種情況增加了基因變異臨床分級(jí)的復(fù)雜度。

由于遺傳病表型的多樣性及醫(yī)生對(duì)此類疾病認(rèn)識(shí)的相對(duì)不足，臨床表型采集難免有不足之處，這些都會(huì)對(duì)臨床工作中進(jìn)行基因變異的臨床意義分級(jí)造成影響。本方案在臨床實(shí)踐過(guò)程中必然會(huì)存在一些因素使得分級(jí)存在一定的主觀性，但是這并不影響本方案能夠使讀者更好地理解遺傳檢測(cè)報(bào)告。同時(shí)，本方案的實(shí)施也有助于提高廣大臨床工作者對(duì)臨床表型采集的重視程度，促進(jìn)臨床-實(shí)驗(yàn)室間的溝通，不斷提高臨床意義分級(jí)的合理性，從而形成一個(gè)良性循環(huán)，最終有利于基因檢測(cè)報(bào)告的解讀及遺傳咨詢。

此外，基因檢測(cè)機(jī)構(gòu)要標(biāo)準(zhǔn)化、規(guī)范化，要有嚴(yán)格的質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn)，并且要不斷更新擴(kuò)大基因譜檢測(cè)范圍，從而發(fā)現(xiàn)更多致病性基因，為臨床提供幫助。臨床醫(yī)師也要熟悉和掌握基因檢測(cè)相關(guān)知識(shí)，提高解讀基因報(bào)告的能力與水平。

執(zhí)筆：

蔡春泉 天津市兒童醫(yī)院（天津大學(xué)兒童醫(yī)院），天津市兒科研究所，天津市兒童出生缺陷防治重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室

喻長(zhǎng)順 天津金域醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室，廣州醫(yī)科大學(xué)金域檢驗(yàn)學(xué)院

舒劍波 天津市兒童醫(yī)院（天津大學(xué)兒童醫(yī)院），天津市兒科研究所，天津市兒童出生缺陷防治重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室

李 光 天津醫(yī)科大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院遺傳學(xué)系

參與本建議制定的單位及人員（按單位和姓氏拼音排序）：

天津大學(xué)兒童醫(yī)院（陳悅，劉楠，呂玲，王萍，徐曉薇，張玉琴）

天津金域醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室（韓曉雪，劉洪洲，劉晴晴）

天津市安定醫(yī)院（李潔）

天津市第二人民醫(yī)院（李穎）

天津市第三中心醫(yī)院（李濤，王鳳梅）

天津市第五中心醫(yī)院（劉曉智，姚玲）

天津市第一中心醫(yī)院（劉麗，徐鳳琴，張美姿，趙明峰）

天津市婦女兒童保健中心（馮樹(shù)人，劉霞，辛力）

天津市海河醫(yī)院（陳懷永，吳琦）

天津市環(huán)湖醫(yī)院（安中平，程秀麗，李慶國(guó)，閆華，岳偉）

天津市人民醫(yī)院（董昭櫻，王輝，張?jiān)娢洌?/p>

天津市天津醫(yī)院（張春智）

天津市胸科醫(yī)院（陳慶良，付博，高靜，姜楠，孫大強(qiáng)，徐美林，張穎）

天津市眼科醫(yī)院（李津，李軒，史學(xué)鋒）

天津市中西醫(yī)結(jié)合醫(yī)院（崔云峰，王玉水）

天津市中心婦產(chǎn)科醫(yī)院（常穎，羅海寧，任晨春，田秀英，張玥）

天津市中醫(yī)藥研究院附屬醫(yī)院（劉鵬飛）

天津醫(yī)科大學(xué)第二醫(yī)院（劉長(zhǎng)山，王建梅，王雪艷）

天津醫(yī)科大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院遺傳學(xué)系（李衛(wèi)東，時(shí)文濤，王峰）

天津醫(yī)科大學(xué)眼科醫(yī)院（魏瑞華）

天津醫(yī)科大學(xué)腫瘤醫(yī)院（任麗，于津浦，趙海豐）

天津醫(yī)科大學(xué)總醫(yī)院（姜麗紅，李增彥，史云芳，張穎，鄭榮秀）

天津中醫(yī)藥大學(xué)第一附屬醫(yī)院（夏天）