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江蘇8地市漢族人群HLA-A位點(diǎn)等位基因多態(tài)性分析

2021-07-06 06:46潘芹芹王曉艷尤雅潔
關(guān)鍵詞:等位基因多態(tài)性位點(diǎn)

潘芹芹,馬 驍,王曉艷,樊 甦,尤雅潔,沈 捷

南京醫(yī)科大學(xué)第一附屬醫(yī)院HLA實(shí)驗(yàn)檢測中心,江蘇 南京 210029

人類白細(xì)胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)是人類所有染色體中基因密度最高、多態(tài)性最豐富的免疫遺傳系統(tǒng)[1],不同種族、民族、地域的HLA 等位基因頻率存在較大差異[2]。我國HLA 多態(tài)性以長江為界,大致分為南北兩大群體,長江橫穿江蘇,蘇北人多是百越之后,還有一部分高句麗人的后裔,而蘇南人多是華夏族的后裔[3],按地市分析江蘇地區(qū)HLA-A位點(diǎn)基因多態(tài)性可為江蘇8地市人類遺傳學(xué)研究提供有意義的基礎(chǔ)資料。

HLA 基因的高度多態(tài)性導(dǎo)致與抗原加工相關(guān)轉(zhuǎn)運(yùn)體的結(jié)合遞呈也不盡相同,有些HLA 分子遞呈的抗原肽不宜被免疫細(xì)胞識別,從而增強(qiáng)了某種疾病的易感性[4],因而HLA 與疾病相關(guān)性研究也備受關(guān)注。大規(guī)模健康人群HLA-A 位點(diǎn)基因多態(tài)性分析可為HLA-A 位點(diǎn)與疾病相關(guān)性研究提供可靠的對照資料。本研究采用聚合酶鏈反應(yīng)-直接測序分型(polymerase chain reaction-sequence based typing,PCR-SBT)方法對中華骨髓庫江蘇分庫8 地市的志愿者進(jìn)行HLA-A位點(diǎn)基因分型,分別計(jì)算各地市等位基因頻率,探討江蘇8地市HLA-A 位點(diǎn)等位基因頻率分布特征。

1 對象和方法

1.1 對象

選取采樣地與籍貫一致的中華骨髓庫江蘇分庫志愿者27 143例(漢族),其中常州6 714例、南京7 130例、鎮(zhèn)江1 809例、揚(yáng)州1 428例、淮安2 799例、宿遷3 796例、徐州1 630例、鹽城1 837例。

1.2 方法

應(yīng)用硅膠膜離心柱法DNA提取試劑盒(血液基因組DNA 提取試劑盒,北京天根生化科技有限公司)從外周血抽提DNA。然后應(yīng)用PCR-SBT試劑盒(SeCore?A Locus Sequencing Kit,One Lammbda 公司,美國)對HLA-A 位點(diǎn)進(jìn)行高分辨基因分型。分型操作嚴(yán)格按照試劑公司提供的規(guī)程進(jìn)行。應(yīng)用uTYPE(One Lammbda 公司,美國)軟件分析測序結(jié)果,得出相應(yīng)HLA-A位點(diǎn)等位基因分型。

1.3 統(tǒng)計(jì)學(xué)方法

根據(jù)直接計(jì)數(shù)法計(jì)算HLA-A 位點(diǎn)等位基因頻率,公式按GF=X/2n,X為某一等位基因在該群體中的個數(shù),n為該群體的人數(shù)。以南京地區(qū)頻率作為對照,就各地市常見的前5位等位基因,將江蘇其余7 地市與南京地區(qū)進(jìn)行對比分析,行卡方檢驗(yàn),以P<0.01 為有顯著性差異,分析各地市常見的HLAA位點(diǎn)等位基因及其分布規(guī)律。

2 結(jié)果

2.1 江蘇8地市漢族人群HLA-A位點(diǎn)等位基因頻率

江蘇8地市漢族人群HLA-A位點(diǎn)等位基因頻率見表1,共檢測出85 種等位基因,其中常州55 種,南京55 種,鎮(zhèn)江38 種,揚(yáng)州37 種,淮安41 種,宿遷44 種,徐州42種,鹽城41種。

表1 江蘇8地市漢族人群HLA-A位點(diǎn)等位基因頻率

續(xù)表1

2.2 江蘇8 地市漢族人群常見HLA-A 位點(diǎn)等位基因分析

常見HLA 等位基因更能反映該地區(qū)HLA 多態(tài)性,江蘇8地市HLA-A位點(diǎn)等位基因頻率排名前10(頻率約高于2.7%)見表2。

表2 江蘇8地市漢族人群常見HLA-A位點(diǎn)等位基因

以南京地區(qū)頻率作為對照,就A*02:01:01G、11:01、24:02、30:01、33:03 等位基因,將江蘇其余7 地市與南京地區(qū)進(jìn)行對比分析(表3)??梢娔暇┡c常州在A*30:01基因頻率上有顯著性差異。南京與鎮(zhèn)江、揚(yáng)州在A*02:01:01G、11:01、24:02、30:01、33:03基因頻率上均無顯著性差異。南京與淮安在A*02:01:01G、11:01、30:01 基因頻率上有顯著性差異。南京與宿遷在A*11:01、24:02、30:01基因頻率上有顯著性差異。南京與徐州在A*11:01、30:01基因頻率上有顯著性差異。南京與鹽城在A*11:01、30:01、33:03基因頻率上有顯著性差異。

表3 江蘇7地市漢族人群與南京漢族人群常見HLA-A位點(diǎn)等位基因比較

3 討論

江蘇地理位置特殊,本研究涉及的江蘇8 地市HLA-A 位點(diǎn)等位基因分布特征與地域分布大體吻合。南京、鎮(zhèn)江、揚(yáng)州非常接近,在A*02:01:01G、11:01、24:02、30:01、33:03常見等位基因頻率上均無顯著性差異。其中南京、鎮(zhèn)江最為接近,常見的HLA-A 位點(diǎn)等位基因依次為A*11:01、24:02、02:01:01G、33:03、30:01、02:07、02:06、31:01、01:01;常州、揚(yáng)州也非常接近,常見的HLA-A 位點(diǎn)等位基因依次為A*11:01、24:02、02:01:01G、33:03、02:07、30:01、02:06、31:01、01:01。南京、鎮(zhèn)江、常州、揚(yáng)州總體也很接近,常見的前4 位等位基因依次為A*11:01、24:02、02:01:01G、33:03。鹽城、宿遷比較接近,常見的HLA-A 位點(diǎn)等位基因大體依次為A*11:01、24:02、02:01:01G、30:01、33:03、02:07、02:06、01:01,僅在A*02:01:01G 和A*30:01 的順序上有所區(qū)別。徐州、淮安也比較接近,常見的HLA-A 位點(diǎn)等位基因大體依次為A*24:02、11:01、30:01、02:01:01G、33:03,僅在A*30:01和A*02:01:01G的順序上有所區(qū)別。

江蘇北連山東,南與上海、浙江接壤,HLA-A位點(diǎn)等位基因頻率與相鄰地區(qū)比較發(fā)現(xiàn):我國魯南地區(qū)漢族人群HLA-A 位點(diǎn)常見的等位基因依次為A*24:02、30:01、11:01、02:01:01G、33:03[5],與徐州、淮安非常接近,這與地域分布基本吻合。上海漢族人群HLA-A 位點(diǎn)常見的前4 位等位基因依次為A*11:01、24:02、02:01:01G、33:03[6],浙江HLA-A 位點(diǎn)常見的前3 位等位基因依次為A*11:01、24:02、02:01:01G[7],二者與南京、鎮(zhèn)江、常州、揚(yáng)州完全一致,這與地域分布也基本吻合。

A*02 是發(fā)現(xiàn)最早、頻率較高、高度多態(tài)性的HLA-Ⅰ類分子,不同人種、民族、相同人種不同地域其亞型頻率有明顯差異。江蘇8地市頻率最高的均為A*02:01:01G,其次是A*02:07,這點(diǎn)與我國北方A*02 的多態(tài)性完全一致[8],而在我國南方,如廣東、廣西A*02:07 頻率遠(yuǎn)高于A*02:01[9],這也說明江蘇8地市HLA-A位點(diǎn)基因多態(tài)性總體還是偏向我國北方。A*02:03 在我國南北方漢族頻率都不高,在江蘇8 地市頻率也不高,而在廣西壯族人群中,A*02:03 在A2 亞型中頻率最高,同時(shí)A*02:07頻率遠(yuǎn)高于A*02:01[10],這說明廣西壯族人群的HLA 分布既有少數(shù)民族的特點(diǎn),也兼有我國南方人群的部分特點(diǎn)。江蘇8地市A*02:07、02:06 的分布也有其規(guī)律,常州、南京、鎮(zhèn)江、揚(yáng)州、鹽城、淮安的A*02:07頻率遠(yuǎn)高于A*02:06,這點(diǎn)與上海、浙江一致[6-7]。宿遷A*02:07、02:06頻率相差無幾,而在徐州,A*02:06 頻率遠(yuǎn)高于A*02:07,這點(diǎn)與我國魯南、河南一致[5],而徐州離魯南、河南都非常近,這與地域特點(diǎn)基本吻合。

HLA-Ⅰ類分子呈遞來源于病原體的多肽,HLA-A 位點(diǎn)等位基因與病原體疾病相關(guān)性也有不少研究,大多是區(qū)域性研究,如來自湖北地區(qū)的研究發(fā)現(xiàn)A*02:06是Ⅰ型艾滋病感染的危險(xiǎn)因素之一[11]。A*01:01為結(jié)核病的易感基因之一[12],A*02:03與乙肝病毒引發(fā)的肝細(xì)胞癌有關(guān)[13],二者是來自廣州地區(qū)的研究。由于HLA 基因多態(tài)性在不同人種、民族、地域存在差異,提示我們在進(jìn)行疾病相關(guān)性分析時(shí),對照組的選取應(yīng)與疾病組的人種、民族、地域一致。而此次分析發(fā)現(xiàn)江蘇8 地市HLA-A 基因多態(tài)性也存在差異,提示對照組地域的選取應(yīng)盡量與疾病組一致。江蘇8地市大規(guī)模健康人群HLA-A位點(diǎn)基因多態(tài)性分析可為HLA-A 位點(diǎn)等位基因與疾病相關(guān)性研究提供可靠的對照資料,并為江蘇8 地市人類遺傳學(xué)研究提供有意義的資料。

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