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眼皮膚白化病新的TYR基因突變位點報道分析

2020-07-20 22:35藺美娜盧永平陳薪任趙寧隋鈺姜淼
關(guān)鍵詞:白化病證者雜合

藺美娜,盧永平,陳薪任,趙寧,隋鈺,姜淼

(國家衛(wèi)健委生殖健康與遺傳醫(yī)學(xué)重點實驗室,遼寧省計劃生育科學(xué)研究院,中國醫(yī)科大學(xué)附屬生殖醫(yī)院優(yōu)先遺傳科,沈陽 110031)

眼皮膚白化病(oculocutaneous albinism,OCA)是一組以眼、皮膚、毛發(fā)黑色素沉著減少或缺乏為主要臨床表現(xiàn)的常染色體隱性遺傳病,全世界發(fā)病率約為1/20 000,中國漢族人口中發(fā)病率為1/18 000。OCA一般是由黑色素合成或轉(zhuǎn)運相關(guān)基因突變所引起的,主要臨床表現(xiàn)為普遍色素沉著不足,眼部改變包括黃斑中心凹發(fā)育不良、屈光不正、視力低下、畏光、虹膜半透明、眼球震顫、眼底著色不足及視覺纖維通路異常等。目前發(fā)現(xiàn)至少20個基因與OCA有關(guān),其中包括7個非綜合征OCA基因和13個綜合征OCA基因,7個非綜合征OCA基因分別是導(dǎo)致OCA1(OMIM#203100,#606952)、OCA2(OMIM#203200)、OCA3(OMIM#203290)、OCA4(OMIM #606574)、OCA5(OMIM #615312 )、OCA6(OMIM #113750)、OCA7(OMIM#615179)的TYR、OCA2、TYRP1、SLC45A2、OCA5、SLC24A5和C10orf11[1],13個綜合征OCA基因分別為HPS1、AP3B1、HPS3、HPS4、HPS5、HPS6、DTNBP1、BLOC1S3、BLOC1S6、LYST、MYO5A、SMS、BEHRS。OCA分型比較多,癥狀相似,單純通過臨床表型很難區(qū)分,一般通過分子遺傳學(xué)診斷確定分型。本研究報道了一個父子兩代發(fā)病的OCA家系,通過全外顯子測序技術(shù)識別致病基因并確定分型。

1 材料與方法

1.1 研究對象

先證者,男,42歲,表現(xiàn)為臉部皮膚白色,虹膜半透明,頭發(fā)顏色略淺,眉毛黃白色,睫毛白色,視力差,高度近視,眼球左右震顫,畏光,智力正常。其妻子無癥狀,腿部殘疾,智力正常。其子10歲,具有與先證者同樣的臨床表現(xiàn),包括虹膜半透明、皮膚白色、眼球震顫、視力差等,家系圖見圖1。本研究經(jīng)遼寧省計劃生育科學(xué)研究院醫(yī)學(xué)倫理委員會批準(zhǔn),所有基因診斷工作均獲得患者家屬的同意并簽署知情同意書。

1.2 研究方法

圖1 眼皮膚白化病家系圖

1.2.1 標(biāo)本收集和DNA提?。翰杉蚁邓谐蓡T的靜脈血5 mL,EDTA抗凝,-20 ℃保存?zhèn)溆?。使用核酸自動提取儀QIAcube提取家系成員血液基因組DNA,試劑盒為QIAamp DNA Blood Mini Kit(貨號51106,德國Qiagene公司),使用NanoDrop1000紫外分光光度計(美國Thermo Fisher Scientific公司)和Qubit3.0(美國Thermo Fisher Scientific公司)測定DNA濃度,-20 ℃凍存,待測序。

1.2.2 全外顯子測序:先證者血液基因組DNA標(biāo)準(zhǔn)化,取50 ng先證者血液DNA,根據(jù)Sure Select Target Enrichment System 目標(biāo)序列富集試劑盒(美國Agilent公司)的說明書進(jìn)行文庫構(gòu)建,依次經(jīng)過純化、捕獲、加接頭、標(biāo)記等程序,最后使用Agilent Bioanalyzer 2100(美國Agilent公司)對文庫質(zhì)量進(jìn)行評估,然后取文庫20 pmol上機測序,測序儀為NEXTSEQ 500(美國illumina公司)。測序數(shù)據(jù)通過bcl2fastq v2.18由bcl格式轉(zhuǎn)換為fastq格式,通過BWA(http://bio-bwa.sourceforge.net/)與GRCh37/hg19參考基因組序列進(jìn)行比對,通過GATK4(https://software.broadinstitute.org/gatk/)收集變異信息,通過Annovar(http://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/)進(jìn)行注釋。

1.2.3 Sanger測序:根據(jù)UCSC(https://genome.ucsc.edu/)報道的TYR基因序列(NM_000372.4),使用Primer5.0設(shè)計TYR基因所有外顯子及接頭序列的PCR引物(表1);由上海生工生物公司合成,PCR試劑為2 X goldstarMix(北京康為世紀(jì)),PCR擴(kuò)增產(chǎn)物送上海生工公司進(jìn)行Sanger測序,測序結(jié)果與TYR基因標(biāo)準(zhǔn)序列進(jìn)行比對分析。

2 結(jié)果

2.1 全外顯子測序結(jié)果

全外顯子測序目標(biāo)捕獲區(qū)平均測序深度為60 X,堿基質(zhì)量值≥30(Q30)的比例為80%,TargetEnrichment System 試劑盒共檢測4 000個基因,檢出可能致病的突變136個,選取與白化病相關(guān)的基因優(yōu)先分析,結(jié)果發(fā)現(xiàn)先證者存在TYR c.1A>G純合突變。此位點在1 000 Genome Project數(shù)據(jù)庫和EXAC數(shù)據(jù)庫沒有記錄,經(jīng)過生物信息學(xué)軟件MutationTaster和SIFT進(jìn)行預(yù)測,提示此位點可能為致病位點。

表1 TYR基因PCR引物序列

2.2 Sanger測序結(jié)果

對PCR產(chǎn)物進(jìn)行Sanger 測序,結(jié)果顯示先證者存在TYRc.1A>G純合突變;先證者的兒子存在TYRc.1A>G和TYRc.929-930insC復(fù)合雜合突變;先證者妻子攜帶TYRc.929-930insC雜合突變,見圖2。

圖2 眼皮膚白化病家系成員Sanger測序圖

3 討論

OCA1是最常見和最嚴(yán)重的非綜合征型眼皮膚白化病,發(fā)病率為1 ∶40 000,OCA1約占全世界白化病病例的50%。OCA1在不同人群中具有不同的發(fā)病率,高加索人群中最常見,中國人群中OCA1病例為白化病患者的64.3%~70.1%,非裔美國人中很少見。OCA1主要是由于TYR基因突變導(dǎo)致的,根據(jù)突變后殘基的活性和黑色素合成情況可以分成OCA1A和OCA1B 2個亞型。OCA1A表型最嚴(yán)重,由于TYR基因無效突變產(chǎn)生不完整的多肽,終生幾乎檢測不到酪氨酸酶活性和黑色素合成,表現(xiàn)為白色頭發(fā)和睫毛、乳白色的皮膚、淡藍(lán)色或者半透明的虹膜;OCA1B癥狀較輕,由于TYR基因突變導(dǎo)致酪氨酸酶活性降低,可以部分檢測到酪氨酸酶活性和黑色素合成,圍產(chǎn)期出現(xiàn)臨床癥狀,隨著年齡的增長可能改善[2]。2種類型的OCA1都會出現(xiàn)視力低下、中央凹發(fā)育不全、眼球震顫等癥狀。根據(jù)HGMD專業(yè)版2018.3(http://www.hgmd.cf.ac.uk/ac/gene.php?gene=TYR)大約有445個TYR基因突變位點被報道。

TYR(OMIM 606933)基因位于染色體11q14.3,包含5個外顯子,編碼一個52×103(529個氨基酸)的具有雙重功能的Ⅰ型膜蛋白,它具有酪氨酸酶活性,催化酪氨酸轉(zhuǎn)化為多巴,并在黑色素細(xì)胞中將多巴氧化為多巴醌;同時TYR蛋白還具有二羥吲哚氧化酶的活性。因此,TYR蛋白是黑色素形成過程中的關(guān)鍵因素,TYR基因突變導(dǎo)致酪氨酸酶功能異常,黑色素部分或全部喪失,引起白化?。?]。

本研究中,先證者父子均患有OCA1,呈現(xiàn)假顯性遺傳模式,應(yīng)用全外顯子測序技術(shù)對先證者進(jìn)行致病基因識別,Sanger測序?qū)蚁党蓡T進(jìn)行驗證,結(jié)果顯示,先證者是TYRc.1A>G純合突變,其妻攜帶TYRc.929-930insC雜合突變,其子存在TYRc.1A>G和c.929-930insC復(fù)合雜合變異。由此可見在家族遺傳病的分析過程中,可能被假性的遺傳模式干擾,要通過進(jìn)一步的分子診斷技術(shù)正確識別致病基因。

起始密碼子變異比較罕見,TYRc.1A>G雜合突變1994年首次被英國摩菲眼科醫(yī)院報道[4],OCA患者同時合并TYRc.370T>G和402G>A 2個雜合突變。1989日本首次報道了TYRc.929-930insC純合突變,并且通過細(xì)胞學(xué)實驗證實此突變可以導(dǎo)致酪氨酸酶活性降低[5]。隨后在其它國家也報道了OCA1中TYRc.929-930insC雜合突變復(fù)合其它位置的雜合突變[6-7],而且攜帶TYRc.929-930insC雜合突變的患者均表現(xiàn)為眼球震顫[8]。2014年對來自中國34個家庭的98個患者進(jìn)行篩查檢測,首次報道了TYRc.1A>G雜合突變,同時篩查結(jié)果顯示TYRc.1A>G和c.929_930insC的發(fā)生率為分別為1/68和6/68[8]。WANG等[9]報道TYRc.832C>T 和TYRc.929_930insC復(fù)合雜合突變導(dǎo)致OCA1表型。目前世界上還沒有TYRc.1A>G純合突變的報道,TYRc.929_930insC在中國人群比較高發(fā),本次研究首次報道了TYRc.1A>G和c.929-930insC復(fù)合雜合突變,TYRc.1A>G導(dǎo)致TYR蛋白無法表達(dá),TYRc.929-930insC導(dǎo)致TYR蛋白提前終止,都是致病性突變,結(jié)合患者的表型特征,該家系可能是OCA1A亞型。因此,TYRc.1A>G純合突變和TYRc.1A>G和c.929-930insC復(fù)合雜合突變可能與OCA1A的表型有關(guān)。

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