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寧夏布魯氏菌多位點(diǎn)串聯(lián)重復(fù)序列分型研究

2020-07-17 14:10:44馬學(xué)平高建煒樸東日崔步云趙建華
寧夏醫(yī)學(xué)雜志 2020年5期
關(guān)鍵詞:羊種鹽池縣吳忠市

馬學(xué)平,高建煒,韓 坤,楊 聰,海 娥,樸東日,姜 海,崔步云,趙建華

布魯氏菌屬(Brucella)細(xì)菌是引起布魯氏菌病(Brucellosis)的病原體[1],目前分為6個(gè)種19個(gè)生物型[2],羊種、豬種和牛種是感染人體的主要種型[3],羊種是我國(guó)主要的感染人體種型[4]。布魯氏菌由于具有廣泛的宿主和遺傳多樣性,其種間核苷酸序列一致性在99%以上[5],傳統(tǒng)方法分型煩瑣,具有生物安全風(fēng)險(xiǎn)。多位點(diǎn)串聯(lián)重復(fù)序列分析(MLVA)技術(shù)具有簡(jiǎn)單、快速、分辨率高、重復(fù)性好等特點(diǎn),被廣泛應(yīng)用于布魯氏菌分型中[6-9],是流行病學(xué)調(diào)查溯源的補(bǔ)充方法。本研究采用多位點(diǎn)串聯(lián)重復(fù)序列分析方法對(duì)寧夏68株布魯氏菌進(jìn)行分型研究,闡述其分子特征,為布魯氏菌病疫情暴發(fā)溯源提供基礎(chǔ)資料。

1 資料與方法

1.1 一般材料:44株臨床分離菌株于2009-2013年從寧夏地區(qū)感染布魯氏菌現(xiàn)癥病人血液樣本中分離獲得,歷史保藏的24株菌株和16M、544A、1330S參考菌株由中國(guó)疾病預(yù)防控制中心傳染病預(yù)防控制所布病研究室提供,菌株鑒定與MLVA分型實(shí)驗(yàn)在中國(guó)疾病預(yù)防控制中心傳染病預(yù)防控制所完成。

1.2 試劑與儀器:法國(guó)BioMerieux,SA公司生產(chǎn)的雙相血培養(yǎng)瓶;上海生工生物工程股份有限公司合成的AMOS-PCR引物、MLVA-16引物,北京天一輝遠(yuǎn)生物科技有限公司完成測(cè)序;DNA提取試劑盒、PCR擴(kuò)增試劑購(gòu)自北京天根生化科技有限公司。儀器設(shè)備S1000TM型基因擴(kuò)增儀、Universal HoodⅡ型凝膠成像儀由BIO-RAD 公司生產(chǎn);DDY-6C 型電泳儀由北京六一廠生產(chǎn)。

1.3 方法

1.3.1 布魯氏菌培養(yǎng)分離:負(fù)壓雙相血培養(yǎng)瓶采集具有牛羊等動(dòng)物接觸史、臨床癥狀和經(jīng)血清學(xué)確診為感染布魯氏菌急性發(fā)作期病人血液3~5 mL,輕輕振蕩血培養(yǎng)瓶使液相培養(yǎng)基與血液充分混勻置于37 ℃恒溫培養(yǎng)箱中培養(yǎng),每隔1 d觀察1次血培養(yǎng)瓶生長(zhǎng)情況,并傾斜培養(yǎng)瓶使液相培養(yǎng)物浸沒固相培養(yǎng)基表面。如果固相培養(yǎng)基表面觀察到菌落生長(zhǎng)時(shí),挑取可疑菌落接種于布氏瓊脂平板傳代培養(yǎng),如果液體渾濁挑取1環(huán)培養(yǎng)液接種于布氏瓊脂平板傳代培養(yǎng)觀察;如果無(wú)菌生長(zhǎng)則繼續(xù)培養(yǎng)至30 d 左右,仍無(wú)菌生長(zhǎng),則高壓滅菌后按醫(yī)療廢棄物處置。

1.3.2 布魯氏菌鑒定

1.3.2.1 傳統(tǒng)生物學(xué)特性鑒定:根據(jù)培養(yǎng)特性、二氧化碳需求、菌落生長(zhǎng)時(shí)間和形態(tài)觀察,革蘭氏染色和柯氏染色初步判定布魯氏菌。接種觀察硫堇、堿性復(fù)紅染料抑菌試驗(yàn),A、M(血清)單相特異性凝集和粗糙型R(血清)凝集試驗(yàn),Tb、BK2、Wb(噬菌體)裂解試驗(yàn)。

1.3.2.2 AMOS-PCR方法鑒定: AMOS-PCR(AMOS是牛、羊、綿羊附睪和豬種布魯氏菌的英文名稱的第一個(gè)字母)引物按參考文獻(xiàn)的方法合成[10]。PCR反應(yīng)體系:10×PCR Buffer 2.5 μl,dNTP 2 μl,引物各0.5 μl(10 μmol/L),Taq 酶1 μl(2.5 U),模板1 μl,去離子水14.5 μl。PCR反應(yīng)程序:93 ℃預(yù)變性5 min;94 ℃變性1 min,60 ℃退火1.5 min,72 ℃延伸1.5 min,共40個(gè)循環(huán);最后72 ℃延伸10 min,4 ℃保存。1.5%瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)擴(kuò)增產(chǎn)物,凝膠成像分析儀拍照分析。

1.3.3 MLVA分型:分型引物及擴(kuò)增體系參考文獻(xiàn)[7]。MLVA反應(yīng)體系:10×緩沖液2.5 μl,dNTP 2 μl(2.5 mmol/L),Taq 酶1 μl(2.5 U/μl),引物各1 μl(10 pmol/μl),DNA 模板1 μl,用滅菌蒸餾水補(bǔ)至25 μl。擴(kuò)增參數(shù):95 ℃ 預(yù)變性5 min,然后以 95 ℃變性30 s、60 ℃退火30 s、72 ℃延伸30 s,進(jìn)行40個(gè)循環(huán)。PCR產(chǎn)物電泳得到產(chǎn)物片段的大小,送基因公司進(jìn)行毛細(xì)血管電泳測(cè)序。

1.4 統(tǒng)計(jì)學(xué)方法:根據(jù) PCR 產(chǎn)物大小換算為重復(fù)單位數(shù),采用 Bio Numerics 5.0軟件,利用非加權(quán)配伍組平均法(UPGMA)進(jìn)行聚類分析。

2 結(jié)果

2.1 傳統(tǒng)生物學(xué)特性鑒定結(jié)果:利用雙相血培養(yǎng)瓶分離到可疑布魯氏菌后經(jīng)單項(xiàng)特異性血清A、M和R凝集,染料抑菌,噬菌體裂解,CO2需求,H2S等試驗(yàn)鑒定,近期臨床分離44株菌均為羊種生物3型布魯氏菌。歷史保藏菌株鑒定結(jié)果為:12株羊種布魯氏菌、3株牛種布魯氏菌和9株豬種布魯氏菌,見表1。

表1 寧夏布魯氏菌分離株生物學(xué)特性鑒定結(jié)果

菌株編號(hào)陽(yáng)性血清特異性凝集血清RAM噬菌體裂解TbWbBK2菌株種/型分離地點(diǎn)宿主NX201209+-++--+羊3吳忠市病人NX201210+-++--+羊3吳忠市病人NX201301+-++--+羊3吳忠市病人NX201302+-++--+羊3銀川市病人NX201303+-++--+羊3吳忠市病人NX201304+-++--+羊3吳忠市病人NX201305+-++--+羊3吳忠市病人NX201306+-++--+羊3吳忠市病人NX201307+-++--+羊3鹽池縣病人NX201308+-++--+羊3吳忠市病人NX201309+-++--+羊3吳忠市病人NX201310+-++--+羊3鹽池縣病人NX201311+-++--+羊3鹽池縣病人NX201312+-++--+羊3鹽池縣病人NX201313+-++--+羊3鹽池縣病人NX201314+-++--+羊3鹽池縣病人NX201315+-++--+羊3鹽池縣病人NX201316+-++--+羊3鹽池縣病人NX201317+-++--+羊3平羅縣病人NX201318+-++--+羊3平羅縣病人NX201319+-++--+羊3鹽池縣病人NX201320+-++--+羊3吳忠市病人NX201321+-++--+羊3鹽池縣病人

2.2 AMOS-PCR鑒定結(jié)果:采用AMOS-PCR鑒定布魯氏菌,結(jié)果顯示羊種布魯氏菌均擴(kuò)增出2條特異性片段,大小為731 bp和178 bp,牛種布魯氏菌擴(kuò)增出2條特異性片段,大小為498 bp和178 bp,豬種布魯氏菌擴(kuò)增出2條特異性條帶,大小為285 bp和178 bp。

2.3 MLVA分型結(jié)果:采用 MLVA-16 分型方法對(duì)68株布魯氏菌進(jìn)行分析,經(jīng)擴(kuò)增電泳檢測(cè)合格后,PCR產(chǎn)物送公司進(jìn)行毛細(xì)管電泳測(cè)序,用Bio Numerics 4.0軟件聚類分析后,按照相似度80%劃分,68株菌可被分為8大基因群、39個(gè)基因型。從種群分布看,68株菌按種分為3大群,56株羊種布魯氏菌共分為33個(gè)基因型,最多的在同一基因型中有7株布魯氏菌。9株豬種布魯氏菌分為3個(gè)基因型,3株牛種布魯氏菌分為3個(gè)基因型。在地區(qū)分布上具有明顯的地域性,近期分離羊種布魯氏菌各市、縣大部分均能處在同一基因型,尤其是吳忠市和鹽池縣分離的菌株均能聚在一起,平羅縣和紅寺堡各分離2株菌均處在同一基因型。

結(jié)合流行病學(xué)資料發(fā)現(xiàn)吳忠市分離的菌株NX201201和NX201206,NX201303和NX201305同為一家人,具有同樣的接觸史、發(fā)病時(shí)間,且分離菌株時(shí)間相同,與流行病學(xué)調(diào)查結(jié)果吻合。從時(shí)間分布看,近期分離的菌株大部分聚在一起,歷史菌株中發(fā)現(xiàn)NX79033、NX79085與近期紅寺堡分離菌株NX200905、NX201001處在同一基因型,提示具有本土傳染源引起感染存在的可能性。

3 討論

隨著畜牧業(yè)的發(fā)展,布病疫情有回升的勢(shì)頭,全國(guó)各地布病檢測(cè)陽(yáng)性率和患病率逐年上升[11]。寧夏布病疫情與全國(guó)一致,也保持著上升的勢(shì)頭,2004-2010年的調(diào)查數(shù)據(jù)顯示,報(bào)告發(fā)病率從0.017/10萬(wàn)上升到3.141/10萬(wàn),職業(yè)以農(nóng)民居多,占69.94%,疫區(qū)范圍不斷擴(kuò)大,地區(qū)分布不均衡,患者以男性青壯年為主[12]。2018年布病發(fā)病率達(dá)24/10萬(wàn)以上,說(shuō)明寧夏的布病疫情一直處于高發(fā)攀升水平。寧夏20世紀(jì)就開展了病原學(xué)監(jiān)測(cè)工作,自1958年寧夏首次在軍馬場(chǎng)確診病人體內(nèi)分離到羊種布魯氏菌后,至1989年該區(qū)共分離到布魯氏菌138株,包括4個(gè)種12個(gè)生物型,其中引起人體感染的主要種型為羊種布魯氏菌[13]。2009年寧夏開展布病病原學(xué)監(jiān)測(cè)以來(lái),主要菌型為羊種3型布魯氏菌,說(shuō)明近期分離布魯氏菌種型與以往感染人體主要菌型一致。

近年來(lái),不同的分子分型方法用于布魯氏菌分型,常用的有聚合酶鏈反應(yīng)-限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性(PCR-RELP)[14]、AMOS-PCR[15]、單核苷酸多態(tài)性研究(SNP)[16]、多位點(diǎn)序列分型(MLST)技術(shù)等[17]。MLVA技術(shù)用于布魯氏菌基因分型操作簡(jiǎn)單,分辨力高和可重復(fù)性較高,實(shí)驗(yàn)結(jié)果易于分析,可以追溯傳染源,確定流行趨勢(shì)。目前該方法已廣泛應(yīng)用于結(jié)核分枝桿菌[18]、炭疽芽孢桿菌[19]、大腸埃希菌O157:H7[20]以及腸炎沙門菌[21]等一些細(xì)菌的分型分析。本研究采用Le Fleche P建立的布魯氏菌MLVA-16分型引物,對(duì)寧夏近期分離布魯氏菌和歷史菌株共68株進(jìn)行分析,結(jié)果表明,按相似度80%劃分,68株菌可被分為8大基因群、39個(gè)基因型,表明寧夏目前流行的布魯氏菌存在豐富的基因多態(tài)性。從地理位置分析,寧夏與內(nèi)蒙古、甘肅、陜西等省區(qū)接壤,周邊省區(qū)畜牧業(yè)發(fā)達(dá),是寧夏的畜牧流動(dòng)集散地,同時(shí)由于畜牧業(yè)的發(fā)展引進(jìn)養(yǎng)殖動(dòng)物,加之本土布魯氏菌病的流行,當(dāng)?shù)胤蛛x到的菌株顯示出豐富的基因多態(tài)性。根據(jù)實(shí)驗(yàn)結(jié)果,結(jié)合病人發(fā)病時(shí)間、菌株分離時(shí)間、分離地區(qū)等流行病調(diào)查資料推斷,極有可能是同一傳染源造成不同接觸者的感染發(fā)病,具體到同一個(gè)基因型的其他菌株,還需要開展流行病學(xué)調(diào)查來(lái)更進(jìn)一步做系統(tǒng)分析。

根據(jù)以上研究結(jié)果,通過(guò) MLVA 分析可以及時(shí)掌握傳染源的流動(dòng),盡早控制、撲滅傳染源,為布病的防制提供有力的分子生物學(xué)依據(jù),對(duì)布病傳染源追蹤、暴發(fā)流行調(diào)查等具有非常重要的意義。

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