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基于SSR分子標(biāo)記的廣西德保縣和隆林縣野生古茶樹聚類分析

2019-09-10 07:22彭靖茹李朝昌檀業(yè)維溫立香張芬葉靖平
關(guān)鍵詞:聚類分析廣西

彭靖茹 李朝昌 檀業(yè)維 溫立香 張芬 葉靖平

摘要:【目的】對(duì)廣西德??h和隆林縣野生古茶樹及其他省份名優(yōu)栽培種茶樹進(jìn)行聚類分析,為野生古茶樹種質(zhì)資源保護(hù)、良種選育及創(chuàng)新利用提供理論參考?!痉椒ā坷煤Y選出的15對(duì)SSR引物對(duì)9份廣西德??h和隆林縣的野生古茶樹種質(zhì)和15份名優(yōu)栽培種茶樹種質(zhì)進(jìn)行聚類分析,并計(jì)算遺傳相似系數(shù)。【結(jié)果】篩選出的15對(duì)引物從德保04和德保05未擴(kuò)增出任何條帶,但從其余22份茶樹樣品中共擴(kuò)增出183條譜帶,其中CS1引物擴(kuò)增出多態(tài)性譜帶最多,為19條,最少為CS13引物,僅7條,平均每對(duì)引物擴(kuò)增出多態(tài)譜帶12.26條,多態(tài)率為96.17%。22份茶樹種質(zhì)資源可聚為兩大類群,其中德??h和隆林縣的野生古茶樹聚在Ⅰ類群,栽培種茶樹聚在Ⅱ類群。根據(jù)遺傳相似系數(shù),也可獲得上述相同的分類結(jié)果。茶樹品種間的遺傳相似系數(shù)為0.48~0.84,平均遺傳相似系數(shù)為0.67,其中,野生古茶樹種質(zhì)資源間的遺傳相似系數(shù)為0.68~0.84;栽培種茶樹間的遺傳相似系數(shù)為0.62~0.84;野生古茶樹與栽培種茶樹的遺傳相似系數(shù)為0.48~0.77。僅德保06與其他野生古茶樹(隆林42和德保01)遺傳相似系數(shù)小于0.70;栽培種茶樹與野生古茶樹相比,僅黃觀音與野生古茶樹(德保01和德保G02)遺傳相似系數(shù)大于0.70?!窘Y(jié)論】廣西德??h和隆林縣的野生古茶樹種質(zhì)起源相近,與我國其他各省份的名優(yōu)栽培種茶樹親緣關(guān)系較遠(yuǎn),存在相遠(yuǎn)近親和相近遠(yuǎn)親共存現(xiàn)象,進(jìn)一步證實(shí)廣西德??h野生古茶樹為五柱茶系的厚軸茶,推測(cè)桂西北山區(qū)廣泛分布山茶屬原始種系。

關(guān)鍵詞: 野生古茶樹;SSR分子標(biāo)記;聚類分析;遺傳相似系數(shù);廣西

中圖分類號(hào): S571.102.4? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 文獻(xiàn)標(biāo)志碼: A 文章編號(hào):2095-1191(2019)01-0001-07

0 引言

【研究意義】野生古茶樹蘊(yùn)藏各種優(yōu)良性狀的遺傳基因,對(duì)茶樹的分類、演化、變異、育種及生產(chǎn)等均具有較高的研究利用價(jià)值。廣西適宜茶樹生長(zhǎng),野生古茶樹種質(zhì)資源非常豐富,尤其以百色地區(qū)、十萬大山和六萬大山最豐富(陳亮和虞富蓮,1996;諸葛天秋等,2016)。因此,收集廣西野生古茶樹種質(zhì)資源并分析其遺傳多樣性,對(duì)其資源保護(hù)、新品種育種及開發(fā)利用均具有重要意義?!厩叭搜芯窟M(jìn)展】目前,已有較多有關(guān)廣西野生古茶樹種質(zhì)資源的研究報(bào)道。左志明等(1994)對(duì)桂西山區(qū)的野生古茶樹進(jìn)行考察,結(jié)果發(fā)現(xiàn),百色、隆林、那坡、德保等縣(市)的野生古茶樹多為喬木或小喬木樹形,且果大皮厚,中軸粗大,種隔明顯,為山茶屬茶組植物早期分化的原始種系,具有較高的學(xué)術(shù)研究?jī)r(jià)值。賴兆榮等(2015)從廣西崇左扶綏縣姑遼收集野生古茶樹種質(zhì)資源,并利用其成功選育了多酚含量達(dá)特異資源指標(biāo)且制茶品質(zhì)較好的優(yōu)異單株。劉彤等(2015)利用10條ISSR引物對(duì)柳州九萬山的野生古茶樹種質(zhì)資源進(jìn)行親緣關(guān)系和遺傳多樣性研究,結(jié)果表明,其遺傳多樣性較豐富,但大部分單株親緣關(guān)系較近。陳瑩玉等(2016)采用RAPD分子標(biāo)記分析廣西金秀縣4個(gè)地方的8個(gè)野生古茶樹資源與其他省份茶樹栽培品種的親緣關(guān)系,結(jié)果表明,廣西金秀縣的野生古茶樹資源具有原始特性,且遺傳多樣性較豐富。藍(lán)燕等(2017)、韋柳花等(2017)對(duì)廣西野生古茶樹葉片解剖結(jié)構(gòu)觀察、適制性、化學(xué)成分、形態(tài)特征等進(jìn)行研究,挖掘出一些優(yōu)質(zhì)或特異的野生古茶樹種質(zhì)資源。李朝昌和蔣漓生(2018a)對(duì)廣西16個(gè)市(縣)33個(gè)點(diǎn)的野生古茶樹進(jìn)行系統(tǒng)、全面地調(diào)查,共收集了150份野生古茶樹資源,其內(nèi)含物差異較明顯,部分種質(zhì)達(dá)到茶樹優(yōu)異種質(zhì)資源標(biāo)準(zhǔn)?!颈狙芯壳腥朦c(diǎn)】廣西隆林縣和德??h的野生古茶樹資源主要分布于云貴高原的邊緣地帶,野生古茶樹種質(zhì)資源非常豐富,但該地地理位置偏僻,其野生古茶樹資源未能充分開發(fā)利用。雖然藍(lán)燕等(2017)、李朝昌和蔣漓生(2018a)對(duì)廣西百色德??h和隆林縣的野生古茶樹資源進(jìn)行收集、性狀觀察、生化分析等,但未見從DNA水平上開展其遺傳多態(tài)性及親緣關(guān)系研究的報(bào)道。【擬解決的關(guān)鍵問題】利用SSR分子標(biāo)記對(duì)廣西德??h和隆林縣的野生古茶樹種質(zhì)資源和其他省份名優(yōu)栽培種茶樹進(jìn)行聚類分析,并從DNA水平進(jìn)行種質(zhì)鑒別,為廣西野生古茶樹種質(zhì)資源保護(hù)、良種選育及創(chuàng)新利用提供理論參考。

1 材料與方法

1. 1 試驗(yàn)材料

供試茶樹種質(zhì)資源為廣西百色市德??h東凌鄉(xiāng)新屯村和隆林縣德峨鄉(xiāng)東南村的野生古茶樹及廣西亞熱帶作物研究所茶葉種質(zhì)資源圃的名優(yōu)栽培種茶樹,具體信息見表1。主要試劑:HYQspinTM CT Plant DNA Kit試劑盒購自天根生化科技(北京)有限公司;2×Taq? PCR Master Mix和DNA Marker購自TaKaRa公司;30%丙烯酰胺(29∶1)購自北京索萊寶科技有限公司;硝酸銀和其他試劑購自國藥集團(tuán)上海化學(xué)試劑有限公司。主要儀器設(shè)備:PCR擴(kuò)增儀(ABI 9600,美國)、核酸蛋白質(zhì)含量測(cè)定儀(BIO-RAD,美國)、DYY-6C電泳儀(北京六一儀器廠)和DYCZ-30C雙板夾芯式垂直電泳槽(北京六一儀器廠)。

1. 2 試驗(yàn)方法

1. 2. 1 樣品采集 分別采集茶樹的新鮮葉片樣品置于帶干冰的保溫箱進(jìn)行保存及運(yùn)輸,在實(shí)驗(yàn)室加液氮研磨處理,并置于-80 ℃冰箱保存?zhèn)溆谩?/p>

1. 2. 2 DNA提取 采用HYQspinTM CT Plant DNA Kit試劑盒提取茶樹新鮮葉片DNA,并以1.0%瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)其質(zhì)量、核酸蛋白質(zhì)含量測(cè)定儀測(cè)定其純度。

1. 2. 3 引物篩選及合成 參照姚明哲(2009)報(bào)道的40對(duì)SSR引物,從中篩選出15對(duì)在栽培種茶樹多態(tài)性擴(kuò)增效果較好的引物(表2),由上海捷瑞生物工程有限公司合成。

1. 2. 4 PCR擴(kuò)增及產(chǎn)物檢測(cè)

PCR反應(yīng)體系20.0 μL:2×PCR Mix 10.0 μL,30 μg/μL DNA模板1.0 μL,10 μmol/L正、反向引物各1.0 μL,ddH2O補(bǔ)足至20.0 μL。PCR擴(kuò)增在ABI9600基因擴(kuò)增儀上進(jìn)行。擴(kuò)增程序:94 ℃預(yù)變性5 min;94 ℃ 45 s,各引物退火溫度(表2)退火45 s,72 ℃ 45 s,進(jìn)行35個(gè)循環(huán);72 ℃延伸7 min,4 ℃保存。取2.0 μL PCR產(chǎn)物在8.0%非變性聚丙烯酰胺凝膠進(jìn)行檢測(cè)(恒電壓200 V,電泳時(shí)間60 min)。電泳結(jié)束后,非變性聚丙烯酰胺凝膠用硝酸銀進(jìn)行染色顯影,具體方法:非變性聚丙烯酰胺凝膠先用ddH2O沖洗3次,每次洗1 min,然后置于0.5%~1.5%硝酸銀中染色10~15 min,再用ddH2O沖洗3次,每次洗1 min,最后,在顯影液中輕搖至顯帶清晰后放入ddH2O終止顯影。

1. 3 統(tǒng)計(jì)分析

每對(duì)SSR引物檢測(cè)到的各多態(tài)性條帶均為一個(gè)等位基因。觀察并統(tǒng)計(jì)擴(kuò)增出的等位基因條帶,將相同位置上有清晰條帶賦值為“1”,無帶時(shí)賦值為“0”,缺失時(shí)賦值為“9”,從而建立矩陣。利用NTSYSpc 2.10進(jìn)行UPGMA聚類分析,并構(gòu)建Neighbor-joining(NJ)系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹,計(jì)算Jaccard遺傳相似系數(shù)。

2 結(jié)果與分析

2. 1 DNA提取及電泳檢測(cè)結(jié)果

用1.0%瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)24份茶樹新鮮葉片DNA,上樣量為2.0 μL,結(jié)果(圖1)顯示其DNA主帶清晰,整齊無彌散,且點(diǎn)樣孔無其他雜質(zhì)。提取的茶樹新鮮葉片DNA OD260/OD280為1.8~2.0。

2. 2 茶樹種質(zhì)資源SSR多態(tài)性分析結(jié)果

采用篩選出的15對(duì)SSR引物對(duì)24份茶樹樣品進(jìn)行PCR擴(kuò)增,結(jié)果發(fā)現(xiàn),從野生古茶樹種質(zhì)德保04和德保05中未擴(kuò)增出任何條帶,其余22份茶樹樣品的擴(kuò)增產(chǎn)物大小為20~500 bp,與預(yù)期結(jié)果相符。引物CS7和CS15擴(kuò)增產(chǎn)物的聚丙烯酰胺凝膠電泳結(jié)果如圖2和圖3所示。

由表3可知,15對(duì)SSR引物共擴(kuò)增出183條譜帶,其中CS1引物擴(kuò)增出多態(tài)性譜帶最多,為19條,最少為CS13引物,僅7條,平均每對(duì)引物擴(kuò)增出多態(tài)譜帶12.26條,多態(tài)率為96.17%??梢姡琒SR分子標(biāo)記在茶樹種質(zhì)資源中具有較高的多態(tài)性,適用于茶樹種質(zhì)資源遺傳多樣性分析。

2. 3 聚類分析結(jié)果

由于篩選出的15對(duì)SSR引物從德保04和德保05未擴(kuò)增出任何條帶,因此,只能對(duì)其余22份茶樹種質(zhì)資源進(jìn)行遺傳相似系數(shù)計(jì)算和聚類分析,結(jié)果如圖4和表4所示。22份茶樹種質(zhì)資源可聚為兩大類群,其中德??h和隆林縣的野生古茶樹聚在Ⅰ類群,栽培種茶樹聚在Ⅱ類群。根據(jù)遺傳相似系數(shù),也可獲得上述相同的分類結(jié)果。22份茶樹種質(zhì)資源間的遺傳相似系數(shù)為0.48~0.84,平均遺傳相似系數(shù)為0.67,其中,野生古茶樹種質(zhì)資源間的遺傳相似系數(shù)為0.68~0.84,以隆林01與隆林42的遺傳相似系數(shù)最高,為0.84,說明二者的親緣關(guān)系最近;其次是德保01與德保G02,為0.83;以德保06與德保01的遺傳相似系數(shù)最低,為0.68,說明二者的親緣關(guān)系最遠(yuǎn);僅德保06種質(zhì)與其他野生古茶樹(隆林42和德保01)遺傳相似系數(shù)小于0.70。栽培種茶樹的遺傳相似系數(shù)為0.62~0.84,其中黃觀音與白葉一號(hào)的遺傳相似系數(shù)最高,為0.84,表明二者的親緣關(guān)系最近;其次是黃觀音與黃金芽,為0.82,紫鵑與云大2的遺傳相似系數(shù)最低,僅為0.62,表明二者的親緣關(guān)系最遠(yuǎn)。野生古茶樹與栽培種茶樹的遺傳相似系數(shù)為0.48~0.77,其中以德保G02與黃觀音的遺傳相似系數(shù)最高,為0.77,表明二者的親緣關(guān)系最近;隆林06與福鼎大毫的遺傳相似系數(shù)最低,為0.48,說明二者的親緣關(guān)系最遠(yuǎn)。栽培種茶樹與野生古茶樹相比,僅黃觀音、德保01和德保G02的遺傳相似系數(shù)大于0.70,其余栽培種茶樹與野生古茶樹的遺傳相似系數(shù)均小于0.7,表明野生古茶樹與我國其他省份名優(yōu)栽培種的遺傳距離較遠(yuǎn),可用于茶樹遠(yuǎn)源雜交選育優(yōu)良品種。

3 討論

本研究的聚類分析結(jié)果顯示,22份茶樹種質(zhì)資源可聚為兩大類群,其中廣西德??h和隆林縣的野生古茶樹聚在Ⅰ類群,栽培種茶樹聚在Ⅱ類群,根據(jù)遺傳相似系數(shù),也可獲得相同的分類結(jié)果,表明廣西德??h和隆林縣的野生古茶樹種質(zhì)進(jìn)化起源相近。此外,在9份野生古茶樹樣品中,篩選出的15對(duì)引物從德保04和德保05未擴(kuò)增出任何條帶,致使這2份樣品無法進(jìn)行聚類分析及遺傳相似性分析,說明這15對(duì)引物不適用于全部野生古茶樹的遺傳相關(guān)性分析,但非常適用于栽培種茶樹的遺傳相關(guān)性分析,間接證明野生古茶樹與栽培種茶樹間的遺傳信息差異明顯。綜上所述,廣西德保縣和隆林縣的野生古茶樹種質(zhì)起源相近,與栽培種茶樹親緣關(guān)系較遠(yuǎn)。

本研究供試野生古茶樹來源于德保縣東凌鎮(zhèn)、隆林縣德峨鄉(xiāng),兩地相距較遠(yuǎn)(約300 km),但聚類分析結(jié)果顯示,隆林縣的隆林049先與德??h的德保01和德保G02聚為一小類,而不是與隆林縣的其他野生古茶樹先聚類,表明隆林049與其地理距離遠(yuǎn)的隆林縣野生古茶樹種質(zhì)遺傳距離最小;遺傳相似系數(shù)分析結(jié)果顯示,德保的德保06與德保01遺傳相似系數(shù)最小為0.68,表明德保06與其地理距離近的德保縣野生古茶樹遺傳距離較遠(yuǎn)。綜上所述,野生古茶樹遺傳距離與地理距離不是單純的“遠(yuǎn)對(duì)遠(yuǎn)”、“近對(duì)近”對(duì)應(yīng)關(guān)系,既存在地理距離近且遺傳距離近(稱“相近且近親”)的同種聚集現(xiàn)象,也存在地理距離遠(yuǎn)且遺傳距離近(稱“相遠(yuǎn)且近親”)的同種分散現(xiàn)象、地理距離近且遺傳距離遠(yuǎn)(稱“相近且遠(yuǎn)親”)的異種共存現(xiàn)象等情況。因此,將德??h和隆林縣野生古茶樹同時(shí)存在的2種非對(duì)應(yīng)情況簡(jiǎn)稱為相遠(yuǎn)近親和相近遠(yuǎn)親共存現(xiàn)象。

厚軸茶是茶組植物較原始的種之一。廣西德??h的野生古茶樹子房3~5室,經(jīng)鑒定是五柱茶系的厚軸茶(張宏達(dá),1984年),其咖啡堿含量非常低,為0.34%(藍(lán)燕等,2017),根據(jù)農(nóng)業(yè)農(nóng)村部標(biāo)準(zhǔn)NY/T 2031—2011《農(nóng)作物優(yōu)異種質(zhì)資源評(píng)價(jià)規(guī)范 茶樹》描述屬于茶樹特異種質(zhì)資源,是選育低咖啡堿茶樹的良好親本材料。廣西隆林縣的野生古茶樹為特大葉的喬木型茶樹,子房5室,咖啡堿含量2.7%~3.0%,不屬于低咖啡堿特異種質(zhì)資源(李朝昌和蔣漓生,2018b),但是否屬于厚軸茶種質(zhì)資源,還需進(jìn)一步對(duì)其果實(shí)、花、葉等方面進(jìn)行觀測(cè)研究。厚軸茶主要分布于云南的文山、紅河及貴州等地區(qū)(張文駒等,2018),基本是按采集地進(jìn)行區(qū)分,但各地厚軸茶種質(zhì)資源間的差異鮮見報(bào)道,尤其是DNA水平間的遺傳差異未見報(bào)道。由于桂西北山區(qū)與云南、貴州等厚軸茶分布地區(qū)相鄰,地理距離相近、環(huán)境氣候相似,且前人(張宏達(dá),1984)已將廣西德??h的野生古茶樹鑒定為五柱茶系的厚軸茶,本研究也從DNA水平證實(shí)廣西德??h和隆林縣野生古茶樹存在“相遠(yuǎn)近親和相近遠(yuǎn)親共存現(xiàn)象”。因此,推測(cè)桂西北山區(qū)廣泛分布山茶屬原始種系。

茶樹種質(zhì)資源的傳統(tǒng)鑒別方法主要是根據(jù)新梢、定型葉、營養(yǎng)芽物候期、花、果實(shí)等性狀進(jìn)行判定。本研究采集的茶樹栽培種主要引種于湖南、福建、云南、浙江等地選育的優(yōu)良品種,在當(dāng)?shù)貜V泛種植。由于廣西亞熱帶作物研究所茶葉種質(zhì)資源圃位于南寧市,其氣溫相對(duì)較高,部分品種茶樹的特殊性狀發(fā)生明顯變化,如白葉一號(hào)是浙江省選育出的優(yōu)良品種,是制作安吉白茶的主要茶樹品種,在當(dāng)?shù)卦绱河捎谀廴~葉綠素缺失而呈玉白色,最白為一芽二葉時(shí)期(賴建紅等,2016),但該品種引種至廣西南寧市后,長(zhǎng)達(dá)4年的種植期間均未發(fā)現(xiàn)白葉現(xiàn)象。可見,部分茶樹品種在環(huán)境氣候等相差較大的不同地區(qū)生長(zhǎng),其葉形、葉色等重要性狀表現(xiàn)會(huì)發(fā)生改變。因此,采用傳統(tǒng)鑒別方法,即根據(jù)茶樹嫩芽、葉白化的重要性狀表現(xiàn)作為依據(jù),將無法正確做出判斷。但通過分子標(biāo)記技術(shù)可較準(zhǔn)確鑒別是否同一品種及品種間的遺傳差異,為茶樹良種推廣和提高茶樹選育種效率提供技術(shù)保障。張羽等(2017)利用SCoT、EST-SSR和SRAP分子標(biāo)記對(duì)湘波綠、金牡丹、金觀音等50多種茶樹種質(zhì)資源進(jìn)行親緣關(guān)系研究,其中SCoT聚類分析結(jié)果顯示,湘波綠與金牡丹親緣關(guān)系較近,與本研究聚類分析結(jié)果相近。 由于不同的分子標(biāo)記所揭示的基因組位點(diǎn)信息不同,因此,聚類分析結(jié)果也存在一定的差異。在品種鑒別時(shí),應(yīng)采用多種分子標(biāo)記方法,結(jié)果更準(zhǔn)確。本研究只使用了15對(duì)SSR引物開展研究,有2份樣品尚未能有效完成其遺傳多態(tài)性分析,因此,后續(xù)工作將繼續(xù)篩選更多數(shù)量、合適的引物進(jìn)行茶樹分子標(biāo)記研究。

4 結(jié)論

廣西德??h和隆林縣的野生古茶樹種質(zhì)起源相近,與我國其他各省的名優(yōu)栽培種茶樹親緣關(guān)系較遠(yuǎn),存在相遠(yuǎn)近親和相近遠(yuǎn)親共存現(xiàn)象,進(jìn)一步證實(shí)廣西德保縣野生古茶樹為五柱茶系的厚軸茶,推測(cè)桂西北山區(qū)可能有分布較廣的山茶屬原始種系。

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(責(zé)任編輯 陳 燕)

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