科技期刊最重要、最基本的功能是作為科技信息傳播的一種重要載體，起著科研成果轉(zhuǎn)化和科技信息傳播的橋梁與紐帶作用。《北京大學(xué)學(xué)報(bào)(醫(yī)學(xué)版)》一直努力打造醫(yī)學(xué)科研成果與國(guó)內(nèi)外同行交流的平臺(tái)，于80年代首批進(jìn)入了“中國(guó)科技核心期刊百名表”，隨后進(jìn)入了《中文核心期刊要目總覽》(北京大學(xué)圖書館)、《中國(guó)醫(yī)學(xué)文摘》、《中國(guó)生物學(xué)文摘》、《中國(guó)藥學(xué)文摘》、《中國(guó)學(xué)術(shù)期刊文摘》(CSA)、中國(guó)科學(xué)論文與引文數(shù)據(jù)庫(kù)(CSTPCD，中國(guó)科學(xué)技術(shù)信息研究所)、中國(guó)科學(xué)引文數(shù)據(jù)庫(kù)(CSCD，中國(guó)科學(xué)院文獻(xiàn)情報(bào)中心)、中國(guó)生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)(CBM，中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院醫(yī)學(xué)信息研究所)、中文生物醫(yī)學(xué)期刊文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)(CMCC，解放軍醫(yī)學(xué)圖書館)、中國(guó)學(xué)術(shù)期刊網(wǎng)絡(luò)出版總庫(kù)(CNKI)、萬方數(shù)據(jù)-數(shù)字化期刊群、中文科技期刊數(shù)據(jù)庫(kù)(維普信息資源系統(tǒng))、中國(guó)科技論文在線、美國(guó)化學(xué)文摘數(shù)據(jù)庫(kù)及其《化學(xué)文摘》(CA)、俄羅斯《文摘雜志》(PЖ)、世界衛(wèi)生組織《醫(yī)學(xué)增補(bǔ)文摘》(ExtraMED)、世界衛(wèi)生組織西太平洋地區(qū)醫(yī)學(xué)索引、日本科學(xué)技術(shù)振興機(jī)構(gòu)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)(JST)、荷蘭《醫(yī)學(xué)文摘》(EMBASE)、荷蘭《文摘與引文數(shù)據(jù)庫(kù)》(Scopus)、波蘭《哥白尼索引》(IC)、美國(guó)EBSCO等國(guó)內(nèi)外重要檢索系統(tǒng)和數(shù)據(jù)庫(kù)。

2003年，《北京大學(xué)學(xué)報(bào)(醫(yī)學(xué)版)》加入了國(guó)際生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域最重要也是最廣泛使用的美國(guó)醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)分析和聯(lián)機(jī)檢索系統(tǒng)(MEDLINE/PubMed)，自2010年實(shí)現(xiàn)與其全文鏈接后，MEDLINE/PubMed每月提交一份本刊的點(diǎn)擊率，2018年的點(diǎn)擊率為51 241，這些數(shù)據(jù)充分說明學(xué)報(bào)受到了國(guó)內(nèi)外同行的廣泛關(guān)注。