李小娟 李杰 周瑚
摘要本研究以稻曲病菌Ustilaginoidea virens黃色(非休眠)厚垣孢子、黑色(休眠)厚垣孢子、厚垣孢子萌發(fā)后產(chǎn)生的分生孢子(非休眠)3種孢子為材料,采用DNA甲基化敏感擴(kuò)增多態(tài)性技術(shù)對(duì)供試材料基因組DNA進(jìn)行甲基化分析,探究稻曲病菌休眠與非休眠厚垣孢子DNA甲基化的水平和模式。結(jié)果顯示,3種形態(tài)孢子的基因組DNA甲基化水平差異明顯,分生孢子基因組DNA中CCGG序列的總甲基化率為20.56%,黑色休眠厚垣孢子為25.63%,黃色非休眠厚垣孢子為33.52%。黃色和黑色的厚垣孢子主要是全甲基化模式,其全甲基化率高于半甲基化率,其中黃色厚垣孢子全甲基化率高達(dá)17.68%;分生孢子則是以半甲基化模式為主。結(jié)果對(duì)揭示稻曲病菌厚垣孢子休眠的分子機(jī)制,探究真核生物孢子的分子休眠機(jī)制有普遍意義。
關(guān)鍵詞稻曲病菌;厚垣孢子;分生孢子;DNA甲基化;甲基化敏感擴(kuò)增多態(tài)性
中圖分類號(hào):S 435.111
文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼:A
DOI:10.16688/j.zwbh.2017475
稻曲病是由稻綠核菌Ustilaginoidea virens (Cooke) Takahashi[有性態(tài)為Villosiclava virens (Nakata) E.Tanaka & C.Tanaka,異名Claviceps oryzaesativae Hashioka] 侵染引起的水稻穗部病害[1]。該病在亞洲、美洲和非洲的30多個(gè)國(guó)家及我國(guó)各稻區(qū)都有不同程度發(fā)生。一般穗發(fā)病率為4%~6%,嚴(yán)重達(dá)50%以上。它不僅使秕谷率、青米率、碎米率增加;而且當(dāng)?shù)竟戎泻?.5%病粒時(shí)能引起人畜中毒癥狀[17]。該病在我國(guó)無(wú)論是從發(fā)生面積,還是從引起的產(chǎn)量損失上看,都已成為水稻尤其是雜交稻最重要的病害之一[2, 4]。
在稻曲病發(fā)展過(guò)程中,稻曲球中的厚垣孢子在發(fā)育過(guò)程中存在顏色轉(zhuǎn)變,即從最初乳白色至黃色再到墨綠色(亦稱之黑色),黃色厚垣孢子的萌發(fā)率可高達(dá)80%以上。隨著厚垣孢子顏色變深,萌發(fā)率下降,當(dāng)變成黑色厚垣孢子就很難萌發(fā)或不能萌發(fā)[89]。這種由非休眠(黃色)至休眠(黑色)狀態(tài)的轉(zhuǎn)變對(duì)厚垣孢子度過(guò)不良環(huán)境和宿主缺乏期 (在植物病理學(xué)上的越冬或越夏) 有重要的生物學(xué)意義。厚垣孢子在稻曲病的侵染循環(huán)中起重要作用,是稻曲病的主要初侵染源[812]。
DNA甲基化是一種常見的表觀遺傳修飾。它是指由DNA甲基轉(zhuǎn)移酶(DNMTase)介導(dǎo),在胞嘧啶的第5位碳原子上加上1個(gè)甲基基團(tuán),使之變成5甲基胞嘧啶(5mC)的化學(xué)修飾過(guò)程。在各種疾病的致病機(jī)制中,甲基化模式異常這一因素所起的作用各不相同。在真核生物中通常DNA的甲基化會(huì)抑制基因表達(dá)。DNA的甲基化狀態(tài)對(duì)染色體的結(jié)構(gòu)維持、X染色體失活、基因印記及胚胎發(fā)育、正常細(xì)胞功能的維持,組織特異性基因的表達(dá)和轉(zhuǎn)座子沉默,乃至疾病的發(fā)生十分重要[1314]。
關(guān)于真菌DNA甲基化研究,早在1983年Tamame等[15]利用5氮雜胞苷(5azacytidine)對(duì)Aspergillus niger和A.nidulans的菌絲進(jìn)行誘變,研究其野生型和誘變型菌絲DNA甲基化,結(jié)果顯示,它們?cè)贒NA甲基化方面沒有差異。隨后,1984年Antequera等[16]對(duì)涵蓋5個(gè)科的20個(gè)種(包含壺菌、卵菌、接合菌、子囊菌、擔(dān)子菌和半知菌)進(jìn)行了DNA甲基化檢測(cè),其中18個(gè)種DNA甲基化率≤0.1%,而Sporotrichum dimorphosporum和 Phycomyces blakesleeanus的DNA甲基化率則分別約為0.2%和0.5%。研究表明,真菌中存在DNMTase和甲基化區(qū)域[1719]。對(duì)模型真菌子囊菌粗糙脈孢菌Neurospora crassa的研究顯示,真菌DNA甲基化是一種特定的基因組防御,因經(jīng)過(guò)重復(fù)誘導(dǎo)點(diǎn)突變沒有發(fā)現(xiàn)結(jié)構(gòu)基因、沉默轉(zhuǎn)座因子和重復(fù)的DNA序列[2021]。在稻瘟病菌Magnaporthe oryzae中存在DNA甲基化,反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子MAGGY對(duì)反轉(zhuǎn)錄的限制作用與DNA甲基化沒有相關(guān)性[22]。不同的M.oryzae單孢其甲基化也有差異,缺失MoDMT1的突變體菌株與正常菌株的生長(zhǎng)無(wú)差異[23],但DNA甲基化在全基因組分布和對(duì)真菌的生活周期的意義是未知的。Jeon等[24]分析了M.oryzae的DNA甲基化,表明DNA甲基化有助于真菌的生長(zhǎng)發(fā)育和基因組防御。
本研究以稻曲病的黃色、黑色厚垣孢子和厚垣孢子萌發(fā)后產(chǎn)生的分生孢子為材料,采用甲基化敏感擴(kuò)增多態(tài)(methylation sensitive amplification polymorphism,MSAP)技術(shù)對(duì)供試材料的基因組DNA進(jìn)行甲基化分析,旨在探究稻曲病菌休眠與非休眠厚垣孢子DNA甲基化的水平和模式,這有利于揭示稻曲病菌厚垣孢子休眠分子機(jī)制,對(duì)探究真核生物分子休眠機(jī)制具有一定的理論價(jià)值。
1材料與方法
1.1供試病菌
從高感稻曲病水稻品種‘紅蓮優(yōu)6號(hào)采集病粒稻曲球,分離稻曲病菌的單孢,用燕麥培養(yǎng)基(燕麥片30 g,瓊脂20 g,水加至1 000 mL)培養(yǎng)。并用PS培養(yǎng)液(馬鈴薯200 g,蔗糖20 g,水1 000 mL)在水平搖床上26℃黑暗條件下130 r/min恒溫振蕩培養(yǎng)獲得分生孢子。在無(wú)菌環(huán)境下將分生孢子懸浮液與搗碎的菌絲片段混勻,孢子濃度調(diào)至4×105個(gè)/mL并接種到水稻品種‘紅蓮優(yōu)6號(hào)上,發(fā)病后收集黃色、黑色的稻曲病菌厚垣孢子。將獲得的孢子保存于-80℃冰箱備用。
1.2供試試劑
基因組DNA提取試劑盒,OMG公司。EcoRⅠ、MspⅠ、Hpa Ⅱ、10×Buffer T等,紐英倫生物技術(shù)(北京)有限公司?;蚪MDNA接頭的連接試劑(T4 DNA Ligase,基因組DNA的預(yù)擴(kuò)增和選擇性擴(kuò)增試劑)等,北京全式金生物技術(shù)有限公司;電泳及銀染試劑為國(guó)產(chǎn);EcoRⅠ接頭、HpaⅡ-MspⅠ接頭、擴(kuò)增引物等,生工生物工程(上海)股份有限公司。引物及接頭序列見表1。
1.3基因組DNA的提取
采用基因組DNA提取試劑盒分別提取稻曲病菌的分生孢子、黃色和黑色厚垣孢子基因組DNA,具體操作步驟參照試劑盒上的說(shuō)明。并用核酸分析儀測(cè)定260 nm、280 nm時(shí)的吸光度,用1.0%瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)DNA的質(zhì)量。
1.4基因組DNA的甲基化MSAP體系建立
1.4.1基因組DNA的雙酶切
分別使用限制性內(nèi)切酶EcoR Ⅰ/Hpa Ⅱ和EcoR Ⅰ/Msp Ⅰ對(duì) DNA 進(jìn)行雙酶切。將提取的DNA (500 ng) 5.0 μL,EcoRⅠ(20 U/μL)0.5 μL,MspⅠ(或HpaⅡ)(20 U/μL)0.5 μL,10×Buffer T 2.5 μL,加水至25 μL,混勻后于低溫恒溫水浴槽37℃酶切保溫12 h,65℃溫育20 min,4℃保存。
1.4.2基因組DNA接頭的準(zhǔn)備與連接
將EcoRⅠ接頭引物分別配成15 μmol/L 的保存液,混合稀釋成5 μmol/L;HpaⅡMspⅠ接頭引物分別配成100 μmol/L的保存液,混合配成50 μmol/L?;旌暇鶆蚝笾糜赑CR儀:65℃ 10 min;37℃ 10 min;25℃ 10 min,然后自然冷卻至室溫。將酶切產(chǎn)物8.5 μL,T4 DNA Ligase 1.0 μL,5×T4 DNA Ligase Buffer 4.0 μL,EcoR Ⅰadapter (5 μmol/L) 2.0 μL,Hpa ⅡMsp Ⅰadapter (50 μmol/L)2.0 μL,補(bǔ)水至20 μL,混勻后于低溫恒溫水浴槽16℃培養(yǎng)過(guò)夜,70℃滅活10 min,-20℃保存。
1.4.3基因組DNA的預(yù)擴(kuò)增
預(yù)擴(kuò)增總體積25 μL,包括連接產(chǎn)物2.0 μL,10×Trans Tap HiFi Buffer 2.5 μL,Trans Tap HiFi DNA Polymerase 0.5 μL,GC Enhancer 0.5 μL,2.5 mmol/L dNTPs 2.0 μL,10 μmol/L預(yù)擴(kuò)增上下游引物各1.0 μL。擴(kuò)增程序?yàn)椋?4℃ 30 s,56℃ 1 min,72℃ 1 min,30個(gè)循環(huán);72℃ 10 min。
1.4.4基因組DNA的選擇性擴(kuò)增
預(yù)擴(kuò)增產(chǎn)物20倍稀釋液5.0 μL,10×Trans Tap HiFi Buffer 2.5 μL,Trans Tap HiFi DNA Polymerase 0.5 μL,GC Enhancer 0.5 μL,2.5 mmol/L dNTPs 2.0 μL,10 μmol/L選擇性上下游引物各15 μL,總體積25 μL。擴(kuò)增程序?yàn)椋?4℃ 30 s,65℃(每個(gè)循環(huán)降低0.7℃)30 min,72℃ 1 min,13個(gè)循環(huán);94℃ 30 s,56℃ 30 s,72℃ 1 min,23個(gè)循環(huán);72℃ 10 min。
1.4.56%變性聚丙烯酰胺凝膠電泳
將選擇性擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行6%變性聚丙烯酰胺凝膠電泳。采用美國(guó)BIORAD 公司的PowerPac HV電泳儀,恒定電壓1 800 V進(jìn)行預(yù)電泳30 min,使凝膠預(yù)熱。然后上樣,1 200 V電泳2.0~2.5 h,待二甲苯青移動(dòng)至整個(gè)凝膠的2/3處時(shí),停止電泳,取出凝膠,銀染顯色。
1.5數(shù)據(jù)分析
統(tǒng)計(jì)顯影后的聚丙烯酰胺凝膠電泳條帶,將清晰條帶顯示記為“1”,無(wú)條帶顯示處記為“0”,記錄所有適宜選擴(kuò)增引物組合的MSAP圖譜,組成二次元矩陣, 進(jìn)行甲基化多態(tài)性統(tǒng)計(jì)[25]。
2結(jié)果與分析
2.1基因組DNA的選擇性擴(kuò)增
甲基化敏感擴(kuò)增多態(tài)性(MSAP)中使用的內(nèi)切酶MspⅠ和HpaⅡ是一組同裂酶,都識(shí)別并切割5′CCGG3′序列,但在5′CCGG3′存在甲基化時(shí),兩種酶對(duì)該序列不同甲基化狀態(tài)的敏感度不同。MspⅠ只能切割外部胞嘧啶沒有發(fā)生甲基化的5′CCGG3′序列,一旦外部胞嘧啶發(fā)生甲基化,將不能切割此位點(diǎn)。HpaⅡ?qū)Π爰谆▎捂溂谆┟舾校瑢?duì)全甲基化(雙鏈甲基化)不敏感,只切割半甲基化的5′CCGG3′序列。
因此,聚丙烯酰胺凝膠電泳獲得的條帶可分為4種類型:Ⅰ型,兩條泳道均有帶,表示無(wú)甲基化或單鏈內(nèi)部發(fā)生甲基化;Ⅱ型,MspⅠ酶切產(chǎn)物擴(kuò)增泳道有帶,HpaⅡ酶切產(chǎn)物擴(kuò)增泳道無(wú)帶,表示發(fā)生雙鏈內(nèi)部甲基化;Ⅲ型,HpaⅡ酶切產(chǎn)物擴(kuò)增泳道有帶,MspⅠ酶切產(chǎn)物擴(kuò)增泳道無(wú)帶,表示發(fā)生單鏈外部甲基化;Ⅳ型,不存在CCGG位點(diǎn),或內(nèi)側(cè)和外側(cè)胞嘧啶同時(shí)甲基化(圖1)。據(jù)報(bào)道[2627],第四種甲基化類型的頻率很低,因此我們得到的甲基化水平可能只比實(shí)際的低一些。
2.2基因組DNA甲基化水平和模式
EcoR Ⅰ選擇性擴(kuò)增引物分別與Msp Ⅰ、Hpa Ⅱ選擇性擴(kuò)增引物配對(duì),從120對(duì)MSAP選擇性擴(kuò)增引物中篩選出28對(duì)擴(kuò)增圖譜清晰、甲基化多態(tài)性豐富、條帶重復(fù)性好的選擇性擴(kuò)增引物組合。采用2.1的帶型統(tǒng)計(jì)方法記錄PAGE膠上的擴(kuò)增條帶,結(jié)果如表2所示。
根據(jù)對(duì)稻曲病菌的分生孢子、黑色和黃色厚垣孢子基因組DNA進(jìn)行MSAP分析,可以看出分生孢子基因組DNA中CCGG序列的甲基化率為20.56%,黑色厚垣孢子為25.63%,黃色厚垣孢子為33.52%。其中分生孢子DNA的甲基化率最低,黃色厚垣孢子DNA的甲基化率最高。
在分生孢子、黑色和黃色厚垣孢子DNA的擴(kuò)增條帶中,全甲基化條帶數(shù)分別為135、116、154條,全甲基化率分別為8.73%、13.96%、17.68%,分生孢子全甲基化率低于半甲基化率,黑色和黃色厚垣孢子的全甲基化率均高于半甲基化率。從統(tǒng)計(jì)結(jié)果看出DNA甲基化在稻曲病菌休眠與非休眠厚垣孢子中發(fā)生普遍,在稻曲病菌分生孢子和厚垣孢子之間,基因組DNA甲基化水平差異明顯,黃色和黑色的厚垣孢子主要是全甲基化模式,分生孢子則是以半甲基化模式為主。
3討論
MSAP (甲基化敏感擴(kuò)增多態(tài)性) 技術(shù)是檢測(cè)基因組DNA甲基化的重要方法之一,它是在AFLP技術(shù)的基礎(chǔ)上,根據(jù)MspⅠ和HpaⅡ?qū)谆舾行缘牟煌瑏?lái)區(qū)分基因組DNA全甲基化和半甲基化狀態(tài),同時(shí)可以測(cè)出其總甲基化水平[28]。
稻曲病菌引起水稻穗粒發(fā)病,在穗粒上形成稻曲球,稻曲球中的孢子座產(chǎn)生粉狀厚垣孢子,厚垣孢子在發(fā)育過(guò)程中其顏色會(huì)發(fā)生變化,由乳白色逐漸變成黃色,最終成為墨綠色(黑色),即厚垣孢子由非休眠狀態(tài)轉(zhuǎn)化成休眠狀態(tài),這種現(xiàn)象屬于表觀遺傳特征。厚垣孢子在非休眠和休眠的轉(zhuǎn)換中,其表觀遺傳上有明顯差異,這種差異與DNA甲基化相關(guān)。本研究采用MSAP技術(shù),以稻曲病菌的分生孢子及兩種顏色的厚垣孢子為材料,初次對(duì)稻曲病菌分生孢子、休眠與非休眠厚垣孢子的基因組DNA甲基化水平和模式進(jìn)行研究,結(jié)果顯示,稻曲病菌分生孢子、黑色和黃色厚垣孢子DNA甲基化水平差異明顯,休眠的黑色厚垣孢子的甲基化要低于非休眠的黃色厚垣孢子。這個(gè)結(jié)論與種子萌發(fā)甲基化水平變化是相似的,黃韞宇等[29]用NaCl處理黃瓜種子,發(fā)現(xiàn)黃瓜種子在萌發(fā)過(guò)程中甲基化水平是不斷變化的,前期甲基化水平略高,中后期甲基化水平降低,發(fā)芽末期甲基化水平更低,與Mishra等[30]報(bào)道的比較一致, Candida albicans 是人類真菌性病原物,其DNA甲基化調(diào)控影響的基因通常與形態(tài)轉(zhuǎn)化,如酵母態(tài)與菌絲態(tài)形態(tài)轉(zhuǎn)換、白色細(xì)胞與非透明細(xì)胞的轉(zhuǎn)化,以及鐵離子代謝相關(guān)的基因有關(guān)。C. albicans在無(wú)性生長(zhǎng)期間,被壓制轉(zhuǎn)錄甲基化位點(diǎn)中C轉(zhuǎn)換成T 的頻率提高,一個(gè)進(jìn)化上穩(wěn)定的抑制突變的模式可能會(huì)因?yàn)榄h(huán)境或寄主變化而發(fā)生遺傳改變。稻曲病菌的3種不同發(fā)育時(shí)期的孢子的DNA甲基化調(diào)控的基因可能影響其萌發(fā),利用MSAP方法獲得稻曲病菌3種孢子的甲基化差異性位點(diǎn)的DNA片段,通過(guò)克隆測(cè)序可獲得相應(yīng)的基因的重要信息,從而可找到甲基化差異基因的表達(dá)與休眠的相關(guān)性。另外,通過(guò)分析甲基化位點(diǎn),發(fā)現(xiàn)全甲基化,即雙鏈甲基化是稻曲病菌休眠與非休眠基因組DNA甲基化的主要模式,分生孢子DNA則表現(xiàn)為全甲基化率低于半甲基化率,以半甲基化為主要模式;黑色和黃色厚垣孢子的全甲基化率均高于半甲基化率。此結(jié)論與種子萌發(fā)中,大量基因上調(diào)表達(dá)相一致,且種子萌發(fā)過(guò)程中同時(shí)還發(fā)現(xiàn)少量的甲基化事件,說(shuō)明部分功能基因處于關(guān)閉或正在關(guān)閉的調(diào)控狀態(tài)[3134]。稻曲病菌由可萌發(fā)的黃色厚垣孢子到不可萌發(fā)的黑色厚垣孢子,由厚垣孢子到萌發(fā)后的分生孢子之間的胞嘧啶甲基化率降低、甲基化模式改變,其分子機(jī)理有待進(jìn)一步研究和驗(yàn)證。
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(責(zé)任編輯:楊明麗)