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碳青霉烯類耐藥肺炎克雷伯菌ERIC-PCR指紋圖譜分型的研究

2018-11-28 07:07:28辛力華張瓊芳熊大遷
解放軍醫(yī)藥雜志 2018年11期
關(guān)鍵詞:烯酶烯類克雷伯

李 睿,辛力華,張 青,張瓊芳,王 芳,任 然,熊大遷

耐藥菌株的出現(xiàn)給抗感染治療帶來(lái)極大困擾,細(xì)菌一旦對(duì)抗生素產(chǎn)生耐藥性且未經(jīng)及時(shí)治療和控制,可導(dǎo)致患者間及患者與醫(yī)務(wù)人員之間出現(xiàn)交叉感染,甚至暴發(fā)流行[1-3]。肺炎克雷伯菌在自然界土壤、水源中分布廣泛,同時(shí)亦是人類腸道菌群的重要組成部分。當(dāng)人體免疫力降低時(shí),肺炎克雷伯菌可作為條件致病菌引起肺炎、腸炎、泌尿系統(tǒng)炎癥、敗血癥等多種類型的感染。碳青霉烯類抗生素因具有抗菌譜廣、抗菌活性強(qiáng)、β-內(nèi)酰胺酶穩(wěn)定性高、副作用小等優(yōu)勢(shì),被廣泛用于多重耐藥腸桿菌科細(xì)菌引起的嚴(yán)重感染,導(dǎo)致了碳青霉烯類耐藥腸桿菌科細(xì)菌誕生,尤以碳青霉烯類耐藥肺炎克雷伯菌(KPC)最常見[4-5]。由于可供選擇的抗生素范圍有限,其預(yù)防和感染控制難度較大,患者預(yù)后差、病死率高,現(xiàn)已引起了WHO的廣泛關(guān)注[6]。本研究收集了我院臨床分離的31株KPC進(jìn)行藥敏試驗(yàn)及耐藥表型、基因型檢測(cè)、同源性分析,旨在了解KPC耐藥情況及耐藥基因特點(diǎn),為臨床抗感染治療及院感防控提供理論依據(jù)。現(xiàn)報(bào)告如下。

1 材料與方法

1.1菌株來(lái)源 收集我院2016年7月—2017年4月臨床標(biāo)本中分離出的31株KPC納入試驗(yàn)范圍,質(zhì)控菌株包括大腸埃希菌ATCC25922、金黃色葡萄球菌ATCC25923、銅綠假單胞菌ATCC27853、肺炎克雷伯ATCC700603、肺炎克雷伯ATCCBAA-1705,肺炎克雷伯ATCCBAA-1706。

1.2實(shí)驗(yàn)儀器與試劑

1.2.1實(shí)驗(yàn)儀器:生物梅里埃VITEK 2-Compact全自動(dòng)微生物鑒定/藥敏分析儀、BACT/ALERT 3D 60/120血培養(yǎng)儀、二氧化碳培養(yǎng)箱,生物安全柜,比濁儀、伯樂(lè)PCR儀、伯樂(lè)電泳儀、北京六一照交儀。

1.2.2實(shí)驗(yàn)試劑:①AST-GN13藥敏卡,包括環(huán)丙沙星、左氧氟沙星、頭孢唑林、頭孢曲松、頭孢他啶、頭孢吡肟、四環(huán)素、氨曲南、阿莫西林/克拉維酸、氨芐西林、慶大霉素、阿米卡星、美羅培南、亞胺培南、哌拉西林、復(fù)方新諾明16種抗生素。美國(guó)Thermo Fisher的細(xì)菌基因組提取試劑盒和PCR MIX。②血平板、麥康凱平板、嗜血巧克力平板、普通巧克力平板、血培養(yǎng)瓶均為生物梅里埃公司產(chǎn)品。藥敏紙片英國(guó)公司Oxoid公司生產(chǎn)。

1.3細(xì)菌鑒定與藥物敏感性試驗(yàn) 分離鑒定及藥敏試驗(yàn)按照《全國(guó)臨床檢驗(yàn)操作規(guī)程》[7]進(jìn)行操作,所有菌株經(jīng)法國(guó)梅里埃公司全自動(dòng)微生物鑒定藥敏分析系統(tǒng)(VITEK 2-Compact全自動(dòng)微生物鑒定/藥敏分析儀)進(jìn)行鑒定。藥敏結(jié)果判定符合美國(guó)臨床實(shí)驗(yàn)室標(biāo)準(zhǔn)委員會(huì)(CLSI-M100-S26)標(biāo)準(zhǔn)[8]。

1.4產(chǎn)碳青霉烯酶表型 按CLSI標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行Hodge試驗(yàn),將配置所得麥?zhǔn)隙?.5的標(biāo)準(zhǔn)大腸埃希菌ATCC25922經(jīng)無(wú)菌生理鹽水以1∶10比例稀釋后均勻涂于M-H瓊脂平板上,干燥3 min以后,將10 μg/片的厄他培南或美羅培南藥敏紙片貼于平板中央,待測(cè)菌株從藥敏紙片邊緣向平板邊緣畫線,長(zhǎng)度20~25 mm,操作過(guò)程嚴(yán)格遵循無(wú)菌操作原則,置于35℃溫箱孵育過(guò)夜。產(chǎn)碳青霉烯酶陽(yáng)性判定標(biāo)準(zhǔn):被測(cè)菌株畫線與大腸埃希菌抑菌ATCC25922圈交叉處見到大腸埃希菌向藥敏紙片方向生長(zhǎng)增強(qiáng)。

1.5細(xì)菌DNA模板制備 選擇3~6個(gè)新鮮菌落,滴加400 μl雙蒸水后振蕩均勻,沸水浴15 min,冰浴2 min后,離心10 min(轉(zhuǎn)速15 000 r/min),取上清液為細(xì)菌DNA模板,置于4~8℃冰箱保存。

1.6細(xì)菌耐藥基因PCR檢測(cè) 引物設(shè)計(jì)參照文獻(xiàn)[9]。引物由生物工程公司(上海)合成。見表1。PCR反應(yīng)體系共50 μl,包括 25 μl的Taq PCR Master Mix,2 μl的上、下游引物,1 μl的待測(cè)菌DNA模板,20 μl的雙蒸水。反應(yīng)參數(shù):94℃預(yù)變性5 min,變性94℃ 1 min →退火1 min→72℃ 90s,循環(huán)35個(gè)周期 →72℃延伸10min。取10μl PCR反應(yīng)產(chǎn)物經(jīng)含4S Red plus的20 g/L瓊脂糖凝膠電泳,經(jīng)凝膠成像系統(tǒng)觀察分析并拍照保存。

表1 引物序列及目的產(chǎn)物長(zhǎng)度

1.7PCR產(chǎn)物測(cè)序分析 PCR產(chǎn)物提純后送生物工程公司(上海)測(cè)序,測(cè)序結(jié)果在NCBI網(wǎng)站用BLAST比對(duì),確定基因型。

1.8ERIC-PCR同源性分析 PCR反應(yīng)體系共25 μl,包括 0.4 μl 的5 U/μl Exp Tap,2.5 μl 的10×buffer,2 μl 的2.5 mmol/L dNTP,2μl上、下游引物,2μl待測(cè)菌DNA模板, 雙蒸水補(bǔ)足至25 μl。反應(yīng)參數(shù):94℃預(yù)變性3 min,變性94℃ 1 min →55℃ 1 min→72℃ 90 s,循環(huán)35個(gè)周期 →72℃延伸10 min。引物序列:R-ATGTAAGCTCCTGGGGATTCAC,F(xiàn)-AAGTAAGTGACTGGGGTGAGCG。擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)瓊脂糖凝膠電泳45 min(90V),紫外凝膠成像儀拍照。統(tǒng)一基因型:擴(kuò)增條帶完全相同;亞型:主條帶相同,副帶相差1或2條;不同基因型:條帶相差2條以上。

2 結(jié)果

2.1菌株分布 31株KPC主要來(lái)源于重癥監(jiān)護(hù)室,共19株,占61.29%;急診科6株,占19.35%;呼吸內(nèi)科3株,占9.68%;腎內(nèi)科、心內(nèi)科、康復(fù)科各1株,占3.23%。

2.2藥敏試驗(yàn)結(jié)果 所測(cè)KPC菌株對(duì)β-內(nèi)酰胺類藥物100%耐藥,僅部分菌株對(duì)四環(huán)素、慶大霉素、阿米卡星、復(fù)方磺胺甲口惡唑表現(xiàn)敏感,敏感率分別為3.23%、9.68%、90.32%、67.74%。見表2。

表2 31株KPC藥敏試驗(yàn)結(jié)果

2.3改良Hodge試驗(yàn)結(jié)果 改良Hodge試驗(yàn)結(jié)果發(fā)現(xiàn)31株KPC中29株均為陽(yáng)性。

2.4PCR擴(kuò)增結(jié)果及序列分析 30株肺炎克雷伯菌以KPC引物擴(kuò)增出目的條帶,經(jīng)測(cè)序及NCBI網(wǎng)站BLAST比對(duì)證實(shí)為blaKPC-2基因型;1株肺炎克雷伯菌以IMP11引物擴(kuò)增出目的條帶,經(jīng)測(cè)序及NCBI網(wǎng)站BLAST比對(duì)證實(shí)為blaIMP-1基因型。電泳結(jié)果見圖1。

2.5ERIC-PCR結(jié)果 ERIC-PCR擴(kuò)增條帶2~4條,31株KPC可分為30株A1型(包含KPC-2基因)及1株A2型(包含IMP-1基因)。電泳結(jié)果見圖2。

圖1部分碳青霉烯類耐藥肺炎克雷伯菌PCR擴(kuò)增產(chǎn)物電泳圖

M為Marker DNA2000,1~6為產(chǎn)blaIMP-1的肺炎克雷伯菌

圖2部分碳青霉烯類耐藥肺炎克雷伯菌ERIC-PCR擴(kuò)增產(chǎn)物電泳圖

M為Marker DNA2000,1~17為碳青霉烯類耐藥肺炎克雷伯菌菌株

3 討論

碳青霉烯類抗生素系治療多重耐藥菌感染的臨床常用β-內(nèi)酰胺類抗生素,上世界90年代末碳青霉烯類抗生素進(jìn)入國(guó)內(nèi)市場(chǎng),使用量迅速增長(zhǎng),但同時(shí)也導(dǎo)致了KPC的產(chǎn)生,給臨床疾病的治療帶來(lái)更大威脅。目前認(rèn)為KPC產(chǎn)生機(jī)制與膜孔蛋白表達(dá)質(zhì)/量的缺失合并及產(chǎn)碳青霉烯酶相關(guān)[10-11]。現(xiàn)已發(fā)現(xiàn)KPC1~17等16種亞型(KPC-1與KPC-2被證實(shí)為相同類型),其中以KPC-2及KPC-3最為常見[12-13]。本研究中31株肺炎克雷伯菌共有30株(96.77%)經(jīng)測(cè)序證實(shí)為KPC-2,提示我院目前主要流行KPC-2,與國(guó)內(nèi)外報(bào)道[14-16]的流行趨勢(shì)一致。本研究還發(fā)現(xiàn)KPC菌株主要集中于重癥監(jiān)護(hù)室,提示該科室患者為KPC菌株感染高危人群,可能存在耐藥菌株,在一定條件下易導(dǎo)致院內(nèi)傳播,應(yīng)引起臨床重視,重點(diǎn)防控。

改良Hodge試驗(yàn)結(jié)果是CLSI推薦的KPC基因型碳青霉烯酶篩查方法,本研究檢測(cè)結(jié)果與PCR檢測(cè)結(jié)果具有較高一致性,敏感性高達(dá)93.55%,2株KPC-2基因型Hodge試驗(yàn)呈現(xiàn)出假陰性,其原因可能與被測(cè)菌株耐藥基因丟失或低水平表達(dá)相關(guān)。黃峰等[17]采用改良Hodge試驗(yàn)與KPC基因檢測(cè)結(jié)果的符合率高達(dá)100%,提示改良Hodge試驗(yàn)具有較高靈敏度,可用于疑似產(chǎn)碳青霉烯酶細(xì)菌的表型監(jiān)測(cè)。李軻等[18]發(fā)現(xiàn)碳青霉烯酶肺炎克雷伯菌對(duì)大多數(shù)抗生素耐藥,僅氨基糖苷類、氟喹諾酮類、黏菌素等抗生素可在體外發(fā)揮抗菌效果。本研究藥敏試驗(yàn)結(jié)果顯示,KPC菌株對(duì)環(huán)丙沙星、左氧氟沙星、頭孢唑林、頭孢曲松、頭孢他啶、頭孢吡肟、氨曲南、阿莫西林/克拉維酸、氨芐西林、美羅培南、亞胺培南、哌拉西林等β-內(nèi)酰胺類藥物均100%耐藥,僅部分菌株對(duì)四環(huán)素、慶大霉素、阿米卡星、復(fù)方新諾明存在活性,這給臨床治療帶來(lái)極大困難,進(jìn)一步探究發(fā)現(xiàn)這些細(xì)菌均源于ICU標(biāo)本,疑有高度同源性。

ERIC-PCR方法操作簡(jiǎn)單便捷,可作為實(shí)驗(yàn)室大量菌株初步分型檢測(cè)的常用方法,同時(shí)本研究結(jié)果還可顯示我院存在克隆菌株流行趨勢(shì)。因此,臨床醫(yī)師應(yīng)謹(jǐn)慎合理的選擇抗菌藥物的使用,加強(qiáng)KPC-2型碳青霉烯酶肺炎克雷伯菌的監(jiān)測(cè),防止耐藥性傳播。臨床科室做好醫(yī)院環(huán)境的消毒隔離,強(qiáng)化醫(yī)護(hù)人員無(wú)菌操作培訓(xùn)教育,提高多重耐藥菌醫(yī)院感染控制的重視,減少醫(yī)院內(nèi)交叉感染,有效防止耐藥菌株進(jìn)一步蔓延擴(kuò)散。

綜上所述,產(chǎn)KPC-2型碳青霉烯酶肺炎克雷伯菌耐藥程度較高,臨床治療較為棘手,感染患者預(yù)后差,應(yīng)采取積極防控措施遏制其流行趨勢(shì)。

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