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免核酸提取熒光定量PCR方法應(yīng)用研究

2018-10-18 07:28魏園園
新農(nóng)業(yè) 2018年21期
關(guān)鍵詞:禽流感核酸定量

魏園園

(遼寧省動物疫病預(yù)防控制中心,遼寧 沈陽 110164)

分子檢測方法由于具有的高敏感性、高通量和適合的價格,越來越頻繁的應(yīng)用在獸醫(yī)診斷中。在檢測過程中,常需要對檢測樣本進行核酸提取純化,需要投入大量的時間,其復(fù)雜的提取步驟容易造成交叉污染。為能更加快速準(zhǔn)確的進行疫病檢測,免核酸提取產(chǎn)品成為了疫病檢測的最佳選項。本文通過對禽流感病毒培養(yǎng)物、臨床樣本中的病毒核酸進行研究,用以評價免核酸提取與常規(guī)核酸提取兩者在陽性符合率、病毒復(fù)制、檢測效果等方面的差異,為臨床疫病檢測監(jiān)控提供參考。

1 材料和方法

1.1 樣本

樣本采集方法:用無菌棉拭子探入喉頭口及上顎裂來回刮3~5次取咽喉分泌液,放入加有無菌1 毫升PBS緩沖液的無菌1.5 毫升離心管中備用。樣本來源:全省抽取的5000例家禽的泄殖腔拭子和咽喉拭子、禽流感H5、H7、H9病毒培養(yǎng)樣本各選取1例。

1.2 試劑與方法

1.2.1 常規(guī)熒光定量PCR檢測法 使用天根生化科技(北京)有限公司的磁珠法病毒DNA/RNA提取試劑盒,配套賽默飛KingFisher Flex全自動核酸提取儀對病毒培養(yǎng)物樣本、稀釋的病毒培養(yǎng)物樣本、臨床樣本進行核酸提取制備,提取時間為40~60分鐘。核酸提取完畢后,用QIAGEN的禽流感 H5/H7/H9熒光定量PCR試劑盒,對病毒培養(yǎng)物核酸、稀釋的病毒培養(yǎng)物核酸、臨床樣本核酸進行熒光定量聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR法)檢測;將上述處理好的核酸樣本加樣上機,用ABI7500熒光定量P C R儀進行擴增,收集熒光信號,進行結(jié)果判定。本階段時間為90分鐘。整個實驗整體完成時間為130~150分鐘。

1.2.2 免提取熒光定量P C R檢測法 使用北京大有泰萊生物技術(shù)有限公司的禽流感H5/H7/H9免提取熒光定量PCR試劑盒,對病毒培養(yǎng)物核酸、稀釋的病毒培養(yǎng)物核酸、確診的臨床陽性樣本核酸進行熒光定量PCR方法進行檢測;用試劑盒配套的樣本處理液將樣本進行待檢處理,直接加樣上機,用賽默飛ABI7500熒光定量PCR儀進行擴增,收集熒光信號,進行結(jié)果判定。本階段時間為100分鐘。整個實驗整體完成時間為105~110分鐘。

2 實驗結(jié)果

2.1 常規(guī)熒光定量PCR和免提取熒光定量PCR對病毒培養(yǎng)物檢測結(jié)果對比

對于H5、H7和H9病毒培養(yǎng)物樣本,根據(jù)100、10-1、10-2、10-3和10-4的稀釋倍數(shù),分別進行病毒核酸檢測,免提取熒光定量PCR檢測結(jié)果和傳統(tǒng)熒光定量PCR檢測結(jié)果一致,符合率100%。檢測數(shù)據(jù)結(jié)果見表1。

結(jié)果表明高病毒濃度的病毒培養(yǎng)物、低病毒濃度的病毒培養(yǎng)物,免核酸提取方法均能滿足準(zhǔn)確檢測判定的需求。

2.2 常規(guī)熒光定量PCR和免提取熒光定量PCR對臨床樣本的檢測結(jié)果

對5 0 0 0份臨床樣本,用QIAGEN的常規(guī)熒光熒光定量PCR試劑盒檢測,樣本陰陽性判定結(jié)果見表2。

確診為陽性樣本的,再根據(jù)100、10-1、10-2和10-3的稀釋倍數(shù),分別進行H5、H9病毒檢測,其陽性符合率依然一致。檢測數(shù)據(jù)見表3。

表1

結(jié)果表明高病毒濃度的臨床樣本、低病毒濃度的臨床樣本,免提取的熒光定量PCR試劑均能滿足準(zhǔn)確檢測判定的需求。

應(yīng)用免核酸提取方法對禽流感病毒H5/H7/H9亞型的病毒培養(yǎng)物、稀釋的病毒培養(yǎng)物、臨床陽性樣本、稀釋的臨床弱陽性樣本進行檢測。檢測結(jié)果與常規(guī)核酸提取熒光定量PCR檢測方法結(jié)果一致,可以滿足禽流感病毒H5/H7/H9亞型的病毒檢測需求。綜上所述,免核酸提取熒光定量PCR方法檢測的陽性復(fù)合率100%符合,且可以有效的提高實驗效率,此方法可以有效應(yīng)用于動物疫病臨床監(jiān)測。

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