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一株DMP降解菌的分離鑒定及特性研究

2018-09-03 09:41:42徐偉慧王志剛
關(guān)鍵詞:鄰苯二甲酸革蘭氏菌液

徐偉慧,劉 帥,王志剛,2*

(1.齊齊哈爾大學(xué)生命科學(xué)與農(nóng)林學(xué)院,黑龍江 齊齊哈爾 161006;2.農(nóng)業(yè)部華南都市農(nóng)業(yè)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,廣州510640)

鄰苯二甲酸酯(Phthalic acid ester,PAEs)又被稱(chēng)作酞酸酯,是一種使用面廣,年產(chǎn)量大的人工合成有機(jī)化合物[1]。其常被用作增塑劑和軟化劑而添加到塑料用品之中,PAEs被證明具“三致”作用[2-3]。目前PAEs已廣泛存在于空氣、水體和土壤等環(huán)境介質(zhì),并在動(dòng)植物體內(nèi)積累[4-5],最終通過(guò)食物鏈危害人類(lèi)的健康。

PAEs在環(huán)境中尤其是土壤環(huán)境中不易自然降解,因此利用微生物降解土壤環(huán)境中的PAEs已經(jīng)成為研究熱點(diǎn)。中國(guó)國(guó)家環(huán)境監(jiān)測(cè)中心將鄰苯二甲酸二甲酯(DMP)、鄰苯二甲酸二乙酯(DEP)和鄰苯二甲酸二辛酯(DNOP)3種PAEs確定為環(huán)境優(yōu)先控制污染物[6-7]。本實(shí)驗(yàn)室前期研究發(fā)現(xiàn)DMP可改變黑土土壤呼吸,影響土壤酶活性以及物質(zhì)的代謝,使黑土微生物區(qū)系結(jié)構(gòu)和功能代謝菌群數(shù)量發(fā)生改變,微生物多樣性降低[8-9],導(dǎo)致黑土生態(tài)系統(tǒng)功能受到影響。因此,尋找高效的DMP降解菌尤為重要。本研究以長(zhǎng)期覆蓋塑料廢棄物的垃圾場(chǎng)的土壤為試材,篩選能降解DMP的菌株并研究其特性,旨在分離降解DMP的優(yōu)勢(shì)菌種,為今后構(gòu)建具有高效降解性能的微生物體系及控制DMP污染和土壤生物修復(fù)的研究奠定基礎(chǔ)。

1 材料與方法

1.1 供試培養(yǎng)基

微量元素儲(chǔ)備液:CaSO4·5H2O 4.0 g,F(xiàn)eSO4·7H2O 7.0 g,F(xiàn)eCl3·6H2O 7.0 g,CoCl3·6H2O 0.2 g,NaMO4·2H2O 3.4 g,CaCl22.0 g,H2O 1000 mL,pH 7.0。

基礎(chǔ)無(wú)機(jī)鹽(MSM)培養(yǎng)基:K2HPO4·12H2O 1.0 g,KH2PO41.0 g,NH4Cl 0.8 g,NaCl 1.0 g,MgSO4·7H2O 0.5 g,微量元素儲(chǔ)備液2 mL,H2O 1000 mL。

LB 培養(yǎng)基:蛋白胨 10.0 g,酵母粉 5.0 g,NaCl 10.0 g,H2O 1000 mL。

1.2 DMP降解菌的分離與鑒定

從長(zhǎng)期覆蓋塑料廢棄物的露天垃圾場(chǎng)中采集土樣,稱(chēng)5 g土樣放于含有50 mg·L-1DMP的MSM培養(yǎng)液中進(jìn)行梯度壓力馴化培養(yǎng),在溫度30℃,轉(zhuǎn)速130 r·min-1的條件下培養(yǎng)3 d,取1 mL菌液接種到含有100 mg·L-1DMP的MSM培養(yǎng)基中繼續(xù)培養(yǎng),3 d后從含有100 mg·L-1DMP的MSM培養(yǎng)基中取1 mL菌液接種到含有150 mg·L-1DMP的MSM培養(yǎng)基中繼續(xù)培養(yǎng),以此步驟進(jìn)行培養(yǎng),30 d后直至培養(yǎng)基中的DMP濃度達(dá)到500 mg·L-1,培養(yǎng)30 d后,取0.1 mL菌液稀釋涂布到固體MSM培養(yǎng)基平板中,30℃培養(yǎng)7 d。挑選不同菌落形態(tài)的單菌落接種到新鮮的MSM瓊脂板上進(jìn)行劃線培養(yǎng)。隨后重復(fù)劃線培養(yǎng)2~3次,在此期間用接種環(huán)挑取細(xì)菌進(jìn)行番紅染色,并利用光學(xué)顯微鏡制片觀察,直至分離的培養(yǎng)物為純培養(yǎng)物的單菌落,將分離純化得到的細(xì)菌接入LB液體培養(yǎng)基中進(jìn)行培養(yǎng),3 d后取菌液離心,棄上清,沉淀保存在-20℃的冰箱中備用。

16S rDNA序列分析:使用Ezup柱式細(xì)菌基因組DNA抽提試劑盒(編號(hào):B518255)提取DNA。PCR擴(kuò)增 采 用 細(xì) 菌 通 用 引 物[10],27f:(5′-AGAGTTT?GATCCT-GGCTCAG-3′)和 1492r:(5′-TACG?GCTACCTTGTTACG-ACTT-3′),由上海生工合成。PCR反應(yīng)體系20 μL為:10×Ex Taq buffer 2.0 μL、2.5 Mm dNTP Mix 1.6 μL、5p 27f 0.8 μL、5p 1492r 0.8 μL、DNA 模板 0.5 μL、5u Ex Taq 0.2 μL、ddH2O 14.1 μL。PCR反應(yīng)條件:95℃預(yù)變性5 min,95℃變性30 s,55℃ 30 s,72℃ 90 s,24個(gè)循環(huán),72℃延伸10 min。PCR產(chǎn)物經(jīng)1.5%瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè),采用SanPrep柱式PCR產(chǎn)物純化試劑盒純化PCR產(chǎn)物,送上海美吉生物醫(yī)藥科技有限公司測(cè)序。測(cè)序結(jié)果在NCBI的GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)中進(jìn)行Blast比對(duì),尋找與目的序列同源性最高的已知分類(lèi)地位菌種的16S rDNA序列。采用MEGA 5.0軟件以鄰接法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)。

1.3 DMP降解菌生長(zhǎng)及降解的特性研究

將純菌株接種到150 mL含有500 mg·L-1DMP的MSM培養(yǎng)基中,在轉(zhuǎn)速130 r·min-1、溫度30℃的條件下培養(yǎng)3 d,每隔12 h測(cè)量菌液OD600,并取10 mL菌液離心,取上清用乙酸乙酯萃取,將上層有機(jī)相旋轉(zhuǎn)蒸發(fā),利用高效液相色譜測(cè)量培養(yǎng)基中剩余的DMP濃度。所有的實(shí)驗(yàn)均重復(fù)3次。

1.4 DMP降解菌對(duì)不同碳源的利用

將0.1 mL菌液分別接種到含有不同碳源為底物的MSM培養(yǎng)基中,在轉(zhuǎn)速130 r·min-1,溫度30℃的條件下培養(yǎng)3 d。根據(jù)菌株的生長(zhǎng)情況以及OD600的大小確定降解菌對(duì)不同碳源的利用能力。底物分別為DMP、DBP(鄰苯二甲酸二丁酯)、DEP、DEHP(鄰苯二甲酸二異辛酯)、PA(鄰苯二甲酸)、PCA(原兒茶酸)、蔗糖和葡萄糖。

1.5 不同溫度和pH對(duì)DMP降解菌生長(zhǎng)的影響

將菌株接種在MSM的液體培養(yǎng)基中(DMP 500 mg·L-1),30 ℃、130 r·min-1條件下活化培養(yǎng)36 h。取1 mL活化后的菌液接種到含有不同pH的MSM培養(yǎng)基的三角瓶?jī)?nèi),pH分別為5.0、6.0、7.0、8.0和9.0,以30 ℃、130 r·min-1條件培養(yǎng)3 d。每隔12 h取5 mL菌液測(cè)量OD600,所有實(shí)驗(yàn)均重復(fù)3次。

將1 mL活化后的菌液接種到含有500 mg·L-1DMP的 MSM 培養(yǎng)基(pH7)中,分別在 25、27.5、30、32.5℃和35℃溫度下培養(yǎng)3 d。每隔12 h取5 mL菌液測(cè)量OD600,所有實(shí)驗(yàn)均重復(fù)3次。

1.6 DMP降解菌降解DMP的動(dòng)力學(xué)方程及中間代謝產(chǎn)物研究

取1 mL活化后的菌液接種到含有不同初始DMP(100、200、300、400 mg·L-1和500 mg·L-1)濃度的MSM培養(yǎng)基中,在轉(zhuǎn)速130 r·min-1及最佳pH和溫度的條件下培養(yǎng)3 d(pH 8,30℃)。每隔12 h取10 mL培養(yǎng)液4000 r·min-1離心10 min,上清液用乙酸乙酯萃取,旋轉(zhuǎn)蒸發(fā)儀濃縮,高效液相色譜分析儀測(cè)量培養(yǎng)基中剩余的DMP濃度。利用液相質(zhì)譜聯(lián)用技術(shù)分析降解過(guò)程中所生成的中間代謝產(chǎn)物。動(dòng)力學(xué)參數(shù)的計(jì)算參考Chen等[11]的方法,曲線擬合動(dòng)力學(xué)分析采用Sig?ma Plot軟件,所有的測(cè)試均重復(fù)3次。

1.7 DMP降解菌降解基因的擴(kuò)增

使用Ezup柱式細(xì)菌基因組DNA抽提試劑盒(編號(hào):B518255)從新培養(yǎng)的菌液中提取細(xì)菌DNA。根據(jù)Eaton[12]發(fā)現(xiàn)的降解基因序列設(shè)計(jì)引物,引物如表1所示。以降解菌DNA為模板分別在不同退火溫度下進(jìn)行PCR擴(kuò)增,跑瓊脂糖凝膠電泳,凝膠成像系統(tǒng)觀察,切取符合目的片段大小的PCR產(chǎn)物送至上海生工測(cè)序,核酸序列在NCBI網(wǎng)站進(jìn)行比對(duì)。

1.8 數(shù)據(jù)處理方法

采用Excel 2013和Sigma Plot等軟件進(jìn)行數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)分析與作圖。

2 結(jié)果與分析

2.1 DMP降解菌的分離與鑒定

本研究通過(guò)馴化、富集培養(yǎng)4周后成功從長(zhǎng)期覆蓋塑料廢棄物的垃圾場(chǎng)土壤中分離了一株DMP降解菌,將其命名為QD15-1,菌株QD15-1是一株好氧菌,在DMP為唯一碳源和能源的MSM平板上菌落形態(tài)呈現(xiàn)出不透明的乳黃色,菌落表面濕潤(rùn),邊緣整齊如圖1a。

在光學(xué)顯微鏡下菌體為球狀,無(wú)芽孢,革蘭氏染色為陰性(圖1b)。生理生化指標(biāo)見(jiàn)表2,伏-普試驗(yàn)、油脂水解試驗(yàn)和吲哚試驗(yàn)等結(jié)果為陽(yáng)性,其余試驗(yàn)為陰性。

圖1 菌株QD15-1的菌落圖與顯微觀察Figure 1 Colony of strain QD15-1 and microscopic observation

表2 菌株QD15-1的生理生化特性Table 2 Physiological and biochemical characteristics of strain QD15-1

表1 用于PCR分析的基因和引物Table 1 Genes and primers used in PCR analysis

根據(jù)16S rDNA的測(cè)序結(jié)果和GenBank中已登錄的核苷酸序列進(jìn)行同源性比較,發(fā)現(xiàn)菌株QD15-1與Paracoccus sp.CY-b28(JX997853.1)等的同源相似度為100%,并采用MEGA 5.0軟件構(gòu)建菌株QD15-1的16S rDNA系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)(圖2),基于菌株的形態(tài)學(xué)特征、生理生化特征和16S rDNA基因序列分析,將菌株確定為Paracoccus sp.QD15-1。

2.2 DMP降解菌的生長(zhǎng)曲線及其對(duì)DMP的降解效應(yīng)

菌株P(guān)aracoccus sp.QD15-1的生長(zhǎng)曲線及其對(duì)DMP的降解情況如圖3所示。隨著菌株QD15-1吸光值(OD600)逐漸增高,培養(yǎng)基中的DMP含量下降。菌株QD15-1接種到培養(yǎng)基中12 h內(nèi)菌液的吸光值增長(zhǎng)很小,表明菌株QD15-1繁殖量少,此階段為菌株的適應(yīng)期,此時(shí)期內(nèi)DMP降解速率小。12~48 h是菌株QD15-1的對(duì)數(shù)生長(zhǎng)期,此時(shí)期菌株QD15-1生長(zhǎng)迅速,菌液OD600增長(zhǎng)迅速,培養(yǎng)基中DMP的濃度下降最為明顯,且下降到最低值。48~60 h,菌株QD15-1生長(zhǎng)進(jìn)入到穩(wěn)定期,此時(shí)期內(nèi)菌液的吸光值達(dá)到最高,OD600為1.64,并保持穩(wěn)定,表明培養(yǎng)基的菌體量已達(dá)到最大,此時(shí)培養(yǎng)基中DMP濃度略有上升。經(jīng)過(guò)60 h的培養(yǎng),培養(yǎng)基中DMP濃度從500 mg·L-1下降到50.16 mg·L-1,降解率為89.9%。

2.3 降解菌株QD15-1對(duì)不同碳源底物的利用

培養(yǎng)3 d后通過(guò)吸光值大小判斷菌株利用底物的能力,菌株QD15-1利用不同底物的情況如表3所示。菌株QD15-1能利用DMP、DBP、DEP、DEHP、PA和葡萄糖為唯一碳源和能源在MSM培養(yǎng)基中生長(zhǎng),但其不能利用PCA和蔗糖進(jìn)行生長(zhǎng)。

2.4 不同pH對(duì)菌株QD15-1生長(zhǎng)的影響

不同pH對(duì)菌株QD15-1生長(zhǎng)的影響如圖4所示。從圖4中可以看出,菌株QD15-1能夠在pH 6~9范圍內(nèi)生長(zhǎng),在pH 5條件下,菌株QD15-1不能正常生長(zhǎng);在pH 7和pH 8條件下,菌株QD15-1進(jìn)入對(duì)數(shù)生長(zhǎng)期的時(shí)間要早于pH 9,且在pH 7和pH 8條件下,菌株QD15-1對(duì)數(shù)生長(zhǎng)期的增長(zhǎng)率十分接近,在pH 8的條件下菌液OD600最大,因此,以DMP為唯一碳源,菌株QD15-1生長(zhǎng)最適pH為8。

表3 菌株QD15-1利用底物的試驗(yàn)Table 3 The test of strains QD15-1 using the substrate

圖2 基于QD15-1和相關(guān)菌株的16S rDNA序列采用鄰接法建立的系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)Figure 2 Established phylogenetic tree by neighbor-joining method,based on 16S rDNA sequences of QD15-1 and the related strains

圖4 不同pH對(duì)菌株QD15-1生長(zhǎng)的影響Figure 4 The effect of different pH on strain QD15-1 growth

2.5 不同溫度對(duì)菌株QD15-1生長(zhǎng)的影響

從圖5中可以看出,菌株QD15-1能夠在25~35℃這個(gè)范圍內(nèi)生長(zhǎng),培養(yǎng)12 h后菌株進(jìn)入對(duì)數(shù)生長(zhǎng)期,在25℃下菌株進(jìn)入對(duì)數(shù)生長(zhǎng)期的OD600最低,35℃條件下菌株生長(zhǎng)速率先慢后快,30℃條件下菌株進(jìn)入對(duì)數(shù)生長(zhǎng)期的OD600最高,表明在30℃時(shí)菌株QD15-1的生長(zhǎng)速度最快。因此,以DMP為唯一碳源,菌株QD15-1最適生長(zhǎng)溫度為30℃。

2.6 菌株QD15-1降解DMP的動(dòng)力學(xué)方程

如圖6所示,培養(yǎng)60 h后菌株QD15-1可降解大部分DMP,降解率隨著初始DMP濃度的升高(100、200、300、400、500 mg·L-1)而增高,分別為 80.0%、89.0%、89.6%、91.7%和97.0%。同時(shí)菌株QD15-1降解DMP符合一級(jí)動(dòng)力學(xué)方程:

式中:C為DMP隨著時(shí)間增長(zhǎng)的剩余濃度,t為培養(yǎng)時(shí)間,K為一級(jí)動(dòng)力學(xué)常數(shù),A表示常數(shù)。DMP生物降解的半衰期可以根據(jù)下面方程計(jì)算:

圖5 不同溫度對(duì)菌株QD15-1生長(zhǎng)的影響Figure 5 The effect of different temperature on growth of strain QD15-1

圖6 不同初始DMP濃度對(duì)菌株QD15-1降解能力的影響Figure 6 The effect of different initial concentrations of DMP ondegradation ability of strain QD15-1

表4顯示降解菌QD15-1在不同初始DMP濃度(100~500 mg·L-1)下的降解動(dòng)力學(xué)方程。DMP生物降解過(guò)程符合一級(jí)降解動(dòng)力學(xué)方程(R2>0.9)。隨著DMP濃度的增加,其半衰期相應(yīng)地縮短,從2.17 d縮短到0.84 d。

2.7 降解基因的確認(rèn)

從QD15-1的基因組中擴(kuò)增出2個(gè)降解基因,測(cè)序結(jié)果顯示,一個(gè)基因的長(zhǎng)度為577 bp,此基因序列與Arthrobacter keyseri 12B中發(fā)現(xiàn)的鄰苯二甲酸酯雙加氧酶基因小亞基的同源相似度高達(dá)92%,該基因在Genbank的名稱(chēng)及登錄號(hào)為:PAphtAb(MH040800)。另一個(gè)基因的基因長(zhǎng)度為1008 bp,此基因序列與Ar?throbacter keyseri 12B中發(fā)現(xiàn)的3,4-二羥基-3,4二氫鄰苯二甲酸脫氫酶的同源相似度為88%,該基因在Genbank的名稱(chēng)及登錄號(hào)為:PAphtB(MH040801)。

2.8 中間代謝產(chǎn)物的確認(rèn)及代謝途徑的推測(cè)

從圖7a中可看出,DMP的峰值在色譜圖中保留的時(shí)間為3.50 min,在光譜上其離子特征峰為163。圖7 b中顯示PA的峰值在色譜圖中保留的時(shí)間為0.81 min,在光譜上其離子特征峰為149。圖7c顯示PCA的峰值在色譜圖上保留的時(shí)間為1.26 min,其在光譜上離子特征峰為109和153。從圖8中可以看出,接入降解菌QD15-1培養(yǎng)3 d后,在色譜圖中有1個(gè)峰明顯升高,保留時(shí)間為1.62 min,其離子特征峰為149和163,由此可知,DMP可能生成了鄰苯二甲酸單酯;而未接入降解菌株QD15-1的在1.62 min處也有一個(gè)微小的峰,表明DMP可在常溫條件下水解形成鄰苯二甲酸單酯,但降解速度很慢。同時(shí),在圖8b中還出現(xiàn)了2個(gè)新的峰,保留時(shí)間分別為0.63 min和5.0 min,其中保留時(shí)間為0.63 min,峰的光譜特征很亂,暫時(shí)不能確定其是什么物質(zhì),而保留時(shí)間為5.0 min,峰的光譜特征峰為149,與PA的特征峰吻合,說(shuō)明培養(yǎng)基中有PA生成。因此,聯(lián)系之前降解基因擴(kuò)增的結(jié)果,可推測(cè)DMP在降解菌的作用下首先水解生成鄰苯二甲酸單酯,然后再轉(zhuǎn)化成PA,在鄰苯二甲酸雙加氧酶基因(PAphtAb)和3,4-二羥基-3,4-二氫鄰苯二甲酸脫氫酶基因(PAphtB)的作用下進(jìn)一步降解。

表4 菌株QD15-1對(duì)不同初始濃度DMP生物降解的動(dòng)力學(xué)方程Table 4 DMP degradation kinetics equation in different initial concentration by strain QD15-1

圖7 標(biāo)準(zhǔn)物DMP(a)、PA(b)和PCA(c)的色譜圖和光譜圖Figure 7 Standard DMP(a),PA(b)and PCA(c)chromatograms and spectra

3 討論

圖8 未接入降解菌QD15-1(a)和接入降解菌QD15-1(b)培養(yǎng)3 d后的色譜圖Figure 8 The chromatograms of 3 days non-inoculation strain(a)and after inoculation degrading strain QD15-1(b)

本研究成功分離了一株能利用DMP作為唯一碳源生長(zhǎng)的菌株,經(jīng)鑒定為Paracoccus sp.QD15-1,好氧,革蘭氏陰性。近年來(lái),關(guān)于Paracoccus sp.降解污染物的研究報(bào)道很多,如噬氨副球菌HPD-2能夠明顯提高土壤中多環(huán)芳烴的降解率[13]。張永樂(lè)等[14]分離了一株用于溴苯腈降解的副球菌MXX-04,能夠以溴苯腈為唯一氮源進(jìn)行生長(zhǎng),降解率為95.3%。本研究中菌株P(guān)aracoccus sp.QD15-1能將培養(yǎng)基中濃度為 500 mg·kg-1的 DMP降解到50.16 mg·kg-1,降解率為89.9%。底物廣譜性利用實(shí)驗(yàn)表明,該菌株能利用DMP、DBP、DEP和DEHP等,與陳湖星等[15]研究結(jié)果類(lèi)似,其篩選出的不動(dòng)桿菌HS-B1能分別以BBP、DMP、DEP、DBP、DEHP 等 PAEs類(lèi)化合物為唯一碳源在MSM培養(yǎng)基中生長(zhǎng)。Zhang等[16]從河底泥中篩選出能以PAEs為唯一碳源生長(zhǎng)的菌株Sphingomonas sp.XJ1。金雷等[17]在長(zhǎng)期受垃圾污染的土壤中篩選到一株DBP降解菌,該菌株在含有初始濃度為100 mg·L-1的DBP培養(yǎng)基中生長(zhǎng)5 d可降解大部分DBP,降解率可達(dá)到82.7%。Wu等[18]分離鑒定的DBP降解菌可降解DBP最大為濃度400 mg·L-1,在48 h內(nèi)降解率達(dá)96%,但沒(méi)有報(bào)道該菌株降解其他PAEs的能力。本研究篩選的菌株P(guān)aracoccus sp.QD15-1是一株高效降解DMP的菌株,隨著初始DMP濃度(100、200、300、400、500 mg·L-1)的升高,降解率升高,降解率分別為80.0%、89.0%、89.6%、91.7%和97.0%,可能原因是隨著碳源的增多,菌株生長(zhǎng)繁殖較快,導(dǎo)致降解率提高。

菌株P(guān)aracoccus sp.QD15-1生長(zhǎng)的pH范圍是6~9,溫度范圍是25~35℃,最適宜生長(zhǎng)條件為初始pH 8.0,溫度30℃。該菌株與已發(fā)現(xiàn)的PAEs降解菌Pae?nibacillus sp.S-3[19]相比,能更好地適應(yīng)堿性環(huán)境,在修復(fù)堿性環(huán)境中DMP污染時(shí)具有優(yōu)勢(shì)。同時(shí),本研究發(fā)現(xiàn)隨著DMP的降解,搖瓶?jī)?nèi)pH會(huì)發(fā)生變化,培養(yǎng)3 d后,初始pH值為5到9的搖瓶?jī)?nèi)pH會(huì)降低,可能原因是底物DMP在菌株的作用下被快速降解生成鄰苯二甲酸,之后鄰苯二甲酸的生成量不再增加,pH也隨之穩(wěn)定。而初始pH為5的搖瓶pH有所下降,但變化不大,可能與菌株不能在酸性條件下生長(zhǎng),鄰苯二甲酸生成量小有關(guān)。李魁曉等[20]研究DMP生物降解的過(guò)程中也發(fā)現(xiàn)了類(lèi)似的現(xiàn)象。

菌株P(guān)aracoccus sp.QD15-1降解DMP符合一級(jí)降解動(dòng)力學(xué)方程,Chen等[11]分離鑒定的DBP降解菌Camelimonas sp.M11同樣符合一級(jí)降解動(dòng)力學(xué)方程。Zhao等[21]研究發(fā)現(xiàn)DBP降解菌Providencia sp.2D降解DBP的過(guò)程也符合一級(jí)動(dòng)力學(xué)方程,不同的是該菌株降解DBP的半衰期隨著初始DBP濃度的升高而增長(zhǎng),初始濃度從50 mg·kg-1到1000 mg·kg-1,其半衰期從8.66 h增長(zhǎng)到了26.16 h。本研究中菌株P(guān)aracoc?cus sp.QD15-1降解DMP半衰期的數(shù)值隨著DMP濃度的增加而縮短,從2.17 d縮短到0.84 d,可能與初始DMP濃度的升高降解率升高有關(guān),說(shuō)明高濃度的DMP對(duì)菌株P(guān)aracoccus sp.QD15-1的降解無(wú)抑制作用。

據(jù)文獻(xiàn)報(bào)道[22-24],目前研究比較成熟的有兩種降解途徑,分別是細(xì)菌(G+)降解途徑和細(xì)菌(G-)降解途徑,這兩種途徑的第一步降解大致相同,都是通過(guò)PAEs的自然水解或者在酯酶的作用下進(jìn)行水解形成鄰苯二甲酸,再經(jīng)過(guò)雙加氧酶等一系列的酶作用生成原兒茶酚,再經(jīng)一些酶的作用將苯環(huán)打開(kāi),最后逐步降解,最終生成水和二氧化碳。這兩種途徑不同的是涉及到的降解基因不同,其中革蘭氏陽(yáng)性菌的降解基因是3,4雙加氧酶基因(phtA)和3,4-二羥基-3,4-二氫鄰苯二甲酸脫氫酶(phtB),而革蘭氏陰性菌通過(guò)鄰苯二甲酸4,5雙加氧酶(ophA)和4,5-二羥基-4,5-二氫鄰苯二甲酸脫氫酶(ophB)[25-26]。為了研究Para?coccus sp.QD 15-1降解DMP的途徑,本研究從基因和中間代謝產(chǎn)物兩方面對(duì)該菌株進(jìn)行了研究。因菌株P(guān)aracoccus sp.QD 15-1為革蘭氏陰性菌,實(shí)驗(yàn)首先選擇革蘭氏陰性菌降解途徑中所參與的基因設(shè)計(jì)引物進(jìn)行PCR,遺憾的是經(jīng)過(guò)反復(fù)多次PCR都得不到目的基因條帶,隨后本實(shí)驗(yàn)又根據(jù)革蘭氏陽(yáng)性菌降解途徑中所參與的基因設(shè)計(jì)了引物并進(jìn)行PCR,有趣的是,PCR實(shí)驗(yàn)成功得到了2條和目的基因大小相同的條帶,后經(jīng)過(guò)純化、測(cè)序分析和BLAST比對(duì),顯示這兩個(gè)條帶為實(shí)驗(yàn)想要得到目的基因——鄰苯二甲酸酯雙加氧酶基因小亞基(PAphtAb)和3,4-二羥基-3,4-二氫鄰苯二甲酸脫氫酶(PAphtB),這兩個(gè)基因與Arthrobacterkeyseri 12B[12]上的降解基因的同源性分別為92%和88%。為什么革蘭氏陰性菌中會(huì)有革蘭氏陽(yáng)性菌的基因,經(jīng)過(guò)分析,推斷可能是基因片段和質(zhì)粒在微生物之間發(fā)生了水平轉(zhuǎn)移。水平轉(zhuǎn)移是指某些基因如本實(shí)驗(yàn)的降解基因通過(guò)轉(zhuǎn)化、轉(zhuǎn)導(dǎo)、接合等途徑在細(xì)菌和細(xì)菌之間、環(huán)境和細(xì)菌之間、病毒和細(xì)菌之間傳播,最終使得更多細(xì)菌獲得降解功能[27]?;虻乃睫D(zhuǎn)移和基因的傳播突破了生物遺傳的種屬保守限制,基因可在同種屬細(xì)菌之間轉(zhuǎn)移,也可以在親緣關(guān)系較遠(yuǎn)的細(xì)菌如革蘭氏陰性菌和革蘭氏陽(yáng)性菌之間傳播[28]。因此,本研究分離得到DMP降解菌Paracoccus sp.QD 15-1為革蘭氏陰性,可能通過(guò)基因的水平轉(zhuǎn)移得到了革蘭氏陽(yáng)性菌的基因片段并整合到了自己的基因組中,從而使自己獲得了降解PAEs的能力。

利用高效液相質(zhì)譜對(duì)降解菌Paracoccus sp.QD 15-1的中間代謝產(chǎn)物進(jìn)行研究,結(jié)果表明,在培養(yǎng)3 d后搖瓶中出現(xiàn)了新物質(zhì),分別為鄰苯二甲酸單酯和鄰苯二甲酸,表明DMP在降解菌的作用下首先水解生成鄰苯二甲酸單酯,然后再轉(zhuǎn)化成鄰苯二甲酸,這與Eaton[12]的研究發(fā)現(xiàn)PAEs在酯酶的作用下直接生成鄰苯二甲酸的結(jié)果有所不同,推斷可能是該菌株的基因組中沒(méi)有能夠讓PAEs快速水解的酯酶,而且這與PCR的結(jié)果也相互對(duì)應(yīng)。另外,本研究發(fā)現(xiàn)Paracoc?cus sp.QD 15-1的降解中間產(chǎn)物中沒(méi)有原兒茶酸生成,這個(gè)結(jié)果恰好與降解基因的研究結(jié)果相一致,由于該菌株的降解基因中正好缺少了一個(gè)脫羧酶(phtC),所以導(dǎo)致PAEs只能降解到鄰苯二甲酸而無(wú)法生成原兒茶酸。因此,推測(cè)該菌株可能還有其他降解途徑,或者不能將PAEs完全降解為水和二氧化碳。

4 結(jié)論

(1)從長(zhǎng)期覆蓋塑料廢棄物的垃圾場(chǎng)土壤中分離到一株以DMP為唯一碳源的菌株,經(jīng)鑒定該菌株為副球菌屬,命名為Paracoccus sp.QD15-1,革蘭氏陰性,該菌株能降解多種PAEs。

(2)以DMP為唯一碳源,菌株P(guān)aracoccus sp.QD15-1生長(zhǎng)的最適條件為pH 8,溫度30℃;該菌株是一株高效降解DMP的菌株,降解DMP過(guò)程符合一級(jí)動(dòng)力學(xué)方程,隨著DMP初始濃度的增加,半衰期縮短。

(3)該菌株中含有2個(gè)降解PAEs的基因PAphtAb和PAphtB,推測(cè)其降解途徑為:DMP降解為鄰苯二甲酸單酯,其再分解為鄰苯二甲酸,通過(guò)PAphtAb和PAphtB的作用進(jìn)一步降解。

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