張麗娟,白蘭,師健友,何俊
(1.四川省醫(yī)學(xué)科學(xué)院/四川省人民醫(yī)院藥學(xué)部,成都610072;2.四川大學(xué)華西醫(yī)院腫瘤中心生物治療實(shí)驗(yàn)室,成都 610041)
戊乙奎醚光學(xué)異構(gòu)體與毒蕈堿型受體亞型的分子對(duì)接研究
張麗娟1*,白蘭1,師健友1,何俊2#
(1.四川省醫(yī)學(xué)科學(xué)院/四川省人民醫(yī)院藥學(xué)部,成都610072;2.四川大學(xué)華西醫(yī)院腫瘤中心生物治療實(shí)驗(yàn)室,成都 610041)
目的:研究戊乙奎醚光學(xué)異構(gòu)體對(duì)毒蕈堿型(M)受體亞型的親和性,為揭示戊乙奎醚的作用靶點(diǎn)及藥效選擇性提供參考。方法:利用同源建模和分子對(duì)接等分子模擬技術(shù),通過(guò)比較戊乙奎醚不同光學(xué)異構(gòu)體R1(3R,2′R)、R2(3R,2′S)、S1(3S,2′R)和S2(3S,2′S)與M受體亞型M1~M5的結(jié)合能,判斷其與M受體亞型的親和性。結(jié)果:戊乙奎醚4個(gè)光學(xué)異構(gòu)體均能夠?qū)拥組受體各亞型的活性位點(diǎn),不同異構(gòu)體與不同M受體亞型的分子對(duì)接顯示出較大差異。4個(gè)光學(xué)異構(gòu)體與M3受體具有較大的結(jié)合能,在5 736.519~5 907.143 kcal/mol之間;R1與M1的結(jié)合能為1 190.04 kcal/mol;而其他光學(xué)異構(gòu)體與各受體亞型的結(jié)合能較低或?yàn)樨?fù)數(shù)。結(jié)論:戊乙奎醚的異構(gòu)體R1對(duì)M1受體具有親和性,4個(gè)光學(xué)異構(gòu)體均對(duì)M3受體具有親和性。
戊乙奎醚;光學(xué)異構(gòu)體;毒蕈堿型受體;亞型;分子對(duì)接;同源建模
ABSTRACTOBJECTIVE:To study the affinity of penehyclidine optical isomers to muscarinic(M)receptor subtypes,and provide reference for revealing the action targets and efficacy selectivity of penehyclidine.METHODS:Homology modeling,molecular docking and other molecular simulation technologies were used to analyze and predict the binding energy of 4 optical isomers to M receptor subtypes and judge its affinity by comparing the binding energy of different optical isomers R1(3R,2′R),R2(3R,2′S),S1(3S,2′R),S2(3S,2′S)with M receptor subtypes M1-M5.RESULTS:All the 4 optical isomers can dock into the active sites of M receptor subtypes,and different optical isomers showed great differences in the molecular docking with different M receptor subtypes.Penehyclidine isomers showed larger binding energy to M3,the binding energy of 4 optical isomers ranged in 5 736.519-5 907.143 kcal/mol.The binding energy of R1 to M1was 1 190.041 kcal/mol;while those of other optical isomers to each receptor subtype were lower or negative.CONCLUSIONS:R1 shows the affinity to M1receptor.And all the 4 optical isomer show the affinity to M3.
KEYWORDSPenehyclidine;Optical isomer;Muscarinic receptor;Subtype;Molecular docking;Homology modeling
毒蕈堿型(M)受體是一個(gè)受體家族,可分為5種藥理學(xué)亞型[1],即M1~M5。M1受體在中樞和外周神經(jīng)系統(tǒng)中均有分布,參與腦部高級(jí)認(rèn)知活動(dòng),如記憶、學(xué)習(xí)等,但其并非形成記憶的必需因素[2-3];同時(shí)M1受體還參與調(diào)控胃酸分泌以及與迷走神經(jīng)相關(guān)的支氣管收縮功能。M2受體可以調(diào)節(jié)中樞神經(jīng)系統(tǒng)乙酰膽堿的釋放[4]和心肌收縮力。M3受體則主要參與調(diào)控平滑肌收縮及腺體分泌,并可能參與食欲調(diào)控[2]。M4受體的主要作用是抑制紋狀體內(nèi)多巴胺的分泌,同時(shí)調(diào)節(jié)乙酰膽堿相關(guān)的運(yùn)動(dòng)功能以及抑制交感和副交感神經(jīng)的信號(hào)傳遞。M5受體的作用可能與多巴胺系統(tǒng)有關(guān);在虹膜、食管、淋巴細(xì)胞中也發(fā)現(xiàn)M5受體少量分布,但具體作用尚不清楚[5]。由于M受體各亞型的同源性和廣泛分布,目前大多數(shù)抗膽堿藥對(duì)不同M受體亞型選擇性較差,導(dǎo)致了中樞和外周的各種副作用,限制了此類(lèi)藥物的臨床應(yīng)用[3]。
戊乙奎醚(Penehyclidine)是我國(guó)自行設(shè)計(jì)合成的M受體抑制劑,常用于有機(jī)磷農(nóng)藥中毒的急救[6],其存在4個(gè)光學(xué)異構(gòu)體,即R1(3R,2′R)、R2(3R,2′S)、S1(3S,2′R)、S2(3S,2′S),以下簡(jiǎn)稱(chēng)R1、R2、S1、S2。藥理學(xué)研究表明,不同光學(xué)異構(gòu)體與M受體亞型的作用存在差異。戊乙奎醚主要選擇性作用于M1和M3受體,4個(gè)光學(xué)異構(gòu)體中以R1活性最強(qiáng)。戊乙奎醚的化學(xué)結(jié)構(gòu)式見(jiàn)圖1。
目前針對(duì)戊乙奎醚光學(xué)異構(gòu)體對(duì)M受體亞型作用的研究較少。筆者在本研究中利用分子對(duì)接等計(jì)算機(jī)模擬技術(shù)研究戊乙奎醚的4個(gè)光學(xué)異構(gòu)體與M1~M5受體的結(jié)合狀況,為揭示戊乙奎醚的作用靶點(diǎn)及藥效選擇性提供參考。
圖1 戊乙奎醚的化學(xué)結(jié)構(gòu)式Fig 1 Chemical structures of penehyclidine
高性能計(jì)算工作站(28核心56線程處理器,64 GB內(nèi)存);Accelrys Discovery Studio(v 3.1)軟件包;Chem Office 2014等分子模擬軟件。
利用Chem Office 2014軟件包中的Chem Bio Draw 14.0.0.117軟件繪制戊乙奎醚的分子結(jié)構(gòu),另存為標(biāo)準(zhǔn)延時(shí)格式文件(.sdf);然后利用Discovery Studio(v 3.1)軟件包,將戊乙奎醚分子結(jié)構(gòu)進(jìn)行加氫處理,并生成三維構(gòu)象和立體異構(gòu)體,并進(jìn)行能量最小化處理,保留能量最小化的分子構(gòu)象。采用能量參數(shù)的CHARMm進(jìn)行能量最小化。
M1、M2、M3已有三維結(jié)構(gòu)的報(bào)道,可以從蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)(PDB,網(wǎng)址為http://www.rcsb.org)中下載。M4雖然沒(méi)有完整序列的三維結(jié)構(gòu),但在PDB數(shù)據(jù)庫(kù)中收載有涵蓋M4序列479個(gè)氨基酸中的392個(gè)氨基酸序列的M4同源蛋白的三維結(jié)構(gòu),該結(jié)構(gòu)序列涵蓋了M4受體活性位點(diǎn),因此也可替代M4受體進(jìn)行研究。
從PDB中下載M1~M4受體蛋白的晶體數(shù)據(jù),PDB編號(hào)分別為5CXV、3UON、4DAJ、5DSG。將上述下載的晶體文件利用Discovery Studio軟件包的Prepare Protein模塊進(jìn)行蛋白晶體的數(shù)據(jù)的預(yù)處理,刪除晶體中的水分子和非結(jié)合離子,保留蛋白鏈和小分子配體,修復(fù)缺失的氨基酸殘基,加氫和分配電荷,并對(duì)局部環(huán)區(qū)(Loop)進(jìn)行CHARMm能量最小化處理,以滿足分子對(duì)接的要求。
M5受體目前暫未有三維結(jié)構(gòu)的報(bào)道,但具有眾多的同源蛋白片段的三維結(jié)構(gòu)報(bào)道,因此,可采用同源建模的方法獲得M5受體的三維結(jié)構(gòu)。
由于M5受體蛋白僅有一級(jí)結(jié)構(gòu)的氨基酸序列已知,尚無(wú)三維結(jié)構(gòu)的報(bào)道,故本文采用蛋白質(zhì)建模門(mén)戶網(wǎng)站(PMP,網(wǎng)址為 http://www.proteinmodelportal.org)提供的在線建模服務(wù)進(jìn)行M5受體蛋白的建模,將多個(gè)建模結(jié)果進(jìn)行對(duì)比,并優(yōu)選出最佳的三維模型用于分子對(duì)接。
分別利用Discovery Studio軟件打開(kāi)“2.2”項(xiàng)下預(yù)處理后的M1~M4蛋白PDB文件,選擇PDB文件中的原抑制劑小分子配體,以該配體坐標(biāo)為中心,半徑9 ?(1 ?=10-10m)的球體范圍定義為對(duì)接位點(diǎn),同時(shí)將對(duì)接位點(diǎn)球體內(nèi)的原配體分子刪除。對(duì)于M5受體,本研究采用3D Ligand Site的web服務(wù)(網(wǎng)址為http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/3dligandsite)來(lái)確定蛋白三維模型的配體結(jié)合位點(diǎn)[7],然后利用Discovery Studio將其定義為對(duì)接位點(diǎn),半徑同樣設(shè)定為9 ?。
分子對(duì)接采用Discovery Studio軟件包中的CDOCKER模塊進(jìn)行。載入上述經(jīng)預(yù)處理并定義了對(duì)接位點(diǎn)的M1~M5受體蛋白分子,同時(shí)指定經(jīng)過(guò)預(yù)處理的包含戊乙奎醚4個(gè)光學(xué)異構(gòu)體的配體文件,指定對(duì)接位點(diǎn)球體坐標(biāo)。對(duì)接參數(shù)設(shè)置如下:Top Hits 10;Pose Cluster Radius 0.5;Random Conformations 100;Dynamics Steps 1 000;Dynamics Target Temperature 1 000;Orientations to Refine 10;Maximum Bad Orientations 800;Orientation vdW Energy Threshold 300;Heating Steps 2 000;Heating Target Temperature 700;Cooling Steps 5 000;Cooling Target Temperature 300;Forcefield CHA-RMm;Grid Extension 8.0;Ligand Partial Charge Method Momany-Rone,Random Number Seed 314 159;Final Minimization Full Potential;Final Minimization Gradient Tolerance 0;設(shè)置并行計(jì)算,56線程。
利用已知的蛋白-配體復(fù)合物結(jié)構(gòu),將配體小分子利用程序?qū)拥绞荏w蛋白,然后比較配體的實(shí)驗(yàn)構(gòu)象與對(duì)接構(gòu)象之間的差別[8-9],以均方根差(RMSD)表示。如果兩種構(gòu)象之間的RMSD≤2 ?,通常認(rèn)為所使用的對(duì)接方法是準(zhǔn)確可靠的,能夠準(zhǔn)確地將該受體與其配體分子進(jìn)行準(zhǔn)確對(duì)接[10]。
結(jié)合能(Binding energy)是表示配體與受體結(jié)合時(shí)釋放出的能量,或者說(shuō)將配體與受體從結(jié)合狀態(tài)分離成游離狀態(tài)需要提供的能量,是用來(lái)表示配體對(duì)受體親和力的參數(shù),一般以kcal/mol(1 kcal=4.186 8 kJ)為單位。本研究利用Discovery Studio的Calculate Binding Energies模塊計(jì)算戊乙奎醚與各受體分子對(duì)接的復(fù)合物的結(jié)合能。主要參數(shù)為:Maximum Alignment RMSD 2 ?;Maximum Conformations 2 000;Electrostatics Spherical Cutoff;Nonbond List Radius 14.0;Nonbond Higher Cutoff Distance 12.0;Nonbond Lower Cutoff Distance 10.0;Partial Charge Estimation Momany-Rone。結(jié)合能越高表示受體與配體的親和性越好,如果藥物對(duì)某個(gè)亞型受體的親和性明顯高于對(duì)其他亞型受體,則說(shuō)明該藥物對(duì)該受體具有良好選擇性。
經(jīng)過(guò)PMP網(wǎng)站的蛋白建模服務(wù),在所得的M5受體的三維模型中,經(jīng)過(guò)對(duì)比分析,選擇最佳的模型為Phyre2的模型。其三維結(jié)構(gòu)見(jiàn)圖2。
圖2 同源建模所得M5受體三維結(jié)構(gòu)Fig 2 3D structure of M5receptor by homology modeling
該模型采用了PDB編號(hào)為 2rh1、4rnb、3pds、3eml、3rze、4zwj、4djh、3odu、3pbl、3v2y、4grv、3vw7、3oe6、3sn6、4u16、4iar、4eiy、4ib4等 18個(gè)蛋白為同源模板,87%的殘基置信區(qū)間超過(guò)95%。
69個(gè)氨基酸殘基通過(guò)從頭計(jì)算方式建模,配體結(jié)合位點(diǎn)通過(guò)Sitemap程序搜索,最終確定結(jié)合位點(diǎn)為ASP110、Ser114、TYR111、ASN459等殘基所在的活性口袋結(jié)構(gòu)。
所有分子對(duì)接結(jié)果均在可接受的范圍內(nèi)(RMSD<2 ?),戊乙奎醚的4個(gè)光學(xué)異構(gòu)體均能對(duì)接到M1受體的配體結(jié)合部位,但各異構(gòu)體與M1受體蛋白活性口袋中氨基酸殘基的作用模式是有差異的。配體在受體活性口袋中采取的構(gòu)象不同,構(gòu)象的能量就有差異,與周?chē)被釟埢淖饔梅绞讲煌矊?dǎo)致配體與蛋白的非鍵作用有差異,從而形成配體與受體親和力的差異。以M1受體的分子對(duì)接為典型,結(jié)果見(jiàn)圖3。
圖3 戊乙奎醚光學(xué)異構(gòu)體與M1受體的分子對(duì)接示意圖Fig 3 Molecular docking diagram of penehyclidine optical isomers with M1receptor
3.2.1 戊乙奎醚光學(xué)異構(gòu)體與M1受體的對(duì)接結(jié)果 光學(xué)異構(gòu)體R1分子中的N原子上的孤對(duì)電子與M1受體的TYR106、TRP378、TYR404 等殘基構(gòu)成 P-π共軛,與ASP105殘基形成鹽橋作用;3位苯環(huán)與TRP378殘基形成了π-π共軛的疏水作用;3位羥基則與ASN382殘基形成氫鍵作用。R2分子中的N原子與M1受體的TYR106、SER109、TRP378、TYR404 殘 基 構(gòu) 成 P-π 共 軛 ,與ASP105形成鹽橋作用;3位苯環(huán)與TYR381殘基形成π-π共軛的疏水作用;3位羥基與ASN382殘基形成氫鍵作用。S1分子中的N原子與TYR381、TYR404殘基構(gòu)成P-π共軛,與ASP105殘基形成鹽橋作用;3位苯環(huán)與TRP378殘基構(gòu)成π-π共軛;3位羥基與ASN382殘基形成氫鍵作用。S2采取的是另一種構(gòu)象,其分子中的N原子與TYR381、TYR404殘基構(gòu)成P-π共軛,與ASP105殘基形成鹽橋作用;3位羥基與ASN382殘基形成氫鍵;3位苯環(huán)與TRP157殘基構(gòu)成π-π共軛。
3.2.2 戊乙奎醚光學(xué)異構(gòu)體與M2受體的對(duì)接結(jié)果 4個(gè)光學(xué)異構(gòu)體對(duì)接到M2受體活性口袋中,基本上為以下作用模式:均以N原子與ASP103殘基形成鹽橋作用,與TRP403、ASN404殘基形成氫鍵作用;3位羥基與ASH404殘基形成氫鍵作用。異構(gòu)體間作用模式差異表現(xiàn)在N原子與不同氨基酸殘基的共軛作用不同,主要表現(xiàn)為R1與TRP400、TYR104殘基構(gòu)成P-π共軛;R2除了TRP400和TYR104殘基之外,可與TYR403殘基構(gòu)成P-π共軛;而S1的N原子則僅與TYR403殘基構(gòu)成P-π共軛,同時(shí)3位苯環(huán)未與殘基有π-π共軛;S2的N原子共軛作用情況與S1類(lèi)似,但3位苯環(huán)與TYR104殘基構(gòu)成π-π共軛。
3.2.3 戊乙奎醚光學(xué)異構(gòu)體與M3受體的對(duì)接結(jié)果 光學(xué)異構(gòu)體R1與R2主要通過(guò)N原子與ASP147殘基形成鹽橋作用,與TYR529和TYR148殘基構(gòu)成P-π共軛;3位羥基與ASN507殘基形成氫鍵,與M3活性口袋中的殘基發(fā)生作用。除此之外,R1的3位苯環(huán)與TYR503殘基構(gòu)成了π-π共軛,而R2則無(wú)此作用。S1、S2與R1、R2的結(jié)合模式不同在于N原子與TYR529和TYR506殘基有P-π共軛,且3位苯環(huán)未顯示π-π共軛。
3.2.4 戊乙奎醚光學(xué)異構(gòu)體與M4受體的對(duì)接結(jié)果 4個(gè)異構(gòu)體在M4活性空腔內(nèi)均以3位羥基與ASN417殘基形成氫鍵作用;不同的是,3位苯環(huán)和N原子與空腔內(nèi)殘基的作用有所區(qū)別。其中R1的3位苯環(huán)與TRP413殘基構(gòu)成π-π共軛,N原子與TRP413、TYR113及TYR439殘基構(gòu)成P-π共軛。R2除了和R1存在同樣的作用外,N原子還與SER116殘基形成氫鍵作用。S1的不同之處在于N原子與TYR439和TYR416殘基構(gòu)成P-π共軛,同時(shí)還與ASP112殘基形成鹽橋作用。S2則是N原子與TYR439、TRP413、TYR416殘基構(gòu)成P-π共軛,3位苯環(huán)未見(jiàn)與周?chē)鷼埢墓曹椬饔谩?/p>
3.2.5 戊乙奎醚光學(xué)異構(gòu)體與M5受體的對(duì)接結(jié)果 光學(xué)異構(gòu)體R1在M5受體蛋白活性空腔內(nèi)3位羥基與ASN459殘基形成氫鍵作用;N原子與SER114殘基形成氫鍵作用,與TYR111殘基構(gòu)成P-π共軛,與ASP110殘基形成鹽橋作用。R2作用模式為N原子與TYR111和TRP455殘基構(gòu)成P-π共軛,與ASP110殘基形成氫鍵作用。S1的3位羥基與ASN459殘基形成氫鍵作用,N原子與TYR458、TYR111殘基構(gòu)成P-π共軛,與ASP110殘基形成鹽橋作用;3位苯環(huán)取代基與TRP162殘基形成π-π共軛的疏水作用。S2則是通過(guò)N原子與TYR458、TRP455TYR111殘基構(gòu)成P-π共軛,同時(shí)與ASP110殘基形成氫鍵作用;3位苯環(huán)取代基與TYR459殘基形成π-π共軛的疏水作用。
3.2.6 結(jié)合能計(jì)算結(jié)果 戊乙奎醚各光學(xué)異構(gòu)體與M受體各亞型蛋白的分子對(duì)接的結(jié)合能計(jì)算結(jié)果見(jiàn)表1。
表1 戊乙奎醚光學(xué)異構(gòu)體與M受體亞型的結(jié)合能計(jì)算結(jié)果Tab 1 Calculation results of binding energy of penehyclidine optical isomers to M receptor subtypes
由表1可以看出,戊乙奎醚與M3受體具有較大的結(jié)合能,4個(gè)光學(xué)異構(gòu)體與M3的結(jié)合能在5 736.519~5 907.143 kcal/mol之間,遠(yuǎn)高于其他M受體亞型,預(yù)示各光學(xué)異構(gòu)體均對(duì)M3受體具有較強(qiáng)的親和性,各異構(gòu)體均可能是有效的M3受體抑制劑。而對(duì)M1受體,各異構(gòu)體表現(xiàn)了較大的差異,其中R1與M1的結(jié)合能最大,為1 190.04 kcal/mol;而S2與M1的結(jié)合能最小,為-46.765 kcal/mol,意味著S2與M1的結(jié)合是耗能過(guò)程,需要外界提供能量;R2、S1與M1的結(jié)合能較小,且有一定的差異,分別為503.610、149.997 kcal/mol。以上結(jié)果說(shuō)明R1可能是有效的M1受體抑制劑,R2和S1可能僅有較弱抑制作用,而S2可能對(duì)M1受體無(wú)抑制作用。對(duì)于M4受體,R1、R2和S1結(jié)合能均為負(fù)值,僅S2為正值,但較小,僅為93.666 kcal/mol,說(shuō)明戊乙奎醚對(duì)M4受體可能沒(méi)有抑制作用或僅有極微弱的抑制作用。對(duì)M5受體,R1和R2結(jié)合能為負(fù)值,S1和S2結(jié)合能僅為249.351、196.463 kcal/mol,說(shuō)明R1和R2可能對(duì)M5受體沒(méi)有抑制作用,S1和S2可能僅有較微弱的抑制作用。對(duì)M2受體,各異構(gòu)體均表現(xiàn)出較弱的親和力,其結(jié)合能在387.549~663.312 kcal/mol之間。
從戊乙奎醚光學(xué)異構(gòu)體對(duì)各M受體亞型的結(jié)合能對(duì)比來(lái)看,R1與M3結(jié)合能最大,M1其次,M2較弱,M4和M5結(jié)合能為負(fù)值,即R1對(duì)M受體的各亞型表現(xiàn)出明顯選擇性,對(duì)M3受體親和性最強(qiáng),其次是M1受體,對(duì)M2受體親和力較弱,而對(duì)M4和M5受體無(wú)親和性。R2和S1則僅對(duì)M3受體顯示較強(qiáng)親和性,對(duì)M1和M2受體僅有微弱親和性,對(duì)M4和M5受體無(wú)親和性。S2則對(duì)M3受體親和性較強(qiáng),對(duì)M4和M5受體親和性較微弱,而對(duì)M1受體無(wú)親和性。
小分子藥物發(fā)揮作用的結(jié)構(gòu)生物學(xué)基礎(chǔ)是藥物分子結(jié)合到特定受體蛋白的活性位點(diǎn),促使受體蛋白的功能激活或喪失,從而產(chǎn)生特定的生物學(xué)效應(yīng)。戊乙奎醚有2個(gè)手性碳原子,即2個(gè)手性中心,因此共有4種光學(xué)異構(gòu)體。這些異構(gòu)體分子量一樣,因此均能進(jìn)入M受體各亞型的活性空腔中,但在活性空腔中需要采取不同的構(gòu)象才能與周?chē)鷼埢饔?。一方面,?duì)于同一個(gè)受體亞型,不同異構(gòu)體由于存在手性中心的原因,其分子基團(tuán)的朝向不同,需要采取不同構(gòu)象與殘基結(jié)合,因此分子體系的能量就有差異。通過(guò)分子對(duì)接與結(jié)合能的計(jì)算來(lái)描述這些差異,可揭示光學(xué)異構(gòu)體活性差異發(fā)生的原因。另一方面,通過(guò)比較同一異構(gòu)體分子對(duì)M受體不同亞型的結(jié)合能,就可以揭示或預(yù)測(cè)該化合物對(duì)M受體亞型的選擇性。分子對(duì)接與結(jié)合能計(jì)算結(jié)果表明,戊乙奎醚光學(xué)異構(gòu)體R1對(duì)M1和M3受體具有較好的親和性,這與文獻(xiàn)[11]報(bào)道的“戊乙奎醚主要對(duì)M1和M3受體有作用,對(duì)M2受體作用較弱”的結(jié)論基本一致。戊乙奎醚對(duì)M1受體的結(jié)合能計(jì)算結(jié)果顯示R1與其親和性最強(qiáng),S2最弱,這一結(jié)果也與文獻(xiàn)[12]報(bào)道一致。結(jié)合能計(jì)算結(jié)果顯示戊乙奎醚對(duì)M4和M5受體亞型無(wú)親和性或僅具有微弱親和性,盡管未見(jiàn)相關(guān)藥理學(xué)報(bào)道。
綜上,本文利用同源建模和分子對(duì)接的手段對(duì)戊乙奎醚光學(xué)異構(gòu)體與M受體各亞型進(jìn)行了分子模擬研究,部分結(jié)果與已知實(shí)驗(yàn)結(jié)果一致。本方法可為后續(xù)研究提供一定的參考依據(jù)。
[1] Caulfield MP,Birdsall NJ.International Union of Pharmacology.ⅩⅦ.Classification of muscarinic acetylcholine receptors[J].Pharmacol Rev,1998,50(2):279-290.
[2] Eglen RM.Muscarinic receptor subtype pharmacology and physiology[J].Prog Med Chem,2005(43):105-136.
[3] Wess J.Novel insights into muscarinic acetylcholine receptor function using gene targeting technology[J].Trends Pharmacol Sci,2003,24(8):414-420.
[4] Langmead CJ,Watson J,Reavill C.Muscarinic acetylcholine receptors as CNS drug targets[J].Pharmacol Ther,2008,117(2):232-243.
[5] Mutschler E,Moser U,Wess J,et al.Muscarinic receptor subtypes:pharmacological,molecular biological and therapeutical aspects[J].Pharm Acta Helv,1995,69(4):243-258.
[6] 胡東芳,徐內(nèi)衛(wèi),黃萍,等.鹽酸戊乙奎醚與氯解磷定治療急性有機(jī)磷農(nóng)藥中毒療效觀察[J].中國(guó)藥房,2006,17(16):1246-1247.
[7] Wass MN,Kelley LA,Sternberg MJ.3DLigandSite:predicting ligand-binding sites using similar structures[J].Nucleic Acids Res,2010,38(13):469-473.
[8] Durrant J,Amaro R,Mccammon J.AutoGrow:a novel algorithm for protein inhibitor design[J].Chem Biol Drug Des,2009,73(2):168-178.
[9] Morris GM,Goodsell DS,Halliday RS,et al.Automated docking using a Lamarckian genetic algorithm and an empirical binding free energy function[J].J Comput Chem,1998,19(14):1639-1662.
[10] Akrimah,Tjahyono DH,Musadad A.Docking of potent anticancer agents;4-(pyrazol-4yl)-pyrimidine derivatives as selective cyclin-dependent kinase 4/6 inhibitors[J].International Journal of Chemical Engineering&Applications,2013,4(6):419-422.
[11] 蔡大升,裴凌.鹽酸戊乙奎醚的作用機(jī)制及臨床應(yīng)用[J].軍醫(yī)進(jìn)修學(xué)院學(xué)報(bào),2008,29(2):152-154.
[12] 魏君,婁艷紅,王旭光,等.高效液相色譜手性流動(dòng)相添加劑法測(cè)定富馬酸(R,R)-戊乙奎醚中3個(gè)光學(xué)異構(gòu)體雜質(zhì)的含量[J].中國(guó)藥學(xué)雜志,2013,48(2):136-139.
Study on the Molecular Docking of Penehyclidine Optical Isomers and Muscarinic Receptor Subtypes
ZHANG Lijuan1,BAI Lan1,SHI Jianyou1,HE Jun2
(1.Dept.of Pharmacy,Sichuan Academy of Medical Sciences/Sichuan Provincial People’s Hospital,Chengdu 610072,China;2.Laboratory of Biotherapy,Cancer Center,West China Hospital,Sichuan University,Chengdu,610041,China)
R914.2
A
1001-0408(2017)25-3506-05
2016-12-13
2017-06-09)
(編輯:劉明偉)
DOI10.6039/j.issn.1001-0408.2017.25.14
四川省醫(yī)學(xué)科學(xué)院/四川省人民醫(yī)院青年科研基金(No.30305030606);四川大學(xué)-瀘州市人民政府戰(zhàn)略合作資金項(xiàng)目(No.2015CDLZ-S10);電子科技大學(xué)中央高?;究蒲袠I(yè)務(wù)(No.ZYGX2015J14)。
*主管藥師,碩士。研究方向:藥物分析。E-mail:3998911@qq.com
#通信作者:助理研究員,博士。研究方向:小分子藥物。E-mail:Jun_He@scu.edu.cn