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抗感黃曲霉花生種質(zhì)遺傳多樣性評價與指紋圖譜構(gòu)建

2016-05-30 10:48:04閆彩霞張浩張廷婷趙小波李春娟單世華孔令讓
山東農(nóng)業(yè)科學(xué) 2016年1期
關(guān)鍵詞:指紋圖譜遺傳多樣性聚類分析

閆彩霞 張浩 張廷婷 趙小波 李春娟 單世華 孔令讓

摘要:為明確抗感黃曲霉花生種質(zhì)的遺傳多樣性和親緣關(guān)系,發(fā)掘優(yōu)良抗性種質(zhì),本研究利用46對多態(tài)性SSR引物分析48份抗感黃曲霉或相關(guān)花生種質(zhì)的遺傳多樣性,平均每對引物可擴(kuò)增出5.15個等位變異,平均PIC值為0.604;聚類分析將48份種質(zhì)分為8組,其中抗性種質(zhì)被分成5組;低產(chǎn)毒種質(zhì)91048、抗侵染種質(zhì)AR-3、PI337409F和GFA-2以及抗圓柱狀黑腐病種質(zhì)PERRY與其它種質(zhì)存在較大的遺傳差異,可作為理想的育種材料;抽取5個標(biāo)記共35個多態(tài)位點(diǎn)建立了48份抗感黃曲霉或相關(guān)花生種質(zhì)的“引物+0,l字符串”計(jì)算機(jī)化的DNA指紋圖譜。篩選出的優(yōu)異種質(zhì)可在抗黃曲霉品種培育中作親本利用,以拓寬其遺傳基礎(chǔ)。

關(guān)鍵詞:抗黃曲霉;遺傳多樣性;聚類分析;指紋圖譜

中圖分類號:S565.202.4

文獻(xiàn)標(biāo)識號:A 文章編號:1001-4942(2016)01-0001-06

花生(Arachis hOpogaea L.)是重要的油料和經(jīng)濟(jì)作物,是眾多發(fā)展中國家主要的油脂和蛋白質(zhì)來源,但同時花生也是易受黃曲霉毒素污染的農(nóng)作物之一。黃曲霉毒素(Aflatoxin)是一種強(qiáng)致癌生物毒素,它對花生及其加工產(chǎn)品的污染已成為影響農(nóng)產(chǎn)品質(zhì)量和食品安全的主要問題之一,嚴(yán)重威脅人類健康,制約全球花生產(chǎn)業(yè)的持續(xù)發(fā)展。

花生對黃曲霉毒素污染的抗性主要有兩種類型,即抗侵染和抗產(chǎn)毒??骨秩镜姆N質(zhì)較多,從1973年開始,先后篩選出J11、P1337394F、P1337409、GFA-l、GFA-2、AR-1、AR-2、AR-3、AR-4、ACC63、CES48-30等近40份高抗、中抗種質(zhì),黃曲霉菌在這類花生種質(zhì)上很難侵染和定殖,這是一種基于種皮結(jié)構(gòu)及生化成分的抗性??巩a(chǎn)毒種質(zhì)相對較少,只有4份,分別為抗黃曲霉產(chǎn)毒種質(zhì)US26和低產(chǎn)毒花生品種Tifton-8、91322、91048,這類種質(zhì)在黃曲霉菌侵染后可抑制毒素產(chǎn)生,該抗性與花生的種皮及胚有關(guān)系?;ㄉ鷮S曲霉菌的侵染抗性和產(chǎn)毒抗性都具有降低黃曲霉毒素污染的作用。前人研究表明,抗侵染和抗產(chǎn)毒由相對獨(dú)立的抗性基因所控制,通過分子育種聚合多個抗病基因是解決花生黃曲霉毒素污染最為經(jīng)濟(jì)有效的手段。

明確抗病資源的遺傳多樣性和親緣關(guān)系,發(fā)掘優(yōu)良抗性種質(zhì),是培育抗病品種的基礎(chǔ)。但是,由于黃曲霉毒素污染問題的復(fù)雜性,尤其是缺乏經(jīng)濟(jì)有效的抗性鑒定方法,導(dǎo)致花生抗性育種研究進(jìn)展緩慢。因此,有必要采用新的技術(shù)對花生黃曲霉抗性進(jìn)行篩選和鑒定,增強(qiáng)抗性鑒定結(jié)果的重復(fù)性、可靠性。分子標(biāo)記技術(shù)的發(fā)展為花生抗黃曲霉育種提供了有力的研究手段。Hong等(2009)鑒定到5個和花生抗黃曲霉侵染高度相關(guān)的SSR標(biāo)記,其中的標(biāo)記pPGSseq19D9能區(qū)分所有的抗感品種;進(jìn)而獲得了與包括百果重、含油量、蛋白含量、成熟莢果數(shù)、分枝數(shù)等11個表型性狀相關(guān)的特異DNA標(biāo)記;還篩選到與控制種皮顏色的基因緊密連鎖的SSR標(biāo)記PM93,二者的遺傳距離為5.4cM。本研究利用多態(tài)性SSR標(biāo)記構(gòu)建抗感黃曲霉及相關(guān)種質(zhì)的指紋圖譜,鑒定抗性種質(zhì)在分子水平的遺傳特征,為花生品種改良提供豐富的抗源材料,拓寬花生抗性育種的遺傳基礎(chǔ)。

1 材料與方法

1.1 試驗(yàn)材料

選用國內(nèi)外已鑒定并確認(rèn)的48份抗感黃曲霉及相關(guān)花生種質(zhì)(包括7份抗其它真菌和2份抗旱種質(zhì),見表1)為材料,每份材料選取3粒種子,水培至三片真葉出現(xiàn),每株取一片小葉混合后加液氮研磨,CTAB法提取基因組DNA,稀釋至30ng/μL備用。

1.2 SSR標(biāo)記檢測

利用前期已篩選的46對多態(tài)性高、條帶單一的多態(tài)性引物,分析48份抗感黃曲霉及相關(guān)花生種質(zhì)的遺傳多樣性。10μL SSR-PCR反應(yīng)體系包括1.5μL DNA,1.9μL ddH2O,5μL2×Frements Mix,引物(10U)各0.8μL。反應(yīng)程序?yàn)椋?5 qC預(yù)變性3 min;95qC變性45 s,55 qC退火45s,72℃延伸45s,35個循環(huán);最后720C延伸5min。利用C1000 TouchrrM PCR儀(美國Bio-Rad公司)進(jìn)行擴(kuò)增。6%聚丙烯酰胺凝膠(29∶1)電泳在JY-JX5垂直電泳槽(北京君意東方儀器設(shè)備有限公司)上進(jìn)行,1×TBE作電泳緩沖液,每孔加入PCR擴(kuò)增產(chǎn)物2μL,電壓為200V,電泳時間根據(jù)片段大小確定。電泳結(jié)束后,銀染并顯影,白熾燈背景下拍照并保存。

1.3 數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)方法

PCR擴(kuò)增產(chǎn)物電泳結(jié)果以“0,1”方式統(tǒng)計(jì),即在相同遷移位置上,有帶的賦值為1,無帶賦值為0,建立“0,1”數(shù)據(jù)陣。多態(tài)性信息含量(PIC)是表示微衛(wèi)星序列變異程度高低的指標(biāo)。式中,Pi、pj分別為群體中某SSR分子標(biāo)記位點(diǎn)第i、j個等位變異的頻率,n為等位變異數(shù)。

2 結(jié)果與分析

2.1 SSR標(biāo)記的遺傳多態(tài)性

46對SSR引物在48份材料中共擴(kuò)增出237個等位變異,等位變異的范圍為2~8;等位變異數(shù)最多的SSR引物是AhITC2A02和AhlTC5D06,有8個;等位變異數(shù)最少的SSR引物是GM2165,只有2個;平均每對引物可擴(kuò)增出5. 15個等位變異。PIC值為0.337~0.812,最高的是PM308,最低的是GM2165,平均PIC值為0.604(表2)。圖1、圖2為其中兩對SSR引物的聚丙烯酰胺凝膠電泳圖譜。

46個SSR分子標(biāo)記分布于23個不同的連鎖群上,LG13、LG14、LG19等1 1個連鎖群上分別只有1個,最多的LG6上分布有7個,其余有2~5個不等。不同連鎖群上SSR標(biāo)記等位變異數(shù)不同,最少的LG21為3個,最多的LG6為34個。不同連鎖群SSR標(biāo)記的平均多態(tài)性信息含量也不同,LG5連鎖群位點(diǎn)平均PIC最小,為0.419;LG9連鎖群位點(diǎn)平均PIC最大,為0.774(表2)。

2.2 48份抗感黃曲霉及相關(guān)花生種質(zhì)的聚類分析

根據(jù)“0,1”數(shù)據(jù)構(gòu)建48份花生種質(zhì)的遺傳距離矩陣,利用“SHAN”進(jìn)行聚類分析。結(jié)果表明,在遺傳距離為1.05處,48份種質(zhì)被分成了8組(圖3)。其中91048為低產(chǎn)毒種質(zhì),與其它種質(zhì)距離較遠(yuǎn),最先被分出來,單獨(dú)成一組;AR-1、AR-2中抗黃曲霉侵染種質(zhì)為第二組;紅膜七十日早、蒲廟花生和石龍紅花生3份不抗旱種質(zhì)為第三組;抗旱種質(zhì)贛榆小站秧和萬安花生聚為第四組;低產(chǎn)毒的91322和抗黃曲霉侵染的新會小粒、ICGV94433、ICGV94434、ICGV87094、ICGV95440、ICGV94379以及ICGV92243聚為第五組;PI337409F單獨(dú)為第六組;抗黃曲霉侵染的AR-4、湛秋48和GFA-2,低產(chǎn)毒的US26、Tifton-8,抗其它真菌病害的Tiffrun-ner、CIl-2-39、C209-6-60、C724-25-22、C156-47、C76-16,抗圓柱狀黑腐病的PERRY以及感病種質(zhì)泉花10號、香鄉(xiāng)聚為第七組,在遺傳距離為0.724處可以將抗黃曲霉相關(guān)種質(zhì)AR -4、US26、Tifton-8( A)與抗其它真菌病害的Tiffrunner等6個種質(zhì)(B)以及國內(nèi)種質(zhì)(C)各自分組,并可將PERRY(E)和GFA-2(D)分別獨(dú)立出來;高感黃曲霉污染的金花1012、白沙1016、粵油92、瑤上大麻殼、茶杵豆與抗黃曲霉侵染種質(zhì)AR-3、Celebes、CES48-30、GFA-1、J11、AH7223、UF71533-1、ICGV94435、PI337409、ICGV95435、ICGV95422、ICGV87110聚為第八組,在0.935處,可將抗感(H)種質(zhì)完全分開,在0.916處,又可以將中抗黃曲霉侵染的AR-3(F)與其他高抗種質(zhì)(G)分開。從以上分組可以看出,具有相同抗性特點(diǎn)的大部分種質(zhì)都聚為一類,表明這些種質(zhì)的遺傳背景是很相似的。

2.3 48份抗感黃曲霉及相關(guān)花生種質(zhì)的指紋圖譜構(gòu)建

從46個SSR標(biāo)記中抽取5個標(biāo)記共35個多態(tài)位點(diǎn),可以將48份花生種質(zhì)完全區(qū)分開來。這5個SSR標(biāo)記分別為:AhlTC2A02(A)、AhlTC5D06(B)、STS20(C)、GNB556(D)和S093(E)。將35個多態(tài)性位點(diǎn)依次排序,把擴(kuò)增產(chǎn)物的有無分別記為“l(fā)”和“0”,則可建立48份花生種質(zhì)的計(jì)算機(jī)化的DNA指紋圖譜(表3)。

3 討論與結(jié)論

3.1 SSR標(biāo)記在評價花生遺傳多樣性中的高效性

SSR分子標(biāo)記具有高豐度、高多態(tài)性、共顯性遺傳、結(jié)果穩(wěn)定、檢測技術(shù)簡單等特點(diǎn),應(yīng)用多態(tài)性SSR標(biāo)記對具有優(yōu)異基因種質(zhì)的遺傳多樣性及其親緣關(guān)系進(jìn)行評價,可以為抗病蟲、抗逆以及優(yōu)質(zhì)基因的精細(xì)定位及分子標(biāo)記輔助選擇等研究奠定基礎(chǔ)。

本試驗(yàn)采用46對多態(tài)性SSR引物進(jìn)行擴(kuò)增,平均每對引物可擴(kuò)增出5.15個等位變異,平均PIC值為0.604,聚類結(jié)果與抗感黃曲霉花生種質(zhì)的來源、抗性特點(diǎn)及遺傳背景非常一致,證明SSR標(biāo)記是一種可靠的標(biāo)記類型。聚類分析將AR-3、GFA-2、PERRY、PI337409F和91048分別獨(dú)立出來,說明這5個種質(zhì)與其它種質(zhì)存在較大的遺傳差異,可作為理想的育種材料,尤其是AR-3、GFA-2和PERRY株型較直立,果仁大而飽滿,符合高產(chǎn)優(yōu)質(zhì)這一當(dāng)前育種要求,可作為雜交育種的親本,拓寬花生抗黃曲霉育種的遺傳基礎(chǔ),實(shí)現(xiàn)種質(zhì)的創(chuàng)新。

3.2 品種指紋圖譜

品種的指紋圖譜可以看作是該品種的“身份證”,將品種、引物名稱、分子數(shù)據(jù)等有序地整合在一起,形成每個品種唯一的識別代碼。SSR引物檢測到的位點(diǎn)相對較少,且特異性強(qiáng),譜帶清晰,數(shù)據(jù)準(zhǔn)確,適用于大量品種的鑒定分析。趙新燕等利用46對SSR引物構(gòu)建了20份高油野生花生的數(shù)字分子指紋,選用了3組代碼,分別為國家統(tǒng)一編號、有效引物名稱、“0,1”字符串,通過這些DNA指紋圖譜,可以有效鑒定區(qū)分所有供試材料。劉冠明等應(yīng)用SSR標(biāo)記構(gòu)建了20個南方花生主產(chǎn)區(qū)品種的指紋圖譜,僅用4對引物即可將19個品種相互區(qū)分開。王燕龍用23對SSR標(biāo)記構(gòu)建了144個花生栽培種的指紋圖譜,所用代碼為“引物代碼+十六進(jìn)制字符串”。本試驗(yàn)從46對SSR中抽取由5對標(biāo)記所產(chǎn)生的35個多態(tài)位點(diǎn),將48個抗感黃曲霉花生種質(zhì)區(qū)分開來,建立了抗感病花生種質(zhì)的“引物+0,l字符串”的指紋圖譜,為抗感黃曲霉花生種質(zhì)資源的有效利用提供指導(dǎo)。

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