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呼吸道合胞病毒基因分型的研究進(jìn)展*

2016-02-18 21:21:03梁有才陸學(xué)東廣東醫(yī)學(xué)院廣東湛江54000廣東醫(yī)學(xué)院附屬福田醫(yī)院廣東深圳58033
關(guān)鍵詞:亞型分型基因型

梁有才,陸學(xué)東(.廣東醫(yī)學(xué)院,廣東湛江 54000;.廣東醫(yī)學(xué)院附屬福田醫(yī)院,廣東深圳 58033)

人類呼吸道合胞病毒(human respiratory syncytial virus,RSV)是引起嬰幼兒嚴(yán)重呼吸道感染的主要病原體之一[1]。RSV的流行受地理位置、季節(jié)、氣候因素影響;在溫帶地區(qū),無(wú)論南北半球,以冬春季節(jié)流行為主;靠近赤道地區(qū)常年流行[2]。RSV感染者一般是兩歲以內(nèi)的嬰幼兒,或者是老年人與免疫缺陷者;隨著兒童年齡增長(zhǎng),感染概率降低。RSV所導(dǎo)致的癥狀包括呼吸道感染、發(fā)燒、中耳炎、哮喘、嚴(yán)重的細(xì)支氣管炎和肺炎等[3~6]。世界衛(wèi)生組織在全球疫苗計(jì)劃中優(yōu)先發(fā)展RSV疫苗,RSV融合蛋白是國(guó)外僅有的被批準(zhǔn)用于預(yù)防高危嬰幼兒感染RSV的單克隆抗體,但在中國(guó)尚未被批準(zhǔn)使用,中國(guó)還沒(méi)有預(yù)防RSV感染的有效疫苗[4]。

因此,研究準(zhǔn)備更多RSV基因與疾病關(guān)系的資料,將在RSV感染的疫苗研制、診治和衛(wèi)生保健方面發(fā)揮重要作用。本文擬對(duì)RSV的基因分型,及其與疾病的相關(guān)性做討論。

1 RSV的基因結(jié)構(gòu)

呼吸道合胞病毒是一種有包膜的RNA病毒,屬于副黏病毒科,肺炎病毒屬,基因有15 222個(gè)核苷酸(nt),共含有10個(gè)基因,其側(cè)翼序列有44nt的前導(dǎo)序列(leader)與155nt的拖尾區(qū)(trail),順序?yàn)椋?’-Leader-NS1-NS2-N-P-M-SH-G-F-M2-L-Trailer-5’,在L基因起始與M2基因結(jié)尾序列之間有68nt的重疊基因。除L基因外的其它基因都有保守的起始序列,這些基因包含有病毒復(fù)制轉(zhuǎn)錄的啟動(dòng)子,L基因的起始序列為3’-CCCCGUUUA……5’,它包含了能讓病毒直接轉(zhuǎn)錄所需的啟動(dòng)信息。10個(gè)基因能編碼至少11種已知蛋白:NS1和NS2為非結(jié)構(gòu)蛋白,是干擾素系統(tǒng)的拮抗物;N是核殼蛋白;P是磷酸蛋白,是聚合酶復(fù)合物的重要成分;M是基質(zhì)蛋白;SH是一種小疏水橫跨膜表面糖蛋白;G是一種N端和O端糖基化的Ⅱ型橫跨膜黏附糖蛋白;F是N端糖基化的Ⅰ型橫跨膜糖蛋白,與細(xì)胞質(zhì)膜融合,在物質(zhì)通過(guò)胞膜時(shí)產(chǎn)生作用;M2基因至少編碼了兩種產(chǎn)物(其中的M2-1是一種獨(dú)特的轉(zhuǎn)錄因子,而M2-2是一種調(diào)節(jié)因子);L基因編碼RNA依賴性RNA聚合酶的催化亞基。除了NS1,NS2和M2-2以外,所有的蛋白都是病毒顆粒的結(jié)構(gòu)成分。G和F蛋白是主要的保護(hù)與中和抗原。N,F(xiàn),M2-1和SH蛋白是細(xì)胞毒性T細(xì)胞的靶位[1]。

2 RSV的基因分型

目前RSV基因檢測(cè)相關(guān)技術(shù)有:各種PCR技術(shù),包括巢式PCR,RT-PCR,實(shí)時(shí)熒光定量PCR等;還包括DNA測(cè)序、核酸雜交技術(shù)、基因芯片技術(shù)、多重基因表達(dá)遺傳分析系統(tǒng)(GeXP)等。分子生物學(xué)技術(shù)的發(fā)展使RSV基因檢測(cè)分型更加快捷準(zhǔn)確,越來(lái)越多新的RSV基因型被發(fā)現(xiàn)與研究。

已經(jīng)報(bào)道的RSV基因型包括RSV-A與RSV-B。RSV-A包括:SAA1,GA1,GA2… GA6,GA7,NA1,NA2,ON1,CB-A。RSV-B包括:URU1,URU2,GB1,GB2,GB3,GB4,SAB1,SAB2,SAB3,SAB4,BA1,BA 2… BA11,BA12,AB4,CB-B,GB5(CB1)[1,3~5,7~9]。

RSV的兩種主要的基因型A(RSV-A)和B(RSV-B),分型依據(jù)為RSV的G蛋白與單克隆抗體反應(yīng)的不同,以及G蛋白基因的不同(也有報(bào)道,RSV基因分型是基于單克隆抗體對(duì)G蛋白、F蛋白的反應(yīng),以及這兩種蛋白的基因分析[8],更細(xì)的基因分型基于G蛋白基因C末端結(jié)尾第二高度可變區(qū)核苷酸序列分析[3,9]。G蛋白總體構(gòu)架類似于黏蛋白,但缺少了其它副黏病毒黏附蛋白中所具有的血細(xì)胞凝集素和神經(jīng)氨酸酶的活性[1]。G蛋白極易發(fā)生基因突變,典型的RSV-A和RSV-B之間,G蛋白氨基酸序列的50%可以改變,不同基因型間G蛋白氨基酸的同源性可僅有53%,抗原相關(guān)性可僅為5%[10]。

RSV-A和RSV-B各自的型內(nèi)也存在主要源于G蛋白的抗原與基因的較大差異(可存在20%的氨基酸改變),還有SH和N蛋白的有限變異。氨基酸序列的變異處于G蛋白的兩個(gè)胞外區(qū),橫跨膜區(qū)與胞內(nèi)中心富含半胱氨酸區(qū)則高度保守,但位于保守區(qū)旁邊的兩個(gè)區(qū)域是高度可變區(qū)。分析這兩個(gè)區(qū)域的變化提示有三個(gè)突變的機(jī)制:①替換;②三個(gè)可讀框移碼突變;③終止密碼子的改變,導(dǎo)致不同長(zhǎng)度的蛋白的產(chǎn)生[1]。基因型內(nèi)差異為進(jìn)行更細(xì)基因分型提供了依據(jù),也提供了型內(nèi)進(jìn)化的基礎(chǔ)。對(duì)RSV毒株進(jìn)行種系遺傳學(xué)分析顯示,RSV-A基因進(jìn)化率估計(jì)在6.72×10-4替代/位點(diǎn)/年(95%HPD:5.61×10-4,7.6×10-4),而RSV-B的進(jìn)化率估計(jì)在7.69×10-4替代/位點(diǎn)/年(95%HPD:6.81×10-4,8.62×10-4)[5]。

此外,有學(xué)者提出,不僅僅RSV的基因編碼序列可以變異,控制基因表達(dá)的信號(hào)也可以改變,所以調(diào)整關(guān)鍵蛋白的表達(dá)進(jìn)而影響基因表達(dá)是導(dǎo)致抗原變異的第二個(gè)原因[1]。推測(cè)這可能已經(jīng)影響到了之前的基因分型結(jié)果,或可能會(huì)成為基因分型的又一個(gè)依據(jù)。

3 RSV-A與RSV-B的感染優(yōu)勢(shì)對(duì)比

RSV的兩種主要基因型RSV-A和RSV-B以各種混合形式傳播[4],它的流行受地理位置和季節(jié)因素的影響,兩種主要基因型的交替流行可能跟人體免疫導(dǎo)致的選擇壓力有關(guān)[2,10]。

很多研究對(duì)比了RSV兩種主要基因型的疾病感染優(yōu)勢(shì):De-Pairs等[6]發(fā)現(xiàn),南巴西的RSV-A占疾病感染優(yōu)勢(shì)。Bose等[5]發(fā)現(xiàn),烏拉圭蒙得維的亞地區(qū)通常RSV-A占疾病感染優(yōu)勢(shì),但某些感染中,RSV-B會(huì)更頻繁地被檢測(cè)到。Obodai等[11]發(fā)現(xiàn),加納的RSV-B占疾病感染優(yōu)勢(shì)。Biswas等[8]發(fā)現(xiàn),東北印度阿薩姆邦地區(qū)2009~2012年間只檢測(cè)到RSV-A(NA1,GA5)感染,未能檢測(cè)到RSV-B。Choudhary等[4]總結(jié)發(fā)現(xiàn),西印度2009~2012年RSV-B總體上占疾病感染優(yōu)勢(shì)。但2009~2010年期間RSV-B占疾病感染優(yōu)勢(shì),2011年RSV-A占疾病感染優(yōu)勢(shì),在2012年RSV-A占疾病感染優(yōu)勢(shì)。Geis等[12]發(fā)現(xiàn),德國(guó)海德?tīng)柋さ貐^(qū)RSV-A占疾病感染優(yōu)勢(shì)。杜麗娜等[10]發(fā)現(xiàn),中國(guó)重慶地區(qū)2008~2009年度RSV-B占疾病感染優(yōu)勢(shì)。Ren等[7]發(fā)現(xiàn),中國(guó)重慶兒童醫(yī)院檢出的RSV-A總體上占疾病感染優(yōu)勢(shì)。進(jìn)一步分析發(fā)現(xiàn),在2009年夏季到2010年的春季RSV-B占疾病感染優(yōu)勢(shì);而在2010年夏季到2012年春季RSV-A占疾病感染優(yōu)勢(shì);在2012年夏季到2013年春季,RSV-B占疾病感染優(yōu)勢(shì)。

綜上世界各地資料,總體上看起來(lái)RSV-A在更多地方占疾病感染的優(yōu)勢(shì)地位,但并不是在所有地方都占據(jù)優(yōu)勢(shì),而且同一個(gè)地方的不同時(shí)間段優(yōu)勢(shì)流行的基因型可不同。目前研究資料提示,相對(duì)于RSV-B來(lái)說(shuō),更多地方RSV-A占據(jù)了感染優(yōu)勢(shì),但沒(méi)有某一基因型能穩(wěn)定地占據(jù)流行的主導(dǎo)地位。在某一地區(qū)或者某一時(shí)間段的疾病感染中,可能出現(xiàn)兩種基因型同時(shí)流行的情況,或者其中的某種基因型占優(yōu)勢(shì)的情況[10]。

4 RSV各基因型與呼吸道疾病的嚴(yán)重性

RSV的G和F蛋白是病毒中和反應(yīng),抗原性和毒力的主要抗原。G蛋白是RSV感染后人體免疫反應(yīng)的主要靶位(包括F糖蛋白)。G蛋白抗原和基因變異比F蛋白更加頻繁,如此高的變異可能導(dǎo)致G蛋白在促進(jìn)RSV感染的過(guò)程發(fā)揮重要作用[13]。

RSV亞型的改變與RSV的反復(fù)感染有關(guān)。G蛋白相關(guān)免疫是基于其對(duì)應(yīng)亞型的特征產(chǎn)生的,不同亞型的G蛋白,不能誘導(dǎo)機(jī)體產(chǎn)生不同亞型間交叉保護(hù)作用的有效抗體,毒株之間的基因變異可以改變其致病性和逃避免疫防御而復(fù)發(fā)感染和暴發(fā)流行[1,6,10]。

G蛋白胞外區(qū)經(jīng)歷了強(qiáng)烈的陽(yáng)性選擇,RSV-A的G蛋白就有29個(gè)陽(yáng)性氨基酸選擇位點(diǎn),比如在GA2與GA3的G蛋白氨基酸序列對(duì)比中發(fā)現(xiàn)了一些陽(yáng)性選擇位點(diǎn)(Pro226Leu,Ser269Thr,Pro289Ser和Pro290Leu)。其中的Pro226Leu是用來(lái)辨別GA3的位點(diǎn),而某些位點(diǎn)(226和290)是RSV-A的抗原表位。在嚴(yán)重疾病比如細(xì)支氣管炎中,氨基酸這些位點(diǎn)的變化可能發(fā)揮了重要作用[13]。

很多研究發(fā)現(xiàn),RSV不同基因亞型導(dǎo)致的疾病嚴(yán)重程度不同:Goto-sugai等[13]認(rèn)為,某些RSV基因型和疾病嚴(yán)重性的關(guān)系存在輕微不同。Goto-sugai等[13]對(duì)G蛋白的基因分析時(shí)發(fā)現(xiàn),GA3與很嚴(yán)重的疾病相關(guān),例如細(xì)支氣管炎、肺炎。有報(bào)道認(rèn)為[14],相對(duì)于B7和B9,NA1與嚴(yán)重的住院病情更緊密相關(guān)。Panayiotou等[3]指出,先前有報(bào)道認(rèn)為RSV-A導(dǎo)致疾病的嚴(yán)重性大于RSV-B,而他們的研究提示RSV-BA(屬于RSV-B)導(dǎo)致疾病的嚴(yán)重性大于RSV-A。他們還發(fā)現(xiàn),相對(duì)于GA2與BA基因亞型,ON1亞型所致疾病較輕。另外,與其它人不同,Goto-sugai等[13]發(fā)現(xiàn),GA2和BA與細(xì)支氣管炎相關(guān),而RSV-A所引起疾病的嚴(yán)重性與RSV-B所引起疾病的嚴(yán)重性沒(méi)有明顯不同。

綜上所述,G蛋白的高度變異在RSV病毒感染與復(fù)發(fā)感染中發(fā)揮了重要作用。G蛋白的基因改變是RSV分型的基礎(chǔ),因此它的變異也是RSV不同亞型導(dǎo)致疾病輕重不同的關(guān)鍵。目前對(duì)RSV基因型與疾病的相關(guān)性研究,已經(jīng)從討論RSV-A及RSV-B向討論更細(xì)的基因亞型過(guò)渡,比如BA,ON1,GA2,GA3,GA5等。RSV-A與RSV-B兩者都有可能導(dǎo)致相對(duì)嚴(yán)重的臨床癥狀,就本文所知,總體上RSV-A比RSV-B導(dǎo)致了更多的嚴(yán)重疾病,但其相關(guān)性尚未完全明確。RSV-A與RSV-B究竟哪一種更能導(dǎo)致更嚴(yán)重的疾病,尚未定論,有待后續(xù)更多系統(tǒng)性研究來(lái)證實(shí)。另外,有報(bào)道認(rèn)為,相對(duì)基因型來(lái)說(shuō),呼吸道所感染的病毒量跟疾病輕重相關(guān)性更為明顯[3,13]。

5 展望

我們知道,RSV的基因分型與疾病嚴(yán)重性的關(guān)鍵,主要源于G蛋白的基因和抗原的改變。但RSV各基因型與疾病的相關(guān)性尚未完全明了。RSV各基因型的流行病學(xué)資料還不夠齊全,系統(tǒng)闡述尚需進(jìn)一步的調(diào)查研究。

今后應(yīng)從以下幾個(gè)方面努力:①系統(tǒng)地、有計(jì)劃地在世界各地進(jìn)行RSV基因檢測(cè)及分型,統(tǒng)計(jì)好各地RSV各基因型流行病學(xué)資料,建立其全世界范圍的RSV基因型流行病學(xué)資料庫(kù)。②系統(tǒng)地研究RSV各基因型與所致疾病的關(guān)系,統(tǒng)計(jì)其與疾病輕重及臨床癥狀的相關(guān)性,建立針對(duì)特定基因型的預(yù)防診療方案。③尋找藥物可以有效作用的RSV基因靶位及其表達(dá)抗原,尋找可用于疫苗研制的基因序列。④重視分子診斷技術(shù)與醫(yī)學(xué)交叉結(jié)合的學(xué)科,開(kāi)發(fā)更先進(jìn)適用的分子生物學(xué)分析技術(shù)并應(yīng)用于臨床診斷治療。

總之,新的分子生物學(xué)技術(shù)的發(fā)展給RSV基因及其分型的研究帶來(lái)了極大便利和機(jī)遇。繼續(xù)推進(jìn)RSV基因及其分型的研究,會(huì)推動(dòng)RSV疫苗研制和感染風(fēng)險(xiǎn)模型的建立,會(huì)給RSV感染的預(yù)防、診治、衛(wèi)生保健等帶來(lái)重大幫助。

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