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實(shí)時熒光定量PCR法檢測蠟樣芽孢桿菌

2015-12-16 07:43崔溢張貴海
中國乳品工業(yè) 2015年6期
關(guān)鍵詞:蠟樣芽孢定量

崔溢,張貴海

(石家莊博維生物科技有限公司,石家莊050071)

0 引言

蠟樣芽孢桿菌分布廣泛,常見于土壤、灰塵和污水中,在植物性食品和許多生熟食品中也常見;是一種好氧性、在厭氧情況下也可很好生長的革蘭氏陽性桿菌。蠟樣芽孢桿菌大小為(1~1.3 μm)×(3~5 μm)能夠形成芽孢,菌體兩端較平整,多數(shù)呈鏈狀排列;其芽孢呈橢圓形,位于菌體中央稍偏一端[1]。

實(shí)時熒光定量PCR技術(shù)是指在PCR反應(yīng)體系中加入可被檢測到的熒光基團(tuán),利用DNA復(fù)制時熒光信號的積累實(shí)時監(jiān)控DNA擴(kuò)增情況,最后通過標(biāo)準(zhǔn)曲線對未知模板進(jìn)行分析的方法[2]。該技術(shù)目前已廣泛應(yīng)用到各個領(lǐng)域當(dāng)中,比如嬰幼兒配方乳粉中阪崎腸桿菌和腸桿菌科的檢測[3]。

本研究使用全新的實(shí)時熒光定量PCR方法對蠟樣芽孢桿菌(DSM 4282,DSM 4284和ATCC 11778)分別從包含性、不包含性、檢出限、穩(wěn)定性等方面進(jìn)行檢測。并對新方法進(jìn)行了充分討論。

1 材料和方法

1.1 材料

蠟樣芽孢桿菌菌株:DSM 4282,DSM 4284和ATCC 11778。

其他菌株:產(chǎn)氣莢膜梭菌DSM 11784,嗜肺軍團(tuán)菌ATCC 33153,鼠傷寒沙門氏菌ATCC 13311,大腸桿菌ATCC 8739。

所需耗材: 離心管(1.5ml),槍頭,微孔板。

所需試劑:蠟樣芽孢桿菌專用DNA提取試劑,蠟樣芽孢桿菌檢測試劑盒。

1.2 儀器

生物安全柜-2A級,PCR工作站(UV柜),熒光定量PCR儀,微型離心機(jī),小型高速離心機(jī),冰箱,天平,pH檢測儀,渦旋震蕩器,金屬浴鍋,微量移液器,離心管架,移液管等。

1.3 檢測方法

DNA的提?。簩悠冯x心,去除上清液,加入蠟樣芽孢桿菌專用DNA提取試劑,充分混勻后95℃培養(yǎng)5 min,之后13 000 g離心2 min,上清液即含有蠟樣芽孢桿菌的DNA可直接用于PCR。

PCR的建立:使用蠟樣芽孢桿菌檢測試劑盒進(jìn)行PCR的建立。每個PCR反應(yīng)中分別加入引物/探針混合液4 μL,2xPCR Master mix 10 μL,PCR級水1 μL,樣品DNA5 μL。總共20 μL體系。

PCR的運(yùn)行:將PCR反應(yīng)管放入實(shí)時熒光定量PCR儀中進(jìn)行檢測。PCR程序?yàn)轭A(yù)變性:95℃10 min;擴(kuò)增:95 ℃ 10 min,60 ℃ 1 min,40個循環(huán)。同時收集FAM和VIC/HEX通道信號。并按照表1讀取結(jié)果。

表1 結(jié)果判讀

2 結(jié)果和分析

2.1 特異性(包含性與不包含性)

2.1.1 包含性

分別對蠟樣芽孢桿菌DSM 4282、DSM 4284的DNA稀釋了10倍、100倍,對ATCC 11778的DNA稀釋了10倍、100倍、1000倍進(jìn)行了包含性的測試,結(jié)果如表2所示。

表2 包含性實(shí)驗(yàn)結(jié)果

由表2可以看出,在不同的稀釋倍數(shù)下,檢測的不同蠟樣芽孢桿菌菌株均有Ct值,測試結(jié)果均為陽性,沒有假陰性的現(xiàn)象產(chǎn)生。

2.1.2 不包含性

在不包含性實(shí)驗(yàn)中,我們對非蠟樣芽孢桿菌的DNA進(jìn)行了測試,分別是產(chǎn)氣莢膜梭菌DSM 11784,嗜肺軍團(tuán)菌ATCC 33153,鼠傷寒沙門氏菌ATCC 13311,大腸桿菌ATCC 8739,結(jié)果如表3所示。

由表3可以看出,在所測試的4種非蠟樣芽孢桿菌的菌株中FAM通道均沒有Ct值,而VIC/HEX通道均有Ct值。說明PCR順利進(jìn)行,所得結(jié)果均為真陰性結(jié)果,沒有假陽性現(xiàn)象產(chǎn)生。

2.2 靈敏度(檢出限)

為了檢測實(shí)時熒光定量PCR方法的靈敏度,將提取的蠟樣芽孢桿菌DSM 4282,DSM 4284和ATCC 11778的DNA(初始質(zhì)量濃度為50 pg/μL)進(jìn)行逐級稀釋。表4為將初始DNA逐級稀釋到107倍時每個反應(yīng)所分別對應(yīng)的DNA含量和基因組當(dāng)量。表5為檢測結(jié)果。

通過實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)將蠟樣芽孢桿菌DSM 4282,DSM 4284和ATCC 11778的DNA稀釋到1 000倍時均有Ct值,此時對應(yīng)的濃度為0.25 pg。而將DNA稀釋到10 000倍時只有蠟樣芽孢桿菌ATCC 11778有Ct值。由于每個反應(yīng)里含有5 μL的DNA,故該方法的檢出限為0.005-0.05 pg/μL。

表4 不同稀釋倍數(shù)下對應(yīng)的基因組當(dāng)量

2.3 穩(wěn)定性

我們隨機(jī)選取了6個樣品進(jìn)行了重復(fù)性實(shí)驗(yàn),分別是10倍稀釋的蠟樣芽孢桿菌DSM 4282,100倍稀釋的蠟樣芽孢桿菌DSM 4282,10倍稀釋的蠟樣芽孢桿菌DSM 4284,100倍稀釋的蠟樣芽孢桿菌DSM 4284,1 000倍稀釋的蠟樣芽孢桿菌ATCC 11778和產(chǎn)氣莢膜梭菌DSM 11784。實(shí)驗(yàn)結(jié)果如表6所示。

通過重復(fù)性實(shí)驗(yàn)我們發(fā)現(xiàn)蠟樣芽孢桿菌的兩次檢測結(jié)果Ct值基本相同,而產(chǎn)氣莢膜梭菌DSM 11784的兩次測試結(jié)果均為陰性。說明該方法的穩(wěn)定性良好。

3 結(jié)果與討論

加強(qiáng)對食品中蠟樣芽胞桿菌的檢測非常必要,尤其是在對食品安全需求越來越高的今天[4]。與傳統(tǒng)的微生物學(xué)檢測方法相比[5],實(shí)時熒光定量PCR技術(shù)的出現(xiàn)提供了一個全新的檢測思路。實(shí)時熒光定量PCR技術(shù)有著特異性強(qiáng),靈敏度高,重復(fù)性好等優(yōu)點(diǎn)。

在包含性實(shí)驗(yàn)中,實(shí)時熒光定量PCR法對所有的蠟樣芽胞桿菌不同菌株均能檢測出來;在不包含性實(shí)驗(yàn)中,實(shí)時熒光定量PCR法對所有的非蠟樣芽胞桿菌的菌株均顯示為陰性;在靈敏度實(shí)驗(yàn)中,實(shí)時熒光定量PCR法顯示出了較高的靈敏度(0.05 pg/μL);在穩(wěn)定性實(shí)驗(yàn)中,實(shí)時熒光定量PCR法顯示出良好的穩(wěn)定性。

總而言之使用實(shí)時熒光定量PCR的方法檢測樣品中的蠟樣芽胞桿菌特異性強(qiáng),靈敏度高,重復(fù)性好,有著良好的應(yīng)用前景。

表5 檢出限測試結(jié)果

表6 穩(wěn)定性實(shí)驗(yàn)結(jié)果

[1]張偉偉,魯緋,張金蘭,等.食品中蠟樣芽孢桿菌的研究進(jìn)展[J].中國釀造,2010(5):1-4.

[2]黃留玉.PCR最新技術(shù)原理、方法及應(yīng)用[M].化學(xué)化工出版社,2011:52-53.

[3]崔溢,張貴海.實(shí)時熒光定量PCR法檢測阪崎腸桿菌和腸桿菌科[J].中國乳品工業(yè),2014(9):41-43.

[4]SCHOENI JL,WONG AC.Bacillus cereus food poisoning and its toxins[J].Journaloffood protection.2005(3):636-648.

[5]中華人民共和國國家標(biāo)準(zhǔn):GB/T26427—2010飼料中蠟樣芽孢桿菌的檢測[S].

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