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瓊膠降解菌在衛(wèi)生檢驗專業(yè)綜合實驗教學(xué)中的應(yīng)用

2015-08-12 01:39:17林伯坤喻玉立邵軍麗郭蓮仙戴娟秀黃明元
亞太教育 2015年25期
關(guān)鍵詞:引物菌株培養(yǎng)基

文/林伯坤 喻玉立 邵軍麗 郭蓮仙 戴娟秀 黃明元

衛(wèi)生檢驗專業(yè)是個涉及多學(xué)科知識的專業(yè),主要包括理化檢驗和生物相關(guān)檢驗兩大方面的內(nèi)容。衛(wèi)生檢驗專業(yè)綜合實驗要求培養(yǎng)學(xué)生多學(xué)科的實驗技能,培養(yǎng)學(xué)生開展科學(xué)研究的思維和能力,同時提高學(xué)生的學(xué)習興趣,是基礎(chǔ)實驗的重要補充。因此,綜合實驗的教學(xué)內(nèi)容需要滿足這些要求,尋找合適的實驗教學(xué)內(nèi)容具有重要意義。一般的微生物不能利用瓊膠,因此瓊膠在微生物實驗中用作培養(yǎng)基載體,但是有些細菌通過產(chǎn)生瓊膠酶去利用降解瓊膠,這些細菌菌落在瓊膠固體培養(yǎng)基上形成透明降解圈,不需要碘液即可觀察,非常簡便和有趣。瓊膠降解菌的相關(guān)研究 (篩選、鑒定和酶活測定等)涉及多個學(xué)科的實驗技能,包括微生物學(xué)、生物化學(xué)和分子生物學(xué)等,有利于提高學(xué)生的綜合實驗技能,具有適合于開展綜合實驗的特點。本文根據(jù)本科生特點和知識水平,對相關(guān)的實驗教學(xué)內(nèi)容進行了探討。

1.瓊膠降解菌的篩選

1.1 樣品采集

瓊膠降解菌在自然界中分布廣泛,除了海洋環(huán)境以外[1],土壤[2-4]、河底沉積物[5]以及河水等環(huán)境中均可篩選得到瓊膠降解菌。因此,結(jié)合校園環(huán)境特點和就近原則,可選擇采集校園內(nèi)或周邊環(huán)境中的土壤、湖底/河底沉積物以及河水和湖水等樣品用作瓊膠降解菌的篩選。臨近海洋的校園,也可選擇采集海洋中的海藻、海水和海底沉積物等樣品??刹蓸訕悠返亩鄻有允沟每梢詫嵭蟹纸M采樣,不同組采集不同的樣品。采樣前向?qū)W生強調(diào)對采樣相關(guān)容器和工具的滅菌處理,以確保菌株來源的準確性。

1.2 菌株篩選

瓊膠降解菌的培養(yǎng)基會隨著樣品不同而不同。對于陸地環(huán)境樣品,一般采用普通營養(yǎng)肉湯培養(yǎng)基或者LB培養(yǎng)基,對于海洋環(huán)境樣品,一般采用2216E培養(yǎng)基。這一點內(nèi)容向?qū)W生灌輸了菌株篩選應(yīng)根據(jù)樣品而選擇相應(yīng)的培養(yǎng)基的思想。

一般采取稀釋平板涂布法進行瓊膠降解菌的菌株篩選,因此需要采用相應(yīng)的瓊膠固體培養(yǎng)基,這里的瓊膠不僅是因為用于制作固體培養(yǎng)基,同時也成為瓊膠降解菌的底物。瓊膠降解菌因可以產(chǎn)生瓊膠酶去降解瓊膠,會在瓊膠固體培養(yǎng)基上菌落周圍形成透明降解圈,降解圈大小代表著降解瓊膠的能力,肉眼可見,容易觀察,如果往瓊膠培養(yǎng)基中傾倒盧戈氏碘液,透明降解圈會更加明顯易見。容易觀察的瓊膠降解圈因此非常適合于實驗教學(xué)。

1.3 菌株的純化

挑選產(chǎn)生透明瓊膠圈的菌落進行純化,加強學(xué)生在固體平板劃線分離純化菌株的技能訓(xùn)練,作出較美觀的劃線。

2.瓊膠降解菌的鑒定

2.1 菌株形態(tài)和細菌染色

首先觀察菌落形態(tài)和顏色,再用光學(xué)顯微鏡觀察菌體形態(tài),最后進行革蘭氏染色試驗,加強學(xué)生的顯微觀察技能的訓(xùn)練。

2.2 生理生化鑒定

選取常見的生理生化指標進行初步的鑒定,比如氧化酶、過氧化氫酶、糖類分解試驗、溶血性檢查、凝固酶試驗和抗生素抗性。條件允許情況下,可讓學(xué)生使用藥敏試驗的自動鑒定系統(tǒng)。

2.3 分子生物學(xué)鑒定

總DNA提取:讓學(xué)生嘗試兩種總DNA提取方法,一種是傳統(tǒng)的有機溶劑DNA提取法,一種是DNA提取試劑盒法。讓學(xué)生了解DNA提取試劑盒法的原理,比較兩種提取方法的優(yōu)缺點。用瓊脂糖凝膠電泳檢測提取的DNA的質(zhì)量。

16S rRNA基因的PCR擴增:雖然實驗使用的16S rRNA基因的引物是直接購買回來的通用引物 (27F和1492R),但仍然有必要向?qū)W生講解引物設(shè)計的原理和16S rRNA基因通用引物的設(shè)計根據(jù)。這部分內(nèi)容使學(xué)生掌握PCR擴增技術(shù)、PCR產(chǎn)物的檢測分析以及回收純化技術(shù)。

PCR產(chǎn)物測序及分析:將擴增得到的PCR產(chǎn)物與T載體連接,轉(zhuǎn)化大腸桿菌,最終進行DNA測序。將測得的16S rRNA基因序列提交EzTaxon數(shù)據(jù)庫[6]與現(xiàn)有細菌的標準菌株的相關(guān)序列進行比對,或者在Genbank數(shù)據(jù)庫進行比對。根據(jù)比對結(jié)果以及菌株形態(tài)和生理生化鑒定結(jié)果確定菌株的分類歸屬。如果所獲得基因序列與數(shù)據(jù)庫序列存在差異,即可讓學(xué)生將所測基因序列提交至Genbank,將會大大提高學(xué)生的學(xué)習興趣[7]。

3.菌株的產(chǎn)酶檢測

將瓊膠降解菌培養(yǎng)在含有一定量瓊膠的液體培養(yǎng)基中,誘導(dǎo)菌株產(chǎn)生瓊膠酶至培養(yǎng)基中,通過用DNS測還原糖法測定培養(yǎng)液中的瓊膠酶活性,計算每毫升培養(yǎng)液所含的酶活單位,讓學(xué)生比較各自所篩選得到的菌株的產(chǎn)酶能力,既能加強學(xué)生的生物化學(xué)技能訓(xùn)練,又能提高學(xué)生的學(xué)習興趣。

結(jié)論

瓊膠降解菌的相關(guān)研究 (篩選、鑒定和酶活測定等)涉及多個學(xué)科的實驗技能,包括微生物學(xué)、生物化學(xué)和分子生物學(xué)等,有利于提高學(xué)生的綜合實驗技能,且實驗條件較易滿足,實驗趣味性較好,有利于激發(fā)學(xué)生的學(xué)習興趣,具有適合于衛(wèi)生檢驗專業(yè)開展綜合實驗的特點。

[1]林伯坤,陸國永,宋燕,陳鴻霖,胡忠.海洋細菌Agarivorans sp.HZ105的瓊膠降解酶系.生物技術(shù)通報,2015,31(1):160-166.

[2]陳虹,張建芬,柯薇.一株瓊膠酶產(chǎn)生菌的分離及產(chǎn)酶培養(yǎng)基優(yōu)化.食品科技,2014,(4):10-14.

[3]韓文君,古靜燕,李天東,等.一株產(chǎn)瓊膠酶土壤細菌Paenibacillus sp.MY03的篩選與分子鑒定.綿陽師范學(xué)院學(xué)報,2007,26(2):86-90.

[4]Hosoda,A.,Sakai,M.Isolation of Asticcacaulis sp.SA7,a novel agar-degrading alphaproteobacterium.Biosci Biotechnol Biochem,2006,70:722-725.

[5]Rhee,Y.J.,Han,C.R.,Kim,W.C.,Jun,D.Y.,Rhee,I.K.,Kim,Y.H.Isolation of a novel freshwater agarolytic Cellvibrio sp.KY - YJ- 3 and characterization of its extracellular β -agarase.J Microbiol Biotechnol,2010,20(10):1378 –1385.

[6]Kim,O.S.,Cho,Y.J.,Lee,K.,Yoon,S. H.,Kim,M.,Na,H.,Park,S.C.,Jeon,Y.S.,Lee,J.H.,Yi,H.,Won,S.,Chun,J.(2012).Introducing EzTaxon:a prokaryotic 16S rRNA Gene sequence database with phylotypes that represent uncultured species.Int J Syst Evol Microbiol 62,716–721.

[7]侯進慧.從淀粉酶產(chǎn)生菌篩選和基本鑒定談探究性實驗教學(xué).微生物學(xué)通報,2010,37(1):127-129.

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