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麻核桃遺傳多樣性的SSR分析

2015-03-09 10:20賈建云等
山東農(nóng)業(yè)科學(xué) 2014年1期
關(guān)鍵詞:遺傳多樣性

賈建云等

摘要:本試驗(yàn)利用SSR標(biāo)記技術(shù)對(duì)20個(gè)麻核桃品種的遺傳多樣性進(jìn)行研究。從12對(duì)引物中篩選出6對(duì)用于正式PCR擴(kuò)增,共檢測(cè)到52個(gè)遺傳位點(diǎn),其中多態(tài)性遺傳位點(diǎn)50個(gè),多態(tài)位點(diǎn)百分率為96%。遺傳相似性分析結(jié)果顯示麻核桃種質(zhì)間具有豐富的遺傳多樣性,遺傳相似系數(shù)變幅為0.17~0.90,說明SSR標(biāo)記能將20份種質(zhì)完全區(qū)分開。UPGMA聚類結(jié)果顯示,供試材料在相似系數(shù)為0.61處聚為4類。

關(guān)鍵詞:麻核桃;SSR;遺傳多樣性

中圖分類號(hào):Q754文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)號(hào):A文章編號(hào):1001-4942(2014)01-0015-04

麻核桃(JuglanshopeiensisHu)又稱河北核桃[1],原產(chǎn)于河北北部和北京昌平縣南口,主要分布于北京西南山區(qū)、南口和夏口,河北北部等地。木材優(yōu)質(zhì)堅(jiān)硬,堅(jiān)果大,殼厚不易開裂,內(nèi)隔壁發(fā)達(dá)、骨質(zhì),是制作工藝雕刻核桃的主要原料。麻核桃自然群體類型較多,堅(jiān)果的大小、形狀、紋理的起伏及變化等存在較大差異,其種質(zhì)資源十分豐富,存在許多特異種質(zhì)。麻核桃與核桃楸的親緣關(guān)系較近,而與普通核桃、黑核桃的親緣關(guān)系較遠(yuǎn)[2]。

隨著分子生物學(xué)的發(fā)展,分子標(biāo)記技術(shù)逐步應(yīng)用于多種植物的研究中。其中SSR標(biāo)記由于具有穩(wěn)定性好、多態(tài)性高、引物特異性強(qiáng)等優(yōu)點(diǎn),應(yīng)用較廣泛。在過去的十幾年內(nèi),SSR標(biāo)記已用于多種植物分子多樣性和親緣關(guān)系的研究,如梨[3]、椰子[4]、桃[5]、甜櫻桃[6]和核桃[7]等。我國(guó)是世界上核桃屬遺傳多樣性最為豐富的國(guó)家之一[8],但目前對(duì)我國(guó)麻核桃遺傳多樣性的研究、特異基因的發(fā)掘和利用等研究報(bào)道較少。本試驗(yàn)利用SSR標(biāo)記對(duì)我國(guó)部分麻核桃種質(zhì)資源進(jìn)行研究,探討這些品種間的遺傳多樣性及親緣關(guān)系,以期為麻核桃種質(zhì)資源的評(píng)價(jià)、利用和遺傳育種研究提供理論依據(jù)。

1材料與方法

1.1試驗(yàn)材料

試驗(yàn)所用20份材料采集于國(guó)家果樹種質(zhì)泰安核桃板栗資源圃(表1),按照隨機(jī)取樣、均勻分布的原則采集新鮮幼葉。

3結(jié)論與討論

核桃在我國(guó)栽培歷史悠久,屬同株異花植物,雌雄異熟[12],長(zhǎng)期的自然演變和相互授粉,使核桃群體高度雜合、遺傳背景復(fù)雜,形成了后代豐富的多樣性[13]。本研究通過對(duì)供試20個(gè)麻核桃樣品進(jìn)行SSR標(biāo)記分析,結(jié)果發(fā)現(xiàn)樣品之間的相似系數(shù)均低于0.90,表明SSR標(biāo)記能將供試樣品完全區(qū)分開。從分子水平來(lái)說,遺傳相似系數(shù)的變幅越大,說明其遺傳分化越大;遺傳多樣性高,表明遺傳背景的復(fù)雜及該物種存在的歷史長(zhǎng)遠(yuǎn)[14]。供試麻核桃樣品間的相似系數(shù)在0.17~0.90之間,相似系數(shù)的變幅較大,表明這些品種間具有豐富的遺傳多樣性,遺傳背景亦存在很大差異。

聚類結(jié)果顯示,野核桃和核桃楸類群的W1、W2、W3、W4、W5和W6聚為一類;W7(代號(hào)12-46)為新疆核桃的實(shí)生后代優(yōu)系,單獨(dú)聚為一類;W13樣品“陜西官帽”,原產(chǎn)于陜西秦嶺山地,既不和核桃分在一組,也不和核桃楸聚在一起,單獨(dú)聚為一類,對(duì)于陜西官帽的分類地位還需要進(jìn)一步研究;其他12個(gè)麻核桃品種均屬于麻核桃居群。這一研究結(jié)果和Aradhya等[15]采用葉綠體DNA對(duì)核桃屬植物的進(jìn)化分析結(jié)果基本一致。

參考文獻(xiàn):

[1]

郗榮庭,張毅萍.中國(guó)果樹志·核桃卷[M].北京:中國(guó)林業(yè)出版社,1996.

[2]雷玲.河北核桃ISSR分子標(biāo)記的遺傳多樣性研究[D].保定:河北農(nóng)業(yè)大學(xué),2010.

[3]YamamotoT,KimuraT,SawamuraY,etal.Simplesequencerepeatsforgeneticanalysisinpear[J].Euphytica,2002,124:129-137.

[4]MeerowAW,WisserRJ,BrownJS,etal.AnalysisofgeneticdiversityandpopulationstructurewithinFloridacoconut(CocosnuciferaL.)germplasmusingmicrosatelliteDNA,withspecialemphasisontheFijiDwarfcultivar[J].Theor.Appl.Genet.,2003,106(4):715-726.

[5]DirlewangerE,CossonP,TavaudM,etal.Developmentofmicrosatellitemarkersinpeach[Prunuspersica(L.)Batsch]andtheiruseingeneticdiversityanalysisinpeachandsweetcherry(PrunusaviumL.)[J].Theor.Appl.Genet.,2002,105(1):127-138.

[6]艾呈祥,劉慶忠,李國(guó)田,等.甜櫻桃品種SSR指紋圖譜的構(gòu)建[J].山東農(nóng)業(yè)科學(xué),2002,4:8-10.

[7]DangGS,WoesteK,AradhyaMK,etal.Characterizationof14microsatellitemarkersforgeneticanalysisandcultivaridentificationofWalnut[J].J.Amer.Soc.Hort.Sci.,2005,130(3):348-354.

[8]郗榮庭,張毅萍.中國(guó)核桃[M].北京:中國(guó)林業(yè)出版社,1991.

[9]PorebskiS,BaileyLG,BernandR.ModificationofaCTABDNAextractionprotocolforplantscontaininghighpolysaccharideandpolyphenolcomponents[J].PlantMolecularBiologyReporter,1997,15:8-15.

[10]ForoniI,WoesteK,MontiLM,etal.Identificationof‘Sorrentowalnutusingsimplesequencerepeats(SSRs)[J].Genet.Resour.CropEvol.,2007,54:1081-1094.

[11]ForoniI,RaoR,WoesteK,etal.CharacerisationofJuglansregiaL.withSSRmarkersandevaluationofgeneticrelationshipsamongcultivarsandthe‘Sorrentolandrace[J].JournalofHorticulturalScience&Biotechnology,2005,80(1):49-53.

[12]王國(guó)安,買買提·艾力,崔衛(wèi)國(guó),等.孤雌生殖在核桃品種遺傳純化中的應(yīng)用[J].新疆農(nóng)業(yè)科學(xué),2003,40(2):90-93.

[13]陳新,張士剛,魏海蓉,等.陜西核桃實(shí)生居群遺傳多樣性ISSR分析[J].山東農(nóng)業(yè)科學(xué),2012,44(5):1-4.

[14]艾呈祥,辛力,余賢美,等.櫻桃主栽品種的遺傳多樣性分析[J].園藝學(xué)報(bào),2007,34(4):871-876.

[15]AradhyaMK,PotterD,SimonCJ.Origin,evolution,andbiogeographyofJuglans:aphylogeneticperspective[J].ActaHorticulturae,2006,705:85-94.

摘要:本試驗(yàn)利用SSR標(biāo)記技術(shù)對(duì)20個(gè)麻核桃品種的遺傳多樣性進(jìn)行研究。從12對(duì)引物中篩選出6對(duì)用于正式PCR擴(kuò)增,共檢測(cè)到52個(gè)遺傳位點(diǎn),其中多態(tài)性遺傳位點(diǎn)50個(gè),多態(tài)位點(diǎn)百分率為96%。遺傳相似性分析結(jié)果顯示麻核桃種質(zhì)間具有豐富的遺傳多樣性,遺傳相似系數(shù)變幅為0.17~0.90,說明SSR標(biāo)記能將20份種質(zhì)完全區(qū)分開。UPGMA聚類結(jié)果顯示,供試材料在相似系數(shù)為0.61處聚為4類。

關(guān)鍵詞:麻核桃;SSR;遺傳多樣性

中圖分類號(hào):Q754文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)號(hào):A文章編號(hào):1001-4942(2014)01-0015-04

麻核桃(JuglanshopeiensisHu)又稱河北核桃[1],原產(chǎn)于河北北部和北京昌平縣南口,主要分布于北京西南山區(qū)、南口和夏口,河北北部等地。木材優(yōu)質(zhì)堅(jiān)硬,堅(jiān)果大,殼厚不易開裂,內(nèi)隔壁發(fā)達(dá)、骨質(zhì),是制作工藝雕刻核桃的主要原料。麻核桃自然群體類型較多,堅(jiān)果的大小、形狀、紋理的起伏及變化等存在較大差異,其種質(zhì)資源十分豐富,存在許多特異種質(zhì)。麻核桃與核桃楸的親緣關(guān)系較近,而與普通核桃、黑核桃的親緣關(guān)系較遠(yuǎn)[2]。

隨著分子生物學(xué)的發(fā)展,分子標(biāo)記技術(shù)逐步應(yīng)用于多種植物的研究中。其中SSR標(biāo)記由于具有穩(wěn)定性好、多態(tài)性高、引物特異性強(qiáng)等優(yōu)點(diǎn),應(yīng)用較廣泛。在過去的十幾年內(nèi),SSR標(biāo)記已用于多種植物分子多樣性和親緣關(guān)系的研究,如梨[3]、椰子[4]、桃[5]、甜櫻桃[6]和核桃[7]等。我國(guó)是世界上核桃屬遺傳多樣性最為豐富的國(guó)家之一[8],但目前對(duì)我國(guó)麻核桃遺傳多樣性的研究、特異基因的發(fā)掘和利用等研究報(bào)道較少。本試驗(yàn)利用SSR標(biāo)記對(duì)我國(guó)部分麻核桃種質(zhì)資源進(jìn)行研究,探討這些品種間的遺傳多樣性及親緣關(guān)系,以期為麻核桃種質(zhì)資源的評(píng)價(jià)、利用和遺傳育種研究提供理論依據(jù)。

1材料與方法

1.1試驗(yàn)材料

試驗(yàn)所用20份材料采集于國(guó)家果樹種質(zhì)泰安核桃板栗資源圃(表1),按照隨機(jī)取樣、均勻分布的原則采集新鮮幼葉。

3結(jié)論與討論

核桃在我國(guó)栽培歷史悠久,屬同株異花植物,雌雄異熟[12],長(zhǎng)期的自然演變和相互授粉,使核桃群體高度雜合、遺傳背景復(fù)雜,形成了后代豐富的多樣性[13]。本研究通過對(duì)供試20個(gè)麻核桃樣品進(jìn)行SSR標(biāo)記分析,結(jié)果發(fā)現(xiàn)樣品之間的相似系數(shù)均低于0.90,表明SSR標(biāo)記能將供試樣品完全區(qū)分開。從分子水平來(lái)說,遺傳相似系數(shù)的變幅越大,說明其遺傳分化越大;遺傳多樣性高,表明遺傳背景的復(fù)雜及該物種存在的歷史長(zhǎng)遠(yuǎn)[14]。供試麻核桃樣品間的相似系數(shù)在0.17~0.90之間,相似系數(shù)的變幅較大,表明這些品種間具有豐富的遺傳多樣性,遺傳背景亦存在很大差異。

聚類結(jié)果顯示,野核桃和核桃楸類群的W1、W2、W3、W4、W5和W6聚為一類;W7(代號(hào)12-46)為新疆核桃的實(shí)生后代優(yōu)系,單獨(dú)聚為一類;W13樣品“陜西官帽”,原產(chǎn)于陜西秦嶺山地,既不和核桃分在一組,也不和核桃楸聚在一起,單獨(dú)聚為一類,對(duì)于陜西官帽的分類地位還需要進(jìn)一步研究;其他12個(gè)麻核桃品種均屬于麻核桃居群。這一研究結(jié)果和Aradhya等[15]采用葉綠體DNA對(duì)核桃屬植物的進(jìn)化分析結(jié)果基本一致。

參考文獻(xiàn):

[1]

郗榮庭,張毅萍.中國(guó)果樹志·核桃卷[M].北京:中國(guó)林業(yè)出版社,1996.

[2]雷玲.河北核桃ISSR分子標(biāo)記的遺傳多樣性研究[D].保定:河北農(nóng)業(yè)大學(xué),2010.

[3]YamamotoT,KimuraT,SawamuraY,etal.Simplesequencerepeatsforgeneticanalysisinpear[J].Euphytica,2002,124:129-137.

[4]MeerowAW,WisserRJ,BrownJS,etal.AnalysisofgeneticdiversityandpopulationstructurewithinFloridacoconut(CocosnuciferaL.)germplasmusingmicrosatelliteDNA,withspecialemphasisontheFijiDwarfcultivar[J].Theor.Appl.Genet.,2003,106(4):715-726.

[5]DirlewangerE,CossonP,TavaudM,etal.Developmentofmicrosatellitemarkersinpeach[Prunuspersica(L.)Batsch]andtheiruseingeneticdiversityanalysisinpeachandsweetcherry(PrunusaviumL.)[J].Theor.Appl.Genet.,2002,105(1):127-138.

[6]艾呈祥,劉慶忠,李國(guó)田,等.甜櫻桃品種SSR指紋圖譜的構(gòu)建[J].山東農(nóng)業(yè)科學(xué),2002,4:8-10.

[7]DangGS,WoesteK,AradhyaMK,etal.Characterizationof14microsatellitemarkersforgeneticanalysisandcultivaridentificationofWalnut[J].J.Amer.Soc.Hort.Sci.,2005,130(3):348-354.

[8]郗榮庭,張毅萍.中國(guó)核桃[M].北京:中國(guó)林業(yè)出版社,1991.

[9]PorebskiS,BaileyLG,BernandR.ModificationofaCTABDNAextractionprotocolforplantscontaininghighpolysaccharideandpolyphenolcomponents[J].PlantMolecularBiologyReporter,1997,15:8-15.

[10]ForoniI,WoesteK,MontiLM,etal.Identificationof‘Sorrentowalnutusingsimplesequencerepeats(SSRs)[J].Genet.Resour.CropEvol.,2007,54:1081-1094.

[11]ForoniI,RaoR,WoesteK,etal.CharacerisationofJuglansregiaL.withSSRmarkersandevaluationofgeneticrelationshipsamongcultivarsandthe‘Sorrentolandrace[J].JournalofHorticulturalScience&Biotechnology,2005,80(1):49-53.

[12]王國(guó)安,買買提·艾力,崔衛(wèi)國(guó),等.孤雌生殖在核桃品種遺傳純化中的應(yīng)用[J].新疆農(nóng)業(yè)科學(xué),2003,40(2):90-93.

[13]陳新,張士剛,魏海蓉,等.陜西核桃實(shí)生居群遺傳多樣性ISSR分析[J].山東農(nóng)業(yè)科學(xué),2012,44(5):1-4.

[14]艾呈祥,辛力,余賢美,等.櫻桃主栽品種的遺傳多樣性分析[J].園藝學(xué)報(bào),2007,34(4):871-876.

[15]AradhyaMK,PotterD,SimonCJ.Origin,evolution,andbiogeographyofJuglans:aphylogeneticperspective[J].ActaHorticulturae,2006,705:85-94.

摘要:本試驗(yàn)利用SSR標(biāo)記技術(shù)對(duì)20個(gè)麻核桃品種的遺傳多樣性進(jìn)行研究。從12對(duì)引物中篩選出6對(duì)用于正式PCR擴(kuò)增,共檢測(cè)到52個(gè)遺傳位點(diǎn),其中多態(tài)性遺傳位點(diǎn)50個(gè),多態(tài)位點(diǎn)百分率為96%。遺傳相似性分析結(jié)果顯示麻核桃種質(zhì)間具有豐富的遺傳多樣性,遺傳相似系數(shù)變幅為0.17~0.90,說明SSR標(biāo)記能將20份種質(zhì)完全區(qū)分開。UPGMA聚類結(jié)果顯示,供試材料在相似系數(shù)為0.61處聚為4類。

關(guān)鍵詞:麻核桃;SSR;遺傳多樣性

中圖分類號(hào):Q754文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)號(hào):A文章編號(hào):1001-4942(2014)01-0015-04

麻核桃(JuglanshopeiensisHu)又稱河北核桃[1],原產(chǎn)于河北北部和北京昌平縣南口,主要分布于北京西南山區(qū)、南口和夏口,河北北部等地。木材優(yōu)質(zhì)堅(jiān)硬,堅(jiān)果大,殼厚不易開裂,內(nèi)隔壁發(fā)達(dá)、骨質(zhì),是制作工藝雕刻核桃的主要原料。麻核桃自然群體類型較多,堅(jiān)果的大小、形狀、紋理的起伏及變化等存在較大差異,其種質(zhì)資源十分豐富,存在許多特異種質(zhì)。麻核桃與核桃楸的親緣關(guān)系較近,而與普通核桃、黑核桃的親緣關(guān)系較遠(yuǎn)[2]。

隨著分子生物學(xué)的發(fā)展,分子標(biāo)記技術(shù)逐步應(yīng)用于多種植物的研究中。其中SSR標(biāo)記由于具有穩(wěn)定性好、多態(tài)性高、引物特異性強(qiáng)等優(yōu)點(diǎn),應(yīng)用較廣泛。在過去的十幾年內(nèi),SSR標(biāo)記已用于多種植物分子多樣性和親緣關(guān)系的研究,如梨[3]、椰子[4]、桃[5]、甜櫻桃[6]和核桃[7]等。我國(guó)是世界上核桃屬遺傳多樣性最為豐富的國(guó)家之一[8],但目前對(duì)我國(guó)麻核桃遺傳多樣性的研究、特異基因的發(fā)掘和利用等研究報(bào)道較少。本試驗(yàn)利用SSR標(biāo)記對(duì)我國(guó)部分麻核桃種質(zhì)資源進(jìn)行研究,探討這些品種間的遺傳多樣性及親緣關(guān)系,以期為麻核桃種質(zhì)資源的評(píng)價(jià)、利用和遺傳育種研究提供理論依據(jù)。

1材料與方法

1.1試驗(yàn)材料

試驗(yàn)所用20份材料采集于國(guó)家果樹種質(zhì)泰安核桃板栗資源圃(表1),按照隨機(jī)取樣、均勻分布的原則采集新鮮幼葉。

3結(jié)論與討論

核桃在我國(guó)栽培歷史悠久,屬同株異花植物,雌雄異熟[12],長(zhǎng)期的自然演變和相互授粉,使核桃群體高度雜合、遺傳背景復(fù)雜,形成了后代豐富的多樣性[13]。本研究通過對(duì)供試20個(gè)麻核桃樣品進(jìn)行SSR標(biāo)記分析,結(jié)果發(fā)現(xiàn)樣品之間的相似系數(shù)均低于0.90,表明SSR標(biāo)記能將供試樣品完全區(qū)分開。從分子水平來(lái)說,遺傳相似系數(shù)的變幅越大,說明其遺傳分化越大;遺傳多樣性高,表明遺傳背景的復(fù)雜及該物種存在的歷史長(zhǎng)遠(yuǎn)[14]。供試麻核桃樣品間的相似系數(shù)在0.17~0.90之間,相似系數(shù)的變幅較大,表明這些品種間具有豐富的遺傳多樣性,遺傳背景亦存在很大差異。

聚類結(jié)果顯示,野核桃和核桃楸類群的W1、W2、W3、W4、W5和W6聚為一類;W7(代號(hào)12-46)為新疆核桃的實(shí)生后代優(yōu)系,單獨(dú)聚為一類;W13樣品“陜西官帽”,原產(chǎn)于陜西秦嶺山地,既不和核桃分在一組,也不和核桃楸聚在一起,單獨(dú)聚為一類,對(duì)于陜西官帽的分類地位還需要進(jìn)一步研究;其他12個(gè)麻核桃品種均屬于麻核桃居群。這一研究結(jié)果和Aradhya等[15]采用葉綠體DNA對(duì)核桃屬植物的進(jìn)化分析結(jié)果基本一致。

參考文獻(xiàn):

[1]

郗榮庭,張毅萍.中國(guó)果樹志·核桃卷[M].北京:中國(guó)林業(yè)出版社,1996.

[2]雷玲.河北核桃ISSR分子標(biāo)記的遺傳多樣性研究[D].保定:河北農(nóng)業(yè)大學(xué),2010.

[3]YamamotoT,KimuraT,SawamuraY,etal.Simplesequencerepeatsforgeneticanalysisinpear[J].Euphytica,2002,124:129-137.

[4]MeerowAW,WisserRJ,BrownJS,etal.AnalysisofgeneticdiversityandpopulationstructurewithinFloridacoconut(CocosnuciferaL.)germplasmusingmicrosatelliteDNA,withspecialemphasisontheFijiDwarfcultivar[J].Theor.Appl.Genet.,2003,106(4):715-726.

[5]DirlewangerE,CossonP,TavaudM,etal.Developmentofmicrosatellitemarkersinpeach[Prunuspersica(L.)Batsch]andtheiruseingeneticdiversityanalysisinpeachandsweetcherry(PrunusaviumL.)[J].Theor.Appl.Genet.,2002,105(1):127-138.

[6]艾呈祥,劉慶忠,李國(guó)田,等.甜櫻桃品種SSR指紋圖譜的構(gòu)建[J].山東農(nóng)業(yè)科學(xué),2002,4:8-10.

[7]DangGS,WoesteK,AradhyaMK,etal.Characterizationof14microsatellitemarkersforgeneticanalysisandcultivaridentificationofWalnut[J].J.Amer.Soc.Hort.Sci.,2005,130(3):348-354.

[8]郗榮庭,張毅萍.中國(guó)核桃[M].北京:中國(guó)林業(yè)出版社,1991.

[9]PorebskiS,BaileyLG,BernandR.ModificationofaCTABDNAextractionprotocolforplantscontaininghighpolysaccharideandpolyphenolcomponents[J].PlantMolecularBiologyReporter,1997,15:8-15.

[10]ForoniI,WoesteK,MontiLM,etal.Identificationof‘Sorrentowalnutusingsimplesequencerepeats(SSRs)[J].Genet.Resour.CropEvol.,2007,54:1081-1094.

[11]ForoniI,RaoR,WoesteK,etal.CharacerisationofJuglansregiaL.withSSRmarkersandevaluationofgeneticrelationshipsamongcultivarsandthe‘Sorrentolandrace[J].JournalofHorticulturalScience&Biotechnology,2005,80(1):49-53.

[12]王國(guó)安,買買提·艾力,崔衛(wèi)國(guó),等.孤雌生殖在核桃品種遺傳純化中的應(yīng)用[J].新疆農(nóng)業(yè)科學(xué),2003,40(2):90-93.

[13]陳新,張士剛,魏海蓉,等.陜西核桃實(shí)生居群遺傳多樣性ISSR分析[J].山東農(nóng)業(yè)科學(xué),2012,44(5):1-4.

[14]艾呈祥,辛力,余賢美,等.櫻桃主栽品種的遺傳多樣性分析[J].園藝學(xué)報(bào),2007,34(4):871-876.

[15]AradhyaMK,PotterD,SimonCJ.Origin,evolution,andbiogeographyofJuglans:aphylogeneticperspective[J].ActaHorticulturae,2006,705:85-94.

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