王 偉,王世英,郭曉軍,李 佳,朱寶成
(河北農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院,河北保定071000)
β-葡聚糖作為植物細(xì)胞壁的結(jié)構(gòu)性非淀粉多糖,廣泛存在于燕麥、大麥、黑麥、小麥等麥類作物中。常見麥類作物中,燕麥和大麥β-葡聚糖含量較高,其中燕麥含量最高。β-葡聚糖是限制麥類有效利用的主要因素,因此常使用β-葡聚糖酶來(lái)有效分解麥類植物胚乳細(xì)胞壁中的β-葡聚糖,以降低飼料中非淀粉多糖(NSP)及其抗?fàn)I養(yǎng)因子的含量,從而提高飼料的消化率,促進(jìn)禽畜的生長(zhǎng)(劉雨田等,2000)。 翟曉莉(2012)研究表明,在大麥型豬飼糧中添加β-葡聚糖酶,會(huì)使日增重提高5%~45%,飼料報(bào)酬率提高3%~15%。李春燕等(2012)在肉雞飼料中分別添加0.1%和0.2%的β-葡聚糖酶,結(jié)果發(fā)現(xiàn)肉雞日增重提高了10.45%和15.31%,料肉比降低了9.64%和10.84%,差異均顯著。
本研究利用剛果紅平板法作為篩選模型,從動(dòng)物糞便中分離和篩選高產(chǎn)β-葡聚糖酶的菌株,并對(duì)其進(jìn)行形態(tài)、生理生化特征和16S rDNA基因序列同源性分析及系統(tǒng)發(fā)育分析,從而對(duì)其進(jìn)行鑒定,為今后該菌株在畜牧生產(chǎn)中的應(yīng)用提供良好基礎(chǔ)。
1.1 供試樣品 動(dòng)物糞便,取自河北農(nóng)業(yè)大學(xué)動(dòng)物標(biāo)本園。
1.2 培養(yǎng)基 NA培養(yǎng)基、NB培養(yǎng)基的配制詳見《微生物學(xué)實(shí)驗(yàn)技術(shù)》(程麗娟和薛泉宏,2000)。
分離和初篩培養(yǎng)基:β-葡聚糖 0.1 g,剛果紅0.04 g,蛋白胨 1.0 g,KH2PO40.1 g,MgSO40.01 g,CaCl20.04 g,瓊脂 1.5 ~ 2.0 g,蒸餾水 100 mL,pH 7.0,121℃滅菌 20 min。
發(fā)酵產(chǎn)酶培養(yǎng)基:β-葡聚糖0.1 g,蛋白胨1.0 g,KH2PO40.1 g,MgSO40.01 g,CaCl20.04 g, 蒸餾水100 mL,pH 7.0,121 ℃滅菌 20 min。
1.3 生理生化鑒定 生理生化鑒定試劑參見《常見細(xì)菌系統(tǒng)鑒定手冊(cè)》東秀珠和蔡妙英(2001)。
1.4 DNA提取和16s rDNA基因擴(kuò)增所用試劑TE 緩沖液:10 mmol/L Tris-HCl(pH 8.0);1 mmoL EDTA (pH 8.0);SDS 提 取 緩 沖 液 :100 mmol/L Tris-HCl (pH 8.0);20 mmol/L EDTA;10%SDS;1.4 mol/L NaCl;Tris 飽和酚+氯仿 (25∶24,V/V);50 mg/mL溶菌酶溶液;1mg/mL RNase A;1%瓊脂糖 凝 膠 ;70 ng/μL DNA 模 板 ;2.5 mmol/L dNTP Mixture;10×ExTaq Buffer (Mg2+pluse );20 μmol/L 27F;20 μmol/L 1495F;ExTaq DNA 聚合酶。
2.1 樣品的采集和處理 選取新鮮兔子的糞便約150 g,裝入滅菌后的塑料袋內(nèi)。4℃冰箱中保存。
2.2 分離和初篩 稱取兔子糞便10 g,放入含90 mL無(wú)菌水和十幾粒玻璃珠的250 mL三角瓶中,搖床200 r/min旋轉(zhuǎn)搖動(dòng)10 min,使成均勻的10-1g/mL菌懸液,置80℃水浴20 min,然后進(jìn)行10 倍梯度稀釋。選取 10-3、10-4、10-5、10-6、10-7、10-8等稀釋梯度,涂布在初篩培養(yǎng)基平板上,置于37℃培養(yǎng)箱中培養(yǎng),2~5 d后觀察并挑取能夠在初篩培養(yǎng)基平板形成透明圈的菌落,在NA培養(yǎng)基平板上劃線純化后,連續(xù)重復(fù)3次點(diǎn)接在初篩培養(yǎng)基平板上,37℃培養(yǎng)48 h,挑取透明圈直徑和菌落直徑比值較大的菌落,37℃培養(yǎng)1~2 d后4℃保存?zhèn)溆谩?/p>
2.3 β-葡聚糖酶活力測(cè)定 配制液體發(fā)酵產(chǎn)酶培養(yǎng)基,調(diào)節(jié)pH至7.0,分別倒入250 mL三角瓶,裝液量為50 mL,分別接入初篩得到的具有較大水解圈的菌株,37℃條件下220 r/min旋轉(zhuǎn)搖床培養(yǎng)48 h,發(fā)酵液經(jīng)4℃、10000 r/min離心5 min,取清液,備用。
2.3.1 測(cè)定原理 β-葡聚糖酶能將β-葡聚糖降解成寡糖和單糖。具有還原性末端的寡糖和有還原基團(tuán)的單糖在沸水浴條件下可以與DNS試劑發(fā)生顯色反應(yīng)。反應(yīng)液顏色的強(qiáng)度與酶解產(chǎn)生的還原糖量成正比,而還原糖的生成量又與反應(yīng)液中β-葡聚糖酶的活力成正比。因此,通過(guò)分光比色測(cè)定反應(yīng)液顏色的強(qiáng)度,可以計(jì)算反應(yīng)液中β-葡聚糖酶的活力。
在37℃、pH為5.5的條件下,每分鐘從濃度為4 mg/mL的β-葡聚糖溶液中降解釋放1 μmol還原糖所需要的酶量為一個(gè)酶活力單位(U)。
2.3.2 測(cè)定方法 β-葡聚糖酶活力采用分光光度法測(cè)定(NY/T 911-2004)。以菌株產(chǎn)β-葡聚糖酶活力的高低作為評(píng)價(jià)指標(biāo),篩選酶活力較高的菌株作為微生物發(fā)酵消除谷物中抗?fàn)I養(yǎng)因子的供試菌株。
2.4 菌種鑒定
2.4.1 形態(tài)鑒定 菌落形態(tài)觀察:挑取少量NA斜面上30℃培養(yǎng)24 h的T-4-3菌株至裝有10 mL無(wú)菌水的試管中,充分混勻后取1 mL至裝有9 mL無(wú)菌水的試管中,依次稀釋得到不同濃度的菌懸液。分別取10-4、10-5稀釋梯度的稀釋液0.1 mL涂布NA培養(yǎng)基平板,然后倒置于30℃培養(yǎng)箱中培養(yǎng)24 h,觀察菌落形態(tài)。
菌體形態(tài)觀察:挑取NA斜面上30℃培養(yǎng)24 h的T-4-3菌株,參照《常見細(xì)菌系統(tǒng)鑒定手冊(cè)》(東秀珠和蔡妙英,2001)的方法進(jìn)行革蘭氏染色,顯微鏡下觀察其菌體形態(tài)。
2.4.2 生理生化鑒定 參照 《常見細(xì)菌系統(tǒng)鑒定手冊(cè)》(東秀珠和蔡妙英,2001)的方法對(duì)T-4-3菌株分別進(jìn)行接觸酶,V.P測(cè)定,淀粉水解,硝酸鹽還原,亞硝酸鹽還原,檸檬酸鹽利用,明膠液化,甲基紅試驗(yàn),纖維素分解,酪素水解,吲哚試驗(yàn),丙二酸鹽利用,耐鹽性試驗(yàn),糖、醇類發(fā)酵,生長(zhǎng)溫度等生理生化試驗(yàn)。
2.4.3 DNA提取和16S rDNA基因擴(kuò)增 參考Kim 等(1995)和 Rainey 等(1996)的方法提取細(xì)菌總DNA。取對(duì)數(shù)生長(zhǎng)期的待鑒定菌株的發(fā)酵液1.5 mL,8000 r/min 離心去菌體。懸于 400 μL TE 緩沖液,加入50 mg/mL的溶菌酶溶液20 μL,37℃過(guò)夜溫育。加入400 μL SDS提取緩沖液,65℃溫育45 min,冷卻至室溫,加入400 μL的Tris飽和酚+氯仿(25∶24,V/V),混勻后 12000 r/min 離心 10 min,上相用等體積的氯仿抽提,混勻后12000 r/min離心,10 min后上相用1倍體積冰冷的異丙醇沉淀DNA,-20℃靜置30 min,室溫干燥后溶于200 μL TE 緩沖液,加入 20 μL RNAase(1 mg/mL),37℃,30 min。室溫干燥后溶于30 μL TE緩沖液,1%瓊脂糖電泳檢測(cè)DNA質(zhì)量,估計(jì)提取的DNA濃度。
引物為通用引物 (Lane,1991), 正向引物為27F:5'-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3'。 反向引物為 1495R:5'-CTACGGCTACCTTGTTACGA-3'。分別位于16S rDNA的8~27和1495~1514位的堿基片段 (以Escherichia coli的16S rDNA堿基位置為準(zhǔn))。
PCR 反應(yīng)體系:DNA(70 ng/μL)模板 2 μL;dNTP Mixture(2.5 mmol/L)2.5 μL;27F(20 μmol/L)1.5 μL;1495F (20 μmol/L)1.5 μL;10 ×ExTaq Buffer (Mg2+pluse)5 μL;ExTaq DNA 聚合酶 0.2 μL;補(bǔ)足 ddH2O 至 50 μL。
PCR條件為:94℃預(yù)變性3 min;然后94℃變性 1 min,55 ℃退火 1 min,72℃延伸 3 min,共30個(gè)循環(huán);最后72℃延伸5 min。PCR產(chǎn)物經(jīng)試劑盒純化后測(cè)序。
2.4.4 16S rDNA序列分析及系統(tǒng)發(fā)育樹繪制將所測(cè)得的16S rDNA序列用BLAST軟件與GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行相似性分析,并與GenBank中的相近序列在Clustal X(1.8)程序包中進(jìn)行多重序列匹配排列(Multiple alignments)分析,最后形成一個(gè)多重序列匹配排列陣,其中形成的缺口用“-”填補(bǔ),用Neighbor-Joining法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(Saitou 和 Nei,1987)。
3.1 初篩 本試驗(yàn)以是否能水解β-葡聚糖從而在剛果紅平板上產(chǎn)生水解圈來(lái)判定是否為產(chǎn)β-葡聚糖酶菌株,共篩選出菌株28株,水解圈直徑與菌落直徑比在2.0以上的菌株有16株,5.0以上的菌株有4株,分別是T-4-2、T-4-3、D-5-1、L-3-9,其中D-5-1的直徑比最高,達(dá)到13.09,如表1所示。
表1 初篩所得菌株的直徑
3.2 β-葡聚糖酶活力測(cè)定 將初篩所得菌株在液體發(fā)酵產(chǎn)酶培養(yǎng)基中進(jìn)行發(fā)酵培養(yǎng)。采用DNS法定量測(cè)定發(fā)酵后上清液的酶活力。其中酶活力在4.0 U/mL以上的有14株,結(jié)果如表2所示,其中 T-4-3菌株酶活力最高,達(dá)到21.9 U/mL。
表2 菌株產(chǎn)酶活力 U/mL
3.3 菌株T-4-3的鑒定
3.3.1 菌落形態(tài) 菌株在NA平板上生長(zhǎng),單菌落呈近圓形,邊緣整齊,中央隆起,不透明,近白色,表面光滑。
3.3.2 菌體形態(tài) 在NA試管斜面上培養(yǎng)24 h的菌體進(jìn)行革蘭氏染色,在油鏡下觀察,革蘭氏陽(yáng)性,芽孢呈橢圓形中生,菌體具抗酸性,可產(chǎn)生異染粒,菌體生長(zhǎng)物向四周呈云霧狀擴(kuò)散。
3.3.3 生理生化試驗(yàn)結(jié)果 按 《常見細(xì)菌系統(tǒng)鑒定手冊(cè)》(東秀珠和蔡妙英,2001)中的方法進(jìn)行生理生化試驗(yàn),結(jié)果見表3。
表3 T-4-3菌株的生理生化特征
綜合以上T-4-3菌株的形態(tài)特征和生理生化特性,對(duì)照《常見細(xì)菌系統(tǒng)鑒定手冊(cè)》和《伯杰氏細(xì)菌鑒定手冊(cè)》進(jìn)行檢索,初步將其鑒定為芽孢桿菌屬。
3.3.4 T-4-3菌株的系統(tǒng)發(fā)育分析 為進(jìn)一步確定T-4-3菌株的分類學(xué)地位,需測(cè)定其16S rDNA基因序列。經(jīng)測(cè)定,T-4-3菌株序列長(zhǎng)度為1448 bp。將T-4-3菌株的16S rDNA基因序列在GenBank中進(jìn)行Blast相似性分析,并將Genbank中與T-4-3菌株相似性較高的7個(gè)菌株構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹。結(jié)果如圖1和表4所示,供試菌株的16S rDNA序列與芽孢桿菌屬的標(biāo)準(zhǔn)菌株同源相似度大部分在99%以上;T-4-3菌株與CP000560 Bacillus amyloliquefaciens和AY603658 Bacillus velezensis序列相似性高達(dá)100%。綜合以上T-4-3菌株的形態(tài)特征、生理生化特性及16S rDNA基因序列的分析結(jié)果,鑒定T-4-3菌株為Bacillus amyloliquefaciens。
圖1 T-4-3菌株的16S rDNA序列系統(tǒng)發(fā)育樹
表4 T-4-3菌株與幾種標(biāo)準(zhǔn)菌株的相似性比較
本試驗(yàn)采用剛果紅平板法初篩和搖瓶復(fù)篩相結(jié)合的方法從動(dòng)物糞便中分離和篩選到一株β-葡聚糖酶活力較高的菌株T-4-3,酶活力達(dá)到21.9U/mL。對(duì)該菌株進(jìn)行形態(tài)觀察、生理生化特征分析,初步鑒定為芽孢桿菌屬(Bacillus sp.),將其16S rDNA序列與GeneBank中已知標(biāo)準(zhǔn)菌株的16S rDNA序列進(jìn)行比對(duì),并用Neighbor-joining方法構(gòu)建菌株T-4-3進(jìn)化樹,結(jié)果表明,T-4-3與標(biāo)準(zhǔn)菌株CP000560 Bacillus amyloliquefaciens聚于同一分支,同源性高達(dá)100%。
[1]程麗娟,薛泉宏.微生物學(xué)實(shí)驗(yàn)技術(shù) [M].西安:世界圖書出版公司,2000.25.
[2]李春燕,李春梅,蔣紅艷,等.β-葡聚糖酶對(duì)肉雞生長(zhǎng)性能的影響[J].中國(guó)畜牧獸醫(yī)文摘,2012,28(9):194 ~ 195.
[3]劉雨田,郭小權(quán),郭中文.β-葡聚糖酶可提高麥類作物飼糧的營(yíng)養(yǎng)價(jià)值[J].中國(guó)飼料,2000,15:15 ~ 16.
[4]翟曉莉.酶在飼料工業(yè)中的應(yīng)用進(jìn)展[J].農(nóng)業(yè)技術(shù)與裝備,2012,3:57~58.
[5]中華人民共和國(guó)農(nóng)業(yè)部.NY/T 911-2004[S].飼料添加劑β-葡聚糖酶活力測(cè)定方法 分光光度法.北京:中國(guó)農(nóng)業(yè)出版社,2005-4.
[6]Kim S B,Yoon J H,Kim H,et al.A phylogenetic analysis of the genus Saccharomonospora conducted with 16S rRNA gene sequences[J].International Journal of Systematic Bacteriology,1995,45(2):351 ~ 356.
[7]Lane D J.16S/23S rRNA sequencing.In:Stackebrandt E,Goodfellow(ed).Nucleic acid techniques in bacteria systematics[M].Chichester:John Wiley&Sons,1991.115 ~ 147.
[8]Rainey F A,Rainey N W,Kroppenstedt R M,et al.The genus Nocardiopsis represents a phylogenetically coherent taxon and a distinct actinomycete lineage:Proposal of Nocardiopsaceae fam.nov[J].International Journal of Systematic Bacteriology,1996,46(4):1088 ~ 1092.
[9]Saitou N,Nei M.The neighbour-joining method:A new method for reconstructing phylogenetic trees[J].Molelular Biolgy and Evolution,1987,4:406~425.