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核函數(shù)在主成分分析中的應(yīng)用

2014-11-04 15:26:22徐金寶
電腦知識(shí)與技術(shù) 2014年28期
關(guān)鍵詞:主成分分析特征提取

摘要:主成分分析在對(duì)線性數(shù)據(jù)進(jìn)行降維時(shí)非常有效,核函數(shù)能夠?qū)⒕€性不可分的數(shù)據(jù)映射到高維希爾伯特空間中可能可分。將核函數(shù)應(yīng)用到主成分分析中成為核主成分分析。從核函數(shù)的性質(zhì)、核函數(shù)的參數(shù)調(diào)整、核函數(shù)的構(gòu)造等方面對(duì)核主成分分析進(jìn)行應(yīng)用與實(shí)現(xiàn),并結(jié)合核Fisher判別分析,對(duì)樣例數(shù)據(jù)進(jìn)行核主成分分析,結(jié)論表明,效果良好,但執(zhí)行速度較慢,需要后續(xù)改進(jìn)。

關(guān)鍵詞:核函數(shù);主成分分析;特征提?。粎f(xié)方差矩陣;Gram矩陣

中圖分類(lèi)號(hào):TP311 文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼:A 文章編號(hào):1009-3044(2014)28-6659-04

智能時(shí)代的到來(lái),模式識(shí)別得到了廣泛的重視和應(yīng)用。支持向量機(jī)(SVM)由于有著堅(jiān)實(shí)的統(tǒng)計(jì)學(xué)理論基礎(chǔ),能夠?qū)崿F(xiàn)結(jié)構(gòu)風(fēng)險(xiǎn)最小化,特別是能夠克服機(jī)器學(xué)習(xí)中經(jīng)常遇到的“維數(shù)災(zāi)難”問(wèn)題,并且在二類(lèi)分類(lèi)中表現(xiàn)出優(yōu)異的性能,從而在分類(lèi)中占有重要地位。SVM不僅能夠進(jìn)行線性分類(lèi),而且在非線性分類(lèi)中也表現(xiàn)出良好的性能。這歸因于SVM中成功應(yīng)用了核函數(shù)的思想,把在低維空間中不可分的輸入數(shù)據(jù)映射到高維的特征空間(也叫希爾伯特空間)中去,在高維空間中就有可能可分。核函數(shù)思想在SVM中的成功應(yīng)用,打開(kāi)了核函數(shù)的應(yīng)用領(lǐng)域,從本質(zhì)上來(lái)說(shuō),只要一個(gè)應(yīng)用中直接或間接地需要用到兩個(gè)向量?jī)?nèi)積的運(yùn)算,核函數(shù)都有可能在該領(lǐng)域有所作為。這樣,核函數(shù)的應(yīng)用,并沒(méi)有改變本來(lái)應(yīng)用的思路,同時(shí),核函數(shù)注重的是兩個(gè)向量之間的內(nèi)積結(jié)果,使得在應(yīng)用中并不需要知道真正的變換函數(shù)是什么,從而方便了分類(lèi)或聚類(lèi)等應(yīng)用。主成分分析(Principal component analysis,PCA)在模式識(shí)別中得到了廣泛的應(yīng)用,是一個(gè)對(duì)線性輸入空間進(jìn)行降維的有效方法,但實(shí)際工程應(yīng)用中的數(shù)據(jù)空間往往不是線性的,如果能夠?qū)⒑撕瘮?shù)的思想應(yīng)用到PCA中,就能夠使得PCA對(duì)非線性的數(shù)據(jù)空間也能夠進(jìn)行有效降維,能夠有效改進(jìn)模式識(shí)別的算法效率,降低對(duì)存儲(chǔ)空間的要求。

當(dāng)前對(duì)核主成分分析的研究取得了很多成果,在應(yīng)用中也得到了有效應(yīng)用。但是,核主成分分析的具體實(shí)現(xiàn)過(guò)程、核函數(shù)的參數(shù)選擇、核函數(shù)的直接構(gòu)造、由函數(shù)產(chǎn)生核以及主成分分析不考慮分類(lèi)類(lèi)別的改進(jìn)上,還有很多工作需要做,該文在以上幾方面予以分析,并在應(yīng)用中予以實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證。

1 核函數(shù)

核函數(shù)的研究起源于1909年,Mercer提出了核的定理與條件,1940年后,再生核得到研究,1964年Aizermann等人將核的思想運(yùn)用到機(jī)器學(xué)習(xí)領(lǐng)域,1992年Vapnik等人在SVM中成功應(yīng)用了核函數(shù),從此核函數(shù)得到了深入的研究與應(yīng)用。

核函數(shù)是一個(gè)n維歐氏空間Rn到希爾伯特空間H的變換上的內(nèi)積函數(shù),即K(x1,x2)= (Φ(x1)Φ(x2) )。

核函數(shù)具有一個(gè)重要特性:一個(gè)對(duì)稱函數(shù)K(x1,x2)是核函數(shù),那么K(x1,x2)對(duì)應(yīng)于x1,x2…xn的Gram矩陣非負(fù)定;反過(guò)來(lái),若K(x1,x2)對(duì)應(yīng)于x1,x2…xn的Gram矩陣非負(fù)定,則K(x1,x2)是核函數(shù)。

因此尋找核函數(shù)可以利用以上性質(zhì),只要找到一個(gè)對(duì)稱函數(shù)K(x1,x2),做出其對(duì)應(yīng)的Gram矩陣,判斷該矩陣的正定性就可以得出K(x1,x2)是否是核函數(shù)。當(dāng)前較為廣泛使用并有效的核函數(shù)有高斯徑向基核函數(shù)[K(x1,x2)=exp(-||x1-x2||2/(2σ)2))]、多項(xiàng)式函數(shù)K(x1,x2)=((x1x2)+1)d。

但是,在實(shí)際工程應(yīng)用中,有些應(yīng)用場(chǎng)合,數(shù)據(jù)分布具有一定的特殊形式,通過(guò)多項(xiàng)式核函數(shù)或高斯徑向基核函數(shù)并不能達(dá)到最佳效果,即使通過(guò)大量的實(shí)驗(yàn),也很難找到最恰當(dāng)?shù)暮撕瘮?shù)參數(shù)。這時(shí),可以根據(jù)數(shù)據(jù)分布的特點(diǎn),進(jìn)行核函數(shù)構(gòu)造,這樣構(gòu)造出的核函數(shù)在數(shù)據(jù)處理上有可能達(dá)到很高的效率。

另外,還可以根據(jù)某些不是核函數(shù)的函數(shù),通過(guò)一定的方式,構(gòu)造出核函數(shù)。因?yàn)椋鶕?jù)核函數(shù)的性質(zhì),一個(gè)函數(shù)若是核函數(shù),它對(duì)應(yīng)的Gram矩陣必是非負(fù)定的。那么,若一個(gè)函數(shù)不滿足這個(gè)特性,則可以通過(guò)一個(gè)過(guò)渡函數(shù),運(yùn)用以下公式將它改造為核函數(shù):

[K(x1,x2)=i=1Ntrans(xi,x1)trans(xi,x2)]

其中,N為輸入空間中樣本的個(gè)數(shù),x1、x2是輸入空間的向量,trans()是一個(gè)過(guò)渡函數(shù)。實(shí)際上,Sigmoid核函數(shù)f(x)=1/(1+e-x)在手寫(xiě)數(shù)字識(shí)別領(lǐng)域得到了應(yīng)用并取得較好效果,但是Sigmoid函數(shù)對(duì)應(yīng)的Gram矩陣不具有非負(fù)定特性,因此,嚴(yán)格意義上來(lái)說(shuō)Sigmoid函數(shù)不是一個(gè)真正的核函數(shù),而是一個(gè)經(jīng)過(guò)某個(gè)過(guò)渡函數(shù)改造成的核函數(shù)。[1]

2 主成分分析

2.1 主成分分析(PCA)

在對(duì)輸入數(shù)據(jù)進(jìn)行模式識(shí)別時(shí),經(jīng)常會(huì)發(fā)現(xiàn)樣本數(shù)和輸入的向量的維數(shù)很大的情況,這對(duì)處理時(shí)間和所占用的空間有很高的要求,處理得不好,會(huì)導(dǎo)致主存溢出的情況。因此,對(duì)于很大的維數(shù),往往需要通過(guò)某種手段,將維數(shù)降低。實(shí)際上,這種情況是可行的。因?yàn)?,在采集的?shù)據(jù)樣本中,很多屬性之間有著關(guān)聯(lián)。例如對(duì)學(xué)生考試進(jìn)行分析,若有七門(mén)功課:語(yǔ)文、數(shù)學(xué)、英語(yǔ)、政治、生物、物理、化學(xué),這些科目的成績(jī)中很多科目成績(jī)之間是相關(guān)的;再如,在定制襯衣時(shí),需要身高、胸圍、坐高、臂長(zhǎng)、腰圍、肋圍等六項(xiàng)數(shù)據(jù),但這些數(shù)據(jù)往往是相關(guān)的,實(shí)際中只要身高、胸圍、腰圍幾項(xiàng)即可。

主成分分析(PCA)是數(shù)據(jù)降維的有效手段,特別是對(duì)于線性數(shù)據(jù)。PCA通過(guò)變換使得結(jié)果具有最大的均方差,在二維空間中,能夠?qū)⒚總€(gè)樣本投影到一個(gè)一維空間中。對(duì)于n維空間,可以將輸入數(shù)據(jù)樣本的協(xié)方差矩陣求出。協(xié)方差矩陣cov為:

[cov(A)pXp=1N-1i=1p(xi-x)(xj-x)] A為nXp數(shù)據(jù)輸入矩陣

協(xié)方差矩陣是個(gè)對(duì)稱矩陣,對(duì)角線上diag(cov(A))的元素即為對(duì)應(yīng)向量的標(biāo)準(zhǔn)差。協(xié)方差矩陣保持了原始輸入空間的信息,特別是,若原始輸入空間數(shù)據(jù)滿足高斯分布,則該輸入數(shù)據(jù)的所有信息都在協(xié)方差矩陣中反映出來(lái)。

將協(xié)方差矩陣cov(A)求出特征值和特征向量,并將這些向量按照特征值的大小按降序排列。根據(jù)應(yīng)用的需要,對(duì)特征值進(jìn)行分析。將特征值的累計(jì)貢獻(xiàn)率計(jì)算出來(lái),并根據(jù)應(yīng)用的要求,若一般應(yīng)用環(huán)境,累計(jì)貢獻(xiàn)率取85%即可;對(duì)于一些精度要求高的應(yīng)用,累計(jì)貢獻(xiàn)率取95%甚至以上。這樣,將大于累計(jì)貢獻(xiàn)率的特征值取出,將對(duì)應(yīng)的特征向量排列成矩陣,將輸入空間的數(shù)據(jù)通過(guò)該特征向量矩陣進(jìn)行轉(zhuǎn)換,就得到降維后的輸入數(shù)據(jù)。

例如,當(dāng)一個(gè)輸入空間有30個(gè)數(shù)據(jù),每個(gè)數(shù)據(jù)7個(gè)特征,經(jīng)過(guò)計(jì)算得到7X7的協(xié)方差矩陣,對(duì)此協(xié)方差矩陣求特征值、特征向量,假設(shè)根據(jù)累計(jì)貢獻(xiàn)率的要求,只需要4個(gè)主特征,得到一個(gè)7X4的特征向量矩陣。用輸入樣本數(shù)據(jù)或測(cè)試樣本乘以這個(gè)矩陣,就得到降維后的數(shù)據(jù)。當(dāng)然,數(shù)據(jù)原始信息會(huì)有一定的損失,但很小,一般不影響分類(lèi)結(jié)果。

經(jīng)過(guò)PCA降維后的數(shù)據(jù),可以通過(guò)降維過(guò)程的逆操作,恢復(fù)成原來(lái)的數(shù)據(jù)。累計(jì)貢獻(xiàn)率閾值越大,恢復(fù)數(shù)據(jù)的精度也就越高。注意降維過(guò)程減去了均值,恢復(fù)數(shù)據(jù)要加上這個(gè)均值。

2.2 Fisher判別分析(FDA)

PCA主要應(yīng)用在線性數(shù)據(jù)降維上,在降維的過(guò)程中,可以發(fā)現(xiàn)主要通過(guò)協(xié)方差矩陣,對(duì)原始輸入數(shù)據(jù)進(jìn)行處理,并沒(méi)有用到類(lèi)別的信息,因此PCA是一種無(wú)監(jiān)督的線性降維方式,這種降維方式對(duì)于有些分類(lèi),對(duì)導(dǎo)致較大偏差。

Fisher判別分析(FDA)在對(duì)主要成分進(jìn)行分析時(shí),不僅要進(jìn)行原始數(shù)據(jù)的處理,同時(shí)要關(guān)注類(lèi)別信息,因此,被稱為有監(jiān)督的主成分分析。FDA采用類(lèi)間散布矩陣和類(lèi)內(nèi)散布矩陣,然后計(jì)算特征值和對(duì)應(yīng)的特征向量。

Fisher判別分析(FDA)采用類(lèi)內(nèi)聚集程度與類(lèi)間離散程度的比值也決定,該比值越大,說(shuō)明對(duì)分類(lèi)的貢獻(xiàn)越大,該成分就有可能成為是主成分。

2.3 核主成分分析與核Fisher判別分析

主成分分析(PCA)對(duì)線性輸入空間數(shù)據(jù)有良好的降維效果,采用核函數(shù)的思想,將核函數(shù)應(yīng)用到PCA中,形成核主成分分析,這樣,將在低維空間非線性很難降維的數(shù)據(jù)通過(guò)核函數(shù)映射到高維特征空間(希爾伯特空間)中,通過(guò)選擇適當(dāng)?shù)暮撕瘮?shù)與參數(shù),就有可能在高維空間中進(jìn)行有效降維。FDA也可以采用核函數(shù)思想改進(jìn)為核Fisher判別分析。

在分類(lèi)中,有了降維后的數(shù)據(jù),時(shí)間和空間效率能夠提升,但在核主成分分析時(shí)沒(méi)有對(duì)類(lèi)別信息加以利用,因此在實(shí)際的分類(lèi)中,可以采用核主成分分析結(jié)合核Fisher判別分析進(jìn)行,這樣對(duì)有些難以分類(lèi)的數(shù)據(jù)集能夠有效進(jìn)行分類(lèi)。

3 核主成分分析及其應(yīng)用

3.1 核主成分分析的過(guò)程

傳統(tǒng)PCA中,首先需要計(jì)算協(xié)方差矩陣:

[cov(A)pXp=1N-1i=1p(xi-x)(xj-x)]

采用核函數(shù)的特征空間的協(xié)方差矩陣為:

[cov(A)pXp=1N-1i=1p(?(xi)-?(x))(?(xj)-?(x))],其中[K(xi,xj)=?(xi)?(xj)]

若輸入空間數(shù)據(jù)滿足“中心化”,即[?(x)]=0,則上式可簡(jiǎn)化為:

[cov(A)pXp=1N-1i=1p(?(xi)(?(xj)]

根據(jù)PCA的特點(diǎn)及再生核理論,最優(yōu)投影軸應(yīng)該是特征空間中的樣本的線性組合,寫(xiě)成拉格朗日函數(shù)形式并對(duì)線性相關(guān)系數(shù)求導(dǎo),得:

[Kα=λα],其中[α]為特征空間的樣本之間線性組合的系數(shù)。到了這一步,就可以對(duì)K矩陣求特征值和特征向量即可。

以上核主成分分析是假設(shè)數(shù)據(jù)的中心化即均值為零的情況。若不滿足此條件,可以通過(guò)對(duì)特征空間的所有數(shù)據(jù)在希爾伯特空間平移一個(gè)均值的距離,這樣的平移不改變特征數(shù)據(jù)的形狀。

在進(jìn)行核主成分分析時(shí),也可以通過(guò)以下公式進(jìn)行核矩陣K的中心化(標(biāo)準(zhǔn)化):

[K_new=K-U*K-K*U+U*K*U,其中U=(1)N*N/N(N是樣本的個(gè)數(shù))]

3.2 核主成分分析的應(yīng)用與實(shí)現(xiàn)要點(diǎn)

Matlab在模式識(shí)別上具有直觀、有強(qiáng)大的計(jì)算能力以及繪圖能力,下面以Matlab 7.1作為平臺(tái),對(duì)核主成分分析進(jìn)行實(shí)現(xiàn)。

3.2.1 傳統(tǒng)PCA在Matlab上的實(shí)現(xiàn)

傳統(tǒng)PCA在Matlab中有兩個(gè)函數(shù)可以完成數(shù)據(jù)降維。

若輸入數(shù)據(jù)的協(xié)方差矩陣已知,則可以通過(guò)pcacov()函數(shù)進(jìn)行PCA降維。設(shè)協(xié)方差矩陣為V,則通過(guò)[c,l,e]=pcacov(V)就能得到V的所有特征值的降序排列l(wèi),每個(gè)主成分的貢獻(xiàn)率e以及主成分系數(shù)c??梢酝ㄟ^(guò)函數(shù)barttest()進(jìn)行Bartlett維數(shù)校驗(yàn),通過(guò)pcares()函數(shù)進(jìn)行主成分的殘差分析。

最常用的做PCA分析的函數(shù)是pcacomp(),只需要輸入數(shù)據(jù)矩陣X,就可以通過(guò):

[c,s,l ,t2]=princomp進(jìn)行PCA降維分析。C代表主成分的系數(shù)矩陣,s代表主成分矩陣,l代表降序排列的樣本協(xié)方差矩陣的特征值,t2代表某個(gè)樣品對(duì)應(yīng)的霍特林(Hotelling) T2的統(tǒng)計(jì)量,這個(gè)統(tǒng)計(jì)量可以用來(lái)進(jìn)行設(shè)備運(yùn)行的故障檢測(cè),用來(lái)表示某個(gè)觀測(cè)值與觀測(cè)數(shù)據(jù)中心的距離,可以用作異常點(diǎn)分析。

在對(duì)輸入數(shù)據(jù)矩陣計(jì)算協(xié)方差矩陣時(shí),需要進(jìn)行數(shù)據(jù)的標(biāo)準(zhǔn)化??梢杂萌N方法進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化(設(shè)輸入數(shù)據(jù)矩陣為X,是一個(gè)nXp矩陣):

1) s=std(X)

stds=X./s(ones(n,1),:)

[c,s,l ,t2]=princomp(stds)

2) s=std(X)

stds=X./repmat(s,n,1)

[c,s,l ,t2]=princomp(stds)

3) s=zscore(X)

[c,s,l ,t2]=princomp(stds)

此外,在協(xié)方差的計(jì)算上,計(jì)算的順序?qū)?huì)大大影響最終的結(jié)果。如100個(gè)樣本30維特征,應(yīng)該計(jì)算出的協(xié)方差矩陣是30X30,若沒(méi)有注意到這一點(diǎn),最終可能算出的協(xié)方差矩陣是100X100。

3.2.2 核主成分分析在Matlab上的實(shí)現(xiàn)

Matlab在模式識(shí)別工具箱stprtool里提供了進(jìn)行核主成分分析的kpca()函數(shù)。stprtool工具箱不是Matlab 7.1的標(biāo)準(zhǔn)工具箱,需要下載后并設(shè)置到Matlab路徑下。

%X是數(shù)據(jù)輸入矩陣,數(shù)據(jù)分布可以不是線性,可以是圓狀、橢圓狀等

opt.ker=rbf%opt是結(jié)構(gòu)變量,ker分量指出核函數(shù)類(lèi)型,arg是參數(shù)

opt.arg=5

opt.new_dim=2 %new_dim是輸出維數(shù)

Y=kpca(X,opt)

采用kpca函數(shù)很簡(jiǎn)單,但并不靈活。下面采用類(lèi)Matlab來(lái)進(jìn)行核主成分分析的算法實(shí)現(xiàn)。由于很多場(chǎng)合下的數(shù)據(jù)分布接近高斯分布,并且高斯分布的協(xié)方差矩陣對(duì)原始信息無(wú)丟失,下面核函數(shù)采用高斯徑向基函數(shù),高斯徑向基函數(shù)需要輸入一個(gè)參數(shù)。步驟如下:

1) 準(zhǔn)備好訓(xùn)練數(shù)據(jù)T,測(cè)試數(shù)據(jù)TT,并設(shè)置高斯徑向基函數(shù)的參數(shù)rbf,累計(jì)貢獻(xiàn)率大小為thres;

2) 訓(xùn)練數(shù)據(jù)T、測(cè)試數(shù)據(jù)TT標(biāo)準(zhǔn)化;

3) 運(yùn)用高斯核函數(shù)計(jì)算核矩陣,由于核矩陣是對(duì)稱的,只需要計(jì)算出上三角矩陣即可,另一半元素用賦值完成,可以提高運(yùn)算效率;

K(i,j)=exp(-norm(T(i,:)-T(j,:))^2/rbf);

4) 運(yùn)用K_new=K-U*K-K*U+U*K*U中心化高斯核矩陣;

5) 對(duì)K_new進(jìn)行特征值及特征向量的計(jì)算:[ev,evalues]=eig(K_new);

6) 計(jì)算累計(jì)貢獻(xiàn)率;

7) 找出累計(jì)貢獻(xiàn)率大于或等于thres的特征值,將對(duì)應(yīng)的特征向量組成矩陣;

8) 對(duì)測(cè)試數(shù)據(jù)TT進(jìn)行測(cè)試。

上述算法可以看出,采用了核函數(shù),PCA成為核主成分分析,但具體的實(shí)現(xiàn)過(guò)程與傳統(tǒng)的PCA很類(lèi)似,但帶來(lái)的效果是可以進(jìn)行非線性降維。并且采用了核函數(shù),從線性空間向高維空間的轉(zhuǎn)換并不需要具體關(guān)心轉(zhuǎn)換函數(shù)的形式。

3.3 核主成分分析的效果

下面用上述的核主成分分析算法對(duì)Matlab 7.1自帶的cities.mat數(shù)據(jù)進(jìn)行分析。cities.mat共收集了美國(guó)329個(gè)城市在歷史上一段時(shí)期內(nèi)城市生活質(zhì)量的數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì),共有9個(gè)指標(biāo):藝術(shù)、住房、健康、氣候、娛樂(lè)、犯罪率、經(jīng)濟(jì)、交通和教育。

不同指標(biāo)的數(shù)據(jù)值相差很大,需要進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化處理。

圖1 核主成分分析后的第1主成分和第3主成分

圖2 cities的主成分pareto圖

從運(yùn)行的結(jié)果看,核主成分分析能夠?qū)ities.mat的數(shù)據(jù)進(jìn)行降維,效果與傳統(tǒng)PCA精度相當(dāng),運(yùn)用tic、toc指令進(jìn)行計(jì)時(shí),傳統(tǒng)PCA執(zhí)行時(shí)間約 2.6秒,核主成分分析需時(shí)4.6秒,這是因?yàn)楹酥鞒煞址治鲂枰?jì)算核矩陣,高斯核需要計(jì)算二范數(shù)以及exp運(yùn)算。但核主成分分析由于采用了核,計(jì)算量上有所增加,但對(duì)線性、非線性輸入空間都能進(jìn)行有效降維。

4 結(jié)束語(yǔ)

核主成分分析在傳統(tǒng)的主成分分析的基礎(chǔ)上,有機(jī)地結(jié)合了核函數(shù)的思想,從而使得核主成分分析能夠有效處理非線性的輸入空間數(shù)據(jù)的降維。核主成分分析如果結(jié)合核聚類(lèi)、核Fisher判別分析,充分利用輸入數(shù)據(jù)的特點(diǎn)和分類(lèi)類(lèi)別,進(jìn)行數(shù)據(jù)維度的降低,不僅能夠加速分類(lèi)的效率,而且能夠提高精度。由于核函數(shù)的引入,因此,對(duì)于核函數(shù)的參數(shù)選擇,核函數(shù)根據(jù)數(shù)據(jù)輸入特點(diǎn)的直接構(gòu)造,或從任一函數(shù)生成一個(gè)核函數(shù)就顯得至關(guān)重要。未來(lái)的進(jìn)一步應(yīng)用將會(huì)在核函數(shù)的生成與核主成分分析、核Fisher判別分析的結(jié)合上,作為模式識(shí)別的預(yù)處理,將做深入的探討。

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