馬開利,宋連昆,苑玉和,張 瑩,李 莉,楊金玲,朱 平,陳乃宏
(1.中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院·北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院藥物研究所,天然藥物活性物質(zhì)與功能國家重點實驗室,新藥作用機制研究與藥效評價北京市重點實驗室,藥理學(xué)研究室,北京 100050;2.中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院·北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院醫(yī)學(xué)生物學(xué)研究所,云南昆明 650118)
α突觸核蛋白(α-synuclein,α-syn)最早發(fā)現(xiàn)其定位于突觸前末端及細胞核[1],隨后的大量研究表明,α-syn的核定位存在于包括培養(yǎng)的細胞[2-3]、αsyn轉(zhuǎn)基因果蠅[4]及小鼠[5]在內(nèi)的各種實驗系統(tǒng)內(nèi)。近來的研究表明,α-syn的核定位可能在帕金森病的發(fā)病中發(fā)揮重要作用。Zhou等[6]的研究表明,α-syn的核轉(zhuǎn)位增加能夠引起多巴胺能細胞對氧化應(yīng)激的敏感性增加。Boyer等[7]的進一步研究表明,α-syn引起的核聚集能夠?qū)е麓笫罂煽ㄒ蛳嚓P(guān)的行為發(fā)生變化。因此,α-syn的核轉(zhuǎn)位可能是共核蛋白病的致病機制。
我們前期的研究表明,α-syn可同時存在于胞核和胞質(zhì)中,進一步研究發(fā)現(xiàn),α-syn能夠在核輸入蛋白importinα的介導(dǎo)下進入細胞核,通過影響細胞周期而發(fā)揮毒性作用[8]。為了進一步弄清α-syn在胞核內(nèi)的作用,本研究擬從核內(nèi)的核苷酸序列角度出發(fā),應(yīng)用圓二色譜(circular dichroism,CD)分析的方法,在體外篩選可能被α-syn作用的核苷酸序列,為闡明α-syn核內(nèi)的作用機制奠定基礎(chǔ)。
1.1 核苷酸序列合成 核苷酸序列(Tab 1)由Invitrogen公司合成,并溶解于CD緩沖液(40 mmol·L-1citrate pH 5.6,100 mmol·L-1NaCl,1 mmol·L-1EDTA),終濃度為100μmol·L-1。
Tab 1 O ligonucleotide sequence
1.2 圓二色譜分析 首先測定蛋白質(zhì)和核苷酸序列的紫外(ultraviolet,UV)光譜,計算出儲存液濃度,然后測定緩沖液相對于比色皿的UV吸收譜。綜合分析得到數(shù)據(jù),確定本實驗中所用的蛋白和核苷酸序列的濃度。圓二色譜儀完成升溫后,取干凈比色皿加入緩沖液,放入儀器掃描基線值(波長范圍230~410 nm),重復(fù)掃描兩次,取平均值以降低噪聲?;€掃描完成后,在相同條件下向比色皿中加入核苷酸序列溶液并進行色譜掃描。完成后,在相同條件下將蛋白與核苷酸序列的混合液注入比色皿,并進行色譜掃描。
Fig 2 CD spectra of nucleotide sequence composed of AC10,AG10,AT10,GC10,GT10 or TC10 after the adding ofα-syn-GFP protein
2.1 α-syn-GFP蛋白對含堿基A的序列有較強作用 從Fig 1可以看出,對于含堿基A的序列而言,α-syn-GFP蛋白的加入能夠引起260~290 nm之間的色譜峰強度降低,而250 nm左右的色譜峰強度增加。因此,α-syn-GFP蛋白對含堿基A的序列有較強作用。而α-syn-GFP蛋白的加入僅使含堿基T的序列230~260 nm間的色譜峰稍有增加、含堿基C的序列290 nm左右的色譜峰稍有增加。因此,相對于含堿基A的序列來說,α-syn-GFP蛋白對分別含堿基T和C的序列的作用較弱。
2.2 α-syn-GFP蛋白對分別含堿基AG、TC的序列有較強作用 從Fig 2可以看出,對于含堿基AT、AC、GC和TC的序列而言,α-syn-GFP蛋白的加入,并未對色譜峰產(chǎn)生明顯的影響,而α-syn-GFP蛋白的加入對分別含堿基AG、TC的序列的色譜峰有較大的影響。α-syn-GFP蛋白的加入導(dǎo)致含堿基AG的序列色譜峰在250~280 nm之間出現(xiàn)明顯的降低,并且整個峰發(fā)生了藍移。同樣,對于含堿基TC的序列而言,α-syn-GFP的加入導(dǎo)致整個色譜峰亦發(fā)生了藍移,且260~280 nm之間的峰強度有所降低。因此,α-syn-GFP蛋白與分別含堿基AG、TC的序列有較強作用。
2.3 α-syn-GFP蛋白對Kazak序列無明顯作用從Fig 3可以看出,無論是Kazak1序列、Kazak2序列,還是它們之間相互組合所形成的序列,α-syn-GFP蛋白的加入均未對色譜峰產(chǎn)生明顯影響,僅表現(xiàn)出小幅度的變化。
Fig 1 CD spectra of nucleotide sequence composed of A30,T30 or C30 after the adding ofα-syn-GFP protein
Fig 2 CD spectra of nucleotide sequence composed of AC10,AG10,AT10,GC10,GT10 or TC10 after the adding ofα-syn-GFP protein
2.4 α-syn-GFP蛋白對GC-box樣序列有較強作用從Fig 4可以看出,α-syn-GFP蛋白的加入對CAAT-box及增強子樣序列的作用亦較弱,而α-syn-GFP蛋白加入可導(dǎo)致GC-box樣序列色譜峰270 nm處峰強度明顯增加,推測可能是α-syn-GFP與GC-box樣序列發(fā)生特異作用,引起GC-box樣序列結(jié)構(gòu)發(fā)生明顯變化的結(jié)果。
Fig 3 CD spectra of nucleotide sequence composed of Kazak1,Kazak2,Kazak1+1,Kazak1+2 or Kazak2+2 after the adding ofα-syn-GFP protein
Fig 4 CD spectra of nucleotide sequence com posed of CAAT-box like,GC-box like or Enhancer after the adding ofα-syn-GFP protein
α-syn廣泛分布于大腦神經(jīng)元的細胞核內(nèi)[1-2,5,9-10]。我們前期的研究表明,α-syn能夠在importinα的介導(dǎo)下進入細胞核,并干擾細胞周期。因此,我們推測α-syn可能作用于細胞核內(nèi)的某些核苷酸序列,從而對細胞周期產(chǎn)生了影響。在此我們主要從體外角度出發(fā),尋找可能被α-syn作用的核苷酸序列的特征,由于前期α-syn核輸入機制及功能的研究所用的α-syn蛋白均為與GFP融合的蛋白[8],我們已有研究表明,GFP蛋白的引入幾乎不影響α-syn對核苷酸序列的作用。因此,為保證實驗體系的一致性和研究的連續(xù)性,本研究選用經(jīng)酵母表達并進行純化的α-syn-GFP蛋白進行。
圓二色譜已被廣泛應(yīng)用于蛋白質(zhì)的二級結(jié)構(gòu)預(yù)測分析[11-12]。正常生理條件下,細胞內(nèi)存在的核酸通常呈現(xiàn)出多種不同的構(gòu)象[13]。近來的研究表明,核酸的結(jié)構(gòu)參數(shù)與它們的圓二色譜峰之間存在相互關(guān)聯(lián)的關(guān)系[14-15],核酸和蛋白紫外吸收譜的重疊可用于研究核酸-蛋白質(zhì)間的相互作用。事實上,250~300 nm間的圓二色譜峰是由核酸的結(jié)構(gòu)來決定的,因為在此波長范圍內(nèi),相對于核酸而言,蛋白質(zhì)芳香發(fā)射基團的作用是相對較弱的[16]。因此,本研究選擇波長范圍在250~300 nm間的圓二色譜峰的強度進行研究。
為了尋找可能被α-syn作用的核苷酸序列的特點,我們根據(jù)核酸組成及現(xiàn)有的相關(guān)順式作用元件的特點,合成了一系列的單鏈核苷酸序列,應(yīng)用圓二色譜分析α-syn蛋白對序列的影響,從中發(fā)現(xiàn)可能被α-syn作用的核苷酸序列的序列特點。
首先,我們分別合成了含30個堿基的序列,與α-syn-GFP蛋白混合后,用圓二色譜分析α-syn-GFP蛋白對序列的影響。由于核酸的結(jié)構(gòu)變化主要表現(xiàn)為波長范圍250~290 nm內(nèi)色譜峰的變化,因此,我們把α-syn-GFP蛋白加入后250~290 nm范圍內(nèi)色譜峰的變化情況作為主要的觀察范圍。結(jié)果表明,對于含堿基A的核苷酸序列而言,色譜峰上270 nm左右的峰強度出現(xiàn)降低,而250 nm左右的峰強度則表現(xiàn)為增加。另外,α-syn-GFP對分別含堿基C或T的核苷酸序列的影響較弱,僅表現(xiàn)為290 nm或250 nm左右的峰強度稍有增加。因此,α-syn-GFP蛋白可能更傾向于影響含堿基A的核苷酸序列。
為了進一步獲得可能被α-syn作用的核苷酸序列的特征,我們增加了核苷酸序列組合的復(fù)雜性,以兩兩堿基組合的方式合成了分別含有10對堿基AT、AG、AC、GT、GC、TC的核苷酸序列。圓二色譜分析結(jié)果表明,對于含AG的核苷酸序列而言,αsyn-GFP加入后色譜峰在270 nm左右的峰強度明顯降低,而250 nm左右的峰強度則增加,并且整個峰出現(xiàn)了藍移。同樣,α-syn-GFP蛋白的加入也使含TC的核苷酸序列的色譜峰270 nm和250 nm左右的峰強度都有所降低,整個峰也出現(xiàn)了藍移。因此,α-syn-GFP蛋白對分別含堿基AG或TC的序列有較強作用。然而,對于其余組合的核苷酸序列而言,色譜峰并無明顯變化。
綜合分析上述研究所得出的可能被α-syn-GFP作用的核苷酸序列的特點,我們推測CAAT-box樣序列、Kozak序列、GC-box樣序列、增強子序列等序列可能是α-syn-GFP主要作用的核苷酸序列。因此,我們分別合成了這些序列,并應(yīng)用圓二色譜進行分析。結(jié)果表明,無論是Kozak1、Kozak2,還是這兩種序列的組合,圓二色譜峰僅在波長270 nm時峰強度稍微有所增加。因此,α-syn-GFP對Kozak序列的作用不明顯。對CAAT-box及增強子樣序列而言,αsyn-GFP蛋白的加入亦未對其色譜峰產(chǎn)生明顯影響,而α-syn-GFP蛋白的加入?yún)s導(dǎo)致GC-box樣序列的色譜峰發(fā)生強烈的變化,表現(xiàn)為波長270 nm處峰強度明顯增加,推測可能是α-syn-GFP與CAAT-box樣序列發(fā)生了特異作用,從而導(dǎo)致GC-box樣序列結(jié)構(gòu)發(fā)生明顯變化的結(jié)果。
綜上所述,α-syn轉(zhuǎn)位進入細胞核后可能通過作用于GC-box樣序列,參與細胞核內(nèi)的基因表達調(diào)控,從而發(fā)揮生理或病理作用。
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