張建云,許文博,劉升學(xué),黃家風(fēng)
(1石河子大學(xué)農(nóng)學(xué)院/新疆綠洲農(nóng)業(yè)病蟲害治理與植保資源利用自治區(qū)普通高校重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,石河子832003;2大連市農(nóng)業(yè)科學(xué)研究院,大連116036)
蠶豆病毒屬(Fabavirus)病毒由多種蚜蟲以非持久性方式傳播,具有廣泛的寄主范圍,對(duì)許多經(jīng)濟(jì)重要的農(nóng)作物及園藝植物造成嚴(yán)重危害[1]。病毒粒體球形,由大、小2種衣殼蛋白組成;基因組由兩條正單鏈 RNA 分子-RNA1(6.0kb)和 RNA2(3.6 kb)組成,采用多聚蛋白翻譯策略。由RNA1編碼的1個(gè)多聚蛋白被進(jìn)一步加工形成5個(gè)功能蛋白,即輔助因子(Co-Pro)、解旋酶(Hel)、蛋白酶(Pro)、基因連鎖蛋白(VPg)和依賴于RNA的RNA聚合酶(Pol)。由RNA2編碼的1個(gè)多聚蛋白被進(jìn)一步加工形成3個(gè)功能蛋白,即運(yùn)動(dòng)蛋白(MP)和2個(gè)衣殼蛋白(LCP和SCP)[2]。
目前認(rèn)為,該屬有4個(gè)種,即蠶豆萎蔫病毒1(Broad bean wilt virus 1,BBWV1)、蠶豆萎蔫病毒2(Broad bean wilt virus 2,BBWV2)、野芝麻輕花葉病毒(Lamium mild mosaic virus,LMMV)和龍膽花葉病毒(Gentian mosaic virus,GeMV)[3]。而曾經(jīng)報(bào)導(dǎo)的廣藿香輕花葉病毒(Patchouli mild mosaic virus,Pat-MMV)和薇甘菊花葉病毒(mikania micrantha mosaic virus,MMMV)在第9次國(guó)際病毒分類委員會(huì)的報(bào)告中將其分別列為BBWV2的1個(gè)株系和GeMV的1個(gè)分離物[2]。與Comoviridae科內(nèi)豇豆花葉病毒屬(Comovirus)和蠕傳病毒屬(Nepovirus)相比,F(xiàn)abaviruses分子生物學(xué)的研究起步很晚,直到1998年末,日本學(xué)者才報(bào)道了BBWV2日本分離物的基因組全序列[4]。國(guó)內(nèi)戚益軍等[5]于2000年首次獲得BBWV2中國(guó)分離物的基因組全序列,目前已有越來(lái)越多的BBWV1和BBWV2被克隆和測(cè)序。BBWV1和BBWV2除了基因組序列有差異,其抗原表位分屬不同的血清型[6]。從發(fā)生分布來(lái)看,BBWV1主要分布于歐洲、美洲等,對(duì)辣椒、蠶豆、菠菜等造成危害。BBWV2主要分布于東亞,侵染辣椒、蠶豆及一些中草藥[1,7],在我國(guó)迄今尚未分離到BBWV1。
加工番茄是新疆重要的經(jīng)濟(jì)作物,但是病毒病的發(fā)生與危害一直是影響其產(chǎn)量的重要因素。隨著農(nóng)產(chǎn)品貿(mào)易的增強(qiáng)、耕作制度的改變和傳毒介體的多樣化,田間病毒癥狀及發(fā)生危害日趨復(fù)雜,已有多種病毒被鑒定出來(lái),如黃瓜花葉病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)、番茄花葉病毒(Tomato mosaic virus,ToMV)、馬鈴薯 Y 病毒(Potato virus Y,PVY)、馬鈴薯 M 病毒(Potato virus M,PVM)、中國(guó)番茄黃化曲葉病毒(Tomato yellow leaf curl Chi-na virus,TYLCCNV),其中CMV和ToMV通常以復(fù)合侵染的方式在田間造成危害[8-11]。
本研究通過(guò)RT-PCR、克隆和測(cè)序?qū)μ镩g病株上發(fā)生的BBWV2進(jìn)行了分子鑒定,并通過(guò)ELISA對(duì)田間病株的發(fā)生情況進(jìn)行了調(diào)查,旨在為該病害防治提供依據(jù)。
1.1.1病毒來(lái)源
用于病毒種類分子鑒定的23個(gè)田間病株于2009年采自石河子大學(xué)農(nóng)學(xué)院試驗(yàn)站晚播加工番茄;用于ELISA檢測(cè)的田間病株于2010-2011年采自石河子大學(xué)農(nóng)學(xué)院試驗(yàn)站和石河子蔬菜所。
1.1.2供試抗血清
BBWV2的單克隆抗體由浙江大學(xué)生物技術(shù)研究所周雪平教授惠贈(zèng)。
辣根過(guò)氧化物酶標(biāo)記山羊抗小鼠IgG購(gòu)自北京博奧森生物技術(shù)有限公司。
酶標(biāo)板(costar 3590)購(gòu)自美國(guó)Corning公司,酶標(biāo)儀為日本BIO-RAD Model 550型。
1.2.1總RNA提取
參照改良的LiCl方法[12]提取加工番茄病株總RNA。
1.2.2 RT-PCR擴(kuò)增、克隆和序列測(cè)定
1)以病株的總RNA作為模板,用蠶豆病毒屬(Fabavirus)的兼并引物 Fab5′R1F和Fab5′R1R[13]對(duì)病株總RNA進(jìn)行RT-PCR,選取代表病株P(guān)CR產(chǎn)物進(jìn)行克隆、測(cè)序。
2)根據(jù)已測(cè)序列及GenBank中登錄的BBWV2的RNA1序列保守區(qū)設(shè)計(jì)了3對(duì)引物對(duì)XJ14-1基因組RNA1進(jìn)行分段RT-PCR。
3)根據(jù)基因庫(kù)中已登陸B(tài)BWV2的RNA2核苷酸序列設(shè)計(jì)了1對(duì)引物R2F-1F和R2F-1R,對(duì)基因組RNA2部分序列進(jìn)行RT-PCR。
4)將PCR產(chǎn)物分別克隆到載體pMD18-T vector(TaKaRa,Japan)上,選擇PCR和酶切鑒定均為陽(yáng)性的克隆。
委托上海生工生物工程技術(shù)服務(wù)有限公司測(cè)序。所用引物序列見表1。
表1 用于擴(kuò)增BBWV2基因組RNA1和RNA2的引物Tab.1 Primers used for amplifying of RNA1and RNA2of BBWV2
1.2.3序列分析
測(cè)序結(jié)果提交NCBI進(jìn)行BLAST檢索。
利用軟件DNAStar 5.02和DNAMAN Version 5.2.2進(jìn)行序列分析。
多序列比較采用DNAStar clustal W方法,系統(tǒng)進(jìn)化樹使用 MEGA5.0(Amazon Inc.Masatoshi Nei and Sudhir Kumar,USA)程序進(jìn)行構(gòu)建。
1.2.4抗原制備
將田間采集的病株葉片在研缽中磨碎,用0.1 mol/L磷酸緩沖液 (pH 7.5)按1∶10的比例稀釋,4000r/min離心5min,吸取上清液備用;同時(shí)以加工番茄健康葉片提取液作陰性對(duì)照。
1.2.5 ELISA檢測(cè)
采用間接ELISA方法,用稀釋的待測(cè)抗原包被微量反應(yīng)板16-18h,封閉后,加適量稀釋的已知單克隆抗體,反應(yīng)后再加適當(dāng)濃度的酶標(biāo)抗體,經(jīng)TMB底物反應(yīng)顯色,加2mol/L硫酸終止。然后在BIORAD Model 550型酶標(biāo)儀上,于490nm處,以空白對(duì)照孔調(diào)零后測(cè)各孔OD值,以P/N>2.1作為陽(yáng)性判斷標(biāo)準(zhǔn)(P為待測(cè)樣品OD值,N為陰性對(duì)照OD值)。每個(gè)樣品設(shè)3次重復(fù)。
用蠶豆病毒屬(Fabavirus)的兼并引物Fab5′R1F和Fab5′R1R對(duì)23個(gè)病株進(jìn)行RT-PCR擴(kuò)增,結(jié)果顯示,19個(gè)病株擴(kuò)增到預(yù)期大小的約400bp的DNA片段(圖1)。
選取其中 XJ7-5、XJ7-6、XJ7-9和 XJ14-1的PCR產(chǎn)物分別回收、克隆和序列測(cè)定,得到目標(biāo)片段的核苷酸(nucleotide,nt)序列分別為391、390、392和390 nt;4個(gè)序列之間的同源性為95.1%~98.2%。
基因庫(kù)(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)檢索結(jié)果表明,4個(gè)序列均與蠶豆萎蔫病毒2(BBWV-2)基因組RNA1組分5′末端第11位核苷酸開始的390~392 nt序列同源性最高,說(shuō)明經(jīng)RT-PCR檢測(cè),具有大小約400bp片段的田間病株均被BBWV2侵染。
圖1 感病加工番茄樣品蠶豆病毒屬病毒的RT-PCR檢測(cè)Fig.1 RT-PCR amplification of Fabavirus from processing tomato samples showing viral symptom
為了更多了解侵染加工番茄的BBWV2的基因組信息,根據(jù)上述檢測(cè)結(jié)果,選取病株XJ14-1,對(duì)其病毒分離物基因組RNA1和RNA2進(jìn)行克隆與測(cè)序。首先對(duì)基因庫(kù)中已登陸B(tài)BWV2的RNA1核苷酸序列進(jìn)行比對(duì),設(shè)計(jì)了3對(duì)引物對(duì)基因組RNA1進(jìn)行分段擴(kuò)增(表1),結(jié)果如圖2所示。
圖2顯示:利用R1F-1F和R1F-1R引物擴(kuò)增到約1.2kb的特異性片斷;用 R1F-31F和 R1F-31R引物擴(kuò)增到約1.5kb的特異性片斷;用R1F-32F和R1F-32R引物擴(kuò)增到約1.7kb的特異性片斷。
將各目標(biāo)片段克隆、測(cè)序,得到核苷酸序列分別為1185、1517、765nt(該片段部分序列未被測(cè)出),再將這3個(gè)序列與之前測(cè)得的390nt拼接,獲得基因組RNA1組分5′末端第11位核苷酸開始的的3659個(gè)核苷酸。再將該序列與基因庫(kù)中已登陸的BBWV2的RNA1進(jìn)行序列比對(duì),結(jié)果見表2。
由表2可知:它與韓國(guó)RP3分離物的同源性最高,達(dá)到94%,與其它BBWV2的同源性在76.6%~89.7%,與BBWV1的RNA1的同源性僅為54.1%。
根據(jù)基因庫(kù)中已登陸B(tài)BWV2的RNA2核苷酸序列設(shè)計(jì)了1對(duì)引物R2F-1F和R2F-1R對(duì)基因組RNA2部分序列進(jìn)行了RT-PCR、克隆和測(cè)序,獲得1300nts的核苷酸序列結(jié)果見圖3。將該序列與基因庫(kù)中已登陸的BBWV2的RNA2進(jìn)行序列比對(duì),結(jié)果見表2。
由表2可知:該序列與韓國(guó)K分離物的同源性最高,達(dá)到94%,而與韓國(guó)RP3分離物的同源性為83.4%,與其它BBWV2的同源性為76.6%~86.3%,與BBWV1的RNA2的同源性很低,僅為48%。
表2 病毒分離物XJ14-1與其它蠶豆萎蔫病毒核苷酸序列相似性比較Tab.2 Comparison of nucleotide sequence identities of RNA1and RNA2between XJ14-1and other Fabavirus
圖2 XJ14-1基因組RNA1的分段擴(kuò)增Fig.2 Amplification of the XJ14-1genome segment RNA1
在明確加工番茄可被BBWV2侵染的基礎(chǔ)上,利用BBWV2的單克隆抗體對(duì)田間采集的不同品種(品系)加工番茄病株進(jìn)行了ELISA檢測(cè),結(jié)果見表3。
表3顯示,20個(gè)品種都能檢測(cè)到BBWV2,陽(yáng)性率為20%~100%。257個(gè)供試病株,有137個(gè)病株檢測(cè)到BBWV2,總陽(yáng)性率為53.3%。由此說(shuō)明,田間病株帶毒率達(dá)到53.3%,并且供試20品種(品系)都可被BBWV2侵染。
圖3 XJ14-1基因組RNA2的分段擴(kuò)增Fig.3 Amplification of the XJ14-1genome segment RNA2
表3 田間病株BBWV2的ELISA檢測(cè)結(jié)果Tab.3 Detection of field samples showing viral symptom by ELISA
續(xù)表3
1)有關(guān)蠶豆萎蔫病毒在新疆的最早危害始于1994年,由周俊等研究[14],他們從表現(xiàn)斑駁的番茄病株上分離到1種球狀病毒,通過(guò)對(duì)病毒的癥狀特征、寄主范圍、衣殼蛋白氨基酸組成等初步判斷該病毒為蠶豆萎蔫病毒(BBWV),卻不能明確病毒種類是BBWV1還是BBWV2。蠶豆病毒屬(Fabavirus)的兼并引物既能作為檢測(cè)引物從病株上檢測(cè)該屬病毒,又能通過(guò)RT-PCR擴(kuò)增的片段大小有效區(qū)分該屬3種病毒(BBWV1、BBWV2和 GeMV)[13]。
本研究利用該對(duì)引物通過(guò)RT-PCR從23個(gè)加工番茄病株上檢測(cè)出19株被病毒侵染,然后通過(guò)對(duì)其中1個(gè)病毒分離物XJ14-1的基因組RNA1和RNA2進(jìn)行測(cè)序及序列比對(duì),結(jié)果表明XJ14-1的基因組與GenBank中登錄的BBWV2都具有高的序列同源性,而與BBWV1的同源性卻很低,因此從分子水平明確新疆加工番茄受到BBWV2的侵染。
2)利用BBWV2的單克隆抗體對(duì)田間不同品種(品系)加工番茄病株進(jìn)行ELISA檢測(cè),結(jié)果顯示:田間病株帶毒率達(dá)53.3%,且供試20品種(品系)都可被BBWV2侵染;所得數(shù)據(jù)表明,BBWV2在田間發(fā)生普遍,是危害新疆加工番茄的主要病毒之一。
由于BBWV2寄主分布很廣,我國(guó)已先后在多種豆科植物及百脈草、紫云英、辣椒等多種植物上發(fā)現(xiàn)有該病毒侵染[15]。這些寄主有的是BBWV2的越冬寄主,有的是橋梁寄主,它們?yōu)椴《局芏鴱?fù)始的循環(huán)危害提供了場(chǎng)所及棲息地。因此,對(duì)該病毒在新疆的發(fā)生情況還需進(jìn)行更廣泛的調(diào)查分析。
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