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DNA雙螺旋模型的建構(gòu)

2013-04-29 00:44丁征
中學(xué)生物學(xué) 2013年8期
關(guān)鍵詞:脫氧核苷雙螺旋堿基

丁征

引導(dǎo)學(xué)生嘗試建構(gòu)“DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)模型”已成為高中生物必修2“DNA分子結(jié)構(gòu)”教學(xué)中常用的手段。課堂上學(xué)生通過制作物理模型,再現(xiàn)難以直接觀察到的DNA分子結(jié)構(gòu),對(duì)DNA為雙螺旋結(jié)構(gòu)的概念進(jìn)行具體化,從而加深對(duì)DNA分子結(jié)構(gòu)特點(diǎn)的認(rèn)識(shí)和理解。

學(xué)生在課堂上常用“DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)模型組件”來完成DNA分子模型的建構(gòu)。從模擬制作的角度看,這是非常好的學(xué)具,因?yàn)閷W(xué)生親自制作DNA的立體模型,有助于在現(xiàn)有的實(shí)驗(yàn)條件下讓DNA分子變“微觀”為“宏觀”,從而更好地完成知識(shí)體系的構(gòu)建。但由于模型組件中代表脫氧核糖、磷酸、含氮堿基的模型材料、相應(yīng)的共價(jià)鍵以及不同共價(jià)鍵插入位置的洞口粗細(xì)大小都匹配得非常到位,讓組裝不會(huì)出現(xiàn)“差錯(cuò)”。這在無形中限制了學(xué)生的“猜想”,因?yàn)槌霈F(xiàn)不了問題,學(xué)生也就不能體會(huì)科學(xué)家們當(dāng)時(shí)建立、修正模型的過程。因此DNA的模型構(gòu)建,更建議教師用自制材料做成DNA的6種構(gòu)成分子,即脫氧核糖、磷酸、4種含氮堿基,讓學(xué)生擺脫課本的束縛,充分構(gòu)想,甚至是出現(xiàn)錯(cuò)誤猜想,從而強(qiáng)化體驗(yàn)?zāi)P蜆?gòu)建的過程。

1 創(chuàng)新材料選擇

課前布置學(xué)生根據(jù)教材中“制作DNA雙螺旋的結(jié)構(gòu)模型”活動(dòng)要求,尋找生活中能制作DNA模型的材料,并準(zhǔn)備10份構(gòu)成脫氧核苷酸的材料。學(xué)生有許多新穎的想法,尋找的制作材料也豐富多彩,歸納如下。

代替脫氧核糖、磷酸、堿基的材料:彩色紙板、塑料片、吹塑紙、橡皮泥、軟糖。代替氫鍵的連接物:訂書針、曲別針、牙簽、棉簽棒、塑料吸管、廢棄的筆芯。代替DNA分子骨架的連接物:粗細(xì)適當(dāng)?shù)蔫F絲、塑料軟管(打吊針的醫(yī)用軟管)、棉繩。取一種小人形的軟糖果,用刀分開,模擬相互配對(duì)的堿基(A—T);另取一種顏色小人形軟糖果,模擬另一對(duì)相互配對(duì)的堿基(G—C);分開的“堿基”用牙簽做氫鍵連接,再把堿基對(duì)穿在兩條黑色帶狀軟糖做的骨架上;然后手提模型,進(jìn)行螺旋。一個(gè)造型簡(jiǎn)單、直觀的DNA分子雙螺旋結(jié)構(gòu)模型就成功了。

市場(chǎng)上軟糖的種類很多,果汁糖、橡皮糖、QQ糖等,形狀和顏色都很豐富,軟糖也便于插入牙簽這樣的共價(jià)鍵,不失為一種富有創(chuàng)意的材料。

注意代替DNA分子骨架的連接物的用途有2個(gè):如果是制作簡(jiǎn)易DNA結(jié)構(gòu)模型,用它代替磷酸和脫氧核糖交替排列的基本骨架;如果是復(fù)雜的DNA結(jié)構(gòu)模型,一定要向?qū)W生強(qiáng)調(diào),它不是構(gòu)成DNA分子的真實(shí)存在的結(jié)構(gòu),僅是起到對(duì)骨架加固的作用,能幫助最后完成模型的螺旋化。

2 明確構(gòu)建思路

物理模型是依照類似原理,將真實(shí)事物依照一定比例縮小或者放大成為模型,其最顯著特點(diǎn)是形象直觀。建構(gòu)物理模型的前提是以客觀事實(shí)為依據(jù),在建構(gòu)模型前需要通過觀察、統(tǒng)計(jì)、實(shí)驗(yàn)、查閱研究史料等方法掌握模型對(duì)象的特征,尋找合適的模型展示方式,選擇恰當(dāng)?shù)哪P徒?gòu)材料。在建構(gòu)過程中,遵循先大后小、先簡(jiǎn)后繁的原則,由表及里、先框架后細(xì)節(jié)進(jìn)行逐步構(gòu)建。初步建構(gòu)完模型后,還需要進(jìn)一步審查模型的科學(xué)性和美觀性,并在此基礎(chǔ)上進(jìn)一步修改完善,從而力求客觀真實(shí)反映認(rèn)識(shí)對(duì)象的特征。學(xué)生在構(gòu)建DNA結(jié)構(gòu)模型前根據(jù)必修1所學(xué)內(nèi)容,理清DNA分子的結(jié)構(gòu)層次,即脫氧核苷酸→相互連接→多核苷酸單鏈→雙鏈平面結(jié)構(gòu)→雙螺旋空間結(jié)構(gòu),從而明確建構(gòu)的步驟。

3 嘗試模型構(gòu)建

DNA結(jié)構(gòu)的發(fā)現(xiàn)是科學(xué)史上最具傳奇性的“章節(jié)”之一,發(fā)現(xiàn)它的方法是物理模型建構(gòu)法,說得直白點(diǎn),就像小孩子拼圖游戲一樣,而在這場(chǎng)“拼湊”中表現(xiàn)最出色的是沃森和克里克。因此,在整個(gè)動(dòng)手過程中,教師要充分讓學(xué)生自己組裝,自己發(fā)現(xiàn),自己修正,在觀察、討論、合作、比較、交流中相互啟迪,自主完成模型建構(gòu)。

3.1 基本單位的構(gòu)建

DNA的基本單位是脫氧核苷酸,大多數(shù)情況下,用五邊形材料代替脫氧核糖,學(xué)生按照模式圖能夠拼出基本單位,但往往會(huì)用“直線”把磷酸和五邊形連接起來,這是有悖事實(shí)的,學(xué)生并不理解教材上連接脫氧核糖和磷酸的為什么是“折線”。這是因?yàn)閷W(xué)生在認(rèn)識(shí)上有一個(gè)誤區(qū),即五邊形的五個(gè)頂點(diǎn)就代表五個(gè)碳原子,觀察其分子式(圖1A),五邊型的頂點(diǎn)是氧原子,其他四個(gè)頂點(diǎn)為碳原子(從右側(cè)順時(shí)針依次是1、2、3、4號(hào)位碳原子),而第5號(hào)位碳原子不在五邊形上,是通過化學(xué)鍵與4號(hào)位碳原子相連的。因此僅用五邊形不能準(zhǔn)確代表脫氧核糖,建議學(xué)生在五邊形的4號(hào)碳原子處延伸出一個(gè)短支(圖1B),這樣就可以按照脫氧核苷酸的分子式(圖1C)準(zhǔn)確構(gòu)建出脫氧核苷酸的模型(圖1D)。學(xué)生要依次構(gòu)建出4種脫氧核苷酸,可以用不同的顏色或形狀以示區(qū)別。

3.2 單鏈結(jié)構(gòu)的構(gòu)建

如何連接兩個(gè)脫氧核苷酸?教師向?qū)W生提供史實(shí):1951年11月,富蘭克林通過數(shù)據(jù)計(jì)算知道,是一個(gè)脫氧核苷酸的脫氧核糖和另一脫氧核苷酸的磷酸之間發(fā)生連接。學(xué)生依據(jù)資料,根據(jù)化學(xué)知識(shí),可以推出磷酸和脫氧核糖上的碳原子相連,很快排除了圖2中第一種連接方式。學(xué)生“拼湊”出如圖2所示的幾種方式。

這時(shí)教師提供化學(xué)分析結(jié)果:一分子脫氧核苷酸的3號(hào)碳原子與另一分子脫氧核苷酸的5號(hào)碳原子端的磷酸基團(tuán)之間通過脫水縮合形成磷酸二酯鍵,由磷酸二酯鍵將脫氧核苷酸連接成鏈。磷酸二酯鍵的概念在選修3基因工程中就要學(xué)到,教師此時(shí)用資料提及先埋下伏筆。

學(xué)生依據(jù)資料準(zhǔn)確判斷出圖2中第4種是正確的連接方式,并修正連接部位,從而準(zhǔn)確構(gòu)建單鏈結(jié)構(gòu)。在此基礎(chǔ)上連接一條由10個(gè)脫氧核苷酸構(gòu)成的單鏈備用。

3.3 平面結(jié)構(gòu)的構(gòu)建

DNA分子雙鏈平面結(jié)構(gòu)的構(gòu)建是關(guān)鍵。構(gòu)建應(yīng)基于當(dāng)時(shí)的科學(xué)背景,借助物理、化學(xué)等學(xué)科研究的成果,運(yùn)用數(shù)學(xué)的思維方式進(jìn)行分析判斷,從而體驗(yàn)建模過程。

DNA究竟有幾條鏈?這時(shí)教師向?qū)W生提供史實(shí):(1) 沃森和克里克構(gòu)建DNA分子結(jié)構(gòu)模型的工作始于1951年秋,緣于同年2月富蘭克琳拍攝的一張非常精美的DNA的X光衍射照片。一直對(duì)DNA有濃厚興趣的沃森看到這張圖片時(shí),激動(dòng)得話也說不出來,根據(jù)此圖他斷定DNA的結(jié)構(gòu)是一個(gè)螺旋體。(2) 威爾金斯發(fā)現(xiàn)DNA分子的直徑比單獨(dú)一條多核苷酸鏈的直徑要大,所以沃森認(rèn)為DNA分子可能是一種雙鏈結(jié)構(gòu),因?yàn)樽匀唤缰械氖挛?,很多是成雙成對(duì)的,細(xì)胞中的染色體也是成對(duì)的。(3) 對(duì)于DNA模型是單鏈、雙鏈、3條鏈和4條鏈的推測(cè)都有。經(jīng)過顯微鏡測(cè)定DNA直徑,2條鏈、3條鏈的直徑都是2 nm,與實(shí)際測(cè)定相符。用3條鏈的DNA模型推測(cè)DNA含水量只是實(shí)際測(cè)得含水量的1/10。

閱讀史實(shí),學(xué)生體會(huì)到沃森對(duì)科學(xué)研究成果的敏銳性,這是一種科學(xué)素養(yǎng)。從資料中提取加工信息,學(xué)生明確DNA為雙鏈螺旋結(jié)構(gòu)。接下來學(xué)生要對(duì)DNA雙鏈結(jié)構(gòu)的排列方式進(jìn)行推想,完成初步構(gòu)建。因?yàn)槊總€(gè)學(xué)生都已完成了10個(gè)脫氧核苷酸組成的單鏈,所以同座位兩人間可以相互配合完成構(gòu)建。按照排列組合的方式思維,會(huì)出現(xiàn)三類構(gòu)想:第一類兩條鏈完全一樣平行排列(圖3A);第二類以脫氧核糖和磷酸交替排列為基本骨架,堿基排在外側(cè)(圖3B);第三類以脫氧核糖和磷酸交替排列為基本骨架,堿基排在內(nèi)部(圖3C)。每種類型構(gòu)成DNA的兩條鏈都有“同正”和“一正一反”兩種情況。

學(xué)生把不同的組合方式向全班展示。究竟哪一種方案正確?這時(shí)教師提供資料:堿基疏水,脫氧核糖和磷酸親水,而DNA在細(xì)胞內(nèi)始終處于一個(gè)水環(huán)境中。學(xué)生獲取信息,很快淘汰掉第一、二種類型,但是第三種類型有兩種組合方式,究竟哪個(gè)對(duì)?教師接著出示沃森和克里克當(dāng)年的構(gòu)想:脫氧核糖和磷酸排在外側(cè),同種堿基對(duì)排在內(nèi)側(cè),那么這種構(gòu)想與事實(shí)究竟有多大偏差?

提供資料:(1) DNA的2條長(zhǎng)鏈之間的距離恒等于2 nm,即DNA的直徑為2 nm。(2) 如圖4所示4種堿基的分子式。

學(xué)生發(fā)現(xiàn):嘌呤堿基A和G是雙環(huán)化合物,而嘧啶堿基T和C是單環(huán)化合物,只有嘌呤堿基與嘧啶堿基配對(duì),即雙環(huán)和單環(huán)之間彼此配對(duì),才能保證兩條長(zhǎng)鏈之間的距離恒定,由此發(fā)現(xiàn)了沃森和克里克當(dāng)年構(gòu)想的模型存在的問題,即內(nèi)側(cè)不可能是同種堿基對(duì)。

此時(shí)教師再拋出問題:嘌呤堿基與嘧啶堿基是隨意配對(duì)的嗎?DNA分子的兩條鏈獨(dú)立嗎?含氮堿基之間靠什么連接?

提供資料:沃森和克里克從奧地利著名生物化學(xué)家查戈夫發(fā)現(xiàn)的信息中得知,在DNA分子中,A=T,G=C,且含氮堿基之間通過氫鍵相互連接。他們后來又請(qǐng)數(shù)學(xué)家格里菲斯計(jì)算出DNA分子中,A吸引T,G吸引C,從而得出A和T配對(duì),G和C配對(duì),這就是堿基互補(bǔ)配對(duì)原則。

至此,DNA模型已經(jīng)浮現(xiàn),但對(duì)于兩條鏈?zhǔn)峭蜻€是一正一反排列的,仍不能確定。這時(shí)教師復(fù)原當(dāng)時(shí)的研究場(chǎng)景:1952年2月28日,沃森用紙板做成4種堿基的模型,將紙板粘到骨架上朝向中心配對(duì),克里克馬上指出,只有兩條單鏈的走向相反才能使堿基完善配對(duì),這正好與X光衍射資料一致。

這時(shí)學(xué)生迫不及待地動(dòng)手修正自己的模型。由于每位學(xué)生制作的4種脫氧核苷酸數(shù)量是隨機(jī)的,制作單鏈時(shí),堿基排列順序也是隨機(jī)的,因此兩個(gè)學(xué)生要互相配合,以一條單鏈為基準(zhǔn),更換另一條鏈上不能配對(duì)的堿基,從而完成平面結(jié)構(gòu)的建構(gòu)。

3.4 空間結(jié)構(gòu)的構(gòu)建

有了平面結(jié)構(gòu)模型,空間結(jié)構(gòu)的構(gòu)建已水到渠成。由于每個(gè)學(xué)生只完成了10個(gè)脫氧核苷酸構(gòu)成的單鏈,較短,不易完成螺旋,這就要求四人小組合作,把剛才制作的兩段DNA雙鏈平面模型拼接起來,再嘗試螺旋過程。

在建構(gòu)時(shí)學(xué)生會(huì)出現(xiàn)向右螺旋和向左螺旋兩種情況。對(duì)于這兩種構(gòu)建,教師向?qū)W生提供資料:1953年沃森和克里克提出著名的DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)模型,他們構(gòu)造出一個(gè)右手性的雙螺旋結(jié)構(gòu)。當(dāng)堿基排列呈現(xiàn)這種結(jié)構(gòu)時(shí)分子能量處于最低狀態(tài)。雖然多數(shù)DNA分子是右手性的,但1979年Rich提出一種局部上具有左手性的Z-DNA結(jié)構(gòu)。

這時(shí)教師出示DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)模型,介紹DNA分子是向右逆時(shí)針方向上升螺旋的結(jié)構(gòu),指導(dǎo)學(xué)生兩手分別抓住DNA平面雙鏈模型的兩端,垂直放置,然后按逆時(shí)針方向緩緩旋轉(zhuǎn),一個(gè)規(guī)則的DNA雙鏈結(jié)構(gòu)模型就呈現(xiàn)在眼前了。

3.5 精致化結(jié)構(gòu)模型

模型構(gòu)建完成,一定要在全班進(jìn)行展示與交流,教師要注意表揚(yáng)學(xué)生的活動(dòng)成果,也要讓學(xué)生進(jìn)一步審查模型的科學(xué)性和美觀性,并提出進(jìn)一步修改完善的方案。如,有的學(xué)生提出根據(jù)堿基的分子式,制作的堿基模型A和G應(yīng)該比T和C要大一些;有的學(xué)生提出A—T、G—C堿基對(duì)之間的氫鍵數(shù)目要具體表示出來;還有的學(xué)生根據(jù)螺旋一周就是一個(gè)螺距,每個(gè)螺距長(zhǎng)度約3.4 nm,相鄰兩對(duì)堿基間的距離為0.34 nm,計(jì)算出模型的每個(gè)螺旋應(yīng)該有10個(gè)脫氧核苷酸對(duì);根據(jù)DNA直徑為2 nm,提出模型的寬度和長(zhǎng)度應(yīng)符合比例。學(xué)生對(duì)細(xì)節(jié)的打磨使得模型越來越接近真實(shí),而這樣的一種精致化過程又奠定了對(duì)DNA結(jié)構(gòu)的理解。

4 充分研究模型

在教學(xué)過程中通過模型建構(gòu)與展示,不僅有利于加深學(xué)生對(duì)所學(xué)知識(shí)的記憶、理解,也能引導(dǎo)學(xué)生進(jìn)行發(fā)散思維,提高其探究能力,使其領(lǐng)悟科學(xué)研究的基本方法。

最后教師要匯聚全班的力量,讓學(xué)生觀察不同小組制作的DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)模型,找出其中的共同點(diǎn)和差異,從而歸納得出DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定性、多樣性、特異性的特點(diǎn)。

5 結(jié)語

模型構(gòu)建已成為新課程下高中生物教與學(xué)的內(nèi)容之一,是學(xué)生理解和掌握生物學(xué)知識(shí)的有效工具。高中學(xué)生構(gòu)建模型均以清晰的背景知識(shí)為基礎(chǔ),構(gòu)建模型的過程是思維與行為的統(tǒng)一,在構(gòu)建活動(dòng)中實(shí)現(xiàn)主體的體驗(yàn)、思考和創(chuàng)造,實(shí)現(xiàn)對(duì)知識(shí)架構(gòu)的理解和把握。模型構(gòu)建作為自然科學(xué)研究中一種常用的方法,本身構(gòu)建的過程就是科學(xué)家不斷探索,不斷創(chuàng)新,不斷修正錯(cuò)誤的過程,而這種科學(xué)研究的方法更是學(xué)生需要在學(xué)習(xí)過程中領(lǐng)悟的。學(xué)生通過模型建構(gòu)培養(yǎng)透過現(xiàn)象揭示本質(zhì)的洞察能力,培養(yǎng)簡(jiǎn)約、嚴(yán)密的思維品質(zhì),而這正是生物教學(xué)回歸理科并凸顯理科思維特點(diǎn)的要求。

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