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猴痘病毒PCR檢測方法的建立

2011-11-18 06:29陳國強張敬友唐泰山
中國動物檢疫 2011年8期
關(guān)鍵詞:痘病毒質(zhì)粒特異性

張 睿,陳國強,張敬友,朱 娜,蔣 原,姜 焱,唐泰山

(江蘇出入境檢驗檢疫局,江蘇南京 210001)

1958年,人們就已在實驗獼猴中發(fā)現(xiàn)猴痘病毒[1]。自1970年首次報導(dǎo)扎伊爾地區(qū)出現(xiàn)人的猴痘病例以后,非洲中西部雨林國家都有零星病例發(fā)生[2],特別是1996年2月至1997年10月在剛果發(fā)生了有史以來的最大的一次疫情暴發(fā),確診病例達(dá)511人[3-4],2003年5月美國威斯康星州報導(dǎo)有猴痘病例的發(fā)生[5-6],至此猴痘引起了人們的高度關(guān)注。

猴痘是動物傳播的一種以皮膚出疹為特征的熱性病毒性疾病,通過直接密切接觸,可由動物傳染給人,并可在人與人之間傳染,屬人畜共患傳染病。猴痘病毒檢測方法有血清學(xué)方法,但猴痘病毒與痘病毒之間存在抗原交叉,特異性不夠,不能準(zhǔn)確檢測猴痘病毒,此外還有病原分離方法,但檢測周期太長,且猴痘病毒被分類為生物安全Ⅲ級生物因子,對實驗室生物安全要求極高。因此,兩種方法在實際應(yīng)用中存在一定的局限性。利用PCR方法對猴痘病毒核酸進(jìn)行檢測,靈敏度高,快速僅需幾小時即可得到結(jié)果,國外也已有相關(guān)報導(dǎo)[7-10],但國內(nèi)就此方面的報道還為數(shù)不多。本試驗旨在建立更敏感和特異的猴痘病毒PCR檢測方法。

1 材料與方法

1.1 材料

猴痘陽性模板為人工合成的MPV(AF380138)F3L基因片段(48 048~48 509 bp),插入質(zhì)粒pUC57,由南京生興生物技術(shù)公司合成。小鼠出血熱病毒、小鼠淋巴細(xì)胞脈絡(luò)叢腦膜炎病毒、鼠痘病毒、鼠仙臺病毒、鼠肝炎病毒、鼠肺炎病毒、呼腸孤病毒、腦脊髓炎病毒、多瘤病毒、細(xì)小病毒、猴皰疹病毒Ⅰ型、羊痘、雞痘、鴿痘等滅活病毒,購自中國藥品生物制品檢定所動物標(biāo)準(zhǔn)化室。

Taq酶、dNTP Mixture、溴化乙錠(EB)、Marker DL-2000、瓊脂糖等試劑均由Takara公司生產(chǎn);PCR凝膠回收試劑盒、HincⅡ限制性內(nèi)切酶購自大連Takara公司 。

1.2 引物設(shè)計

根據(jù)猴痘陽性模板的序列,利用primer 5.0軟件設(shè)計引物,由上海生工公司合成。合成的引物用雙蒸水稀釋至10 pmol/μL,-20℃保存?zhèn)溆谩U增目的片段為301 bp,引物序列如下。

上游引物:5'TTCCGTCAATGTCTACACAGGCA 3';

下游引物:5'TACAGTTCCGACGATACTCCTC C 3'。

1.3 DNA提取

取陰性對照滅活病毒200μL,加入400μL裂解液、600μL的酚/氯仿混合液混勻,4℃12 000 r/min離心3~5 min;取上清加入600μL的氯仿混勻,4℃12 000 r/min離心5 min;取上清;加入0.8倍體積的異丙醇混勻,4℃10 000 r/min離心10 min,盡量傾去上清液;加入70%乙醇洗滌,離心3~5 min,晾干后加入50μL TE溶解沉淀。

1.4 質(zhì)粒濃度的測定

取4μL提取的質(zhì)粒,加入96μL的蒸餾水對待測的樣品進(jìn)行稀釋,以蒸餾水作為空白,在波長260 nm處調(diào)節(jié)紫外分光光度計的讀數(shù)至零。加入質(zhì)粒的稀釋液,測定260 nm處的吸光值,記錄OD260的值通過計算確定濃度dsDNA=50×OD260×稀釋倍數(shù)(濃度單位為:mg/mL)。

1.5 PCR反應(yīng)

采用 20μL 的反應(yīng)體系:2μL 10×buffer、0.4μL的25 mmol/LMgCl2、0.2μLTaq DNA聚合酶、上下游引物各 0.4μL、0.4μL 2.5 mmol/L dNTP、模板 0.5μL,用雙蒸水補至20μL。PCR反應(yīng)程序:95℃預(yù)變性5 min后;95℃1 min,51℃1 min,72℃1 min共 35個循環(huán);最后72℃延伸10 min。取8μL擴增產(chǎn)物用1.5%瓊脂糖電泳觀察結(jié)果。

1.6 PCR產(chǎn)物鑒定及序列測定

根據(jù)設(shè)計的PCR擴增序列,利用premier 5.0軟件進(jìn)行酶切位點的分析,其中HincⅡ為單酶切位點,所以采用此酶進(jìn)行酶切分析。預(yù)期酶切成179 bp和122 bp 2個DNA片段。并同時將PCR產(chǎn)物送大連寶生物工程公司測序并用DNAstar軟件分析。

1.7 敏感性

取陽性模板質(zhì)粒4μL并按上面的實驗方法測出其質(zhì)粒濃度為59.3 ng/μL,并將陽性模板作10倍系列稀釋,按照上述的方法分別取各稀釋度的陽性模板,進(jìn)行PCR擴增,PCR產(chǎn)物經(jīng)瓊脂糖凝膠電泳,溴化乙錠染色檢測靈敏性。

1.8 特異性

按上述試驗方法提取雞痘等滅活病毒的DNA,在相同的條件下進(jìn)行PCR擴增,鑒定其特異性。

2 結(jié)果

2.1 PCR擴增

經(jīng)過對引物濃度、Mg2+濃度、退火溫度和時間進(jìn)行優(yōu)化后,用所設(shè)計的引物進(jìn)行PCR擴增,能擴增出與設(shè)計目的片段大小一致的特異性條帶(圖1)。

2.2 PCR產(chǎn)物酶切鑒定結(jié)果

用HincⅡ進(jìn)行酶切分析,得到與預(yù)期一致的179 bp和122 bp 2個DNA片段(圖2)。

2.3 敏感性

將陽性模板作10倍系列稀釋,分別取各稀釋度的陽性模板,進(jìn)行PCR擴增,PCR產(chǎn)物經(jīng)瓊脂糖凝膠電泳,溴化乙錠染色檢測靈敏性。結(jié)果表明PCR檢測方法可檢測的下限為0.3 pg(圖3)。

2.4 特異性

分別提取雞痘等滅活病毒的DNA,在相同條件下進(jìn)行PCR擴增,發(fā)現(xiàn)除猴痘模擬陽性模板出現(xiàn)特異性擴增條帶外,其它病毒均沒有擴增條帶(圖4)。

2.5 PCR產(chǎn)物測序結(jié)果

PCR擴增產(chǎn)物的測序結(jié)果與GenBank的F3L片段基因核苷酸序列完全一致,同源性達(dá)到100%。

3 討論

猴痘是一種以皮膚出疹為特征的病毒性疾病,雖然在我國至今尚無猴痘的報道,但未雨綢繆,做好技術(shù)儲備,很有必要。因此在我國發(fā)展一種快速特異的猴痘病毒感染的分子診斷方法,對預(yù)防和控制猴痘病毒的傳入有重要意義。限于我國尚無猴痘病毒的毒種,本實驗參照文獻(xiàn)[11-12]人工合成了含特異檢測猴痘病毒靶基因的F3L片段,并插入質(zhì)粒,作為猴痘病毒檢測的模擬陽性模板。

本文就針對F3L片段序列分別設(shè)計出特異性引物,建立了可對猴痘病毒進(jìn)行快速診斷與檢測的PCR方法。該方法具有快速、敏感的優(yōu)點,測序結(jié)果和酶切結(jié)果均證實了PCR反應(yīng)的特異性。在日常檢測中的應(yīng)用酶切試驗,可確保PCR檢測結(jié)果的特異性。該方法的建立將有助于猴痘病的快速檢測。

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