單小云,樓宏強(qiáng),胡 野,樓 景,屠平光,方 萍
并殖吸蟲(chóng)是重要的食源性人獸共患并殖吸蟲(chóng)病的病原體。全球已報(bào)告有50多種,我國(guó)報(bào)告的蟲(chóng)種多達(dá)29種,其中有些是同物異名,對(duì)于并殖吸蟲(chóng)蟲(chóng)種的獨(dú)立性長(zhǎng)期以來(lái)存在著較多爭(zhēng)議[1]。近些年國(guó)內(nèi)外學(xué)者從形態(tài)學(xué)、生活史、分子水平等方面探討我國(guó)不同地區(qū)的并殖吸蟲(chóng)的遺傳變異及分類,其中分子生物學(xué)技術(shù)的發(fā)展為并殖吸蟲(chóng)蟲(chóng)種分類研究提升到新的水平提供了條件。本研究采用簡(jiǎn)單重復(fù)序列錨定 PCR(simple sequence repeat-anchored PCR,SSR-PCR)對(duì)我國(guó)5個(gè)地區(qū)的并殖吸蟲(chóng)的遺傳變異進(jìn)行研究,并與常規(guī)PCR進(jìn)行比較,以了解并殖吸蟲(chóng)不同地域株的遺傳變異情況,為并殖吸蟲(chóng)的分子生物學(xué)技術(shù)分類提供依據(jù)。
1.1 標(biāo)本及其鏡下觀察 從浙江金華、永嘉,福建平和、政和、周寧的并殖吸蟲(chóng)病流行區(qū)采集淡水蟹,以雙篩水洗法分離到5地的溪蟹囊蚴。各地標(biāo)本隨機(jī)選取10個(gè)囊蚴于解剖鏡下進(jìn)行形態(tài)學(xué)觀察,測(cè)量囊蚴大小、內(nèi)外壁厚度,初步判斷并殖吸蟲(chóng)蟲(chóng)種。
1.2 囊蚴基因組DNA的提取 按照Promega公司基因組DNA提取試劑盒(Wizard SV Genomic DNA Purification System)使用說(shuō)明書(shū)提取成蟲(chóng)基因組DNA。
1.3 PCR擴(kuò)增
1.3.1 引物設(shè)計(jì)
1.3.1.1 SSR-PCR 引物設(shè)計(jì) 參照文獻(xiàn)[2-3]的方法,選用引物5’-(CA)8RY-3’,即5’-CACACACACACACACARY-3’,共18個(gè)堿基。
1.3.1.2 常規(guī)PCR引物設(shè)計(jì) 根據(jù)COI和ITS2基因序列[4],自行設(shè)計(jì)引物,COI基因引物序列為:上游5’-CCT GAT TTT GCC TGG GTT
TG-3’,下游5’-ACG ACG AAC CAC GTA TCA T-3’。ITS2基因引物序列為:上游5’-ATA TTG CGG CCA CGG GTT A-3’,下游5’-GGT ACT CAC GTC TGA TCC G-3’。
上述引物委托上海Invitrogen公司合成。
1.3.2 PCR反應(yīng)體系和條件
1.3.2.1 SSR-PCR擴(kuò)增反應(yīng)體系及條件 參照文獻(xiàn)[5-6]的方法,總反應(yīng)體系:DNA 模板2.5μL、10×PCR緩沖液2.5μL、dNTP混合物(2.5mmol/L)2 μL、Ex Taq酶(5U/μL)0.25μL、引物(10μmol/L)0.5μL,加ddH2O至25μL。PCR反應(yīng)條件為:95℃4min;94℃30s,54℃45s,72℃90s,共37個(gè)循環(huán);72℃7min。
1.3.2.2 常規(guī)PCR擴(kuò)增反應(yīng)體系及條件 COI反應(yīng)體系:模板DNA1μL,10×PCR緩沖液2.5μL,25mmol/L MgCl24μL,dNTP混合物(2.5mmol/L)2μL,上、下游引物(50pmol/μL)各0.25μL,Ex Taq酶(5U/μL)0.25μL,加ddH2O至25μL。反應(yīng)條件為:94℃5min;94℃30s,55℃30s,72℃30s,共35個(gè)循環(huán);72℃5min。ITS2基因反應(yīng)體系和擴(kuò)增反應(yīng)條件同COI基因。
1.3.3 結(jié)果分析
1.3.3.1 電泳檢測(cè) 用溴乙錠預(yù)染色的1.5%瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)PCR產(chǎn)物,用凝膠成像系統(tǒng)拍照并保存結(jié)果。
1.3.3.2 SSR-PCR條帶分析 根據(jù)SSR-PCR擴(kuò)增產(chǎn)物電泳結(jié)果,比較不同標(biāo)本的條帶,按Nei的方法[7]計(jì)算相似系數(shù)(Genetic Similary)和遺傳距離(Genetic Distance)。遺傳相似系統(tǒng) GS=2Nij/(Ni+Nj),其中Nij指材料i和材料j共同所有的片段數(shù),Ni+Nj指兩個(gè)材料中出現(xiàn)的片段數(shù)目之和。遺傳距離GD=1-GS。運(yùn)用SPSS 13.0軟件進(jìn)行聚類分析。
1.3.3.3 常規(guī)PCR結(jié)果分析 常規(guī)PCR產(chǎn)物委托上海Invitrogen公司測(cè)序,COI和ITS2基因測(cè)序結(jié)果用BoiEdit軟件進(jìn)行同源性分析,用MEGA5.0軟件的最小進(jìn)化法(ME)構(gòu)建種系發(fā)生樹(shù)[8]。
2.1 囊蚴 除福建平和的并殖吸蟲(chóng)囊蚴從溪蟹的心臟組織分離外,其余均從肌肉組織中檢出,形態(tài)呈圓形或近圓形。浙江金華、浙江永嘉、福建周寧的囊蚴大小為320±40μm,壁2層,厚約15~24μm;福建政和的囊蚴大小為430±10μm,內(nèi)外壁厚度分別為13~15μm與3~5μm;福建平和的囊蚴大小420±20μm,囊內(nèi)蚴體充滿或有小空隙,蚴體多蜷曲成U形,排泄囊只達(dá)到腹吸盤(pán)。
2.2 SSR-PCR擴(kuò)增和分析結(jié)果
2.2.1 SSR-PCR 擴(kuò)增條帶 并殖吸蟲(chóng)的 SSRPCR產(chǎn)物呈多態(tài)性,共出現(xiàn)18條不同條帶,每個(gè)標(biāo)本條帶數(shù)量在3~6條之間,長(zhǎng)度在200~1 000bp之間,見(jiàn)圖1。
2.2.2 遺傳距離和聚類分析 SSR-PCR擴(kuò)增條帶分析顯示,5地并殖吸蟲(chóng)標(biāo)本的遺傳距離為0.3333-0.8667,見(jiàn)表1。根據(jù)樹(shù)狀圖將不同地區(qū)的并殖吸蟲(chóng)分為3類:浙江金華、浙江永嘉、福建周寧為一類,其中浙江金華、浙江永嘉標(biāo)本為一小類;福建政和和福建平和標(biāo)本各為一類,見(jiàn)圖2。
2.3 常規(guī)PCR擴(kuò)增和分析結(jié)果
2.3.1 常規(guī)PCR擴(kuò)增測(cè)序結(jié)果 測(cè)序顯示,浙江金華、浙江永嘉、福建周寧、福建平和標(biāo)本的COI基因?yàn)?90堿基對(duì),福建政和標(biāo)本為388堿基對(duì);浙江金華、浙江永嘉、福建周寧標(biāo)本的ITS2基因?yàn)?63堿基對(duì),福建政和標(biāo)本為361堿基對(duì),福建平和為357堿基對(duì),見(jiàn)圖3。
圖1 不同地區(qū)并殖吸蟲(chóng)標(biāo)本的SSR-PCR檢測(cè)結(jié)果M:Marker;1:金華;2:永嘉;3:周寧;4:政和;5:平和Fig.1 SSR-PCR detection results of Paragonimus specimen in different areasM:DNA mark;1:Jinhua;2:Yongjia;3:Zhouning;4:Zhenghe;5:Pinghe
表1 根據(jù)SSR-PCR結(jié)果計(jì)算的不同地區(qū)并殖吸蟲(chóng)標(biāo)本遺傳距離Tab.1 The genetic distance of Paragonimusin different areas counted by SSR-PCR
圖2 根據(jù)SSR-PCR電泳圖制作的不同地區(qū)并殖吸蟲(chóng)系統(tǒng)樹(shù)圖Fig.2 The dendrogram of Paragonimus in different areas made with the SSR-PCR electrophoretogram
2.3.2 同源性和遺傳距離分析 BoiEdit軟件分析顯示,5個(gè)地區(qū)并殖吸蟲(chóng)標(biāo)本的COI基因和ITS2基因的同源性分別為76.9%~98.9%和85.9%~99.4%,見(jiàn)表2和表3。
將MEGA格式排列的COI和ITS2序列分別輸入MEGA建樹(shù),結(jié)果見(jiàn)圖4,5。系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)將5地并殖吸蟲(chóng)在基因水平上分為3大類:浙江金華、浙江永嘉、福建周寧標(biāo)本為一類,其中浙江金華、浙江永嘉標(biāo)本為一小類;福建政和和福建平和標(biāo)本各為一類。
圖3 不同地區(qū)并殖吸蟲(chóng)標(biāo)本COI和ITS2基因的PCR檢測(cè)結(jié)果M:Marker;1-5:金華、永嘉、周寧、政和、平和標(biāo)本 COI基因;6-10:金華、永嘉、周寧、政和、平和標(biāo)本的ITS2基因Fig.3 PCR detection results of COI and ITS2gene of Paragonimusin different areasM:marker;1-5:COI gene of specimen in Jinhua,Yongjia,Zhouning,Zhenghe,Pinghe;6-10:ITS2gene of specimen in Jinhua,Yongjia,Zhouning,Zhenghe,Pinghe
表2 不同地區(qū)并殖吸蟲(chóng)標(biāo)本COI基因同源性比較Tab.2 A comparison of COI gene homology of Paragonimus in different areas
表3 不同地區(qū)并殖吸蟲(chóng)標(biāo)本ITS2基因同源性比較Tab.3 A comparison of ITS2gene homology of Paragonimus in different areas
圖4 不同地區(qū)并殖吸蟲(chóng)標(biāo)本的COI基因種系發(fā)生樹(shù)Fig.4 COI gene stammbaum of Paragonimusin different areas
圖5 不同地區(qū)并殖吸蟲(chóng)標(biāo)本的ITS2基因種系發(fā)生樹(shù)Fig.5 ITS2gene stammbaum of Paragonimusin different area
并殖吸蟲(chóng)的分類手段從19世紀(jì)后半葉以來(lái)以形態(tài)生活史為主要根據(jù),上個(gè)世紀(jì)60-80年代出現(xiàn)了染色體、同工酶等技術(shù)[1],隨著分子生物技術(shù)在20世紀(jì)90年代的快速發(fā)展,SSR-PCR被廣泛應(yīng)用于生物學(xué)各方面的研究,如法醫(yī)鑒定、遺傳病的基因診斷、腫瘤、發(fā)育生物學(xué)、分類學(xué)、種群研究等[5],特別是在枯氏錐蟲(chóng)、血吸蟲(chóng)、利什曼原蟲(chóng)等寄生蟲(chóng)分類學(xué)方面的研究較多[9],為SSR-PCR在并殖吸蟲(chóng)種群分類研究提供了基礎(chǔ)。
本研究首先根據(jù)各地并殖吸蟲(chóng)囊蚴的形態(tài)特征和大小,結(jié)合當(dāng)?shù)亓餍胁W(xué)資料,初步確認(rèn)浙江金華、浙江永嘉、福建周寧的標(biāo)本為衛(wèi)氏并殖吸蟲(chóng),福建政和的標(biāo)本為斯氏并殖吸蟲(chóng),福建平和的標(biāo)本為三平正并殖吸蟲(chóng)。利用SSR-PCR結(jié)果計(jì)算出的遺傳距離顯示,浙江金華、浙江永嘉和福建周寧標(biāo)本的遺傳距離較近,為0.3333和0.4286;浙江金華與福建政和、福建平和遺傳距離較遠(yuǎn),為0.8333和0.8667,遺傳距離的遠(yuǎn)近與囊蚴形態(tài)差異基本一致。作者利用常規(guī)PCR擴(kuò)增了金華市并殖吸蟲(chóng)蟲(chóng)種的COI和ITS2基因,并與GNEBANK中已報(bào)道的衛(wèi)氏并殖吸蟲(chóng)進(jìn)行同源性和系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)的研究,從分子生物學(xué)角度證實(shí)了浙江金華標(biāo)本為衛(wèi)氏并殖吸蟲(chóng)[10]。本研究結(jié)果顯示,浙江金華、浙江永嘉、福建周寧的標(biāo)本COI基因和ITS2基因的同源性分別為98.2%~98.9%和99.1%~99.4%,可確定浙江金華、浙江永嘉和福建周寧標(biāo)本為衛(wèi)氏并殖吸蟲(chóng)。
雖然浙江金華、浙江永嘉和福建周寧標(biāo)本為衛(wèi)氏并殖吸蟲(chóng),但SSR-PCR和常規(guī)PCR構(gòu)建的系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)顯示,浙江金華與永嘉標(biāo)本的遺傳距離比浙江金華與福建周寧、浙江永嘉與福建周寧標(biāo)本之間的遺傳距離更近,可能是因?yàn)檎憬鹑A(東經(jīng)119°38′,北緯29°04′)、浙江永嘉(東經(jīng)120°41′,北緯28°09′)同福建周寧的地理位置相距較遠(yuǎn),許多物理因素和生物因素如日照、大氣濕度和溫度都會(huì)影響到物種間的遺傳差異。
由于微衛(wèi)星DNA具有高度多態(tài)性、分布廣、按孟德?tīng)柟诧@性方式遺傳,SSR-PCR所用引物為標(biāo)準(zhǔn)化引物、不需要特殊設(shè)計(jì),PCR擴(kuò)增前也不需要預(yù)知模板 DNA 信息等優(yōu)點(diǎn)[11-12],本研究利用 SSRPCR和常規(guī)PCR檢測(cè)結(jié)果為基礎(chǔ)繪制的樹(shù)狀圖均將不同地區(qū)并殖吸蟲(chóng)分3大類:浙江金華、浙江永嘉和福建周寧為一類,福建政和、福建平和各為一類,浙江金華與浙江永嘉標(biāo)本最近,浙江金華與福建政和最遠(yuǎn)。說(shuō)明兩種技術(shù)用于并殖吸蟲(chóng)分類的結(jié)果基本一致,而且與不同疫區(qū)囊蚴形態(tài)判定的不同蟲(chóng)種之差別相吻合。因此,SSR-PCR是一種比較方便可靠的并殖吸蟲(chóng)遺傳變異研究方法,將為寄生蟲(chóng)鑒定與分類方面增加新的手段與方法。
(蒙華東地區(qū)肺吸蟲(chóng)病防治研究協(xié)作組李友松主任、陳韶紅研究員指導(dǎo),特此致謝。)
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