近年來(lái),人類(lèi)基因組中大量變異被發(fā)現(xiàn)。研究這些變異不僅有助于揭示許多復(fù)雜疾病和個(gè)體性狀的遺傳學(xué)機(jī)制,也能夠加快個(gè)性化醫(yī)療的發(fā)展。
深圳華大基因研究院對(duì)“基于全基因組組裝數(shù)據(jù)檢測(cè)人類(lèi)基因組結(jié)構(gòu)變異(SVs)”的研究采用由新一代測(cè)序技術(shù)獲得的全基因組組裝的短片段,構(gòu)建了一個(gè)亞洲人和一個(gè)非洲人詳盡的結(jié)構(gòu)變異圖譜,為人類(lèi)基因組結(jié)構(gòu)變異檢測(cè)提供了一種新方法——基于全基因組組裝的結(jié)構(gòu)變異檢測(cè)。該方法與其他檢測(cè)方法相比具有性價(jià)比高、速度快等優(yōu)點(diǎn)。該方法可檢測(cè)到1—50kbp范圍內(nèi)不同長(zhǎng)度的結(jié)構(gòu)變異,包括插入、缺失、倒置、基因重排等。
在該研究中,研究人員在亞洲人和非洲人的個(gè)人基因組組裝區(qū)域(1—23kbp)共檢測(cè)到27萬(wàn)多個(gè)結(jié)構(gòu)變異,并對(duì)這些變異進(jìn)行了驗(yàn)證,結(jié)果表明,該方法具有高準(zhǔn)確度的特點(diǎn)。
為推斷結(jié)構(gòu)變異在人群中的頻率分布,研究人員對(duì)106個(gè)“千人基因組計(jì)劃”中的個(gè)體進(jìn)行了基因組結(jié)構(gòu)變異統(tǒng)計(jì),發(fā)現(xiàn)與單核苷酸多態(tài)性(SNPs)相比,基因組結(jié)構(gòu)變異(SVs)一般呈現(xiàn)出更強(qiáng)的負(fù)向選擇,證明其具有更強(qiáng)的個(gè)體特異性。
研究發(fā)現(xiàn),基于基因組重測(cè)序構(gòu)建的相關(guān)圖譜在準(zhǔn)確度上還是會(huì)有所偏差,所以研究人員建議在以后的人類(lèi)基因組研究工作中最好能夠進(jìn)行基于從頭組裝的全基因組研究,這樣會(huì)使研究結(jié)果更加準(zhǔn)確可靠,尤其是醫(yī)學(xué)基因組及相關(guān)領(lǐng)域的研究。