王一波 孫泓希 史普想 孫繼軍 韓寧 任亮 張麗麗 王海新
王一波,孫泓希,史普想,等. 環(huán)介導(dǎo)等溫?cái)U(kuò)增技術(shù)在農(nóng)業(yè)病害檢測(cè)中的應(yīng)用綜述[J]. 江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué),2024,52(7):17-24.
doi:10.15889/j.issn.1002-1302.2024.07.003(遼寧省沙地治理與利用研究所,遼寧阜新 123000)
摘要:環(huán)介導(dǎo)等溫?cái)U(kuò)增技術(shù)(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)是一種新型核酸等溫?cái)U(kuò)增技術(shù),其原理是當(dāng)溫度為60~65 ℃時(shí),DNA處于動(dòng)態(tài)平衡狀態(tài),DNA雙鏈打開,此時(shí)依賴Bst DNA聚合酶的鏈置換活性,使DNA可以在60~65 ℃的恒溫下進(jìn)行合成。其擴(kuò)增引物是基于靶基因的6個(gè)特異性區(qū)域設(shè)計(jì)的,擴(kuò)增階段需要引物與樣品DNA完全結(jié)合,才可以進(jìn)行擴(kuò)增,所以LAMP技術(shù)具有高特異性與高靈敏性。其反應(yīng)溫度恒定,不需要額外的控溫設(shè)備,理想條件下僅需保溫杯,即可進(jìn)行DNA擴(kuò)增。在田間檢測(cè)時(shí),只需提取樣品總DNA,即可于田間進(jìn)行病害檢測(cè),縮短了檢測(cè)流程及時(shí)間,使病害檢測(cè)更高效更便捷。在反應(yīng)前或反應(yīng)后加入特定染色劑,即可通過(guò)染色劑的變色情況進(jìn)行反應(yīng)結(jié)果的判定,使反應(yīng)結(jié)果可視化。目前該技術(shù)已憑借其特異性高、靈敏性高、所用儀器簡(jiǎn)單(恒溫水浴鍋或保溫杯即可)、檢測(cè)效率高和檢測(cè)結(jié)果可視化等優(yōu)點(diǎn),廣泛應(yīng)用于臨床病原微生物檢測(cè)、食品微生物檢測(cè)、環(huán)境微生物檢測(cè)、植物或微生物基因鑒定等領(lǐng)域。在農(nóng)業(yè)病害的病原微生物(真菌、細(xì)菌、病毒、線蟲)快速檢測(cè)和診斷領(lǐng)域,已有很多研究針對(duì)各種病害建立了相應(yīng)的LAMP檢測(cè)技術(shù)。本文簡(jiǎn)要綜述了LAMP技術(shù)原理、反應(yīng)結(jié)果判定、優(yōu)缺點(diǎn)和該技術(shù)目前在農(nóng)業(yè)常見(jiàn)病原物檢測(cè)中的應(yīng)用,并對(duì)LAMP技術(shù)的應(yīng)用前景進(jìn)行了進(jìn)一步的展望。
關(guān)鍵詞:環(huán)介導(dǎo)等溫?cái)U(kuò)增技術(shù);農(nóng)業(yè)病害;檢測(cè);應(yīng)用
中圖分類號(hào):S431.9;S432.4? 文獻(xiàn)標(biāo)志碼:A? 文章編號(hào):1002-1302(2024)07-0017-07
傳統(tǒng)的病害檢測(cè)和鑒定,主要依據(jù)科赫法則,對(duì)病原菌進(jìn)行分離回接鑒定,但這種方法會(huì)耗費(fèi)大量的時(shí)間和人力,同時(shí)要求實(shí)驗(yàn)人員具有很高的操作技能和知識(shí)儲(chǔ)備[1]。隨著分子生物學(xué)的發(fā)展,在聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(polymerase chain reaction,PCR)技術(shù)基礎(chǔ)上發(fā)展出多種病害鑒定技術(shù),比如熒光定量PCR、巢氏PCR、多重PCR等[2-4]。原理是使用特異性引物進(jìn)行DNA擴(kuò)增,以PCR反應(yīng)結(jié)果鑒定病害,但這些基于PCR原理的檢測(cè)方法都需要依賴昂貴的控溫設(shè)備,反應(yīng)時(shí)間較傳統(tǒng)檢測(cè)雖然大大縮短,但仍然需要較長(zhǎng)的時(shí)間,并且對(duì)實(shí)驗(yàn)人員的操作技能也有一定要求,這些原因限制了PCR檢測(cè)在基層的大范圍應(yīng)用。因此,各種不需要依賴控溫設(shè)備的恒溫?cái)U(kuò)增技術(shù)被發(fā)明出來(lái),目前成熟的恒溫?cái)U(kuò)增技術(shù)有很多,比如基于核酸序列的擴(kuò)增(NASBA,也稱為轉(zhuǎn)錄介導(dǎo)的擴(kuò)增,TMA)、解旋酶依賴性擴(kuò)增(HDA)、重組酶聚合酶擴(kuò)增(RPA)、滾環(huán)擴(kuò)增(RCA)、多重置換擴(kuò)增(MDA)、環(huán)介導(dǎo)等溫?cái)U(kuò)增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)和鏈置換擴(kuò)增(SDA)[5-11]。恒溫?cái)U(kuò)增技術(shù)的普遍優(yōu)點(diǎn)是操作簡(jiǎn)單、檢測(cè)費(fèi)用相對(duì)低廉、對(duì)DNA質(zhì)量要求低。但是,NASBA技術(shù)的檢測(cè)時(shí)間一般在2 h左右[12];HDA技術(shù)因?yàn)榻庑傅臄U(kuò)增速度和連續(xù)性限制,只能擴(kuò)增相對(duì)小的片段[13];RPA技術(shù)有時(shí)會(huì)有非特異性擴(kuò)增[14];RCA技術(shù)的靈敏性也較低,同時(shí)反應(yīng)進(jìn)行前需要熱變性步驟[15];MDA技術(shù)對(duì)基因中的高GC區(qū)域敏感,容易造成擴(kuò)增不均勻,同時(shí)嵌合體和非特異擴(kuò)增現(xiàn)象也比較嚴(yán)重[9];SDA技術(shù)也是只能擴(kuò)增較短的片段,同時(shí)也需要熱變性步驟[16]。而LAMP技術(shù)因其高特異性、高靈敏性、檢測(cè)時(shí)間適當(dāng)、可以擴(kuò)增較長(zhǎng)的基因片段等綜合優(yōu)勢(shì),已廣泛應(yīng)用于臨床病原微生物檢測(cè)、食品微生物檢測(cè)、環(huán)境微生物檢測(cè)、植物或微生物基因鑒定等領(lǐng)域[11]。在農(nóng)業(yè)領(lǐng)域中,該技術(shù)已經(jīng)應(yīng)用于農(nóng)業(yè)病害的病原生物快速檢測(cè)和診斷,具有廣闊的應(yīng)用前景。本文就該技術(shù)的原理、方法及已有的應(yīng)用研究進(jìn)展綜述如下。
1 環(huán)介導(dǎo)等溫?cái)U(kuò)增技術(shù)簡(jiǎn)介
1.1 LAMP 技術(shù)特點(diǎn)及原理
2000年,日本學(xué)者報(bào)道了一種新型的核酸等溫?cái)U(kuò)增技術(shù)——環(huán)介導(dǎo)等溫?cái)U(kuò)增技術(shù),其原理是DNA在60~65 ℃的環(huán)境內(nèi)處于動(dòng)態(tài)平衡狀態(tài),在這種環(huán)境下,DNA雙鏈打開,依賴Bst DNA聚合酶的鏈置換活性和特異性引物,使DNA可以在60~65 ℃進(jìn)行合成并不停地自我循環(huán)[17]。其特異性引物是基于靶基因序列的6個(gè)不同位點(diǎn)特殊設(shè)計(jì)而成的2對(duì)引物(內(nèi)、外引物),其中2條內(nèi)引物分別是由2個(gè)DNA片段鏈接而成的。此外還可以設(shè)計(jì)額外的環(huán)引物,其通過(guò)在反應(yīng)過(guò)程中與中間產(chǎn)物的頸環(huán)結(jié)構(gòu)雜交,進(jìn)而加快反應(yīng)速率(圖1)[18]。
LAMP反應(yīng)過(guò)程可以分為3個(gè)階段:首先起始物合成階段,DNA在所有引物和Bst聚合酶的作用下,合成并形成啞鈴狀DNA,作為下一階段的模板;隨后進(jìn)入環(huán)擴(kuò)增階段,在內(nèi)引物和聚合酶的作用下,合成并形成發(fā)卡狀DNA,并作為下一階段的模板;最后進(jìn)入延伸和循環(huán)擴(kuò)增階段,由之前形成的DNA模板,在內(nèi)引物和聚合酶的作用下,最終合成長(zhǎng)短不同的莖環(huán)狀DNA組成的混合物。
1.2 LAMP技術(shù)的引物設(shè)計(jì)
LAMP技術(shù)的關(guān)鍵在于靶基因的選擇和篩選特異性引物。根據(jù)檢測(cè)目標(biāo)的不同,選擇不同保守程度的靶基因。例如,檢測(cè)同屬不同種的病害,選擇在種內(nèi)高度保守而在種間有足夠差異的靶基因;檢測(cè)同屬同種但是不同亞種的病害,則需要選擇各個(gè)亞種間有足夠差異的靶基因。引物設(shè)計(jì)一般采用由日本榮研株式會(huì)社開發(fā)的PrimerExplorer v5(http://primerexplorer.jp/e/)在線設(shè)計(jì)引物,若輸入的DNA片段超過(guò)2 000 bp會(huì)報(bào)錯(cuò)。LAMP技術(shù)反應(yīng)過(guò)程中主要擴(kuò)增的DNA片段是F2位點(diǎn)的5′末端到B2位點(diǎn)的5′末端,引物設(shè)計(jì)要求這段DNA片段一般是在120~160 bp,因此LAMP引物設(shè)計(jì)完成后,反應(yīng)最長(zhǎng)擴(kuò)增片段(F3位點(diǎn)5′末端到B3位點(diǎn)5′末端)約為300 bp。靶基因一般不超過(guò) 500 bp,即可獲得多套引物。若靶基因過(guò)長(zhǎng)(1 000 bp),會(huì)生成過(guò)多套引物,增加引物篩選的難度及試驗(yàn)工作量。引物分別為雙向內(nèi)引物(FIP、BIP)和雙向外引物(F3、B3)。其中正向內(nèi)引物FIP由F2區(qū)和F1c區(qū)組成,反向內(nèi)引物BIP由B1c(B1區(qū)反向互補(bǔ)序列)和B2區(qū)域組成。相比于PCR引物設(shè)計(jì),LAMP引物要考慮的因素更多,要求更高。一般要求F1c和B1c的Tm值相較于F2、F3、B2、B3的Tm值高 5 ℃ 較好。引物末端的穩(wěn)定性由自由能改變值(ΔG)來(lái)衡量,一般要求引物末端的ΔG小于或等于-4 kcal/mol,其中F2、B2、F3、B3為3′端,F(xiàn)1c、B1c為5′端。另外,設(shè)計(jì)的引物自身或引物間要求不能形成2級(jí)結(jié)構(gòu)。
Nagamine等發(fā)現(xiàn),在LAMP反應(yīng)體系中加入環(huán)引物(LF、LB)能夠明顯加快反應(yīng)速度,提高檢測(cè)效率[18]。因此,若對(duì)檢測(cè)效率有較高要求,可以通過(guò)PrimerExplorer v5另行設(shè)計(jì)環(huán)引物,并加入反應(yīng)體系中。
1.3 LAMP反應(yīng)條件優(yōu)化
LAMP反應(yīng)體系中一般涉及引物、Bst DNA聚合酶、DNA擴(kuò)增緩沖液、dNTP、甜菜堿、Mg2SO4和水等條件要素。通常需要對(duì)引物及其濃度、反應(yīng)溫度、反應(yīng)時(shí)間、甜菜堿和Mg2+最適濃度等反應(yīng)條件進(jìn)行優(yōu)化。引物設(shè)計(jì)的不同、DNA質(zhì)量差異等因素,均會(huì)對(duì)LAMP體系中各組分的最優(yōu)濃度、反應(yīng)溫度及時(shí)間造成影響,所以對(duì)以上這些條件均需要逐一優(yōu)化。
1.4 LAMP 反應(yīng)結(jié)果的判定
1.4.1 肉眼觀察法
LAMP反應(yīng)過(guò)程中,從dNTP析出的焦磷酸根離子,會(huì)與反應(yīng)溶液中的Mg2+結(jié)合,從而產(chǎn)生乳白色焦磷酸鎂沉淀(圖2-A)。所以在理想的條件下,可以通過(guò)用肉眼觀察反應(yīng)管中是否有白色沉淀來(lái)判斷結(jié)果。若能觀察到白色沉淀,則反應(yīng)結(jié)果為陽(yáng)性,否則為陰性。但大多數(shù)情況下,檢測(cè)過(guò)程并不能達(dá)到最理想的條件,導(dǎo)致焦磷酸鎂沉淀較少,白色沉淀不明顯,通過(guò)肉眼判定反應(yīng)結(jié)果會(huì)造成較大的人為誤差,所以一般通過(guò)其他方法來(lái)判斷反應(yīng)結(jié)果[19]。
1.4.2 染色檢測(cè)法
該方法是LAMP反應(yīng)結(jié)果判定最常用的方法,依據(jù)染色劑顏色變化判定反應(yīng)結(jié)果(圖2-B至圖2-H)。根據(jù)染色劑是否會(huì)干擾LAMP反應(yīng)過(guò)程,染色劑可分為反應(yīng)前加入和反應(yīng)后加入2類。最常使用的染料SYBR Green Ⅰ,通過(guò)結(jié)合雙鏈DNA發(fā)出綠色熒光,普遍認(rèn)為如果在反應(yīng)前加入到反應(yīng)體系中,會(huì)抑制反應(yīng)的進(jìn)行,若模板DNA含量過(guò)低,有可能造成假陰性結(jié)果,所以SYBR Green Ⅰ一般于反應(yīng)后加入。目前常用的染色劑類別及顯色結(jié)果見(jiàn)表1。
1.4.3 瓊脂糖凝膠電泳法
LAMP反應(yīng)的最終產(chǎn)物是多種長(zhǎng)短不一的莖環(huán)狀DNA組成的混合物,在經(jīng)過(guò)瓊脂糖凝膠電泳后,會(huì)呈現(xiàn)典型的梯型狀條帶,所以可以通過(guò)瓊脂糖凝膠電泳后典型條帶的有無(wú)(圖2-I),判斷反應(yīng)結(jié)果是否為陽(yáng)性[21]。
1.4.4 儀器檢測(cè)法
目前已經(jīng)有實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)LAMP反應(yīng)過(guò)程中產(chǎn)生的焦磷酸鎂沉淀的儀器,通過(guò)對(duì)體系中濁度的實(shí)時(shí)檢測(cè)和記錄,實(shí)現(xiàn)對(duì)反應(yīng)過(guò)程的實(shí)時(shí)監(jiān)控,根據(jù)濁度變化繪制擴(kuò)增曲線(圖2-J),可以據(jù)此判斷反應(yīng)結(jié)果[24]。
另外,還可以在LAMP反應(yīng)體系中加入對(duì)反應(yīng)影響較小的熒光染料,例如EvaGreen(Biotium),使用實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀進(jìn)行反應(yīng),即可得到LAMP反應(yīng)的實(shí)時(shí)擴(kuò)增曲線(圖2-K),據(jù)此判斷檢測(cè)結(jié)果[25]。這種方法的缺點(diǎn)是,所用的儀器設(shè)備價(jià)格昂貴,也無(wú)法應(yīng)用于現(xiàn)場(chǎng)檢測(cè)。
1.4.5 試紙條法
將LAMP引物進(jìn)行修飾,結(jié)合側(cè)流層析試紙條,即可以實(shí)現(xiàn)檢測(cè)結(jié)果的試紙條可視化(圖2-L)。但是試紙條價(jià)格昂貴,并且對(duì)引物進(jìn)行進(jìn)一步修飾的價(jià)格也很昂貴。因此,試紙條法判定反應(yīng)結(jié)果在LAMP技術(shù)中使用得較少[26]。
1.5 LAMP技術(shù)的優(yōu)缺點(diǎn)
最主要的優(yōu)勢(shì)在于反應(yīng)在等溫條件下進(jìn)行,并具有以下優(yōu)點(diǎn):(1)特異性強(qiáng):引物設(shè)計(jì)是基于靶標(biāo)基因的6個(gè)不同區(qū)域設(shè)計(jì)出特異性引物,檢測(cè)時(shí),2對(duì)引物必須全部匹配才能夠進(jìn)行擴(kuò)增,從而避免了非特異擴(kuò)增;(2)靈敏度高:一般情況下,LAMP技術(shù)的檢測(cè)靈敏度比PCR高10倍;(3)儀器設(shè)備簡(jiǎn)單:一般不需要PCR儀等控溫設(shè)備,僅用能維持恒溫的設(shè)備(水浴鍋等)即可實(shí)現(xiàn)核酸擴(kuò)增;(4)檢測(cè)效率高:通常LAMP反應(yīng)在1 h內(nèi)完成;(5)結(jié)果可視化:檢測(cè)結(jié)果可通過(guò)加入各種顯色劑,通過(guò)顏色改變進(jìn)行結(jié)果判定。
但是也存在不足:
(1)易造成假陽(yáng)性:當(dāng)通過(guò)瓊脂糖凝膠電泳判定結(jié)果,或者開蓋加入熒光染料觀察結(jié)果時(shí),極易產(chǎn)生氣溶膠污染,影響后續(xù)的檢測(cè)結(jié)果,使假陽(yáng)性的概率變高;(2)引物要求高:靶基因選擇及引物篩選極為繁瑣;(3)不能進(jìn)行后續(xù)試驗(yàn):LAMP擴(kuò)增產(chǎn)物為不同片段大小的莖環(huán)DNA混合物,因此不能進(jìn)行測(cè)序和克隆等試驗(yàn)。
2 LAMP技術(shù)在農(nóng)業(yè)病害檢測(cè)中的應(yīng)用
2.1 真菌檢測(cè)
植物中78%~80%病害是真菌病害,真菌病害危害重、分布廣,快速檢測(cè)植物病原真菌的技術(shù)能有助于大大提高植物真菌病害的防治效率同時(shí)降低農(nóng)業(yè)成本。目前關(guān)于植物真菌病害相關(guān)的LAMP檢測(cè)技術(shù)蓬勃發(fā)展,每年都有大量的真菌病害LAMP檢測(cè)技術(shù)被報(bào)道。
比較常見(jiàn)的是通過(guò)染色檢測(cè)法,直接于田間進(jìn)行病害檢測(cè),達(dá)到快速檢測(cè)的目的。例如針對(duì)曲霉(Aspergillus spp.)建立的特異性LAMP檢測(cè)技術(shù),結(jié)合了便攜設(shè)備并使檢測(cè)結(jié)果可視化,一個(gè)反應(yīng)最低能夠檢測(cè)到10個(gè)分生孢子的病菌[27];針對(duì)疫霉(Phytophthora spp.)建立的特異性LAMP檢測(cè)技術(shù),以HNB作為染色劑,并且最低能夠檢測(cè)到 1 μg/L 的病原菌DNA[28];針對(duì)腐霉(Pythium spp.)建立的玉米莖腐病LAMP檢測(cè)技術(shù),同樣以HNB為染色劑,且最低能檢測(cè)到10 μg/L的病原菌DNA[29];針對(duì)小麥白粉菌(Erysiphales)建立的特異性LAMP檢測(cè)技術(shù),以鈣黃綠素為染色劑,最低能檢測(cè)到 0.3 μg/L 的病原菌DNA[30]。這些LAMP檢測(cè)技術(shù)完成現(xiàn)場(chǎng)檢測(cè)無(wú)需分離真菌與植物的DNA,直接進(jìn)行總DNA粗提后即可進(jìn)行病害檢測(cè),且檢測(cè)限可達(dá)到10-9 mg級(jí)甚至10-12 mg級(jí),其靈敏度遠(yuǎn)高于普通PCR方法。
但是在田間檢測(cè)時(shí),很多植物組織提取DNA時(shí)常常帶有很多雜質(zhì),這些雜質(zhì)會(huì)降低DNA質(zhì)量,也有的雜質(zhì)會(huì)干擾LAMP反應(yīng)進(jìn)程,最終會(huì)導(dǎo)致檢測(cè)結(jié)果不準(zhǔn)確,這是限制LAMP檢測(cè)效率的一大難題。因此有些LAMP技術(shù)會(huì)配套合適的DNA提取方法,提高檢測(cè)結(jié)果的準(zhǔn)確性。例如針對(duì)蘋果樹腐爛病菌的LAMP檢測(cè)技術(shù)同樣配套了田間快速DNA提取方法,能夠在田間得到純度較高的DNA,進(jìn)而得到準(zhǔn)確的檢測(cè)結(jié)果;以SYBR Green Ⅰ為染色劑,最低能夠檢測(cè)到1 mg/L的病原菌DNA,一個(gè)反應(yīng)最低能檢測(cè)到10個(gè)分生孢子的病菌[11]。
2.2 細(xì)菌的檢測(cè)
針對(duì)細(xì)菌病害建立LAMP檢測(cè)技術(shù)相對(duì)簡(jiǎn)單,因?yàn)楦锾m氏陰性菌在環(huán)境溫度過(guò)高時(shí),細(xì)菌就會(huì)死亡進(jìn)而裂解,其DNA會(huì)自然暴露出來(lái);在針對(duì)革蘭氏陽(yáng)性菌建立LAMP檢測(cè)時(shí),也需考慮DNA提取問(wèn)題,為了提高方法的靈敏度,核酸仍然需要分離和純化。
目前針對(duì)不同的細(xì)菌病害,已經(jīng)建立了很多對(duì)應(yīng)的LAMP檢測(cè)技術(shù)。例如針對(duì)馬鈴薯黑脛病菌建立的LAMP檢測(cè)技術(shù),以SYBR Green Ⅰ為染色劑,最低能夠檢測(cè)到10 CFU/mL 病原菌或0.1 μg/L的病原菌DNA[31];針對(duì)瓜類細(xì)菌性果斑病菌(Acidovorax avenae subsp. citrulli,Aac)和番茄細(xì)菌性潰瘍病菌(Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis,Cmm)的環(huán)LAMP檢測(cè)技術(shù),[JP3]以SYBR Green Ⅰ為染色劑,最低分別能夠檢測(cè)到1.72×102 fg/L[JP]的Aac和0.126 μg/L的Cmm[32];針對(duì)獼猴桃細(xì)菌性潰瘍病建立的LAMP檢測(cè)技術(shù),分別對(duì)獼猴桃葉片、樹皮、[JP2]花粉等樣品進(jìn)行快速檢測(cè),以SYBR Green Ⅰ為染色劑,最低能夠檢測(cè)到100 CFU/mL[JP]的獼猴桃細(xì)菌性潰瘍病病原菌[33];針對(duì)方中達(dá)迪克氏菌建立的LAMP檢測(cè)技術(shù),以SYBR GreenⅠ為染色劑,最低能夠檢測(cè)到0.1 μg/L的病原菌DNA,而且能夠在多種植物上進(jìn)行該細(xì)菌的檢測(cè)[34]。
2.3 病毒的檢測(cè)
RNA病毒占植物病毒絕大多數(shù),常規(guī)逆轉(zhuǎn)錄PCR需先進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄,再進(jìn)行PCR檢測(cè)。而LAMP技術(shù)可以通過(guò)在反應(yīng)體系內(nèi)加入逆轉(zhuǎn)錄酶,從而同步進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄及LAMP反應(yīng),所以LAMP技術(shù)在植物病毒病害的檢測(cè)中有更廣泛的使用。最早于2003年,F(xiàn)ukuta等以RNA為模板,通過(guò)在反應(yīng)體系中加入逆轉(zhuǎn)錄酶,使逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)和LAMP反應(yīng)同時(shí)進(jìn)行,實(shí)現(xiàn)了對(duì)日本紅薯花葉病毒的RT-LAMP檢測(cè)技術(shù),通過(guò)觀察焦磷酸鎂沉淀來(lái)判斷反應(yīng)結(jié)果[35]。隨著各種不同染色劑的應(yīng)用,RT-LAMP技術(shù)得到了更廣泛的應(yīng)用,如2020年,針對(duì)馬鈴薯卷葉病毒(potato leafroll virus,PLRV)建立了RT-LAMP檢測(cè)技術(shù),以SYBR Green Ⅰ為染色劑,最低能夠檢測(cè)到5 μg/L的病原菌DNA[36];2021年,針對(duì)玫瑰蓮座叢病毒(rose rosette virus,RRV)建立了RRV的RT-LAMP檢測(cè)技術(shù),以HNB為染色劑,最低能夠檢測(cè)到 1 μg/L 的病原菌DNA[37]。
2.4 線蟲的檢測(cè)
農(nóng)業(yè)線蟲病害一般是土傳病害,造成多種植物的根結(jié)線蟲病。在林業(yè)上也有線蟲侵害樹體,導(dǎo)致樹木無(wú)法成材,進(jìn)而造成經(jīng)濟(jì)損失,因此建立線蟲的LAMP檢測(cè)技術(shù)在生產(chǎn)上有很重要的意義。LAMP檢測(cè)技術(shù)具有便捷性及高效性,能夠隨時(shí)進(jìn)行土壤檢測(cè),及時(shí)發(fā)現(xiàn)病害并進(jìn)行防治。
2016年,魏洪巖等建立了可以檢測(cè)蘋果根結(jié)線蟲(Meloidogyne mali)的LAMP檢測(cè)技術(shù),以SYBR Green Ⅰ為染色劑和試紙條判定檢測(cè)結(jié)果,最低能夠檢測(cè)到1/20 000條線蟲DNA[38];2019年,張磊等建立了一種可以快速檢測(cè)M. fallax和M. chitwoodi 2種根結(jié)線蟲的LAMP檢測(cè)方法,以SYBR Green Ⅰ為染色劑,最低能夠檢測(cè)到10 μg/L的線蟲DNA[39]。
3 總結(jié)與展望
LAMP 技術(shù)最顯著的優(yōu)勢(shì)在于恒溫?cái)U(kuò)增,不用依賴于昂貴的控溫設(shè)備,而且其反應(yīng)速度快(1 h以內(nèi)完成反應(yīng))、特異性高、靈敏性高、反應(yīng)結(jié)果判定簡(jiǎn)單,對(duì)DNA質(zhì)量要求不高,田間植物樣品中粗提的DNA即可進(jìn)行反應(yīng),已經(jīng)被廣泛地應(yīng)用于地各個(gè)領(lǐng)域的病原生物檢測(cè)和監(jiān)控[40-41]。
對(duì)于LAMP技術(shù)被廣泛詬病的氣溶膠污染問(wèn)題,目前已有一種比較常用的解決辦法,可以在反應(yīng)體系中加入礦物油,用于控制PCR反應(yīng)后的氣溶膠污染,因?yàn)槠涿芏缺人?,而且不?huì)參與反應(yīng),加入反應(yīng)體系后會(huì)浮在反應(yīng)體系的最上面,從而達(dá)到封閉反應(yīng)的作用[11]。因此,在加入礦物油的LAMP體系,即使反應(yīng)結(jié)束后開蓋加入熒光染料,也不會(huì)造成氣溶膠污染。
LAMP技術(shù)是一種多用途的技術(shù),在其基礎(chǔ)上稍加修改,就可以達(dá)到不同的檢測(cè)目的,如加入逆轉(zhuǎn)錄酶即可進(jìn)行病毒檢測(cè)(reverse transcriptase loop mediated isothermal amplification,RT-LAMP),加入熒光染料即可進(jìn)行實(shí)時(shí)LAMP檢測(cè)(real-time LAMP)和多套引物聯(lián)用檢測(cè)多種病害的多重LAMP檢測(cè)(multiplex LAMP)。CRISPR/Cas12a是一種RNA引導(dǎo)的核酸內(nèi)切酶,廣泛應(yīng)用于基因編輯中,能夠特異性識(shí)別DNA靶序列,并對(duì)其進(jìn)行切割。Wang等通過(guò)聯(lián)用CRISPR/Cas12a和LAMP技術(shù),設(shè)計(jì)高特異性的引物,使CRISPR/Cas12a能快速切割LAMP反應(yīng)中間產(chǎn)物,得到單鏈DNA,并結(jié)合側(cè)流層析試紙條,可視化檢測(cè)結(jié)果,使檢測(cè)效率得到進(jìn)一步提升[42]??傊琇AMP技術(shù)用途廣泛,并可以與多種技術(shù)結(jié)合使用,可以根據(jù)科研任務(wù)的不同,設(shè)計(jì)不同的LAMP檢測(cè)體系,以達(dá)到科研目的。
農(nóng)業(yè)病害檢測(cè)技術(shù)的應(yīng)用,還要考慮一個(gè)很重要的因素就是價(jià)格。LAMP檢測(cè)技術(shù)相較于其他檢測(cè)技術(shù)的優(yōu)勢(shì)就是成本低廉。首先,LAMP檢測(cè)技術(shù)相較于傳統(tǒng)PCR檢測(cè),不依賴昂貴的控溫設(shè)備,僅需恒溫水浴鍋或者保溫杯即可完成反應(yīng),大大降低了檢測(cè)成本。其次,相較于其他恒溫?cái)U(kuò)增技術(shù),LAMP技術(shù)僅需1種Bst聚合酶,檢測(cè)體系中沒(méi)有昂貴的成分,引物中僅內(nèi)引物需要將2個(gè)DNA片段連接起來(lái),不需要添加額外的熒光基團(tuán)和猝滅基團(tuán)來(lái)修飾引物,相比于其他恒溫?cái)U(kuò)增技術(shù),LAMP檢測(cè)技術(shù)單次檢測(cè)的成本更低。最后,檢測(cè)結(jié)果可以依靠加入的染色劑顏色變化判定,雖然不同的染色劑價(jià)格不同,但因?yàn)槊看稳旧珓┧昧亢苌伲詿o(wú)論使用何種染色劑,平均單次檢測(cè)所需的成本仍然十分低廉。
檢測(cè)技術(shù)正朝著操作簡(jiǎn)單、準(zhǔn)確性高、能夠更廣泛應(yīng)用的方向發(fā)展。隨著LAMP技術(shù)的廣泛應(yīng)用,有很多可以進(jìn)一步使LAMP技術(shù)更廣泛應(yīng)用的產(chǎn)品被開發(fā)出來(lái)。如最近報(bào)道了一種基于LAMP技術(shù)開發(fā)的可折疊微型檢測(cè)設(shè)備,用于檢測(cè)大米種子中的Magnaporthe oryzae和Sarocladium oryzae[23]。同時(shí)還有很多的便攜的LAMP檢測(cè)設(shè)備被發(fā)明出來(lái),如 ESE-Quant tube scanner (Qiagen,Netherlands)和 Bio-Rad CFX96 Real-Time PCR system,可以用于進(jìn)行實(shí)時(shí)LAMP檢測(cè)[43]。更有一種超便攜的檢測(cè)設(shè)備(point-of-care kit for the entire test,POCKET),可以使用于LAMP檢測(cè)中,這種設(shè)備僅使用手機(jī)作為加熱源來(lái)維持LAMP反應(yīng)所需的溫度,同時(shí)手機(jī)可以作為信號(hào)采集設(shè)備和結(jié)果讀取設(shè)備[44]。以上這些設(shè)備的出現(xiàn),大大提升了LAMP技術(shù)的田間應(yīng)用性,進(jìn)一步降低了LAMP技術(shù)的使用要求,為該技術(shù)的更廣泛的應(yīng)用提供了可行性。
總之,LAMP技術(shù)作為一種特異性高、靈敏性高、檢測(cè)效率高、檢測(cè)結(jié)果可視化的新型核酸擴(kuò)增檢測(cè)技術(shù),已經(jīng)發(fā)展為能夠與多種新技術(shù)聯(lián)用,配合各種便攜設(shè)備,進(jìn)行更簡(jiǎn)便、更快速、更準(zhǔn)確的田間快速檢測(cè),LAMP技術(shù)的發(fā)展符合市場(chǎng)的需求,在農(nóng)業(yè)病害檢測(cè)領(lǐng)域具有非常廣闊的應(yīng)用前景。
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基金項(xiàng)目:遼寧省科技項(xiàng)目(編號(hào):2021JH/10400034、2022JH2/101300164) 。
作者簡(jiǎn)介:王一波(1994—),男,遼寧沈陽(yáng)人,碩士,研究實(shí)習(xí)員,從事花生栽培及病害防控研究研究。E-mail:465910393@qq.com。
通信作者:王海新,研究員,從事花生栽培研究和推廣工作。E-mail:wanghaixin99@163.com。