曹輝 , 董靜 , 賈宇 , 江一帆
華北制藥集團(tuán)新藥研究開發(fā)有限責(zé)任公司,抗體藥物河北省工程研究中心,抗體藥物研究國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,石家莊 050015
生物藥物在國際醫(yī)藥市場中占據(jù)主導(dǎo)地位,截至2023年,全球范圍內(nèi)已有100多個抗體藥物被批準(zhǔn)上市,近1200個抗體藥物處于不同臨床試驗(yàn)階段[1]。2021年全球暢銷藥品Top10中,生物藥品占了7個,其中單克隆抗體藥物4個,這些單抗藥物均由重組中國倉鼠卵巢(Chinese hamster ovary,CHO)細(xì)胞表達(dá)[2]。
CHO細(xì)胞在單抗工業(yè)生產(chǎn)中具有明顯的優(yōu)勢,如表達(dá)產(chǎn)品具有和人類抗體類似的翻譯后修飾;重組蛋白可胞外表達(dá),便于目的蛋白分離純化;CHO細(xì)胞由于非人源,可以減少人類病毒交叉污染的風(fēng)險(xiǎn);同時CHO細(xì)胞具有較長的培養(yǎng)周期,可以進(jìn)行無血清、高密度、懸浮大規(guī)模培養(yǎng),從而獲得高純度目的蛋白[3-4]。隨著CHO細(xì)胞的廣泛應(yīng)用,圍繞CHO細(xì)胞開發(fā)的培養(yǎng)基、培養(yǎng)用設(shè)備、耗材種類日益豐富[5-7],越來越多的開發(fā)項(xiàng)目也使得CHO細(xì)胞表達(dá)產(chǎn)品質(zhì)量研究相對透徹,CHO細(xì)胞也成為目前市場上超過84%蛋白藥物的首選宿主細(xì)胞[7]。
1957年,Puck通過中國倉鼠卵巢組織分離獲得CHO細(xì)胞,1970年野生型CHO-K1保存于ATCC,1985年分離得到的CHO-K1亞克隆保存于ECACC[8-9]。此后多家藥企使用懸浮培養(yǎng)基將野生型CHO-K1細(xì)胞懸浮馴化并作為宿主細(xì)胞使用,比如Merck、Lonza等公司。1973年Thompson從原始細(xì)胞中分離了1株可用于懸浮培養(yǎng)的CHO細(xì)胞,1980年Gibco公司將此細(xì)胞馴化至CD CHO培養(yǎng)基中,建立了CHO-S細(xì)胞和GMP細(xì)胞庫。1983年,Urlaub等[9-10]通過突變一個基因,篩選出雙等位DHFR基因敲除的CHO宿主細(xì)胞,并命名為CHO-DG44。圖1展示了CHO細(xì)胞譜系。然而,由于培養(yǎng)條件、篩選方式等不同,不同CHO細(xì)胞在基因組、新陳代謝乃至細(xì)胞形態(tài)、生長方式、蛋白表達(dá)等方面具有較大的差異。
圖1 CHO細(xì)胞譜系圖Fig. 1 CHO cell lineage
研究表明,ATCC保存的野生型CHO-K1細(xì)胞和中國倉鼠基因組相比,已經(jīng)產(chǎn)生了25711個染色體結(jié)構(gòu)多樣性,包含13735個插入和11976個缺失[11]。在隨后的細(xì)胞系建立及培養(yǎng)過程中,突變?nèi)匀辉诓粩喈a(chǎn)生。CHO細(xì)胞可能的突變貫穿于長期傳代過程中的每次細(xì)胞分裂,包括插入、缺失、點(diǎn)突變等序列變異以及染色體結(jié)構(gòu)變異,足夠量突變的積累可能產(chǎn)生染色體結(jié)構(gòu)變異,導(dǎo)致染色體不平衡重排,致使CHO細(xì)胞染色體重排成為一種常見現(xiàn)象[12-13]。由于整個染色體的丟失或獲得,這些染色體結(jié)構(gòu)的變異還會被非整倍體補(bǔ)充,進(jìn)而表現(xiàn)為染色體非整倍性和結(jié)構(gòu)改變,因此成為永生細(xì)胞的特征性標(biāo)志[14-15]。
由于上述原因,CHO細(xì)胞沒有明確的染色體數(shù)目[16]。大量文獻(xiàn)顯示,CHO-S細(xì)胞具有和原始中國倉鼠細(xì)胞相似的染色體數(shù)目(22條),長期傳代時染色體數(shù)目沒有變化;CHO-DG44有20條染色體(19~21條染色體);CHO-K1細(xì)胞在傳代過程中染色體數(shù)目明顯減少(18~20條染色體),CHOK1在有谷氨酰胺培養(yǎng)基長期傳代情況下,染色體數(shù)目下降到19條,而在無谷氨酰胺的培養(yǎng)基中長期傳代,染色體數(shù)下降到18條[17-20]。但隨著培養(yǎng)時間的推移,細(xì)胞株染色體數(shù)目沒有再發(fā)生明顯變化。因此,雖然每個細(xì)胞株都有其特征性的染色體數(shù),但細(xì)胞群體內(nèi)染色體數(shù)的變化是隨機(jī)發(fā)生且不可預(yù)測的,發(fā)生機(jī)制還未徹底揭示[21]。其原因可能是,細(xì)胞在體外人工高氧、富營養(yǎng)的培養(yǎng)條件下,快速分裂、增殖,積累大量突變造成染色體變異。另外,CHO細(xì)胞有較多的端粒序列重復(fù),序列相似性增加了染色體易位發(fā)生的可能性。隨著培養(yǎng)時間的增加,這些變異會隨機(jī)積累,從而產(chǎn)生較大的染色體突變[22-25]。
CHO細(xì)胞在染色體突變過程中,有些染色體相對保守,圍繞這些相對保守染色體的研究對于細(xì)胞轉(zhuǎn)染及獲得穩(wěn)定克隆具有重要意義[26]。不同的培養(yǎng)基和傳代過程會導(dǎo)致觀察到的未變異染色體不完全相同。CHO-DG44細(xì)胞所有染色體中有5條或者7條是正常染色體,包括Chr1的2個拷貝,以及Chr2、Chr4、Chr5、Chr8和Chr9的1個拷貝,且Chr4存在染色體缺失或延長情況。在CHO-K1細(xì)胞的所有染色體中,有8條左右是正常的,包括Chr1和Chr5的2個拷貝,Chr2、Chr3、Chr8和Chr9的1個拷貝,其他染色體均發(fā)生重排。綜上所述,CHO-K1和CHO DG44相對保守的染色體,包括Chr1、Chr2、Chr8和Chr9[26-27]。這些保守的染色體可以作為定點(diǎn)整合或隨機(jī)整合的理想靶點(diǎn)[28-30]。
CHO細(xì)胞常見的幾種亞型中,CHO-S被公認(rèn)為是比生長速度(specific growth rate)最高的細(xì)胞,具有最短的倍增時間[31]。有研究發(fā)現(xiàn),CHOK1、CHO-DG44和CHO-S 3種宿主細(xì)胞的倍增時間分別為24±2、27±2和18±2 h[32]。本團(tuán)隊(duì)培養(yǎng)的宿主細(xì)胞CHO-K1、CHO-DG44(使用CD CHO培養(yǎng)基)倍增時間分別為19.49±0.38和17.80±0.97 h,與Xu等[31]報(bào)道的培養(yǎng)倍增時間不同,這可能是相同亞型宿主細(xì)胞在不同實(shí)驗(yàn)室長期傳代積累發(fā)生突變造成的差異,也可能是培養(yǎng)條件引起的。
有研究發(fā)現(xiàn),CHO-S細(xì)胞中糖酵解及三羧酸循環(huán)中重要的酶類蛋白、與細(xì)胞生長相關(guān)蛋白(如肌球蛋白)和細(xì)胞周期依賴性激酶表達(dá)水平較高。其中,肌球蛋白可能和細(xì)胞分裂、細(xì)胞運(yùn)動、細(xì)胞形態(tài)維持等有關(guān),細(xì)胞周期依賴性激酶與細(xì)胞周期、轉(zhuǎn)錄、mRNA加工有關(guān),同時CHO-S細(xì)胞具有最高的葡萄糖消耗速率,以上結(jié)果可能是CHO-S細(xì)胞生長速度快的原因[32-33]。而CHO-DG44細(xì)胞中與細(xì)胞生長相關(guān)蛋白表達(dá)水平及葡萄糖消耗速率相對較低可能導(dǎo)致了CHO-DG44的生長速度最慢。在長期培養(yǎng)過程中,持續(xù)的培養(yǎng)一般會使細(xì)胞生長速率增加,但是細(xì)胞生長速率增加現(xiàn)象是隨機(jī)出現(xiàn)的,說明染色體突變是隨機(jī)的。
轉(zhuǎn)入目的基因后,比生長速率最快的依然是CHO-S細(xì)胞。CHO-K1、CHO-DG44和CHO-S 3種宿主細(xì)胞轉(zhuǎn)染攜帶相同目的基因的相同質(zhì)粒,單克隆通過不同的方式培養(yǎng),無論是批式培養(yǎng)(batch culture)、批式補(bǔ)料培養(yǎng)(fed-batch culture),還是灌注培養(yǎng)(perfusion cultuer),CHO-S細(xì)胞都有最快的比生長速率,并能最快到達(dá)最高密度。而所有培養(yǎng)方式中,CHO-K1細(xì)胞比生長速率最慢;在最高密度方面,批式培養(yǎng)獲得的CHO-S細(xì)胞和CHO-DG44細(xì)胞比CHO-K1細(xì)胞有更高的密度;批式補(bǔ)料培養(yǎng)和灌注培養(yǎng)中,CHO-DG44細(xì)胞密度最高,CHO-K1最高密度相對最低[10,34]?;蚪M學(xué)研究表明,CHO細(xì)胞為了適應(yīng)無血清條件下的高密度生長,其促細(xì)胞凋亡基因的表達(dá)比中國倉鼠細(xì)胞明顯下降,抗凋亡基因表達(dá)明顯上升[11]。除基因表達(dá)水平外,凋亡相關(guān)基因拷貝數(shù)的改變也可以影響細(xì)胞生長,CHO細(xì)胞亦不例外[11,35]。
CHO-K1、CHO-DG44和CHO-S 3種宿主細(xì)胞在抗體表達(dá)和密度方面的表現(xiàn)是相反的,與宿主細(xì)胞相比,不同培養(yǎng)基對于抗體比生長速率的影響較小。在批式補(bǔ)料培養(yǎng)中,抗體比生產(chǎn)率由高到低依次是:CHO-K1細(xì)胞、CHO-DG44細(xì)胞、CHO-S細(xì)胞,其中CHO-K1細(xì)胞的抗體比生產(chǎn)速率是DG44細(xì)胞的2~3倍,是CHO-S細(xì)胞的6~8倍,且補(bǔ)料并沒有給CHO-S細(xì)胞帶來很大的表達(dá)提升[34]。因此,CHO-K1細(xì)胞作為工程細(xì)胞表達(dá)抗體,具有低密度、高表達(dá)的特點(diǎn)。
研究表明,CHO-DG44細(xì)胞在轉(zhuǎn)錄速率方面可能存在瓶頸,其與轉(zhuǎn)錄及糖酵解過程相關(guān)的蛋白表達(dá)水平均次于CHO-K1。蛋白質(zhì)組學(xué)研究發(fā)現(xiàn),CHO-K1細(xì)胞中與轉(zhuǎn)錄相關(guān)的幾種蛋白表達(dá)水平較高,如核糖核苷二磷酸還原酶、核仁素蛋白、核仁素相關(guān)蛋白NRP等[32]。同時,CHO-K1細(xì)胞有更大的內(nèi)質(zhì)網(wǎng),更豐富的線粒體基因組變異和異質(zhì)性以及與之對應(yīng)的高細(xì)胞特異性抗體表達(dá)量[36]。內(nèi)質(zhì)網(wǎng)對于分泌蛋白的折疊組裝非常關(guān)鍵,如果內(nèi)質(zhì)網(wǎng)里不可逆地錯誤折疊蛋白超過一定限度,細(xì)胞將啟動未折疊蛋白響應(yīng)機(jī)制,最終發(fā)生細(xì)胞凋亡。因此,大內(nèi)質(zhì)網(wǎng)有利于分泌蛋白的高產(chǎn)率,也有利于高產(chǎn)細(xì)胞的存活和蛋白加工。豐富的線粒體基質(zhì)有利于細(xì)胞自我供能,便于內(nèi)質(zhì)網(wǎng)加工處理未折疊的蛋白[37-39]。由于內(nèi)質(zhì)網(wǎng)和線粒體占據(jù)了細(xì)胞內(nèi)大量的空間,因此抗體表達(dá)量也反映在細(xì)胞體積上。研究發(fā)現(xiàn),灌流培養(yǎng)時高產(chǎn)的CHO-K1細(xì)胞直徑15.7±0.7 μm,CHO-DG44細(xì)胞直徑14.2±0.5 μm,CHO-S細(xì)胞直徑13.7±1.1 μm[34,40]。
熱穩(wěn)定性的增加可提高抗體表達(dá)水平,而熱穩(wěn)定性與宿主細(xì)胞有關(guān)[41-42]。研究表明,CHODG44和CHO-K1表達(dá)抗體熱穩(wěn)定性接近,均明顯高于CHO-S表達(dá)抗體熱穩(wěn)定性[34]。然而,熱穩(wěn)定性差異影響蛋白質(zhì)表達(dá)的機(jī)制尚未明確,IgG1鏈間二硫鍵附近LC端絲氨酸的有無可能是影響抗體穩(wěn)定性的原因之一[43]。
抗體糖基化位點(diǎn)的組成主要是G0F、G1F、G2F,偶爾會有1個或2個唾液酸殘基,甘露糖基化、巖藻糖基化和無糖基化,這些受培養(yǎng)基影響較小,主要受細(xì)胞株影響[44]。CHO-DG44細(xì)胞表達(dá)單克隆抗體,相對于CHO-K1細(xì)胞和CHO-S細(xì)胞表達(dá)的抗體甘露糖基化程度高(CHO-S:2%~3%;CHO-K1:5%~9%;CHO-DG44:11%~13%);抗體產(chǎn)物巖藻糖基化在CHO-S細(xì)胞中最高(94%~96%),其次是CHO-K1細(xì)胞(82%~84%)和CHODG44細(xì)胞(71%~83%);抗體無糖基化修飾在CHO-K1細(xì)胞(2%~5%)和CHO-S細(xì)胞(1%)中含量較低,且在CHO-DG44培養(yǎng)物中未檢測到[34-45]。
半乳糖基化很大程度上受培養(yǎng)基影響,比如培養(yǎng)基里的尿苷、氯化錳和半乳糖等成分,但同時細(xì)胞株對其也有一定程度影響[46-47]。CHO-K1細(xì)胞相對于CHO-DG44細(xì)胞和CHO-S細(xì)胞可以達(dá)到較高的抗體半乳糖基化水平,而CHO-S細(xì)胞半乳糖基化水平最低。唾液酸化水平較高的是CHOK1細(xì)胞(21%~36%),其次是CHO-DG44(15%~19%)和CHO-S細(xì)胞(6%~15%),原因可能是唾液酸形成相關(guān)酶類在CHO-K1中表達(dá)水平較高,如ST3GAL1、ST3GAL 2、ST3GAL 5、ST3GAL 6等[34,48]。
不同宿主細(xì)胞存在糖基化之間的差異[49]。CHO-K1細(xì)胞雖然僅有3個糖型相關(guān)酶且與人類沒有同源性,糖型修飾與人類仍具有一定的差別,如CHO基因組中N-乙酰葡萄糖胺相關(guān)酶類基因不會全部表達(dá),因此CHO細(xì)胞不會生產(chǎn)含有二等分N-乙酰葡萄糖胺殘基的糖型蛋白;另一方面,CHO細(xì)胞基因組相對簡單,因此容易進(jìn)行基因修飾,如僅通過敲除巖藻糖轉(zhuǎn)移酶8(fucosyltransferase 8,F(xiàn)UT8)基因即可去除蛋白的N-糖巖藻糖修飾,從而增加抗體ADCC效應(yīng),原因在于CHO-K1細(xì)胞巖藻糖轉(zhuǎn)移酶中僅有該基因表達(dá)[11,50-52]。CHODG44和CHO-S細(xì)胞來源于CHO-K1,在此基礎(chǔ)上,糖型結(jié)構(gòu)又發(fā)生了一些變化。
有研究發(fā)現(xiàn),中國倉鼠有256種酶,CHO-K1細(xì)胞、CHO-DG44細(xì)胞和CHO-S細(xì)胞分別至少突變13%、2%、25%,雖然不是所有的突變都影響酶活或者存在底物偏好,但在漫長的糖型演化過程中,這些突變增加了最終糖型變化的可能性[11,34]。這就是不同的CHO表達(dá)系統(tǒng)會產(chǎn)生不同糖型的原因。
在構(gòu)建不同CHO細(xì)胞系的過程中,基因乃至染色體已經(jīng)發(fā)生了明顯變化,這些改變進(jìn)一步影響了不同細(xì)胞系的代謝和生長方式。CHO-S細(xì)胞染色體數(shù)目和原始中國倉鼠細(xì)胞相似,但是CHOS細(xì)胞中糖酵解和三羧酸循環(huán)中重要酶類的高水平表達(dá)表現(xiàn)為CHO-S產(chǎn)生最高的葡萄糖消耗速率,從而使得CHO-S細(xì)胞表現(xiàn)出較快的生長速率;Dhfr基因的敲除可能導(dǎo)致該細(xì)胞系細(xì)胞周期相關(guān)蛋白表達(dá)量下降,從而導(dǎo)致CHO-DG44生長較慢;CHO-K1數(shù)目可能較少,但含有豐富的能量代謝關(guān)鍵物質(zhì),因此生長較快[27,31,48]。
除細(xì)胞系的建立過程外,長期傳代和培養(yǎng)過程中,CHO細(xì)胞也會持續(xù)積累變異,甚至造成染色體結(jié)構(gòu)變異,并且這些變異具有隨機(jī)性,是不可預(yù)測和不可控的[12]。內(nèi)在遺傳不穩(wěn)定性是CHO的蛋白表達(dá)可能出現(xiàn)不穩(wěn)定性的因素之一,持續(xù)變異是否影響產(chǎn)品質(zhì)量,需持續(xù)關(guān)注并展開相關(guān)研究。除保證細(xì)胞系的單克隆源性及穩(wěn)健的控制策略外,CHO細(xì)胞中存在的相對保守的DNA序列使得目的基因定點(diǎn)整合到保守基因序列成為一個較好的選擇[12,53-55]。但是目前大部分項(xiàng)目都是使用相對成熟的隨機(jī)整合方式,整合位點(diǎn)所在區(qū)域如果不是保守區(qū)域,則需要評估基因突變以及染色體變異與重組蛋白表達(dá)的穩(wěn)定性之間有無直接的相關(guān)性。無論定點(diǎn)整合還是隨機(jī)整合,均需進(jìn)行細(xì)胞株穩(wěn)定性實(shí)驗(yàn)以證明重組細(xì)胞不同代次表達(dá)產(chǎn)品質(zhì)量的一致性。
除不同培養(yǎng)基和培養(yǎng)方式外,細(xì)胞系本身也可以影響抗體表達(dá)量及質(zhì)量。CHO-K1細(xì)胞有利于抗體表達(dá),CHO-S有利于細(xì)胞量積累,而CHODG44表達(dá)能力和細(xì)胞生長表現(xiàn)居中[34]。高培養(yǎng)密度會帶來高耗氧,高消耗營養(yǎng)物質(zhì),從而給培養(yǎng)過程帶來壓力,因此從便于培養(yǎng)和提高目的產(chǎn)物積累效率角度來看,CHO-K1細(xì)胞的表現(xiàn)最優(yōu)秀,具有高抗體比生產(chǎn)率、高表達(dá)和低細(xì)胞密度的特點(diǎn)[34,56-57]。同時,CHO-K1的低密度特點(diǎn)給工藝和培養(yǎng)基開發(fā)留出了更大的可操作空間,比如在CHO-K1細(xì)胞低密度基礎(chǔ)上進(jìn)行培養(yǎng)基和培養(yǎng)工藝開發(fā),以便于帶來更大的抗體收獲量。
不同宿主細(xì)胞由于遺傳背景不同會影響抗體產(chǎn)量和質(zhì)量,因此宿主細(xì)胞選型需要結(jié)合目的蛋白預(yù)期的質(zhì)量屬性。糖型也可能影響生物藥物的藥效,因此需要將生物藥的安全性、有效性和糖型結(jié)果關(guān)聯(lián),進(jìn)而指導(dǎo)宿主細(xì)胞選擇[58]。糖型本身也可能影響抗體電荷異質(zhì)性,CHO細(xì)胞系建立過程中產(chǎn)生了大量基因變異,這些變異可能影響目的蛋白翻譯后修飾,因此宿主細(xì)胞可能通過多種方式對抗體電荷異質(zhì)性產(chǎn)生影響,但具體機(jī)制仍需要進(jìn)一步研究[59]。