王石光 陸展華 劉維 盧東柏 王曉飛 方志強(qiáng) 巫浩翔 何秀英
(廣東省農(nóng)業(yè)科學(xué)院 水稻研究所/廣東省水稻育種新技術(shù)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室/廣東省水稻工程實(shí)驗(yàn)室, 廣州 510640; *通信聯(lián)系人, email: xyhe@163.com)
優(yōu)質(zhì)稻選育是水稻產(chǎn)業(yè)供給側(cè)改革,提高水稻種植效益的關(guān)鍵舉措。廣東作為水稻起源地之一,率先開(kāi)啟了水稻優(yōu)質(zhì)化育種,在常規(guī)稻和雜交稻優(yōu)質(zhì)化育種過(guò)程中取得了顯著成效[1]。緊隨時(shí)代發(fā)展需求,廣東水稻優(yōu)質(zhì)化育種一直走在全國(guó)前列,形成了走細(xì)小粒型的廣東絲苗米特色之路。2018年廣東開(kāi)始實(shí)施絲苗米振興戰(zhàn)略,創(chuàng)立了廣東絲苗米產(chǎn)業(yè)聯(lián)盟,并制定了廣東絲苗米品種標(biāo)準(zhǔn)和產(chǎn)品標(biāo)準(zhǔn),其中香味與細(xì)小粒型是廣東絲苗米品種的主要評(píng)價(jià)指標(biāo)[1],極大地促進(jìn)了廣東高檔優(yōu)質(zhì)稻米的發(fā)展。然而,當(dāng)前優(yōu)質(zhì)絲苗米品種特別是高產(chǎn)、穩(wěn)產(chǎn)、抗逆等綜合性狀優(yōu)良的優(yōu)質(zhì)香型絲苗米水稻品種仍較為欠缺,亟需優(yōu)化優(yōu)質(zhì)絲苗米品種結(jié)構(gòu)。
水稻功能基因組研究成果為踐行水稻分子設(shè)計(jì)育種、創(chuàng)制“綠色超級(jí)稻”提供了具有重要利用價(jià)值的基因資源[2]。研究表明,編碼甜菜堿醛脫氫酶的基因Badh2功能性缺失,導(dǎo)致2-乙?;?1-吡咯啉(2-AP)特異積累而使稻米產(chǎn)生香味[3,4]。在水稻粒型與稻米外觀品質(zhì)方面,大量相關(guān)的基因被相繼克隆。其中,從粒型細(xì)長(zhǎng)的優(yōu)質(zhì)不育系泰豐A中分離克隆的粒型新基因GW7表達(dá)量上調(diào)可增加谷??v向細(xì)胞分裂并減少橫向細(xì)胞分裂,導(dǎo)致谷粒變得細(xì)長(zhǎng)[5];其等位基因GL7由于一個(gè)17.1 kb的串聯(lián)重復(fù)片段而使得其存在拷貝數(shù)變異(copy number variant, CNV),進(jìn)而引起GL7表達(dá)量上升,同時(shí)下調(diào)了鄰近的負(fù)向調(diào)節(jié)因子的表達(dá)量,從而增加水稻粒長(zhǎng)并改善稻米外觀品質(zhì),序列分析顯示GL7位點(diǎn)的CNV在育種中受到選擇并得以應(yīng)用[6]。
在優(yōu)質(zhì)稻育種方面,本研究團(tuán)隊(duì)選育出了以粵晶絲苗2號(hào)、粵農(nóng)絲苗、粵王絲苗、粵禾絲苗為代表的優(yōu)質(zhì)稻品種[7-9]。其中,粵農(nóng)絲苗是豐抗優(yōu)綜合性狀優(yōu)良的優(yōu)質(zhì)常規(guī)稻品種,具有高產(chǎn)穩(wěn)產(chǎn)性好、稻米品質(zhì)優(yōu)、高抗稻瘟病和中抗白葉枯病、抗倒力強(qiáng)且適應(yīng)性廣等特點(diǎn),自2013年以來(lái)已連續(xù)十年被推薦為廣東省農(nóng)業(yè)主導(dǎo)品種[10-13]。優(yōu)質(zhì)稻粵王絲苗攜帶有GW7的優(yōu)良等位基因,并表現(xiàn)為粒型細(xì)長(zhǎng)、外觀品質(zhì)好等特點(diǎn)[7]。近年來(lái),以CRISPR/Cas9為代表的基因編輯技術(shù)為特異種質(zhì)的創(chuàng)制提供了有力的工具,為下一代育種戰(zhàn)略奠定了基礎(chǔ),有望成為解決全球糧食短缺問(wèn)題的重要方法[14]。本研究利用CRISPR/Cas9技術(shù)編輯香味基因Badh2定向改良高產(chǎn)穩(wěn)產(chǎn)主栽品種粵農(nóng)絲苗與優(yōu)質(zhì)稻粵王絲苗,成功創(chuàng)制兩個(gè)香稻新品系。在此基礎(chǔ)上,利用MAS技術(shù)定向?qū)隚W7/GL7優(yōu)良等位基因,成功選育兩個(gè)豐產(chǎn)性好、籽粒長(zhǎng)寬比超過(guò)4.3的優(yōu)質(zhì)香型絲苗米水稻新品系。這將為優(yōu)質(zhì)高產(chǎn)絲苗型香稻新品種(系)的創(chuàng)制與選育提供新的借鑒,對(duì)廣東絲苗米新品種選育與絲苗米產(chǎn)業(yè)的發(fā)展具有重要意義。
本研究以廣東省農(nóng)業(yè)主導(dǎo)品種粵農(nóng)絲苗和優(yōu)質(zhì)稻粵王絲苗為試驗(yàn)材料,利用CRISPR/Cas9技術(shù)進(jìn)行基因編輯,在此基礎(chǔ)上利用分子標(biāo)記輔助選擇進(jìn)行系譜選育創(chuàng)制新種質(zhì)。所有研究材料均種植于廣東省農(nóng)業(yè)科學(xué)院水稻研究所試驗(yàn)基地,大田育秧、單株移栽,株行距為16.7 cm×16.7 cm,采用常規(guī)栽培措施進(jìn)行田間管理。
香味基因Badh2的CRISPR/Cas9敲除載體構(gòu)建與遺傳轉(zhuǎn)化均在百格基因科技有限公司進(jìn)行,靶標(biāo)設(shè)計(jì)采用該公司開(kāi)發(fā)的高通量CRISPR-Cas9靶點(diǎn)設(shè)計(jì)程序。構(gòu)建好的敲除載體利用農(nóng)桿菌介導(dǎo)法分別轉(zhuǎn)化至粵農(nóng)絲苗與粵王絲苗中。利用包含Badh2靶點(diǎn)的特異引物對(duì)所有轉(zhuǎn)化的T0代植株進(jìn)行擴(kuò)增測(cè)序,通過(guò)序列比對(duì)并結(jié)合測(cè)序峰圖鑒定各T0代植株的突變方式。靶點(diǎn)擴(kuò)增引物正反向序列分別為5'-CCTCCTCTTCACCCTCTCCA-3'和5'-AGGAT ACGCACTTCCGATGC-3'。利用Cas9與gRNA特異擴(kuò)增引物進(jìn)行PCR篩選T1及其后代是否存在T-DNA,以此獲得無(wú)T-DNA元件的敲除純合株系。Cas9檢測(cè)引物正反向序列分別為5'-CACCA TCTACCACCTGAGAA-3'和5'-CGAAGTTGCTCT TGAAGTTG-3'。gRNA檢測(cè)引物正反向序列分別為5'-CTGGCGAAAGGGGGATGTGCTGCAA-3'和5'-ACGACCGGGTCACGCTGCACCT-3'。
在水稻灌漿充實(shí)期,調(diào)查待測(cè)株系中間一行的5個(gè)不同單株的株高;成熟期時(shí),將每個(gè)待測(cè)株系中間生長(zhǎng)正常的3個(gè)單株收割并自然曬干,用于有效穗數(shù)、穗長(zhǎng)、穗粒數(shù)、千粒重、結(jié)實(shí)率、產(chǎn)量以及谷粒粒形與糙米粒形等性狀的考查。其中,谷粒粒型與千粒重性狀使用智能考種分析儀(TPKZ-3,托普云農(nóng))進(jìn)行考種測(cè)定;糙米粒型性狀使用米質(zhì)分析儀(TS-M,托普云農(nóng))進(jìn)行考種測(cè)定。將各性狀的平均值作為該性狀的表型值,使用Excel 2013進(jìn)行數(shù)據(jù)整理,使用SPSS 22.0進(jìn)行數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)分析,根據(jù)最小顯著差異法進(jìn)行多重比較,具體考種標(biāo)準(zhǔn)與數(shù)據(jù)分析參照文獻(xiàn)[15]進(jìn)行。
待測(cè)株系稻谷收獲曬干后磨成糙米放-20℃冰箱保存?zhèn)溆?。待測(cè)糙米樣品使用LUKYM-1冷凍研磨儀磨粉,稱(chēng)取2 g樣品加入10 mL色譜純二氯甲烷進(jìn)行萃取并用過(guò)量無(wú)水硫酸鈉去除水分,立即用無(wú)菌注射器吸取1 mL注入頂空樣品瓶進(jìn)行氣相色譜質(zhì)譜測(cè)定。GC-MS采用島津GCMS-QP2020NX型氣相色譜質(zhì)譜聯(lián)用儀和2-AP標(biāo)準(zhǔn)樣品外標(biāo)法標(biāo)定香氣相對(duì)含量。香味物質(zhì)2-AP含量的測(cè)定委托廣東省農(nóng)業(yè)科學(xué)院稻米品質(zhì)研究室完成。
采用Zhang等[16]開(kāi)發(fā)的功能性標(biāo)記GL7_Dup、GL7_InDel1與GL7_InDel2對(duì)試驗(yàn)材料的GW7/GL7基因型進(jìn)行分子鑒定。利用上述功能標(biāo)記進(jìn)行分子標(biāo)記輔助選擇育種。GW7/GL7位點(diǎn)的分子檢測(cè)從F1代開(kāi)始貫穿于整個(gè)系譜選育過(guò)程,用以選育外觀粒形細(xì)長(zhǎng)的優(yōu)質(zhì)香型絲苗米稻新種質(zhì)。本研究采用的PCR程序與參數(shù)設(shè)置以及電泳檢測(cè)參照此前文獻(xiàn)[17]進(jìn)行。
廣東絲苗米的典型特征是細(xì)小粒型,其關(guān)鍵的評(píng)價(jià)指標(biāo)是糙米粒長(zhǎng)≥6.5 mm且糙米長(zhǎng)寬比≥3.5,千粒重≤21 g,或長(zhǎng)寬比≥4.0的品種千粒重≤23 g[1]。我們以?xún)?yōu)質(zhì)絲苗米品種象牙香占為對(duì)照,對(duì)試驗(yàn)材料的外觀粒型與千粒重進(jìn)行了比較分析(圖1)。結(jié)果表明,粵農(nóng)絲苗的糙米粒長(zhǎng)超過(guò)6.90 mm,但其粒型最短且寬,其糙米長(zhǎng)寬比只有3.37±0.05,谷粒千粒重達(dá)到24.66±0.30 g,均未達(dá)到廣東絲苗米品種標(biāo)準(zhǔn)。與之對(duì)應(yīng)的是,粵王絲苗粒型最為細(xì)長(zhǎng),其糙米粒長(zhǎng)達(dá)到8.40±0.19 mm,糙米長(zhǎng)寬比則達(dá)到4.70±0.11,而千粒重為22.51±0.42 g,均符合廣東絲苗米品種標(biāo)準(zhǔn)。
圖1 親本糙米粒型比較分析Fig. 1. Comparative analysis of grain size of parental brown rice.
為創(chuàng)制新的香稻種質(zhì),我們?cè)谙阄痘駼adh2的第2外顯子處設(shè)計(jì)了一個(gè)靶點(diǎn)(圖2-A),成功構(gòu)建了其CRISPR/Cas9敲除載體。利用農(nóng)桿菌介導(dǎo)法分別轉(zhuǎn)化至粵農(nóng)絲苗與粵王絲苗,分別獲得26株與12株T0代轉(zhuǎn)基因陽(yáng)性植株?;赑CR擴(kuò)增測(cè)序?qū)ι鲜鲫?yáng)性植株進(jìn)行靶點(diǎn)變異分析,篩選粵農(nóng)絲苗與粵王絲苗兩個(gè)背景下香味基因badh2突變純合單株。測(cè)序結(jié)果比對(duì)分析發(fā)現(xiàn),粵農(nóng)絲苗背景存在兩種突變方式:一種為T(mén)堿基的插入,另一種為G堿基的插入;粵王絲苗背景存在一種突變方式:T堿基的插入(圖2-B、C)。以上突變方式造成Badh2基因移碼突變或形成終止密碼子而導(dǎo)致翻譯提前終止(圖2-B)。隨后,從T1代開(kāi)始連續(xù)多代利用Cas9與gRNA特異檢測(cè)引物對(duì)上述敲除株系進(jìn)行檢測(cè),成功篩選到無(wú)T-DNA插入的純合突變株系(圖2-D),分別暫定名為yn-kobadh2與yw-kobadh2。
圖2 Badh2基因敲除植株突變位點(diǎn)分析Fig. 2. Mutation types of Badh2 in gene knockout plants.
為了檢測(cè)Badh2基因敲除對(duì)主要農(nóng)藝性狀的影響,我們對(duì)yn-kobadh2與yw-kobadh2敲除株系的株高和產(chǎn)量等相關(guān)性狀進(jìn)行了比較與測(cè)定(表1)。與各自野生型對(duì)照相比,yn-kobadh2-1的株高顯著降低,而穗長(zhǎng)和谷粒粒長(zhǎng)則顯著或極顯著增加;yw-kobadh2-1的株高顯著降低,yw-kobadh2-2的谷粒長(zhǎng)寬比顯著增加。而在糙米外觀粒型、有效穗數(shù)、每穗實(shí)粒數(shù)、千粒重與產(chǎn)量方面,yn-kobadh2與yw-kobadh2敲除株系與各自野生型對(duì)照均無(wú)顯著差異(圖3-B~F)。隨后,我們對(duì)yn-kobadh2與yw-kobadh2敲除株系的稻米香味物質(zhì)2-AP含量進(jìn)行了測(cè)定(圖3-G)。結(jié)果表明,相比于野生型親本稻米中未檢測(cè)到香味物質(zhì)2-AP,yn-kobadh2與yw-kobadh2敲除純合株系的2-AP含量均極顯著提高,達(dá)到239.39~440.79 μg/kg。因此,可以利用CRISPR/Cas9基因編輯技術(shù)對(duì)Badh2進(jìn)行定點(diǎn)敲除快速地創(chuàng)制香稻新種質(zhì)。
圖3 Badh2基因編輯香稻新種質(zhì)的農(nóng)藝性狀比較分析Fig. 3. Agronomic traits of new fragrant rice germplasms through Badh2 gene editing.
綜合比較粵農(nóng)絲苗與粵王絲苗發(fā)現(xiàn),粵農(nóng)絲苗的產(chǎn)量顯著高于粵王絲苗,而粵王絲苗的外觀粒型更為細(xì)長(zhǎng)(表1和圖4)。利用功能標(biāo)記檢測(cè)發(fā)現(xiàn),粵王絲苗攜帶優(yōu)良的GW7/GL7等位位點(diǎn)(圖4-C)。為創(chuàng)制優(yōu)質(zhì)高產(chǎn)絲苗型香稻新種質(zhì),以yn-kobadh2-1與yw-kobadh2-1為親本雜交,利用GW7/GL7位點(diǎn)的功能標(biāo)記進(jìn)行分子標(biāo)記輔助選擇。經(jīng)過(guò)連續(xù)多代的分子檢測(cè)與系譜選育,于F4代選育出兩個(gè)優(yōu)良株系,暫命名為NWbadh2GW7-1與NWbadh2GW7-2。農(nóng)藝性狀比較分析結(jié)果表明,NWbadh2GW7-1的產(chǎn)量與粵農(nóng)絲苗相當(dāng),而NWbadh2GW7-2的產(chǎn)量達(dá)到7708.4 kg/hm2,極顯著高于粵農(nóng)絲苗,增加約23.2%;外觀粒型方面,NWbadh2GW7-1和NWbadh2GW7-2與粵王絲苗相當(dāng),表現(xiàn)為細(xì)長(zhǎng)粒型,其谷粒長(zhǎng)寬比與糙米長(zhǎng)寬比均超過(guò)4.3,極顯著大于粵農(nóng)絲苗(圖4-D~G)。香味物質(zhì)2-AP含量測(cè)定結(jié)果表明,NWbadh2GW7-1和NWbadh2GW7-2株系的2-AP含量均超過(guò)400 μg/kg(表1)。綜上表明,NWbadh2GW7-1和NWbadh2GW7-2株系豐產(chǎn)性好且達(dá)到廣東絲苗米品種關(guān)于香味與外觀粒型的認(rèn)定標(biāo)準(zhǔn)。
圖4 絲苗型香稻新株系的農(nóng)藝性狀比較分析Fig. 4. Agronomic traits of new fragrant Simiao rice lines.
表1 野生型與創(chuàng)制株系的農(nóng)藝性狀Table 1. Agronomic traits of the wild type and generated lines.
水稻外觀品質(zhì)特別是粒型以及香味是影響稻米品質(zhì)的重要性狀。廣東在水稻優(yōu)質(zhì)化育種進(jìn)程中形成了走細(xì)小粒型的廣東絲苗米特色之路,并制定了廣東絲苗米品種標(biāo)準(zhǔn)和產(chǎn)品標(biāo)準(zhǔn),其外觀品質(zhì)的主要評(píng)價(jià)指標(biāo)就是細(xì)小粒型且要有香味[1]。其中,香味作為絲苗米必備的品質(zhì)性狀,賦予了絲苗米更高的稻米價(jià)格與種植效益。在水稻中,Badh2編碼一個(gè)甜菜堿醛脫氫酶(betaine aldehyde dehydrogenase 2, Badh2),是控制稻米香味的主要基因,其功能缺失可導(dǎo)香味物質(zhì)2-AP含量的大量積累,使稻米產(chǎn)生香味[3,4]。相比于傳統(tǒng)的香稻育種存在的費(fèi)時(shí)費(fèi)力且效率低下的缺點(diǎn),現(xiàn)已有大量的研究通過(guò)生物技術(shù)的手段對(duì)香味基因Badh2進(jìn)行編輯以加速香稻育種進(jìn)程,并創(chuàng)制出了大量新的Badh2突變等位基因[18-26]。本研究利用CRISPR/Cas9基因編輯技術(shù)定點(diǎn)編輯優(yōu)質(zhì)稻粵農(nóng)絲苗與粵王絲苗的Badh2基因,成功創(chuàng)制兩份香稻新品系yn-kobadh2與yw-kobadh2,兩者2-AP含量均極顯著提高,達(dá)到239.39~440.79 μg/kg(圖3)。前人的研究結(jié)果表明,Badh2不同類(lèi)型的突變方式對(duì)2-AP的生物合成與積累的影響可能不同[26-27]。本研究中,yn-kobadh2-1與yw-kobadh2及其兩者衍生的NWbadh2GW7株系的Badh2基因均為同一種的突變方式,但yn-kobadh2-1與NWbadh2GW7株系的糙米中2-AP含量均超過(guò)400 μg/kg,極顯著地高于yw-kobadh2的含量(表1)。以上結(jié)果表明,Badh2的突變可能會(huì)因不同品種之間遺傳背景的差異而影響2-AP的合成與積累。此外,本研究中Badh2基因的敲除對(duì)有效穗數(shù)、每穗實(shí)粒數(shù)、糙米外觀品質(zhì)、千粒重與產(chǎn)量等主要農(nóng)藝性狀無(wú)顯著影響(表1)。因此,定點(diǎn)編輯非香型優(yōu)良水稻品種的Badh2基因可為香稻育種與改良提供新的優(yōu)良種質(zhì)資源。
前期,本研究團(tuán)隊(duì)利用Xa23、Pi2與Wx等作為主要抗源或目標(biāo)基因,通過(guò)分子標(biāo)記輔助選擇(MAS)育成了粵恢88、粵新銀占2號(hào)、粵特油占等優(yōu)質(zhì)抗病恢復(fù)系或常規(guī)稻新品種與臺(tái)早1S、臺(tái)S、沃S等秈型優(yōu)質(zhì)兩系不育系[17,28,29]。本研究發(fā)現(xiàn),粵王絲苗優(yōu)異的外觀粒型可能是由于其攜帶優(yōu)良的GW7/GL7等位位點(diǎn)所致(表1和圖4)。因此,在yn-kobadh2與yw-kobadh2香稻新種質(zhì)創(chuàng)制的基礎(chǔ)上,我們進(jìn)一步通過(guò)MAS技術(shù)定向?qū)隚W7/GL7位點(diǎn),結(jié)合系譜選育的方法成功創(chuàng)制兩個(gè)優(yōu)質(zhì)高產(chǎn)絲苗型香稻新株系NWbadh2GW7-1與NWbadh2GW7-2(表1和圖4)。結(jié)果表明,NWbadh2GW7-1與NWbadh2GW7-2綜合了粵農(nóng)絲苗高產(chǎn)與粵王絲苗優(yōu)良外觀品質(zhì)的優(yōu)點(diǎn),可為廣東絲苗米品種選育提供重要的種質(zhì)儲(chǔ)備與遺傳改良資源。因此,MAS選擇技術(shù)作為重要的育種手段,可快速地聚合和轉(zhuǎn)移有利基因,縮短育種年限,提高育種效率。然而,具有育種利用價(jià)值的基因特別是可用于MAS的有利基因有限,以及目標(biāo)基因與不利性狀的連鎖等限制了MAS技術(shù)在水稻育種中的應(yīng)用。相比而言,CRISPR/Cas9等基因編輯技術(shù)不僅可應(yīng)用于定向敲除不良目標(biāo)基因,也能用于整合優(yōu)良目標(biāo)基因或去馴化,可極大地提高水稻的遺傳改良效率[30-32]。隨著我國(guó)在水稻功能基因組學(xué)上的不斷突破與生物信息學(xué)的快速發(fā)展,基因編輯技術(shù)、MAS選擇技術(shù)與常規(guī)育種技術(shù)等相結(jié)合,將極大地推動(dòng)分子設(shè)計(jì)育種與全基因組選擇育種,以更精準(zhǔn)、高效地選育高產(chǎn)、優(yōu)質(zhì)、抗逆、營(yíng)養(yǎng)高效利用的“綠色超級(jí)稻”。
由于水稻香味基因Badh2為隱性基因,雜合型植株的香味性狀發(fā)生分離,故只需雜交水稻的親本之一攜帶有功能喪失的badh2等位基因,其配組的雜交組合的部分籽粒表現(xiàn)為香,如桃優(yōu)香占等[26,33]。本研究中使用的粵農(nóng)絲苗既是一個(gè)綜合性狀優(yōu)異的常規(guī)優(yōu)質(zhì)稻品種,同時(shí)作為育種“芯片”被廣泛應(yīng)用于優(yōu)質(zhì)常規(guī)稻育種與雜交稻配組,以其為恢復(fù)系育成并通過(guò)國(guó)家、省級(jí)審定或授權(quán)的雜交稻組合已超過(guò)40個(gè)[12];優(yōu)質(zhì)稻粵王絲苗也可作為恢復(fù)系應(yīng)用于雜交稻配組,如已通過(guò)國(guó)家審定的爽兩優(yōu)粵王絲苗。因此,本研究創(chuàng)制的香稻新品系yn-kobadh2與yw-kobadh2與絲苗型香稻新株系NWbadh2GW7可作為重要的遺傳資源用于優(yōu)質(zhì)香型雜交稻育種。
總的說(shuō)來(lái),本研究利用CRISPR/Cas9基因編輯技術(shù)成功創(chuàng)制了兩個(gè)香稻新品系yn-kobadh2與yw-kobadh2,在此基礎(chǔ)上結(jié)合MAS技術(shù)定向選擇GW7/GL7位點(diǎn),選育出豐產(chǎn)性好且籽粒長(zhǎng)寬比超過(guò)4.3的優(yōu)質(zhì)絲苗香型水稻新品系NWbadh2GW7,既為后續(xù)優(yōu)質(zhì)絲苗香型水稻品種的選育提供新的種質(zhì),也為后續(xù)水稻精準(zhǔn)、高效育種改良提供新的思路。