林春姿,謝華斌,黃其偉,高 上,王加峰
(華南農(nóng)業(yè)大學農(nóng)學院/國家植物航天育種工程技術(shù)研究中心,廣東 廣州 510642)
【研究意義】鈣調(diào)素(Calmodulin,CaM)作為細胞內(nèi)主要的Ca2+傳感蛋白,通過與不同的鈣調(diào)素結(jié)合蛋白(Calmodulin Binding Proteins,CaMBPs)結(jié)合傳遞鈣信號,調(diào)控細胞生理和生長發(fā)育過程。IQD 家族蛋白屬于一類CaMBPs,是Ca2+信號傳導的重要感受器[1],在各種陸地植物上都很常見[2]。已發(fā)現(xiàn)的IQD 家族蛋白的結(jié)構(gòu)、生物學功能不盡相同,但大多在植物生長發(fā)育和調(diào)控生物脅迫與非生物脅迫過程中發(fā)揮重要作用,且它們的亞細胞定位模式各不相同[3]。AtIQD1 與KLCR1 和CaM 相互作用,從而將驅(qū)動蛋白與Ca2+第二信使信號聯(lián)系起來[4-5]。其他IQD 家族蛋白也可能介導不同的驅(qū)動蛋白轉(zhuǎn)運信號通路,例如蛋白質(zhì)分選或細胞壁形成[6]。IQD家族最早在擬南芥和水稻中發(fā)現(xiàn),已發(fā)現(xiàn)擬南芥、水稻、大豆、番茄、玉米中有33、29、67、34、26 個IQD基因[2,7]。目前絕大多數(shù)IQD1基因的具體功能尚不明確,利用CRISPR/Cas9 編輯技術(shù)對水稻IQD基因家族成員OsIQD1進行定點編輯,獲得的突變體對探究OsIQD1基因調(diào)控水稻生長發(fā)育與逆境響應的作用機制等均具有重要意義。【前人研究進展】IQD 家族蛋白均含有IQ 基序(IQxxxRGxxxR),其功能的深入研究是闡明Ca2+/CaM 介導的胞內(nèi)鈣信號轉(zhuǎn)導通路的關(guān)鍵[2,8]。擬南芥AtIQD1 定位于細胞核和微管,與CaM 以依賴于Ca2+的方式互作,并與多種蛋白質(zhì)同時相互作用以整合Ca2+信號防御生物脅迫[9-10],而AtIQD22表達受赤霉素抑制,被DELLA基因誘導,表明AtIQD22參與植物防御反應和生長發(fā)育的調(diào)節(jié)[11]。過表達番茄IQD12/SUN會導致番茄果實變長,莖和葉穗軸扭曲生長,推測與生長素的分布改變有關(guān),可見IQD12/SUN參與調(diào)節(jié)植物的生長發(fā)育[12-13],而ZmIQDs 和PtIQDs 對干旱脅迫起關(guān)鍵作用[14-15]。雖然IQD 家族蛋白很早就在水稻中被發(fā)現(xiàn),但它們的具體生物學功能尚未見報道?;蚓庉嬍抢煤怂崦福–as9)對基因組的目標基因進行剪切編輯,從而使目的基因發(fā)生突變而改變某一特定性狀的技術(shù)。利用基因編輯技術(shù)準確有效地對水稻基因組進行修飾,對水稻重要性狀的改良具有重要意義。CRISPR/Cas9 系統(tǒng)是繼鋅指核酸酶(Zinc Finger Nucleases,ZFN)技術(shù)和類轉(zhuǎn)錄激活樣效應因子核酸酶(Transcription Activator-Like Effector Nucleases,TALEN)技術(shù)之后的新一代基因定點編輯技術(shù),利用 CRISPR/Cas9 技術(shù)可對目標基因進行插入或者刪除式的基因敲除[16-18]。CRISPR/Cas9 編輯系統(tǒng)作為植物遺傳改良的有效途徑,自2013 年以來在水稻、小麥、玉米、番茄、煙草、大豆等農(nóng)作物中成功實現(xiàn)了對目標基因的定點編輯[19-23]?!颈狙芯壳腥朦c】本研究團隊前期通過酵母雙雜篩選實驗發(fā)現(xiàn)Pik-H4 和OsIQD1 存在互作關(guān)系,進一步解析水稻OsIQD1 的功能對揭示其在水稻生長發(fā)育、逆境脅迫調(diào)節(jié)過程中的作用機制具有重要意義?!緮M解決的關(guān)鍵問題】以水稻OsIQD1為目的基因,通過CRISPR/Cas9 基因編輯與轉(zhuǎn)基因技術(shù)相結(jié)合,獲得水稻osiqd1突變體材料,以期為后續(xù)開展OsIQD1 參與的抗稻瘟病具體調(diào)控通路的功能解析奠定重要基礎(chǔ)。
供試的水稻材料為粳稻Pik-H4 NIL,是華南農(nóng)業(yè)大學國家植物航天育種工程技術(shù)研究中心利用誘變株系H4 與LTH 構(gòu)建的含有抗稻瘟病基因Pik-H4的近等基因系。Cas9-gRNA 表達盒載體pGTR 和pRGEB32 購自Addgene 公司。編輯靶點引物、核酸測序服務分別由生工生物工程(上海)股份有限公司、北京擎科生物科技有限公司完成。BsaI 內(nèi)切酶、T4 DNA 連接酶、Phanta Super-Fidelity DNA Polymerase 高保真酶分別購自NEB(北京)有限公司、南京諾唯贊生物科技股份有限公司。
利用OsIQD1的CDS 序列在CRISPR/Cas9 在線靶點設(shè)計網(wǎng)站(http://skl.scau.edu.cn/ targetdesign/)設(shè)計2 個特異性靶點。對2 個靶點的編碼區(qū)序列進行掃描分析,以原間隔子鄰近序列(Protospacer Adjacent Motifs,PAM)前20 個堿基作為候選靶點,以日本晴全基因組為參考序列,選擇特異性高的序列〔第1 外顯子和第5 外顯子(DUF4005 結(jié)構(gòu)域)區(qū)域〕為靶位點,設(shè)計2 個20 bp 的編輯靶點,旨在提高無功能蛋白的發(fā)生概率從而實現(xiàn)目標基因敲除。為保證OsIQD1靶點序列的一致性,在Pik-H4 NIL 中對兩個靶點區(qū)域序列分別進行PCR擴增、測序,以分析靶點序列是否與日本晴序列一致,所用引物如表1 所示。
表1 PCR 擴增靶點區(qū)域序列所用的引物Table 1 Primers used for PCR amplification of target region sequences
敲除載體構(gòu)建參考Kabin 等[24]的方法。根據(jù)分別來自第1 外顯子、第5 外顯子的2 個靶點設(shè)計引物(表2)。以pGTR 載體為模板,分別用3 對引物(L5AD5-F 和OSIQD1-target1-R、OSIQD1-target1-F 和OSIQD1-target2-R、OSIQD1-target2-F 和L3AD5-R)擴增相應片段。各片段進行凝膠回收純化后用BsaI 進行酶切,并用T7 連接酶組裝3 個片段,然后將組裝產(chǎn)物用引物(S5AD5-new-F 和S3AD5-new-R)再進行一輪PCR 擴增。PCR 反應體系:2 μL 模板DNA、25 μL 2×Phanta Max Buffer、1 μL dNTP、1 μL Phanta Max Super-Fidelity DNA Polymerase,S5AD5-new-F 和S3AD5-new-R 各2 μL,17 μL ddH2O。PCR 反應程序:95℃預變性5 min;95℃變性15 s、57℃退火15 s、72℃延伸15 s,35 個循環(huán);72 ℃終延伸5 min。PCR 產(chǎn)物純化后用FokI 進行酶切,最終得到gRNA-靶點1-tRNAgRNA-靶點2-tRNA 片段。將Cas9 蛋白表達載體pRGEB32 用BsaI 進行酶切,利用T4 連接酶將帶有靶點的純合片段與酶切載體進行連接重組,將重組載體轉(zhuǎn)化大腸桿菌DH5α 后進行測序分析,陽性轉(zhuǎn)化子轉(zhuǎn)化農(nóng)桿菌EHA105 感受態(tài),并侵染轉(zhuǎn)化Pik-H4 NIL 愈傷組織,經(jīng)2 次篩選、分化、生根,將轉(zhuǎn)基因幼苗進行種植。用CTAB 法提取T0代轉(zhuǎn)基因植株葉片DNA,用抗潮霉素基因(HPT II)特異引物(HPT-F:5′-ATTTGTGTACGCCCGACAGT-3′ 和HPT-R:5′-GTGCTTGACATTGGGGAGTT-3′)進 行PCR檢測以確定轉(zhuǎn)基因陽性植株。
表2 基因編輯載體構(gòu)建所用的引物Table 2 Primers used for gene editing vector construction
為檢測OsIQD1基因靶點的突變情況,利用引物OsIQD1-target1-test-F、OsIQD1-target1-test-R、OsIQD1-target2-test-F、OsIQD1-target2-test-R(表1)分別對轉(zhuǎn)基因陽性植株的OsIQD1基因2 個靶點區(qū)域的DNA 序列進行PCR 擴增。PCR 反應體系:1 μL 模板DNA、12.5 μL 2×Taq Plus Master Mix,引物各1 μL,9.5 μL ddH2O。PCR 反應程序:95℃預變性5 min;95℃變性15 s、57℃退火15 s、72℃延伸1 min,27 個循環(huán);72 ℃終延伸5 min。獲得PCR 擴增產(chǎn)物分別為280、357 bp,將靶點區(qū)域位置的擴增片段進行測序,并與野生型區(qū)域序列進行比對分析,鑒定突變植株的基因變異類型。
基于前期研究已知Pik-H4 與OsIQD1 存在互作關(guān)系,Pik-H4 又受稻瘟病菌誘導,因此進一步檢測野生型和突變體中的病程相關(guān)(Pathogenesisrelated,PR)基因表達量。PR1a和PR1b是最早報道的水稻PR1基因家族成員[25-26],其編碼的蛋白質(zhì)剩余類絲氨酸羧肽酶(Serine Carboxypeptidase-Like Proteins,SCPLs)[27]。剪取野生型和突變體植株的葉片,檢測稻瘟病菌病程相關(guān)基因的表達量,引物序列如表3 所示。
表3 稻瘟病菌病程相關(guān)基因表達檢測所用的引物Table 3 Primers used to detect the expression of genes related to the course of disease in Magnaporthe oryzae
為獲得水稻IQD1的候選蛋白,用AtIQD1 蛋白序列在美國國家生物技術(shù)信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)數(shù)據(jù)庫進行同源搜索,結(jié)果(圖1)表明,水稻中存在3 個與AtIQD1 同源性較高的候選蛋白,分別為Os01g0833800(41.67%)、Os05g0123200(44.27%)和Os05g0463300(46.77%),Os01g0833800 基因包含7 個外顯子,CDS 全長1 503 bp,編碼501個氨基酸,蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)C 端有1 個DUF4005 結(jié)構(gòu)域。Os05g0463300 基因包含5 個外顯子,CDS全長1 617 bp,編碼539 個氨基酸,蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)C 端含有1 個IQ 基序。Os05g0123200 含有6 個外顯子,CDS 全長1 425 bp,編碼475 個氨基酸,蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的 N 端含有1 個IQ 基序,C 端含有1個DUF4005 結(jié)構(gòu)域。已知IQ 基序(IQxxxRGxxxR)主要是少數(shù)幾個CaM 與CaMBPs 結(jié)合的結(jié)構(gòu)域之一[28],而DUF4005 結(jié)構(gòu)域是一種由59 個氨基酸組成的肽,在體外直接與微管結(jié)合[29]。已 知OsIQD1的TIGR Rice Genome Project ID 為Os05m00240[2],且根據(jù)比對氨基酸序列結(jié)果推測,Os05g0123200 為AtIQD1的同源基因OsIQD1。
圖1 OsIQD1 與AtIQD1 同源性分析Fig.1 Homology analysis of OsIQD1 and AtIQD1
為獲得OsIQD1定點編輯突變體,在OsIQD1基因第1 外顯子、第5 外顯子各設(shè)計1個靶點,將組裝好的純合片段連接到pRGEB32載體骨架中,得到pRGEB32-OsIQD1-gRNA 雙元載體(圖2 A、B)。利用OsU3 啟動子測序引物(pRGEB32-CX-F 和 pRGEB32-CX-R)對 構(gòu)建載體上的靶點進行測序,結(jié)果如圖2 C 所示,2 個靶點序列與所設(shè)計靶點序列一致。抽提相應的質(zhì)粒DNA,利用NheⅠ和Hind Ⅲ進行酶切鑒定,獲得大小約為5.57 kb 和10.69 kb 的目的片段(圖2 D),表明OsIQD1的2 個靶點正確組裝到 pRGEB32 載體上。本研究構(gòu)建的載體適用于后續(xù)由農(nóng)桿菌介導的水稻遺傳轉(zhuǎn)化中,為獲得OsIQD1水稻突變體奠定基礎(chǔ)。
圖2 gRNA 靶位點、pRGEB32-OsIQD1-gRNA 表達載體組裝示意圖及陽性克隆鑒定結(jié)果Fig.2 gRNA target sites,assembly diagram of pRGEB32-OsIQD1-gRNA expression vector and positive clone identification results
利用農(nóng)桿菌介導法將pRGEB32-OsIQD1-gRNA 表達載體轉(zhuǎn)入水稻材料Pik-H4 NIL 愈傷組織中,獲得30 株轉(zhuǎn)基因植株。用篩選標記抗潮霉素基因HPT II特異引物(HPT-F 和HPT-R)對轉(zhuǎn)基因植株進行PCR 鑒定,以載體質(zhì)粒為模板作為陽性對照,野生型日本晴DNA 為模板作為陰性對照。結(jié)果(圖3)表明,本研究成功獲得30 株陽性轉(zhuǎn)基因植株。
圖3 轉(zhuǎn)基因株系抗潮霉素基因HPT II 的PCR 鑒定Fig.3 Identification of hygromycin resistance gene HPT II of transgenic line by PCR
為明確OsIQD1基因靶點是否發(fā)生定點編輯,進一步對經(jīng)潮霉素檢測鑒定為轉(zhuǎn)基因陽性植株的突變位點進行分析。由于OsIQD1基因的2 個靶點在序列上相距2 587 bp,利用兩對引物(表1)擴增各靶位點區(qū)域DNA 片段。以獲得的轉(zhuǎn)基因陽性植株基因組DNA 為模板,用相應的引物對靶位點序列進行PCR 擴增并測序。以野生型序列作為參考,分析比較OsIQD1轉(zhuǎn)基因株系中各靶位點附近序列的測序峰圖,并利用解碼網(wǎng)站(http://skl.scau.edu.cn/dsdecode/)對全部轉(zhuǎn)基因植株進行測序分析。結(jié)果(表4)表明,30 個轉(zhuǎn)基因陽性株系中,有10 個株系的OsIQD1基因發(fā)生了定點編輯現(xiàn)象,其中有6 個株系(m1、m2、m6、m8、m10 和m17)的兩個靶點區(qū)域均發(fā)生了編輯;有8 個株系(m1、m2、m3、m6、m8、m10、m17和m25)的靶點1 被編輯,共有13 個編輯事件,編輯效率為21.67%,如m1 中存在大片段缺失導致蛋白翻譯提前終止,而m6 中一條染色體存在2 bp 缺失引起移碼而導致翻譯提前終止(圖4A、B);有8 個株系(m1、m2、m6、m8、m10、m17、m21 和m22)的靶點2 被編輯,共有16 個編輯事件,編輯效率為26.67%,如m1 已經(jīng)是純合突變,兩條染色體中均有1 bp 缺失導致翻譯提前終止,而m6 中一條染色體也有1 bp 缺失引起移碼導致翻譯提前終止(圖4C、D)。綜上分析可推測,部分突變株系(如m1)在T0代時目的基因的功能就喪失,而雜合突變需要在T1、T2代繼續(xù)測序比較分析。
圖4 部分轉(zhuǎn)基因株系中兩個靶點的測序結(jié)果比對Fig.4 Sequencing comparison of two targets in some transgenic lines
表4 部分轉(zhuǎn)基因植株中OsIQD1 基因靶位點編輯情況Table 4 Editing of OsIQD1 gene targets in some transgenic plants
本試驗收獲部分T0代株系的種子進行擴繁得到T1代植株,經(jīng)檢測發(fā)現(xiàn)3 種突變類型:(1)敲除靶點1 存在2 bp 缺失,敲除靶點2 存在1 bp缺失,并且測序峰圖并未出現(xiàn)嚴重的雙峰現(xiàn)象,表明osiqd1-1為純合株系;(2)敲除靶點1 存在一條鏈缺失1 bp、另一條鏈缺失兩個大片段的現(xiàn)象,敲除靶點2 存在1 bp 插入、測序峰圖靶點1有雙峰現(xiàn)象,靶點2 并未出現(xiàn)嚴重的雙峰現(xiàn)象,表明osiqd1-2尚未完全純合,但仍可作為后續(xù)試驗材料;(3)敲除靶點1 存在1 bp 插入,敲除靶點2 存在1 bp 替換且1 bp 插入,并且測序峰圖并未出現(xiàn)嚴重的雙峰現(xiàn)象,表明osiqd1-3為純合株系(圖5A、B、C)。通過熒光定量PCR 檢測osiqd1-1、osiqd1-2、osiqd1-3等3個獨立株系的OsIQD1基因表達量,結(jié)果(圖5D)顯示,這些突變株系的基因表達量顯著低于野生型的表達水平。本研究獲得了具有穩(wěn)定遺傳的CRISPR/Cas9敲除OsIQD1的轉(zhuǎn)基因植株。
圖5 OsIQD1 的CRISPR/Cas9 敲除植株驗證結(jié)果Fig.5 Verification of OsIQD1 knock-outed plants via CRISPR/Cas9
病程相關(guān)基因一般作為免疫響應的標記基因。本研究檢測了野生型和突變體中稻瘟病菌病程相關(guān)基因PR1a和PR1b的表達量,結(jié)果(圖6)顯示,野生型植株P(guān)R1a和PR1b基因表達量相較于osiqd1突變體均上調(diào),說明OsIQD1參與植物的免疫反應過程。
圖6 病程相關(guān)基因PR1a(A)、PR1b(B)在野生型WT 和osiqd1-1、osiqd1-2、osiqd1-3 植株中的相對表達水平Fig.6 Relative expression levels of disease-course related genes PR1a and PR1b in WT and osiqd1-1,osiqd1-2 and osiqd1-3 plants
經(jīng)前期鑒定獲得OsIQD1轉(zhuǎn)基因3 種突變類型植株(圖7),與野生型Pik-H4 NIL 相比,OsIQD1轉(zhuǎn)基因T1代幼苗植株生長相對一致,但分蘗數(shù)增多。敲除OSIQD1后對水稻抗病的影響需要進一步檢測。
圖7 osiqd1-1、osiqd1-2、osiqd1-3 與野生型WT 幼苗植株形態(tài)特征比對Fig.7 Morphological characteristics of osiqd1-1,osiqd1-2 and osiqd1-3 compared to the WT
水稻作為全球主要的糧食作物之一,養(yǎng)育世界一半以上的人口。隨著人口持續(xù)增長、耕地面積減少、極端環(huán)境頻發(fā)等問題的出現(xiàn),糧食產(chǎn)量和安全引起了國家重點關(guān)注[30]。解決當前糧食短缺的有效措施之一是在現(xiàn)有耕地的基礎(chǔ)上,突破傳統(tǒng)育種手段瓶頸,借助分子手段,實現(xiàn)精準、高效的分子設(shè)計育種,提高水稻產(chǎn)量[31]。但傳統(tǒng)育種手段需要經(jīng)過多代回交篩選,育種工作量巨大,周期較長,效率低下,且容易受連鎖基因影響。而CRISPR/Cas9 是一種高效且簡便的基因定點編輯技術(shù),能快速獲得目標性狀改善并能穩(wěn)定遺傳的純合突變植株,極大地縮短了育種周期[32-33]。
目前已經(jīng)報道的水稻IQD基因有29 個,但只有OsIQD14得到進一步研究,而其他家族成員未得到深入研究。OsIQD14 在水稻籽殼細胞中高度表達,調(diào)節(jié)微管細胞骨架動力學以控制稻粒大小。除了定位到細胞核和細胞質(zhì)外,OsIQD14還沿著微管分布。當OsIQD14 耗盡時,谷物變得更寬更短,作物產(chǎn)量增加;當OsIQD14 過表達時,晶粒變得更長更窄,不會影響總產(chǎn)量[34]。本研究利用CRISPR/Cas9 技術(shù),通過雙靶點編輯方式,對水稻OsIQD1進行定點突變,相對于單靶點編輯得到較多單一堿基突變,極大提高了對OsIQD1的編輯效率。其中target1 位點的編輯效率為21.67%,target2 位點的編輯效率為26.67%,表明同一基因的不同靶位點會影響編輯效率,與已報道的細胞質(zhì)分裂關(guān)鍵基因OsMAP65-3一致,載體的編輯效率與不同的靶序列相關(guān)性較大[35]。因此,為確保高效編輯,對目的基因編輯時應選用2 個以上的靶位點。
本研究T0代植株突變種類較為豐富,極大提高了OsIQD1變異的多樣性,但鑒于CRISPR/Cas9 編輯植株的T0代轉(zhuǎn)基因株系會產(chǎn)生純合突變、雜合突變、雙等位突變,以及未發(fā)生突變等4 種基因型植株,純合突變株系比例相對較少,要獲得較多的變異類型則需要對雜合突變、雙等位突變等轉(zhuǎn)基因植株后代的分離情況進行分析與鑒定。目前本研究利用CRISPR/Cas9 基因編輯技術(shù)對水稻鈣調(diào)蛋白結(jié)合蛋白基因OsIQD1編碼區(qū)序列進行定點編輯,獲得了能夠穩(wěn)定遺傳的種質(zhì)材料,為后續(xù)開展水稻抗稻瘟病育種奠定了基礎(chǔ)。
研究發(fā)現(xiàn),過表達AtIQD1可以使擬南芥顯著增強對壞死型真菌Botrytis cinerea的抗性,敲除AtIQD1則表現(xiàn)感病,下調(diào)一些與植物生物防御相關(guān)基因的表達[36]。水稻OsIQD1 是否具有與AtIQD1 類似的功能仍有待進一步研究。本研究通過創(chuàng)制水稻OsIQD1 突變體,旨在研究IQD1在參與水稻抗病具體調(diào)控通路中的作用機理。病程相關(guān)蛋白質(zhì)是植物受病原物脅迫后誘導產(chǎn)生并積累的一類蛋白質(zhì),是植物防衛(wèi)體系的重要組成部分,它們往往在植物抗病反應的下游發(fā)揮作用,在很多情況下是直接限制病原物生長的主要因素。最早報道的水稻PR1基因家族成員PR1a和PR1b,受稻瘟病菌(Magnaporthe oryzae)、水楊酸(Salicylic Acid,SA)、茉莉酸(Jasmonic Acid,JA)等誘導,對光、傷害、磷酸酶抑制劑等脅迫和化學處理作出反應[25-26]。本研究結(jié)果表明,與野生型Pik-H4 NIL 相比,PR1a和PR1b在osiqd1突變體植株中的表達量明顯升高,初步推測OsIQD1 參與植物的基礎(chǔ)免疫反應過程。
鑒于CRISPR/Cas9 基因編輯可特異性敲除目標DNA 序列,本研究利用該技術(shù),設(shè)計了分別靶向起始密碼子(ATG)下游與DUF4005 結(jié)構(gòu)域的兩個靶點,對OsIQD1基因進行定點編輯,并獲得了osiqd1純合突變體材料。與野生型Pik-H4 NIL相比,osiqd1突變體在幼苗時期長勢大致相同,但分蘗增多;同時,PR1a和PR1b在osiqd1突變體中表達量明顯升高,初步推測OsIQD1 參與到植物的基礎(chǔ)免疫過程中,為水稻抗稻瘟病的研究提供了豐富的遺傳材料,也為水稻的抗病育種奠定了重要基礎(chǔ)。