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海洋微生物鐵載體的研究進(jìn)展*

2022-09-22 02:41:44張笑雨朱建明蔡中華
關(guān)鍵詞:鐵載體受體海洋

張笑雨 朱建明 蔡中華 周 進(jìn)**

(1)清華大學(xué)深圳國際研究生院,海洋工程研究院,深圳 518055;2)哈爾濱工業(yè)大學(xué)(威海),海洋科學(xué)與技術(shù)學(xué)院,威海 264209)

海洋中微量金屬元素的生物地球化學(xué)循環(huán)是一個(gè)備受關(guān)注的議題。在眾多的微量金屬中,鐵是代表性成員之一;對(duì)絕大多數(shù)海洋浮游生物來說,鐵是其生長(zhǎng)所必須的一種重要元素。鐵作為輔因子在生化反應(yīng)、電子傳遞、代謝途徑等生命活動(dòng)過程中發(fā)揮著關(guān)鍵作用,重點(diǎn)表現(xiàn)在控制浮游植物的生產(chǎn)力和群落結(jié)構(gòu)等[1]。盡管在地殼中鐵元素儲(chǔ)量豐富,但鐵在海洋環(huán)境中主要以不易溶解的三價(jià)(Fe3+)氧化鐵或氫氧化鐵復(fù)合物形式存在,使得其生物可利用性極低。因此,生物常通過合成和分泌對(duì)Fe3+具有高親和力的小分子化合物鐵載體(siderophores),來螯合環(huán)境或宿主細(xì)胞中的鐵元素以滿足正常生命活動(dòng)的需求(圖1)[2]。

Fig.1 The affinity of siderophore to iron and its binding process with divalent and trivalent iron[2]圖1 鐵載體對(duì)鐵的親和及其與二價(jià)和三價(jià)鐵的結(jié)合過程[2]

海洋細(xì)菌產(chǎn)生了水體中大部分的有機(jī)鐵螯合劑[3]。這些細(xì)菌通過產(chǎn)生不同類型的鐵載體與浮游植物競(jìng)爭(zhēng)鐵,對(duì)海洋環(huán)境中的鐵含量和溶解度產(chǎn)生重大影響[4]。海洋鐵載體含有羥基羧酸官能團(tuán),由檸檬酸類(如鏈球菌素(snychobactins)、巖桿菌素(petrobactin)、產(chǎn)氣菌素(aerobactin)和海藻菌素(marinobactins))或β-羥基天冬氨酸類(如水楊酸(aquachelins)、洛希其林(loihichelins)和細(xì)菌素(alterobactin))所提供,鐵載體通過形成Fe3+-載體復(fù)合物參與鐵的循環(huán),從而增加細(xì)菌對(duì)鐵的利用率[5-6]。在海水中提取的天然有機(jī)物中,已檢測(cè)到具有典型鐵載體性質(zhì)的羥酯和兒茶酚(catecholates)化合物[7-8]。同時(shí)有研究發(fā)現(xiàn),在表層和深海分別存在多樣化的鐵氧胺G和鐵氧胺E,這兩種物質(zhì)是鐵載體典型的賦存形式,并維持著鐵的生物可利用度。這表明鐵載體在提高海洋水體中鐵的豐度和有效性方面發(fā)揮了重要作用,從而推動(dòng)了鐵的生物地球化學(xué)循環(huán)[9-10]。

對(duì)海洋中鐵載體的分離、鑒定和生物學(xué)功能研究已有幾十年的歷史,對(duì)它們?cè)谖⑸镏械霓D(zhuǎn)運(yùn)機(jī)制、合成途徑、生態(tài)功能也有了廣泛而深入的認(rèn)識(shí)。對(duì)于鐵載體的生物合成機(jī)制及相應(yīng)生態(tài)學(xué)功能,近十年間也取得了顯著進(jìn)展?;谶@些進(jìn)展,本文主要圍繞海洋微生物鐵載體的生態(tài)學(xué)過程展開評(píng)述,以期對(duì)這類天然產(chǎn)物的生物合成機(jī)理、代謝途徑、生態(tài)功能和未來研究態(tài)勢(shì)進(jìn)行系統(tǒng)梳理,提高對(duì)其在整個(gè)海洋鐵循環(huán)中所起生態(tài)作用的理解。

1 鐵循環(huán)的微生物學(xué)過程

Fig.2 The main iron cycle process in the ocean(siderophores)[11]圖2 海洋中主要鐵循環(huán)過程(含鐵載體)[11]

依據(jù)物理、化學(xué)和生物的原理,Kappler等[11]總結(jié)了海洋微生物鐵循環(huán),勾勒了不同水層中鐵的氧化-還原狀態(tài)及涉及的關(guān)鍵微生物學(xué)過程(圖2)。微生物介導(dǎo)的鐵代謝主要包括氧化和還原反應(yīng),氧化過程大體分為4類,即O2氧化、生物礦化、光化學(xué)反應(yīng)以及硝酸鹽氧化[12]。介導(dǎo)鐵氧化的微生物被稱為鐵氧化菌(Fe-oxidizing microorganism,F(xiàn)OM),包含4種類型:中性好氧鐵氧化菌(aerobic neutrophilic FOM)、嗜酸性好氧鐵氧化菌(aerobic acidophilic FOM)、厭氧光合鐵氧化菌(anaerobic anoxygenic photosynthesis FOM)以及硝酸鹽依賴型鐵氧化菌(anaerobic nitrate-dependent FOM,ANDFOM)[13]。在海洋中,不同水層的光照、溶氧、溫度及元素組成不同,這使得鐵的氧化過程還耦合了其他元素的代謝循環(huán)。例如,在與氮(N)元素的耦合關(guān)系上,異化鐵還原、鐵氨氧化、反硝化過程是海洋環(huán)境中鐵氮循環(huán)耦聯(lián)的重要方式。浮游植物的光合作用是固定大氣CO2的主要形式,將無機(jī)碳轉(zhuǎn)化為有機(jī)碳是食物網(wǎng)C循環(huán)的主要推手。有研究發(fā)現(xiàn)鐵有利于提升浮游植物的固碳效率[14],鐵的利用與再生為碳循環(huán)網(wǎng)絡(luò)的運(yùn)行提供了驅(qū)動(dòng)力[15]。

鐵的還原過程包括膠體鐵的還原、鐵-有機(jī)配體的光還原或生物還原。鐵在海洋中主要以無機(jī)態(tài)Fe3+離子或者綁定有機(jī)配體的鐵載體復(fù)合物(Fe3+L)形式存在,其中Fe3+L是主要的存在形式(占99%以上)。鐵還原可以引起Fe3+L的解離或產(chǎn)生Fe3+離子,前者是解離性還原,后者是非解離性還原[16]。Fe3+異化鐵還原是古菌和細(xì)菌等鐵還原菌通過氧化有機(jī)或無機(jī)物將電子傳遞給末端電子受體Fe3+并產(chǎn)生其所需能量的過程,因此異化鐵還原又稱鐵呼吸[17]。異化鐵還原細(xì)菌采用以下3種方式將電子傳遞到Fe3+礦物表面:a.微生物與Fe3+直接接觸;b.微生物分泌胞外螯合物促進(jìn)Fe3+的溶解;c.微生物利用電子穿梭體作為中介使電子到達(dá)礦物表面[18]。到目前為止已有超過71種海洋鐵還原菌被鑒定[19],其中地桿菌(Geobacteraceae)和希瓦氏菌(Shewanella)是研究最多的兩種鐵還原菌[20]。

2 鐵載體的類型

鐵載體的分子質(zhì)量在500~1500 u之間,多為八面體構(gòu)型,主要為異羥肟酸(hydroxamates)或鄰苯二酚衍生物。目前,從海洋環(huán)境中分離并鑒定的鐵載體已超過200種,主要分為異羥肟酸、兒茶酚、羧酸鹽(carboxylates)以及一些混合類型(圖3)。具有鐵載體產(chǎn)生能力的細(xì)菌也較為廣泛,包括變形菌(Proteobacteria)(α-、β-、γ-、δ-綱)、厚壁菌(Firmicutes)、放線菌(Actinobacteria)和酸桿菌(Acidobacteria)等[21]。

Fig.3 Main types of siderophores圖3 鐵載體的主要類型

3 鐵載體的生物合成

真核生物中,鐵載體的生物合成常始于檸檬酸、氨基酸、二羥基苯甲酸鹽和?;?羥基鎳氨等前體[22],負(fù)責(zé)鐵載體合成的操縱子包括sidA、sidD、sidG、sidF、sidC以及sidL基因,其中真菌的鐵載體合成都是從L-鳥氨酸(L-ornithine)開始,一般僅產(chǎn)生羥肟酸類鐵載體[23];原核生物中常見鐵載體前體是腸桿菌素(enterobactin),其合成操縱子包括entC/D/E/B/A/H家族、fepA/B/C/D/E/G家族以及entS元件[24]。

在微生物中負(fù)責(zé)鐵載體生物合成的途徑主要分為兩大類:一類是依賴于非核糖體肽合成酶(nonribosomal peptide synthetase,NRPS)的生物合成途徑。目前NRPS的催化機(jī)制已經(jīng)得到很好的闡明,許多鐵載體如腸桿菌科(Enterobacteriaceae)產(chǎn)生的腸桿菌素[25]、假單胞菌(Pseudomonas)中的銅綠假單胞菌鐵載體(pyoverdine)[26]以及黑粉菌(Ustilago maydis)產(chǎn)生的高鐵色素(ferrichrome)[27]等都是通過這一機(jī)制合成。另一類是不依賴于NRPS的合成途徑,參與這一途徑的鐵載體合成酶家族直到近年才開展精細(xì)的研究,例如腸桿菌產(chǎn)生的產(chǎn)氣菌素[28]、金黃葡萄球菌(Staphylococcus aureus)合成的載鐵素(staphyloferrin)[29]以及鏈霉菌(Streptomycete)分泌的去鐵草酰胺(desferrioxamine)[30]等。

在第一種途徑中,典型的NRPS是以模塊形式存在的多功能酶,通常包含3種基本模塊(起始、延伸和終止模塊)。每個(gè)模塊含有一套獨(dú)特的、非重復(fù)使用的催化功能域。起始模塊只含有一個(gè)腺苷化功能域(adenylation domain)和一個(gè)肽酰基載體蛋白(peptidyl carrier protein,PCP)。而延伸模塊通常至少含有3個(gè)最基本的催化功能域,即腺苷化功能域、肽?;d體蛋白,以及縮合結(jié)構(gòu)域(condensation domain)。在終止模塊中,除了一個(gè)正常的延伸模塊外,在其碳末端還有一個(gè)硫酯酶功能域(thioesterase)。此外,有的模塊還含有其他的修飾功能域,例如甲基化酶(methytransferase)功能域和表異構(gòu)化酶(epimerase)功能域。在第二種途徑中,即不依賴于NRPS體系,大腸桿菌(Escherichia coli)K-12產(chǎn)生的產(chǎn)氣菌素是最早發(fā)現(xiàn)并確認(rèn)的不依賴于NRPS方式合成的鐵載體。在鐵缺乏的培養(yǎng)基中,多種革蘭氏陰性菌如大腸桿菌、志賀氏菌、耶爾森氏菌和沙門氏菌中都能產(chǎn)生產(chǎn)氣菌素,并且在大腸桿菌的質(zhì)粒pColV-K30上鑒定了它的生物合成基因簇[28]。

4 鐵載體的轉(zhuǎn)運(yùn)與調(diào)控機(jī)制

4.1 鐵載體的轉(zhuǎn)運(yùn)

革蘭氏陰性菌對(duì)Fe3+L的吸收依賴于外膜受體(OMR)、周 質(zhì) 結(jié) 合 蛋 白(periplasmic binding proteins,PBPs)、TonB復(fù)合物 以 及ABC轉(zhuǎn)運(yùn)體(ATP binding cassette transporters)等。Fe3+L到達(dá)的第一個(gè)靶點(diǎn)是能識(shí)別并結(jié)合該復(fù)合物的特定OMR。Fe3+L的跨膜運(yùn)輸是一個(gè)依賴能量的過程[31],這個(gè)能量由TonB復(fù)合物提供,它由3種周質(zhì)膜蛋白構(gòu)成(TonB、ExbB和ExbD)[32],且分別嵌于細(xì)胞質(zhì)膜上[33]。TonB復(fù)合物借助細(xì)胞膜上的質(zhì)子動(dòng)力到達(dá)外膜,從而促進(jìn)Fe3+L從外膜主動(dòng)轉(zhuǎn)運(yùn)到細(xì)胞周質(zhì),然后與周質(zhì)結(jié)合蛋白相結(jié)合[34]。形成的Fe3+-鐵載體-PBPs復(fù)合物通過ABC轉(zhuǎn)運(yùn)體跨過細(xì)胞內(nèi)膜轉(zhuǎn)運(yùn)到細(xì)胞質(zhì)(圖4a)[35]。ABC轉(zhuǎn)運(yùn)體位于細(xì)胞內(nèi)膜,它能利用ATP水解產(chǎn)生的能量將復(fù)合物逆濃度梯度泵到細(xì)胞質(zhì)外,一旦鐵載體到達(dá)細(xì)胞質(zhì)Fe3+就會(huì)被釋放出來[36]。對(duì)海洋模式生物三角褐指藻(Phaeodactylum triconutum)的研究發(fā)現(xiàn):鐵載體基因sid編碼的蛋白質(zhì)會(huì)結(jié)合Fe3+,綁定上游結(jié)合蛋白1(far upstream element binding protein 1,F(xiàn)BP1),從而實(shí)現(xiàn)Fe3+離子化合物向膜內(nèi)的運(yùn)輸(圖4b)[37]。

與革蘭氏陰性菌不同,革蘭氏陽性菌不具備外膜或周質(zhì)區(qū),F(xiàn)e3+L轉(zhuǎn)運(yùn)到細(xì)胞質(zhì)的途徑不確定是否與革蘭氏陰性菌不同,但它們都存在周質(zhì)結(jié)合蛋白受體和ABC轉(zhuǎn)運(yùn)體。如金黃色葡萄球菌的PBPs受體對(duì)Fe3+L表現(xiàn)出更高的親和力,從而可以從環(huán)境中攝取Fe3+L,并在ABC轉(zhuǎn)運(yùn)體的協(xié)助下轉(zhuǎn)運(yùn)到革蘭氏陽性菌的細(xì)胞質(zhì)[38]。

Fig.4 Transmembrane transport involved in siderophores[35-37]圖4 鐵載體的跨膜運(yùn)輸過程[35-37]

此外,近年來海洋真菌也證實(shí)具有鐵載體轉(zhuǎn)運(yùn)系統(tǒng),其工作原理大體分為4類。a.穿梭機(jī)制,鐵載體復(fù)合物被運(yùn)輸穿過細(xì)胞膜,在那里Fe3+被配體釋放并被還原酶還原,例如真菌(如黑粉菌U.maydis)對(duì)高鐵色素的運(yùn)輸[39]。b.“的士”機(jī)制,來自胞外鐵載體的Fe3+通過細(xì)胞膜轉(zhuǎn)移到細(xì)胞內(nèi)配體上,類似于搭乘的士進(jìn)行內(nèi)外穿梭。c.水解機(jī)制,整個(gè)Fe3+L被運(yùn)輸?shù)郊?xì)胞中,經(jīng)過多次還原和降解過程釋放Fe3+離子化合物。Fe3+在細(xì)胞內(nèi)被還原為Fe2+,鐵載體再次被分泌到胞外[40]。d.還原機(jī)制,F(xiàn)e3+-載體復(fù)合物不跨細(xì)胞膜運(yùn)輸,F(xiàn)e3+還原為Fe2+發(fā)生在細(xì)胞膜上,然后還原的Fe被細(xì)胞吸收,這一過程常被稗黑穗病菌(Ustilago sphaerogena)用于從高鐵色素中吸收Fe3+[41]。

4.2 調(diào)控機(jī)制

在生物合成之后,鐵載體被分泌到環(huán)境中以獲取鐵[42]。其外排動(dòng)力主要包括協(xié)同轉(zhuǎn)運(yùn)超家族蛋白(major facilitator superfamily,MFS)和抗性-結(jié)瘤-細(xì)胞分裂超家族外排泵(resistance-nodulationdivision,RND)等。在第一種途徑MFS中,許多依賴NRPS合成途徑的鐵載體基因簇都含有MFS轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白編碼基因。MFS家族蛋白是分子質(zhì)量最大的一類轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白,擁有12個(gè)以上的跨膜α螺旋[43],負(fù)責(zé)轉(zhuǎn)運(yùn)離子、碳水化合物、脂質(zhì)、肽、核苷和其他次生代謝產(chǎn)物[14]。第二種途徑RND最早在銅綠假單胞菌(P.aeruginosa)中發(fā)現(xiàn),該菌的MexAB-OprM系統(tǒng)是在鐵載體熒光素分泌中發(fā)現(xiàn)的第一個(gè)RND泵[44]。在大腸桿菌中,TolC與RND泵互補(bǔ)負(fù)責(zé)將鐵載體腸桿菌素泵出外膜[45]。此外,MmpS5-MmpL5型RND外排泵在結(jié)核分枝桿菌(Mycobacterium tuberculosis)中被鑒定[46],該泵受轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)因子Rv0678的調(diào)節(jié)[47],缺少Rv0678的突變體不會(huì)影響鐵載體羧基分枝桿菌素的吸收,但會(huì)影響細(xì)胞的生長(zhǎng)[48]。

鐵載體的調(diào)控機(jī)制主要包括鐵吸收調(diào)控蛋白和σ因子調(diào)節(jié)。第一種方式中調(diào)節(jié)胞內(nèi)鐵平衡利用的是Fur蛋白(ferric uptake regulator)[49]。在高濃度鐵的條件下,過量的鐵離子與Fur蛋白結(jié)合,從而抑制鐵載體合成和鐵轉(zhuǎn)運(yùn)基因的轉(zhuǎn)錄,同時(shí)Fur蛋白通過小RNA RyhB來間接促進(jìn)儲(chǔ)鐵蛋白的表達(dá),以防止胞內(nèi)過量的鐵發(fā)生芬頓反應(yīng)(Fenton reaction)產(chǎn)生羥基自由基損傷細(xì)胞;而在低鐵濃度條件下,F(xiàn)ur蛋白上無鐵離子結(jié)合從而失去了活性,解除了對(duì)鐵載體合成基因和鐵轉(zhuǎn)運(yùn)基因轉(zhuǎn)錄的阻遏,間接調(diào)控著儲(chǔ)鐵蛋白的表達(dá)[49]。在第二種方式中,主要通過σ因子調(diào)節(jié)鐵載體受體的轉(zhuǎn)錄來實(shí)現(xiàn)。σ因子幾乎存在于所有的細(xì)菌中,調(diào)節(jié)多個(gè)基因的轉(zhuǎn)錄并參與鐵載體的合成和吸收[50]。銅綠假單胞菌的PvdS、熒光假單胞菌(Pseudomonas fluorescens)的PbrA、惡臭假單胞菌(P.putida)的PfrI/PupI以及大腸桿菌K-12的Fec家族都具有σ因子屬性并行使對(duì)鐵載體的調(diào)節(jié)[51]。以大腸桿菌的σ因子為例,F(xiàn)ecA是大腸桿菌K-12中轉(zhuǎn)運(yùn)檸檬酸鹽-鐵結(jié)合體的受體,fecA基因?qū)儆趂ecA/B/C/D/E操縱子族,而fecA/B/C/D/E的轉(zhuǎn)錄依賴于σ因子FecI。當(dāng)胞外鐵載體結(jié)合到受體FecA之后,F(xiàn)ecA將信號(hào)傳遞到內(nèi)膜蛋白FecR,F(xiàn)ecR將信號(hào)穿過內(nèi)膜傳遞到FecI,隨后FecI指導(dǎo)RNA聚合酶轉(zhuǎn)錄fecA/B/C/D/E操縱子,F(xiàn)ecI的活性受抗σ因子的元件——FecR調(diào)控。FecA與FecR以及FecR與FecI之間的相互作用已被證明,其中FecA的N端和FecR的C端相互作用,而FecR的胞質(zhì)部分和FecI相互關(guān)聯(lián)[12]。

5 海洋微生物鐵載體的攝取

海水中鐵的不足催生了螯合劑的出現(xiàn),促使生物能更為有效地獲取鐵,原核生物和真核生物中均存在不同的鐵載體攝取機(jī)制。

5.1 原核生物鐵載體的攝取

在革蘭氏陰性菌中,每個(gè)鐵載體復(fù)合物都被一個(gè)特定的OMR所識(shí)別。雖然OMR極其多樣,但鐵載體復(fù)合體被吸收的普遍模式是:OMR與內(nèi)膜蛋白TonB相互作用,以促進(jìn)鐵載體復(fù)合體的吸收。目前的模型(圖5)表明,TonB將內(nèi)膜蛋白ExbB和ExbD以及細(xì)胞呼吸時(shí)產(chǎn)生的能量傳遞給OMR,從而導(dǎo)致OMR的構(gòu)象變化以促進(jìn)鐵與鐵載體向細(xì)胞內(nèi)轉(zhuǎn)運(yùn)[52]。在大腸桿菌中,鐵載體腸桿菌素被外膜受體FepA識(shí)別,一旦腸桿菌素穿過外膜,周質(zhì)結(jié)合蛋白FepB就會(huì)將其運(yùn)送到內(nèi)膜,在內(nèi)膜上由FepC、FepD和FepG組成的復(fù)合體將腸桿菌素運(yùn)輸?shù)郊?xì)胞質(zhì)中。其他鐵載體的吸收機(jī)制大體相似,但略有不同,例如銅綠假單胞菌的熒光鐵載體被OMR識(shí)別后,是在周質(zhì)結(jié)合蛋白FpvC和FpvF的作用下泵入細(xì)胞質(zhì)[53]。

Fig.5 Microbial iron uptake and siderophore transport(Gram-negative bacterium)[53]圖5 微生物的鐵攝取與鐵載體轉(zhuǎn)運(yùn)(革蘭氏陰性菌)[53]

目前證據(jù)表明原核生物能夠通過還原機(jī)制從有機(jī)螯合物中獲得鐵,其效率取決于鐵復(fù)合物和原核生物種類。細(xì)菌通常通過TonB依賴的外膜受體運(yùn)輸鐵載體,這是一類依賴于TonB蛋白的轉(zhuǎn)運(yùn)體,它跨越周質(zhì)空間為外膜的吸收作用供能[54-55]。依賴TonB的受體在藍(lán)細(xì)菌Synechocystis sp.PCC 6803中得到確認(rèn)[56],這些受體基因經(jīng)常存在于它們的基因組中。生物不產(chǎn)生鐵載體,但可能利用其TonB依賴受體來竊取其他物種產(chǎn)生的鐵載體,這也是許多細(xì)菌常用的策略[57]。海洋環(huán)境中藍(lán)細(xì)菌Synechococcus sp.PCC 7002和Synechococcus sp.WH7803能夠從各種羥酯和兒茶酚酸鐵載體中獲得鐵[58]。從大西洋收集的束毛藻(Trichodesimum sp.)發(fā)現(xiàn)其能夠從一系列鐵載體(包括去鐵氧胺、紅烏酸和鐵鉻)中獲取鐵[59-60]。與近岸的藍(lán)細(xì)菌不同,遠(yuǎn)洋微小藍(lán)細(xì)菌(Picocyanobacteria)和固氮菌的基因組中還未發(fā)現(xiàn)TonB依賴受體的基因,這表明細(xì)菌運(yùn)輸鐵載體的途徑具有空間差異和種屬異質(zhì)性[61-62]。此外,魚腥藻Anabaena sp.PCC 7120中裂殖素受體與已知的羥肟酸鐵載體受體同源,并在基因組中與裂殖素生物合成基因搭配,最近已通過基因敲除實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證了其功能[63]。

除了依賴TonB的方式,一些細(xì)菌缺少TonB依賴外膜受體,它們進(jìn)化出了一個(gè)備選方式,即將Fe3+轉(zhuǎn)化為Fe2+的還原過程,從而促進(jìn)鐵的吸收。還原過程可以像真核生物那樣直接發(fā)生在膜表面,也可能通過電子穿梭間接發(fā)生。底棲海洋藍(lán)藻(Lygbya majuscula)已被證實(shí)由自由基陰離子超氧化物充當(dāng)穿梭器[64]。最近對(duì)大洋聚球藻屬(Synechococcusspp.)和紅海束毛藻(Trichodesmium erythraeum IMS101)的研究表明,這兩種生物都能還原鐵,而對(duì)于Trichodesmium erythraeum IMS1011來說,二價(jià)鐵螯合劑的加入降低了鐵載體對(duì)鐵的吸收速率,表明吸收過程涉及到一個(gè)還原步驟。此外,“鐵載體穿梭”機(jī)制還可以解釋異養(yǎng)細(xì)菌中不加區(qū)分的鐵載體轉(zhuǎn)運(yùn),雖然對(duì)其機(jī)制的了解才剛剛開始,但推測(cè)可能與以下因素有關(guān):鐵螯合物電位的差異,電子穿梭還原的敏感性,鐵載體通過外膜擴(kuò)散的能力以及膜孔蛋白的大小等[65]。

5.2 海洋真核生物鐵載體的攝取

真核生物獲得鐵載體的機(jī)制在角毛藻屬Thalassiosira中得到了最充分的展現(xiàn)。目前的硅藻鐵吸收途徑模型及其分子基礎(chǔ)與酵母菌(Saccharomyces cerevisiae)的模型非常相似。在酵母中,鐵以及鐵的有機(jī)螯合物,被細(xì)胞表面的鐵還原酶還原釋放出Fe2+,然后被細(xì)胞質(zhì)膜中的多功能鐵氧化酶氧化,并被一種滲透酶內(nèi)化[66]。類似地,硅藻會(huì)減少鐵載體和其他有機(jī)鐵配合物的結(jié)合,并促進(jìn)鐵的吸收[67-69]。盡管硅藻產(chǎn)生的超氧化物最終在環(huán)境中會(huì)促進(jìn)鐵的消耗,但氧氣的快速氧化會(huì)形成一種無效的氧化-還原循環(huán),不利于鐵的吸收[70]。相反,硅藻吸收途徑可能包括細(xì)胞表面的鐵還原酶,其中一些已在三角褐指藻的基因組中被鑒定,并受鐵元素的制約[71]。

以真核環(huán)境的藻際生態(tài)位為例,Sutak等[37]總結(jié)了硅藻生物鐵的來源、主要的氧化-還原過程以及鐵載體的作用(圖6),這為認(rèn)識(shí)藻類真核生物的鐵獲取機(jī)制提供了重要參照。由于藻類種類繁多,也存在一些與硅藻不同的機(jī)制,如兩種真核綠藻(金牛鴕球藻(Ostreococcus tauri)和綠色鞭毛藻(Ostreococcus lucimarinus)),它們?nèi)狈€原酶型鐵吸收系統(tǒng)[72],而具有與原核鐵載體攝取途徑相似的基因,因而表現(xiàn)出與硅藻不同的鐵攝取策略,即更傾向于針對(duì)特定的鐵螯合物[73]。

Fig.6 The source of iron in marine planktonic algae,the participation of siderophores and the process of iron turnover[73]圖6 海洋浮游藻類鐵的來源、鐵載體的參與及鐵周轉(zhuǎn)過程[73]

海洋環(huán)境中鐵載體和其他強(qiáng)鐵螯合劑的存在推動(dòng)了浮游植物鐵捕獲機(jī)制的發(fā)展。幾乎所有被研究中,有機(jī)螯合物中的Fe3+被還原成Fe2+是吸收途徑的重要環(huán)節(jié)[64,68,74],光還原以及隨后從鐵載體中釋放鐵也可能是增加無機(jī)鐵和生物可利用鐵濃度的重要過程之一[5,75]。鐵載體的產(chǎn)生和利用的分子過程機(jī)理是今后研究的熱點(diǎn),未來工作中了解鐵載體在海水中的分布和影響因素(鐵的有效性、理化參數(shù)、化學(xué)感應(yīng)、級(jí)聯(lián)效應(yīng)等)將有助于揭示真核生物捕獲鐵載體的機(jī)制。

6 鐵載體的功能

6.1 抗氧化應(yīng)激

鐵載體被認(rèn)為可以減少微生物的氧化應(yīng)激,如腸桿菌素在氧化應(yīng)激期間通過降低氧化應(yīng)激源對(duì)鐵的親和力,進(jìn)而穩(wěn)定活性氧(reactive oxygen species,ROS)抵消鐵的抑制作用[24]。在巨噬細(xì)胞入侵鼠傷寒菌(Salmonella typhimurium)的模型中,腸桿菌素通過抑制活性氧對(duì)細(xì)胞提供保護(hù)[76]。除了腸桿菌素的抗氧化活性,鐵載體還具有遠(yuǎn)程感應(yīng)的能力來緩解氧化應(yīng)激。遠(yuǎn)程感應(yīng)即鐵載體在配體結(jié)合條件下,通過誘導(dǎo)特定的遺傳應(yīng)答感知元件來調(diào)節(jié)微生物附近的鐵濃度[77]。這種機(jī)制已在銅綠假單胞菌中被觀察到,銅綠假單胞菌可分泌兩種主要的鐵載體——熒光載鐵素和螯鐵蛋白(pyochelin)。在金屬脅迫過程中,抗氧化酶如超氧化物歧化酶(ruperoxide dismutase,SOD)和過氧化物酶(peroxidase,POD)的活性增加以對(duì)抗活性氧的上升,活性氧的增加也會(huì)導(dǎo)致脂質(zhì)過氧化體的增加。研究發(fā)現(xiàn),當(dāng)存在鐵載體時(shí)脂質(zhì)過氧化反應(yīng)增加,而SOD和POD活性雙雙降低[78]。

6.2 毒力控制

鐵載體在病原體的毒力代謝過程中起著重要作用。在動(dòng)物體內(nèi)血清病原體必須結(jié)合到轉(zhuǎn)鐵蛋白、鐵蛋白和血紅蛋白上才能獲得鐵。因此,鐵載體螯合劑對(duì)病原體的毒力至關(guān)重要。一種被稱為鐵鈣素的中性粒細(xì)胞明膠酶脂蛋白(NGAL)能與細(xì)菌兒茶酚類鐵載體結(jié)合,削弱毒力表達(dá)[79]。相應(yīng)地,為了對(duì)抗毒力的削弱,大腸桿菌產(chǎn)生弱鐵載體(如產(chǎn)氣菌素)以減少這種結(jié)合。在煙曲霉引起的肺曲霉病小鼠模型中,缺乏完整的鐵載體系統(tǒng)使真菌完全失去毒性[80]。Fetherston等[81]的一項(xiàng)研究表明,當(dāng)小鼠皮下感染時(shí),鼠疫耶爾森菌(Yersinia pestis)中鐵載體系統(tǒng)的丟失導(dǎo)致了毒力損失,其損失程度變?yōu)槲磥G失時(shí)的4.3×105倍。在敗血癥模型中發(fā)現(xiàn)鐵載體系統(tǒng)與基因毒素(coliobactin)一起在細(xì)菌感染過程中發(fā)揮關(guān)鍵作用[82]。此外,有報(bào)道稱,編碼外膜受體的基因psn發(fā)生突變時(shí),會(huì)導(dǎo)致鼠疫耶爾森菌的毒力減弱至3%[81]。另有一些作者報(bào)道,細(xì)菌毒力的有無取決于鐵載體類型,如有氧肌動(dòng)蛋白(aerobactin)、耶爾西尼亞肌動(dòng)蛋白(yersiniabactin)和血紅素受體(heme receptors)對(duì)大腸桿菌CFT073和尿路感染小鼠模型的毒力很重要,但兒茶酚酸受體對(duì)其則無影響[83]。

6.3 鐵硫聚合物的形成

鐵-硫簇是許多蛋白質(zhì)中必不可少的輔因子,具有多樣的功能,其產(chǎn)生大致源于兩種機(jī)制,其一是線粒體的鐵硫團(tuán)簇機(jī)制(iron-sulfur cluster machinery,ISC)[84],其二是產(chǎn)生胞質(zhì)鐵硫團(tuán)簇組裝 產(chǎn) 物(cytosolic iron-sulfur cluster assembly,CIA)[85-86]。Fe-S簇生物合成對(duì)維持細(xì)胞穩(wěn)態(tài)具有重要作用,且參與Fe-S簇生物合成的基因都是必需基因,例如鐵載體。目前鐵載體在真菌中的核心ISC鐵感應(yīng)作用已在釀酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)、白色念珠菌(Candida albicans)、酒色 酵 母(Saccharomyces pombe)、假 絲 酵 母(Candida neoformans)、煙 曲 霉 菌(Aspergillus fumigatus)和禾谷鐮孢菌(Fusarium graminearum)中得到證實(shí)[84-85,87-88]。同時(shí),在海洋中發(fā)現(xiàn)隱孢子蟲Cryptosporidium fumigatus和白色念珠菌Candida neoformans的鐵載體具有與CIA發(fā)生物理接觸的作用,缺乏鐵載體會(huì)嚴(yán)重干擾鐵硫聚合物的形成,從而引起對(duì)細(xì)胞的損傷甚至死亡[74,89]。在一些生態(tài)現(xiàn)象中(例如海灣沉積物的底質(zhì)黑臭),本課題組最新的研究發(fā)現(xiàn)鐵硫聚合物的形成是導(dǎo)致深圳灣沉積物H2S產(chǎn)生的原因,而鐵載體的存在為微生物的鐵代謝提供了原初動(dòng)力,其中最活躍的基因是鐵存儲(chǔ)基因(iron storage genes,ISG)和 鐵 轉(zhuǎn) 運(yùn) 基 因(iron transport genes,ITG)[90]。

6.4 病原體的防控

鐵是病原體及其宿主必需的微量元素,然而病原體在感染期間通常會(huì)遇到鐵限制,因?yàn)樗拗鞯蔫F通常被蛋白質(zhì)緊緊隔離。在海洋哺乳動(dòng)物宿主中,鐵主要以血紅素形式存在于血紅蛋白中,以離子的形式存在于胞內(nèi)儲(chǔ)鐵蛋白和細(xì)胞內(nèi)鐵轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白中,如鐵S簇和血紅素。為侵染宿主,病原體進(jìn)化出從宿主那里“偷取”鐵的策略。因此,對(duì)鐵的競(jìng)爭(zhēng)是決定宿主-病原體關(guān)系的關(guān)鍵因素[91-93]。鐵載體通過限制細(xì)菌必要鐵元素的獲取,在疾病防控中扮演重要角色[94]。這一過程的主要原理是通過產(chǎn)生轉(zhuǎn)鐵蛋白來與宿主競(jìng)爭(zhēng)鐵并抑制宿主生長(zhǎng)[95]。宿主的生防機(jī)制是依賴于病原菌產(chǎn)生的轉(zhuǎn)鐵蛋白與生防菌產(chǎn)生的鐵載體在與鐵形成配合物方面的競(jìng)爭(zhēng),生防菌因鐵載體具有較高的鐵穩(wěn)定常數(shù)而在博弈中勝出[96]。芽孢桿菌菌株NM 12產(chǎn)生的鐵載體具有廣泛的抗菌譜,抑制了62.5%的海水魚類腸道細(xì)菌的生長(zhǎng)[94]。此外,還發(fā)現(xiàn)蠟樣芽孢桿菌產(chǎn)生的鐵載體可以抑制致病菌嗜水氣單胞菌的生長(zhǎng)[97]。最近的研究表明熒光假單胞菌可抑制幾種常見海洋魚類病原體(鰻弧菌(Vibrio anguillarum)、霍亂弧菌(Vibrio ordalii)、氣單胞菌(Aeromonas salmonicida)、鏈球菌(Lactococcus garvieae)、海豚 鏈 球 菌(Streptococcus iniae)、黃 桿 菌 屬(Flavobacterium)和嗜冷微生物屬(Psychrophilum)),并 當(dāng) 作 益 生 菌 添 加 劑使用[98-100]。

除了抗病,鐵載體還具有規(guī)避致病菌耐藥性的作用,其原理是借助抗生素分子與鐵載體連接形成鐵載體-抗生素耦合物,該耦合物能夠選擇性地結(jié)合細(xì)胞膜表面的鐵載體外膜受體,在此基礎(chǔ)上經(jīng)主動(dòng)運(yùn)輸進(jìn)入細(xì)胞膜,然后通過釋放藥物進(jìn)而發(fā)揮抗菌作用[101]。近年來發(fā)現(xiàn)高鐵霉素可以作為治療海洋細(xì)菌感染的潛在藥物[33,102]。高鐵霉素是天然產(chǎn)生的可以共價(jià)連接到抗生素分子部分的鐵載體-藥物耦合物,它采用“特洛伊木馬策略”[103],將藥物分子傳遞到特定藥物分子的靶定位點(diǎn),起到精準(zhǔn)輸藥的作用。作為一種傳遞抗生素分子的新型方法,目前高鐵霉素對(duì)解決細(xì)菌的耐藥問題具有巨大潛力。此外本課題組最近的研究發(fā)現(xiàn),藻際微生物群落中鐵載體的合成、鐵離子的氧化和轉(zhuǎn)運(yùn)可能和有害藻華的開始和消亡有相關(guān)性[104]。

7 總結(jié)與展望

鐵載體在海洋中的作用已有不少探討,包括其來源、類型、合成途徑、生物學(xué)功能等,這些為認(rèn)識(shí)微生物的進(jìn)化策略和海洋鐵循環(huán)提供了重要幫助,同時(shí)也為理解系統(tǒng)層面的海洋微量元素循環(huán)提供了視角。然而,基于整個(gè)海洋生態(tài)系統(tǒng)的生境多樣性和時(shí)空多變性,同時(shí)也基于鐵循環(huán)的復(fù)雜性,有必要在更多的細(xì)節(jié)上進(jìn)行精細(xì)考慮,以期更好的認(rèn)識(shí)鐵載體的驅(qū)動(dòng)作用,未來的工作中可重點(diǎn)關(guān)注的方向如下:

a.深入研究鐵載體與海洋微生物之間的互作機(jī)理。盡管目前針對(duì)鐵載體影響藻類、細(xì)菌、古菌的研究已取得了一定的進(jìn)展,但研究結(jié)果往往局限于對(duì)實(shí)驗(yàn)現(xiàn)象的描述,部分機(jī)理還停留在推測(cè)階段,尚未在大尺度環(huán)境中證實(shí)鐵載體對(duì)生物的級(jí)聯(lián)效應(yīng)或食物鏈效應(yīng)。此外,現(xiàn)有的研究工具主要是微生物學(xué)方法和組學(xué)技術(shù),還缺乏一些“一對(duì)一”的功能驗(yàn)證方式,未來需要擴(kuò)展更為高階的方法,如拉曼光譜分選、偏振光檢測(cè),以及穩(wěn)定同位素標(biāo)記等技術(shù)。

b.加強(qiáng)合成生物學(xué)手段的應(yīng)用。鐵載體的獨(dú)特生物學(xué)作用使得人們對(duì)它的研究興趣與日俱增。伴隨合成生物學(xué)技術(shù)的發(fā)展,合成基因簇中特殊功能酶的編輯拓寬了對(duì)鐵載體類型的選擇渠道,提升了鐵載體獲取能力,也為化學(xué)與生物學(xué)交叉研究提供了一個(gè)很好的支點(diǎn)。例如,開發(fā)鐵載體-藥物耦合物,解決多重耐藥性細(xì)菌性疾病問題,以及開發(fā)特殊功能微生物(益生菌等),進(jìn)行海洋中生態(tài)位營造和受損系統(tǒng)的生態(tài)修復(fù)等。

c.拓展生物耦合研究?,F(xiàn)有的研究主要集中于海洋微生物分泌鐵載體的類型、利用鐵載體能力、產(chǎn)鐵載體的特殊微生物(如固氮、固碳等),而對(duì)于鐵載體在整個(gè)物質(zhì)循環(huán)中的調(diào)控機(jī)制研究得還較少,尤其是鐵載體行為與其他元素(C、N、P、S)的耦合能力。后續(xù)的研究需要進(jìn)一步綁定鐵代謝與主導(dǎo)元素的調(diào)節(jié)過程和生態(tài)機(jī)制,更好地解釋海洋元素的物質(zhì)循環(huán)機(jī)理和周轉(zhuǎn)過程,為擴(kuò)大海洋碳中和的能力探索更多的科學(xué)方法。

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