王保明，顏士華，王勝清，陳永忠，商建波

（1. 湖南應(yīng)用技術(shù)學(xué)院 農(nóng)林科技學(xué)院，湖南 常德 415000；2. 臨沂科技職業(yè)學(xué)院 現(xiàn)代農(nóng)業(yè)系，山東 臨沂 276000；3. 湖南省林業(yè)科學(xué)院 國(guó)家油茶研究工程中心，湖南 長(zhǎng)沙 410004）

高通量RNA 測(cè)序分析（RNA-Seq）包括測(cè)序、組裝、基因注釋、基因表達(dá)分析過(guò)程，是研究基因功能的有效途徑，采用該技術(shù)能夠快速、高效、全面地比較分析轉(zhuǎn)錄組，發(fā)掘功能基因，準(zhǔn)確研究基因表達(dá)水平及表達(dá)調(diào)控[1-5]。如，通過(guò)對(duì)C4植物狗尾草Setaria viridis的葉、莖、節(jié)、冠、根、小穗和種子轉(zhuǎn)錄組分析，揭示了其營(yíng)養(yǎng)生長(zhǎng)和生殖生長(zhǎng)的規(guī)律，并發(fā)掘出大量與光合效率有密切關(guān)系的光合基因，從而為優(yōu)良種的篩選和品種改良奠定了理論基礎(chǔ)[6]。

油茶是我國(guó)重要的食用油料樹(shù)種，從茶籽中提取的茶油是優(yōu)質(zhì)食用植物油，含有82%～84%的不飽和脂肪酸，其中油酸含量為67.7%～76.7%，其品質(zhì)可與橄欖油相媲美[7]。但是，低產(chǎn)油量目前已成為油茶產(chǎn)業(yè)發(fā)展的瓶頸。因此，開(kāi)展油茶遺傳改良，培育出優(yōu)質(zhì)高產(chǎn)油品種已經(jīng)成為當(dāng)務(wù)之急。研究油茶代謝途徑及基因表達(dá)對(duì)改良品種具有重要的參考價(jià)值。目前，已有利用轉(zhuǎn)錄組研究小果油茶與普通油茶間的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系[8]、進(jìn)行優(yōu)良單株間的比較[9]，以及有關(guān)轉(zhuǎn)錄因子[10]、油脂合成代謝[11]、基因表達(dá)與葉花可溶性糖含量的關(guān)系等研究的報(bào)道，如，在幼苗期、幼樹(shù)期、初果期等生長(zhǎng)期，基因表達(dá)量與可溶性糖含量、可溶性蛋白含量具有因果關(guān)系[12-13]。但是，目前對(duì)光合作用、CO2固定、脂肪酸以及油茶代謝機(jī)制的解析及基因代謝作用網(wǎng)絡(luò)的研究仍然不足，這嚴(yán)重影響了功能基因研究以及品種改良進(jìn)程。在前期研究中，本課題組已經(jīng)鑒定了油茶光合作用關(guān)鍵酶Rubisco 亞基基因rbcL和rbcS，以及油脂代謝途徑脂肪酸合成的關(guān)鍵酶異質(zhì)型ACCase 基因Co-accC和Co-accD[14-15]。但是，對(duì)這些基因是否含有同源基因、結(jié)構(gòu)和功能變化以及網(wǎng)絡(luò)調(diào)控機(jī)制的認(rèn)識(shí)仍然缺乏。在本研究中，筆者利用Illumina RNA-seq 高通量技術(shù)開(kāi)發(fā)油茶葉花成熟種子轉(zhuǎn)錄組，并進(jìn)行分析，旨在了解油茶的代謝途徑及調(diào)控機(jī)制，為揭示光合作用、脂肪酸和油脂合成機(jī)制及挖掘功能基因提供參考。

1 材料與方法

1.1 RNA 提取和轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)構(gòu)建

以湖南省林業(yè)科學(xué)院國(guó)家油茶工程技術(shù)研究中心試驗(yàn)地的優(yōu)良油茶品種‘橫沖89’為研究對(duì)象。采集葉、花芽、雄蕊、雌蕊、子房、成熟種子，立即液氮冷凍，-70 ℃貯藏。利用CTAB 裂解法分別提取上述組織的總RNA。以花芽、雄蕊、雌蕊、子房提取的總RNA 組成花混合樣構(gòu)建花的轉(zhuǎn)錄文庫(kù)，其分別占混合樣總量的3/6、1/6、1/6、1/6。用DNase Ⅰ（NEB 有限公司，北京）除去殘留的基因組DNA。用Qubit 2.0 熒光定量?jī)x（Life Technologies，美國(guó)）測(cè)定總RNA濃度，用Agilent 2100 生物分析儀系統(tǒng)（Agilent Technologies，美國(guó)）測(cè)定RNA 的濃度和完整性。用磁珠分離富集mRNA（Life technologies，美國(guó)）。將mRNA 短片化，以mRNA 為模板，用六堿基隨機(jī)引物合成第1 鏈cDNA，然后加入緩沖液、dNTPs 和DNA 聚 合 酶Ⅰ合 成 第2 鏈cDNA，用AMPure XP beads 核酸純化試劑盒（Beckman Coulter，美國(guó)），去除dNTP、引物、引物二聚體、鹽離子和其他雜質(zhì)，選擇200 bp 文庫(kù)片段兩端連接頭，用通用PCR 引物和Index primer（NEB）經(jīng)PCR 擴(kuò)增富集cDNA 文庫(kù)。用Qubit 2.0 熒光定量?jī)x初步定量，用Agilent 2100 生物分析儀系統(tǒng)精準(zhǔn)檢測(cè)文庫(kù)質(zhì)量，用Illumina HiSeq 2000 測(cè)序儀進(jìn)行2×100 bp 測(cè)序。

1.2 測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量評(píng)估和轉(zhuǎn)錄組裝配

加工消除原始數(shù)據(jù)中的poly-N、低質(zhì)量以及接頭讀長(zhǎng)序列，計(jì)算測(cè)序數(shù)據(jù)中Q20、Q30、GC含量，將原始測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)和評(píng)估，對(duì)其進(jìn)行質(zhì)控分析，得到高質(zhì)量的凈讀長(zhǎng)序列[16]。以FASTQ 文件格式儲(chǔ)存，用Trinity 軟件[17]進(jìn)行De Novo 拼接。將測(cè)序得到的讀長(zhǎng)（reads）與前面所得的拼接結(jié)果進(jìn)行比對(duì)。

1.3 基因功能注釋、KEGG 通路的富集分析以及光合作用、脂肪酸合成基因的挖掘

根據(jù)NCBI 非冗長(zhǎng)蛋白序列（non-redundant protein sequences，Nr）、非冗長(zhǎng)核酸序列（nonredundant nucleotide sequences，Nt）及蛋白質(zhì)家族Pfam、Swiss-Prot、KOG 進(jìn)行基因功能注釋。以GO（gene ontology）數(shù)據(jù)庫(kù)和KOG 數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)基因進(jìn)行功能分類(lèi)；采用BLAST 算法將基因與KEGG基因數(shù)據(jù)庫(kù)（GENES）進(jìn)行比對(duì)，再根據(jù)KOG 數(shù)據(jù)庫(kù)的KO 編號(hào)查找生物學(xué)通路，提供所分析基因可能參與的生物學(xué)通路[18]。分析糖代謝、能量代謝、油脂代謝途徑，挖掘參與光合作用CO2固定的關(guān)鍵酶Rubisco 基因、脂肪酸合成乙酰輔酶A羧化酶（acetyl-CoA carboxylase，ACCase）基因。

1.4 轉(zhuǎn)錄組光合作用、脂肪酸形成基因的差異表達(dá)分析

利用RSEM 估算基因的表達(dá)水平，用DEGseq（2010）R 包分析油茶葉花果轉(zhuǎn)錄組基因表達(dá)差異[4]。在此基礎(chǔ)上，研究參與光合作用CO2固定的Rubisco 基因、脂肪酸合成關(guān)鍵酶ACCase 基因以及其他油脂合成基因，分析同源基因結(jié)構(gòu)功能差異，比較其表達(dá)差異[4-5]。

2 結(jié)果與分析

2.1 油茶各組織器官RNA 轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)

利用CTAB 裂解法提取油茶幼葉、花芽、雄蕊、雌蕊、子房、成熟種子的總RNA，電泳結(jié)果如圖1 所示。用DNase Ⅰ除去殘留的基因組DNA。各樣本RNA 提取液的A260/A280值分別為2.119、1.868、2.083、1.933、1.919 和2.093。總RNA 的濃度達(dá)到建庫(kù)要求，用Agilent 2100 生物分析儀系統(tǒng)測(cè)定RNA 的完整性，結(jié)果表明RIN（RNA integrity number）值為8.2 ～8.9，符合建庫(kù)標(biāo)準(zhǔn)。分離富集葉、種子的mRNA，合成葉和種子的cDNA 轉(zhuǎn)錄組。以花芽、雄蕊、雌蕊、子房的mRNA 為模板構(gòu)建花轉(zhuǎn)錄組，其中，花芽的mRNA占1/2，雄蕊、雌蕊、子房的各占1/6。

圖1 所提取油茶各組織器官的總RNA 的電泳結(jié)果Fig. 1 The total RNAs of different tissues of C. oleifera

2.2 油茶各組織器官轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)

去除含有接頭的序列，過(guò)濾低質(zhì)量序列，純化原始序列，在葉、花、種子中分別有18 019 152、17 313 103、24 209 779 條原始讀長(zhǎng)序列。葉的凈讀長(zhǎng)序列為17 338 672 條（占96.22%），含N 序列為150 009 條（占0.83%），低質(zhì)量序列為506 630條（占2.81%），接頭序列為23 841 條（占0.13%）；花的凈讀長(zhǎng)序列為16 647 147 條（占96.13%），含N 序列為150 589 條（占0.87%），低質(zhì)量序列為491 526 條（占2.84%），接頭序列為27 677 條（占0.16%）；成熟種子的凈讀長(zhǎng)序列為22 896 112 條（94.57%），含N 序列為171 751 條（0.71%），低質(zhì)量序列為1 103 179 條（4.56%），接頭序列為38 737 條（0.16%）。獲得的葉轉(zhuǎn)錄組為4.50 Gb，獲得的花轉(zhuǎn)錄組為4.24 Gb，獲得的種子轉(zhuǎn)錄組為4.58 Gb，總計(jì)13.32 Gb。通過(guò)轉(zhuǎn)錄組質(zhì)控分析發(fā)現(xiàn)，Q20、Q30 分別超過(guò)97%和90%，葉、花、種子轉(zhuǎn)錄組的GC 含量分別為44.69%～44.81%、44.77%～44.87%和47.29%～47.39%，質(zhì)控?cái)?shù)據(jù)優(yōu)于大豆（41.5%）[19]、苜蓿（39.5%）[19]、鷹嘴豆（40.3%）[16]、擬南芥（42.5%）[5]。因此，這些轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)完全符合建庫(kù)要求，可以進(jìn)一步用于拼接和序列特征分析。

除去油茶轉(zhuǎn)錄組原始讀長(zhǎng)中的接頭序列、低質(zhì)量序列和含N 序列，得到高質(zhì)量的凈讀長(zhǎng)序列，然后進(jìn)行De Novo 拼接，其轉(zhuǎn)錄本和Unigene 的長(zhǎng)度分布如圖2 所示。由圖2 可以看出，拼接的油茶各組織器官轉(zhuǎn)錄組的Unigen 和轉(zhuǎn)錄本數(shù)量分別為53 382 和80 291，長(zhǎng)度為200 ～500 bp。最小序列長(zhǎng)度為201 bp，最大序列為14 543 bp，Unigen和轉(zhuǎn)錄本的平均長(zhǎng)度分別為670 bp 和966 bp。油茶各組織器官轉(zhuǎn)錄組基因數(shù)量如圖3 所示。由圖3 可以看出，葉、花、種子中的Unigene 數(shù)量分別為66 379、64 328、57 613，獲得的3 個(gè)轉(zhuǎn)錄組基因總數(shù)為82 964。其中，葉、花共有基因數(shù)為54 113，葉、種子共有基因數(shù)為49 110，花、種子共有基因數(shù)47 232。葉、花、種子中特異基因數(shù)分別為6 377、6 204 和4 492。

圖2 油茶轉(zhuǎn)錄組的轉(zhuǎn)錄本和Unigene 的長(zhǎng)度分布Fig. 2 The length distribution of the transcripts and Unigenes of C. oleifera transcriptomes

圖3 油茶各組織器官轉(zhuǎn)錄組的基因數(shù)量Fig. 3 Gene numbers of C. oleiera transcriptomes of different tissues

通過(guò)比較Unigene 長(zhǎng)度以及進(jìn)行Nr、Nt、Swiss-Prot、Pfam、GO、KO、KOG 分 析， 發(fā) 現(xiàn)葉、花、種子轉(zhuǎn)錄組中分別有73.79%、76.30%和75.17%的測(cè)序序列匹配到拼接的轉(zhuǎn)錄組上。這些Unigenes 與NCBI、SwissProt 數(shù)據(jù)庫(kù)基因相似性約為46.51%，與Nr 蛋白數(shù)據(jù)的相似性為53.49%。

2.3 油茶各組織器官轉(zhuǎn)錄組基因功能

將油茶各組織器官轉(zhuǎn)錄組中的Unigene 在GO分類(lèi)功能數(shù)據(jù)庫(kù)注釋比對(duì)，結(jié)果如圖4 所示。由圖4 可以看出，油茶葉、花、種子3 個(gè)轉(zhuǎn)錄組的注釋Unigene 數(shù)量分別為28 818、29 673、25 896，分屬于生物過(guò)程、細(xì)胞組分和分子活性3 大類(lèi)的57 個(gè)小類(lèi)。生物過(guò)程包括應(yīng)激反應(yīng)、多細(xì)胞生物過(guò)程、細(xì)胞繁殖等24 小類(lèi)。其中，多細(xì)胞生物過(guò)程中的注釋Unigene 數(shù)量最多，葉、花、種子轉(zhuǎn)錄組的注釋Unigene 數(shù)量分別為20 091、19 283、17 460；代謝過(guò)程次之，3 個(gè)轉(zhuǎn)錄組的注釋Unigene 數(shù)量分別為18 574、17 759、16 070；細(xì)胞殺死中的注釋Unigene 數(shù)量最少，3 個(gè)轉(zhuǎn)錄組的注釋Unigene 數(shù)量分別為26、26 和21。細(xì)胞組分包括細(xì)胞、膜內(nèi)腔等19 小類(lèi)。其中：細(xì)胞中的注釋Unigene 數(shù)量最多，葉、花、種子轉(zhuǎn)錄組的注釋Unigene 數(shù)量分別為18 400、17 718、16 271；其次是細(xì)胞組分，3 個(gè)轉(zhuǎn)錄組的注釋Unigene 數(shù)量分別為18 322、17 639、16 211；再次為細(xì)胞器，3 個(gè)轉(zhuǎn)錄組的注釋Unigene 數(shù)量分別為14 356、13 855、12 831。分子活性包括金屬伴侶、受體活性、通道調(diào)節(jié)、催化活性等14 類(lèi)。其中：結(jié)合中注釋Unigene 數(shù)量最多，葉、花、種子轉(zhuǎn)錄組的注釋Unigene 數(shù)量分別為17 373、16 875、15 285；催化活性次之，3 個(gè)轉(zhuǎn)錄組的注釋Unigene 數(shù)量分別為15 009、14 431、12 977。

圖4 油茶各組織器官轉(zhuǎn)錄組注釋Unigene 的GO 分類(lèi)Fig. 4 Gene ontology (GO) classification of the annotated unigenes of C. oleifera different tissue transcriptomes

以KEGG 數(shù)據(jù)庫(kù)為參考，將24 313 條Unigene（分別包括葉、花、種子轉(zhuǎn)錄組的8 030、8 868、7 415 條Unigene）分為細(xì)胞過(guò)程、環(huán)境信息過(guò)程、遺傳信息過(guò)程、代謝、生物系統(tǒng)5 類(lèi)，共31 小類(lèi)，251 個(gè)代謝途徑，如圖5 所示。由圖5 可以看出，Unigene 數(shù)量較多的為A 類(lèi)的運(yùn)輸和分解代謝，B類(lèi)的信號(hào)傳導(dǎo)、折疊分類(lèi)降解，C 類(lèi)的翻譯，D 類(lèi)的糖代謝、能量代謝、脂質(zhì)代謝，E 類(lèi)的免疫系統(tǒng)。

圖5 油茶各組織器官轉(zhuǎn)錄組注釋Unigene 的KEGG 分類(lèi)Fig. 5 KEGG classification of the annotated unigenes of C. oleifera different tissue transcriptomes

以KOG 數(shù)據(jù)庫(kù)為參考，將油茶葉、花、種子轉(zhuǎn)錄組中的11 286、13 849、10 638 條Unigene 進(jìn)行分類(lèi)，結(jié)果如圖6 所示。其中：分布最多的是普遍功能預(yù)測(cè)類(lèi)，共有2 185 條，分別包括葉、花、種子轉(zhuǎn)錄組的2 023、2 070、1 879 條注釋Unigene；其次是翻譯后修飾、蛋白轉(zhuǎn)運(yùn)、伴侶蛋白類(lèi)（O 類(lèi)），有1 564 條，包括3 個(gè)轉(zhuǎn)錄組的1 368、1 518、1 302 條注釋Unigene。

圖6 油茶各組織器官轉(zhuǎn)錄組注釋Unigene 的KOG 分類(lèi)Fig. 6 KOG classification of the annotated Unigenes of different tissue transcriptomes of C. oleifera

2.4 油茶各組織器官轉(zhuǎn)錄組在部分代謝途徑的參與情況

使用KEGG 數(shù)據(jù)庫(kù)，對(duì)糖代謝、能量代謝以及油脂代謝途徑進(jìn)行分析，結(jié)果見(jiàn)表1。由表1 可知，1 439 條基因通過(guò)乙醛和二羧酸代謝、戊糖葡萄糖醛酸代謝等14 個(gè)途徑參與了糖代謝，其中共有98 條基因參與乙醛和二羧酸代謝（ko00630）途徑。共有864 條基因通過(guò)光合作用（ko00195）、光合生物固碳（ko00710）、光合作用天線蛋白（ko00196）等8 個(gè)途徑參與能量代謝。共有666條基因通過(guò)脂肪酸合成、脂肪酸代謝等15 個(gè)代謝途徑參與油脂代謝。

表1 油茶各組織器官轉(zhuǎn)錄組參與糖代謝、能量代謝、脂質(zhì)代謝途徑的KEGG 分析結(jié)果Table 1 KEGG analyses of different tissue transcriptomes of C. oleifera participated in the photosynthetic, carbohydrate and lipid metabolism pathways

油茶各組織器官轉(zhuǎn)錄組參與糖代謝、能量代謝、油脂代謝途徑的KO 分析結(jié)果見(jiàn)表2。由表2可知，參與光合作用中CO2固定的關(guān)鍵酶Rubisco的亞基基因中，有1 條大亞基基因，有7 條小亞基基因。在光合作用途徑（ko00195）中，有CP47 葉綠素載脂蛋白（K02704，comp87827_c1）、CP43葉綠素載脂蛋白（K02705，comp127116_c0）、細(xì) 胞 色 素b559 的α亞 基 蛋 白（K02707，comp80177_c1）、PsbI 蛋 白（K02710，comp56372_c1）、光系統(tǒng)Ⅱ氧增強(qiáng)子蛋白2（K02717，comp77787_c0）、PsbY 蛋白（K02723，comp73953_c0）、光系統(tǒng)Ⅱ Psb27 蛋白（K08902，comp73953_c0）、光系統(tǒng)Ⅰ亞基Ⅱ（K02692，comp76836_c0）、光系統(tǒng)Ⅰ亞基V（K08905，comp78080_c1）、光系統(tǒng)Ⅰ亞基X（K02698，comp76156_c0）的編碼基因。在脂肪酸合成途徑（ko00061）中，脂肪酸合成關(guān)鍵酶ACCaseα-羧基轉(zhuǎn)移酶（α-CT）、生物素羧基載體蛋白（BCCP）、β-羧基轉(zhuǎn)移酶（β-CT）、生物素羧化酶（BC）亞基的編碼基因accA、accB、accD、accC存在同源基因，其中，α-CT 編碼基因4 條、BCCP 編碼基因4 條、β-CT 編碼基因7 條、BC 編碼基因20 條。

表2 油茶各組織器官轉(zhuǎn)錄組參與糖代謝、能量代謝、油脂代謝途徑的KO 分析結(jié)果Table 2 The KO analyzed result of carbohydrate, energy metabolism and lipid metabolism pathways of different tissue transcriptomes of C. oleifera

2.5 油茶各組織器官轉(zhuǎn)錄組的差異表達(dá)

約有60 002 條（90.39%）Unigene 在油茶葉、花、種子中表達(dá)。其中，葉、花中共有54 113 條Unigene，葉、種子中共有49 110 條Unigene，花、種子中共有47 232 條Unigene，葉、花、種子共有43 221 條Unigene（圖3）。在參與的代謝途徑中存在葉、花、種子基因表達(dá)的差異，各組織器官轉(zhuǎn)錄組的差異表達(dá)基因數(shù)量如圖7 所示。葉-花、葉-種子、花-種子差異表達(dá)基因分別為4 358、4 675 和4 942 條。如，光合作用代謝途徑中，葉綠素a/b 結(jié)合蛋白4（comp79853_c0）在葉中的相對(duì)表達(dá)量為2 402.56，而在種子中為0.13。果糖1,6-二磷酸醛縮酶（comp46464_c0）和葉綠素a/b 結(jié)合蛋白（comp68492_c1）在葉中的表達(dá)量是種子中的500 倍。在脂肪酸合成途徑（ko00061）中的脂肪酸合成酶（comp8554_c0）、類(lèi)脂肪酸合成酶異構(gòu)體2（comp5764_c0）等基因僅存在于花轉(zhuǎn)錄組中。而甘油脂代謝途徑（ko00561）中乙醇脫氫酶、NADP+（comp548255_c0）等基因僅存在于種子中。

圖7 油茶各組織器官轉(zhuǎn)錄組的差異表達(dá)基因數(shù)量Fig. 7 Gene number of differential expression different tissue transcriptomes of C. oleifera

3 結(jié)論與討論

本研究結(jié)果揭示了參與糖代謝、能量代謝、油脂代謝途徑的油茶葉、花、種子轉(zhuǎn)錄組Unigene，及其在光合作用及油脂合成過(guò)程中的差異表達(dá)。

RNA-Seq 技術(shù)包括測(cè)序、組裝、基因注釋、基因表達(dá)分析等過(guò)程，使用該技術(shù)能夠快速高效、高通量比較轉(zhuǎn)錄組[20]。在本研究中，以66 520 000條油茶凈讀長(zhǎng)序列組裝185 190 個(gè)轉(zhuǎn)錄本，82 964條Unigene。通過(guò)將這些Unigene 與其他山茶屬以及油料樹(shù)種的基因比較，可發(fā)掘出新的功能基因，提高品種的遺傳改良效率。通過(guò)對(duì)代謝途徑分析，特別是對(duì)脂類(lèi)代謝、RNA 降解糖代謝、脂類(lèi)代謝等過(guò)程的分析，可發(fā)掘出參與光合作用和油脂代謝的關(guān)鍵基因。在本研究中共發(fā)現(xiàn)光合作用相關(guān)基因237 條，油脂代謝相關(guān)基因666 條，其中與脂肪酸合成相關(guān)Unigene 60 條。

通過(guò)對(duì)KEGG 代謝途徑的研究，可以從細(xì)胞過(guò)程、結(jié)合、代謝過(guò)程、細(xì)胞組分等方面解釋細(xì)胞分子相互作用網(wǎng)絡(luò)、生物體中的變化。在油茶光合代謝途徑（ko00195）中鑒定出許多參與光合作用的基因。Zhong 等[21]的研究結(jié)果表明，在糖代謝中，葉、花、種子轉(zhuǎn)錄組的Unigene 分別為741、868、661 條，三者共有Unigene 902 條。將葉、花、種子轉(zhuǎn)錄組的Unigene 進(jìn)行KOG 基因功能分類(lèi)，找尋直系同源基因，可以提高基因功能注釋的準(zhǔn)確性。已有研究結(jié)果證明Rubisco 在油茶光合作用中發(fā)揮重要的作用[14]。高產(chǎn)、高含油量油茶種質(zhì)的連續(xù)和長(zhǎng)期性選擇能夠增加Rubisco 基因的豐度，進(jìn)而提高光合性能、光合效率。這種選擇行為會(huì)提高脂肪酸合成的量，從而提高油茶產(chǎn)油量。在本研究中鑒定出參與光合作用的Rubisco 編碼基因的1 條大亞基、7 條小亞基，這與在C4 植物狗尾草中發(fā)現(xiàn)的5 個(gè)拷貝rbcS同源基因存在一定的結(jié)構(gòu)差異[6]。深入了解Rubisco 大小亞基的功能有助于利用Rubisco 大小亞基基因分子標(biāo)記識(shí)別高產(chǎn)油品種，縮短油茶育種時(shí)間，提高育種效率[14]。

油茶異質(zhì)型ACCase 亞基α-CT、BC、β-CT的編碼基因在脂肪酸與油脂合成中發(fā)揮重要作用[11,15]。本研究結(jié)果表明，參與脂肪酸合成的異質(zhì)型ACCaseα-CT、BCCP、β-CT、BC 亞基的編碼基因存在多個(gè)同源基因，分別為4、4、7、20條， 并 且 發(fā) 現(xiàn)comp71027_c0、comp71027_c1、comp71027_c2、comp67063_c0、comp60392_c0 可能為編碼同質(zhì)型ACCase 的同源基因[15]。

本研究?jī)H聚焦于油茶葉、花、果基因的表達(dá)，油茶基因表達(dá)、代謝網(wǎng)絡(luò)與果實(shí)主要性狀指標(biāo)及產(chǎn)量的關(guān)系有待進(jìn)一步探索。另外，在油茶栽培實(shí)踐中，產(chǎn)地、氣候條件、立地條件、植株年齡、冠幅、葉片特征以及果實(shí)采收時(shí)期等因子可能影響油茶果實(shí)性狀[22-23]，進(jìn)而影響其產(chǎn)量，后續(xù)可考慮在基因水平分析上述因子對(duì)茶油脂肪酸組成和活性成分的影響，進(jìn)而為篩選或培育優(yōu)質(zhì)高產(chǎn)的育種材料提供參考。