黃冰鑫 , 陳 景 , 吳文濤 , 周建榮 , 田 苗 , 涂賈子超 ,劉 湘 , 李曉紅 , 陳寄梅 ,1△
[1華南理工大學(xué)醫(yī)學(xué)院,廣東 廣州 510006;2廣東省人民醫(yī)院(廣東省醫(yī)學(xué)科學(xué)院),廣東省心血管病研究所,廣東省華南結(jié)構(gòu)性心臟病重點(diǎn)實驗室,廣東 廣州 510080]
心肌梗死占心血管疾?。╟ardiovascular diseases,CVDs)發(fā)病和死亡的首位[1]。心肌梗死后由于缺血缺氧會導(dǎo)致心肌細(xì)胞死亡并伴有成纖維細(xì)胞增生形成瘢痕組織,導(dǎo)致心室重塑并最終發(fā)展至心力衰竭,給家庭和社會帶來嚴(yán)重的經(jīng)濟(jì)負(fù)擔(dān)。目前臨床中主要的治療方式是藥物治療或重建冠狀動脈血運(yùn)[2],雖然能減少急性期死亡率,但是仍有相當(dāng)大的改善機(jī)會和很多未解決的問題[3]。因此,深入了解心肌梗死的新的細(xì)胞和分子機(jī)制,尋找有效的治療新靶點(diǎn),對于降低心肌梗死后死亡率、減輕患者和社會經(jīng)濟(jì)負(fù)擔(dān)具有重要意義。
心肌梗死后心肌細(xì)胞的受損主要原因為缺氧缺血(hypoxia-ischemia,HI),在HI 情況下,心肌細(xì)胞會通過死亡受體通路、線粒體通路、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激等途徑發(fā)生凋亡。如何有效減少心肌細(xì)胞凋亡,保護(hù)心肌免受HI 損傷是研究的重點(diǎn)。干細(xì)胞的心肌保護(hù)作用已被許多動物研究證實,其中干細(xì)胞分泌的外泌體被認(rèn)為是起作用的主要成分[3],與干細(xì)胞相比,外泌體在臨床應(yīng)用中具有較多優(yōu)勢,在治療CVDs方面有廣闊前景。但目前關(guān)于人胚胎干細(xì)胞來源外泌體(human embryonic stem cell-derived exosomes,hESCEXO)對心肌細(xì)胞的作用仍不夠明確且研究相對較少,因此本研究選取hESC-EXO 為研究對象,探究其對缺氧人心肌細(xì)胞AC16的作用及可能機(jī)制。
1.1 H9及AC16細(xì)胞培養(yǎng) 人胚胎干細(xì)胞系H9(購自中國科學(xué)院分子細(xì)胞科學(xué)卓越創(chuàng)新中心)接種于Growth Factor Reduced Matrigel 包被的 10 cm 皿 內(nèi)進(jìn)行擴(kuò)增。采用PSCeasy 人多潛能干細(xì)胞完全培養(yǎng)基進(jìn)行培養(yǎng),常規(guī)置于5% CO2、37 ℃恒溫細(xì)胞培養(yǎng)箱中,每24 h 換液,密度達(dá)70%以上時收集上清;人心肌細(xì)胞系A(chǔ)C16(購自武漢尚恩生物技術(shù)有限公司)采用含5%胎牛血清的DMEM 培養(yǎng)液常規(guī)置于5%CO2、37 ℃恒溫細(xì)胞培養(yǎng)箱中,缺氧處理下不添加血清,置于94%N2、5%CO2、1%O2三氣培養(yǎng)箱中培養(yǎng)。
2.1 外泌體提取及鑒定 將H9 細(xì)胞培養(yǎng)上清液轉(zhuǎn)移到 50 mL 離心管中,4 ℃、3 000 r/min 離心 10 min,初步沉淀細(xì)胞碎片等雜質(zhì);取上清液,用30 mL 注射器通過Millex-GP 0.22μm 孔徑過濾膜將其過濾至新的 50 mL 離心管中,再分裝至 Amicon?Ultra-15 離心過濾器中,4 ℃、1 800×g離心40 min 濃縮上清液;取上清液分裝至超高速離心管中,4 ℃、100 000×g離心70 min,棄上清,加入PBS,4 ℃、100 000×g再次離心70 min,棄上清,PBS 洗滌沉淀1~2 次,100 μL PBS 溶解沉淀轉(zhuǎn)移至1.5 mL EP管中,-80 ℃保存。
外泌體樣本用1×PBS稀釋至約1 mL后用納米顆粒跟蹤分析儀(nanoparticle tracking analyzer,NTA)選取合適視野檢測外泌體粒徑,使用Zeta View 8.04.02 分析顆粒直徑及濃度;取5 μL 樣本于銅網(wǎng)上,經(jīng)室溫孵育后加入2%乙酸雙氧鈾孵育1 min,干燥后透射電鏡觀察外泌體形態(tài);使用RIPA 裂解液、PMSF 及蛋白酶抑制劑混合液提取外泌體蛋白,后續(xù)操作同2.4。
2.2 實驗分組 本實驗將AC16 細(xì)胞于常氧情況下擴(kuò)增后,接種至6 孔板內(nèi),在缺氧條件下進(jìn)行培養(yǎng),分為缺氧條件加入外泌體組(HI+EXO組)及缺氧條件加入等體積PBS組(HI+PBS組),所用EXO 終濃度為3×109particles/L。
2.3 細(xì)胞凋亡檢測 (1)MTT 法檢測細(xì)胞活力:將AC16 細(xì)胞等密度接種到96 孔板,每孔體積200 μL(同時設(shè)置純培養(yǎng)基調(diào)零孔,加入MTT 和DMSO),每組設(shè)置4 個復(fù)孔,缺氧狀態(tài)下孵育20 h 后,每孔加入5 g/L MTT 溶液 20 μL,繼續(xù)培養(yǎng)4 h,取出后每孔加入100 μL DMSO,搖床上震蕩10 min 使結(jié)晶物充分溶解,在570 nm 處測定吸光度。(2)流式細(xì)胞術(shù)檢測細(xì)胞凋亡:將缺氧處理后的AC16 細(xì)胞用冷PBS 洗滌2 次,用 1× Binding Buffer 重懸細(xì)胞濃度為 1×109/L,向 100 μL 溶液加入 5 μL PE-Annexin V 和 5 μL 7-AAD;輕輕震蕩細(xì)胞,在室溫、黑暗條件下孵育15 min;再向每個試管中加入400μL 1× Binding Buffer,設(shè)置單染及雙染以調(diào)整補(bǔ)償,1 h 內(nèi)完成流式分析。(3)流式細(xì)胞術(shù)檢測線粒體膜電位:將試劑盒中提供的CCCP(10 mmol/L)按照1∶1 000 的比例加入到細(xì)胞培養(yǎng)液中,稀釋至10 μmol/L,常氧下處理細(xì)胞20 min 作為陽性對照組。收集3組細(xì)胞上清,用PBS 洗滌,再用胰酶消化,加入相應(yīng)上清后離心,用DMEM培養(yǎng)基重懸,加入1 mL JC-1 染色工作液,充分混勻。細(xì)胞培養(yǎng)箱中37 ℃孵育20 min。在孵育期間,配制適量的JC-1染色緩沖液置于冰浴中。37 ℃孵育結(jié)束后,棄上清,用JC-1 染色緩沖液洗滌2 次。加入2 mL細(xì)胞培養(yǎng)液,上流式細(xì)胞儀分析線粒體膜電位。
2.4 Western blot 檢測凋亡相關(guān)蛋白 提取HI+EXO 和HI+PBS組的蛋白,提取方法同外泌體蛋白提取,應(yīng)用BCA 方法檢測蛋白含量,變性后每孔上樣15 μg,15% SDS-PAGE 分離,再轉(zhuǎn)印至 PVDF 膜上。采用含5%脫脂奶粉的TBST 緩沖液封閉45 min,洗滌3次后加入Ⅰ抗(1∶5 000稀釋),4 ℃搖床過夜。洗膜3 次加入后羊抗兔Ⅱ抗(1∶1 000 稀釋)室溫孵育1 h,洗膜,加入適量ECL 發(fā)光液發(fā)光顯色,化學(xué)發(fā)光成像儀顯影。β-actin為內(nèi)參照。
2.5 hESC-EXO 的全轉(zhuǎn)錄組測序 全轉(zhuǎn)錄組測序委托廣州華銀健康醫(yī)療集團(tuán)股份有限公司進(jìn)行,送去3例hESC-EXO 樣本進(jìn)行測序,構(gòu)建sRNA 文庫與去核糖體的鏈特異性文庫。sRNA 測序文庫可以獲得miRNA 序列信息,去核糖體的鏈特異性文庫可以獲得mRNA、lncRNA 和 circRNA 的序列信息,并進(jìn)行高通量測序。
2.6 定量PCR檢測miRNA表達(dá)情況 Trizol法提取兩組RNA 后,采用miRNA cDNA 第1 鏈合成試劑盒,按說明書配置反轉(zhuǎn)錄體系(加A 尾反應(yīng)法)及設(shè)置反應(yīng)條件得到cDNA,稀釋10 倍使用,得到cDNA 后配制PCR 反應(yīng)液,采用20μL 體系,設(shè)定兩步法進(jìn)行定量檢測,內(nèi)參照使用U6,同時設(shè)置常氧組作為對照組,以計算相對表達(dá)。引物序列見表1。
表1 miRNA引物序列Table 1. Sequences of the primers for miRNA
2.7 miRNA 的生物信息分析 選取miRDB、TargetScanHuman 7.2 和ENCORI 3 個數(shù)據(jù)庫對差異量較高的miRNA 進(jìn)行靶基因預(yù)測并取交集,對于基因集功能富集分析使用KEGG rest API(https://www.kegg. jp/kegg/rest/keggapi. html)獲取最新的KEGG Pathway 的基因注釋,以此作為背景,將基因映射到背景集合中,使用R 軟件包c(diǎn)lusterProfiler 3.14.3 進(jìn)行富集分析,以獲得基因集富集的結(jié)果。設(shè)定最小基因集為5,最大基因集為5 000,F(xiàn)DR<0.1。對于GO 分析則用 DAVID 6.8 數(shù)據(jù)庫(https://david. ncifcrf. gov/home. jsp)進(jìn)行分析,通過String 數(shù)據(jù)庫構(gòu)建蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò),以獲得對細(xì)胞機(jī)制和功能的全面描述。
采用SPSS 26.0 軟件進(jìn)行統(tǒng)計學(xué)分析。計量資料以均數(shù)±標(biāo)準(zhǔn)差(mean±SD)表示。組間均數(shù)比較采用t檢驗。以P<0.05為差異有統(tǒng)計學(xué)意義。
NTA 結(jié)果顯示,檢測的外泌體直徑大約在83 nm左右(圖1A);使用透射電鏡觀察H9 細(xì)胞來源外泌體可見清晰的囊泡結(jié)構(gòu),呈橢圓形,且大小符合外泌體的檢測標(biāo)準(zhǔn)(圖1B);Western blot 法檢測外泌體特征性膜蛋白CD9 和CD63 呈陽性(圖1C)。以上特征表明分離得到的囊泡為外泌體。
MTT 結(jié)果顯示,缺氧的AC16 細(xì)胞加入hESCEXO 后細(xì)胞活力較PBS組顯著增強(qiáng),見圖2A;PEAnnexin V 的流式細(xì)胞術(shù)結(jié)果顯示,HI+EXO組相較于HI+PBS組凋亡細(xì)胞數(shù)量顯著減少(P<0.01),見圖2B;JC-1 探針流式細(xì)胞術(shù)結(jié)果顯示,HI+EXO組線粒體膜電位較HI+PBS組顯著升高(P<0.05),見圖2C,表明ESC-EXO 可以減少AC16 缺氧情況下的早期凋亡;與PBS 對照相比,凋亡的標(biāo)志性蛋白caspase-3在外泌體處理后降低,抗凋亡蛋白Bcl-2 則在外泌體處理后表達(dá)增加,見圖2D。
通過對hESC-EXO 進(jìn)行全轉(zhuǎn)錄組測序,構(gòu)建sRNA 文庫,獲得miRNA 序列信息,下機(jī)后進(jìn)行測序數(shù)據(jù)過濾,對比到參考基因組,進(jìn)行sRNA 分類注釋和miRNA 鑒定分析,最后進(jìn)行miRNA 定量分析,選取表達(dá)豐度最高的miRNA 進(jìn)行排序,表達(dá)含量較高的 miRNA 有 miR-16-5p、miR-93-5p、miR-148a-3p、miR-20b-5p、miR-302a-3p、miR-302d-3p、miR-19b-3p、miR-302b-3p、miR-182-5p、miR-101-3p;其中miR-302a/b/d-3p均屬于miR-302簇,為胚胎干細(xì)胞高水平表達(dá)的miRNA,見圖3。
分別在缺氧處理6 h 和24 h 后提取ESC-EXO 處理的AC16 細(xì)胞的總RNA,轉(zhuǎn)錄成cDNA 后進(jìn)行定量PCR 分析,與PBS 對照組相比,測序所得含量較高的miRNA 在EXO 處理后的心肌細(xì)胞中都高表達(dá),其中尤以miR-302a/b/d-3p表達(dá)顯著升高,見圖4。
Figure 1. hESC-EXO identification results. A:particle size and concentration of exosomes detected by NTA;B:transmission electron microscopic image of exosomes;C:exosome marker protein identification results.圖1 hESC-EXO鑒定結(jié)果
Figure 2. hESC-EXO inhibited apoptosis of hypoxic AC16 cells. A:cell viability was determined by MTT assay;B:cell apoptosis was detected by flow cytometry;C:mitochondrial membrane potential was determined by JC-1 probe and flow cytometry;D:caspase-3 and Bcl-2 expression was detected by Western blot. Mean±SD. n=3.*P<0.05,**P<0.01 vs HI+PBS group.圖2 hESC-EXO抑制缺氧AC16細(xì)胞凋亡
Figure 3. Quantitative rank of miRNA results by hESC-EXO sequencing.圖3 hESC-EXO測序的miRNA結(jié)果定量排序
Figure 4. Expression of miRNA in AC16 cells after hypoxia treated with hESC-EXO. Mean±SD. n=3.*P<0.05,**P<0.01 vs HI+BPS group.圖4 ESC-EXO處理缺氧后AC16細(xì)胞的miRNA表達(dá)情況
通過3 個數(shù)據(jù)庫分別對miR-302a/b/d-3p 靶基因取交集后,再對miR-302a/b/d-3p靶基因取交集,得到519 個靶基因,通過GO/KEGG 富集分析及蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò),發(fā)現(xiàn)miR-302a/b/d-3p 的靶基因主要參與 TGF-β、MAPK 和 PI3K-Akt 信號通路,核心作用的蛋白包括FOXO3、ESR1、RBBP7等,見圖5。
本實驗通過選取H9 細(xì)胞來源的EXO 作為研究對象,發(fā)現(xiàn)其可以促進(jìn)缺氧情況下AC16細(xì)胞的存活,可以抑制線粒體膜電位降低,而線粒體膜電位的下降多出現(xiàn)在細(xì)胞凋亡早期。H9細(xì)胞來源的EXO處理后凋亡時表達(dá)升高的標(biāo)志性蛋白caspase-3 表達(dá)下降,抗凋亡蛋白Bcl-2表達(dá)增加,流式細(xì)胞術(shù)檢測顯示H9細(xì)胞來源的EXO 減少缺氧后的AC16 細(xì)胞凋亡。在對H9 細(xì)胞來源的EXO 進(jìn)行測序后發(fā)現(xiàn)miR-302a/b/d-3p在外泌體中含量較高,且處理AC16細(xì)胞后,細(xì)胞內(nèi)miR-302a/b/d-3p 含量也明顯增加,其機(jī)制可能是參與調(diào)控多條凋亡相關(guān)的通路而發(fā)揮心肌保護(hù)作用。
近年來,基于干細(xì)胞的療法已成為CVDs中有應(yīng)用前景的治療策略,其中干細(xì)胞來源的外泌體由于其更安全有效等特性有望成為新的治療工具[5]。外泌體是細(xì)胞內(nèi)吞途徑循環(huán)的最終產(chǎn)物,通過胞吐釋放至細(xì)胞外[6],富含多種生物活性物質(zhì),包括蛋白質(zhì)、RNA(mRNA、miRNA 和lncRNA)、DNA(mtDNA、ssDNA 和dsDNA)、脂質(zhì)等[6],在細(xì)胞間可以發(fā)揮多種生物學(xué)作用。目前已有較多動物實驗證實干細(xì)胞源性外泌體可以通過調(diào)節(jié)細(xì)胞凋亡、炎癥、纖維化、血管生成等治療心梗、心肌缺血再灌注損傷、肺高壓等心血管疾?。?-9],但研究多集中在間充質(zhì)干細(xì)胞來源的外泌體以及多以動物源性外泌體進(jìn)行實驗[10],關(guān)于胚胎干細(xì)胞來源的外泌體則研究較少。本研究主要通過選取人胚胎干細(xì)胞系H9 進(jìn)行研究,作用在人心肌細(xì)胞系A(chǔ)C16上,觀察了其對于缺氧心肌細(xì)胞的保護(hù)作用。
因為miRNA 存在廣泛多樣的生物學(xué)功能,以及其在外泌體中的高豐度存在和相對不易降解,所以外泌體研究中又多以miRNA 研究為主。目前有研究確定了外泌體含有的多種miRNA 可以緩解心梗[11-12]、抑制心肌細(xì)胞肥大、抗心肌纖維化、促進(jìn)血管新生等[13]。但對于胚胎干細(xì)胞源外泌體中高豐度表達(dá)的miR-302/367 簇則少有研究提及。本研究所發(fā)現(xiàn)的miR-302a/b/d-3p 均屬于miR-302 簇,不僅在hESC-EXO 中含量較多,且經(jīng)hESC-EXO 處理后AC16 細(xì)胞內(nèi)miR-302a/b/d-3p 含量也明顯增加。多數(shù)研究表明miR-302/367 簇參與多種重要的生物學(xué)過程包括細(xì)胞增殖、分化、重編程、腫瘤發(fā)生、器官發(fā)育、自身免疫以及ESC 和誘導(dǎo)多能干細(xì)胞的多能性維持等[13]。目前miR-302 在心血管領(lǐng)域中的研究并不多見,已發(fā)表的研究主要和Hippo信號通路作用有關(guān)[16],其具體的作用機(jī)制仍存在爭議[17-19]。在對miR-302a/b/d-3p 進(jìn)行生物信息學(xué)分析后發(fā)現(xiàn)其可能作用的核心蛋白FOXO3 是調(diào)節(jié)自噬的主要轉(zhuǎn)錄因子,與凋亡有著密切的聯(lián)系[20]。此外可能作用的MAPK、PI3K-Akt等信號通路也有研究表明可以調(diào)節(jié)細(xì)胞自噬[21],因此hESC-EXO所含的miR-302a/b/d-3p可能主要通過調(diào)節(jié)自噬減少凋亡來完成對心肌細(xì)胞的保護(hù)作用。
Figure 5. Bioinformatics analysis results of miR-302a/b/d-3p. A:intersection of miR-302a/b/d-3p target genes in different databases;B:intersection of miR-302a/b/d-3p target genes;C:GO enrichment analysis of miR-302a/b/d-3p;D:KEGG pathway analysis of miR-302a/b/d-3p;E:protein interaction network diagram of miR-302a/b/d-3p target gene,where light blue and pink represent known interactions from professional databases and experimentally determined results,respectively;Green,red,and dark blue represent predicted interactions from gene adjacency,fusion,and co-expression,respectively.圖5 miR-302a/b/d-3p生信分析結(jié)果
綜上所述,hESC-EXO 可以減少心肌細(xì)胞的凋亡,其特殊性高表達(dá)的miR-302簇尤其是miR-302a/b/d-3p可通過外泌體作用到心肌細(xì)胞并產(chǎn)生保護(hù)作用,但具體的作用機(jī)制及靶點(diǎn)仍需要進(jìn)一步的實驗驗證。