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混合斑中精子細(xì)胞DNA 的自動化批量提取*

2022-04-28 02:00柯永慶湯志成石尖
廣東公安科技 2022年1期
關(guān)鍵詞:檢材磁珠濾膜

柯永慶 袁 紅 湯志成 石尖

(東莞市公安局刑警支隊,廣東 東莞523008)

在法醫(yī)DNA 檢驗工作中,混合斑中精子細(xì)胞的分離一直是DNA 檢驗工作中的重點和難點。目前,實驗室常用的方法主要有差異裂解法、濾膜法、細(xì)胞分選法、免疫磁珠法[1]等,這些方法均需要手工進行處理,分型成功率很大程度受檢驗人員的經(jīng)驗、水平等主觀因素影響,且耗時較長,需要實驗人員全程跟蹤進行操作,難以實現(xiàn)批量化的提取純化。隨著全自動核酸提取工作站的投入使用,利用工作站實現(xiàn)對混合斑中精子細(xì)胞DNA 的全自動化批量提取,將有助于提高工作效率。

1 材料與方法

1.1 樣本

日常受理的案件中,各類疑似混合斑檢材241 份,依據(jù) 《GA/T766-2020 人精液 PSA 檢測金標(biāo)試劑條法》進行檢驗,結(jié)果為陽性(含弱陽性)88例、結(jié)果為陰性153例,如表1所示。

表1 檢材類型和數(shù)量

1.2 主要儀器和試劑

X-Pure 96 Plus 硅磁一體微量DNA 提取定量工作站(廣州高盛)、混合精斑DNA 磁珠純化試劑盒(8/16/24 人份,廣州高盛)、Power?Plex?18 System 擴增試劑盒 (Promega 公司,美國)、ABI Veriti 型擴增儀(AB 公司,美國)、ABI 3500XL 型全自動熒光分析儀(AB 公司,美國)。

1.3 精子細(xì)胞DNA的分離提取

剪取適量檢材放入“混合精斑DNA 磁珠純化試劑盒”中專用裂解板的相應(yīng)孔位,每孔加入TNE 溶液450uL,插入人精液PSA 檢測金標(biāo)試劑條,待獲得結(jié)果后將試劑條丟棄,隨后每孔手工加入SDS 溶液40uL、PK 溶液40uL。將該裝有檢材和試劑的專用裂解板以及“混合精斑DNA 磁珠純化試劑盒”中的其他相關(guān)耗材放入“X-Pure 96 Plus 硅磁一體微量DNA 提取定量工作站”相應(yīng)指定位置,啟動工作站,設(shè)定洗脫體系為50uL,自動運行3.5h 獲得精子細(xì)胞DNA模板和女性成分DNA模板。

1.4 STR復(fù)合擴增及分析

使 用 PowerPlex?18D System 試 劑 盒 在 ABI Veriti 型擴增儀(AB 公司,美國)上擴增。反應(yīng)總體系10uL,其中DNA 模板2uL、Primer Pair Mix 2uL、Master Mix 2uL、純水4uL。擴增循環(huán)次數(shù)為28 次,用3500XL 分析儀(AB 公司,美國)對擴增產(chǎn)物進行毛細(xì)管電泳分離,使用GeneMarker Forensic V1.9 軟件進行數(shù)據(jù)分析。

2 結(jié)果與討論

2.1 檢驗結(jié)果

依據(jù)行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)《人類DNA 熒光標(biāo)記STR 分型結(jié)果的分型及應(yīng)用》(GA/T 1163-2014)相關(guān)要求,峰高大于100 相對熒光單位,檢出17 個以上STR 基因座和Amelogenin 基因座標(biāo)記為檢出,檢驗結(jié)果如表2、表3所示。

表2 PSA為陽性(含弱陽性)檢材檢驗結(jié)果

表3 PSA為陰性檢材檢驗結(jié)果

從表2可看出,88例PSA 為陽性(含弱陽性)的檢材中,檢出單一男性分型有56 例,約占63.6%;檢出混合分型有23例,約占26.1%;未檢出分型的有9 例,約占10.2%。其中,對23例檢出混合分型的檢材采取手工提取純化,21例仍檢出混合分型,約占91.3%;1 例未檢出分型,約占4.3%;1 例檢出單一男性分型,約占4.3%。對9 例未檢出分型的檢材采取手工提取純化,8 例仍未檢出分型,約占88.9%;1 例檢出分型,約占11.1%。

從表3 可看出,153 例PSA 為陰性的檢材中,檢出單一男性分型有16 例,約占10.5%;檢出混合分型有8 例,約占5.2%;未檢出分型有129 例,約占84.3%。其中,對8 例檢出混合分型的檢材采取手工提取純化,7 例檢出仍檢出混合分型,占87.5%;1 例檢出單一分型,占12.5%。未對129 例未檢出分型的樣本進行再次檢驗。

2.2 討論

2.2.1 方法的選擇

混合精斑的提取純化,目前實驗室主要采用的方法主要有差異裂解法、濾膜法、免疫磁珠法、細(xì)胞分選法等,其各自的優(yōu)缺點如表4所示,因成本等客觀問題,免疫磁珠法、細(xì)胞分選法較少運用于實驗室檢驗。

表4 常見提取方法的優(yōu)缺點

差異裂解法作為提取實驗室常用方法,有著成本低廉的優(yōu)點,且對條件較好的混合斑檢材能夠有效去除女性成分,獲得男性的準(zhǔn)確分型。但對于微量、陳舊或精子相對含量較少的檢材,可能因消化不完全或者過度消化,導(dǎo)致精子DNA 損失。精子細(xì)胞一般頭部長3.0~5.0μm、寬2.0~3.0μm、厚1~2μm,尾部長40~60μm[2]。利用孔徑為1μm的硝酸纖維素膜,根據(jù)分子篩原理,當(dāng)消化后的混合液體流經(jīng)內(nèi)管后,未被消化的精子細(xì)胞經(jīng)過濾被攔截在尼龍膜內(nèi),女性上皮細(xì)胞DNA 成分溶液穿過尼龍膜進入外套管內(nèi),從而達到物理分離精子細(xì)胞的目的。

精子細(xì)胞膜富含硫醇蛋白,需在二硫蘇糖醇(dithiothreitol,DTT)、β-巰基乙醇等還原劑的作用下才能打開其中的二硫鍵,從而破膜釋放DNA。結(jié)合差異裂解法和濾膜法特點,采取“多重裂解濾膜的方法”(見圖1)。利用獨特配方的裂解液(能徹底消化精子外細(xì)胞且不損傷精子細(xì)胞)將混合斑中的精子團裂解分離成單精子細(xì)胞,采用特殊孔徑濾膜,可以有效截留精子,去除非目標(biāo)殘余DNA 的干擾,從而提高精子回收率,并避免了消化不完全或者過度消化導(dǎo)致的精子DNA損失。

圖1 多重裂解濾膜法

女性陰道分泌物成分復(fù)雜,往往混有大量女性白帶物質(zhì)和腸道細(xì)菌等,其中有些成分是擴增抑制物,利用磁珠不吸附除DNA 外的其他雜質(zhì),既實現(xiàn)對精斑DNA 的半定量,又去除了PCR 抑制物的干擾作用,從而獲得DNA 的優(yōu)化分型[3]。

綜上所述,利用混合精斑全自動提取試劑盒(8/16/24 人份)在X-Pure 96 Plus 硅磁一體微量DNA 提取定量工作站可實現(xiàn)批量化全自動提取,基本實現(xiàn)無需進行手工操作和人工干預(yù)跟蹤,實驗效果與手工提取大致相同,極大地提高了工作效率。

2.2.2 存在不足及改進方向

從圖1 可直觀看出,多重裂解濾膜法在整個實驗過程中,檢材載體一直沒有去除,最終與截留的精子細(xì)胞一同進行裂解,該做法可保證精子細(xì)胞不會丟失,提高了男性DNA 的檢出率,但由于沒有丟棄檢材載體,導(dǎo)致檢材載體上的女性成分消化不完全,導(dǎo)致檢出混合分型的概率大大提高。實驗表明,混合斑中男女比例達到1∶100 時,即使是經(jīng)過改進的裂解法,其成功率也只有20%[4]。從表2 中可以看出:采取多重裂解濾膜方法,PSA 為陽性(含弱陽性)的檢材檢出男女混合的概率為26%。下一步實驗需要注意以下幾點,一是通過優(yōu)化實驗步驟,實現(xiàn)在實驗過程中丟棄已分離精子細(xì)胞的檢材載體,從而提高檢出單一的概率;二是通過優(yōu)化試劑,使試劑更溫和有效,實現(xiàn)完全消化女性成分的同時不會導(dǎo)致精子細(xì)胞DNA 的丟失;三是通過優(yōu)化實驗?zāi)K,實現(xiàn)由全自動工作站進行PSA 確認(rèn)實驗,進一步提高工作效率。

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