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KDM6A在髓系腫瘤中的病理作用和臨床意義*

2022-03-03 10:48:24劉子祺錢軍
中國病理生理雜志 2022年11期
關(guān)鍵詞:髓系甲基化結(jié)構(gòu)域

劉子祺,錢軍

(江蘇大學(xué)附屬人民醫(yī)院血液科,江蘇 鎮(zhèn)江 212000)

賴氨酸去甲基化酶6A(lysine demethylase 6A,KDM6A)在20多年前首次被發(fā)現(xiàn),于2007年被鑒定為特異性組蛋白去甲基化酶[1],能去除組蛋白H3第27位賴氨酸三甲基化(H3K27me3)修飾的抑制作用,對生理造血有重要意義。髓系腫瘤是骨髓內(nèi)異常造血干祖細胞(hematopoietic stem and progenitor cell,HSPC)的克隆性增生。復(fù)發(fā)和耐藥是多數(shù)患者總體預(yù)后較差的主要原因。KDM6A通過表觀修飾作用調(diào)控關(guān)鍵基因和信號通路,從而影響髓系腫瘤的發(fā)生和預(yù)后。

1 KDM6A的結(jié)構(gòu)和功能

KDM6A,也被稱為X染色體上普遍轉(zhuǎn)錄的四三肽重復(fù)序列,其編碼基因定位于性染色體Xp11.2,包含33個外顯子。KDM6A在人體正常組織中廣泛表達,由1 401個氨基酸殘基構(gòu)成不同的基序,其中在羧基端的催化基序——Jumonji C(JmjC)結(jié)構(gòu)域賦予其H3K27me3的去甲基化活性,而在氨基端的調(diào)控基序——三十四肽重復(fù)(tetratricopeptide repeat,TPR)結(jié)構(gòu)域幫助核定位,二者協(xié)同促進靶基因的轉(zhuǎn)錄及介導(dǎo)蛋白質(zhì)相互作用[2-3]。作為KDM6亞家族的一員,KDM6A在人類中有2個旁系同源物:KDM6B和KDM6C。與KDM6A相比,KDM6B缺乏TPR結(jié)構(gòu)域,其編碼基因位于17p13.1;而KDM6C盡管擁有JmjC結(jié)構(gòu)域,但去甲基化活性很低,其編碼基因位于Yq11.221[3-4]。KDM6A通過去甲基化作用解除H3K27me3對基因轉(zhuǎn)錄的抑制,廣泛促進干細胞增殖分化和組織器官發(fā)育,包括神經(jīng)、心臟、肌肉及骨等[5-11]。

2 KDM6A在造血系統(tǒng)中的生理功能

KDM6A在骨髓、脾、胸腺及肝臟等主要造血器官中均表達[12],提示其對機體造血很可能有重要作用。早期研究觀察到,KDM6A敲減并不促進凋亡,但可使小鼠原代骨髓細胞的紅系、巨核系和B細胞的集落形成減少,其機制主要是KDM6A敲減后RUNX1、MLL1和SCL啟動子區(qū)KDM6A占有率下降,H3K27me3水 平顯著增加[12]。其后研究顯示,KDM6A促進HSPC增殖、遷移及分化,KDM6A敲減后小鼠造血祖細胞系32D細胞遷移能力下降,但整體H3K27me3水平并無變化,KDM6A敲除后小鼠原代HSPC遷移能力同樣顯著降低[13]。HSPC由造血內(nèi)皮細胞通過內(nèi)皮-造血細胞轉(zhuǎn)化(endothelial-hemtopoietic transition,EHT)產(chǎn)生。研究證實,EHT過程依賴維生素C參與,維生素C致整體H3K27me3水平下降、并促進造血相關(guān)基因的染色質(zhì)開放,而KDM6A在這一過程中發(fā)揮關(guān)鍵作用[14]。體外敲除KDM6A的HSPC出現(xiàn)分化相關(guān)基因CAR1/2、LYL1、SCL和GATA1以及腫瘤抑制因子BAX下調(diào),下調(diào)基因多富集于造血譜系分化及免疫相關(guān)通路,如RPS14和IL2/STAT5通路,而PU.1上調(diào),主要影響紅系和巨核系的轉(zhuǎn)錄生成[13,15]。最新的研究表明,KDM6A可抑制B細胞分化,其敲除后邊緣區(qū)B細胞增殖和漿細胞形成增加,促凋亡基因的H3K27me3水平升高、漿細胞凋亡減少[16]。然而,Huppertz等[17]認為KDM6A缺失致pro-B細胞向pre-B細胞分化受阻。近年的研究觀察到KDM6A在維持造血穩(wěn)態(tài)中發(fā)揮著重要作用,造血干細胞中KDM6A表達隨年齡增長而下降,KDM6A敲除后HSPC衰老相關(guān)標(biāo)志物表達增加,活性氧積累,DNA雙鏈斷裂修復(fù)受損,并且HSPC歸巢和造血重建能力顯著降低[18]。但Huppertz等[17]的研究則認為KDM6A缺失并不影響HSPC歸巢,造血重建能力下降可能是HSPC增殖、分化或存活缺陷所致。此外,KDM6A對自然殺傷(natural killer,NK)細胞的功能有重要作用,敲除或抑制KDM6A后可減少促炎因子IFN-γ、TNF-α、GM-CSF、IL-2和抗炎因子IL-10,同時改變NK細胞的炎癥轉(zhuǎn)錄譜,包括周期、代謝和信號傳導(dǎo)等通路,導(dǎo)致NK細胞在炎癥功能中的降低[19]。

3 KDM6A在造血系統(tǒng)中的病理作用

3.1 KDM6A在急性髓系白血?。╝cute myelogenous leukemia,AML)中的作用最初對200例AML的腫瘤基因組圖譜(The Cancer Genome Atlas,TCGA)研究及其后對1 540例AML的大規(guī)模研究均顯示,AML患者存在著再現(xiàn)性KDM6A突變[20-21]。而對核心結(jié)合因子(core-binding factor,CBF)-AML的研究觀察到KDM6A突變主要發(fā)生于RUNX1-RUNX1T1白血病患者[22]。其后,Greif等[23]對50例正常核型AML患者標(biāo)本測序檢測到2例患者在復(fù)發(fā)時出現(xiàn)KDM6A突變,均位于JmjC域,進一步研究觀察到在白血病細胞株MM-6中也存在KDM6A基因外顯子3~10純合子缺失伴KDM6A表達缺失,賦予MM-6細胞對阿糖胞苷(arabinosylcytosine,AraC)的抗性;對臨床數(shù)據(jù)的分析也顯示細胞遺傳學(xué)正常的AML(cytogenetically normal AML,CN-AML)患者初診時KDM6A低表達可能是不良預(yù)后的一個預(yù)測因素。隨后Stief等[24]對20例伴KDM6A突變AML的研究觀察到多數(shù)突變位于TPR和JmjC結(jié)構(gòu)域,65%患者存在移碼插入/缺失或無義突變,提示功能喪失表型。8例患者在初診時即有KDM6A突變;在12/20例患者中,突變僅發(fā)生在AML亞克隆細胞中,變異等位基因頻率(variant allele frequency,VAF)低于15%。PDX模型證實攜帶E1325X突變的復(fù)發(fā)白血病細胞移植到免疫缺陷小鼠中可致KDM6A-E1325X突變克隆穩(wěn)定再生;在未檢出KDM6A突變的9例AML中出現(xiàn)4例復(fù)發(fā)時KDM6A蛋白表達顯著下降、而3例患者復(fù)發(fā)時卻呈上升態(tài)勢;進一步對35例CN-AML的檢測觀察到45.7%患者KDM6A mRNA表達下調(diào),而37.1%患者表達上調(diào)[24]。而Boila等[25]卻檢測到原代AML細胞和AML細胞系中KDM6A mRNA和蛋白表達均上調(diào)。這可能與病例構(gòu)成不同有關(guān)。此外,也有研究觀察到不管KDM6A表達如何,AML患者存在著KDM6A高甲基化改變,初診時KDM6A高甲基化患者生存時間縮短[26]。

動物模型研究觀察到,KDM6A條件性敲除后雌性小鼠脾臟重量明顯增加,脾臟和骨髓中以髓系細胞為主,外周血白細胞不同程度增加,而血紅蛋白和血小板則下降,63%的KDM6A-/-小鼠發(fā)展為AML,而KDM6A+/-小鼠和KDM6A+/+小鼠均無AML形成[27]。進一步研究證實KDM6A缺失使HSPC處于白血病前狀態(tài),HSPC顯著擴增,粒細胞-單核細胞祖細胞和髓系祖細胞增加,而巨核細胞-紅細胞祖細胞和淋巴祖細胞則顯著減少;KDM6A缺失激活白血病發(fā)展過程中的致癌性ETS轉(zhuǎn)錄程序、并通過降低染色質(zhì)的可及性和局部H3K27的乙酰化來下調(diào)GATA驅(qū)動的基因程序[27]。

此外,體內(nèi)外研究證實,KDM6A突變致白血病細胞對AraC的抗性增加,而KDM6A敲減同樣能夠降低細胞對AraC和柔紅霉素的敏感性,KDM6A重新表達則可恢復(fù)其敏感性。KDM6A缺失介導(dǎo)的AraC耐藥是通過下調(diào)對細胞攝取核苷及其類似物具有重要作用的膜轉(zhuǎn)運蛋白ENT1表達所致[24]。然而,有研究觀察到,KDM6A與核小體重塑和脫乙酰酶相互作用,進而調(diào)節(jié)AML細胞中胞質(zhì)分裂因子5/8(dedicator of cytokinesis 5/8,DOCK5/8)的表達,而針對DOCK的小分子抑制劑CPYPP可與DOCK同源區(qū)結(jié)構(gòu)域結(jié)合并抑制DOCK家族蛋白的活性,進而抑制AML細胞活力,減弱AML細胞遷移,并誘導(dǎo)凋亡基因表達,而KDM6A缺乏則進一步使AML細胞對CPYPP抑制敏感[28]。這些結(jié)果提示KDM6A在AML中的作用可能存在著遺傳學(xué)背景和時空背景下的特異性。

3.2 KDM6A在慢性髓系白血病(chronic myelogenous leukemia,CML)中的作用CML是BCR-ABL融合基因所致的一種造血系統(tǒng)惡性疾病,酪氨酸激酶抑制劑(tyrosine kinase inhibitor,TKI)的廣泛應(yīng)用使得CML患者的預(yù)期壽命近于正常,但仍有2%~3%的患者對TKI治療無反應(yīng)并發(fā)生疾病進展,生存期只有7~11個月[29]。BCR-ABL1酪氨酸激酶區(qū)突變之外的其他基因突變在TKI治療反應(yīng)不佳中的作用已逐漸成為研究熱點之一。最近,Adnan Awad等[29]在TKI療效差的5例慢性期CML標(biāo)本中檢測到1例存在KDM6A-R1163P突變;其后對嘗試TKI停藥的47例CML患者的研究也觀察到30例失去主要分子學(xué)反應(yīng),其中1例獲得KDM6A-Q1058X突變[30]。盡管KDM6A敲除顯著改變了K562細胞的組蛋白乙?;图谆癄顟B(tài),但似乎并未影響K562細胞對伊馬替尼、達沙替尼和普納替尼的敏感性;并且,KDM6A敲除后K562細胞對NK細胞殺傷的敏感性降低,雖然KDM6A突變也存在于CML患者的NK細胞,但在NK細胞系NK-92中敲除KDM6A并未影響其對K562細胞的殺傷活性[30]。Zhang等[31]的研究認為,KDM6A在CML患者中表達上調(diào),并且伊馬替尼耐藥的患者較治療有反應(yīng)者具有更高的KDM6A mRNA水平。與Adnan Awad等[29]的結(jié)果不同,Zhang等[31]觀察到KDM6A敲減/敲除后K562和MEG-01細胞對伊馬替尼誘導(dǎo)的凋亡更為敏感,并且KDM6A對于CML細胞在伊馬替尼作用下的保護效應(yīng)并不依賴BCR-ABL的表達或活性;進一步研究觀察到KDM6A對CML細胞的保護作用也不依賴于其去甲基化酶活性,而是通過調(diào)節(jié)原肌球蛋白受體激酶A(tropomyosin receptor kinase A,TRKA)和神經(jīng)營養(yǎng)受體酪氨酸激酶1(neurotrophic receptor tyrosine kinase 1,NTRK1)發(fā)揮作用,KDM6A被YY1招募到NTRK1增強子位點后,維持NTRK1的組蛋白乙?;?,并與YY1共同允許染色質(zhì)的可及性,促進神經(jīng)生長因子(nerve growth factor,NGF)/TRKA信號傳導(dǎo),從而保護CML細胞免受伊馬替尼的影響。

3.3 KDM6A在慢性粒單核細胞白血病(chronic myelomonocytic leukoemia,CMML)中的作用CMML是一種具有骨髓增生異常綜合征(myelodysplastic syndrome,MDS)和骨髓增生性腫瘤(myeloproliferative neoplasm,MPN)重疊特征的克隆性造血干細胞疾病。由于其發(fā)病機制的復(fù)雜性,目前尚缺乏有效治療。Jankowska等[32]首次在72名CMML患者隊列中檢測到7例(10%)存在KDM6A異常:6例突變(4例錯義突變和2例無義突變)和1例缺失,更常見于晚期CMML(CMML-2和CMML-AML)中。對腫瘤體細胞突變目錄數(shù)據(jù)庫的檢索結(jié)果顯示,TP53是具有KDM6A突變的全部腫瘤患者中最常見的共突變基因(33.9%);而在CMML、CMML-AML、AML和MDS患者中,KDM6A突變患者中TP53突變率也高于KDM6A未突變患者(分別為21.7%和6.7%)[33]。動物模型觀察到,小鼠敲除KDM6A后出現(xiàn)CMML樣表現(xiàn):脾腫大,外周血單核細胞和粒細胞增多但原始細胞<5%,同時紅細胞和血小板減少,肝脾存在著單核細胞和粒細胞的髓外造血[33]。在具有CMML樣表型的KDM6A敲除小鼠的造血干細胞和祖細胞中觀察到TP53顯著下調(diào),表明TP53下調(diào)可能導(dǎo)致KDM6A缺失誘導(dǎo)的CMML樣疾?。?3]。該研究組進一步制備了KDM6A和TP53雙敲除小鼠,TP53單雙敲除小鼠死于T細胞淋巴瘤、肉瘤或畸胎瘤,中位生存期為6.2個月,而KDM6A和TP53雙敲除小鼠在KDM6A缺失3個月后也出現(xiàn)脾腫大,外周血、骨髓、肝脾中髓細胞和粒細胞顯著擴增,伴貧血和發(fā)育異常,外周原始細胞達5%~16%,并且小鼠壽命顯著縮短,中位生存期僅3.8個月,表明TP53缺失可促進KDM6A缺失誘導(dǎo)的CMML[33]。進一步研究表明,KDM6A缺失導(dǎo)致造血干細胞自我更新增加,易向髓系分化[33]。

3.4 KDM6A在MDS中的作用一項包含738名MDS、CMML和MDS-MPN患者的大規(guī)模測序中檢測到約2%的KDM6A突變[34]。近期對20例MDS患者的HSPC和間充質(zhì)干細胞(mesenchymal stem cell,MSC)的下一代測序研究觀察到,8例(40%)HSPC和8例(40%)MSC均存在低頻KDM6A錯義/無義突變,僅2例患者的HSPC和MSC共同存在KDM6A突變;但同一患者的HSPC和MSC中KDM6A突變位點并不相同[35]。在HSPC和MSC中,KDM6A突變分別與BCORL1和PDGFRA突變的相關(guān)性分析具有統(tǒng)計學(xué)意義(分別為P=0.012和P=0.05)[35]。該研究結(jié)果提示了MDS發(fā)病的異質(zhì)性和復(fù)雜性。最近的動物模型觀察到KDM6A條件性敲除雌性小鼠出現(xiàn)年齡依賴性的MDS樣表型,KDM6A-/-小鼠出現(xiàn)輕度貧血、脾腫大及異常骨髓增生,包括雙核和發(fā)育異常的紅系前體和非典型巨核細胞的前體增加,隨年齡增長更明顯,但小鼠沒有發(fā)展為明顯的白血病,也未死于血細胞減少;競爭性移植小鼠模型也觀察到KDM6A條件性敲除的骨髓細胞造血重建能力下降。此外,KDM6A缺陷基質(zhì)可促進KDM6A敲除HSPC擴增[36]。去甲基化藥物是高風(fēng)險MDS(high-risk MDS,HRMDS)的標(biāo)準(zhǔn)治療手段之一,但多數(shù)患者會耐藥或復(fù)發(fā)。Polgarova等[37]對阿扎胞苷(azacitidine,AZA)治療的38例HR-MDS患者的基因突變進行了動態(tài)監(jiān)測,結(jié)果顯示AZA治療后VAF顯著降低的患者獲得了臨床反應(yīng),而發(fā)生早期進展的患者突變改變極??;KDM6A突變患者總生存時間延長;但如在治療過程中其VAF下降,反應(yīng)持續(xù)時間反而縮短。

4 總結(jié)

KDM6A的表觀修飾作用對生理造血有重要意義,尤其是在促進HSPC增殖分化以及維持造血系統(tǒng)穩(wěn)態(tài)方面。對多種髓系腫瘤樣本的測序均顯示存在KDM6A突變且與患者預(yù)后不良相關(guān),KDM6A敲除的動物模型也出現(xiàn)具有髓系惡性腫瘤特征的血液學(xué)變化。研究者進一步觀察到KDM6A的作用輻射多條關(guān)鍵分子通路,作用機制包括去甲基化酶活性依賴性和非依賴性,且突變的KDM6A易與多個髓系腫瘤病程進展和預(yù)后相關(guān)基因共突變,繼而誘導(dǎo)疾病發(fā)展,促使患者出現(xiàn)耐藥和復(fù)發(fā)。臨床對KDM6A的篩查及開發(fā)靶向藥物有利于為患者制定更加精細化、個體化的治療方案。

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