王瑞敏,劉毅,李菲,賈躍進
1 山西中醫(yī)藥大學(xué) 山西太原 030024 2 山西中醫(yī)藥大學(xué)附屬醫(yī)院 山西太原 030024
失眠癥(Insomnia Disorder,ID)是臨床常見病和多發(fā)病,2002年國際精神衛(wèi)生和神經(jīng)學(xué)基金會調(diào)查顯示,我國人群中有45.5%存在睡眠問題;并有調(diào)查表明睡眠不足與抑郁癥(DD)、肥胖、代謝紊亂、心臟病、精神健康問題和癡呆癥有關(guān),且有更多的研究發(fā)現(xiàn)在睡眠不足的情況下免疫系統(tǒng)會遭受多種改變,根據(jù)調(diào)查約有10%~20%的人群會受其影響。[1-2]對于ID的治療,目前作為一線藥物的苯二氮卓類受體激動劑(BzRAs)缺乏長期療效的證據(jù)且與潛在的不良反應(yīng)有關(guān),因此并非理想手段。[3]相比之下,中醫(yī)藥治療疾病有效且安全性高,具有一定優(yōu)勢,因此挖掘中醫(yī)藥對ID的治療具有較大的意義。
賈躍進主任醫(yī)師是全國名老中醫(yī)工作室指導(dǎo)老師,從醫(yī)40余年,對ID、DD等腦病治療有獨到的見解并有豐富的臨床經(jīng)驗。本文選取賈老近5年的門診病例,運用數(shù)據(jù)挖掘和網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法對其臨床用藥和處方特點進行歸納總結(jié),并綜合分析其作用機制,以圖為ID的治療及相關(guān)研究提供一定思路與 參考。
1.1 納入標(biāo)準(zhǔn) 根據(jù)《中國成人失眠診斷與治療指南》[4]診斷明確并單獨使用山西中醫(yī)藥大學(xué)附屬醫(yī)院中藥房提供的中藥顆粒劑治療,且安全、有效的病案。
1.2 排除標(biāo)準(zhǔn) 診斷、效果或安全性不明確的病案;合并其他影響判斷的精神及軀體疾病的病案;治療手段非單獨使用上述中藥顆粒劑的病案。
2.1 數(shù)據(jù)收集 收集2015年7月1日-2020年7月1日間賈躍進名老中醫(yī)在山西中醫(yī)藥大學(xué)附屬醫(yī)院治未病中心門診收治的ID病案。
2.2 數(shù)據(jù)錄入與挖掘 根據(jù)納入和排除標(biāo)準(zhǔn)篩選后,以雙人雙錄入法將病案錄入至古今醫(yī)案云平臺V2.2.3中,然后結(jié)合2015版中國藥典[5]與第七版中藥學(xué)教材[6]對中藥進行名稱規(guī)范,如:“炒麥芽”統(tǒng)一為“麥芽”、“清半夏”統(tǒng)一為“半夏”。將所獲得的醫(yī)案使用數(shù)據(jù)挖掘模塊對其進行藥物頻次、屬性統(tǒng)計以及關(guān)聯(lián)、聚類和復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)分析,并得出核心藥組。
3.1 核心藥組藥物活性成分及相關(guān)靶點獲取 利用CNKI(https://www.cnki.net/)中 的 相 關(guān) 文 獻 及TCMSP(http://tcmspw.com/tcmsp.php)數(shù)據(jù)庫中檢索核心藥組各藥物活性成分,將所得活性成分在SwissADME(http://www.swissadme.ch/)平臺中限定胃腸道吸收(GI absorption)、血腦屏障滲透(BBB permeant)、類藥性(Druglikeness)進行篩選,將篩選出的活性成分導(dǎo)入SwissTargetPrediction(http://www.swisstargetprediction.ch/)得出相關(guān)靶點,并匹配Uniprot(https://www.uniprot.org/)數(shù)據(jù)庫中的GeneSymbol。
3.2 疾病靶點獲取 在Genecards(https://www.genecards.org/)、OMIM(https://omim.org/#)數(shù)據(jù)庫中分別檢索“insomnia disorder”,將所得ID相關(guān)靶點合并、去重,再利用Uniprot數(shù)據(jù)庫匹配GeneSymbol。
3.3 藥物-疾病交集靶點獲得 將3.1中所得各活性成分相關(guān)靶點與3.2中所得ID相關(guān)靶點利用微生信(http://www.bioinformatics.com.cn/)在線作圖平臺取交集,獲得核心藥組活性成分中直接與疾病相關(guān)的靶點。
3.4 疾病-組方-藥物-成分-靶點及蛋白相互作用(PPI)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建 以疾病、核心組方、藥物、藥物活性成分、相關(guān)靶點為節(jié)點,其相互關(guān)系為邊,在CytoscapeV3.8.0中構(gòu)建網(wǎng)絡(luò);并將1.2.3中的藥物-疾病交集靶點導(dǎo)入String(http://string-db.org/cgi/input.pl)數(shù)據(jù)庫進行PPI分析,然后利用Cytoscape的MCODE插件將所得PPI進行聚類,從而獲得核心靶點。
3.5 GO(Gene Ontology)富集分析和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路富集分析
將3.3中所得交集靶點導(dǎo)入Cytoscape的BInGO、ClueGO插件分別進行GO生物過程、分子功能、細(xì)胞成分和KEGG通路富集分析。
選取3.4疾病-組方-藥物-成分-靶點網(wǎng)絡(luò)中節(jié)點度較大的活性成分與PPI網(wǎng)絡(luò)各聚類中節(jié)點度較大的關(guān)鍵靶點分別在Zinc(https://zinc.docking.org/)、PDB(http://www.rcsb.org/)數(shù)據(jù)庫中獲得其3D結(jié)構(gòu),并使用Autodock vina進行分子對接,將其中對接較好的組合進行展示。
1.1 藥物屬性及證候統(tǒng)計 共搜集到病案432例,根據(jù)納入、排除標(biāo)準(zhǔn)篩選,獲得驗案200例。該200例驗案包含方劑256首,涉及中藥154味,總應(yīng)用頻次3447次,其中藥物應(yīng)用百分比大于18%的有20味,其應(yīng)用頻次和為2221次,約占總頻次64%,見表1。將256首方劑中154味藥物進行性味歸經(jīng)的分析,結(jié)果以雷達圖表示,見圖1、2,其中中藥藥性分布主要為:溫、平、寒、微寒;藥味主要為:甘、辛、苦;而藥物的歸經(jīng)主要歸:脾、肝經(jīng)。中醫(yī)證候多見于肝郁證、肝郁脾虛證、痰證,見圖3。
表1 藥物使用頻次及百分比
圖1 四氣五味歸經(jīng)頻次分布雷達圖 (左:四氣頻次分布;中:五味頻次分布;右:歸經(jīng)頻次分布)
圖2 藥物功效統(tǒng)計
圖3 中醫(yī)證候分布
圖4 物聚類分析
1.2 藥物關(guān)聯(lián)分析、聚類分析、復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)分析及核心組方確定 將256首處方利用云平臺數(shù)據(jù)分析,首先將置信度設(shè)置≥0.7,支持度≥0.4,得到20組藥物關(guān)聯(lián)分析結(jié)果,并按照支持度降序排列,如表2;將2.1.1中應(yīng)用頻率大于18%的20味中藥進行聚類分析,同時設(shè)置距離類型為歐氏距離,聚類方法為:最長距離法,可將其分為:C1:茯苓、半夏、陳皮;C2:龍骨、牡蠣、柴胡、黃芩;C3:白芍、白術(shù)、香附、川楝子、枳實、萊菔子;C4:合歡皮、麥芽、黨參、遠(yuǎn)志、石菖蒲等4個聚類處方,見表4;最后設(shè)置節(jié)點度不小于95,進行中藥-中藥復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)分析,得到一個由8味中藥組成的核心組合,見圖5。綜合以上得出最核心藥物組方為:陳皮、遠(yuǎn)志、白術(shù)、合歡皮、半夏、柴胡、麥芽、茯苓。
圖5 藥物復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)分析
表2 藥物關(guān)聯(lián)分析
2.1 核心組方活性成分和對應(yīng)靶點 通過檢索CNKI與TCMSP數(shù)據(jù)庫,并結(jié)合SwissADME篩選與Swisstargetprediction預(yù)測靶點,篩選出陳皮、遠(yuǎn)志、白術(shù)、合歡皮、半夏、柴胡、麥芽、茯苓有效成分各4、37、4、15、9、9、5、6種,其中重復(fù)成分6種;相關(guān)靶點分別為29、624、68、359、73、79、33、128個。經(jīng)過去重、排除后,總計獲得有效成分83種,相關(guān)靶點770個。見表3。
表3 核心藥物組成部分成分相關(guān)信息
2.2 疾病靶點獲取結(jié)果和藥物-疾病靶點交集結(jié)果 將GeneCards數(shù)據(jù)庫中得到的ID相關(guān)靶點按照相關(guān)度大于中位數(shù)進行篩選與OMIM數(shù)據(jù)庫中所得的靶點,合并與去重,共計獲得ID疾病靶點994個。利用微生信平臺將2.1中求得的藥物靶點與1.2中求得的疾病靶點取交集,共獲得163個藥物與疾病直接相關(guān)的交集靶點,見圖6所示。
圖6 藥物-疾病交集基因
2.3 疾病-核心組方-藥物-成分-靶點網(wǎng)絡(luò) 將數(shù)據(jù)導(dǎo)入Cytoscape軟件,構(gòu)建ID-核心組方-中藥-有效成分-對應(yīng)靶點網(wǎng)絡(luò),見圖7。圖7包含861個節(jié)點,2868條邊。從該網(wǎng)絡(luò)可得節(jié)點度較大(Degree>50)的有效成分有:F、YZ16、YZ14、HHP8、YZ12、YZ13、YZ10、YZ17、FL4、FL5、A、YZ20。在String中導(dǎo)入163個交集靶點構(gòu)建PPI網(wǎng)絡(luò),然后通過MCODE插件分析網(wǎng)絡(luò)并根據(jù)聚類和節(jié)點度得出PPI核心網(wǎng)絡(luò),見圖8所示,然后選擇其中節(jié)點度值大(DC>615)的靶點作為核心靶點,有:AKT1、VEGFA、MMP9、IL6、FOS、TNF、CREB1、ESR1、DRD2、SLC6A4。
圖7 疾病-核心組方-藥物-成分-靶點網(wǎng)絡(luò)
圖8 蛋白互作(PPI)網(wǎng)絡(luò)
2.4 GO富集分析和KEGG富集分析結(jié)果 將2.3中的交集靶點導(dǎo)入BInGO,并設(shè)置信水平為0.01,進行GO富集分析,見圖9,可得GO生物過程主要包括:細(xì)胞過程、生物調(diào)節(jié)、信號過程、對刺激的反應(yīng)、代謝過程等;GO分子功能則包括:結(jié)合、抗氧化活性、電子載體活性、分子傳導(dǎo)活性、通道調(diào)節(jié)等;而GO細(xì)胞成分以:細(xì)胞器成分、突觸成分、高分子結(jié)合物等為主。再將交集靶點導(dǎo)入ClueGO,設(shè)定p-value≤0.01,最小聚類為15,K-score為0.45進行KEGG通路富集分析,見圖10,其中主要有:神經(jīng)活性配體-受體相互作用、血清素能突觸、HIF-1信號通路、細(xì)胞間隙連接、尼古丁成癮、糖尿病并發(fā)癥中的AGE-RAGE信號通路、前列腺癌等。然后以有效成分、靶點、通路分別為節(jié)點,其相互關(guān)系為邊構(gòu)建網(wǎng)絡(luò),以直觀描述三者聯(lián)系,見圖11,而通過分析該網(wǎng)絡(luò)可得節(jié)點度最大的通路為神經(jīng)活性配體-受體相互作用通路,提示核心組方治療極可能通過此通路對失眠障礙產(chǎn)生作用,該通路具體作用見圖12。
圖9 GO富集分析氣泡圖
圖10 KEGG通路富集分析氣泡圖
圖11 成分-通路-靶點網(wǎng)絡(luò)
圖12 神經(jīng)活性配體-受體相互作用通路
從關(guān)鍵靶點和關(guān)鍵成分分子對接結(jié)果來看,其對接分?jǐn)?shù)大多≤-5.0 kcal·mol/mol,具體見表4,提示核心藥組中的關(guān)鍵成分和關(guān)鍵靶點多可穩(wěn)定結(jié)合,將對接結(jié)果最好的前5個組合使用Pymol進行可視化,見圖13。
圖13 分子對接構(gòu)象圖
表4 分子對接結(jié)果
中醫(yī)學(xué)稱失眠為“不寐”“目不瞑”“不得眠”等;歷代醫(yī)家對失眠的病機闡述頗多,但總屬陽盛陰衰,陰陽失交,如《靈樞·口問》曰:“陽氣盡,陰氣盛,則目瞑;陰氣盡,而陽氣盛,則寤矣”、《醫(yī)效秘傳·不得眠》云:“夜以陰為主,陰氣盛則目閉而安臥,若陰虛為陽所勝,則終夜煩擾而不眠也”等,均記載了陰陽盛衰對失眠的影響。中醫(yī)對失眠的認(rèn)識不止于病因病機,還對失眠的治療有理法方藥咸備的描述,如《傷寒論》中所說:“虛勞虛煩不得眠,酸棗仁湯主之”。而現(xiàn)代人多食肥甘厚味,缺乏鍛煉,精神緊張,導(dǎo)致氣機不暢,氣血運行失常,賈老認(rèn)為失眠病機為“陽不入陰,陰陽失交”,在治療上尤其重視“調(diào)暢氣機、肝脾并治”,療效頗佳。
從數(shù)據(jù)分析結(jié)果來看,使用頻率最高的藥物為:陳皮、遠(yuǎn)志、白術(shù)、合歡皮、半夏、柴胡、麥芽、茯苓。這些藥物具有鎮(zhèn)靜催眠、調(diào)節(jié)植物神經(jīng)系統(tǒng)、改善認(rèn)知功能、神經(jīng)保護等神經(jīng)系統(tǒng)作用,另具有抗抑郁、抗炎、改善胃腸功能等作用。[7-14]從中藥藥性分布來看,主要為:溫、平、寒、微寒,其藥物的寒涼偏性不明顯。藥味主要為:甘、辛、苦;甘味具有補益、和中、調(diào)和藥性等作用,辛具有行氣、行血的作用,苦具有清泄火熱、泄降氣逆、燥濕、瀉火存陰的作用,且辛開苦降,調(diào)暢氣機,正適應(yīng)失眠的治療。藥物的歸經(jīng)主要為歸脾、肝經(jīng),中醫(yī)證候多見于肝郁證、肝郁脾虛證、痰證,這反映出賈老“從肝論治”失眠的觀點,另藥物的歸經(jīng)與中醫(yī)證候也體現(xiàn)了賈老強調(diào)的“理法方藥”一致,并注重“方證相應(yīng)”。藥物關(guān)聯(lián)分析中篩選出的20對核心關(guān)聯(lián)組合均是陳皮、遠(yuǎn)志、白術(shù)、合歡皮、半夏、柴胡、麥芽、茯苓八位藥物之間相互關(guān)聯(lián)。其中陳皮、半夏、茯苓為二陳湯的主要組成,其功效為燥濕化痰行氣;遠(yuǎn)志和合歡皮以疏肝解郁安神;白術(shù)與茯苓健脾祛濕;麥芽有行氣健脾之功,既能疏解肝之郁滯,又能護衛(wèi)脾之正氣,為賈老常用之佐使藥;整體觀之,賈老治失眠,以行氣疏肝健脾為主,兼以化痰祛濕。在聚類分析的處方中:C1為燥濕化痰的二陳湯;C2為和解樞機的柴胡加龍骨牡蠣湯;C3、C4為益氣健脾、行氣化痰的香砂六君子湯;均為賈老堅持“方證對應(yīng)”中的常用方劑。復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)分析也是從此八位藥物中所獲的核心藥組。以上說明,從數(shù)據(jù)挖掘中可得賈老治療ID的核心組方為陳皮、遠(yuǎn)志、白術(shù)、合歡皮、半夏、柴胡、麥芽、茯苓,從中可看出賈老以“調(diào)暢氣機、肝脾并治”論治失眠的觀點。
根據(jù)藥物網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建,得出核心藥組發(fā)揮作用的12個關(guān)鍵活性成分,其中F為廣泛存在于植物中的生物類黃酮,具有多種生物活性,有動物實驗表明它可顯著增加非快速眼動睡眠,同時顯著減少快速眼動睡眠;[15]YZ12、YZ13、YZ14、YZ20為遠(yuǎn)志中的呫噸酮類,有研究表明此類物質(zhì)可通過上調(diào)Nrf2表達來賦予神經(jīng)保護作用[16];YZ17的3,4,5-三甲氧基肉桂酸甲酯(MTC)是具有生物活性的天然苯基丙烷,具有抗炎和抗氧化的作用,可以改善炎性所致的失眠癥狀[17];HHP8為合歡皮中的木脂素類成分,該物質(zhì)可能是合歡皮傳統(tǒng)安神作用的主要有效成分之一[18];FL4、FL5是茯苓中的三萜化合物,有研究證明具有鎮(zhèn)靜興奮性神經(jīng)元和抗驚厥等作用。[19]
根據(jù)PPI網(wǎng)絡(luò),所得的核心靶點中TNF在睡眠中的作用涉及與全身性TNF慢性升高和睡眠中斷有關(guān)的病理狀況,TNF參與了廣泛的緊密協(xié)調(diào)的生化網(wǎng)絡(luò)中的睡眠調(diào)節(jié)。[20]研究表明較低的睡眠效率與較高的IL-6循環(huán)水平相關(guān),睡眠障礙與炎癥水平升高有關(guān)。[21]c-Fos是FOS中的一個因子,但c-Fos標(biāo)記的睡眠活動神經(jīng)元的藥理學(xué)活化已顯示可誘導(dǎo)睡眠;還有研究表明在內(nèi)側(cè)視前區(qū)中c-fos的表達與睡眠調(diào)節(jié)有因果關(guān)系,c-Fos在大腦皮層和海馬體的表達可能與長時間的清醒和睡眠需求有關(guān)。[22-23]VEGFA是VEGF生長因子家族的成員,在調(diào)節(jié)情緒狀態(tài)中起作用,而失眠與抑郁癥呈復(fù)雜的雙向關(guān)系。[24-25]在實驗中發(fā)現(xiàn)睡眠受限后,AKT的表達水平顯著降低,AKT的改變可能與慢性睡眠受限有關(guān)。[26]CREB1作為一種重要的調(diào)控蛋白質(zhì),其轉(zhuǎn)錄增加與睡眠階段的記憶形成有關(guān)。[27]ESR1即雌激素受體1,雌二醇通過其對ESR1和非經(jīng)典信號通路的作用來改變每日和晝夜節(jié)律。[28]多巴胺D2受體基因(DRD2)中的SNP(rs17601612)與睡眠時間顯著相關(guān),研究證明第二個DRD2信號對睡眠時間有相反的影響[29]。
目前ID的病理機制尚不明確,但比較公認(rèn)的有:細(xì)胞機制障礙、生物調(diào)節(jié)異常、神經(jīng)遞質(zhì)系統(tǒng)紊亂(5-羥色胺、褪黑激素、y-氨基丁酸)、信號傳導(dǎo)障礙(下丘腦-垂體-腎上腺軸,即HPA軸)、代謝異常(葡萄糖、荷爾蒙、食欲素、瘦素等代謝異常)、遺傳基因等。[30-33]由GO富集分析得到的主要生物過程對ID公認(rèn)病理機制幾乎都有涉及,可見核心組方參與多種機制,可從多個途徑對ID發(fā)揮治療作用。KEGG通路分析主要結(jié)果中:血清素能神經(jīng)傳遞都與睡眠-覺醒周期的控制有關(guān),在中樞神經(jīng)系統(tǒng)中,5-HT(血清素能)系統(tǒng)在控制疼痛,情緒,喚醒,睡眠-覺醒周期,學(xué)習(xí)/記憶,焦慮和獎勵行為方面起著至關(guān)重要的作用;[34-35]細(xì)胞間隙連接,如星形膠質(zhì)細(xì)胞通過間隙連接介導(dǎo)的星形膠質(zhì)網(wǎng)絡(luò)產(chǎn)生并向神經(jīng)元提供代謝底物的研究,證明了星形膠質(zhì)網(wǎng)絡(luò)的擾動會損害睡眠-覺醒周期;[36]研究結(jié)果表明,早期蘇醒可能是尼古丁成癮嚴(yán)重程度與睡眠時間短和白天過度嗜睡的不良睡眠結(jié)果之間聯(lián)系的機制,尼古丁成癮的嚴(yán)重性是影響睡眠質(zhì)量的重要因素,而不僅僅是吸煙狀態(tài),較高的成癮水平導(dǎo)致較少的睡眠和更多的白天嗜睡[37]。
分子對接結(jié)果表明,關(guān)鍵有效成分和關(guān)鍵靶點大多都結(jié)合成穩(wěn)定結(jié)構(gòu),而其與各關(guān)鍵成分對接較好的靶點為AKT1、DRD2和ESR1,與關(guān)鍵靶點對接較好的成分是YZ14(1,7-二甲氧基-2,3-亞甲二氧基呫噸酮)和FL5(去氫齒孔酸),這提示核心組方可能由這兩種成分作用于以上的三個靶點從而發(fā)揮治療ID的作用。
綜上所述,通過數(shù)據(jù)挖掘、網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)和分子對接研究,可以得到賈老中藥治療ID的核心組方:陳皮、遠(yuǎn)志、白術(shù)、合歡皮、半夏、柴胡、麥芽、茯苓,并初步揭示其多成分、多靶點、多通路作用機制,所涉及的關(guān)鍵成分為:1,7-二甲氧基-2,3-亞甲二氧基呫噸酮、去氫齒孔酸;核心靶點為:AKT1、DRD2和ESR1;主要通路為:神經(jīng)活性配體-受體相互作用、血清素能突觸、細(xì)胞間隙連接。該結(jié)論可為進一步研究和臨床應(yīng)用提供參考。