《廣州中醫(yī)藥大學學報》在2020 年版《中國期刊引證報告》中基金論文比為0.57；核心影響因子為0.985，在“中醫(yī)藥類高校學報”中列第3位；核心綜合評價總分為54.90，在“中醫(yī)藥類高校學報”中列第4位。在2020年版《中國學術期刊影響因子年報（自然科學與工程技術）》中基金論文比為0.75；復合影響因子為1.628，在“中醫(yī)學和中藥學類”127種刊源中列第16位。