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廣西壯族兒童ADAM33基因rs511898、rs44707位點多態(tài)性研究

2021-09-18 01:37楊麗娟鄧高陸壯念李沛隆梁立婷羅秀狀林娜
關(guān)鍵詞:等位基因多態(tài)性基因型

楊麗娟,鄧高,陸壯念,李沛隆,梁立婷,羅秀狀,林娜

(1. 右江民族醫(yī)學(xué)院研究生學(xué)院,廣西 百色 533000;2. 右江民族醫(yī)學(xué)院附屬醫(yī)院兒科,廣西 百色 533000;3. 右江民族醫(yī)學(xué)院附屬醫(yī)院腎內(nèi)科,廣西 百色 533000)

解整合素-金屬蛋白酶33(a disintegrin and metalloprotese 33,ADAM33)為鋅依賴性金屬蛋白酶ADAM家族的成員之一,屬于1型跨膜酶原糖蛋白,位于染色體20p13.10的短臂上,長約14 kb,由21個內(nèi)含子和22個外顯子組成。其主要生物學(xué)功能包括細胞活化、蛋白水解、分子修飾和釋放、信號傳導(dǎo)等[1]。ADAM33主要在平滑肌細胞、血管內(nèi)皮細胞和成纖維細胞等間充質(zhì)細胞表達,并在這些細胞中發(fā)揮作用,而在炎癥細胞、上皮細胞中的表達較少。研究表明,ADAM33基因多態(tài)性與慢性阻塞性肺疾病、過敏性鼻炎等特異性疾病有關(guān)[2-4],其在氣道重塑及哮喘精準治療中起著重要的作用[5-6]。本文主要研究ADAM33基因rs511898、rs44707這兩個位點在廣西壯族兒童中的分布特點并與其他地區(qū)民族或種族進行比較,為探討ADAM33基因SNP的生物學(xué)功能及其與某些疾病的相關(guān)性提供更多依據(jù)。

1 對象與方法

1.1研究對象 選擇2021年1月—2021年5月在右江民族醫(yī)學(xué)院附屬醫(yī)院兒童保健科體檢的健康兒童94例,其中男52例,女42例,平均年齡(5.29±2.29)歲,研究對象直系三代均為廣西壯族人,相互之間無血緣關(guān)系。以上研究對象的家屬和(或)監(jiān)護人均知曉本研究,并自愿簽署知情同意書。此研究已通過本單位的倫理委員會批準。

1.2方法

1.2.1DNA提取 用乙二胺四乙酸抗凝管收集研究對象外周靜脈血2ml,使用離心柱型血液基因組DNA提取試劑盒提取DNA,在-80℃冰箱保存?zhèn)溆谩?/p>

1.2.2引物設(shè)計 由上海捷瑞生物工程有限公司通過premier 6在線軟件設(shè)計合成引物,擴增rs511898位點和rs44707位點的引物序列,見表1。

表1 擴增rs511898位點和rs44707位點的引物序列

1.2.3PCR擴增 總反應(yīng)體積為15 μl,其中包含2 X CPR MIX 7.5 μl,正向引物0.3 μl,反向引物0.3 μl,模板DNA 1 μl,雙蒸水5.9 μl。充分混勻,放入PCR擴增儀擴增。反應(yīng)條件:94℃預(yù)變性3 min,按程序94℃ 20 s→ 58℃ 20 s→ 72℃ 40 s,重復(fù)35個循環(huán),之后72℃修復(fù)延伸5 min。

1.2.4PCR產(chǎn)物純化 總反應(yīng)體積為7 μl,PCR產(chǎn)物3 μl,核酸外切酶I 0.2 μl,堿性磷酸酶FastAP 0.8 μl,核酸外切酶I buffer緩沖液 0.7 μl,雙蒸餾水2.3 μl,置于37℃水浴鍋15 min → 80℃水浴鍋15 min。

1.2.5延伸反應(yīng) 總反應(yīng)體積為6 μl,PCR純化產(chǎn)物2 μl,SNAPSHOT mix 1 μl,延伸引物(10 μM)0.2微升/條,雙蒸餾水2.8 μl,按程序94℃ 10 s→ 52℃ 5 s→ 60℃ 30 s擴增30個循環(huán)。取1 μl產(chǎn)物,加9 μl上樣HiDi,95℃變性3 min,立即冰水浴,上測序儀測序,測序結(jié)果用GeneMarker V 2.2.0軟件對rs511898位點和rs44707位點進行分型分析。

1.2.6統(tǒng)計學(xué)方法 采用SPSS 25.0軟件進行統(tǒng)計學(xué)分析。ADAM33基因型及其等位基因用計數(shù)法計算頻率,并進行Hardy-Weinberg遺傳平衡定律檢驗。計數(shù)資料采用χ2檢驗,P<0.05為差異有統(tǒng)計學(xué)意義。

2 結(jié)果

2.1廣西壯族兒童ADAM33 rs511898、rs44707位點的基因分型 分型檢測結(jié)果顯示rs511898存在3種基因型,分別為 CC、CT、TT,基因型峰型,見圖1。rs44707存在3種基因型,分別為GG、GT、TT,基因型峰型,見圖2。經(jīng)Hardy-Weinberg平衡檢驗分析,兩位點基因型均符合Hardy-Weinberg平衡,所選人群群體代表性好(P>0.05),結(jié)果具有群體代表性。

注:rs511898延伸引物為反向延伸,產(chǎn)物為多態(tài)性的

注:A為GG基因型峰型;B為GT基

2.2廣西壯族兒童ADAM33基因多態(tài)性分布 ADAM33基因rs511898位點在廣西壯族兒童中以CC基因型最常見(52.13%),C等位基因的頻率最高(71.81%),男女基因型及等位基因頻率比較差異無統(tǒng)計學(xué)意義(P>0.05),見表1。rs44707位點以GT基因型最常見(50.00%),G等位基因的頻率最高(62.23%),男女基因型及等位基因頻率比較差異無統(tǒng)計學(xué)意義(P>0.05),見表2。

表1 廣西壯族兒童ADAM33基因rs511898位點基因型及等位基因頻率分布

表2 廣西壯族兒童ADAM33基因rs44707位點基因型及等位基因頻率分布

2.3廣西壯族兒童ADAM33基因rs511898位點多態(tài)性與不同地區(qū)種族的比較 rs511898位點的基因型與中國南方漢族人及美國哥倫比亞人相比差異無統(tǒng)計學(xué)意義(P>0.05),與非洲尼日利亞人、東亞日本人、南亞巴基斯坦人相比,差異均有統(tǒng)計學(xué)意義(P<0.05),rs511898位點等位基因分布頻率除與中國南方漢族人差異無統(tǒng)計學(xué)意義外,與非洲尼日利亞人、東亞日本人、南亞巴基斯坦人及美國哥倫比亞人相比差異均有統(tǒng)計學(xué)意義(P均<0.05),見表3。

表3 廣西壯族兒童 rs511898基因型和等位基因分布頻率與不同地區(qū)種族人群比較

2.4廣西壯族兒童ADAM33基因rs44707位點多態(tài)性與不同地區(qū)種族的比較 廣西壯族兒童ADAM33基因rs44707位點的基因型及等位基因分布頻率與中國南方漢族人差異無統(tǒng)計學(xué)意義(P>0.05),與非洲尼日利亞人、東亞日本人、南亞巴基斯坦人及美國哥倫比亞人相比差異有統(tǒng)計學(xué)意義(P<0.05),rs44707位點等位基因分布頻率除與中國南方漢族人差異無統(tǒng)計學(xué)意義外,與非洲尼日利亞人、東亞日本人、南亞巴基斯坦人及美國哥倫比亞人相比差異均有統(tǒng)計學(xué)意義(P均<0.05),見表4。

表4 廣西壯族兒童rs44707基因型和等位基因分布頻率與不同地區(qū)種族人群比較

3 討論

ADAM33已被證實與氣道重塑有關(guān),它是由轉(zhuǎn)化生長因子-β誘導(dǎo)的胞外域脫落而產(chǎn)生的,具有促血管生成作用[7-8]。國內(nèi)外研究表明,ADAM33與腫瘤的發(fā)生密切相關(guān),Manica等[9]研究證實了ADAM33蛋白的缺乏或低表達可能會增加乳腺癌細胞的侵略和轉(zhuǎn)移,其發(fā)生機制尚不明確。Stasikowska-Kanicka O等[10]發(fā)現(xiàn)了ADAM33在鼻竇倒置型乳頭狀瘤和喉鱗狀細胞癌中過表達。張國華等[11]采用免疫組化染色和甲基化DNA免疫共沉淀-定量PCR法檢測90例膽管癌患者腫瘤組織和癌旁正常組織中ADAM33蛋白表達和基因甲基化程度,結(jié)果顯示ADAM33蛋白在膽管癌組織中表達上調(diào),其表達不受ADAM33啟動子甲基化調(diào)控的影響,但與腫瘤分期、轉(zhuǎn)移及預(yù)后有關(guān)。以上研究表明,ADAM33過度表達或低表達均可增加腫瘤發(fā)生的風(fēng)險,部分腫瘤的發(fā)生推測可能與ADAM33的促血管生成作用有關(guān)。故可將ADAM33作為一種新型分子標志物,用于明確某些腫瘤的分型、治療及預(yù)后判斷。Feng HH等[12]通過薈萃分析探討了ADAM33基因rs511898位點與COPD易感性之間的關(guān)系,結(jié)果顯示ADAM33 基因rs511898位點突變基因A可能增加亞洲人群中COPD的風(fēng)險。王莎莎等[13]采用SNaPshot SNP分型技術(shù)對新疆地區(qū)哈薩克族193例對照組及197例COPD病例組檢測ADAM33基因各位點多態(tài)性,研究發(fā)現(xiàn)ADAM33基因rs511898多態(tài)性與可能與新疆哈薩克族人群COPD的發(fā)生有關(guān)。Li HF等[14]的薈萃分析亦表明亞洲人群中rs511898多態(tài)性的等位基因和基因型與哮喘易感性有關(guān)。Liang SQ等[15]在按種族進行的亞組分析的一項薈萃分析中也提及,ADAM33基因rs511898多態(tài)性僅在亞洲人中發(fā)現(xiàn)了陽性結(jié)果,而在歐洲或拉丁美洲則沒有。由上述研究可推測ADAM33基因rs511898位點多態(tài)性可能是亞洲人群哮喘及COPD發(fā)病的危險因素。

本文通過對廣西壯族兒童ADAM33基因rs511898和rs44707位點SNP分析,結(jié)果顯示ADAM33基因rs511898和rs44707位點的基因型及等位基因頻率在男女性別間比較均無差異,說明這2個位點基因型與等位基因分布可能與性別無關(guān)。通過與ensemble數(shù)據(jù)庫公布的千人基因組計劃中的數(shù)據(jù)進行比較,發(fā)現(xiàn)廣西壯族兒童rs511898位點各基因型及等位基因的分布頻率與非洲尼日利亞人、日本人、南亞巴基斯坦人相比,差異均有統(tǒng)計學(xué)意義,其基因型分布頻率與美國哥倫比亞人相比,差異無統(tǒng)計學(xué)意義,而等位基因分布頻率與美國哥倫比亞人相比,差異具有統(tǒng)計學(xué)意義;廣西壯族兒童rs44707位點各基因型及等位基因的分布頻率與上述4國家的人群比較均有統(tǒng)計學(xué)意義;兩位點各基因型及等位基因的分布頻率與中國南方漢人相比,差異均無統(tǒng)計學(xué)意義。以上結(jié)果表明,rs511898和rs44707位點SNP可能與種族和地域存在密切關(guān)系,廣西壯族兒童與中國南方漢人同屬一個種族,均生活在南方地帶,親緣關(guān)系較接近,故SNP差異不大,而與非洲尼日利亞人、東亞日本人、南亞巴基斯坦人親緣關(guān)系較遠,且生活的環(huán)境、地域、飲食、生活習(xí)慣均不同,故SNP差異較大,這亦符合生物多樣性的遺傳進化規(guī)律,而這種遺傳進化可能導(dǎo)致某些疾病在特定人群或地域中的發(fā)病率增高。對于rs511898 C/T位點,廣西壯族兒童的基因型與美國哥倫比亞人比較差異無統(tǒng)計學(xué)意義,其等位基因分布頻率與美國哥倫比亞人相比,差異具有統(tǒng)計學(xué)意義,提示等位基因C可能是風(fēng)險等位基因,這為后續(xù)探討該位點與廣西壯族兒童某些特定疾病的相關(guān)性提供了重要線索。

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