李雪紅，李述剛，石鋼鵬，羅小瑩，康 峻，蘇 靜，汪 蘭

（1.湖北省農(nóng)業(yè)科學(xué)院，農(nóng)產(chǎn)品加工與核農(nóng)技術(shù)研究所，湖北省農(nóng)業(yè)科技創(chuàng)新中心，農(nóng)產(chǎn)品加工研究分中心，湖北武漢 430064；2.湖北工業(yè)大學(xué)生物工程與食品學(xué)院，湖北武漢 430064；3.湖北潛網(wǎng)生態(tài)小龍蝦產(chǎn)業(yè)園集團有限公司，湖北潛江 433100）

小龍蝦學(xué)名克氏原螯蝦（Procambarus clarkii），是中國水產(chǎn)養(yǎng)殖中主要物種之一。近年來，小龍蝦養(yǎng)殖面積和養(yǎng)殖產(chǎn)量持續(xù)增長。根據(jù)2020年小龍蝦產(chǎn)業(yè)發(fā)展報告，2019年我國小龍蝦養(yǎng)殖總產(chǎn)量達208.96萬噸，與2018年相比，同比增長27.52%[1]。小龍蝦-稻田循環(huán)系統(tǒng)是小龍蝦主要養(yǎng)殖方式[2]，在此生態(tài)系統(tǒng)中，生產(chǎn)力、養(yǎng)分循環(huán)及水質(zhì)離不開環(huán)境微生物的作用[3]。小龍蝦養(yǎng)殖系統(tǒng)中細菌群落組成對小龍蝦體內(nèi)細菌微生物區(qū)系有很大影響，體內(nèi)微生物區(qū)系在動物的營養(yǎng)、免疫及抗病等方面發(fā)揮重要作用[4]。池塘底泥中含有豐富的營養(yǎng)物質(zhì)，在水生生物的生長過程中承擔(dān)著營養(yǎng)物質(zhì)的再循環(huán)作用，因此菌落結(jié)構(gòu)復(fù)雜。秦偉等[5]發(fā)現(xiàn)在池塘底泥中變形菌門是克氏原螯蝦的主要優(yōu)勢菌群，隨著養(yǎng)殖時間的變化，底泥中菌群的豐富度及多樣性逐漸降低，而長毛對蝦的養(yǎng)殖水體中細菌優(yōu)勢種群為藍細菌，芽孢桿菌在目分類水平上占有較高比例[6]。研究發(fā)現(xiàn)，小龍蝦攜帶的沙門氏菌、金黃色葡萄球菌及副溶血性弧菌等致病菌與其生活的水體環(huán)境密切相關(guān)[7?8]。

基因組測序和高通量測序（High-through putsequencing,HST）技術(shù)在描述多樣性環(huán)境中的微生物群落方面取得了突破性進展[9?10]?；蚪M學(xué)克服了傳統(tǒng)微生物分離鑒定技術(shù)，采用直接提取DNA的方法檢測微生物菌落的多樣性，利用基因組序列分析對比結(jié)果，對微生物進行生物信息學(xué)預(yù)測[11]。Illumina MiSeq測序儀已被用于16SrRNA序列研究，能夠更好地檢測和分析自然界中的次優(yōu)勢菌和稀有細菌分類群[12?13]。16S rRNA高通量測序分析表明[14]，變形桿菌、類桿菌和梭桿菌是克氏原螯蝦腸道微生物區(qū)系中的優(yōu)勢菌群，其中變形桿菌參與土壤中碳、氮的循環(huán)。湯純等[15]運用Illumina Miseq宏基因組探究了小龍蝦不同部位的菌相組成發(fā)現(xiàn)，在小龍蝦尾肉中主要微生物為希瓦氏菌屬、擬桿菌屬，并發(fā)現(xiàn)水體環(huán)境可能對小龍蝦攜帶的菌群多樣性影響較高。

目前關(guān)于小龍蝦微生物的研究主要集中于養(yǎng)殖水體中的微生物多樣性及小龍蝦腸道微生物菌落結(jié)構(gòu)研究，關(guān)于生長水體及土壤對小龍蝦微生物群落的影響研究較少。本文以小龍蝦生長環(huán)境周圍的土壤及水體為研究對象，采用Illumina MiSeq高通量測序技術(shù)分析生長環(huán)境中水體、土壤及小龍蝦細菌群落組成，探討?zhàn)B殖水體及周圍土壤中微生物群落與小龍蝦細菌群落結(jié)構(gòu)多樣性的關(guān)系，為改善小龍蝦養(yǎng)殖環(huán)境，提高小龍蝦的食用安全性提供理論參考。

1 材料與方法

1.1 材料與儀器

活克氏原螯蝦（Procambarus clarkii）（體長8～9 cm，體重30±5 g）2018年7月、8月、9月采集于武漢農(nóng)科院養(yǎng)殖基地；土壤2018年采集于武漢農(nóng)科院養(yǎng)殖基地；水樣 2018年采集于武漢農(nóng)科院養(yǎng)殖基地；微孔濾膜直徑47 mm Millipore，USA；DNA分離試劑盒QIAGENSrl Milan，Italy。

SPX-150B-Z型恒溫培養(yǎng)箱 上海博迅實業(yè)有限公司醫(yī)療設(shè)備廠；TP600梯度PCR儀 日本Takara Bio Inc；TGL-18M臺式冷凍離心機 上海盧湘儀離心機儀器有限公司。

1.2 實驗方法

1.2.1 樣品采集和DNA的提取 小龍蝦在養(yǎng)殖基地采集后30 min內(nèi)用冰袋運至實驗室進行處理，將蝦分為三組（C1、C2、C3），尾肉使用液氮速凍后于-80℃下冷藏用于DNA提取；小龍蝦養(yǎng)殖基地的土壤采集參考伍一寧[16]的方法，利用五點取樣法進行土壤采樣，去除土壤表面的植被及掉落物，取深度0～10 cm的土壤，過10目篩后混合均勻，分為五組（S1、S2、S3、S4、S5），保存于?80℃冰箱用于DNA提??；水樣使用滅菌處理后的塑料桶采集，每組樣品獨立采集三份后混合均勻[17]，于實驗室經(jīng)0.22μm微孔濾膜過濾后，將濾膜轉(zhuǎn)移至無菌離心管中，分為五組（S1、S2、S3、S4、S5），于?80℃保存。按照Power Food微生物DNA分離試劑盒（QIAGENSrl，Milan，Italy）的方法進行樣品總DNA提取，將其保存于?80℃冰箱中。提取的基因組委托北京博云華康基因科技有限公司進行樣品檢測。

1.2.2 序列質(zhì)控及生物信息學(xué)分析 檢測合格的樣品構(gòu)建文庫，合格的文庫進行cluster制備，利用Illumina平臺（Hiseq或Miseq）進行Paired-end測序，用下機得到的數(shù)據(jù)進行相應(yīng)的生物信息分析。對數(shù)據(jù)過濾，獲得高質(zhì)量的Cleandata，通過reads之間的Overlap關(guān)系將reads拼接成Tags。序列拼接使用軟件FLASH（Fast Length Adjustment of Shortreads，v1.2.11），利用重疊關(guān)系將雙末端測序得到的reads組裝成一條序列，拼接條件設(shè)置為：最長匹配長度15 bp，重疊區(qū)域允許錯配率為0.1，得到高變區(qū)的Tags。利用軟件USEARCH（v7.0.1090）將拼接好的Tags在97%相似度下將其聚類為用于物種分類的可操作分類單元（Operational Taxonomic Units,OTU）。利用UCHIME（v4.2.40）[18]將PCR擴增產(chǎn)生的嵌合體從OTU代表序列中去除；使用usearch_global方法將所有Tags比對回OTU代表序列，得到每個樣品在每個OTU的豐度統(tǒng)計表[19]。根據(jù)每個樣品的OTU豐度文件，計算每個樣品或組別具有的OTU（不考慮OTU豐度，只考慮OTU有無），通過Venn圖，展示樣品間或組間共有及特有OTU情況。根據(jù)每個樣品OTU在每個樣品的豐度文件計算出每個OTU在每個樣品的相對豐度，利用這個豐度信息進行OTU的PCA分析；通過與數(shù)據(jù)庫進行比對，對OTU進行物種分類并分別在門、綱、目、科、屬、幾個分類等級對各個樣品作物種Profiling面積圖和柱狀圖，從綱水平開始，將物種豐度在所有樣品均低于0.5%的物種全部合并成Others。最后使用Mothur（v1.31.2）軟件計算樣品的Alpha多樣性值，包括Observed species指數(shù)、Chao指數(shù)、ACE指數(shù)，Shannon指數(shù)以及Simpson指數(shù)。前4個指數(shù)越大，最后一個指數(shù)越小，說明樣品中的物種越豐富。

1.3 數(shù)據(jù)處理

使用軟件Metastats（http://metastats.cbcb.umd.edu/）（默認）或者R軟件（秩和檢驗，F(xiàn)isher’s精確檢驗，卡方檢驗，t檢驗，方差檢驗）進行組間顯著性差異分析。

2 結(jié)果與分析

2.1 樣品測數(shù)據(jù)統(tǒng)計及豐度

利用測序獲得不同樣品的原始序列數(shù)據(jù)后，對序列進行拼接優(yōu)化，每組樣品中測序結(jié)果統(tǒng)計如下（表1），小龍蝦、土壤、水體的有效序列分別為77858～95353、47921～74143、61734～90037條，進而對樣品序列進行聚類分析，在97%相似的水平下進行OTU生物信息統(tǒng)計，三組樣品中的OTUs總數(shù)分別為2548～2635個、3274～3737個、1789～2648個。小龍蝦中OTUs數(shù)量較土壤中OTUs數(shù)量顯著（P<0.05）減少，說明小龍蝦細菌多樣性低于土壤細菌多樣性。

表1 測序結(jié)果及質(zhì)量分析Table 1 Sequencing results and quality analysis

2.2 多樣性指數(shù)分析

通過單樣本多樣性（Alpha）分析反映微生物群落的豐度和多樣性。樣品中群落的豐富度可由Observed species指數(shù)、Chao指數(shù)和ACE指數(shù)來反映[20]，簡單指群落中物種的數(shù)量，而不考慮群落中每個物種的豐度情況；Shannon指數(shù)以及Simpson指數(shù)反映群落的多樣性（Species diversity），受樣品群落中物種豐富度（Species richness）和物種均勻度（Species evenness）的影響。相同物種豐富度的情況下，群落中各物種具有越大的均勻度，則認為群落具有越大的多樣性。Chao分析表明，小龍蝦中細菌群落豐富度范圍為2952～3109個，土壤中為3813～4608個，水中為2596～3922個（表2）。利用Shannon指數(shù)估算的細菌群落多樣性在小龍蝦中為5.565～5.760，在土壤中為6.008～6.767，在水中為4.364～5.206（表2）。養(yǎng)殖水體中的Shannon指數(shù)及Simpson指數(shù)均小于小龍蝦及土壤，說明土壤和小龍蝦中的微生物群落多樣性較水體更為豐富。

表2 各組樣品Alpha多樣性統(tǒng)計結(jié)果Table 2 Alpha diversity statistical results for each group

2.3 不同分類水平上的物種注釋及分析

2.3.1 基于門分類水平上的物種注釋及分析 為獲得每個OTU對應(yīng)物種分類信息，對小龍蝦生長環(huán)境周圍的水體、土壤和蝦肉樣本的OTU序列進行分類匯總，對應(yīng)至門、綱、目、科和屬5個水平。在所有樣品中共檢出微生物61個門類，分類至53綱、85目、83科以及74屬。

小龍蝦尾肉、土壤及水體微生物在門分類水平上的結(jié)構(gòu)分布具有一定規(guī)律性：三者的優(yōu)勢門類為變形菌門（Proteobacteria）和擬桿菌門（Bacteroidetes），其中變形菌門占有絕對優(yōu)勢，在小龍蝦、土壤及水體中的平均相對豐度依次是54.02%、38.25%、41.94%。不同樣品類型在門分類水平上呈現(xiàn)出差異性，小龍蝦中梭桿菌門（Fusobacteria）和厚壁菌門（Firmicutes）相對豐度顯著（P<0.05）高于土壤和水體；土壤中放線菌門（Actinobacteria）及藍細菌門（Cyanobacteria）相對豐度高于小龍蝦肉和水體，且差異顯著（P<0.05）；綠彎菌門（Chloroflexi）在蝦肉和土壤中相對豐度均小于1%，顯著低于水體（P<0.05）；酸桿菌門（Acidobacteria）和硝化螺旋菌門（Nitrospirae）在水樣中相對豐度亦顯著高于底泥（P<0.05）（圖1），以上結(jié)果說明小龍蝦蝦肉的菌落結(jié)構(gòu)與養(yǎng)殖環(huán)境有密切聯(lián)系，而土壤中的優(yōu)勢細菌藍細菌門及水體中優(yōu)勢細菌綠彎菌門在小龍蝦中占比較小，說明盡管小龍蝦中的菌落結(jié)構(gòu)受到生長環(huán)境的影響，但同時也有一定保守性。

圖1 基于門水平的微生物組成分析柱狀圖Fig.1 Histogram of microbial composition analysis based on phylum level

2.3.2 基于綱水平上的物種注釋及分析 對微生物在綱分類水平上統(tǒng)計發(fā)現(xiàn)，α-變形菌綱（Alphaproteobacteria）、β-變形菌綱（Betaproteobacteria）和δ-變形菌綱（Deltaproteobacteria）等在小龍蝦尾肉、土壤及水體中平均相對豐度較高。在小龍蝦中，前三大優(yōu)勢綱為γ-變形菌綱（Gammaproteobacteria）、β-變形菌綱（Betaproteobacteria）、α-變形菌綱（Alphaproteobacteria），土壤中為β-變形菌綱（Betaproteobacteria）、放線菌綱（Actinobacteria）及Saprospirae；而水體中δ-變形菌綱（Deltaproteobacteria）、β-變形菌綱（Betaproteobacteria）以及γ-變形菌綱（Gammaproteobacteria）相對豐度較高。微生物綱類在小龍蝦尾肉、土壤和水體中的相對豐度存在一定差異。小龍蝦尾肉α-變形菌綱（Alphaproteobacteria）及γ-變 形菌綱（Gammaproteobacteria）的相對豐度顯著高于土壤及水體，而水體中的擬桿菌綱（Bacteroidia）及硝化螺旋菌綱（Nitrospira）則顯著較高（圖2）。

圖2 基于綱水平的微生物組成分析柱狀圖Fig.2 Microbial composition analysis histogram based on class level

2.3.3 基于門、科、目水平上的物種注釋及分析 在目、科、屬分類水平上，不同樣品種類間優(yōu)勢細菌的組成及豐度存在明顯差異。在蝦肉、土壤及水體中共同的優(yōu)勢目（按>5%記）為伯克氏菌目（Burkholderiales），此外，優(yōu)勢目、科、屬在不同樣品中各異。在蝦肉中梭桿菌目（Fusobacteriales）、甲基球菌目（Methylococcales）、腸桿菌目（Enterobacteriales）顯著（P<0.05）高于土壤和水體；在土壤中，優(yōu)勢目則為放線菌目（Actinomycetales和Saprospirales）；水體中擬桿菌目（Bacteroidales）、硝化螺旋菌目（Nitrospirales）和紅環(huán)菌目（Rhodocyclales）顯著高于蝦肉和土壤（圖3）。在科和屬分類水平，不同樣品種類間優(yōu)勢細菌的組成及豐度差異明顯，且無共同優(yōu)勢科和屬。從科水平看，小龍蝦中主要微生物菌落為梭桿菌科（Fusobacteriaceae）、叢毛單胞菌科（Comamonadaceae）及腸桿菌科（Enterobacteriaceae），土壤中主要微生物菌落為ACK-M 1和Chitinophagaceae；水體中主要微生物菌落為互營菌科（Syntrophaceae）、熱脫硫弧菌科（Thermodesulfovibrionaceae）以及紅環(huán)菌科（Rhodocyclaceae）（圖4）。在屬水平，小龍蝦組中的主要優(yōu)勢菌株為鯨桿菌屬（Cetobacterium）、泉發(fā)菌屬（Crenothrix）、鄰單胞菌屬（Plesiomonas）；水體組中的主要優(yōu)勢菌群為4-29、地桿菌屬（Geobacter）、HB118；土壤組中的主要優(yōu)勢菌群為聚球藻屬（Synechococcus）、C39、Limnohabitans、多核桿菌屬（Polynucleobacter）、噬氫菌屬（Hydrogenophaga）（圖5）。

圖3 基于目水平的微生物組成分析柱狀圖Fig.3 Microbial composition analysishistogram based on order level

圖4 基于科水平的微生物組成分析柱狀圖Fig.4 Microbial composition analysis histogram based on family level

圖5 基于屬水平的微生物組成分析柱狀圖Fig.5 Microbial composition analysis histogram based on genus level

2.4 小龍蝦、土壤和水體中具有統(tǒng)計學(xué)差異的菌群

除計算α多樣性外，比較微生物群落的一個主要目標(biāo)是在每個樣本中找到特定細菌群。LDAEffectSize分析（Lefse），是一種用于發(fā)現(xiàn)和解釋高維度數(shù)據(jù)生物標(biāo)識（基因、通路和分類單元等）的分析工具[21]，能夠進行兩個或多個分組的比較，強調(diào)統(tǒng)計意義和生物相關(guān)性，還可以分析組間菌群差異，發(fā)現(xiàn)各組間差異的微生物種類（圖6A和6B）。使用Lefse軟件在每個分類水平上分析細菌群落數(shù)據(jù)，LDA值為2，共區(qū)分出508個細菌群，為清晰起見，分支圖譜顯示LDA值大于2的分類群，圖6A表示三組樣品間具有顯著性差異的菌群，圖6B表示不同差異物種間的進化分支情況，綜合分析兩組圖來反映小龍蝦及其生長環(huán)境細菌群落差異物種的空間分布特征。在所有樣品中，共發(fā)現(xiàn)89個差異物種（圖6A），小龍蝦中共富集了31個類群，其中酸桿菌門、擬桿菌門、綠彎菌門、厚壁菌門、梭桿菌屬等相對豐度明顯較高；而土壤中共富集了28個類群：酸桿菌門、擬桿菌門、綠菌彎門、厚壁菌門、梭桿菌屬、變形菌門、軟壁菌門、疣微菌門等；水體中共富集29個類群，包括酸桿菌門、擬桿菌屬、綠菌彎門、厚壁菌門、梭桿菌屬、變形菌門、軟壁菌門、疣微菌門等。

圖6 Lefse分析顯著不同的豐富分類單元Fig.6 Lefse analysesof the significantly different abundant taxa

2.5 功能預(yù)測分析

基于PICRUSt2分析平臺的16S功能預(yù)測將獲得的OTU豐度表結(jié)合基因庫對微生物的代謝通路進行功能預(yù)測（圖7）。在所有樣品中共檢測到433條微生物代謝通路，小龍蝦中細菌群落中代謝通路豐度較高的途徑主要有脂質(zhì)代謝、脂肪酸合成、氨基酸合成、有氧呼吸途徑、二酰基甘油生物合成、順式戊酸酯生物合成、丙酮酸發(fā)酵途徑等；在土壤細菌中代謝通路豐度較高的途徑主要有氨基酸合成、有氧呼吸途徑、丙酮酸發(fā)酵途徑、脂肪酸合成、戊糖磷酸途徑、TCA循環(huán)途徑、核苷酸合成途徑；在水體細菌中代謝通路豐度較高的途徑主要有氨基酸合成途徑、糖酵解途徑、脂肪酸合成、脂質(zhì)合成、核苷酸合成途徑等。

圖7 PICRUSt2預(yù)測微生物代謝通路豐度圖Fig.7 PICRUSt2 predicted abundance of microbial metabolic pathways

3 討論

養(yǎng)殖環(huán)境微生物及其菌落結(jié)構(gòu)在水生生物生長過程中具有重要作用，小龍蝦體內(nèi)的微生物與其營養(yǎng)代謝及免疫防御有密切聯(lián)系，在維持小龍蝦生長過程中內(nèi)部環(huán)境穩(wěn)態(tài)發(fā)揮作用[22]。對蝦腸道的微生物生態(tài)被證實與外部水環(huán)境密切相關(guān)[23]。夏海峰等[24]在研究刺參腸道與養(yǎng)殖池塘底泥微生物關(guān)系時發(fā)現(xiàn)，隨著季節(jié)的變化，二者間細菌種群變化趨勢相同，說明其菌系具有內(nèi)在聯(lián)系。本研究結(jié)果顯示，小龍蝦尾肉、土壤和水體中門、綱、目、科、屬在三者間均能被檢測，表明小龍蝦的養(yǎng)殖環(huán)境與小龍蝦蝦肉間微生物聯(lián)系密切。在門、綱、目三個分類水平上的分布發(fā)現(xiàn)土壤與蝦肉間共有微生物較多，而水體分別與土壤及蝦肉間共有微生物較少，在科和屬分類水平?jīng)]有檢測到共有優(yōu)勢菌群，說明在本研究中，土壤與蝦肉中微生物菌落結(jié)構(gòu)在門、綱、目分類水平上密切相關(guān)，而在科和屬水平無相關(guān)性。

分析微生物群落多樣性角度可知，小龍蝦生長環(huán)境中土壤細菌豐富度和多樣性最高，而水體中的多樣性指數(shù)與小龍蝦及土壤相比明顯較低，這與凡納濱對蝦[25]、青蟹[26]等水生動物的相關(guān)研究結(jié)果一致。進一步說明小龍蝦中的微生物與生長水體及土壤關(guān)系密切，其中小龍蝦菌群的組成可能較多來源于土壤，符合孫振麗等[27]對南美白對蝦的推論，即池塘底泥對南美白對蝦腸道菌群的影響大于水體。

在運輸儲藏過程中，由于生物體內(nèi)微生物作用，水產(chǎn)品品質(zhì)會發(fā)生不同程度劣變[28?29]。在微生物中導(dǎo)致產(chǎn)品變質(zhì)的微生物較少，其中對食品具有高度特異性的腐敗細菌為特異性腐敗菌。研究表明，海產(chǎn)品中主要優(yōu)勢腐敗菌為希瓦氏菌屬（Shewanella）和假單胞菌屬（Pseudomonas），而淡水產(chǎn)品中主要優(yōu)勢腐敗菌為假單胞菌屬（Pseudomonas）[30]和芽孢桿菌（Bacillusspp）[31]。江楊陽等[32]利用高通量測序法確定淡水小龍蝦冷藏過程中的優(yōu)勢腐敗菌為希瓦氏菌（Shewanella）。謝麗丹等[33]發(fā)現(xiàn)引起南美白對蝦腐敗變質(zhì)的主要細菌是希瓦氏菌（Shewanella hafniensis）和約氏不動桿菌（Acinetobacter johnsonii）。在本研究中，不動桿菌屬（Acinetobacter）是小龍蝦的優(yōu)勢腐敗菌，與先前研究的優(yōu)勢腐敗菌略有不同的原因可能是生長環(huán)境、貯藏時間及溫度的差別導(dǎo)致。不動桿菌被證明在室溫下具有較高的脂解活性，并產(chǎn)生硫化氫導(dǎo)致蝦肉變質(zhì)[34]。在水體及土壤中檢測到的優(yōu)勢腐敗菌為假單胞菌屬（Pseudomonas），是水產(chǎn)品儲藏過程中產(chǎn)生異味的主要原因[35]。但兩種腐敗菌種在三組樣品中的相對豐度均較小，因此水體及土壤中的微生物會可能會在低溫貯藏過程中進行繁殖，影響小龍蝦貯藏品質(zhì)。

PICRUSt（Phylogenetic Investigation of Communities by Reconstruction of Unobserved States）是基于16 sRNA測序數(shù)據(jù)，通過標(biāo)記基因數(shù)據(jù)和參考基因組數(shù)據(jù)庫預(yù)測元基因組的功能[36]。在本研究中，基于KEGG同源基因（KO）對細菌功能進行具體注釋，結(jié)果表明蝦肉、土壤和水體共有的細菌優(yōu)勢功能類群為有氧呼吸（aerobic respiration I）、脂肪酸合成（fatty acid elongation）、氨基酸生物合成（amino acid synthesis）和核糖核苷酸代謝途徑（nucleotide sugar metabolism），這可能與擬桿菌門分類下的細菌有關(guān)。楊盼等[37]發(fā)現(xiàn)苜蓿根際土壤中代謝為細菌菌群的主要功能，其中氨基酸代謝豐度較高；凡納濱對蝦水體中微生物功能研究結(jié)果顯示水體中微生物在細胞新陳代謝及遺傳信息處理方面功能基因豐度較高[38]。

4 結(jié)論

本研究采用高通量測序的方法研究了小龍蝦及其養(yǎng)殖環(huán)境水體和土壤間的微生物菌落分布發(fā)現(xiàn)，小龍蝦菌群與其生長環(huán)境中的土壤和水體中微生物存在密切聯(lián)系，其中小龍蝦和土壤中菌落結(jié)構(gòu)與水體相比較為豐富，三類樣品擁有相對固定的優(yōu)勢菌群及共有菌群，包括變形菌門、擬桿菌門等，但同樣存在差異物種，此結(jié)果為理解三者之間的關(guān)聯(lián)奠定了基礎(chǔ)。對小龍蝦、土壤和水體中的微生物菌群進行功能注釋表明三者間的代謝功能存在高度相似性，證實了小龍蝦菌群與其生長環(huán)境之間的相關(guān)性，其中小龍蝦菌落組成可能較多來源于土壤，而水體所含微生物對其影響較小，此研究結(jié)果對小龍蝦的運輸貯藏過程及健康養(yǎng)殖產(chǎn)業(yè)具有積極意義。但本研究尚未探討?zhàn)B殖水體中層水樣及下層水樣對小龍蝦菌落組成的影響，同時對三者之間菌落的關(guān)聯(lián)性未進行深入探討。