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基于BSA-SSR 技術(shù)初步篩選與葉用芥菜萊菔硫烷含量相關(guān)的分子標(biāo)記

2021-06-15 14:29張麗琴胡靖鋒徐學(xué)忠楊紅麗和江明
中國(guó)蔬菜 2021年5期
關(guān)鍵詞:芥菜單株引物

蘭 梅 張麗琴 胡靖鋒 徐學(xué)忠 楊紅麗 和江明

(云南省農(nóng)業(yè)科學(xué)院園藝作物研究所,國(guó)家蔬菜改良中心云南分中心,云南昆明 650205)

葉用芥菜(Brassica junceaCoss.var.foliosaBailey)原產(chǎn)于中國(guó),簡(jiǎn)稱葉芥菜,別名青菜、臘菜、春菜等,是十字花科蕓薹屬芥菜種中以葉片或葉球?yàn)楫a(chǎn)品器官的變種;喜冷涼濕潤(rùn)氣候,適應(yīng)性較強(qiáng),品種繁多,長(zhǎng)江流域以南地區(qū)栽培較為普遍(劉佩英,1996)。早在19 世紀(jì)80 年代,國(guó)際飲食營(yíng)養(yǎng)及癌癥委員會(huì)(International Diets Nutrition and Cancer Committees)就建議多食用十字花科蔬菜,因?yàn)槭只剖卟烁缓哂谢瘜W(xué)預(yù)防特性的硫苷類(lèi)物質(zhì),可以預(yù)防癌癥。Fahey 等(2001)研究發(fā)現(xiàn),4-甲基亞磺酰丁基硫苷(RAA)普遍存在于十字花科蕓薹屬蔬菜中,如芥菜、白菜、青花菜等,其水解產(chǎn)物萊菔硫烷(sulforaphane,SF)是迄今為止在蔬菜中發(fā)現(xiàn)的抗癌活性最強(qiáng)的物質(zhì)。流行病學(xué)和小鼠試驗(yàn)結(jié)果表明,萊菔硫烷能夠顯著降低肝癌(Keck et al.,2003)、乳腺癌(Pawlik et al.,2013)、胃癌(Fahey et al.,2002)、前列腺癌(Cho et al.,2005)、結(jié)腸癌(Rong et al.,2003)、皮膚癌(Xu et al.,2006)等的發(fā)生幾率。當(dāng)前對(duì)萊菔硫烷的報(bào)道多集中在青花菜上(何洪巨 等,2003;Liang et al.,2006;張嬋娟 等,2007),且有研究表明萊菔硫烷/RAA 含量與基因型密切相關(guān)(Farnham et al.,2004;Abercrombie et al.,2005;邱海榮 等,2008;謝祝捷 等,2010)。

混合分組分析法(bulked segregant analysis,BSA)又稱集群分離分析法,是一種快速檢測(cè)與目標(biāo)性狀連鎖標(biāo)記的方法(Michelmore et al.,1991),現(xiàn)已廣泛應(yīng)用于動(dòng)植物抗性基因、生長(zhǎng)相關(guān)性狀的篩選、鑒定等(白素蘭 等,2000;嚴(yán)長(zhǎng)杰 等,2000;Sun et al.,2009;Tripathi et al.,2009;史 明會(huì),2013)。本試驗(yàn)采用高效液相色譜法(HPLC)測(cè)定了葉用芥菜F2單株的萊菔硫烷含量,構(gòu)建F2混合分離群體(BSA)基因池,進(jìn)行與萊菔硫烷含量基因連鎖的SSR 分子標(biāo)記研究,以期為葉用芥菜新品種的選育和種質(zhì)資源創(chuàng)新奠定基礎(chǔ),亦為研究萊菔硫烷的分子調(diào)控機(jī)制提供理論依據(jù)。

1 材料與方法

1.1 試驗(yàn)材料

供試葉用芥菜材料由云南省農(nóng)業(yè)科學(xué)院園藝作物研究所十字花科課題組提供(表1)。20 份材料均于2017 年11 月1 日播種,播種60 d 后每份材料分別隨機(jī)選取3 株,取中心幼嫩葉片頂端部位,采用HPLC 法測(cè)定萊菔硫烷含量,得到1 份萊菔硫烷含量最高的葉用芥菜材料太樂(lè)四季青,含量為(226.72 ± 8.04)mg · kg-1;1份萊菔硫烷含量最低的材料圓葉春菜,含量為(11.79 ± 0.53)mg ·kg-1。以太樂(lè)四季青為母本,以圓葉春菜為父本進(jìn)行雜交,2018 年4 月初收獲F1種子;6 月25 日加代播種F1,進(jìn)行套袋自交,11 月收獲F2種子,得到葉用芥菜萊菔硫烷含量分離群體材料。

表1 參試20 份葉用芥菜材料的品種名稱及來(lái)源

1.2 試驗(yàn)方法

1.2.1 葉用芥菜F2萊菔硫烷含量的測(cè)定 2018 年12 月1 日播種100 份F2材料,播種60 d 后隨機(jī)選取80 個(gè)F2單株,分別取中心幼嫩葉片頂端部位,采用HPLC 法測(cè)定萊菔硫烷含量。

準(zhǔn)確稱取0.20 g 樣品放入研缽中磨碎,加入pH 值為7.0 的磷酸鹽緩沖液(0.1 mol · L-1磷酸氫二鉀和0.1 mol · L-1磷酸二氫鉀)6.0 mL,37 ℃下酶解2.0 h,然后加入6 mL 乙酸乙酯(AR)繼續(xù)混勻30 min,4 000 r · min-1離心10 min,收集上清液;再重復(fù)提取2 次,將3 次收集的上清液在旋轉(zhuǎn)蒸發(fā)儀上蒸干,旋蒸溫度為35 ℃;最后用6 mL 乙腈定容,過(guò)0.22 μm 濾膜后-20 ℃低溫保存待測(cè)。

采用Rigol L3000 高效液相色譜儀,紫外波長(zhǎng)201 nm;色譜柱:Kromasil C18 反相色譜柱(250 mm × 4.6 mm,5 μm);柱溫:30 ℃;時(shí)間:30 min;流速:0.8 mL · min-1;進(jìn)樣體積:10 μL;流動(dòng)相的配制:將超純水1 000 mL、甲醇1 000 mL用0.45 μm 的濾膜抽濾,以除去溶劑中的雜質(zhì),防止堵塞色譜柱,甲醇∶水=35V∶65V。

1.2.2 葉用芥菜親本、F2各單株DNA 的提取 以親本太樂(lè)四季青、圓葉春菜及80 份F2單株幼嫩葉片為材料,采用2×CTAB 法(稱取EDTA 7.44 g、Tris 12.1 g 和NaCl 81.8 g,溶于800 mL 超純水中,用HCL 調(diào)pH 至8.0;再加入20 g CTAB,加熱至60 ℃使之溶解,用超純水定容至1 000 mL,37 ℃條件下保存)分別提取DNA(Fu et al.,2006)。然后用1×TE 溶解稀釋DNA 至50 ng · μL-1,檢測(cè)DNA 的質(zhì)量。置于-20 ℃冰箱中保存?zhèn)溆谩?/p>

1.2.3 混合池的構(gòu)建 根據(jù)Michelmore 等(1991)提出的BSA 法,從F2群體中選取高萊菔硫烷含量和低萊菔硫烷含量單株各10 株,分別取10 μL DNA 混合均勻,構(gòu)成高萊菔硫烷含量池(H)和低萊菔硫烷含量池(L),并分別檢測(cè)DNA 質(zhì)量。

1.2.4 PCR 擴(kuò)增及產(chǎn)物檢測(cè) 根據(jù)蕓薹作物網(wǎng)(http://www.brassica.info/tools/genetic_markers.html)公布的十字花科蕓薹屬共同引物和史明會(huì)(2013)關(guān)于青花菜中與RAA 含量相關(guān)的SSR 分子標(biāo)記研究結(jié)果,合成50 對(duì)引物用于PCR 擴(kuò)增。采用昆明碩擎生物科技有限公司提供的Golden Star T6 Super PCR Mix(1.1×),其中含有DNA polymerase、Buffer、dNTPs 等組分,添加上、下游引物和DNA 模板,利用梯度PCR 儀篩選引物退火溫度,最終得到適合葉用芥菜SSR 分析的體系(25 μL):PCR Mix 22 μL,上、下游引物各1 μL,DNA 1 μL。PCR 擴(kuò)增反應(yīng)程序?yàn)椋?5 ℃預(yù)變性5 min;95 ℃變性30 s,55 ℃退火10 s,72 ℃延伸10 s,72 ℃再延伸1 min,35 個(gè)循環(huán);最后于4 ℃保存。

取PCR 反應(yīng)液5 μL,直接上樣,采用1%瓊脂凝膠電泳檢測(cè),在Bio-rad 凝膠成像系統(tǒng)上進(jìn)行觀察并拍照。

1.2.5 相關(guān)性驗(yàn)證 將初步篩選得到的引物在與其相對(duì)應(yīng)建立的F2高萊菔硫烷含量和低萊菔硫烷含量混合基因池中擴(kuò)增,進(jìn)一步確定篩選得到的引物具有穩(wěn)定遺傳的多態(tài)性。然后,再用篩選出來(lái)的引物在親本和F2分離群體中進(jìn)行擴(kuò)增,驗(yàn)證其是否與萊菔硫烷目標(biāo)性狀連鎖,初步得到與萊菔硫烷含量相關(guān)的SSR 標(biāo)記及其引物。

2 結(jié)果與分析

2.1 葉用芥菜F2 單株的萊菔硫烷含量

從表2 可以看出,80 個(gè)葉用芥菜F2單株中,萊菔硫烷含量相對(duì)較高的10 個(gè)單株編號(hào)分別為50、38、5、57、4、68、32、59、40、55,萊菔硫烷含量相對(duì)較低的10 個(gè)單株編號(hào)分別為74、7、16、73、69、15、71、43、24、22。

表2 葉用芥菜F2 單株萊菔硫烷含量的測(cè)定結(jié)果

2.2 DNA 的檢測(cè)結(jié)果

2.2.1 親本及F2單株DNA 的檢測(cè)結(jié)果 供試葉用芥菜親本太樂(lè)四季青、圓葉春菜及80 個(gè)F2單株提取的DNA 均表現(xiàn)為條帶清晰、整齊,無(wú)拖尾現(xiàn)象,說(shuō)明提取的DNA 質(zhì)量較好。利用核酸檢測(cè)儀檢測(cè)顯示,親本以及80 個(gè)F2單株DNA 樣品濃度在800~2 000 ng · μL-1之間,A260/280在1.8~2.0之間,所提取的DNA 質(zhì)量能夠滿足后續(xù)試驗(yàn)的進(jìn)行。

2.2.2 混合池DNA 的檢測(cè)結(jié)果 分別取10 個(gè)萊菔硫烷含量較高的F2單株的DNA 各10 μL,等量混合,構(gòu)成H 池;再分別取10 個(gè)萊菔硫烷含量較低的F2單株的DNA 各10 μL,等量混合,構(gòu)成L 池。利用核酸檢測(cè)儀檢測(cè)顯示,H 池DNA 濃度為92.5 ng · μL-1,A260/280為1.852;L 池DNA 濃度為86.7 ng · μL-1,A260/280為1.829??梢詽M足后續(xù)的PCR 擴(kuò)增。

2.3 引物的篩選

用50 對(duì)引物組合對(duì)葉用芥菜親本太樂(lè)四季青和圓葉春菜進(jìn)行初步篩選,結(jié)果表明有16 對(duì)引物在雙親間表現(xiàn)出多態(tài)性;然后根據(jù)BSA 法構(gòu)建的高、低萊菔硫烷含量池進(jìn)一步篩選,得到9 對(duì)多態(tài)性引物(圖1)。

2.4 多態(tài)性引物的驗(yàn)證結(jié)果

將9 對(duì)多態(tài)性引物在高、低萊菔硫烷含量池的單株中進(jìn)行驗(yàn)證,最終得到2 個(gè)SSR 多態(tài)性標(biāo)記SF12 和SF28,引物信息見(jiàn)表3 和圖2。

表3 2 個(gè)SSR 多態(tài)性標(biāo)記的引物序列

SF12 和SF28 都是顯性標(biāo)記,SF12 在父本圓葉春菜、低萊菔硫烷含量池L 和低萊菔硫烷含量池單株中均擴(kuò)增出大小約為250 bp 的條帶,而在母本太樂(lè)四季青、高萊菔硫烷含量池H 和高萊菔硫烷含量池單株中相應(yīng)位置未擴(kuò)增出條帶(圖2-A、B);SF28 在母本太樂(lè)四季青、高萊菔硫烷含量池H 和高萊菔硫烷含量池單株中均擴(kuò)增出大小約為250 bp 的條帶,而在父本圓葉春菜、低萊菔硫烷含量池L 和低萊菔硫烷含量池單株中相應(yīng)位置未擴(kuò)增出條帶(圖2-C、D)。

M,BM 2000+DNA Marker;P1,太樂(lè)四季青;P2,圓葉春菜;H,高萊菔硫烷含量池;L,低萊菔硫烷含量池;H1~H10,高萊菔硫烷含量池單株;L1~L10,低萊菔硫烷含量池單株。

2.5 SF12 和SF28 在F2 群體中的擴(kuò)增結(jié)果

由圖3 可知,SF12 在低含量萊菔硫烷親本圓葉春菜和F2部分萊菔硫烷含量相對(duì)較低的單株中擴(kuò)增出條帶(圖3-A),而SF28 在高含量萊菔硫烷親本太樂(lè)四季青和F2部分萊菔硫烷含量相對(duì)較高的單株中擴(kuò)增出條帶(圖3-B),進(jìn)一步驗(yàn)證了這2 對(duì)引物與葉用芥菜中萊菔硫烷含量性狀的相關(guān)性。

3 結(jié)論與討論

目前,國(guó)內(nèi)外對(duì)萊菔硫烷的醫(yī)學(xué)價(jià)值報(bào)道較多,對(duì)葉用芥菜中萊菔硫烷含量的研究鮮有報(bào)道。本試驗(yàn)以2 個(gè)萊菔硫烷含量差異較大的葉用芥菜高代自交系為親本雜交得到的F2分離群體為研究背景,利用BSA 法并結(jié)合SSR 分子標(biāo)記技術(shù)進(jìn)行萊菔硫烷含量相關(guān)的分子標(biāo)記篩選,初步確定了2 個(gè)與葉用芥菜中萊菔硫烷含量連鎖的標(biāo)記。

當(dāng)前對(duì)十字花科蔬菜萊菔硫烷的報(bào)道多集中在青花菜上,李占省等(2012)結(jié)合青花菜DH 群體花球中萊菔硫烷含量,最終獲得了與萊菔硫烷含量相關(guān)的13 個(gè)QTL,這些QTL 位點(diǎn)分布于4 條連鎖群上。史明會(huì)(2013)研究了青花菜中與RAA 相關(guān)的SSR 分子標(biāo)記,得到4 個(gè)與萊菔硫烷的前體物質(zhì)RAA 相關(guān)基因緊密連鎖的多態(tài)性標(biāo)記。本試驗(yàn)測(cè)定了葉用芥菜葉片中萊菔硫烷的含量,結(jié)果顯示不同品種間含量差異較大,但本試驗(yàn)沒(méi)有驗(yàn)證不同時(shí)期葉用芥菜葉片中萊菔硫烷含量是否差異較大;本試驗(yàn)雖然初步獲得了2 個(gè)與葉用芥菜中萊菔硫烷含量連鎖的標(biāo)記,但由于F2群體較小,試驗(yàn)結(jié)果的精確性可能會(huì)受到影響,有待進(jìn)一步研究驗(yàn)證。

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