王 紅 ,曹 君 ,張 敏 ,張士義 ,張季軍 ,劉俊杰 ,楊 鎮(zhèn) ,呂立濤 **
(1.遼寧省農(nóng)業(yè)科學(xué)院食用菌研究所,遼寧 沈陽 110161;2.遼寧省食用菌優(yōu)質(zhì)栽培重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,遼寧 沈陽 110161)
羊肚菌屬(Morchella Dill.ex Pers.:Fr.),隸屬于子囊菌門(Ascomycata) 盤菌亞門(Pezizomycotina)盤菌綱(Pezizomycetes) 盤菌目(Pezizales) 羊肚菌科(Morchellaceae)[1],因其菌蓋有不規(guī)則的凹陷褶皺,狀如羊肚而得名,是一種珍貴的食(藥)用真菌。自羊肚菌屬建立以來,科研人員針對(duì)其生態(tài)分布、分類鑒定、菌種保育及栽培技術(shù)等開展了大量的研究。羊肚菌在亞洲、歐洲、北美洲等均有分布[2-5]。目前,已記錄羊肚菌種和變種的數(shù)據(jù)多達(dá)344個(gè)[6],其中中國分布有羊肚菌30種[7],以溫帶落葉闊葉林、高海拔暗針葉林及針闊混合林為羊肚菌的主要植被生境[8-9]。羊肚菌主要在3月~5月出菇[2],僅有少數(shù)物種在7月及9月~10月出菇[8,10]。
根據(jù)傳統(tǒng)的形態(tài)學(xué)分類方法,羊肚菌分為黃色羊肚菌(yellow morels)、黑色羊肚菌(black morels)和半開羊肚菌(semifree capped moerls),而發(fā)育過程中,其形態(tài)特征會(huì)受到環(huán)境的影響,且物種間宏觀顯微特征有限,會(huì)引起同物異名和同名異物的現(xiàn)象[11-14]。2000年,Taylor等[15]提出了多基因系譜一致性系統(tǒng)發(fā)育種識(shí)別法(genealogical concordance phylogenetic species recognition,GCPSR),為羊肚菌精準(zhǔn)分類提供了方向。2011年,O’Donnell等[16]首次利用GCPSR的方法,基于ef1-α、LSU、rpb1和rpb2的核苷酸序列,將羊肚菌分為Elata Clade(黑色羊肚菌支系)、Esculenta Clade(黃色羊肚菌支系) 和Rufobrunnea Clade(變紅羊肚菌支系)。目前,國內(nèi)外已有許多地區(qū)采用GCPSR對(duì)羊肚菌資源進(jìn)行系統(tǒng)分類的報(bào)道[17-22],以從分子系統(tǒng)分類學(xué)角度,糾正或彌補(bǔ)羊肚菌分類上的錯(cuò)誤和不足。
1987年開始,郭浩等[23]對(duì)遼寧省陸續(xù)進(jìn)行實(shí)地考察,對(duì)野生羊肚菌的生態(tài)分布、分類鑒定、馴化栽培等進(jìn)行了研究。而野生資源分類鑒定方面,僅根據(jù)形態(tài)特征分類[23-25],除本課題組對(duì)遼寧省康平地區(qū)羊肚菌資源[26-27]及羊肚菌多基因序列模標(biāo)數(shù)據(jù)庫(Morchella MLST database)[28]中涉及的遼寧省沈陽市和丹東市兩個(gè)采樣點(diǎn)采用分子生物學(xué)的方法進(jìn)行分類鑒定外,未見依據(jù)分子生物學(xué)標(biāo)記專門針對(duì)遼寧省野生羊肚菌進(jìn)行分類鑒定的報(bào)道。
通過調(diào)查遼寧省的羊肚菌資源及其發(fā)生環(huán)境,確定其種屬關(guān)系,探索其發(fā)生的適宜條件,旨在確定遼寧省擁有的羊肚菌種質(zhì)資源,為遼寧省野生羊肚菌的應(yīng)用提供科學(xué)依據(jù)。
根據(jù)文獻(xiàn)記載[23-25]及實(shí)地調(diào)研,遼寧省野生羊肚菌主要分布在遼寧省東部山區(qū)和遼西的大凌河流域,出菇時(shí)間在每年的4月初~5月末,通常分布在楊樹林或楊樹林緣草地、河灘草等地。
根據(jù)出菇特征,2016年~2018年,在遼寧省的沈陽市、撫順市、鞍山市、朝陽市、丹東市、本溪市、阜新市7個(gè)市布點(diǎn)采樣。3年間,共采集羊肚菌子實(shí)體53份,分布于16個(gè)羊肚菌發(fā)生地。樣品采集地點(diǎn)以楊樹林為主,分布在東部山區(qū)的羊肚菌多發(fā)生在楊樹林中,樹林中腐葉較多,土壤多為褐色粘質(zhì)土壤;分布在大凌河流域的羊肚菌多發(fā)生在樹林緣草地、河灘草中,雜草叢生,土壤為黑褐色沙質(zhì)土,在樹林附近有小溪或水溝。試驗(yàn)采集樣品保存于遼寧省農(nóng)業(yè)科學(xué)院食用菌研究所食用菌所,采集樣本信息見表1。
表1 羊肚菌子實(shí)體樣本采集信息及居群Tab.1 Collection information and populations of Morchella spp.samples collected
將采集的子實(shí)體,參照《羊肚菌生物學(xué)與栽培技術(shù)》[29]按照子實(shí)體顏色、形狀和脊背等特征進(jìn)行形態(tài)學(xué)分類,然后采用組織分離法獲得菌絲體進(jìn)行顯微形態(tài)鑒定。
1.3.1 總DNA提取
采用E.Z.N.A.TM Fungal DNA Kit試劑盒提取菌絲體的總DNA,將提取的總DNA用1%的瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè),-20℃保存?zhèn)溆谩?/p>
1.3.2 ITS序列擴(kuò)增
建立20 μL的PCR反應(yīng)體系,其中2×Easy Taq Mix 10 μL,引物(10 μmol·L-1)各1 μL,模板DNA 0.8 μL,ddH2O 補(bǔ)至 20 μL。
ITS-PCR擴(kuò)增反應(yīng)程序?yàn)?5℃預(yù)變性4 min,95℃變性 30 s,57℃退火 30 s,72℃延伸 60 s,30個(gè)循環(huán),72℃延伸7 min。引物序列[29]見表2。
PCR產(chǎn)物用1.0%瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè),目的條帶測(cè)序。
1.3.3 多基因序列擴(kuò)增
建立20 μL的PCR反應(yīng)體系,其中2×Easy Taq Mix 10 μL,引物(10 μmol·L-1)各0.8 μL,模板DNA 0.8 μL,ddH2O 補(bǔ)至 20 μL。
多基因擴(kuò)增反應(yīng)程序?yàn)?4℃預(yù)變性3 min,94℃變性60 s,50℃退火30 s,72℃延伸 60 s,35個(gè)循環(huán),72℃延伸10 min。引物序列見表2。PCR產(chǎn)物用1.0%瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè),目的條帶測(cè)序。
表2 PCR引物序列Tab.2 PCR Primer sequences
利用1.3.1提取的總DNA,建立15 μL的ISSRPCR反應(yīng)體系,其中2×Easy Taq Mix 7.5 μL,引物(10 μmol·L-1)各0.6 μL,模板DNA 0.6 μL,ddH2O補(bǔ)至15 μL。引物序列見表3。
表3 ISSR-PCR引物序列Tab.3 ISSR-PCR Primer
ISSR-PCR擴(kuò)增反應(yīng)程序?yàn)?4℃預(yù)變性5 min,94℃變性 45 s,53℃退火 45 s,72℃延伸 60 s,38個(gè)循環(huán),72℃延伸10 min。
PCR產(chǎn)物用2.0%瓊脂糖凝膠,80 V電壓下電泳90 min,電泳檢測(cè),用凝膠成像儀記錄條帶數(shù)量及位置。
不同地區(qū)羊肚菌子實(shí)體形態(tài)特征見圖1、圖2、表4。
表4 不同地區(qū)羊肚菌子實(shí)體的大小Tab.4 The size of Morchella spp.in different areas
圖1 不同發(fā)生地采集的羊肚菌Fig.1 Morchella spp.collected from different habitats
圖2 羊肚菌菌絲顯微結(jié)構(gòu)Fig.2 Micromorphology of Morchella spp.
由圖1,圖2,表4可知,遼寧野生羊肚菌子實(shí)體偏小。子囊果4.9 cm~6.0 cm,菌蓋高2.88 cm~4.20 cm,最寬部位寬1.90 cm~3.30 cm,通常為圓錐形;主脊和橫脊交錯(cuò)組成不規(guī)則的凹坑;子囊果為棕黃色至深褐色;菌蓋與菌柄合生;菌柄長(zhǎng)0.8 cm~1.7 cm,寬0.4 cm~1.1 cm,近乎圓柱形;菌柄和菌肉同色,白色,中空。孢子橢圓型,表面光滑,孢子印深灰色。
2.2.1 ITS分子鑒定
提取子實(shí)體總DNA,ITS序列擴(kuò)增測(cè)序,通過羊肚菌多基因序列模標(biāo)數(shù)據(jù)庫Morchella MLST[27]比對(duì),53份樣本為黃色系羊肚菌。采用MEGE 7.0進(jìn)化樹分析軟件,以黑色系羊肚菌Mel-10作為外群,采用Maximum Likelihood Tree法,構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹見圖3。
由圖3可知,53份羊肚菌樣本,通過NCBI網(wǎng)站查詢比較,均歸類為Esculenta Clade。其中8X01~8X06、 8C04 ~8C19、 8C91、 7S02 ~7S06、 7C01 ~7C02、7C05~7C06、6F01~6F02、6S02,共 35 份樣本與Mes-6同為一種;8D01~8D04,共4份樣本與Mes-21為同一種;8B01~8B02,共2份樣本與 Mes-8 為同一種;8C01~8C03、8D05~8D08、6A01~6A02、6S01、 6S04~6S05,共 12 份樣本與Mes-20和Mes-9聚在一起,共分為4個(gè)區(qū)域?;贗TS序列構(gòu)建的遼寧省野生羊肚菌系統(tǒng)發(fā)育樹無法將第4區(qū)域中的12份樣本完全區(qū)分開來。因此,還需要采用GCPSR法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹,明確其種間關(guān)系。
圖3 基于ITS序列構(gòu)建的羊肚菌系統(tǒng)發(fā)育樹Fig.3 Phylogentic tree based on rDNA ITS sequence
2.2.2 系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建
利用GCPSR的方法,基于ef1-α、LSU、rpb1和ITS這4個(gè)基因的核苷酸序列,對(duì)53份羊肚菌樣品進(jìn)行了系統(tǒng)發(fā)育分析。多基因序列經(jīng)逐一多重比對(duì)后,利用Sequencematrix進(jìn)行多源數(shù)據(jù)合并,數(shù)據(jù)文件進(jìn)行同質(zhì)性檢驗(yàn)(partition homogeneity test,PHT),采用ILD Test檢驗(yàn)方法,P值為0.06,大于數(shù)據(jù)集可聯(lián)合的閾值0.05,表明4種基因序列可以聯(lián)合分析。采用最大簡(jiǎn)約法(most parsimony tree,MP)構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹,見圖4。
圖4 遼寧省黃色羊肚菌系統(tǒng)發(fā)育樹Fig.4 Phylogenetic tree of yellow morels in Liaoning province
由圖4可知,與ITS系統(tǒng)發(fā)育樹一致,但略有差異。GCPSR法,將與Mes-9和Mes-20聚在一起的 12 份樣本區(qū)分開來,8C01~8C03、8D05~8D08、6A01~6A02,9份樣本與Mes-20聚成一類,6S01、6S04~6S05,3份樣本與Mes-9聚成一類。而8D01~8D04被分成兩部分,8D01~8D02與Mes-21聚成一類,8D03~8D04與Mes-7聚成一類,因此8D03~8D04的種屬關(guān)系還需進(jìn)一步驗(yàn)證。
2.3.1 ISSR-PCR擴(kuò)增
以遼寧省分布最多的Mes-6為研究對(duì)象,32份樣本進(jìn)行擴(kuò)增,11條引物共獲得56個(gè)位點(diǎn),片段大小分布在300 bp~2 000 bp,其中具多態(tài)性的位點(diǎn)51個(gè),占總位點(diǎn)數(shù)的91.07%。
2.3.2 遺傳多樣性分析
利用遺傳多樣性分析軟件POPGEN version,遼寧省野生羊肚菌遺傳多樣性分析見表5。
由表5可知,居群水平上,平均每個(gè)位點(diǎn)的有效等位基因數(shù) (Ne) 為 1.211 6±0.082 2,Nei’s基因多樣性(H) 為0.120 1±0.046 6,各居群多樣性信息指數(shù)為0.106 6~0.287 0,平均指數(shù)為0.177 4±0.069 5。居群之間,遺傳多樣性有顯著性差異,其中P8遺傳多樣性水平最高,采樣點(diǎn)位于朝陽北票市速生楊人工林中。P10遺傳多樣性水平最低,采樣點(diǎn)位于朝陽喀左老爺廟地區(qū)。
表5 野生羊肚菌遺傳多樣性水平Tab.5 Genetic diversity of Morchella
2.3.3 遺傳多結(jié)構(gòu)分析
利用Arlequin軟件分析遼寧野生羊肚菌居群的基因多樣性Nei’s結(jié)果表明,遼寧省Mes-6野生羊肚菌種居群遺傳有一定分化。6個(gè)居群總基因多樣度(Ht)為0.306 2±0.028 5,其中居群內(nèi)多樣度(Hs) 為0.120 1±0.009 8,居群間基因多樣度為0.186 1,居群間遺傳分化系數(shù)(Gst)為0.607 9,表明在物種水平上,居群間存在60.79%的遺傳變異,而居群內(nèi)存在39.21%的遺傳變異,居群間的遺傳分化大于居群內(nèi)?;蛄鳎∟m)為0.322 5,表明遼寧省野生羊肚菌在各地區(qū)存在非常有限的交流或短距離移動(dòng)。
2.3.4 居群聚類分析
Nei’s遺傳一致度與遺傳距離見表6。
由表6可知,運(yùn)用POPGEN version軟件分析獲得6個(gè)居群間的遺傳距離(D)和遺傳一致度(I),遺傳距離為0.084 6~0.492 1,遺傳一致度為0.611 4~0.918 9。
表6 Nei’s遺傳一致度與遺傳距離Tab.6 Nei’s unbiased measures of genetic identity and genetic distance
羊肚菌資源種類豐富,營養(yǎng)和藥用建價(jià)值高,對(duì)羊肚菌種屬關(guān)系的鑒定是羊肚菌資源保育及其開發(fā)利用的基礎(chǔ)。傳統(tǒng)羊肚菌研究是基于羊肚菌形態(tài)學(xué)和生態(tài)學(xué),包括子實(shí)體形態(tài)觀察和顯微結(jié)構(gòu)觀察等。收集的53份遼寧省野生羊肚菌子實(shí)體,表面多凹坑,凹坑形狀不規(guī)則,棕黃色至深褐色;菌柄短且較細(xì),乳白色,圓柱狀,表面光滑,符合羊肚菌的形態(tài)特征,可確定為羊肚菌,但很難對(duì)其進(jìn)行準(zhǔn)確的分類鑒定。野生羊肚菌在生長(zhǎng)發(fā)育過程中,形態(tài)特征受環(huán)境條件影響較大,由于連續(xù)3年春季降雨比較少,全年干旱,采摘時(shí)地面上菌帽清晰可見,菌柄高度小于1 cm,菌帽采摘時(shí)已失水嚴(yán)重,子實(shí)體大小也比往年小[24]。
羊肚菌種屬豐富、物種多樣,采用單一的分子標(biāo)記技術(shù)(如PCR-ITS,PCR-RAPD) 進(jìn)行鑒定,會(huì)出現(xiàn)同物異名和同名異物現(xiàn)象[14]。對(duì)收集的53份樣品ITS rDNA進(jìn)行測(cè)序分析,通過Morchella MLST數(shù)據(jù)庫比對(duì),均屬于黃色羊肚菌支群,以Mes-10為外群,構(gòu)建羊肚菌系統(tǒng)發(fā)育樹[28,30];Mes-20、Mes-9和 12 份樣本 (8C01~8C03、8D05~8D08、6A01~6A02、6S01、 6S04~6S05,) 聚在一類,但無法精確鑒定這12份樣本種屬關(guān)系,可能導(dǎo)致同物異名現(xiàn)象發(fā)生。
多基因系譜一致性系統(tǒng)發(fā)育種識(shí)別法(GCPSR法),是通過多基因構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹進(jìn)行物質(zhì)界定,因此也被稱為多基因聯(lián)合分析法。通過對(duì)ef1-α、LSU、rpb1核酸序列測(cè)序[7,20],結(jié)合ITS序列,采用MP法,構(gòu)建羊肚菌進(jìn)化樹,獲得遼寧省羊肚菌遺傳多樣性圖譜。通過GCPSR法,將ITS法精確鑒定的12份樣本與Mes-20和Mes-9清晰分開。
在基于ITS序列的物種多樣性的基礎(chǔ)上,結(jié)合ef1-α、LSU、rpb1三個(gè)片段,聯(lián)合分析,更準(zhǔn)確、全面地對(duì)遼寧省羊肚菌屬進(jìn)行了分析,并界定到具體的物種并正確命名。53份羊肚菌樣本被鑒定為5種,即 Morchella sp.(Mes-6)、Morchella sp.(Mes-8)、Morchella sp.(Mes-9)、Morchella sp.(Mes-20)、Morchella sp.(Mes-21),其中, Mes-20 和Mes-21為遼寧省新記錄種。8X01~8X06、8C04~8C19、8C91、7S02~7S06、7C01~7C02、7C05~7C06、6F01~6F02、6S02 鑒定為 Mes-6,8B01~8B02鑒定為Mes-8,6S01、 6S04~6S05 鑒定為 Mes-9,8C01~8C03、 8D05~8D08、 6A01~6A02 鑒 定 為 Mes-20,8D01~8D04鑒定為Mes-21。在羊肚菌多基因序列模標(biāo)數(shù)據(jù)庫Morchella MLST[28]中,有遼寧省2個(gè)采樣點(diǎn)的數(shù)據(jù),丹東采樣點(diǎn)收集的羊肚菌鑒定為Mes-8,康平采樣點(diǎn)收集的羊肚菌鑒定為Mes-6。對(duì)遼寧省康平地區(qū)羊肚菌資源[26]收集鑒定后,確定康平存在2個(gè)羊肚菌種,即Mes-6和Mes-9。收集的53份樣本,鑒定為5個(gè)種,經(jīng)比對(duì),確定Mes-20和Mes-21為遼寧省新記錄種。該研究成果不僅豐富了遼寧省野生羊肚菌多樣性的菌種資源庫信息,還為野生羊肚菌的人工栽培及進(jìn)一步開發(fā)利用提供科學(xué)依據(jù)。遼寧省羊肚菌物種多樣性豐富,還需加強(qiáng)羊肚菌資源分類研究。
利用11條ISSR引物對(duì)Mes-6的6個(gè)居群進(jìn)行分析,結(jié)果顯示,遼寧省羊肚菌在居群水平上的遺傳多樣性較低。雖然遼寧省東部山區(qū)、大凌河流域特有的地理特征、生境特征,為豐富遺傳資源提供了孕育場(chǎng)所,但近些年人們對(duì)羊肚菌認(rèn)識(shí)越來越廣泛,人為濫采濫伐,造成了生態(tài)環(huán)境破壞和居群片段化,對(duì)遼寧省羊肚菌資源調(diào)查的準(zhǔn)確性造成了一定的影響。因此,需加強(qiáng)野生羊肚菌資源的保護(hù),進(jìn)一步研究遼寧省羊肚菌種群進(jìn)化活躍區(qū)域,探索遼寧省羊肚菌種群、居群間的演化過程。