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基于網絡藥理學的僵蠶主要藥效作用研究?

2021-03-31 10:38:38權浩浩張曉鳳
西部中醫(yī)藥 2021年3期
關鍵詞:僵蠶槲皮素靶標

權浩浩,張曉鳳,高 凱,杜 霞

1 陜西中醫(yī)藥大學,陜西 咸陽712046;2 陜西省中醫(yī)醫(yī)院;3 陜西省中醫(yī)藥研究院

僵蠶,亦稱白僵蠶、天蟲、僵蟲、白僵蟲,首見于《神農本草經》,為蠶蛾科昆蟲家蠶(Bombyx moriL)4~5 齡的幼蟲感染(或人工接種)白僵菌[Beauveria bassiana(Bas.)Vuillant]而致死的干燥體,多于春、秋季產生[1]。性味咸、辛、平,具有祛風定驚、化痰散結的功效。僵蠶單獨使用或與其他中藥配伍廣泛應用于中醫(yī)臨床,涉及內、外、婦、兒各科,主治驚風抽搐、咽喉腫痛、皮膚瘙癢、頜下淋巴結炎、面神經麻痹等。僵蠶的主要化學成分為蛋白質、多肽、氨基酸、黃酮、有機酸和衍生物、甾體、微量元素等,主要具有抗凝血、抗驚厥、抗腫瘤、降低血糖等藥理活性[2],但具體作用機制尚不清楚。

網絡藥理學是在高通量組學數據分析、計算機模擬計算及網絡數據庫檢索的基礎上,進行生物網絡的構建與分析,進而進行藥物作用機制的研究及創(chuàng)新藥物的發(fā)現。該方法從藥物、靶點與疾病間相互作用的整體性和系統性出發(fā),采用復雜網絡模型表達和分析研究對象的藥理學性質,特別適宜研究中藥多成分、多靶點的作用關系,有利于揭示中藥復雜作用機制[3-7]。本研究基于網絡藥理學方法,利用靶標識別、京都基因及基因組百科全書(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路分析及網絡構建等對僵蠶的藥效成分及主要藥理作用進行探究,為該藥及其方劑的研究和臨床應用提供依據。

1 材料與方法

1.1 化學成分收集采用化學專業(yè)數據庫(http://www.organchem.csdb.cn/scdb/default.htm)及文獻挖掘等方式,對僵蠶成分進行收集,并結合文獻信息做適當增補刪減,建立僵蠶化學成分數據庫。

1.2 靶標識別及疾病關聯通過PubChem(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/)數據庫查找、下載所有化合物結構,利用中藥網絡藥理學數據庫和分析平臺(TCMSP)(http://lsp.nwu.edu.cn/tcmsp.php)、Swiss Target Prediction 數據庫(http://www.swisstargetprediction.ch/)作用靶點預測模型預測上述成分的作用靶點。其中利用化合物結構在Swiss Target Prediction 預測的靶點,依據可能性由大到小,選取前15 個靶點,利用TCMSP預測的靶點全部保留。由Uniprot(http://www.uniprot.org/)數據庫檢索獲取所有靶標的基因信息,將靶標名稱轉化為標準的基因名稱,然后通過查找TTD、DisGeNET 等生物信息庫,同時結合僵蠶現代藥理作用研究將靶標映射在相關疾病中,進而得到相關疾病的靶標。

1.3 網絡的構建及分析基于上述所獲得的藥材、僵蠶成分、靶點信息、疾病關聯等數據,采用Cytoscape3.2.1 進行“藥材-成分-靶標-疾病”網絡構建,并利用Cytoscape 中的插件network analyzer 分析網絡的拓撲性質,如:度值、介數中心值和緊密中心值等。

1.4 KEGG 通路富集分析利用DAVID 數據庫(https://david.ncifcrf.gov/)對所有靶點進行KEGG通路富集分析,將富集出的結果根據P<0.05并結合生物信息學,選取靶點較多的通路,以圖表形式呈現。

2 結果

2.1 化學成分收集共獲得僵蠶39 個化學成分,其中化學專業(yè)數據庫中檢索到29 個,另外10個來源于文獻挖掘,分別為槲皮素、山萘酚、谷氨酸、丙氨酸、纈氨酸、甘露醇、赤蘚酸、尿嘧啶、β-谷甾醇、胡蘿卜苷[8]。

2.2 靶標識別與疾病關聯利用TCMSP、Swiss Target Prediction 靶點識別模型預測上述成分的作用靶點,39種成分共對應939個靶點(去重后415 個)。通過查找TTD、DisGeNET 等生物信息庫將靶點映射于相應疾病。根據文獻報道,僵蠶具有抗驚厥、抗癌、降低血糖、血脂等藥理作用,并通過抗炎、調整免疫治療支氣管哮喘、疼痛類疾病[8-9]?;诖?,將糖尿病、哮喘、腫瘤、疼痛相關疾病等作為研究重點,最終確定了與以上4 類疾病相關的靶點共351個(去重后224個),其中與糖尿病相關82 個,哮喘相關47 個,疼痛類疾病65個,腫瘤相關157 個,所有靶點以其基因名作為標記。

2.3 藥材-成分-靶點-疾病網絡的構建及分析采用Cytoscape 3.2.1 軟件構建“藥材-化合物-靶點-疾病”網絡圖,綠色圓形點代表僵蠶,藍色菱形點代表化合物,紫色三角形點代表靶標,紅色六邊形點代表疾病。該網絡共有459 個節(jié)點(其中,藥材1個,化合物39個,靶標415個,疾病4個),1330 條邊。利用network analyzer 插件分析網絡的度值、介數中心值和緊密中心值3 個拓撲學性質參數,3 項值均高于平均值的化合物27個,靶標20個。Degree值排名前六的化合物分別是槲皮素、山奈酚、丙氨酸、天門冬氨酸、β-谷甾醇、谷氨酸。其中,槲皮素(degree=151)和山奈酚(degree=64)的度值遠遠高于其他化合物,屬黃酮類化合物,具有抗炎、抗氧化、抗病毒、抗腫瘤、降低血糖、血脂等多種生物活性作用[10-11]。見表1、圖1。

表1 僵蠶的主要活性化合物信息

圖1 僵蠶-成分-靶點-疾病網絡

相關研究表明:槲皮素可通過減輕大鼠外周胰島素抵抗、降低機體氧化應激水平、增加骨骼肌細胞表面GLUT4 表達、增強肝臟丙酮酸激酶活性、抑制胰島細胞凋亡等諸多途徑發(fā)揮降低糖尿病大鼠血糖的作用[12-14]。史麗穎等[15]發(fā)現:槲皮素組大鼠血清白三烯(leukotriene,LT)和IgE含量、肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid,BALF)和全血嗜酸性粒細胞(eosinophils,EOS)的數量及肺組織炎癥面積均較低,并推測槲皮素通過抑制炎性介質釋放、降低炎性反應而發(fā)揮抗速發(fā)型過敏反應的作用。吳剛等[16]證明白僵菌素對支氣管哮喘模型小鼠的氣道炎癥有抑制作用,能減少炎癥因子的表達,可能促進炎癥細胞凋亡。有文獻[17]表明:槲皮素可通過抑制癌細胞增殖、增強藥物及放射敏感性、逆轉耐藥性、抑制癌細胞遷移和侵襲、誘導癌細胞自噬等機制發(fā)揮抗癌作用,在體外可對多種癌細胞產生抑制作用。程杏安等[18]證實僵蠶所含成分β-谷甾醇和棕櫚酸具有抗腫瘤活性作用,并呈現濃度依賴性。

槲皮素可能通過Wnt/β-catenin 通路抑制疼痛相關分子的表達,從而緩解神經病理性疼痛[19]?;钚匝酰╮eactive oxygen species,ROS)可減少脊髓神經元γ-氨基丁酸(gamma-aminobutyric acid,GABA)釋放,從而增強神經性疼痛[20],而槲皮素能清除過量的活性氧、從而減輕大鼠坐骨神經慢性縮窄性損傷模型的機械痛敏和熱敏效應[21]。本研究顯示20 個關鍵靶標Degree 值排名前六的靶標分別是PTGS2(degree=25)、OPRM1(degree=20)、CTSD(degree=18)、HDAC1(degree=16)、F2(degree=13)、PTGS1(degree=12),表示分別與25、20、18、16、13、12個化合物相連接。其中PTGS1和PTGS2 是前列腺素內源性過氧化物合酶(prostaglandin G/H synthase,PTGS)的2 個異構酶:結構性(PTGS1、COX-1)和誘導性(PTGS2、COX-2),PTGS2 又稱為環(huán)氧化酶,是生成前列腺素的關鍵酶,屬即刻早期反應基因,在靜息細胞及正常生理狀態(tài)下多數組織內檢測不到其表達,但如炎性反應、激素、腫瘤啟動子被高度誘導,從而催化花生四烯酸產生多種前列腺素類物質,導致疼痛和炎癥反應[22]。同時,PTGS 及其產物參與機體腫瘤新生、血壓調節(jié)、炎癥反應、凝血平衡等多種生理和病理過程[23],涉及多種疾病。組織蛋白酶D(cathepsin D,CTSD),主要表達于血管內皮細胞和纖維母細胞,是一種具有多種生物功能的蛋白水解酶,參與調解細胞的凋亡、細胞增殖、細胞基質退化和血管的生成等[24]。凝血酶原F2 在維持血液穩(wěn)態(tài)、炎癥反應及傷口愈合中均有重要的調節(jié)作用[25]。見表2。

2.4 KEGG 通路富集分析對糖尿病、哮喘、腫瘤、疼痛類疾病相關的靶點分別進行通路富集分析,初步結果顯示:與糖尿病相關的靶點共富集在60條通路上,與哮喘相關的靶點共富集在19條通路上,與腫瘤相關的靶點共富集在116 條通路上,與疼痛相關的靶點富集在20 條通路上。根據P<0.05,并結合生物信息學,選取靶點數較多的前10條通路,以圖表的形式呈現。見圖2。

表2 僵蠶關鍵靶標信息

圖2 KEGG通路富集結果

圖2A 顯示:糖尿病相關的基因主要富集在代謝通路、神經活性配體-受體相互作用、PI3K-Akt信號通路等通路上,分別富集了18、14、9 個基因。其中代謝通路富集的靶點數目最多,分布了XDH、CYP3A4、GATM、PTGS2、GLUD1、PTGS1、ACACA、ADH1C、ADH1B、CYP1A2、GOT2、DGAT1、PYGM、MAT1A、GFPT1、MGAM、AKR1B1、HSD11B1 等18 個靶點。圖2B 顯示:哮喘相關的基因主要富集在神經活性配體-受體相互作用、鈣信號通路、cAMP 信號通路等通路上,分別富集了15、9、7 個基因。其中OPRM1、PTGER3、PTGER4、TRPV1、TACR2、DRD2、GRIK2、TACR1、PRSS1、OXTR、GRM1、ADORA1、ADRB2、CHRM4、CHRM2 等15 個基因分布在神經活性配體--受體相互作用通路上。圖2C 顯示:腫瘤相關的基因主要是富集在癌癥通路、神經活性配體-受體相互作用、PI3K-Akt信號通路等通路上,3 條通路分別富集了39、25、20 個基因。其中XIAP、PTGS2、BCL2、EGFR、AR、TP53、RAF1、BIRC5、PRKCB、MAPK1、JAK1、MAPK8 等39個基因富集在癌癥通路上。圖2D顯示:疼痛相關的基因主要富集在神經活性配體-受體相互作用、鈣信號通路、cAMP 信號通路等通路上,分別有25、14、7 個基因富集在相關通路上。其中OPRM1、GABRA2、DRD1、GABRA1、PTGER3 等25 個基因富集在神經活性配體-受體相互作用通路上。細胞色素P450 酶(CYP3A4)在激素合成分解、膽固醇合成和維生素D 代謝方面扮演重要角色[26]。劉鑫馗等[27]運用網絡藥理學方法構建四君子湯的作用靶點-疾病網絡,發(fā)現PTGS2 參與了包括阿爾茨海默癥、炎癥、痛癥、乳腺癌、前列腺癌等諸多疾病發(fā)生、發(fā)展過程。B 細胞淋巴瘤2 具有抑制凋亡和促進凋亡兩種截然相反的生物學效應,其在調節(jié)細胞凋亡、腫瘤發(fā)生以及對抗癌細胞反應等方面發(fā)揮重要作用[28]。表皮生長因子受體對腫瘤細胞生長、細胞增殖、血管生成、腫瘤細胞侵襲、轉移及細胞凋亡均有一定的調節(jié)作用[29]。

綜上所述,僵蠶可通過多成分、多靶點、多通路治療糖尿病、哮喘、腫瘤、疼痛類疾病。

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