張鑫 周曉今 逄森 李素貞 黃家興 陳茹梅
(1.中國農(nóng)業(yè)大學理學院應用化學系,北京 100193;2.中國農(nóng)業(yè)科學院生物技術(shù)研究所,北京 100081)
除吸收鐵(Fe)和鋅(Zn)等元素以滿足自身生長需求外,植物還會從土壤中獲取諸如銅(Cu)、錳(Mn)、鎳(Ni)、鈷(Co)和鎂(Mg)等金屬元素。它們是植物行使各種生理生化功能所必須的元素,其攝入不足會造成營養(yǎng)缺乏性疾?。?]。其中Zn是許多蛋白質(zhì)的關(guān)鍵輔助因子,在細胞生長、發(fā)育和分化等過程中均發(fā)揮重要作用[2-3],充足的Zn有利于提高作物產(chǎn)量[4];Cu是植物必需的微量元素,參與光合作用、呼吸作用、解毒和氧化還原等生理過程[5];Mn參與組成植物光合蛋白和酶的主要結(jié)構(gòu),缺乏會導致光合系統(tǒng)II的損傷并阻斷電子傳遞[6-7]。由此可見,適量的金屬有益于植物體的生長發(fā)育,但其過量積累可對植物產(chǎn)生毒害作用。重金屬含量的增加可以通過多種機制對細胞造成損害[8],而且并未發(fā)現(xiàn)鎘(Cd)、鎵(Ga)、金(Au)、鉛(Pb)、鋰(Li)、汞(Hg)、銀(Ag)、錫(Sn)和鈾(U)等重金屬在植物體中參與特定的生物功能,因此它們被認為是植物生存的非必需金屬元素[9]。近年來,由于重金屬向環(huán)境的排放日漸嚴重,在水稻等作物中檢出了過量的Cd和砷(As)。其中,以Cd在植物中的富集尤為常見[10],因為其通常會被Fe、Zn等金屬的轉(zhuǎn)運體轉(zhuǎn)運并儲藏在植物體內(nèi)。因此,開展植物對重金屬元素的吸收和運輸機理研究,對于提高作物品質(zhì)和減少可食用部位的重金屬元素含量具有重要的理論和實際意義。
煙酰胺(Nicotianamine,NA)最初在煙草中發(fā)現(xiàn)的一種非蛋白氨基酸[11],由三分子蛋氨酸經(jīng)煙酰胺合成酶合成而來[12]。NA可作為金屬螯合劑輔助亞鐵離子(Fe2+),錳離子(Mn2+),鋅離子(Zn2+)和銅離子(Cu2+)等金屬離子在植物體內(nèi)長距離運輸[13-16]。此外,NA也是植物鐵載體(Phytosiderophores,PS)合成的前體[17-18]。通過轉(zhuǎn)基因技術(shù)提高水稻中NA和植物鐵載體的濃度可增加胚乳中Zn和Fe含量,同時發(fā)現(xiàn)這些轉(zhuǎn)基因株系中Cd的濃度降低,表明NA及PS的合成與分泌也可調(diào)節(jié)Cd在植物體內(nèi)的儲存[19]。NA外排轉(zhuǎn)運體(EFFLUX TRANSPORTER of NA 1,ENA1)首次在卵母細胞中被發(fā)現(xiàn)具有轉(zhuǎn)運NA的能力[20]。缺Fe會誘導ENA1基因在根中上調(diào)表達;在正常營養(yǎng)液培養(yǎng)下,OsENA1過表達轉(zhuǎn)基因幼苗的根毛多于野生型,而在高濃度Zn營養(yǎng)液中根毛數(shù)目并無差異[21]。以上研究表明,ENA1可能對植物體內(nèi)金屬元素的穩(wěn)態(tài)方面有一定的調(diào)節(jié)作用。在擬南芥(Arabidopsis)中發(fā)現(xiàn)了植物鐵載體轉(zhuǎn)運體(TRANSPORTER of MUGINEIC ACIDS 1,TOM1)的同源蛋白ZINCINDUCED FACILITATOR 1(ZIF1),其編碼基因表達受Zn和Mn的誘導,并且ZIF1的突變體對Cd敏感[22]。此外,在過表達ZIF1的擬南芥植株中出現(xiàn)脈間黃化的表型,且轉(zhuǎn)基因幼苗地上部分Zn的含量比野生型植株顯著降低[22-23]。綜上可見,影響NA的轉(zhuǎn)運可能對各類金屬元素的分布和儲存產(chǎn)生不同影響。
ENA1作為NA的轉(zhuǎn)運體在植物體內(nèi)的金屬元素的平衡方面有重要作用,但玉米的ENA1未見相關(guān)報道。我們前期研究發(fā)現(xiàn),玉米(Zea mays.L)中的ZmENA1(Zm00001d052532)與水稻(Oryza sativa.L)中的ENA1同源性最高,并且發(fā)現(xiàn)ZmENA1表達量對Fe的響應非常明顯。因此,本研究克隆了玉米 ZmENA1的開放閱讀框(ORF),分析了其蛋白序列特征,并通過熒光定量技術(shù)分析了ZmENA1在籽粒發(fā)育過程中的時空表達,以及在不同金屬離子濃度下的表達模式,為深入研究ZmENA1通過應答植物自身發(fā)育與環(huán)境金屬元素信號以調(diào)節(jié)NA分泌和金屬離子轉(zhuǎn)運和儲藏的分子機理提供一定依據(jù)。
1.1.1 植物材料 本試驗所用種子由中國農(nóng)業(yè)科學院生物技術(shù)研究所保存。玉米B73自交系材料種植于中國農(nóng)業(yè)科學院生物技術(shù)研究所試驗田(河北省廊坊萬莊)。玉米B73自交系幼苗材料置于28℃和光暗比16 h /8 h的培養(yǎng)箱中進行培養(yǎng)。
1.1.2 試驗試劑 RNA 提取試劑盒、cDNA第一鏈的合成試劑盒以及 B 載體試劑盒均購自北京全式金生物公司;KOD高保真酶購自東洋紡公司;實時熒光定量 TB GreenTMPremix EX TaqTM購自 TaKaRa 公司;引物合成和測序工作由北京奧科鼎盛生物科技有限公司完成;大腸桿菌感受態(tài)細胞 DH5α 購自北京擎科生物科技有限公司;Hoagland 營養(yǎng)液購自北京酷來搏科技有限公司;瓊脂糖膠 DNA 回收試劑盒購自上海博彩生物科技有限公司;大提質(zhì)粒試劑盒購自 Promega 公司;其它試劑均為國產(chǎn)分析純。
1.2.1 材料處理 取授粉后4 DAP和10 DAP 的玉米籽粒,此外分別取12 DAP、16 DAP、20 DAP、24 DAP、26 DAP和28 DAP玉米胚乳和種皮的混合部分以及胚。對于不同金屬濃度下幼苗的處理,首先將玉米種子利用卷紙法在清水中進行萌發(fā),待長到三葉期放入標準 Hoagland 營養(yǎng)液中培養(yǎng)至三葉一心期,隨后進行金屬處理:標準 Hoagland 營養(yǎng)液(對照),在標準Hoaglang營養(yǎng)液基礎上將個別金屬離子濃度分別配制為 c(Zn2+):200 μmol/L、c(Mn2+):500 μmol/L、c(Cu2+):500 μmol/L、c(Cd2+):500 μmol/L以及分別缺 Zn、Mn 和 Cu 的營養(yǎng)液,并取不同處理時間幼苗的地下部和地上部,液氮速凍存于-80℃。
1.2.2 ZmENA1的克隆將材料進行液氮速凍研磨,并按照RNA提取試劑盒說明書進行總RNA提取,利用瓊脂糖凝膠電泳檢測RNA的完整性。然后以 RNA 為模板參照逆轉(zhuǎn)錄試劑盒說明書反轉(zhuǎn)錄成cDNA第一鏈。以逆轉(zhuǎn)錄獲得cDNA為模板,應用上游引物:5'-ATGGGCGGGGATGCGGCG-3'和下游引物5'- ATGGTCTGGTCCATTTTGCCAGT -3',KOD 高保真酶擴增獲得ZmENA1基因的ORF,擴增程序為:94℃預變性1 min;98℃變性10 s,68℃退火及延伸45 s,35個循環(huán);68℃延伸10 min。
用1.2%瓊脂糖凝膠電泳檢測PCR擴增產(chǎn)物,回收目的條帶,與B載體連接,采用熱激法與大腸桿菌感受態(tài)細胞 DH5α 進行轉(zhuǎn)化,在含有 IPTG和 X-gaL 的LB平板中進行涂布培養(yǎng)并挑取白色單克隆,隨后將單克隆在液體培養(yǎng)基中培養(yǎng),經(jīng)菌液PCR 驗證成功后送奧科鼎盛生物有限公司測序。
1.2.3 ZmENA1 的生物信息學分析 利用蛋白質(zhì) 數(shù) 據(jù) 庫(https://www.expasy.org/resources)分析ZmENA1的氨基酸序列特性;利用 ExPASy 的SOPMA 工具(https://npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_sopma.html)對蛋白質(zhì)的二級結(jié)構(gòu)進行預測;通過ExPASy 的 SWISS-MODEL 構(gòu)建蛋白質(zhì)三級結(jié)構(gòu);通過 NetPhos 在線工具(http://www.cbs.dtu.dk/services/NetPhos/)對 ZmENA1 的磷酸化位點進行預測;通過 SignaIP 預測工具(http://www.bioxyz.net/signal-peptide/index.html)對 ZmENA1 的信號肽進行預測;通過TMHMM Server 2.0跨膜分析 網(wǎng) 站(www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM-2.0/)對ZmENA1的跨膜區(qū)進行預測。
1.2.4 ZmENA1的實時熒光定量表達分析參照TaKaRa公司SYBR?Fast qPCR Mix試劑盒說明書進行實時熒光定量檢測ZmENA1 的表達模式。利用Primer 3.0(http://bioinfo.ut.ee/primer3-0.4.0/)網(wǎng)站設計基因特異引物(F:5'-GGACCAGACCATGACTCCAG-3',R:5'-GGCAAGCCCTATGTTGTTGG-3')進行實時熒光定量試驗。以玉米Actin1基因為內(nèi)參(F:5'-ATGTTTCCTGGGATTGCCGAT-3',R:5'-CCAGTTTCGTCATACTCTCCCTTG-3')。實時熒光定量擴增程序為:94℃預變性30 s;94℃變性5 s,68℃退火及延伸34 s,40個循環(huán);溶解曲線程序根據(jù)QuantStudio 1儀器設定。實時熒光定量數(shù)據(jù)通過2-ΔΔCt法計算相對表達量。
本實驗室前期研究發(fā)現(xiàn),ZmENA1是水稻中OsENA1的同源蛋白,并且該基因的表達量對環(huán)境中 Fe 濃度有一定的響應。我們依據(jù)B73數(shù)據(jù)庫中預測的 ZmENA1 基因的ORF區(qū)域進行引物設計,隨后PCR擴增,并對PCR擴增產(chǎn)物進行瓊脂糖凝膠電泳檢測,圖1 所示在1 300 bp 左右出現(xiàn)特異條帶,且大小與預測的 ORF 序列長度1 356 bp 相近。將目的條帶回收并連接載體測序,結(jié)果表明獲得了正確的ZmENA1 克隆且其核苷酸序列與玉米 B73 序列一致。
圖1 ZmENA1基因的克隆
2.2.1 理化性質(zhì)的分析 網(wǎng)站預測 ZmENA1 蛋白長度為 452 個氨基酸,含有 14 個外顯子和 13 個內(nèi)含子,蛋白質(zhì)分子大小為 48.998 kD,理論等電點為8.06。亮氨酸(Leu)、丙氨酸(Ala)、絲氨酸(Ser)、纈氨酸(Val)、異亮氨酸(IIe)和甘氨酸(Gly)在所有氨基酸組成中出現(xiàn)頻率較高,分別為 12.2%,11.7%,9.5%,8.2%,8.0%,6.6%,但組氨酸(His)、天冬酰胺(Asn)、半胱氨酸(Cys)和色氨酸(Trp),出現(xiàn)頻率較低,分別為 0.7%,0.9%,1.5%,1.5%。
2.2.2 二級結(jié)構(gòu)和三級結(jié)構(gòu)預測 通過 ExPASy 的SOPMA 在線工具進行蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)的預測,從圖2-A 可以看到ZmENA1 蛋白質(zhì)中二級結(jié)構(gòu)比較豐富,其中 α 螺旋所占比例最高,達到 53.98%,延伸鏈和不規(guī)則卷曲分別占 11.95% 和 28.98%。通過 ExPASy的 SWISS-MODEL 在線工具預測蛋白質(zhì)三級結(jié)構(gòu),從圖2-B 中也可觀察到α 螺旋所占比例較大,與二級結(jié)構(gòu)預測結(jié)果吻合,推測該蛋白可能含有 DNA 結(jié)合基序。
2.2.3 磷酸化位點分析 通過 ExPASy 的 NetPhos在線工具對蛋白質(zhì)磷酸化位點進行預測,圖3 中可以觀察到該蛋白具有 2 個酪氨酸位點,蘇氨酸和絲氨酸位點各一個。推測這些位點的磷酸化可能影響ZmENA1 蛋白質(zhì)的活性。
圖2 ZmENA1 蛋白的二級和三級結(jié)構(gòu)預測
圖3 ZmENA1 蛋白磷酸化位點預測
2.2.4 跨膜結(jié)構(gòu)域和信號肽分析 通過 TMHMM Server 2.0 在線分析工具對 ZmENA1 蛋白的跨膜區(qū)進行預測,如圖4-A 所示,該蛋白存在 10 個跨膜區(qū),并且有一個典型的 MFS(Major facilitator superfamily)家族結(jié)構(gòu)域,屬于跨膜蛋白。此外,通過在線工具預測了 ZmENA1 蛋白的信號肽,如圖4-B 所示,該蛋白的 N 端具有一個信號肽,推測該蛋白可能定位在細胞膜和某種亞細胞結(jié)構(gòu)上。
從圖5 可以看出,ZmENA1 在玉米籽粒的發(fā)育過程中均有一定的表達,在玉米籽粒的發(fā)育前期表達較弱,但在中期有所升高并在 16 DAP 到達峰值,隨后其表達量有所降低。此外,ZmENA1 在籽粒發(fā)育中后期胚乳和種皮中的表達量高于胚(16 DAP-28 DAP),推測該基因可能參與了金屬離子在種皮至胚乳中的運輸與儲藏。
通過培養(yǎng)液中不同金屬離子濃度的處理,研究了 ZmENA1 對環(huán)境中各個金屬元素的應答模式。如圖6 所示,高濃度的 Zn、Mn 和 Cd 均會在一定程度上誘導玉米幼苗根中 ZmENA1 的表達,同時也發(fā)現(xiàn)缺 Zn 也可誘導根中 ZmENA1 的表達。與此不同的是,缺 Zn 和缺 Mn 均可在一定程度上抑制 ZmENA1在玉米幼苗地上部的表達。此外,缺 Cu 處理早期(24 h和48 h)ZmENA1 的表達在地上和地下部分均下調(diào),但在處理后期(96 h)的地下部其表達再次升高。高濃度的金屬離子誘導ZmENA1 在根中表達和低濃度金屬離子的地上部抑制表明 ZmENA1 可能對 NA 的轉(zhuǎn)運以及金屬的儲藏有一定的作用。
圖4 ZmENA1 蛋白跨膜區(qū)和信號肽預測
圖5 ZmENA1 在籽粒發(fā)育過程中的表達
NA 在調(diào)節(jié)植物體內(nèi)金屬離子的轉(zhuǎn)運方面起著重要作用。前期研究發(fā)現(xiàn),在煙草中持續(xù)表達 NAAT造成 NA 含量減少,并導致葉脈間 Fe、Zn、Cu 和Mn 等金屬元素的變化[16]。在擬南芥中過量積累 NA會增加植株對 Ni 的耐受性[24]。ENA 是 NA 的轉(zhuǎn)運體,并且在 2019 年發(fā)現(xiàn) OsENA1 主要定位在水稻根系細胞的質(zhì)膜,同時它也在細胞質(zhì)的囊泡中存在,推測其對于不同細胞間以及細胞內(nèi)不同區(qū)室間 NA的轉(zhuǎn)運具有重要意義[21]。然而,目前對于 ENA 的研究較少。本研究中克隆了玉米 ZmENA1 基因,其具有一個典型的 MFS 家族結(jié)構(gòu)域,同時含有信號肽以及跨膜區(qū),因此推測 ZmENA1 可能具有在細胞間及細胞內(nèi)膜系統(tǒng)間轉(zhuǎn)運 NA 的功能。此外,我們發(fā)現(xiàn) ZmENA1 含有潛在的磷酸化位點。已有研究報道蛋白磷酸化可調(diào)控蛋白的穩(wěn)定性或者活性,因而推測 ZmENA1 的穩(wěn)定性或功能可能受到蛋白磷酸化的翻譯后調(diào)控[25]。
研究表明 NA 的積累受到環(huán)境中各金屬元素含量的調(diào)控,同時植物體內(nèi) NA 含量的變化也影響植物對金屬元素的吸收和運輸。首先,NAS 的表達以及 NA 的合成可應答于環(huán)境中金屬元素濃度的變化。小麥中存在的兩類 TmNAS 基因在高鋅和缺鋅條件下表現(xiàn)出不同的表達模式[26];甘藍在外界缺 Cu 的環(huán)境下會導致韌皮部中 NA 含量的增加[27]。其次,調(diào)節(jié) NA 的合成也可影響植物對多種金屬元素的運輸和積累。在水稻、大豆和甘薯中過表達 NAS 以增加 NA 的含量可影響 Zn 含量[28],在煙草或擬南芥中過表達 NAS 均可增加轉(zhuǎn)基因植株對 Ni 的耐受性[24,29]。水 稻 的 黃 色 條 紋 樣 蛋 白(YELLOW STRIPE LIKE,OsYSL2)定位于質(zhì)膜上并可以運輸Fe2+-NA 和 Mn2+-NA 復合物,在 OsYSL2-RNAi 轉(zhuǎn)基因植株的胚乳中發(fā)現(xiàn) Fe 和 Mn 含量降低[30]。相似的是,敲除 OsYSL6 導致水稻共質(zhì)體中 Mn 含量減少以及質(zhì)外體中 Mn 含量增加,表明 NA 也參與植物體內(nèi) Mn的轉(zhuǎn)運[31]。此外,最新的研究發(fā)現(xiàn)調(diào)節(jié) NA 的分泌也可影響植物器官的發(fā)育,且這一影響受到環(huán)境 Zn含量的調(diào)節(jié)。相較于野生型,過表達 OsENA1 的轉(zhuǎn)基因水稻幼苗根長更短且根毛更多,而在高 Zn 環(huán)境下則觀察不到這一表型[21]。以上研究均表明 NA合成和轉(zhuǎn)運基因的表達會影響植物體內(nèi)的金屬元素含量。
圖6 ZmENA1對不同濃度金屬元素的響應表達
綜上可知 NA 在植物金屬元素吸收及轉(zhuǎn)運過程中具有重要作用。因此,本研究針對玉米中介導 NA運輸?shù)?ZmENA1 開展研究,在克隆獲得該基因的基礎上分析在不同環(huán)境金屬元素條件下 ZmENA1 的表達應答模式,以此推測其調(diào)控的 NA 分泌對各種金屬元素運輸和儲存的影響。結(jié)果發(fā)現(xiàn)高濃度的 Zn、Mn 和 Cd 均可在不同程度上誘導根中 ZmENA1 的表達,推測在金屬脅迫下,ZmENA1 通過轉(zhuǎn)運 NA 進入囊泡以促進金屬元素在囊泡中的積累,以此緩解細胞毒性。缺 Zn 和缺 Mn 處理可在一定程度上抑制玉米幼苗地上部分 ZmENA1 的表達,由此推測當環(huán)境中這些必需金屬元素缺乏時,植物可能通過降低 ZmENA1 表達以減少 NA 外排,從而抑制金屬元素在各組織中的轉(zhuǎn)運,以此滿足在生長發(fā)育關(guān)鍵組織中的優(yōu)先積累。此外,我們還發(fā)現(xiàn)缺 Cu 早期整株 ZmENA1 的表達被抑制,而延長處理時間后根中ZmENA1 的表達再次升高,暗示 ZmENA1 對于 Cu的響應機制是復雜的。此外,ZmENA1 在玉米胚以及胚乳和種皮混合物中有一定表達,推測其在籽粒發(fā)育過程中金屬元素的儲藏方面起到一定作用。綜上,本研究發(fā)現(xiàn) ZmENA1 的表達可應答于環(huán)境中的多種金屬元素濃度改變,表明植物體內(nèi) ZmENA1 介導的 NA 運輸對于調(diào)節(jié)多種金屬元素的平衡十分關(guān)鍵,并且 ZmENA1 作為 NA 的轉(zhuǎn)運體可能參與了胚與糊粉層中的金屬元素的運輸和儲存,但其機制有待深入研究。
玉米的 ZmENA1 具有典型的 MFS 保守結(jié)構(gòu)域,屬于 MFS 家族蛋白。ZmENA1 在玉米胚乳和種皮混合部分以及在胚中均有一定的表達,推測其可能參與了籽粒發(fā)育過程中的金屬離子轉(zhuǎn)運。此外,ZmENA1 的表達對環(huán)境中 Zn2+、Mn2+、Cu2+以及 Cd2+的不同濃度有一定的響應,推測 ZmENA1在金屬離子轉(zhuǎn)運和儲存方面發(fā)揮了一定的作用。