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基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的茵陳五苓散防治肝纖維化機(jī)制研究

2020-11-18 11:01王錚孫明瑜
世界中醫(yī)藥 2020年19期
關(guān)鍵詞:經(jīng)方肝纖維化網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)

王錚 孫明瑜

摘要?目的:通過(guò)網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法探索茵陳五苓散防治肝纖維化的作用機(jī)制。方法:通過(guò)TCMSP數(shù)據(jù)庫(kù)檢索茵陳五苓散的主要活性成分;通過(guò)檢索CTD數(shù)據(jù)庫(kù)選肝纖維化的疾病靶點(diǎn);匹配藥物-疾病靶點(diǎn),應(yīng)用Cytoscape軟件構(gòu)建中藥-成分-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò);運(yùn)用STRING軟件構(gòu)建蛋白質(zhì)互作用(PPI)網(wǎng)絡(luò),并將結(jié)果可視化;使用DAVID數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行GO功能富集分析和KEGG通路分析。結(jié)果:獲取茵陳五苓散防治肝纖維化主要活性成分46個(gè),作用靶點(diǎn)84個(gè);網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)表明,茵陳的活性成分具有最大的總度值;GO功能富集分析和KEGG通路分析獲取GO條目35個(gè),信號(hào)通路14條。結(jié)論:茵陳五苓散可能是通過(guò)Fc epsilon RI等信號(hào)通路調(diào)控IL6、TNF與PTGS2等靶點(diǎn)減輕炎性反應(yīng)并減少細(xì)胞外基質(zhì)沉積發(fā)揮抗肝纖維化作用的,而中藥茵陳與活性成分槲皮素可能在這之中發(fā)揮主要作用。

關(guān)鍵詞?網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué);茵陳五苓散;肝纖維化;經(jīng)方;中醫(yī)藥

Abstract?Objective:To explore the mechanism of Yinchen Wuling Powder on liver fibrosis based on network pharmacology. Methods:The main active ingredients of Yinchen Wuling Powder was searched through TCMSP database. The disease target of liver fibrosis was searched by the CTD database; the drug-disease target was matched, Cytoscape software was used to build a traditional Chinese medicine-component-target network; STRING software was used to build a protein interaction (PPI) network, and the results were visualized; DAVID database was used perform GO function enrichment analysis and KEGG pathway analysis. Results:A total of 46 main ingredients and 84 targets of Yinchen Wuling Powder were obtained; network data indicated that active compounds of Herba Artemisiae Scopariae had the highest degree in total; and there were 35 GO terms and 14 signaling pathways in the GO and KEGG pathway analysis. Conclusion:Yinchen Wuling Powder may regulate IL6, TNF, PTGS2, etc. via pathways like Fc epsilon RI signaling pathway to reduce extracellular matrix deposition having an anti-liver fibrosis effect, and Chinese medicine Herba Artemisiae Scopariae and the active ingredient quercetin may play a major role.

Keywords?Network pharmacology; Yinchen Wuling Powder; Liver fibrosis; Classical prescription; Traditional Chinese medicine

中圖分類(lèi)號(hào):R285.5文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼:Adoi:10.3969/j.issn.1673-7202.2020.19.003

持續(xù)的肝損傷會(huì)導(dǎo)致肝內(nèi)膠原沉積,形成肝纖維化[1]。肝纖維化是肝硬化、肝癌等諸多重大肝病的必經(jīng)病理過(guò)程[2]。然而,目前臨床上尚無(wú)注冊(cè)適應(yīng)證為肝纖維化的特異性藥物[3]。但中醫(yī)藥在肝纖維化防治方面體現(xiàn)出獨(dú)特優(yōu)勢(shì)。研究表明,經(jīng)方茵陳五苓散能夠改善大鼠肝纖維化模型的肝功能以及肝組織病理[4]。茵陳五苓散出自東漢張仲景所著《金匱要略》,由茵陳與五苓散(澤瀉、茯苓、豬苓、白術(shù)與桂枝)組成,常用于治療濕重于熱型黃疸。因此,本文擬從網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)角度入手,探究茵陳五苓散防治肝纖維化的具體作用機(jī)制。

1?材料與方法

1.1?茵陳五苓散主要活性成分的篩選及作用靶點(diǎn)的確定?本研究通過(guò)檢索Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform(TCMSP,http://lsp.nwu.edu.cn/tcmsp.php)數(shù)據(jù)庫(kù)獲取茵陳五苓散所有化學(xué)成分,并依照數(shù)據(jù)庫(kù)推薦方法,以口服生物利用度(Oral bioavailability,OB)≥30%&類(lèi)藥性(Drug-likeness,DL)≥0.18作為篩選標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行篩選,得到主要活性成分[5-7]。然后,通過(guò)PubChem(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/)數(shù)據(jù)庫(kù)繪制主要活性成分的三維結(jié)構(gòu)。最后,將三維結(jié)構(gòu)輸入SwissTargetPrediction(http://www.swisstargetprediction.ch/)軟件,通過(guò)其二維或三維結(jié)構(gòu)相似性預(yù)測(cè)主要活性成分靶點(diǎn)[8]。

1.2?肝纖維化疾病靶點(diǎn)收集?通過(guò)以主題詞“Fibrosis,Liver”檢索Comparative Toxicogenomics Database(CTD,http://ctdbase.org/),獲取目前已知的肝纖維化靶點(diǎn)列表[9]。

1.3?茵陳五苓散與肝纖維化靶點(diǎn)匹配及蛋白互作用網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建?將茵陳五苓散作用靶點(diǎn)與肝纖維化靶點(diǎn)逐一進(jìn)行匹配,繪制Venn圖,獲取茵陳五苓散防治肝纖維化靶點(diǎn)列表。然后,將該列表各靶點(diǎn)輸入STRING v11(https://string-db.org/)軟件,將Organism參數(shù)設(shè)置為“homo sapiens”,構(gòu)建蛋白互作用(Protein-protein Interactions,PPI)網(wǎng)絡(luò),并將該網(wǎng)絡(luò)導(dǎo)入Cytoscape v3.8.0軟件進(jìn)行繪圖[10-11]。

1.4?中藥-成分-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建?逐一匹配中藥-成分-靶點(diǎn)關(guān)系,并將列表導(dǎo)入Cytoscape軟件構(gòu)建網(wǎng)絡(luò),進(jìn)行繪圖,確定網(wǎng)絡(luò)節(jié)點(diǎn)、邊、度值等參數(shù)。

1.5?GO分析與KEGG通路分析?將靶點(diǎn)列表輸入Database for Annotation,Visualization and Integrated Discovery v6.8(DAVID,https://david.ncifcrf.gov/)數(shù)據(jù)庫(kù),進(jìn)行基因本體學(xué)(Gene Ontology,GO)與Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)通路富集分析[12-13]。

2?結(jié)果

2.1?茵陳五苓散主要活性成分的篩選及作用靶點(diǎn)?本研究通過(guò)檢索TCMSP數(shù)據(jù)庫(kù)并進(jìn)行篩選后,共獲取茵陳五苓散活性成分46個(gè),茵陳含有其中14個(gè),澤瀉含有8個(gè),茯苓含有15個(gè),豬苓含有10個(gè),桂枝含有7個(gè),白術(shù)含有7個(gè),存在2種中藥共有相同成分的情況。見(jiàn)表1。經(jīng)過(guò)二維與三維結(jié)構(gòu)比對(duì),預(yù)測(cè)茵陳五苓散存在藥物靶點(diǎn)共521個(gè)。

2.2?肝纖維化的疾病靶點(diǎn)篩選?在CTD數(shù)據(jù)庫(kù)中共檢索到肝纖維化相關(guān)靶點(diǎn)共1 029個(gè)。去重后,共得到955個(gè)肝纖維化相關(guān)靶點(diǎn)。

2.3?共同靶點(diǎn)篩選及互作網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建?通過(guò)繪制Venn圖,獲取茵陳五苓散與肝纖維化交集靶點(diǎn)84個(gè)。見(jiàn)圖1。然后,對(duì)此84個(gè)靶點(diǎn)構(gòu)建PPI網(wǎng)絡(luò)。見(jiàn)圖2。此網(wǎng)絡(luò)中,每個(gè)節(jié)點(diǎn)代表一個(gè)靶點(diǎn),每條邊代表一項(xiàng)靶點(diǎn)間互作用關(guān)系。此外,度值最高的3個(gè)節(jié)點(diǎn)分別為IL6(度值57)、TNF(度值49)與PTGS2(度值38)。見(jiàn)圖3。度值能夠表示一個(gè)節(jié)點(diǎn)在其所在網(wǎng)絡(luò)的重要性。

2.4?中藥-成分-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)?對(duì)茵陳五苓散組成中藥、所含主要活性成分與對(duì)應(yīng)靶點(diǎn)進(jìn)行網(wǎng)絡(luò)構(gòu)筑。見(jiàn)圖4。其中紫色節(jié)點(diǎn)代表茵陳五苓散組成中藥,紅色節(jié)點(diǎn)代表主要活性成分,藍(lán)色節(jié)點(diǎn)代表對(duì)應(yīng)靶點(diǎn)。此網(wǎng)絡(luò)中度值最高的3個(gè)主要活性成分分別為Cerevisterin(啤酒甾醇,度值34)、Ergosterol Peroxide(過(guò)氧麥角甾醇,度值30)與6-demethoxycapillarisin(6-去甲氧基茵陳色原酮,度值25);度值最高的3個(gè)對(duì)應(yīng)靶點(diǎn)分別為PTPN1(度值35),CYP17A1(度值31)與HMGCR(度值28)。見(jiàn)圖5。此外,計(jì)算表明,在茵陳五苓散中,茵陳的活性成分具有最高的總度值。同時(shí),在各個(gè)中藥的活性成分中,Quercetin(槲皮素)與重要靶點(diǎn)對(duì)接次數(shù)最多。

2.5?GO分析與KEGG通路分析?應(yīng)用DAVID v6.8進(jìn)行GO與KEGG通路富集分析,并進(jìn)行可視化。GO分析獲取GO條目35個(gè),其中生物過(guò)程(Biological Process,BP)的主要條目為蛋白質(zhì)水解(Proteolysis)、氧化還原過(guò)程(Oxidation-reduction Process)、炎性反應(yīng)(Inflammatory Response)等,細(xì)胞組分(Cellular Component,CC)的主要條目為漿膜(Plasma Membrane)、細(xì)胞外外泌體(Extracellular Exosome)、細(xì)胞外間隙(Extracellular Space)等,分子功能(Molecular Function)的主要條目為受體結(jié)合(Receptor Binding)、酶結(jié)合(Enzyme Binding)、絲氨酸類(lèi)型內(nèi)肽酶活性(Serine-type Endopeptidase Activity)等。見(jiàn)圖6A。KEGG通路分析獲取信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路14條,主要信號(hào)通路為Fc epsilon RI信號(hào)通路、TNF信號(hào)通路、Sphingolipid信號(hào)通路、Rap1信號(hào)通路等。見(jiàn)圖6B、圖7,表2。

3?討論

現(xiàn)代研究表明,茵陳五苓散能夠保肝利膽、降血脂與抗動(dòng)脈粥樣硬化,同時(shí)也具有抗過(guò)敏、抗炎、鎮(zhèn)痛,在肝炎、高血脂與痛風(fēng)性關(guān)節(jié)炎等作用[14]。此外,也有研究表明茵陳五苓散具有抗肝纖維化潛力[4]。因此,本文通過(guò)網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法對(duì)其抗肝纖維化的可能機(jī)制進(jìn)行了探索。

中藥復(fù)方成分復(fù)雜。本研究通過(guò)數(shù)據(jù)庫(kù)篩選已發(fā)現(xiàn)的茵陳五苓散成分,獲取易于人體利用的成分46個(gè)。在后續(xù)的實(shí)驗(yàn)中,相繼發(fā)現(xiàn)這些成分的作用靶點(diǎn)521個(gè),以及潛在的抗肝纖維化靶點(diǎn)84個(gè)。

在PPI分析中,重要的靶點(diǎn)有IL-6、TNF與PTGS2等。IL(interleukin,白細(xì)胞介素)-6是一種重要的細(xì)胞因子,能夠調(diào)控細(xì)胞的增殖、分化與特異性基因的表達(dá),并且在肝纖維化中發(fā)揮重要作用[15]。IL-6通過(guò)Fas通路促進(jìn)肝星狀細(xì)胞的活化,導(dǎo)致細(xì)胞外基質(zhì)過(guò)度沉積,加重肝纖維化程度[16]。TNF(tumor necrosis factor,腫瘤壞死因子)-α是巨噬細(xì)胞等免疫細(xì)胞分泌的多效性細(xì)胞因子,能夠促進(jìn)炎性反應(yīng)的發(fā)生發(fā)展[17]。而炎性反應(yīng)的存在會(huì)導(dǎo)致過(guò)度的肝再生,分泌過(guò)剩的細(xì)胞外基質(zhì),從而加重肝纖維化。PTGS2,其編碼蛋白COX(cyclooxygenase,環(huán)氧化酶)-2屬于誘導(dǎo)型酶,在受到各種刺激的情況下才會(huì)發(fā)生誘導(dǎo)表達(dá)。而COX-2抑制劑能夠通過(guò)抑制這個(gè)途徑參與炎性反應(yīng)、細(xì)胞增殖、血管增生等纖維化相關(guān)生理病理過(guò)程[18]。因此,茵陳五苓散可能是通過(guò)調(diào)節(jié)對(duì)應(yīng)靶點(diǎn)改善肝臟炎性反應(yīng)以發(fā)揮其抗纖維化效果的。

值得注意的是,在茵陳五苓散中,茵陳的活性成分具有最高的總度值,這提示在此方劑中,茵陳可能發(fā)揮主要作用。茵陳本身具有顯著抗肝纖維化作用,其能夠改善大鼠血清丙二醛與肝羥脯氨酸水平[19]。此外,茵陳具有良好的抗炎作用,其能夠抑制COX-2活性,組織巨噬細(xì)胞產(chǎn)生活性氧。也有研究表明,茵陳也能通過(guò)下調(diào)TLR4抑制NF-κB信號(hào)通路,從而發(fā)揮其抗炎作用[19]。同時(shí),與關(guān)鍵靶點(diǎn)對(duì)接次數(shù)最多的活性成分為槲皮素。既往研究發(fā)現(xiàn),槲皮素能夠通過(guò)調(diào)節(jié)TGF-β1/Smads與PI3K/Akt通路抑制肝星狀細(xì)胞激活并減少其自噬作用發(fā)揮抗肝纖維化作用[20]。此外,槲皮素在多種纖維化疾病中均有一定防治作用[21-23]。

GO分析也表明,茵陳五苓散靶點(diǎn)與炎性反應(yīng)、細(xì)胞外外泌體、細(xì)胞外間隙、受體結(jié)合等條目相關(guān)。乙醇、肝炎病毒等對(duì)肝臟造成損傷后,肝臟會(huì)啟動(dòng)名為肝再生的損傷修復(fù)[1]。這一過(guò)程中,活化的肝星狀細(xì)胞會(huì)分泌細(xì)胞外基質(zhì)以修復(fù)受損的肝臟。若病因持續(xù)存在,細(xì)胞外基質(zhì)則會(huì)分泌過(guò)剩,造成膠原沉積,引起肝纖維化[24-25]。因此GO分析結(jié)果能夠在一定程度上驗(yàn)證茵陳五苓散防治肝纖維化的有效性,并較為明確地指出了其具體作用環(huán)節(jié)與位置。

KEGG通路分析結(jié)果提示茵陳五苓散防治肝纖維化作用機(jī)制與Fc epsilon RI信號(hào)通路相關(guān)。茵陳五苓散可能參與調(diào)控該通路中Fyn、Vav、p38、cPLA2等節(jié)點(diǎn)。這一通路參與調(diào)控IL-3、4、5、13等多種細(xì)胞因子,并與花生四烯酸代謝、MAPK信號(hào)通路等密切相關(guān),而這些細(xì)胞因子與通路均在肝纖維化以及相關(guān)炎性反應(yīng)中發(fā)揮重要作用[26-28]。

綜上所述,茵陳五苓散具有防治肝纖維化的潛力,其具體機(jī)制可能是通過(guò)減輕肝臟炎性反應(yīng)并減少細(xì)胞外基質(zhì)分泌從而發(fā)揮其抗纖維化作用。其中發(fā)揮主要防治作用的中藥與活性成分可能為茵陳與槲皮素。

本文采用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法,初步探索了茵陳五苓散防治肝纖維化的有效活性成分、關(guān)鍵靶點(diǎn)、作用機(jī)制及可能通路。結(jié)果顯示,茵陳五苓散可能通過(guò)Fc epsilon RI等信號(hào)通路調(diào)控IL-6、TNF與PTGS2等靶點(diǎn),減輕炎性反應(yīng)并減少細(xì)胞外基質(zhì)分泌發(fā)揮其抗肝纖維化作用,提示茵陳五苓散具有作為防治肝纖維化藥物的潛力。而在茵陳五苓散中,中藥茵陳以及活性成分槲皮素可能發(fā)揮主要作用,因此,槲皮素有望以單體的形式成為肝纖維化的防治藥物。本文研究結(jié)果具有局限性,需要?jiǎng)游锛芭R床試驗(yàn)驗(yàn)證其有效性與可靠性。

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(2020-09-10收稿?責(zé)任編輯:王明)

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