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lncRNA SNHG1結(jié)合miR-145促進(jìn)胃癌細(xì)胞增殖的機(jī)制研究

2020-11-06 10:40:56周鋒利褚以忞楊大明彭海霞
檢驗(yàn)醫(yī)學(xué) 2020年10期
關(guān)鍵詞:報(bào)告基因熒光素酶結(jié)果顯示

周鋒利, 褚以忞, 李 吉, 楊大明, 彭海霞, 徐 瑩

(上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬同仁醫(yī)院內(nèi)窺鏡室,上海 200336)

胃癌是我國(guó)發(fā)病率較高的惡性腫瘤[1]。目前,胃鏡篩查尚未在我國(guó)全面推廣,多數(shù)胃癌患者就醫(yī)時(shí)已處于進(jìn)展期,5年生存率低,預(yù)后往往不佳[2-3]。因此,深入研究胃癌的發(fā)病機(jī)制對(duì)提升臨床治療效果有重要的價(jià)值及意義。

隨著腫瘤發(fā)病機(jī)制研究的不斷豐富,以往曾被認(rèn)為是無(wú)功能的非編碼RNA在腫瘤發(fā)病機(jī)制中的作用逐漸被關(guān)注。長(zhǎng)度大于200 nt的非編碼RNA為長(zhǎng)鏈非編碼RNA(long noncoding RNA,lncRNA)。目前研究表明,腫瘤中有大量lncRNA的表達(dá)異于正常組織[4-5],在腫瘤的發(fā)生、發(fā)展起重要生物學(xué)作用[6],這使得lncRNA有作為腫瘤生物標(biāo)志物和治療靶標(biāo)的潛力[7-8]。微小RNA(microRNA,miRNA)是一類長(zhǎng)19~25 nt非編碼蛋白的調(diào)控小RNA,近年來(lái)有大量研究表明,其對(duì)腫瘤細(xì)胞增殖、分化、凋亡、侵襲以及遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移等均能產(chǎn)生影響,在腫瘤的診斷中一定的價(jià)值[8-12]。

lncRNA小核仁RNA宿主基因1(small nucleolar RNA host gene 1,SNHG1)在染色體上位于11q12.3。有研究結(jié)果顯示,SNHG1水平在多種腫瘤中升高[13-16],并可調(diào)控腫瘤蛋白p53(tumor protein p53,TP53)、Y染色體性別決定區(qū)域盒轉(zhuǎn)錄因子9(sex determining region Y-box transcription factor 9,SOX9)、鋅指E-盒結(jié)合同源異形盒1(zinc finger E-box binding homeobox 1,ZEB1)等及其所在信號(hào)通路[17]。有研究結(jié)果顯示,SNHG1在胃癌中呈高表達(dá)[14],其表達(dá)水平與腫瘤TNM分期、淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移、生存期有一定關(guān)系[18]。微小RNA-145(microRNA-145,miR-145)在胃癌組織中呈低表達(dá),過表達(dá)miR-145有抑制胃癌細(xì)胞增殖和遷移的作用[19-21]。SNHG1可通過海綿吸附miR-145,促進(jìn)結(jié)腸癌細(xì)胞的增殖[22],但兩者在胃癌中是否有相互作用,并影響胃癌細(xì)胞增殖仍有待進(jìn)一步研究。鑒于SNHG1及miR-145在胃癌組織中的異常表達(dá)及對(duì)患者預(yù)后的影響[14,18],本研究擬探討SNHG1與miR-145在胃癌發(fā)展中可能的作用機(jī)制。

1 材料和方法

1.1 材料與試劑

本研究使用的細(xì)胞株及pcDNA3.0空載質(zhì)粒均由上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院生化系侯照遠(yuǎn)教授實(shí)驗(yàn)室惠贈(zèng);Dulbecco改良Eagle培養(yǎng)基(Dulbecco's modified Eagle medium,DMEM)、RPMI1640、胎牛血清(fetal bovine serum,F(xiàn)BS)均購(gòu)自美國(guó)Gibco公司;CCK8試劑盒購(gòu)自日本Dojindo公司;TRIzol試劑購(gòu)自美國(guó)Invitrogen公司;雙熒光素酶報(bào)告試劑盒及質(zhì)粒載體購(gòu)自美國(guó)Promega公司;β-連環(huán)蛋白(beta-catenin,CTNNB1)兔單克隆抗體、骨髓瘤病毒原癌基因(myelocytomatosis viral oncogene,MYC)蛋白兔單克隆抗體購(gòu)自美國(guó)CST公司;β-肌動(dòng)蛋白鼠單克隆抗體購(gòu)自美國(guó)Proteintech公司;二抗購(gòu)自美國(guó)Li-COR公司。

1.2 細(xì)胞培養(yǎng)與組織收集

人胃癌細(xì)胞SGC7901、BGC823用RPMI1640培養(yǎng)基培養(yǎng),人腎上皮細(xì)胞HEK 293T、人正常胃黏膜細(xì)胞GES-1細(xì)胞用DMEM培養(yǎng)基培養(yǎng),培養(yǎng)基中均含10% FBS、青霉素50 U/mL、鏈霉素50 μg/mL及L-谷氨酰胺20 mmol/L,于37℃、5% CO2培養(yǎng)箱中培養(yǎng)。收集上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬同仁醫(yī)院2016年1月—2017年1月17例胃癌術(shù)后患者的胃癌組織及癌旁組織,17例患者中男12例、女5例;年齡≤60歲4例、>60歲13例;TNM分期為Ⅰ期+Ⅱ期7例、Ⅲ期+Ⅳ期10例;病理類型為腺癌13例、印戒細(xì)胞癌4例。

1.3 轉(zhuǎn)染過表達(dá)SNHG1、miR-145及敲低SNHG1

將SNHG1互補(bǔ)DNA(complementary DNA,cDNA)序列(Ensembl:ENSG00000255717,MIM:603222)插入到pcDNA3.0空載質(zhì)粒中,并按照文獻(xiàn)[23]報(bào)道的方法進(jìn)行質(zhì)粒轉(zhuǎn)染,在SGC7901、BGC823及GES-1中過表達(dá)SNHG1。人miR-145雙鏈模擬體、SNHG1抑制劑及陰性對(duì)照(negative control,NC)由上海吉瑪生物技術(shù)有限公司合成,N C雙鏈信息:5'-UUCUCCGAACGUGUCACGUTT -3',5'-AC GUGACACGUUCGGAGAATT -3'。人miR-145雙鏈模擬體:5'-GUCCAGUUUUCCCAGGAAU CCCU-3',5'-GGAUUCCUGGGAAAACUGGAC UU-3'。SNHG1-homo-128(si-SNHG1-1):5'-GCCAGCGUUACAGUAAUGUTT-3',5'-ACA UUACUGUAACGCUGGCTT-3';SNHG1-homo-582(si-SNHG1-2):5'-GGUUUGCUGUGUAU CACAUTT-3',5'-AUGUGAUACACAGCA AACCTT-3'。按說(shuō)明書方法進(jìn)行轉(zhuǎn)染過表達(dá)miR-145及敲低SNHG1。

TRIzol法提取細(xì)胞和組織中的總RNA,逆轉(zhuǎn)錄后行實(shí)時(shí)熒光定量聚合酶鏈反應(yīng)(real-time fluorescence quantitative polymerase chain reaction,qRT-PCR)定量分析。以小核RNA U6(RNA U6 nuclear small,snRNA U6,U6)為miR-145的內(nèi)參,以β-actin為SNHG1的內(nèi)參。miR-145引物序列為:上游5'-CGACCGTCCAGTTTTCCCAGGA-3',下游5'-CTCAACTGGTGTCGTGGA-3'。U6引物序列為:上游5'-CTCGCTTCGGCAGCACA-3',下游5'-AACGCTTCACGAATTTGCGT-3'。SNHG1引物序列為:上游5'-ACACTGGGAGCC AATGAAACA-3',下游5'-ACACGAAGTGG AGTTATGGGAAG-3'。β-actin引物序列為:上游5'-GTCACCAACTGGGACGACA-3',下游5'-CACAGCCTGGATAGCAACG-3'。轉(zhuǎn)染、TRIzol法提取細(xì)胞RNA、逆轉(zhuǎn)錄后行qRT-PCR。所有實(shí)驗(yàn)均重復(fù)3次。

1.4 CCK8及免疫印跡法實(shí)驗(yàn)

CCK8實(shí)驗(yàn)中,將目的細(xì)胞以1 000個(gè)/孔接種于96孔板,每組設(shè)3個(gè)復(fù)孔;在培養(yǎng)的第2、24、48、72、96 h加入CCK8試劑10 μL/孔,孵育1 h后酶標(biāo)儀測(cè)定450 nm吸光度。實(shí)驗(yàn)重復(fù)3次。免疫印跡法實(shí)驗(yàn)中,裂解細(xì)胞后,進(jìn)行蛋白定量、等量蛋白電泳、轉(zhuǎn)膜、封閉,孵育一抗、二抗后,用Odyssey Li-COR 9120熒光掃描儀(美國(guó)Li-COR公司)進(jìn)行熒光顯影并記錄,實(shí)驗(yàn)重復(fù)3次。

1.5 熒光素酶報(bào)告基因?qū)嶒?yàn)

為驗(yàn)證SNHG1有與miR-145的結(jié)合位點(diǎn),構(gòu)建含有SNHG1預(yù)測(cè)與miR-145結(jié)合位點(diǎn)的片段的psiCHECK2TM質(zhì)粒,構(gòu)建方法參考文獻(xiàn)[23]。24孔板培養(yǎng)293T細(xì)胞至密度70%~80%,不同量的miR-145或NC與psiCHECK2TM-SNHG1的報(bào)告基因質(zhì)粒同時(shí)共轉(zhuǎn)染,24 h后按說(shuō)明書操作收集并裂解細(xì)胞,設(shè)置雙報(bào)告基因程序;先在裂解液中加入LARII試劑檢測(cè)螢火蟲熒光素酶的活性;之后再加入Stop & Glo Reagent試劑檢測(cè)海腎熒光素酶活性;計(jì)算螢火蟲熒光素酶與海腎熒光素酶活性的比值,以此反映psiCHECK2TM-SNHG1的報(bào)告基因活性;將實(shí)驗(yàn)組比值除以miR-145 mimics 0 mg組比值,計(jì)算出psiCHECK2TM-SNHG1報(bào)告基因相對(duì)活性,實(shí)驗(yàn)重復(fù)3次。

1.6 生物信息學(xué)分析

使用Kaplan-Meier Plotter數(shù)據(jù)庫(kù)(http://kmplot.com/analysis/)分析SNHG1表達(dá)與胃癌生存期的關(guān)系。使用starBase v3.0數(shù)據(jù)庫(kù)(http://starbase.sysu.edu.cn/index.php)分析胃癌組織與癌旁組織SNHG1的表達(dá)以及胃癌中SNHG1與miR-145、SNHG1與CTNNB1、SNHG1與MYC表達(dá)的相關(guān)性。采用TANRIC數(shù)據(jù)庫(kù)(http://ibl.mdanderson.org)分析胃癌與SNHG1表達(dá)的相關(guān)性以及可能與SNHG1存在相互作用的miRNA。通過RNA22 v2 microRNA target detection(https://cm.jefferson.edu/rna22/)網(wǎng)站預(yù)測(cè)SNHG1與miR-145可能的結(jié)合位點(diǎn)。

1.7 統(tǒng)計(jì)學(xué)方法

使用SPSS 21.0軟件進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析。2個(gè)組間比較采用t檢驗(yàn),非正態(tài)分布數(shù)據(jù)采用中位數(shù)(M)[四分位數(shù)(P25~P75)]表示,組間比較采用非參數(shù)秩和檢驗(yàn)。以P<0.05為差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。

2 結(jié)果

2.1 胃癌組織中SNHG1的表達(dá)及其與患者總生存期(overall survival,OS)的關(guān)系

在Kaplan-Meier Plotter數(shù)據(jù)庫(kù)(http://kmplot.com/analysis/)中使用數(shù)據(jù)集GSE14210(146例)、GSE15459(200例)、GSE22377(43例)、GSE29272(268例)、GSE51105(94例)進(jìn)行生存分析。結(jié)果顯示SNHG1高表達(dá)組(127例)中位OS為27.8個(gè)月,明顯短于低表達(dá)組(221例,中位OS為35.9個(gè)月)[風(fēng)險(xiǎn)比(hazard ratio,HR)=1.4(1.06~1.83),P=0.015],見圖1(a)。

通過starBase v3.0數(shù)據(jù)庫(kù)(http://starbase.sysu.edu.cn/index.php)查找發(fā)現(xiàn),375例胃癌組織SNHG1的相對(duì)表達(dá)量為3.25(2.60~3.80),明顯高于32例正常胃組織[1.91(1.52~2.32),P=1.4×10-14,錯(cuò)誤發(fā)現(xiàn)率(false discovery rate,F(xiàn)DR)=4.3×10-13],見圖1(b)。

圖1 SNHG1對(duì)胃癌OS期的影響及在胃癌及癌旁組織中的表達(dá)情況

對(duì)17例胃癌患者的胃癌組織及癌旁組織進(jìn)行qRT-PCR檢測(cè),結(jié)果顯示胃癌組織中SNHG1的相對(duì)表達(dá)量為25.35(4.51~65.12),明顯高于癌旁組織[18.66(8.70~153.90)](P<0.05),見圖1(c)。

2.2 SNHG1在胃癌細(xì)胞增殖中的作用

CCK8實(shí)驗(yàn)結(jié)果顯示,培養(yǎng)48 h后,過表達(dá)SNHG1的胃癌細(xì)胞系SGC7901和BGC823的增殖速率快于轉(zhuǎn)染pcDNA3.0空載質(zhì)粒的胃癌細(xì)胞系SGC7901和BGC823(P<0.05),見圖2(a)~(d)。

在胃癌細(xì)胞系SGC7901中敲低SNHG1的表達(dá),采用CCK8實(shí)驗(yàn)檢測(cè)細(xì)胞增殖速率。結(jié)果顯示,與NC比較,培養(yǎng)48 h時(shí)轉(zhuǎn)染siSNHG1-2的SGC7901細(xì)胞的增殖受抑制(P<0.05);培養(yǎng)72 h后,轉(zhuǎn)染siSNHG1-1和siSNHG1-2的SGC7901細(xì)胞的增殖均受抑制(P<0.05)。見圖2(e)、(f)。

圖2 SNHG1對(duì)胃癌細(xì)胞生長(zhǎng)的影響

2.3 SNHG1與miR-145在胃癌細(xì)胞與組織中的相關(guān)性及特異性結(jié)合分析

利用生物信息學(xué)分析,通過TANRIC數(shù)據(jù)庫(kù)(http://ibl.mdanderson.org) 分析胃癌中與SNHG1表達(dá)的相關(guān)性以及可能與SNHG1存在相互作用的miRNA。結(jié)果顯示,miR-145與SNHG1呈明顯負(fù)相關(guān)(r=-0.421,P=1.17×10-4),見表1。進(jìn)一步分析starBase v3.0數(shù)據(jù)庫(kù)中372例胃癌患者組織中miR-145與SNHG1的相關(guān)性,結(jié)果顯示,兩者亦呈負(fù)相關(guān)(r=-0.37,P=3.81×10-13),見圖3(a)。

在GES-1和SGC7901細(xì)胞中分別過表達(dá)SNHG1并采用qRT-PCR檢測(cè)。結(jié)果顯示,隨著SNHG1表達(dá)的升高,miR-145表達(dá)降低(P<0.05),見圖3(b)、(c)。

通過RNA22 v2 microRNA target detection(https://cm.jefferson.edu/rna22/)網(wǎng)站預(yù)測(cè)到SNHG1與miR-145存在結(jié)合位點(diǎn),見圖3(d)。

熒光素酶報(bào)告基因?qū)嶒?yàn)結(jié)果顯示,隨著miR-145轉(zhuǎn)染濃度的上升,SNHG1報(bào)告基因的相對(duì)活性呈濃度依賴性降低,見圖3(e)。

表1 TANRIC數(shù)據(jù)庫(kù)顯示在胃癌中與SNHG1表達(dá)水平呈負(fù)相關(guān)的microRNA

2.4 SNHG1與miR-145結(jié)合對(duì)CTNNB1、MYC蛋白表達(dá)的影響

在starBase v3.0數(shù)據(jù)庫(kù)中通過分析372例胃癌患者組織發(fā)現(xiàn),SNHG1 mRNA表達(dá)與CTNNB1(r=0.12,P=0.025)及MYC(r=0.28,P=2.16×10-8)表達(dá)均呈正相關(guān),見圖4(a)、(b)。

將miR-145和SNHG1單獨(dú)或共轉(zhuǎn)染至GES-1細(xì)胞內(nèi),隨后采用免疫印跡法檢測(cè)CTNNB1和MYC蛋白的表達(dá)。結(jié)果顯示,轉(zhuǎn)染miR-145后,CTNNB1和MYC蛋白水平均明顯降低;轉(zhuǎn)染SNHG1后,CTNNB1和MYC蛋白水平明顯升高;同時(shí)轉(zhuǎn)染miR145和SNHG1后,miR-145下調(diào)CTNNB1和MYC蛋白的作用被明顯抑制。見圖4(c)~(f)。

圖4 SNHG1與miR-145結(jié)合對(duì)CTNNB1、MYC蛋白表達(dá)的影響

3 討論

近年來(lái),隨著生活環(huán)境和飲食結(jié)構(gòu)的改變,STAD發(fā)病率雖有所下降,但其死亡率仍居癌癥死亡率的第3位,占總死亡人數(shù)的8.2%[24]。因此,探究胃癌發(fā)生、發(fā)展的機(jī)制,找到新的治療靶點(diǎn)仍極為迫切。SNHG1是近年來(lái)新發(fā)現(xiàn)的一個(gè)lncRNA,目前發(fā)現(xiàn)其對(duì)多種腫瘤的發(fā)展及預(yù)后有關(guān)鍵作用,即可直接作用于信使RNA(messenger RNA,mRNA),也能通過海綿吸附miRNA,起到競(jìng)爭(zhēng)性內(nèi)源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)的作用,影響miRNA對(duì)下游靶基因的調(diào)控。例如,在結(jié)腸癌中通過影響p53通路促進(jìn)細(xì)胞增殖[25],肝癌細(xì)胞中競(jìng)爭(zhēng)性結(jié)合miR-195,封閉其活性,從而促進(jìn)疾病發(fā)展[26],在肺腺癌中作用于ZEB1影響靶細(xì)胞的增殖、轉(zhuǎn)移和侵襲等[27]。近來(lái)也有報(bào)道顯示,SNHG1在胃癌中存在高表達(dá),但其具體的分子作用機(jī)制尚未見詳細(xì)闡述。褚以忞等[28]的研究結(jié)果顯示,在胃癌及癌前病變組織中miR-145水平明顯下降。miR-145可通過影響MYC水平來(lái)影響胃癌進(jìn)展[21]。既往研究也證實(shí),在卵巢癌、胃癌等多種腫瘤中MYC為miR-145的直接靶標(biāo)[29-31]。同時(shí),MYC也是T細(xì)胞因子的靶基因之一,受Wnt/β-catenin信號(hào)通路的激活調(diào)控[32-33]。

本研究首先通過Kaplan-Meier Plotter數(shù)據(jù)庫(kù)發(fā)現(xiàn),胃癌患者SNHG1表達(dá)與OS呈負(fù)相關(guān),通過starBase v3.0數(shù)據(jù)庫(kù)發(fā)現(xiàn)SNHG1在胃癌中高表達(dá),與qRT-PCR的檢測(cè)結(jié)果一致。本研究結(jié)果還顯示,過表達(dá)SNHG1能促進(jìn)胃癌細(xì)胞增殖,而敲低SNHG1則抑制胃癌細(xì)胞增殖。通過TANRIC、starBase v3.0數(shù)據(jù)庫(kù)檢索及細(xì)胞學(xué)實(shí)驗(yàn)證實(shí)SNHG1與miR-145表達(dá)呈負(fù)相關(guān),使用RNA22 v2 microRNA target detection網(wǎng)站預(yù)測(cè)到SNHG1與miR-145存在結(jié)合位點(diǎn),并通過熒光素酶報(bào)告基因?qū)嶒?yàn)證實(shí)兩者能有效結(jié)合。通過starBase v3.0數(shù)據(jù)庫(kù)分析胃癌患者組織發(fā)現(xiàn),SNHG1表達(dá)與CTNNB1及MYC表達(dá)均呈正相關(guān)。分別過表達(dá)miR-145、SNHG1及同時(shí)過表達(dá)miR-145和SNHG1,發(fā)現(xiàn)miR-145可下調(diào)CTNNB1、MYC蛋白表達(dá),SNHG1可促進(jìn)CTNNB1、MYC蛋白表達(dá),且SNHG1能抑制miR-145下調(diào)CTNNB1和MYC蛋白。由此可見,SNHG1在胃癌組織中呈高表達(dá),且能結(jié)合miR-145,miR-145對(duì)SNHG1的影響呈濃度依賴性。原因可能是SNHG1或能通過海綿吸附miR-145,抑制miR-145對(duì)下游靶基因的作用,從而上調(diào)miR-145下游CTNNB1、MYC蛋白表達(dá),促進(jìn)胃癌細(xì)胞增殖。因此,SNHG1與miR-145的結(jié)合位點(diǎn)可能是胃癌的潛在治療靶點(diǎn)。

由于本研究未用動(dòng)物實(shí)驗(yàn)進(jìn)一步闡明胃癌細(xì)胞中SNHG1和miR-145通過ceRNA上調(diào)CTNNB1、MYC蛋白表達(dá)的機(jī)制,因此SNHG1/miR-145/CTNNB1/MYC軸對(duì)胃癌發(fā)生、發(fā)展的影響還需進(jìn)一步研究驗(yàn)證。

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