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基于16S rRNA序列分析糖皮質(zhì)激素誘導(dǎo)大鼠骨質(zhì)疏松模型腸道菌群的變化

2020-10-26 06:13:16董萬(wàn)濤宋敏鞏彥龍董平田杰祥張亞彬文浩楠
中國(guó)骨質(zhì)疏松雜志 2020年9期
關(guān)鍵詞:成骨細(xì)胞菌群腸道

董萬(wàn)濤 宋敏 鞏彥龍 董平 田杰祥 張亞彬 文浩楠

1.甘肅中醫(yī)藥大學(xué)附屬醫(yī)院,甘肅 蘭州 730020 2.甘肅中醫(yī)藥大學(xué),甘肅 蘭州 730000

糖皮質(zhì)激素誘導(dǎo)性骨質(zhì)疏松癥(glucocorticoid-induced osteoporosis,GIOP)是全身性糖皮質(zhì)激素(glucocorticoid,GC)治療的常見(jiàn)并發(fā)癥,是繼發(fā)性骨質(zhì)疏松癥最常見(jiàn)的原因,GC的臨床應(yīng)用所導(dǎo)致的骨質(zhì)疏松癥(osteoporosis,OP)與骨骼脆弱性和骨折風(fēng)險(xiǎn)增加有關(guān)[1]。臨床中糖皮質(zhì)激素被廣泛應(yīng)用于免疫性疾病、腎病、過(guò)敏性疾病、器官移植等疾病的治療中,其中骨質(zhì)疏松癥的發(fā)生率高達(dá)41.4%[2],還有更多的患者有潛在的OP發(fā)生的危險(xiǎn)[3]。GC導(dǎo)致骨質(zhì)疏松癥的作用機(jī)制復(fù)雜,研究[4]顯示,GC是骨形成和成骨細(xì)胞生成的負(fù)調(diào)節(jié)因子,其對(duì)骨形成的抗合成作用與1型原膠原N-端前肽(procollagen type 1 N-terminal propeptide,P1NP)的快速抑制有關(guān),并且其可直接通過(guò)抗成骨細(xì)胞合成和促進(jìn)成骨細(xì)胞代謝而導(dǎo)致骨質(zhì)疏松的發(fā)生[5],目前對(duì)GIOP的病理機(jī)制主要從成骨細(xì)胞、破骨細(xì)胞、內(nèi)分泌系統(tǒng)、鈣磷代謝及骨代謝相關(guān)因子等途徑展開(kāi),而從腸道菌群方面研究GIOP發(fā)生的機(jī)制尚未見(jiàn)報(bào)道,本研究從腸道菌群方面探討了GIOP的發(fā)病機(jī)制。

1 材料和方法

1.1 實(shí)驗(yàn)動(dòng)物

購(gòu)自于甘肅中醫(yī)藥大學(xué)SPF級(jí)實(shí)驗(yàn)室[SCXK(甘)2011-0001]的Wistar大鼠(雌雄各半)20只體重(180±20)g,在SPF級(jí)實(shí)驗(yàn)室環(huán)境下(室溫20~24 ℃、相對(duì)濕度40%~65%、每天光照明暗各半)每五只飼養(yǎng)在同一籠中,每2天更換一次墊料,給予充足的水和食物。

1.2 試驗(yàn)藥物、試劑與儀器

水合氯醛250 g/瓶(上海展云化工有限公司,生產(chǎn)批號(hào):20151023);VnF和VnR(10 μmol/L)(上海英俊生物技術(shù)有限公司);dNTP Mix(10 mmol/L)(BioLabs);Phusion HF MM(M0 541 L)和Phusion(BioLabs);VAHTSTM DNA Clean(VAHTSTM);Min Elute? PCR Purification Kit(QIAGEN);100 bp DNA Ladder Marker(Ta Ta Ra);Mobio 土壤微生物DNA強(qiáng)力提取試劑盒Power Soil? DNA Isolation Kit。96well PCR儀(AB,型號(hào) 9902);24孔離心機(jī)(EPPENDORF,型號(hào) 5424EQ766751)。

1.3 方法

1.3.1動(dòng)物分組及造模:20只大鼠適應(yīng)性喂養(yǎng)7 d后,隨機(jī)分為正常組組(K組,10只)、模型組(MY組,10只);模型組按人鼠等效劑量給予醋酸地塞米松片(成都第一制藥有限公司,規(guī)格0.75 mg×100片,國(guó)藥準(zhǔn)字H41021038,生產(chǎn)批號(hào) 170001),每日0.5 mg/kg;連續(xù)給藥8周。正常組不做任何處理。

1.3.22組大鼠的糞便收集及糞菌總DNA的提取與檢測(cè):模型成功后,兩組隨機(jī)抽取4只,10%水合氯醛腹腔注射麻醉并處死,剖開(kāi)腹腔后在回盲部行“V”形切口,無(wú)菌鑷子夾取內(nèi)容物放入凍存管中,-80 ℃冰箱保存?zhèn)溆谩?個(gè)樣品每個(gè)稱(chēng)取0.3 g提取每個(gè)樣品糞便DNA、經(jīng)甲醛變性瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)提取的總DNA質(zhì)量,分光光度法測(cè)量DNA的純度及濃度,-20 ℃冰箱保存?zhèn)溆谩?/p>

1.3.316srRNA擴(kuò)增子測(cè)序:以提取后樣本的DNA為模板,使用細(xì)菌16S rRNA(V3+V4)區(qū)域引物[6]:5′-ACTCCTACGG GAGGCAGCA-3′,5′-GGACTACHVGGGTWTCTAAT-3′進(jìn)行擴(kuò)增及純化。

1.3.4腸道菌群物種注釋及功能預(yù)測(cè):在物種注釋的基礎(chǔ)上,選每組樣本在門(mén)、綱、目、科、屬、種(Phylum、Class、Order、Family、Genus)分類(lèi)水平上的豐度柱形累加圖;根據(jù)物種注釋結(jié)果,選取每個(gè)樣品或分組在各分類(lèi)水平(Phylum、Class、Order、Family、Genus、Species)上最大豐度排名前10的OTU,生成相對(duì)豐度柱形累加圖,以觀察各樣品在不同分類(lèi)水平上的豐度;采用PICRUSt(Phylogenetic Investigation of Communities by Reconstruction of Unobserved States) 工具通過(guò)KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)代謝途徑分析兩組的差異途徑,通過(guò)COG(Clusters of Orthologous Groups of Proteins)分析蛋白功能分類(lèi)[7]。

1.4 統(tǒng)計(jì)學(xué)處理

2 結(jié)果

2.1 2組腸道菌群的OTU分析

正常組與模型組組共同含有575個(gè)OUT數(shù)據(jù),除共有的OUT之外正常組有12個(gè)不同的OUT數(shù)據(jù),模型組有12個(gè)不同的OUT數(shù)據(jù)(圖1)。

圖1 2組大鼠腸道菌群的OTU分布的維恩(Venn)圖Fig.1 Venn diagram of OTU distribution of intestinal microflora in two groups of rats

2.2 2組樣本腸道菌群香農(nóng)指數(shù)曲線

當(dāng)香農(nóng)指數(shù)為3~4時(shí),各樣本從隨機(jī)抽取的測(cè)序條數(shù)發(fā)現(xiàn)的物種趨于飽和(圖2)。

圖2 2組樣本腸道菌群香農(nóng)指數(shù)曲線Fig.2 Shannon index curve of intestinal flora in two groups of samples

2.3 NMDS分析

由圖可見(jiàn),組間樣本距離較近組內(nèi)差異性小,而各組距離較遠(yuǎn),組間差異較大,并且Stress=0.05<0.2,故此分析較可靠(圖3)。

圖3 NMDS分析圖注:圖中三角形代表正常組各樣本、圓圈代表模型組各樣本,當(dāng)Stress<0.2時(shí),表明NMDS分析具有可靠性,在坐標(biāo)圖上兩組中各樣本間的距離越近說(shuō)明該組樣本間的相似性越高。Fig.3 NMDS analysis chart

2.4 物種分布柱狀圖

如圖4所示,圖A為門(mén)水平(Phylum)、B為綱水平(Class)、C為目水平(Order)、D為科水平(Family)、E為屬水平(Genus)、F種水平(Species);模型組大鼠在菌群結(jié)構(gòu)上發(fā)生了較大的改變,其中在門(mén)、綱、目水平螺旋菌(Spirochaetae)的相對(duì)豐度較正常組低,在綱、目、科水平丹毒絲菌(Erysipelotrichia)的相對(duì)豐度較正常組高,在門(mén)水平變形桿菌(Proteobacteria)、柔膜菌門(mén)(Tenericutes)的相對(duì)豐度較正常組高,在種、屬水平毛螺科菌(Uncultured-bacterium-f-lachnospiraceae)的相對(duì)豐度低于正常組,在屬水平疣微菌科UCG-005(Ruminococcaceae-UCG-005)、普雷沃菌科NK3B31群(Prevotellaceae-NK3B31-group)的相對(duì)豐度高于正常組,在種水平巴氏酵母種菌(Uncultured-balterium-f-Lachnospirraceae)、巴氏桿種菌(Uncultured-balterium-g-prevotella)的相對(duì)豐度高于正常組、而巴氏-G-羅馬尼亞梭菌-9(Uncultured-balterium-g-Ruminiclostridium-9)的相對(duì)豐度低于正常組,差異具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.05)。

圖4 各個(gè)分類(lèi)水平上各組物種的分布圖Fig.4 Percentile bar chart of species distribution at each taxonomic level

2.5 16S功能基因預(yù)測(cè)分析

2.5.1KEGG功能預(yù)測(cè):通過(guò)KEGG代謝途徑的差異分析可見(jiàn),模型組差異較明顯的途徑有外源性物質(zhì)的降解和代謝(xenobiotics biodegradation and metabolism),細(xì)胞運(yùn)動(dòng)(cell motility),碳水化合物代謝(carbohydrate metabolism),運(yùn)輸和分解代謝(transport and catabolism),信號(hào)傳輸(signal tranabolism),膜轉(zhuǎn)運(yùn)(membrane transport),神經(jīng)系統(tǒng)(nervous system),神經(jīng)退行性疾病(neurodegenerative disease)(圖5)。

圖5 KEGG功能預(yù)測(cè)圖Fig.5 KEGG function prediction chart注:圖5為不同功能在兩個(gè)樣品或者兩組樣品中的豐度比例,中間所示為95%置信度區(qū)間內(nèi)功能豐度的差異比例,最右邊的值為P值。

2.5.2COG功能預(yù)測(cè):通過(guò)COG功能預(yù)測(cè)分析顯示,模型組差異較明顯的功能有細(xì)胞運(yùn)動(dòng)(cell motility)、能量生產(chǎn)預(yù)測(cè)和轉(zhuǎn)換(energy production prediction and conversion)、防御機(jī)制(defense mechanisms)、未知功能(function unknown)、轉(zhuǎn)錄(transcription)、碳水化合物轉(zhuǎn)運(yùn)和代謝(carbohydrate transport and metabolism)(圖6)。

圖6 COG功能預(yù)測(cè)圖Fig.6 COG function prediction chart注:通過(guò)比較圖5與圖6,發(fā)現(xiàn)每組有37個(gè)KEGG與22個(gè)COG功能預(yù)測(cè)分析的結(jié)果,且這些預(yù)測(cè)的結(jié)果在兩組中差異都具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.05)。

3 討論

內(nèi)源性糖皮質(zhì)激素連接內(nèi)分泌和免疫系統(tǒng),并通過(guò)基因組和快速非基因組途徑確保組織修復(fù)、再生和病原體清除過(guò)程中的炎癥反應(yīng)而發(fā)揮功能,由于GC對(duì)免疫細(xì)胞、組織和器官有很強(qiáng)的免疫抑制、抗炎和抗過(guò)敏作用,盡管GC易導(dǎo)致OP等嚴(yán)重的并發(fā)癥,但由于其在臨床上的有效性和經(jīng)濟(jì)實(shí)用性,其仍然廣泛應(yīng)用于臨床[8-9]。研究發(fā)現(xiàn),GC受體分布在成骨細(xì)胞上,該受體是GC作用于骨結(jié)構(gòu)的重要部位,GC的過(guò)度表達(dá)會(huì)使骨表面變厚而損害骨組織礦化,高于生理濃度的GC可抑制成骨細(xì)胞分化和增殖,加速成骨細(xì)胞凋亡,并導(dǎo)致骨形成延遲[10]。腸道細(xì)菌在人體健康中起著重要作用,共生腸道細(xì)菌對(duì)宿主有多種有益作用,包括促進(jìn)食物消化、產(chǎn)生必需營(yíng)養(yǎng)素、增強(qiáng)腸道屏障完整性、完善宿主免疫系統(tǒng)和其他功能,GC能降低宿主的免疫力,導(dǎo)致腸道微生物群落組成及功能等實(shí)質(zhì)性變化,增加對(duì)病原體的敏感性[11],而腸道菌群通過(guò)對(duì)鈣磷吸收、能量代謝、分解脂肪酸等復(fù)雜的途徑參與骨代謝的調(diào)節(jié)[12],但是GC作用與腸道菌群對(duì)骨代謝產(chǎn)生影響進(jìn)而導(dǎo)致OP的發(fā)病機(jī)制尚未見(jiàn)報(bào)道。

為了進(jìn)一步探討GIOP與腸道微生物之間的關(guān)系,本研究采用16SrRNA技術(shù),分析了地塞米松喂養(yǎng)建立骨質(zhì)疏松模型大鼠腸道菌群的結(jié)構(gòu)變化及功能變化,從腸道微生態(tài)角度對(duì)GIOP的發(fā)生機(jī)制做以探討。分析結(jié)果顯示,模型組大鼠在菌群結(jié)構(gòu)個(gè)水平上發(fā)生了較大的變化,其中在門(mén)、綱、目水平Spirochaetae的相對(duì)豐度較正常組低,在綱、目、科水平Erysipelotrichia的相對(duì)豐度較正常組高,在門(mén)水平Proteobacteria、Tenericutes的相對(duì)豐度較正常組高,在種、屬水平Uncultured-bacterium-f-lachnospiraceae的相對(duì)豐度低于正常組,在屬水平Ruminococcaceae-UCG-005、Prevotellaceae-NK3B31-group的相對(duì)豐度高于正常組,在種水平Uncultured-balterium-f-Lachnospirraceae、Uncultured-balterium-g-prevotella的相對(duì)豐度高于正常組、Uncultured-balterium-g-Ruminiclostridium-9的相對(duì)豐度低于正常組,差異具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.05)。長(zhǎng)期服用GC后在腸道菌群中擬桿菌和普雷沃菌處于高水平,這與它們攝取高蛋白及碳水化合物的代謝途徑相關(guān)[13],而本研究中普雷沃菌與正常組比較處于高水平,并且其代謝途徑和功能都涉及到碳水化合物。長(zhǎng)期服用GC可引起體內(nèi)脂質(zhì)積聚、腸道菌群結(jié)構(gòu)改變和結(jié)腸黏液分泌減少,這些生理變化的機(jī)制可能包括晝夜節(jié)律紊亂和糖皮質(zhì)激素受體(glucocorticoid receptor,GR)表達(dá)失調(diào)。Wu 等[15]研究顯示,長(zhǎng)期外源性GC導(dǎo)致下丘腦-垂體-腎上腺軸(he hypothalamic-pituitary-adrenal axis,HPA axis)的長(zhǎng)期激活狀態(tài)是內(nèi)源性GC的分泌發(fā)生改變,這與腸道微生物群變化有關(guān),GC治療導(dǎo)致了高豐度水平的變形桿菌、酵母菌、螺旋菌,這與“促炎癥及免疫”相關(guān);另一方面,GC導(dǎo)致腸道菌群的變化使腸組織中黏液分泌水平發(fā)生變化,進(jìn)而上調(diào)結(jié)腸抗菌肽相關(guān)基因(如TLR-2和defa8)的轉(zhuǎn)錄水平,GC誘導(dǎo)的炎癥與免疫反應(yīng)是腸道微生物群結(jié)構(gòu)變化的直接因素[15],而OP的發(fā)生與腸道免疫系統(tǒng)密切相關(guān)[16]。

模型組差異較明顯的KEGG代謝途徑有xenobiotics biodegradation and metabolism、cell motility、carbohydrate metabolism、transport and catabolism、signal tranabolism、membrane transport、nervous system、neurodegenerative disease等,差異較明顯的COG功能有cell motility、energy production prediction and conversion、defense mechanisms、function unknown、transcription、carbohydrate transport and metabolism等。研究顯示,碳水化合物參與的能量轉(zhuǎn)運(yùn)與代謝在GIOP的發(fā)生過(guò)程中具有重要的作用,而骨鈣素的能量轉(zhuǎn)運(yùn)與代謝調(diào)節(jié)作用參與了在這一過(guò)程中[17];在GIOP的病理過(guò)程中神經(jīng)-內(nèi)分泌-免疫網(wǎng)絡(luò)發(fā)揮了重要作用,神經(jīng)系統(tǒng)可通過(guò)多種骨代謝相關(guān)信號(hào)通路(如OPG/RANK/RANKL信號(hào)通路)P物質(zhì)、神經(jīng)肽Y促進(jìn)骨髓間充質(zhì)干細(xì)胞增殖及向成骨細(xì)胞的分化和礦化以促進(jìn)成骨作用、通過(guò)β2腎上腺素受體,參與交感神經(jīng)系統(tǒng)對(duì)骨重建的調(diào)控作用,以抑制骨量的丟失[18];而免疫細(xì)胞本身作為破骨細(xì)胞的前體參與骨代謝[19];在本研究中16S rRNA分析得出GIOP模型大鼠腸道菌群的功能及通路主要有能量轉(zhuǎn)運(yùn)與代謝、神經(jīng)系統(tǒng)及免疫功能等,與上述研究相符合。

綜上,本研究成功復(fù)制糖皮質(zhì)激素誘導(dǎo)大鼠骨質(zhì)疏松模型,應(yīng)用16S rRNA技術(shù),分析了模型組和正常組大鼠腸道菌群結(jié)構(gòu)及功能的變化情況,對(duì)從腸道菌群方面闡明GIOP發(fā)病、病理變化機(jī)制和進(jìn)一步深入研究及指導(dǎo)治療具有重要意義。隨著腸道菌群對(duì)機(jī)體健康機(jī)制的逐步闡明,從腸道菌群方面預(yù)防和治療疾病的思路及方法受到越來(lái)越多學(xué)者的關(guān)注與重視,這為進(jìn)一步從“腸-骨軸”方面研究防治OP提供了便利。但是,腸道菌群本身是一個(gè)非常復(fù)雜的器官,其對(duì)機(jī)體的調(diào)節(jié)更是全方位、多途實(shí)現(xiàn)的,所以其對(duì)GIOP復(fù)雜的調(diào)節(jié)及防治機(jī)制仍需要進(jìn)一步深入研究。

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