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DNA/銀納米簇介導(dǎo)的功能核酸生物傳感器研究進展

2020-07-10 06:42楊敏李舒婷楊文平李相陽許文濤
生物技術(shù)通報 2020年6期
關(guān)鍵詞:探針熒光模板

楊敏 李舒婷 楊文平 李相陽 許文濤

(1. 北京農(nóng)學(xué)院食品科學(xué)與工程學(xué)院,北京 100083;2. 北京食品營養(yǎng)與人類健康高精尖創(chuàng)新中心 中國農(nóng)業(yè)大學(xué),北京 100083)

貴金屬納米團簇是由 Au、Ag和Pt 等貴金屬元素組成的分子聚集體,一般由幾個到幾十個原子組成。金屬納米團簇的理化性質(zhì)對其物理尺寸有強烈的依賴性,當(dāng)尺寸接近電子的費米波長(金和銀約0.5 nm),連續(xù)的密度態(tài)分裂成類似于分子的不連續(xù)的能級,與激發(fā)光相互作用時電子能夠在能級之間轉(zhuǎn)換,進而能發(fā)出強烈的熒光[1],顯現(xiàn)出獨特的電學(xué)和光學(xué)性能[2]。其中,以DNA為模板的銀納米簇(Ag NCs)由于其高熒光量子產(chǎn)率(> 50%),良好的光穩(wěn)定性,低毒性,生物相容性,易合成等優(yōu)點而引起了廣泛關(guān)注[3]?;诖耍疚膶NA / Ag NCs在生物傳感器及其應(yīng)用方面的研究展開綜述,并著重介紹了其在細胞成像及抑菌方面的應(yīng)用,最后總結(jié)了DNA / Ag NCs生物傳感器目前存在的不足和未來發(fā)展的趨勢,以期為研究者提供借鑒。

1 DNA/銀納米簇的制備及基本性質(zhì)

1.1 DNA/銀納米簇的制備方法

DNA,特別是胞嘧啶堿基C與銀離子之間有強烈的親和性[4],有證據(jù)表明迄今為止最成功的AgNCs就是用 DNA 為模板合成的,這種強烈親和性使得銀離子能夠維持雙鏈DNA的胞嘧啶之間C-C的錯配[5]。并且該方法制備條件溫和,制備的銀納米簇?zé)晒庑再|(zhì)穩(wěn)定,生物相容性好,這些優(yōu)點使得DNA穩(wěn)定的銀納米簇的研究最為廣泛。

Zheng等[6]首次報道了用DNA為模板合成熒光銀納米簇,以含有12個堿基5'-AGGTCGCCGCCC-3'的DNA序列為模板,磷酸緩沖液為反應(yīng)體系的緩沖液,NaBH4作為還原劑,在冰浴條件下合成了熒光銀納米簇,制備出的熒光銀納米簇穩(wěn)定性好、溶于水、顆粒均勻。該Ag NCs在400 nm-550 nm有強的紫外吸收峰,在630 nm左右有熒光發(fā)射,質(zhì)譜數(shù)據(jù)顯示所合成的Ag NCs只有1-4個Ag原子。后續(xù)的多次研究又強調(diào)了堿基種類、堿基序列以及 DNA的二級結(jié)構(gòu)對合成DNA穩(wěn)定的Ag NCs的關(guān)鍵作用[7-10]。隨后 O’Neill等[11]報道了用發(fā)卡狀 DNA(環(huán)上含 3-12個C)合成發(fā)熒光的Ag NCs,結(jié)果表明,環(huán)上C的數(shù)量可以調(diào)節(jié)所得Ag NCs的穩(wěn)定性和熒光。因此,很多用于合成 DNA / Ag NCs 的模板都是富含胞嘧啶的單鏈DNA(ssDNA)或者是包含一段C環(huán)的發(fā)夾結(jié)構(gòu) DNA 和雙鏈DNA(dsDNA)。之后,Huang等[12]發(fā)現(xiàn)含錯配堿基對的雙鏈DNA 也被用于位點特異性的Ag NCs的合成,分子規(guī)模的Ag NCs位于錯配堿基對附近,而整體DNA還保持完整結(jié)構(gòu)。

1.2 DNA/銀納米簇的表征

由于合成Ag NCs的DNA寡核苷酸的單分散性,使用電噴霧質(zhì)譜(Electrospray ionization mass spectrometry,ESI-MS)可以精確地確定納米團簇的化學(xué)計量學(xué)[13]。紫外-可見吸收光譜可以用來測定Ag NCs的最大吸收波長;熒光光譜可通過熒光分光光度計來獲得,從而獲得Ag NCs的熒光發(fā)射情況;Ag NCs的形貌和大小可借助透射電子顯微鏡(Transmission electron microscopy,TEM)來觀察和測量[14]。紫外可見光譜和圓二色光譜均可用來探討Ag NCs的結(jié)構(gòu)變化及其熒光變化機制[15]。

2 多色DNA/銀納米簇的調(diào)控機制

Ag NCs周圍的配體/堿基環(huán)境是決定熒光發(fā)射顏色的重要因素,成核序列不同以及靠近Ag NCs的序列(增強子序列)不一樣,Ag NCs產(chǎn)生的熒光都可能會不一樣。目前DNA / AgNCs的熒光發(fā)射有四種主要的顏色,分別為紅、黃、藍、綠,如圖1所示。此外還有近紅外發(fā)射光。據(jù)報道,DNA / AgNCs由一個由Ag+離子包圍的核心/群中性Ag原子組成。中性原子的數(shù)目決定了原子團簇的發(fā)射波長,而Ag+離子將核心和DNA堿基“黏合”在一起[16-17]。Copp等[18]先前證明綠色和紅色發(fā)射往往分別與4個和6個中性核心銀原子有關(guān)。此后,該團隊又基于質(zhì)譜分析,發(fā)現(xiàn)DNA / Ag NCs的紅色發(fā)射極含有6個中性的Ag原子和8個Ag+離子,綠色發(fā)射極含有4個中性的Ag原子。這意味著兩個Ag原子從原始紅色發(fā)射極的核心氧化成Ag+,從而導(dǎo)致熒光顏色的轉(zhuǎn)變[19]。

圖1 DNA/銀納米簇4種主要的熒光顏色

Dickson課題組[20]以不同的DNA序列為模板合成的具有不同顏色的熒光發(fā)射的熒光銀納米簇光譜,如表1所示,這些銀納米簇模板都以C12為基礎(chǔ),通過變動中間部分的堿基類型和順序,合成的熒光銀納米簇的熒光發(fā)射光譜從可見光區(qū)域跨越到近紅外區(qū)域。

表1 五種不同單鏈DNA序列為模板穩(wěn)定的銀納米簇的發(fā)射光

Sengupta等[21]小組利用3種不同序列的DNA(dT12、dT4C4T4和dC4T4C4)探討了銀納米簇的激發(fā)波長對堿基序列的選擇性。光譜分析表明以聚T堿基的DNA為模板合成的銀納米簇發(fā)出藍色或綠色熒光,而以聚C堿基的DNA為模板的銀納米簇除了可以發(fā)出藍、綠熒光,還可以發(fā)出紅色熒光。對dC4T4C4進行了研究表明簇的形成取決于寡核苷酸的濃度,較高的濃度有利于紅色熒光的產(chǎn)生,在較低濃度的dC4T4C4中,一種藍色/綠色的熒光納米簇占主導(dǎo)地位。

2011年,Yeh團隊[22]表明當(dāng)DNA / Ag NCs與富含鳥嘌呤的DNA鏈靠近時,可以使Ag NCs的熒光從無到有,發(fā)出強的紅色熒光,或使紅色熒光增強,這依賴于Forster能量轉(zhuǎn)移作為熒光開/關(guān)(on /off)切換機制,且鳥嘌呤N7位點在觀察到的紅色熒光增強中起關(guān)鍵作用。當(dāng)Ag NCs與富含胸腺嘧啶的DNA鏈鄰近時,產(chǎn)生綠色熒光增強,而富含腺嘌呤的DNA鏈鄰近時沒有產(chǎn)生任何可測量的熒光增強。

Li等[23]的研究表明,在充滿高密度葡聚糖的擁擠環(huán)境中制備的銀納米團簇與水溶液相比,具有更小的粒徑和更高的熒光量子產(chǎn)率。Cerretani等[24]的研究表明,5'-TTCCCACCCACCCCGGCCCGT-3'能穩(wěn)定紅色和綠色發(fā)射極,并可通過加入H2O2或NaBH4引發(fā)兩團簇之間的切換。此外,一些非熒光中間體物質(zhì)的形成會限制兩個發(fā)射器之間的完全可逆性。

3 DNA/銀納米簇介導(dǎo)的功能核酸傳感器

3.1 DNA/銀納米簇介導(dǎo)的“turn-on”型功能核酸熒光生物傳感器

核酸探針是指帶有標(biāo)記物的序列已知的核酸片段,它可以與其互補的核酸序列雜交形成雙鏈。以DNA為模板生成的Ag NCs是目前一種新興的熒光探針,它比半導(dǎo)體量子點具有更小的體積,并且能比常用的有機染料有更好的光穩(wěn)定性和亮度[16]。當(dāng)Ag NCs足夠小時,它們表現(xiàn)出很強的光吸收和發(fā)射能力,這使得它們幾乎成為單分子光譜中理想的熒光基團[22]。另外,Ag NCs由于其光譜特性高度依賴于DNA的序列和結(jié)構(gòu),已被研究者廣泛應(yīng)用于構(gòu)建功能核酸熒光生物傳感器來進行生物分析。

3.1.1 無信號放大策略 在2011年,Kun等[25]發(fā)現(xiàn)DNA雙鏈中的堿基缺失位點(AP位點)可以作為Ag NCs生成的支架,在含AP位點的DNA雙鏈中,熒光Ag NCs的形成對AP位點表面的胞嘧啶和位點側(cè)面的鳥嘌呤具有高度選擇性?;贏g NCs形成對AP位點微環(huán)境的依賴性,作者構(gòu)建了一個“signalon”熒光傳感平臺用于DNA單核苷酸多態(tài)性(Singlenucleotide polymorphism,SNP)的檢測。當(dāng)存在靶標(biāo)鏈時,靶標(biāo)鏈與探針結(jié)合,在AP位點處可形成Ag NCs,在670 nm波長處發(fā)出強熒光;當(dāng)靶標(biāo)鏈發(fā)生單堿基突變時,在AP位點處無法生成Ag NCs,無熒光產(chǎn)生。熒光Ag NCs對AP位點周圍序列的強烈依賴性已成功地用于鑒定癌癥抑制基因p53的密碼子177中的突變。

Zhu等[26]開發(fā)了一種新型的DNA / Ag NCs探針,用于基于TdT介導(dǎo)的聚合和支架鏈置換反應(yīng)的原位凋亡細胞檢測和成像。為了制備開啟熒光DNA/ AgNC探針,應(yīng)用含有兩個結(jié)構(gòu)域I和II的單鏈DNA S1。富含胞嘧啶的結(jié)構(gòu)域I對Ag+表現(xiàn)出強親和力,可以容易地制備熒光核酸穩(wěn)定的Ag NCs。由于結(jié)構(gòu)域II與BHQ標(biāo)記的DNA S2部分雜交,猝滅劑位于Ag NCs附近,通過熒光共振能量轉(zhuǎn)移(FRET)有效淬滅DNA / Ag NCs的熒光。在凋亡細胞的細胞核中,TdT分別使用DSB和dATP作為引物和底物,將poly-dA添加到DSB的3'-OH末端。然后,細長的poly-dA鏈與DNA / Ag NCs探針的3'ploy-T突出端雜交,并啟動前端鏈置換。由靶poly-dA DNA鏈引發(fā)的鏈置換從DNA / Ag NC探針釋放猝滅劑標(biāo)記的DNA,導(dǎo)致DNA / Ag NCs的顯著熒光點亮,用于敏感檢測細胞凋亡。該方法可以在體外檢測至少20個凋亡細胞。

3.1.2 有信號放大策略

3.1.2.1 鳥嘌呤接近 根據(jù)鳥嘌呤靠近使得熒光增強呈現(xiàn)的是一種“turn-on”的模式,當(dāng)不存在目標(biāo)分析物時,熒光銀納米簇與富含鳥嘌呤的增強序列是呈現(xiàn)完全分離的狀態(tài),所以背景熒光信號非常低。Yeh等[27]發(fā)現(xiàn)以CCCTTAATCCCC為模板合成的銀納米簇,當(dāng)模版延長部分序列與一段包含有富G序列的DNA雜交后,能夠得到熒光強度增強了500倍的紅色熒光銀簇。在此基礎(chǔ)上,該團隊還設(shè)計一個變色的銀納米簇探針(cNCB),在銀納米簇、富G序列和待測序列同時存在時產(chǎn)生橘色的銀納米簇?zé)晒猓?dāng)待測序列的其中一個堿基發(fā)生突變后會產(chǎn)生紅色的銀納米簇?zé)晒?,兩種不同情況下合成的銀納米簇?zé)晒獍l(fā)射波長卻相差幾十納米,因而實現(xiàn)對單堿基突變的檢測[28]。

Li等[29]提出了一種結(jié)合誘導(dǎo)熒光激活法來檢測α-淀粉酶,使用兩種適體(Apt15和Apt29),并通過序列元件進行修飾。使用12個核苷酸序列將第一個適體與5'末端的納米簇成核序列連接起來。第二個適體通過互補序列與3'末端的富含G的突出端連接。兩個適體探針與靶蛋白的結(jié)合啟動與每個適體連接的互補接頭序列之間的雜交,從而使富含G的突出端與Ag NCs緊密接近,導(dǎo)致顯著的熒光增強。通過該方法,對于人α-凝血酶,實現(xiàn)了1 nmol/L的檢測限和5 nmol/L-2 μmol/L的線性動態(tài)范圍。

3.1.2.2 金屬離子 Zhang等[30]報道了基于DNA /Ag NCs的信號增強熒光適體傳感器,用于同時檢測赭曲霉毒素A(Ochratoxin a,OTA)和黃曲霉毒素B 1(AFB 1)。在添加Zn2+后,熒光強度明顯增加,從而使OTA的檢出限低至0.2 pg/mL,AFB1的檢出限低至0.3 pg/mL。Lee等[31]用Ag+來觸發(fā)DNA/ Ag NCs的熒光從弱紅色轉(zhuǎn)換為強綠色來檢測Ag+。Ag+通過在兩個Cyt12/ Ag NCs之間形成橋,誘導(dǎo)Cyt12/ Ag NCs二聚體結(jié)構(gòu)的形成,這種二聚體的形成使Cyt12-Ag NCs的熒光從紅色變?yōu)榫G色。使用這種Ag+觸發(fā)的熒光轉(zhuǎn)換可檢測到濃度低至10 nmol/L的Ag+。

3.1.2.3 與其他納米材料結(jié)合 Khan等[32]開發(fā)了一種基于適配體銀納米簇(DNA / Ag NCs)/二硫化鉬納米片(MoS2)的熒光檢測真菌毒素T-2的方法。使用的DNA鏈包含3段,包括穩(wěn)定銀簇片段(C12)、連接片段和T-2毒素適配體片段。以此DNA合成發(fā)紅色熒光的銀納米簇會吸附到二硫化鉬納米片表面,通過熒光共振能量轉(zhuǎn)移(Fluorescence resonance energy transfer,F(xiàn)RET),造成熒光猝滅。而目標(biāo)物存在時,由于適配體作用,會把銀簇從納米片表面拉開,F(xiàn)RET作用失效,熒光恢復(fù)?;诖嗽?,對T-2進行了靈敏性檢測。動態(tài)定量范圍為0.005 ng/mL-500 ng/mL,檢測線為0.93 pg/mL。

3.2 DNA/銀納米簇介導(dǎo)的“turn-off”型功能核酸生物傳感器

3.2.1 生物大分子 Yang等[33]利用DNA納米銀簇(DNA / Ag NCs)的熒光特性,開發(fā)了一種能夠高特異性檢測靶miRNA存在的DNA / Ag NCs探針。首先設(shè)計了一條DNA序列,它具有針對靶miRNA的特異性互補序列和用于產(chǎn)生紅色發(fā)射Ag NCs的12個核苷酸的支架。當(dāng)存在靶miRNA時,DNA /Ag NCs探針的發(fā)射顯著低于不存在靶miRNA或其他miRNA的情況。

作為生物硫醇,Cys在其參與可逆氧化還原反應(yīng)、解毒和代謝過程中起著至關(guān)重要的作用。Wang等[34]開發(fā)了一種簡單的Cys檢測方法,檢測系統(tǒng)由DNA / Ag NCs和Cys檢測靶組成。DNA鏈由成核序列和富含G的適體序列組成,富含G序列的存在可以顯著增強Ag NCs的熒光信號,利用此DNA鏈作為模板合成一種具有強熒光信號的銀簇納米材料。在Cys或其他生物硫醇的存在下,由于S-Ag鍵的產(chǎn)生,DNA / Ag NCs的熒光可以被強烈猝滅。該方法對Cys的線性檢測范圍為0.1 nmol/L-100 nmol/L,檢測限為0.05 nmol/L。

3.2.2 金屬離子 Peng等[35]設(shè)計了一種新的熒光寡核苷酸穩(wěn)定的銀納米團簇(DNA / Ag NCs)探針,用于靈敏檢測汞和銅離子。該探針含有兩個定制的DNA序列。一種是信號探針,其含有富含胞嘧啶的序列模板,用于Ag NCs合成和兩端的連接序列。另一種是富含鳥嘌呤的序列,用于信號增強和與信號探針的連接序列互補的連接序列。雜交后,基于DNA / Ag NCs在富含鳥嘌呤的DNA序列附近的熒光增強效應(yīng),雜交的雙鏈DNA / Ag NCs的熒光增強了200倍并且比單鏈DNA / Ag NCs穩(wěn)定。在Hg2+或Cu2+存在的情況下可以猝滅其熒光,因此可以用作檢測汞和銅離子的新型熒光探針,線性檢測6.0-160.0和6 nmol/L-240 nmol/L范圍內(nèi)的汞和銅離子,檢測限分別為2.1 nmol/L和3.4 nmol/L。

3.2.3 小分子 Ding等[36]提出了DNA模板銅/銀納米簇(DNA-Cu / Ag NCs)熒光探針用于選擇性檢測 S2-。 用 DNA 模 板(5'-CCCTTAATCCCC-3') 合成具有優(yōu)異熒光特性的DNA-Cu / Ag NCs熒光探針。然而,一旦引入含有S2-的溶液,由于硫離子與銀和銅原子具有強親和力,熒光DNA-Cu / Ag NCs探針的結(jié)構(gòu)變化誘導(dǎo)其熒光淬滅。通過DNA-Cu / Ag NCs檢測的熒光強度的變化定量檢測S2-的濃度。所提出的方法允許在10 pmol/L-1 mmol/L的S2-濃度范圍內(nèi)使用,檢測線為3.75 pmol/L。

3.3 DNA/銀納米簇介導(dǎo)的“比率型”功能核酸熒光生物傳感器

大多數(shù)Ag NCs只具有單一的熒光信號,阻礙了Ag NCs探針的實際應(yīng)用和發(fā)展。因此,具有多個發(fā)射峰的變色龍Ag NCs為敏感的比率目標(biāo)檢測提供了一種新的可能性。Zhou等[15]設(shè)計了一種新型的變色龍DNA模板Ag NCs,其熒光顏色可以通過互補DNA、非熒光輔助Ag NCs和Mg2+的調(diào)控在黃色、橙色和紅色之間進行切換。以A20-C55為模板的Ag NCs(A20-C55-NC)在磷酸鹽緩沖溶液中具有強黃色熒光(Y信號)。當(dāng)通過模板雜交靠近無熒光輔助Ag NCs時,Y信號減少而新的紅色發(fā)射(R信號)上升,導(dǎo)致Ag NCs溶液從黃色到紅色的顯著顏色變化;另一方面,A20-C55-NC與互補DNA(T20)的雜交大大增強了Y信號;而A20-C55-NC在Mg2+存在下同時顯示出具有相同強度的R和Y信號;因此,變色龍Ag NCs實現(xiàn)了可控的多色熒光變化,無論是在雙鏈還是發(fā)夾形結(jié)構(gòu),比率探針都顯示出具有納摩爾敏感性的信號響應(yīng)指數(shù)生長。

Wang等[37]構(gòu)建了一種為單一熒光團的新型比率熒光納米傳感器已成功構(gòu)建,用于超靈敏和特異性檢測Pb2+。G-DNA的G1區(qū)段與R-DNA的R1區(qū)段雜交,形成含有Pb2+依賴的DNAzyme的雙鏈體。G-DNA的G2區(qū)段模板化Ag NCs(G-DNA / Ag NCs)發(fā)射綠色熒光。同時,G2-1的片段與R2-1片段的雜交,不僅有助于穩(wěn)定Pb2+依賴的DNAzyme的構(gòu)型而且還使R2富G序列接近形成的G-DNA / Ag NCs,將綠色發(fā)射G-DNA / Ag NCs轉(zhuǎn)化為紅色。dsDNA/ Ag NCs含有Pb2+依賴的DNAzyme的rA切割位點,在Pb2+存在下,特異性DNA片段將從dsDNA/ Ag NCs釋放,導(dǎo)致DNA / Ag NCs從紅色變?yōu)榫G色,由于Pb2+可以連續(xù)切割rA位點,因此從紅色到綠色發(fā)射的信號變化被放大。該傳感器從0.001 nmol/L-10 nmol/L表現(xiàn)出良好的線性關(guān)系,Pb2+測定的檢出限為1.0 pmol/L,低于大多數(shù)檢測Pb2+生物傳感器。

3.4 DNA/銀納米簇介導(dǎo)的功能核酸電化學(xué)生物傳感器

電化學(xué)生物傳感器因具有操作簡單、穩(wěn)定性好、靈敏度高、可實時監(jiān)測等優(yōu)點,在食品安全、環(huán)境檢測、轉(zhuǎn)基因測定、醫(yī)藥工業(yè)等領(lǐng)域日益得到了科研工作者的重視。而金屬納米粒子一般具有較好的導(dǎo)電性能,催化性能及吸附能力,可以大大提高傳感器的靈敏度。Jie等[38]利用雙功能Ag NCs和多重擴增策略,合成了新型Ag NCs并將其用作多功能電化學(xué)發(fā)光和電化學(xué)信號探針。在長dsDNA模板修飾的電極上原位合成了大量Ag NCs,放大了電化學(xué)發(fā)光信號,用于靈敏檢測凝血酶。DPV峰電流顯示出與1.0 fmol/L-10.0 nmol/L的目標(biāo)濃度的對數(shù)線性依賴性,測限在3σ時為0.1 fmol/L。

Quan等[39]開發(fā)了一種基于銀納米團簇(Ag NCs)/辣根過氧化物酶(Horseradish peroxidase,HRP)納米復(fù)合物(Ag NCs-HRP)的納米探針,用于癌胚抗原(Carcino-embryonic antigen,CEA)的電化學(xué)檢測。通過含有CEA適體和C12的DNA模板合成Ag NCs。隨著HRP吸附到Ag NCs上,形成了可以與CEA特異性結(jié)合的納米探針(Ag NCs-HRP)。將抗CEA抗體,CEA和納米探針依次裝配到電極表面后,電極表面的HRP可催化3,3'-二甲氧基聯(lián)苯胺(DB)聚合形成PDB絕緣聚合物薄膜。因此,F(xiàn)e(CN)63-/4-溶液中電極的氧化還原電流減小,并且降低的氧化還原電流與檢測到的CEA濃度成比例,實現(xiàn)了對CEA檢測的高靈敏度。降低的電流與CEA在1 pg-10 ng/mL范圍內(nèi)的濃度呈對數(shù)關(guān)系,檢測限為0.5 pg/mL。

3.5 DNA/銀納米簇介導(dǎo)的其他類型功能核酸生物傳感器

3.5.1 溫度傳感器 大多數(shù)的溫敏材料只有單一的信號響應(yīng),沒有更好的熒光穩(wěn)定性和對比度。Oemrawsingh和 Zhao等[40-41]的研究為 Ag NCs的熒光受溫度變化的調(diào)控提供了明確的證據(jù),但熒光Ag NCs對溫度并沒有明顯的線性響應(yīng)。Zhou等[42]首次報道了一種新型的雙熒光溫度敏感型DNA模板化Ag NCs對,成功地指示了活細胞的溫度,并且證明了溫度誘導(dǎo)的熒光響應(yīng)是由于DNA模板的雜交和去雜交引起的Ag NCs對的整合和分離。用兩個富含C的DNA支架合成銀納米簇(A1-NC,A2-NC),由于A1和A2具有互補序列,使A1-NC,A2-NC彼此靠近,從而獲得了對溫度敏感的銀納米簇對(A-NCP)。A-NCP在 640 nm(A-FL640) 和 570 nm(A-FL570)處呈現(xiàn)兩個明亮的發(fā)射帶,而B-NCP在685 nm(B-FL685)和620 nm(B-FL620)處實現(xiàn)熒光峰值。隨著溫度的升高,A-NCP(A-FL570)的熒光發(fā)射增加,A-FL640減少;B-NCP(B-FL685和B-FL620)的熒光發(fā)射同時降低。因此,A-NCP熒光顏色顯示出從橙色到黃色的變化,而B-NCP的熒光顏色從橙色變?yōu)闊o色,實現(xiàn)了對應(yīng)于15-45℃溫度的敏感變化。此外,發(fā)夾型(AH和BH)模板合成的銀納米簇的熒光對溫度也有類似的響應(yīng)效果。

3.5.2 石英晶體微量天平生物傳感器 Zhou等[43]開發(fā)了一種新型石英晶體微量天平(QCM)生物傳感器,以DNA / Ag NCs作為高效信號放大器,實現(xiàn)了對核酸進行高靈敏度和無標(biāo)記的檢測。用探針DNA對QCM進行修飾,使其特異性地捕獲目標(biāo)DNA。然后,將DNA模板化的Ag NCs組裝起來,通過與DNA骨架相連的Ag+增強QCM傳感器的靈敏度,然后氫醌誘導(dǎo)Ag NCs的還原形成。用TEM和AFM進一步證實了DNA模板化Ag NCs的形成。結(jié)果表明,在這種放大模式下,QCM傳感器的頻率響應(yīng)高達87倍。頻率響應(yīng)與DNA濃度在0.6 nmol/L-30 nmol/L范圍內(nèi)呈線性關(guān)系,檢出限為0.1 nmol/L。

3.5.3 智能邏輯生物傳感器 作為信號轉(zhuǎn)導(dǎo)器,DNA / Ag NCs優(yōu)于有機染料和量子點,因為DNA /Ag NCs的使用不僅避免了DNA與信號指示劑的共價標(biāo)記,而且更容易被引入DNA邏輯系統(tǒng)[44]。這些內(nèi)在特性賦予DNA / Ag NCs在并行/級聯(lián)邏輯門和計算電路的開發(fā)中具有前景的應(yīng)用。

Zhang等[45]構(gòu)造了基于銀納米團簇(Ag NCs)/氧化石墨烯(GO)的一系列邏輯電路以執(zhí)行非算術(shù)功能,包括3位、4位和5位奇數(shù)/偶數(shù)檢查,由此產(chǎn)生的設(shè)備可以區(qū)分0-31范圍內(nèi)的偶數(shù)和奇數(shù)十進制數(shù)。另外,這些裝置可以在生物基質(zhì)中穩(wěn)定地執(zhí)行它們的邏輯操作,表明基于Ag NCs / GO的系統(tǒng)可以在復(fù)雜的生物環(huán)境中操作。Fan等[44]結(jié)合GO對DNA模板化Ag NCs的猝滅能力和G-四鏈體增強的卟啉染料熒光強度,首次構(gòu)建了無標(biāo)簽、無酶的2-to-1、4-to-2編碼器和1-to-2解碼器。此外,Lin等[46]首次將DNA / Ag NCs的多路復(fù)用器用作智能生物傳感器,以高靈敏度識別大腸桿菌和金黃色葡萄球菌致病基因,在通用平臺上集成多個DNA邏輯門,實現(xiàn)了先進的邏輯功能。該研究簡單易用,為多分子器件的集成和智能診斷提供了一種有指導(dǎo)意義的方法。

4 DNA/銀納米簇介導(dǎo)的功能核酸生物傳感器的應(yīng)用

4.1 DNA/銀納米簇用于胞內(nèi)成像

在過去的20年中,具有分子樣能級的少數(shù)原子貴金屬納米團簇已經(jīng)成為具有顯著光電性質(zhì)的新型熒光團[47]。由于DNA / Ag NCs易于合成的途徑,良好的光穩(wěn)定性和生物相容性以及高量子產(chǎn)率的優(yōu)良特性,使其成為許多應(yīng)用的有力候選者,特別是在生物成像方面[48]。

4.1.1 細胞成像 靈敏、特異的腫瘤細胞檢測不僅對腫瘤的早期診斷,而且對腫瘤轉(zhuǎn)移的研究具有重要意義。Ai等[49]利用AS1411為模板來合成銀納米團簇以發(fā)掘其潛在應(yīng)用。在形成銀納米團簇后,AS1411仍然保持其結(jié)構(gòu)并且能夠與癌細胞中的核仁蛋白結(jié)合。同時,這種結(jié)合可以極大地增強銀納米團簇的熒光強度。該性質(zhì)可直接用于HeLa細胞的生物成像。

Li等[50]受到真核細胞核中普遍存在的端粒含有重復(fù)DNA序列TTAGGG的啟發(fā),基于DNA /Ag NCs在細胞核內(nèi)的原位熒光激活作用,開發(fā)了一種新穎、簡便、無標(biāo)記、特異性和通用的細胞核成像方法。NC-a模板化的Ag NCs和富含G的b序列將通過與DNA探針C-ab互補而聚集在一起。從而使Ag NCs的熒光激活。此外,研究者還根據(jù)端粒的重復(fù)序列TTAGGG設(shè)計了具有不同富含G序列的5個探針。結(jié)果表明,在C-ab存在下,所有五種探針均可作為Ag NCs的有效熒光增強劑,從而進一步驗證了無熒光的Ag NCs可以通過端粒序列激活。然后用CEM細胞作為模型,流式細胞術(shù)測定顯示無熒光的Ag NCs可以快速進入細胞并且在沒有洗滌的簡單孵育后,熒光被強烈激活,實現(xiàn)了原位細胞成像。

Yin等[51]提出了一種基于識別誘導(dǎo)的適配體構(gòu)象改變從而使富含鳥嘌呤的DNA序列靠近DNA /Ag NCs,利用熒光增強效應(yīng)來檢測癌細胞的策略。DNA探針是發(fā)夾結(jié)構(gòu),由3'端的目標(biāo)特異性適配體序列、富含鳥嘌呤的DNA序列和5'端的臂段(表示為識別探針)組成。另一個作為信號探針,包含一個用于Ag NCs模板合成的序列和一個與識別探針的ARM段互補的鏈接序列。適體與癌細胞的識別和結(jié)合迫使識別探針進行構(gòu)象改變,進而啟動識別探針的臂段與信號探針的連接序列之間的雜交。然后Ag NCs靠近富含G的DNA,從而增強熒光。實驗結(jié)果表明,該策略采用特異性適配體sgc8c能對CCRF-CEM細胞進行特異性成像,在200 μL結(jié)合緩沖液中檢測到低至150個CCRF-CEM細胞。

4.1.2 酶活檢測 Huang等[52]構(gòu)建了一種新型熒光報告基因,可以實現(xiàn)端粒酶活性的檢測。此外,探針成功用于區(qū)分正常細胞和癌細胞,并監(jiān)測用抑制模型藥物治療后的實時端粒酶活性反應(yīng)。低熒光的H-Ag NCs探針設(shè)計含有3個功能性DNA支架(H序列):Ag NCs的模板序列polyC、T5環(huán)、9個堿基的互補序列。探針中的端粒DNA可以在端粒酶存在的情況下延伸,得到幾個重復(fù)的TTAGGG序列,然后重復(fù)序列與探針中的互補序列雜交形成自發(fā)夾結(jié)構(gòu),由于富含G序列接近而導(dǎo)致 Ag NCs顯著的熒光增強?;跓晒庠鰪?,可以檢測和成像細胞內(nèi)端粒酶活性。相反,如果細胞中端粒酶活性不足,底物不能延長,則無法觀察到H-Ag NCs探針的熒光。

4.2 DNA/銀納米簇的抑菌作用

一定的時間內(nèi),銀納米抗菌劑可以使某些細菌、真菌或病毒等微生物的生長繁殖保持在必要水平以下。納米銀可通過3種機制破壞細菌膜:首先,從納米銀中釋放出的Ag+可以在細菌膜中遷移,從而導(dǎo)致細胞死亡;其次,細胞質(zhì)中的巰基或細胞質(zhì)中的磷基團與Ag+之間的相互作用會導(dǎo)致活性氧(ROS)的產(chǎn)生,從而抑制DNA的復(fù)制能力。最后,細胞膜和銀納米之間的靜電相互作用形成了可作為運輸屏障的壁坑[53-54],從而使細胞出現(xiàn)功能障礙而死亡。

Yang等[55]首次使用支鏈DNA作為支架來調(diào)節(jié)銀納米團簇(super-Ag NCs)的形成,其空間結(jié)構(gòu)被精確設(shè)計和構(gòu)建。ssDNA的互補黏端的雜交合成分支的DNA / Ag NCs,實現(xiàn)了具有可調(diào)形狀和臂長的超級Ag NCs,包括Y、X和(Y-X)形超級Ag NCs。超級Ag NCs表現(xiàn)出優(yōu)異的抗菌性能,濃度為20 μmol/L的(Y-X)-super-NC可使細菌生長延遲至8 h。超級Ag NCs增強抑菌效果的原因可能是超級NCs提供更高濃度的Ag+并且其分支結(jié)構(gòu)增加了Ag+與細菌接觸以及與細菌表面黏附的機會。

Javani等[56]探討了 DNA / Ag NCs在革蘭氏陽性和革蘭氏陰性細菌中的抗菌特性。在測試了9種具有不同序列和長度的寡核苷酸后發(fā)現(xiàn),抗菌活性取決于所用寡核苷酸的序列。將Ag NCs按熒光顏色分組為藍色、黃色和紅色發(fā)射體,結(jié)果表明,藍色發(fā)射體產(chǎn)生的抗菌活性較差,而黃色和紅色發(fā)射體則具有與硝酸銀相似的活性。并基于以上發(fā)現(xiàn)制備了三聚體結(jié)構(gòu),其中含有提供最佳抗菌活性的序列,其可以抑制亞微摩爾范圍內(nèi)革蘭氏陽性和陰性細菌的生長。

5 總結(jié)與展望

本文介紹了基于DNA / Ag NCs開發(fā)的一系列生物傳感器,總結(jié)了其在分析檢測、體內(nèi)成像及抑菌方面的應(yīng)用??偟膩碚f,DNA / Ag NCs介導(dǎo)的生物傳感器可以檢測生物體內(nèi)特定酶的活性、某一段基因序列、重金屬,真菌毒素等多種靶標(biāo)分子,還可以基于細胞成像進行癌細胞以及酶活的檢測。此外,DNA / Ag NCs的形狀以及DNA模板序列對其抑菌作用都有影響。

目前對于DNA / Ag NCs生物傳感器的研究仍處于探索階段,如何有效的控制DNA / Ag NCs核的生長速率,提高材料的性能還需要繼續(xù)研究?,F(xiàn)有的研究在DNA / Ag NCs熒光的轉(zhuǎn)變以及增強的機制還不夠清晰,對DNA / Ag NCs的形貌調(diào)控和納米尺寸上的排布還不夠精準(zhǔn)。另外,盡管銀納米簇具有許多優(yōu)良的物理化學(xué)性質(zhì),如尺寸小,水溶性好,耐漂白性能強和生物毒性小等,但穩(wěn)定性仍是限制其應(yīng)用的主要因素之一,因此,合成穩(wěn)定的銀納米簇也是未來研究工作中的重要課題之一。

雖然DNA / Ag NCs生物傳感器已經(jīng)拓展出成百上千種應(yīng)用,但衍生出的檢測方法主要基于對DNA模板的精巧設(shè)計,未來可在其他方面進一步探究。如與新型納米材料、復(fù)合納米材料等結(jié)合,賦予DNA / Ag NCs更多優(yōu)良的性質(zhì)并研究其雜化規(guī)律,建立新的傳感方法。

DNA / Ag NCs在生物成像方面的應(yīng)用仍處于起步階段,在未來的研究中可以用其來感測細胞內(nèi)活性物質(zhì)如三磷酸腺苷(ATP)等。此外,還可以進一步利用其成像特性來進行藥物篩選以及藥物的定向投遞,拓展其在醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的應(yīng)用。

為了提高Ag NCs的抗菌效率,可以通過將Ag NCs與商品化抗生素結(jié)合來開發(fā)有效的抗菌材料。另外,Ag NCs的一個獨特特性是它們顯示出強發(fā)光性。這可以促進可追溯抗菌劑的開發(fā),除了監(jiān)視它們與細菌細胞壁的相互作用外,發(fā)光信號還可以用于檢測其細胞內(nèi)的積累。最后,還可以借助Ag NCs的發(fā)光來研究抗菌機理。銀屬于重金屬,對細胞有與一定的毒害作用。在臨床實驗中,準(zhǔn)確了解Ag+的釋放量,可以最大程度地減少基于Ag的抗菌劑可能引起的細胞毒性,還需要對DNA / Ag NCs進行更加深入的研究,解決這些細節(jié)問題。

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