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基于表型和ISSR標記滇產黃楊葉栒子遺傳多樣性分析

2020-04-21 03:59:30朱燕蕾郭鳳根
林業(yè)科學研究 2020年2期
關鍵詞:黃楊居群分支

朱燕蕾,郭鳳根

(1. 云南農業(yè)大學 園林園藝學院,云南 昆明 650201;2. 云南農業(yè)大學 農學與生物技術學院,云南 昆明 650201)

黃楊葉栒子(Cotoneaster buxifoliusLindl.)是薔薇科栒子屬(Cotoneaster)的常綠至半常綠灌木,產四川、貴州、云南等省,生于海拔1 000~3 300 m的多石礫坡地、灌林叢中[1]。黃楊葉栒子在4—6月開花,花3~5朵,在8月至次年2月紅色的果實掛滿植株,是優(yōu)良的觀花、觀果植物,根系發(fā)達,是優(yōu)良的護坡植物,具有很高的開發(fā)價值[2]。野外調查發(fā)現(xiàn),不同產地的黃楊葉栒子間在表型性狀上存在較大差異,但根據(jù)前期查閱的文獻,有關滇產黃楊葉栒子的遺傳多樣性研究尚未見報道[3-5]。

用表型性狀來檢測遺傳變異是直接、簡便、易行的方法,但表型性狀受環(huán)境因素的影響,在某些情況下并不能反映遺傳變異的真實狀況。分子生物學技術的快速發(fā)展為遺傳多樣性檢測提供了更直接和精確的方法,其中,ISSR(inter-simple sequence repeat)分子標記技術由于具有引物通用性強、利用率高、操作簡便和重復性好等優(yōu)點,在植物的遺傳多樣性、系統(tǒng)進化、DNA指紋圖譜及核心種質構建等方面已得到廣泛的應用[6-10]。本文以云南不同產地的黃楊葉栒子為材料,從表型性狀和ISSR分子標記2個角度分析其遺傳多樣性,為其種質資源的合理利用和保護奠定基礎。

1 材料與方法

1.1 材料

對云南省內7個州市15個縣區(qū)市的51個野生黃楊葉栒子居群進行了調查和表型性狀的觀測,采集各居群葉片并用硅膠干燥于自封口袋中,編號后保存于-80 ℃冰箱,用于ISSR分子標記試驗。各居群的產地、代碼、緯度、經度和海拔等信息見表1。

表 1 51份黃楊葉栒子材料的來源及重要地理特征Table 1 Sources and important geographic characters of 51 C. buxifolius samples

續(xù)表 1

1.2 表型性狀的觀測

觀測了51個野生黃楊葉栒子居群的枝條顏色和夾角及毛被情況、葉片的形態(tài)及毛被情況、花朵的數(shù)量、花瓣的形狀和顏色,將采集的果實帶回實驗室后觀測果實的顏色、形狀及大小、萼筒毛被情況、萼裂片形狀及毛被情況、每果小核數(shù),共計觀測了33個表型性狀。

1.3 ISSR分析

采用改良CTAB法提取黃楊葉栒子各樣品的葉片總DNA,用1%瓊脂糖凝膠電泳檢測DNA質量,用紫外分光光度法測定DNA濃度,達到ISSR分子標記要求的DNA保存于-20 ℃冰箱備用[11-13]。對DNA質量檢測,有27個居群達到后續(xù)分析的要求。從100條ISSR引物中篩選出24條適于黃楊葉栒子擴增的引物,用優(yōu)化后的反應體系(25 μL反應體系中含 2.5 mmol·L-1Mg2+、2U Taq DNA聚合酶、0.15 mmol·L-1dNTPs、0.48 mol·L-1引物和100 ng模板DNA)對黃楊葉栒子的DNA模板進行擴增,程序如下:95 ℃預變性5 min,1個循環(huán);94 ℃變性1 min,退火1 min,72 ℃延伸1.5 min,進行38個循環(huán);最后72 ℃延伸10 min。用1%的瓊脂糖凝膠電泳檢測PCR產物并拍攝照片,根據(jù)有帶為1、無帶為0的原則對重復性好且清晰易辨的條帶進行統(tǒng)計,獲得27個居群的24條引物的“0,1”ISSR 數(shù)據(jù)矩陣。

1.4 數(shù)據(jù)的統(tǒng)計與分析

對表型性狀中的質量性狀進行賦值后參與聚類運算;對數(shù)量性狀則直接用SPSS 16.0軟件進行平均值、標準差、標準誤的計算和方差分析,進而計算出各性狀的變異系數(shù)和相對極差。依據(jù)33個表型性狀的歐氏平方距離系數(shù),用UPGMA法構建基于表型性狀的樹系圖。

依據(jù)獲得的27個居群的24條引物的ISSR數(shù)據(jù)計算各引物的總條帶數(shù)、多態(tài)性條帶數(shù)和多態(tài)性百分率;應用SPSS 16.0軟件,根據(jù)歐氏平方距離系數(shù),用UPGMA法構建基于ISSR標記的27個黃楊葉栒子居群的樹系圖。采用POPGEN 32軟件計算滇西北群體(DXB)、宣威群體(XW)、嵩明群體(SM)、石林群體(SL)、昆明群體(KM)和會澤群體(HZ)等6個產區(qū)的黃楊葉栒子居群的多態(tài)性位點百分比(PPB)、觀測等位基因數(shù)(Na)、有效等位基因數(shù)(Ne)、Nei’s基因多樣性指數(shù)(H)、Shannon信息指數(shù)(I)和遺傳多樣性指數(shù)(Ht)。

2 結果與分析

2.1 基于表型性狀的遺傳多樣性分析

2.1.1 表型性狀分析 各黃楊葉栒子居群的枝條顏色全部為棕褐色;所有小枝都被糙伏毛;二級枝條與主枝之間的夾角為80.07°~37.67°,平均為42.4°,平均變異系數(shù)為16.53%;葉片長度為0.6~1.83 cm,葉片寬度為0.37~1.26 cm,二者變異系數(shù)分別為23.19%和28.78%;葉片質地紙質占100%;葉片形狀為卵形;葉基形狀98.04%為近圓形,還有1.96%為寬楔形;葉尖形狀有98.04%為銳尖,有1.96%為鈍尖;葉片正面98.04%有毛,有1.96%為幼時有毛;葉片正面都疏被白色絨毛;葉片背面都疏被灰白色絨毛;100%花序具有1朵以上的花;花朵顏色全部為白色;果實均為紅色鐘狀果;萼筒全部密疏絨毛;果實縱徑為5.48~8.29 mm,果實的橫徑為5.37~7.76 mm,變異系數(shù)分別為18.00%和17.34%;果實萼裂片形狀變異相對較大,變異系數(shù)為69.02%,其中,尖三角形占54.90%,寬三角形間隔縫大占33.33%,寬三角形占9.8%,幾乎不開裂占1.96%;果實萼裂片中94.12%被毛,其中,66.67%是被密絨毛,而33.33%被疏絨毛,其變異系數(shù)達35.17%;26.56%的果實包含1個小核,39.06%的果實包含2個小核,28.91%的果實包含3小核,4.69%的果實包含4小核,只有0.78%的果實含5小核。

圖 1 基于表型性狀51份黃楊葉栒子資源UPGMA聚類圖Fig. 1 UPGMA dendrogram of 51 C. buxifolius resources based on the phenotypic traits

2.1.2 各表型性狀的聚類分析 依據(jù)33個表型性狀的51個野生黃楊葉栒子居群的UPGMA樹系圖見圖1。各居群之間的距離在25閾值內,51個樣本在遺傳距離系數(shù)25處可以劃分為2個類群,其中,類群II包括了3個居群,二級枝條與主枝之間的夾角為 78°~80°,葉片長度為 0.9~1.0 cm,葉片寬度為0.5~ 0.55 cm,屬于所有居群中夾角最大的一組;類群I中,在遺傳距離系數(shù)為10處可以分為I-1和I-2兩個分支,其中,I-2分支中包括了21個居群,二級枝條與主枝之間的夾角多數(shù)為62°~68°,居群分布海拔在 1 900~2 500 m;I-1 類群中,在遺傳距離系數(shù)8處分為I-1-1和I-1-2兩個分支,分別包括了26個和1個居群。I-1-1分支中,一個小分支夾角基本為53°~57°,另一小分支則保持在42°~49°;I-1-2分支中僅有1個來自昆明居群的栒子,其夾角最?。?7°)。從圖1可看出:51個黃楊葉栒子居群間的親緣關系,多數(shù)地理位置或者海拔相近的居群能夠聚在同一分支,但有些同一產地的不同居群卻分布在不同的分支中。

2.2 基于ISSR分子標記的遺傳多樣性分析

2.2.1 黃楊葉栒子 ISSR多樣性分析 24條ISSR引物對27個黃楊葉栒子居群共擴增出228條帶,其中,多態(tài)性條帶有153條,每條引物擴增得到的總條帶數(shù)為5~14,平均9.50條;多態(tài)性條帶數(shù)為3~13,平均6.38條;多態(tài)百分率為58.33%~100.00%,多態(tài)百分率達81.56%(表2)。

將采自滇西北、宣威、嵩明、石林、昆明、會澤地區(qū)的27個居群按產區(qū)進行歸類后用PopGene 32 軟件分析,得表3。6個產區(qū)平均擴增出151.67多態(tài)性位點,多態(tài)性位點比率達到66.52%,其中,嵩明產區(qū)多態(tài)性位點最多,達170,多態(tài)性位點比率達74.56%;會澤產區(qū)的多態(tài)性位點最少,只有122,比率53.51%。群體間平均Nei`s遺傳多樣性指數(shù)為0.413 2,Shannon多樣性指數(shù)為0.595 9,群體內多態(tài)性位點比率為53.51~74.56%。Nei`s遺傳多樣性指數(shù)(H)為0.156 2~0.432 5,平均為0.352 0;Shannon多樣性指數(shù)(I)為 0.216 6~0.621 2,平均 0.505 9。6個產地中,HZ群體(H=0.156 2,I=0.216 6)的遺傳多樣性水平最低,KM群體(H=0.432 5,I=0.621 2)的遺傳多樣性水平最高。Nei`s遺傳多樣性指數(shù)、Shannon多樣性指數(shù)和多態(tài)性位點比率3個指標所表現(xiàn)的多樣性趨勢基本一致,6個群體遺傳多樣性由高到低依次為:KM 群體 >XW 群體 > SL 群體 >SM 群體>DXB群體>HZ群體。經計算可知,遺傳多樣性指數(shù)(Ht)為0.413 2±0.011 0。XW群體與KM群體的遺傳距離最大(0.980 8),XW群體與DXB群體遺傳距離相對較近(0.330 2);XW群體與KM群體遺傳一致度最低(0.375 0),XW群體與DXB群體遺傳一致度最高(0.718 8)。其余遺傳一致度基本在0.48左右,4個群體間的遺傳一致度變幅為 0.375 0~0.718 8。

表 2 24條引物的擴增結果Table 2 Amplification results of 24 primers

表 3 栒子群體的遺傳多樣性Table 3 Genetic diversity of populations of C. buxifolius

2.2.2 基于ISSR分子標記的黃楊葉栒子居群間親緣關系 用SPSS 16.0軟件計算27個黃楊葉栒子居群間的歐氏平方距離系數(shù),采用 UPGMA 聚類方法,得到27個黃楊葉栒子居群的聚類樹系圖(圖2)。從圖2可以看出:以距離系數(shù)23為界,可以將27個居群劃分為3大分支:分支I包含13個居群,又可進一步細分為昆明、嵩明組(I-1),5個居群基本分布在海拔2 050 m左右,石林等組(I-2)6個居群分布在海拔1 950~2 100 m;分支II包含3個居群,包括了全部來自滇西北的居群;分支III包含11個居群,可進一步細分為昆明、宣威等組(III-1),包括了9個居群,昆明與會澤(III-2、III-3)2個分支,各自包括1個居群,其均分布在海拔2 400 m的地區(qū)。

3 討論

3.1 黃楊葉栒子的遺傳多樣性豐富

表型性狀是種質資源遺傳多樣性的一種表現(xiàn)方式,與分子標記有著同等重要的作用,同時也是育種和種質保護研究的基礎工作[14-15]。本研究選取33個表型性狀,對51個野生黃楊葉栒子居群的遺傳多樣性進行了分析,發(fā)現(xiàn)有22個性狀均表現(xiàn)出不同程度的變異,且變異主要存在于居群之間,變異系數(shù)較大的性狀有萼裂片形狀(69.02%)、萼裂片毛被情況(35.71%)、葉片寬度(28.78%)、葉片長度(23.19%)等,說明黃楊葉栒子居群間在果實萼裂片和葉片形態(tài)上存在較大的差異,大于野生玫瑰(18.48%)[16]、假儉草(25.59%)[17]、垂珠花(22.64%)[18],但這些差異均沒有準噶爾山楂(86.10%)[19]的大。

圖 2 基于ISSR標記分析27份黃楊葉栒子資源UPGMA聚類圖Fig. 2 UPGMA dendrogram of 27 C. buxifolius resources based on the ISSR marker

ISSR分子標記可以產生豐富的多態(tài)位點,從而揭示種間、種內遺傳變異情況[4]。本文利用ISSR分子標記對27個野生黃楊葉栒子居群進行遺傳多樣性分析,發(fā)現(xiàn)多態(tài)百分率達81.56%,說明云南的黃楊葉栒子資源存在較豐富的遺傳多樣性,其豐富程度與棗莊石榴(82.86%)[7]相近,但不如大別山區(qū)的白檀(92.62%)[20]和杜鵑花(98.94%)[21]高。

3.2 黃楊葉栒子居群間的親緣關系

本文用33個表型性狀構建了51個黃楊葉栒子居群的樹系圖(圖1),用24個ISSR引物的228條條帶構建了27個黃楊葉栒子居群的樹系圖(圖2)。2張圖對比分析可知:在ISSR聚類圖中I-1分支中的5個居群,有 3個居群(SM1、SM2、KM8)在表型性狀聚類圖中都屬于I-1-1這個分支,表型性狀和ISSR分子標記所得結果都表明這3個居群的親緣關系近;而其中的KM3居群在表型性狀圖中屬于I-2分支,2種聚類方法結果不一致。分析此現(xiàn)象出現(xiàn)的原因:一是黃楊葉栒子居群間的親緣關系與地理位置密切相關,分布在同一地區(qū)的各個居群多數(shù)能聚在一起,如昆明群體、滇西北群體、石林群體和會澤群體的部分材料可分別聚為一類,說明分布位置的隔離促進了黃楊葉栒子居群間的遺傳分化[22-23];二是個別居群未能與同一產區(qū)的其他居群聚在一起,而聚進了其他產區(qū)的居群之中,其原因可能是同一產區(qū)內各居群的小生境不完全相同,在不同產區(qū)內也有相似的小生境,生境的不同導致不同居群間發(fā)生遺傳分化和趨同進化。在材料采集時發(fā)現(xiàn),雖然有些居群采集自同一產地,但它們的生境(土壤、水分、坡度、坡向、光照、海拔高度、伴生植物等)各不相同;但有些居群雖然采自不同的產地,但卻擁有極為相似的生境,導致黃楊葉栒子呈現(xiàn)地域性趨同進化[24]。

3.3 地理隔離促進栒子居群間的遺傳分化

正如沙棘,由于其分布區(qū)廣泛,分布區(qū)內氣候、土壤和海拔等生態(tài)因子的差異,地理隔離促進其高度種群遺傳分化,形成11亞種[1,25]。地理隔離是物種間基因交流的天然屏障,也是影響居群間遺傳分化的重要因素[26]。在聚類分析中,昆明群體(I-1分支中 3個居群和III-1亞分支中3個居群)、石林群體(I-2亞分支中6個居群)、滇西北群體(II分支中3個居群)可分別聚為一類。昆明群體和石林群體的栒子分布于滇中盆地區(qū)域,但2個地區(qū)相距70 km,受蟲媒和鳥媒飛行距離的影響,依靠其在居群間傳播花粉的能力必定受到地理距離的限制[27],空間隔離是居群間遺傳分化的因素;而滇西北群體則分布在三江并流區(qū)域,群體間在地理分布上有橫斷山脈阻隔,使得物種區(qū)域分布的山脈阻隔特點突出,對黃楊葉栒子不同的居群具有天然的隔離作用,山脈阻隔嚴重影響了居群間花粉及種子散布,也使居群之間的基因交流受到了一定程度的阻礙[28],是引起居群間遺傳分化的重要因素。

表型性狀是植物的外部特征,標記數(shù)量少,且受到生境、生長狀況和時期等方面因素的影響,利用受限。表型性狀與ISSR分子標記所提供的DNA片段信息相結合,可以揭示黃楊葉栒子遺傳的本質特征。同時通過遺傳聚類了解栒子遺傳變異在地理上的分布格局,對于制定科學的保護策略起著極為重要的作用。上述黃楊葉栒子遺傳多樣性分析將為今后黃楊葉栒子種質資源分類、起源、保存和利用奠定基礎。

4 結論

本研究表明:滇產黃楊葉栒子表型性狀和分子遺傳多樣性豐富。根據(jù)分子標記聚類結果可以將27個居群分為3個分支。黃楊葉栒子居群間的親緣關系及分布與地理位置、海拔位置有密切關系。

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